2QCMA

Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain (asp312asn mutant) of human ump synthase bound to 6-hydroxymethyl-ump
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
257
structure length
256
Chain Sequence
MELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKHEFLIFENRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
publication title Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 256
sequence length 257
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qcmA00
4TMCA 3G1AA 1GG1A 2CZDA 1VHNA 2C15A 2VFFA 1KFBA 2ZA1A 3GVGA 3W1NA 2WNQA 3GDKA 5KITA 3B05A 5EL1A 3WJSA 3PF3A 3W1RA 2CLLA 2C1HA 3WJZA 4E2DA 3QPZA 3QF0A 2CZFA 4L4LA 3BGJA 5D05A 5AOUA 5CSRA 1H1ZA 3TX9A 3LCFA 5K7JA 3R89A 5AYYA 3BARA 4S1FA 3C8FA 4UC5A 5L6UA 1OFBA 3LDVA 4IPJA 4ML9A 2V8ZA 4LVBA 4UXDA 3LRLA 4UTLA 1SQ7A 1JCMP 4LNYA 1OG0A 5D02A 1SO6A 3LCHA 4K8EA 1DBTA 1DJNA 3STEA 4QSHA 1F05A 3TSMA 2BXVA 4CNPA 3DAQA 3GR7A 4O16A 1OFRA 4JYDA 3W71A 4NX5A 4NZFA 3L9CA 2V30A 3SGUA 1KM4A 1PL9A 2XN2A 3C4UA 4XTIA 1MXSA 3G1YA 5FF3A 3UPWA 4FXRA 4RV8A 1OYBA 3RMJA 2V5LA 1ALDA 2Y62A 3P5YA 3W7DA 5D2VA 4O14A 2QCDA 1B9BA 3W87A 2YGYA 2WQPA 3P82A 3DFPA 4TX9A 2NX3A 5TIMA 4JTLA 3W86A 2ZRXA 4UMBA 2V82A 3L0GA 3W7QA 3LV6A 3OIXA 1D3GA 3HPZA 1FUYA 3THQA 1JQXA 5LSMA 3MP4A 4O15A 5LNSA 1K8YA 2B0MA 4XWUA 2NX9A 3G22A 1YPIA 3TC6A 2W6RA 1H5YA 5HJLA 3EKZA 3G3MA 3KRZA 3IIXA 3TXVA 3TAOA 4DBDA 4N6EA 3A23A 1VCGA 3NEVA 4FIQA 4HN4A 4BFAA 4GC4A 3DU0A 3S8HA 2JKPA 4IUOA 5LHFA 3GKAA 3CIXA 5DLCA 4DELA 4UTUA 4X3ZA 5FEZA 3DH7A 5FF2A 1YDNA 1W5QA 1S5TA 4OQVA 1JUEA 2WPBA 3BG9A 1HUVA 2UV8G 3LXAA 1P0KA 4LVFA 3LBMA 4GUFA 1B4EA 1WV2A 3KVKA 5E93A 2VOMA 1H63A 3C2VA 1QDSA 1K7EA 1P4CA 1WYIA 3TIMA 1KW1A 3KVMA 3MP5A 4O52A 3BG5A 1ICSA 1PCKA 3FYPA 1I2PA 2QCGA 3C52A 1TTQA 3E02A 3NQFA 3S5YA 5I3JA 1TV8A 2RFGA 3IV3A 1K02A 2BX7A 3ABQA 5EY5A 2VC6A 1EX5A 3P74A 4XKYB 2ZZ2A 1L6YA 3TJLA 3MMTA 2G5WA 5AHLA 4N9BA 3N2XA 3TFXA 1HO1A 3KVLA 3TR2A 3QC3A 4IOTA 4FNSA 3S5ZA 4I7VA 1SSDA 1OYCA 4I7UA 