5M5D | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	347
structure length	347
Chain Sequence	LGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Glycosyl hydrolase family 71
publication title	Contribution of Shape and Charge to the Inhibition of a Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanase. pubmed doi rcsb
source organism	Bacteroides xylanisolvens xb1a
total genus	131
structure length	347
sequence length	347
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF16317	Glyco_hydro_99	Glycosyl hydrolase family 99

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5m5dA00

3WNLA 4AZBA 1NM9A 2BHUA 3TTSA 5IDIA 1DWGM 1H41A 3A4XA 3DHUA 3N11A 1XD0A 1W1YA 4V28A 1VFUA 1V0MA 2VQTA 3TA9A 3KL3A 3PZNA 2PWFA 1TE1A 1TVNA 3AOFA 1UWSA 3A4AA 1GPFA 2BXYA 2E0PA 1E71M 3M7SA 5E9AA 1DEDA 1RP9A 8A3HA 1B3XA 1HJVA 4KGJA 4BQ5A 3A47A 3PZOA 3WDQA 3WH9A 2A3BA 1C93A 1QI0A 4R27A 1WPCA 1H4PA 1KCLA 3ARQA 1UZ4A 3AXHA 4CCDA 4U2ZA 5I0DA 1HX0A 5EBAA 3UEQA 5JIWA 3CZGA 3GXIA 4PMZA 3OBAA 1B3WA 1NARA 5DT7A 4EANA 1V0NA 2D24A 5ABFA 1EQCA 2PWHA 2ZX9A 3SUVA 2BFGA 1GOWA 2CKRA 2A3AA 2OSWA 4B3KA 4CD5A 1XC6A 5A2CA 2UY3A 5HBFA 1AQHA 3I3BA 1JFXA 4HOXA 3VIOA 5IFTA 3TP4A 3WN6A 4U33A 2RGMA 1SMAA 1QW8A 2WLYA 2XM1A 3L4WA 2EXOA 3RDKA 4KH2A 1DWIM 4M80A 4NRSA 2BS9A 1XSKA 1BAGA 1OD8A 2FHCA 4E2OA 4LXFA 4UOZA 2GUYA 2PWGA 5BRPA 5HOSA 5E0CA 4OKDA 3QOKA 4PRWA 4YPJA 2YBUA 4AWEA 2XTKA 2X8RA 3BXWA 2J8GA 2FHBA 3N13A 3LMYA 3WQ8A 1QPKA 3SCTA 3LPPA 3CZEA 3I3DA 2XFYA 3ARSA 1XH0A 4PUEA 4W84A 3WH8A 3GDBA 3EMCA 4CU7A 3UR8A 1E6SM 3RIKA 5IFPA 3SCQA 1BPLB 3OLGA 4UFLA 1PIGA 3AHXA 2G3MA 1W9PA 1XHGA 4ZE4A 3QR3A 3WUFA 3O9NA 3CZ8A 1LQ0A 1CGYA 1GZJA 1CEOA 1JF5A 1CXLA 4Z2IA 1JD7A 2OWWA 4JKLA 1XCXA 3QHOA 4OIFA 1K9FA 1QNQA 4AY1A 8CGTA 4H8HA 3I3EA 1TA3B 3VD5A 1E0XA 1M03A 4KRTA 4HA1A 4PTWA 4PN2A 4QLLA 2J7FA 2J7CA 3A4WA 1D7FA 3AIWA 3PZGA 1J0ZA 2VI0A 4AW7A 1PZ2A 1UWTA 1WB0A 2D22A 4W88A 3G6MA 2Z1KA 1E9LA 4ZEPA 2XIBA 1BVNP 1ITXA 2YA1A 3T2PA 4Z2GA 3CZLA 4XZBA 1QNOA 1R7OA 