2GFT | Genus

Total Genus 145

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	386
structure length	386
Chain Sequence	GLYVEKVSGLRKDFIKGVDVSSIIALEESGVAFYNESGKKQDIFKTLKEAGVNYVRVRIWNDPYDANGNGYGGGNNDLEKAIQIGKRATANGMKLLADFHYSDFWADPAKQKAPKAWANLNFEDKKTALYQYTKQSLKAMKAAGIDIGMVQVGNETNGGLAGETDWAKMSQLFNAGSQAVRETDSNILVALHFTNPETSGRYAWIAETLHRHHVDYDVFASSYYPFWHGTLKNLTSVLTSVADTYGKKVMVAATSYTYTAEDGDGHGNTAPKNGQTLNNPVTVQGQANAVRDVIQAVSDVGEAGIGVFYWEPAWIPVGPAHRLEKNKALWETYGSGWATSYAAEYDPEDAGKWFGGSAVDNQALFDFKGRPLPSLHVFQYVDTGTP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Glycosyl Hydrolase Family 53
publication title	Oligosaccharide binding of Bacillus licheniformis endo-beta-1,4-galactanase rcsb
source organism	Bacillus licheniformis
total genus	145
structure length	386
sequence length	386
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date	2006-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07745	Glyco_hydro_53	Glycosyl hydrolase family 53

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2gftA00

1HKMA 2CBVA 5HXMA 1RPKA 3WELA 2OSWA 3GZAA 4CD8A 5M5DA 3AICA 2JF7A 1UA3A 4YPJA 1QW9A 2J7GA 2E4TA 2J79A 4P8UA 1UQZA 4W87A 4HA1A 4PUDA 5DO8A 1UWSA 5A94A 3UERA 3CZLA 4E8CA 1EHAA 4X9YA 4IUGA 4CD5A 3VIGA 1LQ0A 5D9MA 3AIEA 3VDHA 4AZCB 4HU0A 1WNOA 2YBUA 2GVYA 3GNOA 2C8NA 2TAAA 2W66A 5EFFA 4M24A 4ACYA 3RM8A 1JDCA 1NWTA 2WZIA 4QAWA 1QVBA 4BF7A 1AQ0A 2VURA 2WMFA 2GSJA 3WDJA 4WKFA 3NUKA 3VPLA 4OZOA 4GZJA 2J8FA 3SCWA 1ITCA 1NWRA 1P6WA 2VX5A 1GJUA 2WNWA 4RL3A 2VCCA 1BVNP 1B90A 1S46A 3K8LA 5CXPA 3A4XA 1HL8A 5LA2A 3CPUA 2NSXA 2A3EA 1CLXA 1BG9A 3AS2A 5BYWA 4ATWA 3FXYA 2V3GA 3L2MA 1XSIA 4P7QA 4PMVA 1JYWA 3N12A 4AZ6A 1B0IA 3TTYA 2FH8A 4X0VA 3SUVA 1XH2A 1JDAA 5I23A 4F9JA 1J10A 4UFHA 3ZT5A 1CXIA 4V28A 3AS0A 3B9EA 2D3LA 4H2CA 1EH9A 5LA1A 3APGA 2JEPA 3LPFA 3QHOA 3FNDA 5ABHA 4JL1A 1V6UA 1RH9A 1GZJA 1UG6A 2YBTA 2AMGA 2YLLA 3WNNA 