2RDWA 3CTLA 4LC8A 3NZ1A 1G4TA 2B7NA 4LUJA 1H61A 1F74A 1FCBA 3UQNA 2X2GA 4AF0B 5LHEA 3N9RA 5LKYA 2YFNA 4UTIA 3NNTA 3G0UA 3G8EA 3L5MA 5AB3A 3W7GA 3Q37A 1ZCOA 5AHMA 1GYLA 3QM3A 1TTPA 3NQDA 2R8WA 3G8RA 4UTHA 1T8XA 4HSNA 1KFKA 1Z44A 1XKYA 4O1AA 3ZFHA 1OX5A 1G4EA 4WY0A 4GBUA 4K7VA 5D30A 3CT7A 4AAJA 1GVQA 3GX9A 3W75A 2R94A 3A22A 3SZ8A 3F03K 2O7SA 3IVSA 1DJQA 1KM1A 2EKCA 5F4SA 2EF9A 1R30A 1I8JA 4O28A 1U5JA 3DFOA 2GQ9A 2GPTA 5FI8A 3G18A 4IXHA 5IBXC 1W31A 3G1XA 3M5VA 3MHUA 3JR2A 2Y89A 3H55A 1H7OA 2NZLA 3USBA 1IXNA 3UYCA 3SSJA 3QW3A 2HS8A 4JXCA 4MLJA 5HULA 2A2IA 2CWNA 3P80A 5AYXA 1VLWA 1G7VA 1LTDA 4RXFA 4A22A 3EWBX 2X1SA 2Q3RA 2E6YA 2G95A 4NVTA 2EGZA 4O18A 3MWAA 2V9DA 3G1SA 3K30A 3O63A 3NQ8A 3QEZA 3I65A 5ABTA 5AYZA 1X1ZA 5E1QA 3GR8A 4QQ3A 2QCFA 2ZTKA 4QITA 2VFDA 3O06A 4Q4KA 3TA6A 3NQCA 5CPOA 4RZ6A 4AH7A 5F2IA 3BLFA 3EX6A 1W5MA 2YXGA 5EA9A 3TK7A 4YXGA 4X9SA 5AN7A 2DZVA 3IGSA 5HNRA 4JTUA 4CNNA 1Z42A 2YW4A 4K37A 1GQNA 4RJEA 1DQWA 4IMCA 2WSQA 5KZDA 2GJLA 3KRUA 1GZGA 1TV5A 3LTSA 4M7TA 4IJBA 1Q6RA 4OU1A 5K9XA 3A5FA 3W1XA 1JRCA 1MZHA 2H8XA 4NJKA 2Y7EA 3BG3A 1KFCA 2QJIA 2J27A 3LI1A 1UASA 3PM6A 3UWYA 1JUBA 3L67A 3M47A 5CGQA 2E5BA 3P60A 1A5AA 1H7PA 4JX5A 4DF2A 2ISVA 2Y7FA 3RF9A 5SWUA 1PHQA 3HGOA 4MFEA 3W1MA 2YCEA 4ZQMA 3W70A 4KFPA 3DHDA 2B7PA 5I3IA 3TQKA 1LP6A 1KLYA 5AC8A 3W1LA 5HR6A 2ISSA 1QPOA 1WOBA 5D32A 1TPDA 1G4PA 3W2NA 2VEKA 3MW7A 3SR7A 2A21A 3HBLA 2NWRA 1B57A 4HT3A 2H6RA 3EWZA 4UR7A 3P67A 3LCIA 3CWNA 2CW6A 5LNWA 2E6AA 2A7PA 1GJPA 1KM3A 5K9CA 3ZWTA 2QKFA 2H3DA 3QJAA 2DZXA 5FEXA 2BZNA 4QNWA 1J2WA 1KM6A 3C2FA 4Z0JA 3F1QA 2H90A 3R2GA 3LRMA 1U83A 2ZQ0A 4M5PA 1I2NA 1O94A 5FEWA 3QW4B 1K7FA 3W2KA 1VCVA 3U8GA 3PG9A 4AHOA 3W7LA 5DBUA 1BTMA 3W6YA 1J4EA 3EWYA 1TREA 3D0CA 4NJGA 3I7SA 2ZRUA 4GUJA 1AL7A 4LVDA 3KFTA 4R33A 1NVMA 3FYOA 1XUUA 1GVOA 3O8AA 1VGAA 4JTEA 3NL5A 1TJRA 1F6KA 3GIYA 3M7WA 1G7UA 2Q8LA 1A5CA 5CPNA 3DFNA 2WO5A 2WV8A 4ONVA 5U4NA 4NJJA 1H7XA 1QOPA 1TSIA 2Z2UA 4UR8A 4FNQA 3RK8A 1F2JA 1JUKA 2J9ZA 3T78A 1H62A 