1W5QA

Stepwise introduction of zinc binding site into porphobilinogen synthase of pseudomonas aeruginosa (mutations a129c, d131c, d139c, p132e, k229r)
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
330
structure length
320
Chain Sequence
ANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVCLCEFTTHGQCGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDANRATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Synthase
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
publication title Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 123
structure length 320
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2004-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w5qA00
3LM7A 2GQ9A 3N34A 4YL2A 5IM51 4OHQA 2NX9A 3L66A 3PB0A 3TC6A 3BLEA 3QM3A 3W7EA 4QISA 4H3DA 4LOCA 2NXGA 4RXGA 2RKXA 3TXZA 4LY8A 3THAA 1W37A 1P4CA 3LXBA 3FKRA 3NZ1A 1OHLA 2EF9A 4JY9A 3C2EA 4UTTA 2WOQA 4UTWC 1W5PA 3IIOA 1TTJA 3C8FA 2JGYA 4KFNA 4Z1AA 4LU0A 3R5EA 1C9DA 2V5BA 1EPXA 1SZNA 3W7IA 4AEOA 1EP1A 4NZFA 3W7QA 1S3HA 2OT0A 3MUXA 2V2CA 4XUGA 3A9IA 3S0CA 2E6DA 1AMKA 3U2OA 2ZZ2A 2B4GA 2E5BA 2C16A 3VE9A 3W7KA 2GVJA 1SFJA 5D33A 3TJLA 3SGZA 5EL1A 2CZ5A 4BWLC 4D2JA 5A8GA 3B4UA 3O6YX 3M5VA 3PBUA 3WK2A 5CZSA 1NAL1 1YTDA 1OFAA 3QZEA 1OFBA 1FWRA 3ZWTA 3QSRA 3QQ0A 1GVRA 4JYEA 2ZRZA 3WJWA 3ABQA 4WXZA 4Q32A 1W1ZA 3GYEA 4RZ4A 1O5XA 1SW0A 4NJGA 3PSWA 3TUUA 2D73A 3FYPA 5DCEA 3ANYA 2DZUA 3LHWA 3LV5A 3YPIA 1M6JA 3OBKA 1TB3A 3HBLA 4N9DA 5K7JA 4UTLA 4FF7A 4UFKA 2CLOA 5FF3A 1NF0A 3LHUA 1SZGA 4O17A 4ZMGA 3C0JA 3KVKA 4DF2A 1TPDA 2QDGA 4ZL1A 3HPZA 4JGDA 4O4VA 3C56A 4K36A 1YDNA 1FUYA 2RH9A 5FEPA 3W76A 4K38A 4AXKA 4UFMA 3WFAA 5K2ZA 5KTLA 1WV2A 3NDOA 3G1SA 2W79A 2A1YA 1A50A 3G22A 3H54A 1DV7A 1XUUA 3MHFA 4ZVJA 1ZAJA 2X16A 1VS1A 4ML9A 1JCJA 3TR2A 3GZ3A 3E0IA 4N9CA 3MI2A 