3VU2A 2CKRA 2W91A 2YA0A 2YDSA 2OWWA 3WMBA 1DHKA 3IJ7A 2WKGA 4PN2A 3AI0A 5A2AA 4IPLA 1V02E 1JIBA 2ZX7A 4JHOA 4C7GA 5GNYA 3AHZA 1NARA 2XUCA 3PN8A 3G6LA 4JFTA 5E6YA 3T2QA 1MWOA 4J28A 3JUGA 3M46A 4N0RA 1JAKA 2W62A 4KWUA 3AXIA 1PIGA 2BXYA 3KEHA 1V3KA 2PBOA 4FMVA 4B16A 4AIOA 2FGZA 5CJ5A 1BYAA 4WIWA 3QGVA 3K4DA 2XTKA 1FHLA 2Z1SA 3WQ6A 4J3SA 2YDRA 4ACZB 3POHA 3ZSSA 5BXTA 4P7OA 1V0KA 5C8BB 1XYFA 1GOMA 1VFFA 4GZIA 1WZKA 2YLAA 3VTRA 2WWDA 1OGGA 7TAAA 1V03A 4LYPA 1G5AA 3FY1A 3N9KA 1JZ2A 3QHNA 3WQ8A 3SUTA 1MQRA 3WD2A 4FLQA 1E0WA 1KGWA 1W9UA 2MANA 2DSWA 3UEQA 3WBEA 2HVMA 1K9TA 4E8DA 3LMYA 4UQEA 1NWUA 5D9PA 3UG3A 3WDHA 4A4AA 3ZR6A 4PTWA 4TOQA 1OIMA 4JL2A 4A3HA 2BY2A 4PMNA 3PZIA 3W28A 2D2OA 1O7AA 1QNRA 1PZ3A 4DWSC 1SMDA 4MPKA 1X1NA 5FKYA 1UR0A 1M7XA 3D5HA 1ZS2A 1PBGA 1KR1A 1GQIA 1KCKA 1RP9A 3VNZA 5I78A 1DWFM 3N15A 4GKLA 2D0HA 4J3TA 3CHEA 4JFWA 1C8QA 3VMPA 5AY7A 3DC0A 3UR8A 2VR4A 3SCVA 1VEOA 2WHJA 2IXVA 4GINA 4U33A 5BXRA 2NT0A 4ML4A 4ZXLA 1CECA 3G6MA 5AC5A 1AQMA 3VUPA 3VILA 2AAAA 1BAGA 4F9DA 3GNPA 3HJEA 1V6WA 5FL0A 1ISZA 2CCRA 2WBGA 4S3JA 1CZ1A 3WBAA 1GOOA 5A95A 1J0KA 2OYMA 1OD8A 2JF6A 5A6LA 1EXPA 3F5LA 2G4FA 1H09A 1F4HA 1ISYA 3ZMRA 4TVCA 3ZJ6A 3RMEA 2X8RA 1K6AA 4OUEA 4HZ8A 1M04A 1W1PA 2W61A 4QDMA 3BAWA 3LPOA 4BQ5A 2E9MA 4Z2HA 1JD9A 1XSKA 2XYLA 2IXUA 1R7AA 1QHOA 2J4GA 1EHNA 1UUQA 5DEZA 1UR8A 5A69A 1J0YA 2PBGA 1UKQA 2J7DA 2J74A 1BYDA 1E3XA 2JFEX 3CZKA 1HKJA 1HJQA 5D9OA 4CN6A 1JZ7A 1W9XA 4DUVA 1MW2A 3W37A 5D4YA 2WVVB 1VFUA 1DWJM 6TAAA 4AEFA 5CSYA 3T09A 2WBKA 3KL5A 2NW0A 1B30A 1W9VA 4R27A 1QNOA 3CUJA 1W9BM 1MW1A 5DFAA 7CGTA 1ISVA 3ZIZA 1D2KA 2WC3A 1U30A 3K8MA 2WSPA 3WNPA 2CHNA 4NZCA 3IAQA 1BG4A 1MYRA 2XM1A 5GQBA 1CXLA 1CGYA 1J9YA 1BSIA 2DT3A 3K1DA 1LWHA 2BHZA 2BFGA 2J25A 4HP5A 1JXJA 3ARWA 4AIUA 4CU7A 1WCGA 3W0KA 2VZTA 2O9PA 2EO7A 1ZJBA 3U7BA 1R7OA 4AW7A 4JAWA 4AD2A 4QFUA 4W86A 3RJYA 5E6ZA 3VINA 1H1NA 5CPTA 5CGTA 3OZPA 4CGTA 