3S6TA 1M53A 2RGLA 4L4OA 1R8LA 1QHPA 1OCQA 4UQDA 2W91A 1HL9A 1W1VA 3GH4A 1GQJA 2E9BA 4JHOA 4S3JA 2EPOA 1DP0A 1UR2A 3BAWA 3EDJA 3KE0A 1H49A 5A6AA 1A3HA 4WLCA 4HMDA 1DWFM 3BSGA 5E09A 3UETA 1KXHA 1UHVA 1V6VA 3AROA 1GUVA 3NCOA 2JEPA 1UZ1A 3B9EA 2CKSA 5BXSA 3VD7A 1WNOA 4AIOA 3RO8A 2YA2A 3OLDA 2CETA 1XYFA 3MUAA 1B30A 1EOKA 1NWRA 1B3VA 1B2YA 4GPNA 3NUKA 3GH5A 3PZMA 4CKQA 5HXMA 2DIJA 4AZCB 1GW1A 1FH8A 2WMHA 5CZKA 3ZT7A 2GFTA 1ZJAA 3WMSA 3L4XA 4FK9A 1BG9A 3B9DA 2QF8A 3WDHA 1E1EA 4MDPA 2DT0A 3AHTA 3SIMA 1O6IA 3LPGA 4W87A 3CZKA 3MO4A 1ODUA 4GZEA 4UQBA 1BTCA 2ZOXA 1ZB5A 1WZKA 1ZBKA 4NI3A 1J12A 4JAWA 4IM4A 4N0RA 2ZUWA 1HF6A 3VD4A 4J3VA 2DPEA 3CO4A 4J3SA 4Z2JA 1PJ9A 1QVBA 3ZQ9A 4DUVA 4C7GA 3CPUA 4AD4A 1E5NA 3VINA 3T0AA 3SUSA 1JZ6A 3WIJA 1DHKA 4W8BA 1XSIA 2GDVA 4D6EA 5D9OA 2O9PA 4ZENA 3CUJA 1VAHA 3SURA 1NWSA 1V0KA 2YDQA 1EXPA 2W4XA 2WMIA 5AC5A 3U7BA 4HA3A 2WHKA 1H3GA 2O9OA 3ZMRA 4AXNA 3ZSSA 2YBTA 2ESCA 2CHOA 1E40A 1V6XA 1V6UA 1TCMA 4PMRA 3CHEA 5AYBA 1JXJA 3ARYA 1PPIA 4E8CA 3KEHA 1EDTA 1CWYA 2DDXA 2WHJA 1C8XA 3NJ3A 5I24A 1E3XA 1KBBA 5CPTA 1GOKA 3W27A 4GKLA 3CMGA 1W1PA 2YL9A 3D3AA 3N04A 5BXRA 4ZFMA 1E4LA 4IISA 2X05A 1G1YA 3WFZA 3MSGA 2BXZA 4W7UA 5IHSA 2EQDA 2XVNA 4AIUA 4GXPA 4F9JA 2V5DA 2WCAA 2YA0A 4B16A 4L4PA 4J3XA 2YL8A 3GNPA 3WQWA 2VCCA 3O6AA 3DYPA 3WD2A 2EEXA 3ZJKA 2CCRA 3OLIA 4PMYA 3T0DA 2PI6A 2ZUMA 1NWUA 1OT1A 3BAJA 4S3KA 4J27A 3WNKA 2VUYA 2ZXDA 1HJWA 3WEOA 1WKYA 2V3GA 1FP8A 1QNSA 3RILA 2EPMX 1ZL1A 4J28A 2CBJA 5EFDA 1HNYA 1VEMA 2VZUA 1HXJA 2VCBA 5GPRA 1EQPA 2XVKA 1BVZA 3BAXA 2XM2A 2BHYA 5AC4A 4DM1A 3VGEA 4AEEA 2F2HA 2J8FA 2ZX8A 3ZIZA 3IANA 4HOWA 2X1IA 2CNCA 4GQRA 4QLJA 4TVUA 4AYSA 1V02E 4E8DA 4OUEA 3WQ6A 3VIJA 5DT5A 6A3HA 2ZWYA 1WAWA 2ZICA 1HKJA 5A69A 4XZWA 3WH5A 2J79A 1C8QA 1FFRA 2DT2A 1FFQA 2EPNA 3UESA 9CGTA 4FMVA 3WSUA 2X09A 3OA5A 3SCOA 1EDGA 1MXDA 1SR0A 3MUZ1 3CLWA 1W3LA 4V2XA 2BY3A 2DSZA 1BLIA 4LGXA 5D8WA 1OIMA 1VBUA 1UKOA 3AI0A 3WH6A 1JGIA 2VOTA 3VO0A 1CYGA 1OT2A 4B9YA 4H8VA 1GCYA 3MS8A 2NW0A 3L2LA 4MADA 