1BWLA 3W7PA 3DFNA 1G7VA 3TQKA 2NZLA 5J5DA 1QPQA 3NQ6A 1QPNA 5AHLA 3B0VC 5D03A 3WJYA 1FWWA 1F2JA 1XL9A 2VFHA 1SZFA 1UJPA 2CFFA 1S5VA 5CSSA 3ABRA 5I3JA 4NXKA 2J9ZA 3TC7A 4MLJA 5K3VA 3BG3A 3Q94A 1IF2A 3QF0A 1QDSA 2ABAA 1HG3A 4P2VA 2QCDA 4WJEA 4JICA 1TPC1 4TIMA 3TMLA 1PHWA 4NZJA 3W88A 3DFQA 4MJZA 4LV9A 3MP4A 3T40A 3CB8A 1H62A 5AYXA 4O1CA 1AW1A 2Z6JA 1SSDA 2YR1A 1VRDA 3KRUA 4JY8A 2B7OA 3PBWA 4MY8A 3CIWA 2JKEA 1EA0A 4XWUA 1UUMA 1QNVA 3NPVA 5CSRA 3PVFA 5CPNA 3R13A 1O60A 2QDHA 3BVJA 3HG4A 4M6QA 4TU1A 4O13A 1G4PA 2X2GA 3QSTA 3L2IA 2Q3RA 3P8JA 2QCEA 4JDYA 3W73A 3G1AA 4DPPA 3NQVA 1DJNA 3BLIA 3EX4A 2YZRA 2PC4A 2Y70A 1GYLA 3G24A 1R2RA 3QEZA 1DQXA 3SZ8A 3Q37A 5H91A 3QMRA 1MO0A 3GAYA 1PCWA 3CWNA 1NSJA 3LXAA 2O7QA 3NOEA 3RFAA 4E2BA 4UTWA 3B0PA 3DFPA 4JTFA 3FIGA 3JS3A 2A85A 1TREA 4UFJA 4RR4A 4LVBA 5KZEA 1Z42A 2Y7GA 3LOTA 1XBYA 3LBMA 3STCA 2ISSA 1F73A 1GEQA 3MYOA 1TTPA 3L9CA 4GJ1A 2GPTA 2LLEA 5D2VA 5FEWA 3BW4A 1DL3A 4WY0F 4B5NA 1ME9A 3S5YA 4UR8A 1QOQA 1J4EA 2QCHA 3UY8A 2E5CA 4EWND 4UFHA 3PBYA 3DAQA 4UNKA 4KFOA 5BW6A 1LRTA 3E96A 3ZR4A 1S5WA 1W54A 2ISWA 1MEWA 1SU5A 2TSYA 1BTMA 2JGQA 3QW4B 3NQ7A 1M5WA 1YYAA 2FJKA 2Z1BA 3WJZA 4CNNA 2E5DA 4AAJA 2WNZA 2V2DA 4DO4A 5C55A 1OJXA 1OF6A 2VEPA 2GVLA 4JTSA 2BXVA 2V8ZA 3TV8A 3S42A 4S2CA 1FY6A 4N4QA 4AVFA 1IGSA 3JR2A 4QJ1A 3W85A 4PTNA 4OU1A 2H8XA 3NL2A 1OYCA 3LTYA 3D0CA 1GT8A 4GUGA 2Y85A 2E1DA 3CHVA 2X30A 3LERA 4N6EA 1I4NA 5HWJA 4I7VA 3TW7A 3A23A 4RV8A 1QO2A 2X1SA 4RXFA 6ALDA 2A21A 4GUJA 3E02A 4JYFA 4M7TA 4ZQPA 2YX0A 4O0KA 1XFBA 1F05A 3TKFA 1NFBA 2RHGA 3V1PA 3W7HA 3UWVA 1NEYA 1K7FA 4K8EA 4Z08A 4RLIA 4OV9A 2JKAA 4IWWA 2ATMA 4IMGA 1KV5A 2PRLA 5AHIA 4FX6M 1H50A 2GJNA 1VR6A 4CQ8A 4QSHA 2Q8ZA 3EXSA 4IMFA 4JN6A 5I3GA 1F6KA 3EWBX 3H55A 1OFQA 4ADUA 4WD0A 3W23A 1VQTA 1W31A 2VOMA 4JTHA 5HWMA 2IQTA 1JQXA 2E6FA 4A2SA 