5ABFA 2OWXA 1QPKA 4L4PA 2CIPA 1ECEA 1H0IA 2BV9A 3EDKA 3T2PA 4JCMA 4PMXA 5EFDA 2EPKX 1RP8A 2A3BA 1UA7A 3E1F1 4D6EA 5LA0A 3WD1A 1GQKA 3AQUA 3AMLA 1D7FA 2VC9A 4M80A 4UFJA 3W38A 4ZENA 3ARZA 3AJ7A 1B3YA 1B3VA 1BHGA 1QHZA 2GJXA 2DT1A 3WUBA 4UNIA 4JFSA 2WB5A 1V02A 4LX4A 3SCOA 3OGRA 1QI4A 2BVTA 3RIKA 3AROA 2UY3A 1H4PA 2QF8A 1JNEA 2DQXA 1H41A 2OSXA 3DYMA 1UZ4A 3VIKA 1DTUA 2O9TA 3ARTA 3AISA 4GIAA 4F66A 3DYPA 3W26A 2Q8XA 3VDAA 1ISXA 3CZEA 1EDQA 3ARYA 4AD3A 4JFVA 3CZ8A 1AQHA 3A6OA 1VEMA 3WUFA 3CO4A 3BAKA 5M3WA 1GHSA 3A4AA 1OCQA 1I1WA 1GPFA 1JZ6A 1GVIA 2CBIA 2X0HA 4ZFMA 4XZWA 4UFIA 1PPIA 3BAXA 2VRQA 4W85A 2GJPA 2BY1A 3F4VA 4CCCA 1XD1A 2ZX8A 4Z2KA 3J7HA 3N17A 1OGBA 2HISA 1NH6A 1VFOA 4MAVA 4J3WA 1PIFA 5AYBA 4JKKA 4P8WA 5GNZA 1WO2A 5CSUA 4WLCA 3BCFA 3PZUA 2DDXA 1TUXA 4UFMA 2WW5A 4PMUA 4BCEA 3UESA 5CPSA 1DP0A 5HPOA 2FHCA 1I1XA 4MNLA 2BY3A 1CTNA 5E0CA 2RGLA 2DSKA 4CCEA 2DSZA 3ECQA 1C91A 3M6DA 4WSJA 1FP8A 1MW3A 2C0HA 1CYGA 3MU7A 3MSDA 2Y2WA 4WSKA 3AHVA 4PMYA 3L4YA 3WF1A 2EJ1A 2PWEA 4MB1A 2GK1A 1WKYA 1OBAA 1JXKA 1Q4NX 4H41A 2DIEA 3O9NA 5FL1A 2FDMA 1UZ1A 3W29A 4CVUA 2W4XA 4TXEA 1G1YA 4Z2IA 1JNDA 3PTMA 1QNQA 2ZICA 1W9PA 3SUUA 3MS8A 3PTKA 1CBGA 4NF7A 4CD6A 5A3HA 1Z32X 1KXTA 3W53A 2YL5A 3AS3A 4FLRA 5FCZA 3AHTA 2VCAA 1FOBA 3RO8A 1FA2A 3WNOA 1BF2A 1UWUA 1JGIA 3AXHA 3IJ8A 2WMIB 3EYPA 1XV8A 3AMKA 1UR9A 3LPGA 2XHYA 2VZSA 5DMYA 3VD5A 1Q6CA 1E1FA 1OSEA 3VIMA 1UWIA 3GBEA 3K46A 3CZJA 8A3HA 3VGEA 3WUEA 4TUFA 2VVSA 3I3EA 2QV4A 3OIHA 4AZHA 1Y7VA 1H2JA 4Y7EA 1TA3B 2VTFA 2F2HA 4P8XA 3TOPA 2ZX9A 3AOFA 4V2XA 3GM8A 3WDRA 3VGHA 3WKZA 3I3DA 5I5RA 5A6BD 2EPMX 3ARSA 1O6IA 1XH0A 3CIVA 3WFLA 4B9YA 9CGTA 1IT0A 1UYQA 4HU8A 4PUEA 3VGBA 4PTXA 2WK2A 1W1TA 3B9AA 1JYVA 4M56A 2JALA 1GJWA 1QI3A 3CHFA 6A3HA 1J0JA 1PX4A 1UR4A 2D0GA 1MW0A 1CXKA 4DM2A 3VD4A 2O92A 3AIWA 3VO0A 3VMOA 5JBDA 3QR3A 2X05A 4GQRA 2V38A 1CGWA 1TCMA 5E0FA 4KMQA 4PCSA 1V3LA 4UQ9A 2CHOA 