1E9LA

The crystal structure of novel mammalian lectin ym1 suggests a saccharide binding site
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
YQLMCYYTSWAKDRPIEGSFKPGNIDPCLCTHLIYAFAGMQNNEITYTHEQDLRDYEALNGLKDKNTELKTLLAIGGWKFGPAPFSAMVSTPQNRQIFIQSVIRFLRQYNFDGLNLDWQYPGSRGSPPKDKHLFSVLVKEMRKAFEEESVEKDIPRLLLTSTGAGIIDVIKSGYKIPELSQSLDYIQVMTYDLHDPKDGYTGENSPLYKSPYDIGKSADLNVDSIISYWKDHGAASEKLIVGFPAYGHTFILSDPSKTGIGAPTISTGPPGKYTDESGLLAYYEVCTFLNEGATEVWDAPQEVPYAYQGNEWVGYDNVRSFKLKAQWLKDNNLGGAVVWPLDMDDFSGSFCHQRHFPLTSTLKGDLNIHSAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Macrophage secretory protein
molecule keywords YM1 SECRETORY PROTEIN
publication title The Crystal Structure of a Novel Mammalian Lectin, Ym1, Suggests a Saccharide Binding Site
pubmed doi rcsb
total genus 106
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2000-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1e9lA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1e9lA01
1EA9C 3W6MA 2CETA 2WHLA 1BG4A 3A4WA 1PJ9A 2ZX6A 1B9ZA 2BFGA 4BZYA 3WDPP 4U3AA 2VQUA 2ZUSA 4MJ4A 1RH9A 3RO8A 1LL4A 1VENA 3VDHA 1HVQA 3OBAA 2CBVA 4C7GA 1WDPA 2C7FA 3JUGA 4HOXA 4D6CA 4U2YA 3WMSA 4AZBA 4MNLA 3NJ3A 1ODUA 2YL9A 4E2OA 4UFLA 2WVVB 3BC9A 1A47A 1UWQA 3WEOA 1UR1A 4AZ7A 2DSKA 1E6ZA 1IZJA 3NSXA 2IUZA 1DWHM 3AHZA 4AZIA 3NSNA 2WVSA 4D6GA 3LPGA 4CVUA 2DT2A 4P8WA 4UQAA 2NSXA 2ZUUA 3CZEA 1ISZA 4WIWA 4GZEA 3MMWA 2GDVA 1CXFA 3AHXA 2VMFA 5DT7A 2CBIA 1UKQA 2XG9A 1U30A 2DIJA 3CBWA 5ABEA 2XGIA 4MNKA 4P7QA 3VNYA 1W1TA 1TUXA 3O2LA 4ML4A 1X6LA 2CPUA 3VINA 4B16A 1EXPA 4JFTA 2WVVA 5D9PA 3WNNA 1QHZA 3CUGA 1TFVA 2JF6A 2J79A 3T0AA 3L2LA 1L0PA 4GKLA 2GFTA 3MS8A 3ZSSA 1JDAA 3ZR6A 1JFXA 1XH2A 2XWEA 1H09A 3CUFA 3LPPA 4D6FA 1B3VA 4GQRA 4GXPA 4W8AA 4BQ5A 4W89A 1GOOA 3VUPA 1DHKA 3THCA 1GZJA 4UR9A 2WC7A 5A8NA 1E1FA 2VO5A 1CXHA 3WH8A 1BG9A 1M7XA 3ARSA 1BGAA 1OT1A 2BHZA 3B9AA 4XV0A 4D1IA 1WZLA 5HPCA 1BYDA 3BMWA 1F4AA 3VX0A 2YDSA 3A3HA 3B9DA 4UOZA 1V3KA 1GHSA 4ZE4A 1UWIA 4J3SA 5DT5A 4HZ8A 5E0CA 1HNYA 3VX1A 4BS0A 4W87A 3BXWA 3GBEA 1CLXA 5JBDA 2EO7A 1GJWA 4L4OA 1GPFA 1CGWA 1EO7A 4LYRA 4GQQA 3O6AA 3POHA 3WD1A 4PBGA 3VO0A 3VM7A 2WMGA 4XZBA 2XSAA 3PTQA 3UCQA 3PZQA 5KZ6A 1MW2A 2XFRA 2WMIA 4WSJA 2CITA 3ZT5A 1E6RA 3AMKA 5M5DA 4LXFA 4CCEA 5FCZA 3CGTA 4MB4A 2D3LA 1W1VA 1UD6A 4M80A 1TG7A 2ZUMA 