3WF2A 3RM9A 1EHNA 1E0VA 1UYQA 1KGUA 4HZ6A 5CSUA 1KCKA 2V38A 3KL5A 1NOUA 2DIEA 1BYAA 4CU6A 1NOFA 3NDZA 3VD3A 3K1DA 4WKHA 3FW6A 4HP5A 4X9YA 1MQRA 1JD9A 1OSEA 3RM4A 2D2OA 4AZ5A 2JIEA 2DEPA 3CIVA 5DMYA 2JEQA 3L2MA 1JZ2A 1W9UA 2WMGA 3KWXA 1MWOA 4J3UA 2FGZA 5C71A 3N18A 4GI6A 2ZXBA 4BQ4A 1E3ZA 1W9DM 1UR8A 1H5VA 1ODZA 2Y5EA 2BVYA 1JYXA 5CGTA 1UH3A 5D8ZA 1N82A 3ALGA 1W3JA 5D9MA 2VQUA 2QMJA 4CVWA 3ARTA 3W6LA 3EMZA 1EIBA 1MW0A 2YOCA 1ISWA 2BY1A 3VGGA 2D3LA 3WEMA 3WQ5A 3MKKA 1ZJBA 2WLZA 5M17A 3VIHA 3SCVA 3WY1A 1HL8A 3MMWA 5E70A 4QLKA 2VX7A 3NIYA 3BAIA 1MW3A 4P7QA 2QPSA 4U5KA 2VL4A 2W62A 4UQEA 2J7HA 3U5UA 3OZPA 1ISVA 2QMKA 4UOJA 3WUBA 2ZUUA 3UG3A 3ZJ7A 4AD3A 3AYRA 4PMQA 2WNWA 4HPHA 3MMUA 1DTUA 1H09A 4HU0A 3VGBA 2BNJA 5FL0A 2W66A 1HJQA 2V3EA 4MDOA 1GOMA 3GTNA 3WDPP 4F8XA 1CXIA 2Z1SA 3EDEA 4M56A 1FOBA 4DM2A 5JIPA 1ZU8A 3AYSA 2VC9A 4FLRA 1U30A 2WWCA 4AD5A 1CTNA 2XGBA 5E0FA 1VIWA 4QCEA 2A3CA 3PBGA 4CVUA 1C92A 3CTTA 1O7AA 1JAEA 4ML4A 4B15A 3TTOA 1OWQA 2BY2A 3VIPA 2D0FA 1HJSA 2WHMA 2YJQA 5A94A 1WZLA 2W61A 1R87A 4WK9A 4GIAA 1E56A 3OGVA 4DUWA 3EDFA 1C7TA 2QLYA 1E4MM 3SUTA 4FLQA 5JBEA 1U2YA 1OGGA 2X2YA 1DWJM 3ARWA 3ZJ6A 5AYIA 1MW1A 5HNNA 1QHOA 4AZCA 5I5RA 2IXVA 4DWSB 3CHCA 5AY7A 2B31A 2J74A 1M7XA 1KFWA 4XUYA 1V08A 3T0BA 1GQLA 3W82A 4P7OA 1WE5A 1LWJA 1IZJA 4M1RA 1AQ0A 1HT6A 4ZXLA 3WL0A 4QFUA 4P8VA 3VX0A 4JCLA 7A3HA 3K8MA 1XSJA 3W37A 5BCAA 4UFHA 4TXEA 4Q7NA 5I78A 4PSRA 4PMUA 4Z2KA 1C91A 3BMVA 4CN4A 5JBDA 5EB8A 1AQMA 3GZAA 4P8UA 3K8LA 4BS0A 1PZ3A 1WDSA 4GO8A 1NWTA 3AMLA 1VF8A 4HTYA 5I6SA 4D1IA 1HKIA 2VTFA 4MJ2A 3O2LA 1XD1A 4HZ7A 3FN9A 3RMEA 4AZIA 3IAPA 1JZ8A 3CUGA 1QHZA 3WQ4A 1AMYA 2DT3A 3WMCA 3AMDA 4GZJA 1G94A 4HOZA 2TAAA 1JG9A 1J0JA 1K9DA 2CERA 1JL8A 3RPMA 3SCSA 6TAAA 1E72M 4P7LA 3FAXA 3WDIA 4CD4A 1H2JA 3WDJA 5I77A 1ECEA 1CXKA 1DWAM 1JYVA 3WL1A 4PMDA 1UWQA 1V3KA 3VDHA 3WH7A 3GM8A 4P8XA 2GJPA 4HZ8A 4UNIA 4WIWA 2CBVA 4M8UA 4OOUA 1QOXA 1NP0A 1Q4NX 2UY5A 1TR1A 1GJUA 2OWCA 3K4DA 3AIUA 4CU8A 3T2QA 1E55A 1SFSA 2DSVA 1B0IA 1SYTA 2WPGA 