4CN4A 4UQBA 3A4WA 1B31A 2NT1A 3VMNA 2EBNA 2CBJA 2A3HA 2G8ZA 3OGSA 4D6GA 4TX6A 4QLJA 2VT0A 3CUGA 2DEPA 4DWSA 1JDDA 2GDUA 1GHRA 1GOQA 1ZBCA 2GJRA 5A8OA 3SCQA 4B15A 1UD6A 2X2YA 2PB1A 4XX6A 1JFXA 1MFUA 1C8YA 1JYXA 3BSHA 4KRTA 1LLOA 2XFFA 1C7TA 3N18A 3W6MA 1CGUA 4UTFA 4MNKA 4AC1X 1GONA 4WKHA 4CUCA 3SCSA 1WDRA 4HTYA 1GCYA 2WCGA 3GDBA 4AZ5A 3PZTA 4JFUA 4M82A 5AYIA 1U33A 1QNPA 1KXVA 2WCAA 1GQLA 4RE3A 2XIBA 2YDQA 1VFMA 4KH2A 2YA2A 1MQPA 2WMGA 5HOSA 3WUGA 5IFTA 3QHMA 1ISWA 1W1VA 3S2CA 4S3KA 5JUVA 4Q7NA 1ODZA 1ZU8A 3RCNA 1LG2A 3ZJ8A 4CD4A 3KWXA 3BH4A 1HL9A 1A3HA 1TZ7A 1VBRA 2XFRA 4WJXA 2ZIDA 5A6KA 1HX0A 3NSMA 2J47A 1JZ5A 2ZWYA 3AZRA 1KFWA 4UQDA 3AYRA 3CMJA 1C3FA 3ZOAA 1J18A 1E4NA 1V0LA 1MQQA 3QOKA 1C8XA 4U2YA 1HJWA 1UD8A 3U57A 2Y5EA 2JEQA 4ZXOA 2WCSA 2FHBA 2OYKA 2GFTA 3TA9A 3B8SA 4PMZA 5JBFA 2ZXBA 3LPPA 3AIQA 1JZ8A 1WDSA 4NI3A 2G3JA 3AIUA 2WYSA 1HKIA 3UETA 1UD4A 4NRSA 3VD3A 3VIIA 1GUVA 2WKLA 2D1ZA 2FHFA 2YA1A 3SEPA 3KZSA 4UQAA 4AZ7A 3MANA 1NOFA 3AMCA 4Q22A 2BNJA 4MADA 2WMHA 4J3XA 3M7SA 3U5UA 2YKKA 3GXMA 1XH1A 1EO5A 3L4ZA 3UG4A 3NSNA 2E8ZA 1CPUA 1U2YA 4DM1A 3BCDA 1US2A 1A47A 3FHAA 1WZMA 2BY0A 4WF7A 2J7BA 3AIRA 1UR2A 4Z2LA 4PYSA 1PJ9A 1Q6GA 4MNJA 3OG2A 1VIWA 3HN3A 4OKDA 3ZR5A 2VX6A 3OB8A 1FHDA 1GORA 3WIJA 4PTMA 3WSUA 3OLDA 1CGTA 1VBUA 4HOXA 1MFVA 3SUWA 5HBFA 1YHTA 4AYSA 4CKQA 1ZL1A 1E73M 4PBGA 4U31A 4MNMA 3GH7A 1QI0A 4W8AA 3SCNA 4DUXA 3L4XA 2XSAA 3NIYA 1NP0A 5ABEA 2E40A 4V27A 2VQUA 4MB5A 5A6JA 1KGXA 3NCOA 1LL7A 3CUIA 4J27A 3WD0A 1W2PA 1C93A 5LYRA 1UD5A 5EBAA 3ZT7A 4AD1A 1F4AA 3MMWA 3BXWA 2QPSA 4JCLA 1PAMA 3BLPX 2XFYA 3EDFA 1GOIA 1W32A 4OBSA 3TTSA 1UH2A 1W91A 4J3VA 4U3CA 3A3HA 4W8BA 2ZUSA 1SMAA 2CITA 2ZXQA 1XGZA 2PF0A 2WHMA 1CGVA 3K4AA 4KRUA 3GTNA 4PMQA 1EDTA 4OIFA 2W92A 4W84A 2XIIA 4AZCA 1H11A 1XRVA 4W7WA 3ARXA 1BYCA 2GUYA 2V5CA 4JHZA 2PWFA 1ZBKA 1M03A 1HNYA 1UQYA 3OZOA 3L2LA 3CUHA 3QOMA 1OWQA 3RM9A 3O2LA 3OLIA 5M17A 