5LGXA 4C1LA 2DZTA 4UUIA 1O5KA 4MIMA 4GFSA 3L5AA 4CLMA 3HOJA 3TW6A 1KM0A 4O1DA 3C0JA 1TQJA 2DORA 5FEPA 5G1YA 1C9DA 4AXKA 2V81A 3STFA 3LI0A 1FXPA 3FS2A 3NQEA 3QZEA 3KVJA 5I3KA 1WBJA 1TYGA 3ZWSA 1D3HA 4OHQA 3U6WA 2ZDRA 3W7RA 1X8FA 3LHYA 4Y96A 3WJWA 3FOKA 1YXCA 2GQ8A 3TKFA 1X7FA 4QNEA 1Y0EA 3W7NA 3NR0A 4N9EA 5MHBA 2JGQA 1RPXA 3HPSA 1T96A 3YPIA 5G2HA 4WJEA 2RHGA 3S9YA 3C6CA 2R91A 3LB0A 4N2YA 4RKAA 3FFSA 1KFJA 5IM51 2E5CA 1FCVA 1EB3A 1FDYA 1I4NA 1W3TA 3O07A 4UTWA 1BKSA 4H3DA 1FBAA 1EWDA 5TBOA 1WA3A 3S6DA 3OEXA 1LLZA 4CNOA 4RXGA 4TU1A 1HG3A 3VNDA 3NOEA 2FDSA 3HGRA 1G69A 3VE7A 3RNDA 3N14A 2PE4A 3NAVA 1I2RA 2TYSA 1OX4A 1B3OA 2ZZ5A 4P61A 3UXAA 3L0NA 3M41A 3B06A 2C0AA 3Q94A 4JX6A 1KM5A 3FA5A 3UD6A 5LNUA 3KRSA 2GVGA 2ZRVA 4CCDA 4IX0A 5DY3A 3WFAA 1KTBA 5AC6A 4MZ1A 4UMCA 1DHPA 1GVFA 1GG0A 2O7QA 1H7NA 1ZAHA 4BI7A 3RFAA 1TCDA 5LNVA 3W1AA 2ZZ4A 5BMXA 4JR5A 5D2YA 4LV9A 2ZA3A 4LVGA 4S2CA 1JCXA 3N19B 3P7YA 2E09A 1EEPA 2X1UA 2DZWA 2H8ZA 3KHJA 5GVJA 3O05A 3FLUA 3TDFA 2CFFA 3IGXA 3ATZA 4BK9A 3LHVA 2R14A 4AMAA 1PHWA 1MEHA 4ADSA 3ANYA 4UNLA 1KTCA 3ELFA 3PB2A 4MOZA 5AHIA 1QPQA 2QDHA 3NQ2A 1VHCA 1LDCA 2C13A 2W79A 5KTLA 3F4NA 3GLCA 3LX9A 3MYPA 4EVZA 3G0XA 3LHWA 3M5YA 1UCWA 2VFGA 4JTTA 2QDGA 4MJMA 3UZ5A 3W7HA 4U28A 1OJXA 1AK5A 2DU2A 2PURA 3CHVA 1QO5A 1IIHA 3EX1A 1FXQA 2DZPA 3S42A 3SI9A 1W5PA 2NUYA 3UY8A 2QEZA 5DXXA 3B0VC 2A85A 4LOCA 3PSWA 4MYXA 3EX4A 2GOUA 1XBYA 1JCNA 2Y85A 4RLIA 2A6LA 3W1QA 2VEMA 1Q6OA 3EWUA 4JX4A 5CPMA 1WOAA 2P10A 3RLVA 3P8IA 3L2IA 2Z0IA 5K9DA 1TTIA 4OV9A 4UTJA 3PS7A 4MFDA 2A5HA 3M9YA 2LLEA 3KAOA 1LRTA 1VH7A 4WOZA 3MHGA 2PCQA 1WXJA 3W7KA 4M6PA 2PC4A 2X1RA 3Q58A 1KBJA 3NYZA 2HSAA 1YDVA 1T99A 3LCWA 4OV4A 4NU7A 3NQ7A 4ZQOA 5HWNA 1W8SA 4CCCA 3GB6A 4UFMA 1KTNA 4N9CA 2TMDA 1PVNA 1YTDA 1G4SA 3ZS4A 3FKKA 1M5WA 1VCFA 3OVRA 5FF0A 4Z1BA 3LTYA 3HPXA 1GVSA 1HTIA 2W0UA 1TPVA 5CSSA 2JKAA 2A6NA 4CCEA 5C55A 3BLIA 2YDAA 4JTJA 4RCXA 1FQ0A 5H91A 4OBTA 3LGEA 1ICQA 4HNNA 3EXRA 2QCNA 3GNNA 1DORA 2QAPA 3P81A 3P8JA 4ZQCA 3TW7A 