4NU7A 3W7JA 4UXDA 4A21A 2JK2A 3W83A 3LI1A 3GAKA 5BMXA 3AO0A 3EWYA 3LLFA 4LW7A 4O1BA 2ZQ0A 3IGXA 4KFPA 3GXPA 1C8VA 2V81A 3W2KA 3TE9A 4K7YA 3SR7A 1KLZA 3S5NA 4ZZ9A 4N4PA 5EKYA 3NPXA 2FIQA 2I14A 1YDVA 3TW6A 2H6RA 4WUIA 4E38A 4N6FA 1HTIA 3HQ1A 3LCFA 3NQMA 3KRZA 2HS6A 1ZFJA 1AW5A 3BO9A 3GK0A 4NT0A 3C2RA 2R94A 4CQAA 1V5XA 1KM5A 4NJIA 4UCGA 5CPLA 4JX6A 4IUOA 2QUUA 3F4WA 5I3KA 3E9AA 1WDWA 4LUJA 1FWSA 4IPIA 1K02A 1D3GA 1ALDA 1XCFA 3FKKA 3VI2A 4LS2A 3W70A 2DZSA 5I3IA 4MVAA 1Q6QA 1QWGA 2ZA1A 1DORA 1MXSA 5FI8A 4JIPA 1GTEA 3F03K 2TRSA 3MP3A 3PUEA 3IVTA 2VKZG 2H90A 4CLMA 5BOOA 2G5WA 1LOLA 3W1TA 1KTBA 3NM3A 3B0UX 3IRDA 3SY5A 1TPUA 3W7MA 1KM6A 4S2BA 4FNRA 4UFIA 2YXGA 3G18A 1LROA 3UD6A 1LLZA 2QJIA 1EP3A 3P82A 4OV4A 3GDRA 3LHYA 2PE4A 3E12A 1U83A 3G1VA 1GVSA 3G3MA 2PURA 3L5AA 1GWJA 1G4EA 2CLKA 3S1XA 1AG1O 5G4EA 1KA9F 3M47A 3JRKA 1H7NA 1K8ZA 3BV4A 1UB3A 3GDMA 1GZGA 3IV3A 3LB0A 3R8RA 2WNQA 4AB4A 1YXDA 4BI6A 2E6AA 3F1QA 2J9YA 2ZRWA 4IXHA 2WSRA 1TTIA 4QQ3A 1SO3A 5BRBA 3LX9A 3L65A 3QW3A 4O10A 5LHEA 4QITA 1GTHA 3W75A 3HO8A 4WY0A 1H7XA 5AYYA 3FLUA 2J27A 3PUDA 5F2IA 1I8JA 3G8RA 2QUTA 2ABBA 5AHFA 5DXYA 2R91A 5AHEA 4BFAA 4O18A 2QCMA 4NNCA 4QM1A 3HGRA 3W71A 1T99A 1G4TA 5L9FA 4Y8FA 1R47A 3C4UA 3MBFA 2HTMA 1TV8A 4QNEA 2J88A 2TYSA 3S5ZA 1VJIA 1JRBA 1ICPA 3W7GA 3FS2A 4R33A 2W0UA 4JR5A 4LTSA 3MI3A 3OEXA 4JXCA 4LS0A 3TFXA 1OABA 2NWSA 4UC5A 4HPXA 1F7BA 4DXVA 1ICQA 2HMCA 1ICSA 2Z6IA 3CEPA 5AC7A 4Z1CA 1FXPA 2G97A 3W2MA 1TMHA 3W6YA 1KFKA 3P67A 3G0SA 3M5YA 1FDZA 4UMAA 1W3NA 4MYXA 5G1TA 3NVTA 2CLMA 4CNPA 3TFCA 4O0ZA 3S1WA 1M7PA 4PEKA 2A6NA 5TBOA 3NL5A 3LV6A 3LCGA 3IIXA 3EWWA 3OA3A 4AWTA 1KFBA 2NX1A 3GDTA 1LTDA 3DFSA 3TXVA 3DHDA 4FNPA 2Y89A 2BSLA 3PBVA 4LT9A 4N2YA 3ATZA 1WX0A 4FIRA 5I3FA 4MOZA 1ZAIA 2W6RA 3N14A 5IBXC 3DZ1A 1R46A 3BG9A 4PL2A 2Z0IA 1XXXA 5F4XA 3BK0A 1VHNA 