2HISA 4H8UA 1MFVA 2GVYA 4U3AA 2IUZA 1KWGA 3VKKA 3CBWA 2OYKA 3UG5A 4P7RA 1IZKA 1OM0A 4TTUA 1JNDA 3IJ8A 3CUIA 4HA4A 5JBFA 1UA7A 1G9HA 2WSKA 4QP0A 2XVPA 2J78A 3AICA 5FKYA 4ACYA 1MQPA 1V3IA 1XYZA 4YHGA 5LA2A 1EOMA 2ZX7A 3VNZA 1GVIA 3GNOA 2VJXA 4UZUA 4ZE5A 3G6LA 1PX3A 5BWFA 2WYSA 3AS1A 3WNMA 4P7NA 3NYDA 2GK1B 1HKMA 3ZT5A 1V02A 3QHNA 1OD0A 3SCNA 4U5IA 3N9KA 1PAMA 5IHRA 1W9VA 1V6YA 5CQ1A 4B9ZA 1YQ2A 5GNXA 4M24A 1MQQA 2JE8A 5D9PA 1UWIA 1A47A 4MPKA 1ISXA 1VB9A 3F5LA 4JHZA 4TVDA 4W8LA 5CXPA 1KQYA 1LG1A 5IXEA 3CH9A 1JAKA 1TUXA 2FDMA 4PBGA 3BAYA 1I1WA 3CUHA 1VJZA 2XWDA 5BRQA 1VRXA 3WBAA 4A3YA 3E1F1 4RE2A 1GOOA 1PEZA 2PB1A 4M82A 5BYWA 1W2PA 2XHYA 4GINA 1VEOA 4ATWA 2WB5A 1JDAA 5HDRA 2WC7A 1WDQA 4ACZA 2JIWA 1M01A 1CGWA 3UCQA 4PCTA 3T09A 2DH3A 1TG7A 5EFFA 3ZR6A 4CCCA 3DC0A 4PMNA 2C7FA 2J7DA 5A8NA 1PBGA 5E6ZA 1Y7VA 2DQXA 2NT0A 1OIFA 1VFMA 1MW2A 2ZXAA 1HN1A 2VRKA 2J25A 1HKKA 2WZEA 2OYMA 2WZIA 1CXHA 2XIIA 3AHYA 3VIKA 3NSNA 1ESWA 6CGTA 2ZWZA 1RPKA 4PSPA 5I79A 1UD6A 4BCEA 1M04A 4JCMA 3ZOAA 3N15A 2AMGA 2W5FA 4MJ4A 1E0WA 4ZXOA 4LYPA 5CJ5A 5KEZA 4UTFA 5A6SA 3VGDA 1KXTA 2C0HA 3THDA 1CGXA 1LL7A 1FHDA 3SEPA 2VO5A 1E1FA 4IUGA 5A8OA 2G3JA 4URIA 1XCWA 3AIEA 4MB3A 3PTQA 2UY4A 2ZIDA 3APGA 2G4FA 3BSHA 5LA1A 1E6ZA 1HJUA 1G01A 4YN5A 2WVVB 4W7VA 1ZBWA 3BLPX 1NH6A 2V5CA 5CPSA 3K4AA 4C7DA 2WCSA 3W38A 1BYBA 4LQ1A 1J18A 3W0KA 1CENA 2QHAA 4A3HA 4MNJA 4W93A 3WNPA 2DSUA 7TAAA 5DEZA 4PCSA 4FF5A 3VMOA 3LPOA 1QBBA 5F7UA 1GNXA 4DWSD 4EK7A 3T08A 5FD0A 3RJXA 1J0IA 2PWEA 2G41A 3NSMA 1BGGA 4H04A 3FY1A 3WF1A 4BQ2A 3AJ7A 1H0GA 3IJ7A 3ZO9A 2XWEA 2VR5A 1I75A 4GI8A 2QV4A 1EGZA 2ZX6A 1L0PA 4AMCA 1UKQA 1CECA 5A95A 3MSDA 3W25A 1E15A 4W85A 4AZ6A 1UR9A 2OSXA 2J77A 4OJYA 1UR0A 3MV01 1ITCA 4M29A 2J7GA 3AIRA 4MTVA 1G0CA 2OSYA 3SCRA 2X0YA 1VFOA 2WMJA 4KRUA 4HU8A 3WENA 5A6BD 1BF2A 2WSPA 4EKJA 2Q8XA 3OIHA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5M5DA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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