4JTGA 3W07A 5HUPA 1IGSA 5L9FA 1RR2A 3NPUA 4JIQA 1EPXA 4NNBA 4IPIA 3M44A 2V0TA 3UWVA 2A0NA 5DN1A 3I68A 2DZUA 4GUHA 1OK6A 2C18A 2ZZ1A 3EKLA 4IQLA 2QF7A 3N34A 1IXOA 1OFQA 4NXSA 3TE9A 4POCA 4UTTA 2B7QA 2GJNA 4A3UA 4IX2A 4O1CA 5K4XA 1OFEA 1R46A 3OG3A 4BR1A 1C8VA 5BW6A 2A4AA 3R12A 4QJ1A 2J88A 2OZ0A 1KLZA 3ABRA 4TR9A 2OT1A 4N6FA 1WAUA 3LOTA 3HB9A 1LBFA 1OHLA 2H3BA 5D37A 4XQ6A 2Z1BA 3ATYA 1YYAA 5T26A 1DQXA 2QCMA 3CU2A 2QCLA 1EUAA 4CQAA 4WOQA 4Y90A 3W76A 1KFLA 3T55A 3QQ0A 5K3VA 5KZMA 2V2HA 5D2WA 1K03A 4NNAA 3GXNA 5H2ZA 3MHFA 1JRBA 4NJIA 4GXMA 4JS3A 5HINA 5DCBA 2P0OA 1FY6A 4PL2A 5LGZA 3TNOA 2E77A 3NL3A 4NZJA 1Q6LA 2WOQA 1FX6A 4A29A 1IXPA 3W1TA 4BF9A 1DKWA 4N4PA 1LM1A 2F7FA 4DO4A 3L68A 2CLHA 4E0CA 1K3UA 3OBKA 1YXYA 3BK0A 3P62A 4PL1A 3IIVA 3GAYA 2ZYFA 3G1DA 5J5DA 4Q32A 4JGDA 4YL2A 4OT7A 3TROA 1Q45A 3STGA 3UWQA 1A50A 1ME7A 5BMWA 2TSYA 4O54A 3W7CA 1TQXA 6TIMA 5EPDA 3S1UA 2NXIA 1HFBA 2ZA2A 3MI2A 4J9JA 1MEWA 1ML1A 3PVFA 5AHNA 1NF0A 3O6CA 3W2MA 1O4UA 5D03A 1HO4A 1AMKA 3LLDA 3IVUA 3FIGA 4GUIA 3HG4A 4JTHA 3QMTA 4AEOA 1DVJA 2QJHA 3M0ZA 4UIOA 1GTEA 1TRIA 4FX7A 2HTMA 3PBWA 1W5OA 2Z6JA 4XKYA 2VKZG 1VPXA 2WJZA 3SJ3A 2WNNA 4GUGA 3BVJA 4IMDA 1XM3A 1K8XA 3GAKA 2CLEA 1L6WA 2ZZ6A 4LVAA 3R8RA 3EEGA 3E0IA 3TUUA 4WXYA 3WK1A 2OCZA 1LBLA 1DL3A 1M6JA 2Y63A 1ZALA 5HWMA 4BI5A 1UJPA 4XBKA 1IIGA 4AF0A 1JVNA 3A5VA 3DZ1A 1TPFA 3TMQA 1QOQA 3HG3A 1ZENA 1EP1A 1LCOA 2Y7GA 3S1XA 3PBVA 1H60A 1YXDA 4LRSA 4UTWC 3BW2A 4PODA 4KFNA 2ZRZA 2CLMA 3HGJA 4HPXA 2KZHA 2YW3A 3A21A 5G1TA 1ZJIA 4IMGA 1SZFA 4HIBA 2FPTA 2A1YA 1W54A 1JCJA 3TSBA 1OF8A 1JJKA 2GVJA 3HG2A 6ALDA 4MPQA 2E5DA 4GWEA 3UNDA 5E0KA 3BO9A 3LXCA 1SFJA 3TC7A 4ADUA 3O15A 1A5SA 3QMRA 5EYWA 1GT8A 3PB0A 3LHZA 3JRKA 4RR4A 1TPUA 2DZSA 2FPVA 1SFLA 1ZHAA 4NXKA 4H4IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2QCH A;  3VE9 A;  2QR6 A;  5FF4 A;  1XDL A;  4KKX A;  2RDT A;  3EXT A;  5F1U A;  1OFP A;  2I14 A;  3E9A A;  4KWW A;  3W3O A;  1AG1 O;  3PR2 A;  4QM1 A;  3T40 A;  3TML A;  4O0Z A;  1RQH A;  