1SQ7A 1TV7A 1B9BA 3HB9A 1RVGA 2DZXA 3CU2A 1VC4A 5D32A 4BI5A 3INPA 3B04A 4MZ8A 2V5LA 4M19A 4TMBA 5LGXA 1VLWA 4UTIA 2YW3A 4O1AA 1L6YA 2ZZ6A 3MYPA 4FNUA 1L6WA 1R2SA 1LBFA 1XUZA 3N19B 4TX9A 2ZDRA 3W2UA 5TIMA 2ISVA 3NO5A 3PULA 5K4ZA 3EX3A 1IIHA 2NWRA 3KVJA 4NXSA 5EBUA 5F2LA 4ZQOA 4ONVA 3TK7A 4IGHA 5EY5A 3PR2A 1JUBA 3PY2A 3B03A 4OGZA 4UNLA 3M41A 3O07A 4GUIA 8TIMA 5DCBA 3RF9A 4LVDA 3CM4A 3LDVA 3C61A 4JNMA 1QMLA 1GVOA 1WQ5A 2NV1A 4L4MA 1AK5A 3CT7A 3NXFA 1GG1A 1W5NA 1CX9A 5LZLA 3PM6A 2A4AA 5EA9A 2NV2A 2J6XA 2WSQA 4E2DA 1SO6A 4NX0A 3NPUA 4AMAA 5E1QA 3EKZA 5K9CA 1GQNA 3IGSA 4JYDA 1KFEA 2WNNA 4WZHA 1YPFA 4WX2A 3R2GA 1HO4A 2JBMA 2Y62A 2A5HA 4OQVA 4PCFA 3P60A 3STEA 5AC6A 4BK9A 4UUIA 4MY9A 2DU2A 2O7SA 3ELFA 2OMAA 1JCYA 2VELA 1IXOA 1DOSA 4LC6A 5HINA 1DBTA 4G1KA 3HIJA 4UFLA 4KWWA 3LCIA 1YXCA 3A22A 1SW3A 3EB2A 5SWUA 4NJHA 4YCOA 2G96A 4AF0B 2NXHA 5LKYA 1OFOA 4UIOA 3DGRA 4HKPA 3W07A 2DORA 2V30A 3CC1A 3P80A 2JKPA 3NPWA 2KZHA 3NQ2A 2QJHA 4ORMA 2ZCGA 1O94A 4FXRA 2C18A 4Z0JA 1LBMA 4UMBA 1ZENA 3L68A 5D30A 2NXIA 3LCXA 3GX9A 1HFBA 1NF7A 1H60A 3LRKA 1Y0EA 1J2WA 1WAUA 3W1LA 5LNRA 3W87A 2E6YA 3RLUA 4FHAA 3TQ0A 1D9EA 4CCCA 4N9BA 4LVFA 1SW7A 1EEPA 3FEMA 1W8SA 3TIMA 5CZTA 4PA8A 2QEZA 5CZ0A 3CEUA 3VE7A 1M7OA 5G4WA 2I1OA 3HGSA 4FX7A 3PG9A 2E77A 4TR9A 3NQDA 1OFRA 3HPXA 3STGA 2FB3A 4XBSA 2GOUA 3FYOA 3O05A 1H1ZA 1TQXA 2VEMA 1VYRA 1P0NA 1MZHA 3SGUA 1TSIA 3N73A 3I65A 3TCEA 2GJLA 1PIIA 1H1YA 1SSGA 5KMYA 2BLEA 3NNTA 4XTDA 3TAKA 3O06A 1F6PA 2BWGA 3GXTA 1P0KA 1A5AA 4MIMA 1KLYA 3DBPA 1XDMA 1OK4A 3G1HA 2OJPA 1OG0A 1QR7A 3QH2A 1Q6LA 1XBZA 2I9EA 2WKJA 1DJQA 2FFCA 1TQJA 4K7VA 4Q33A 3VKJA 1RQHA 2QJGA 2A7NA 3ABOA 5IBXA 4LVGA 3UZ5A 4DO5A 1GVFA 1VH7A 2ZRXA 1L2UA 3W7DA 4XKYB 3EWUA 1VHCA 3UYCA 1W5QA 1THFD 1OFEA 1JCXA 1JQVA 1VCVA 4ALDA 3K30A 3G0XA 3PS7A 4FO4A 4K8HA 4MJMA 3G0UA 5D2TA 