1E9LA 3L4WA 2UY2A 5C71A 2CYGA 3K8KA 1CENA 2CEQA 2VOTA 3MUIA 2DSUA 1H3GA 2WSKA 3VIJA 3VIHA 3WY1A 1E0VA 5EMYA 1E3ZA 3W27A 1GW1A 4HPGA 3SCPA 3N13A 1V08A 3ARUA 1C92A 1KBBA 1HN1A 3PTQA 3WF4A 4PMDA 4JKLA 1E6NA 1Q6FA 4HZ6A 1MXGA 2DIJA 3WF3A 4IM4A 2XG9A 3PBGA 2XM2A 1RD6A 4TTGA 3WQVA 2CPUA 4EE9A 1R87A 1E6RA 2YIHA 2YL6A 3BLKA 7A3HA 5BRQA 1E4LA 2D0FA 3OLGA 3SCTA 3BAJA 3GH5A 1QNSA 1E6ZA 4E2OA 1SFSA 1G9HA 2UY5A 2CXGA 2J62A 1E6PA 1DWHM 2B31A 3W82A 1G94A 2E9BA 4W88A 1GNXA 1G01A 1QOXA 1XYZA 3TONA 4W5UA 3CBWA 1VEPA 5CG0A 2PWHA 3GXFA 3RDKA 1HJSA 4RE2A 4ZE4A 4MB4A 5E9AA 1W9DM 2QPUA 2EXOA 4XZBA 1VENA 3F5JA 1ZJAA 2E3ZA 2VL4A 4BQ2A 4PMRA 2FGLA 4QLKA 1KCLA 1UH3A 3T08A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1HKM A;  2CBV A;  5HXM A;  1RPK A;  3WEL A;  2OSW A;  3GZA A;  4CD8 A;  5M5D A;  3AIC A;  2JF7 A;  1UA3 A;  4YPJ A;  1QW9 A;  2J7G A;  2E4T A;  2J79 A;  4P8U A;  1UQZ A;  4W87 A;  4HA1 A;  4PUD A;  5DO8 A;  1UWS A;  5A94 A;  3UER A;  3CZL A;  4E8C A;  1EHA A;  4X9Y A;  4IUG A;  4CD5 A;  3VIG A;  1LQ0 A;  5D9M A;  3AIE A;  3VDH A;  4AZC B;  4HU0 A;  1WNO A;  2YBU A;  2GVY A;  3GNO A;  2C8N A;  2TAA A;  2W66 A;  5EFF A;  4M24 A;  4ACY A;  3RM8 A;  1JDC A;  1NWT A;  2WZI A;  4QAW A;  1QVB A;  4BF7 A;  1AQ0 A;  2VUR A;  2WMF A;  2GSJ A;  3WDJ A;  4WKF A;  3NUK A;  3VPL A;  4OZO A;  4GZJ A;  2J8F A;  3SCW A;  1ITC A;  1NWR A;  1P6W A;  2VX5 A;  1GJU A;  2WNW A;  4RL3 A;  2VCC A;  1BVN P;  1B90 A;  1S46 A;  3K8L A;  5CXP A;  3A4X A;  1HL8 A;  5LA2 A;  3CPU A;  2NSX A;  2A3E A;  1CLX A;  1BG9 A;  3AS2 A;  5BYW A;  4ATW A;  3FXY A;  2V3G A;  3L2M A;  1XSI A;  4P7Q A;  4PMV A;  1JYW A;  3N12 A;  4AZ6 A;  1B0I A;  3TTY A;  2FH8 A;  4X0V A;  3SUV A;  1XH2 A;  1JDA A;  5I23 A;  4F9J A;  1J10 A;  4UFH A; 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Chord Diagram

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