2CZ5 A;  3O6Y X;  2AAM A;  3BW3 A;  4O57 A;  2JK2 A;  2QAF A;  4LT9 A;  3WJY A;  3R5E A;  4GE8 A;  4RZ5 A;  4UFH A;  4ADT A;  2Q3O A;  3NA8 A;  4EF8 A;  1SO5 A;  4JTK A;  3QRH A;  4MZY A;  2WKJ A;  1D9E A;  3CEP A;  4K8H A;  5K2Z A;  4A2R A;  1A53 A;  3BW4 A;  2VXN A;  2QCE A;  4QIU A;  3HMJ G;  1OFO A;  2Y70 A;  3SW6 A;  2B4G A;  1TTJ A;  3LHT A;  3GDL A;  3NM1 A;  1LLW A;  3W7J A;  2NWS A;  3IIZ A;  1UUM A;  4Z1A A;  1F76 A;  1P1X A;  1H7W A;  3QMS A;  2OX1 A;  4EWN D;  1QML A;  1OX6 A;  4Y9A A;  4S2B A;  4MZ8 A;  4TMB A;  2BWG A;  3S0C A;  4IMF A;  4Z08 A;  1V7Y A;  3TU9 A;  4CQ9 A;  4Z1C A;  2VFE A;  3GXP A;  1SZG A;  2C6Q A;  1C29 A;  3TJX A;  4E38 A;  3H54 A;  4AWU A;  4O17 A;  3TV8 A;  4WX2 A;  3GZ3 A;  2E1D A;  3NQM A;  1LOQ A;  3EXS A;  3PC0 A;  4UFI A;  3PUE A;  1QFE A;  3QSR A;  4NJH A;  4X2R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1W9V A;  3MKC A;  1VHN A;  2VFF A;  1KFB A;  1EBH A;  3W1N A;  1W9B M;  3R25 A;  2J75 A;  4FLO A;  2C1H A;  4HZ7 A;  2GGG A;  3SCP A;  4PEE A;  3WQE A;  3QF0 A;  3BGJ A;  5D05 A;  5AOU A;  5CSR A;  1UIO A;  2HNE A;  3LCF A;  4PBF A;  4KIR A;  3PHA A;  1WE5 A;  5AYY A;  5GNX A;  4ZXL A;  1KWG A;  5L6U A;  2WW5 A;  4X63 A;  4IH3 A;  3LDV A;  4IPJ A;  5C9R A;  2WWC A;  3T05 A;  4LVB A;  2HK0 A;  3ME3 A;  3LRL A;  3QYS A;  2ASH A;  1XG3 A;  4L56 A;  1WO2 A;  1WZK A;  3CZG A;  2QPS A;  3AZT A;  5KZ6 A;  2HVN A;  1F05 A;  2BXV A;  4A8N A;  3URQ A;  1DWI M;  3GU1 A;  2HVO A;  3SGU A;  1F3W A;  1KM4 A;  2XN2 A;  2MAN A;  4G2D A;  1MXS A;  5DRI A;  4RV8 A;  3PP7 A;  2V5L A;  4KMQ A;  2PDL A;  3K13 A;  3A12 A;  3W7D A;  4O14 A;  2QCD A;  1MWO A;  4C7F A;  4M56 A;  3T2O A;  3DFP A;  3CK5 A;  4TX9 A;  2QW5 A;  3UJF A;  1XR2 A;  2A79 A;  5TIM A;  4JTL A;  4EPB C;  4RNF A;  2PWG A;  4IIG A;  3LV6 A;  1JQX A;  3CHC A;  5LNS A;  2NX9 A;  4JBR A;  1K70 A;  4HMD A;  1H5Y A;  2HEJ A;  3KRZ A;  5LXE A;  1OIN A; 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