2ZA2A 1RQBA 1LP6A 3BG5A 3MW7A 4HNTA 4PL1A 3OVPA 1I2QA 4K37A 2EPHA 5F2GA 1W5MA 3QMSA 1N7KA 2C0AA 3SFKA 1EB3A 2A7RA 2Y7FA 4JTGA 5F1UA 1AL8A 1EWEA 5DCDA 4AHQA 2OZ0A 2B7PA 2QAPA 2OT1A 2EHHA 3UXAA 3OVQA 1I2NA 1ML1A 4YWIA 3IVSA 2GVGA 1LOQA 2C1HA 3WK0A 4GC4A 5FF0A 4X22A 1DQWA 1FCUA 4WY0B 1LDCA 2FLIA 3NZRA 1RQEA 2Y61A 4NVTA 4JTJA 1OFPA 1SUXA 1K7XA 3I7SA 1WBHA 4UTMA 1NVMA 2QCCA 4ZQCA 5LNSA 3KHJA 4M5PA 4FXSA 1FQ0A 1IXNA 2Y6ZA 4UMCA 1GYNA 4MYAA 1PE1A 5D2WA 3M44A 3O6CA 3GXNA 5DLCA 1UCWA 3ZS4A 3IIVA 4DPQA 3UY7A 3EX6A 4I9AA 3QC3A 3IIPA 3LCLA 5F4SA 1Q6RA 1RR2A 5HR6A 3DU0A 3G1XA 3DI0A 2RDUA 4RZ6A 1E51A 3G1FA 3LRMA 3S9YA 3EX1A 3T55A 3C3NA 3N9RA 1JUKA 1GG0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NX9 A;  3L66 A;  1TWI A;  2WMI A;  5D9O A;  1C8Y A;  1Z7A A;  3UXI A;  4LOC A;  5LIU X;  4AZ5 A;  4WRH A;  1P4C A;  2DT1 A;  1OHL A;  1KGU A;  2ZXB A;  3C2E A;  2R1P A;  2CIP A;  1E6P A;  3TN3 A;  4G7E B;  2ZAD A;  1W5P A;  3SSZ A;  4KFN A;  4GOA A;  4Z1A A;  1B3V A;  4LU0 A;  2ACR A;  4BEQ A;  1FWH C;  2V5B A;  2I56 A;  1CYG A;  4NZF A;  4ZOA A;  2OT0 A;  7ODC A;  2V2C A;  4XUG A;  4H6Q A;  2DPE A;  1CXF A;  4J5N A;  3U2O A;  3ZJ8 A;  1IGW A;  4L1X A;  2ZZ2 A;  2B4G A;  3VE9 A;  1GNX A;  2DVX A;  3TJL A;  4BWL C;  5EL1 A;  2CZ5 A;  3KBS A;  4DM1 A;  4QG6 A;  4CGT A;  3WK2 A;  3WQO A;  1IZK A;  1PWL A;  3WQ6 A;  1NAL 1;  3OIH A;  1YBQ A;  1US3 A;  1FWR A;  3RM9 A;  1CLV A;  2W66 A;  1CLX A;  1GVR A;  2RGL A;  3ABQ A;  4WXZ A;  1W1Z A;  3OQE A;  4JIE A;  2DIJ A;  4GI4 A;  3JU2 A;  1A3W A;  2OYL A;  3LSC A;  4YHE A;  5IHR A;  1DTN A;  1EJV C;  3LHW A;  1YHT A;  1V3H A;  3HBL A;  5K7J A;  1Z32 X;  2X8R A;  5FF3 A;  4L4O A;  3VVG A;  4AY8 A;  3GXD A;  2CES A;  4MB5 A;  1CXI A;  3ZJ7 A;  2BP1 A; 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