1EIBA 3S6TA 1LWJA 1FH9A 2OWCA 3WF4A 3TONA 3VD7A 1NH6A 3M7SA 1H0IA 2E0PA 3T09A 4YPJA 3W25A 7A3HA 5I79A 1QW8A 1CXEA 3N13A 5A2AA 3APGA 5GNZA 5IDIA 1BSIA 2EPKX 5BXSA 5BYWA 5C70A 2XIIA 1KBKA 4U33A 3U7BA 3VMOA 3N18A 3FAXA 4N42A 3AOFA 1CPUA 1E5JA 3ARUA 2CKRA 4M24A 5D4YA 1PBGA 1FHLA 3N11A 3WBEA 3KL0A 1OSEA 1B0IA 2W62A 3DHUA 1C91A 2JIEA 2WMKA 1E71M 1X6NA 2V3EA 2VT0A 4PMZA 5JH8A 3UR7A 2DH2A 1W3LA 3OLGA 3TTQA 5HNNA 1WO2A 4UOJA 2D24A 4P8VA 3WQWA 1XD0A 1OBAA 1W9BM 2VRKA 2EPNA 2XGBA 4AZ6A 1B3ZA 4QCEA 1KWKA 1VBUA 3VIOA 3DYPA 1YHTA 2YBTA 2WMHA 4E4PA 4DWSD 3AHTA 5I0DA 1C3FA 2CHOA 1OT2A 4HA4A 5LA1A 2F61A 3A4XA 1JZ8A 1TE1A 4JFUA 3SUSA 2JALA 2XVKA 4M81A 2DSVA 1YQ2A 1BYCA 1JZ6A 1V0LA 1VF8A 4Z2GA 2YDRA 4KGLA 3U7VA 1OB0A 1L8NA 1V6XA 1IT0A 3VIFA 4H7VA 1UKTA 3SCUA 5E70A 1UH4A 1HJVA 1CEOA 3M46A 1EOMA 1XCXA 4AD3A 2UY5A 4FF5A 3CZJA 2GJXB 2J7DA 4QLLA 1H49A 4CN4A 5ECUA 1OIFA 4UQDA 3WFZA 4PTWA 4AD1A 3CMGA 4Z2HA 4F8XA 1CXKA 5A8MA 3VILA 1MQQA 4W86A 1HXJA 1FFRA 3GNOA 1NP2A 1SMAA 1FH8A 1FH7A 2XVGA 5CLWA 2CNCA 3WENA 5JIPA 1HJXA 3L4XA 3OLIA 1GJUA 1SYTA 2XFYA 3WQ6A 2GUYA 1E3XA 1W9VA 3S2CA 1PZ3A 2GJXA 1KCLA 4KGJA 3MUIA 2WKGA 2WBKA 1UD3A 4PCSA 3OLDA 4GZJA 1VIWA 3ARPA 2J62A 5AY7A 3W0KA 1CBGA 1H0GA 2VZOA 1KGXA 3WF1A 1D2KA 2FHCA 3QHOA 1PAMA 2W61A 3VKKA 5CG0A 2WVUA 4TVDA 4W88A 1MXGA 4J27A 2YBUA 3OA5A 2BS9A 2BHUA 1UR8A 1AQHA 2MANA 4DWSC 1WPCA 4AIOA 3SUUA 1BGGA 3L4VA 1JD7A 3WEZA 1QNPA 2JEQA 5CPSA 1GOWA 1UR4A 3AIUA 4BQ3A 1V3IA 4W5ZA 1W32A 1C8QA 3VGDA 3FHQA 1FP8A 1HT6A 4M29A 2TAAA 3L4ZA 2X05A 1E6QM 3BAXA 1LG1A 2J8FA 2WHMA 3IAPA 3ZIZA 1XD1A 3QOKA 2G3IA 4V2XA 1W2PA 3T08A 1K9TA 3PTMA 3AROA 1MFVA 1JYXA 3WY1A 4FMVA 1E0XA 1C7SA 3F5KA 2C8NA 3WQ5A 1UWRA 4H04A 1G0CA 1QI3A 1C92A 2XTKA 2F2HA 2VOTA 5M3WA 3PZMA 3EDDA 4QCFA 1VB9A 3SUTA 4WK9A 2VTFA 3N9KA 4PTXA 2J7BA 4PMUA 5BRQA 4DUVA 2WNWA 4H41A 3AXXA 3KEHA 5E6ZA 5D8ZA 3ZR5A 2ESCA 4JZ5A 2ZUVA 1QNSA 3U5YA 2OLHA 4J3XA 1EO5A 4AISA 3MUY1 1XSIA 4CU8A 1E4IA 4WKHA 1GQLA 4P7OA 2J7CA 5E0FA 3SURA 5AYBA 3L4TA 2VVSA 3VM5A 1Y7VA 1QBBA 4PMYA 5FL1A 3SCTA 1UR0A 2PWGA 1JG9A 2QPSA 1KXVA 3B8SA 3GBDA 4CU7A 2OWXA 4MNJA 1HKKA 2ZOXA 5DFAA 1W9PA 4ZEPA 2PWFA 5A69A 4UQCA 1QI0A 3AHVA 2PWHA 1GOMA 1JL8A 3RM4A 1M03A 5FL0A 4WKFA 4HOZA 5A6LA 1KGWA 2Z1KA 3WDHA 2CCRA 1W3HA 5EMYA 3UG4A 4R27A 2YJQA 4HZ7A 2PC8A 1NARA 2NT0A 3G6LA 1JYVA 1R85A 3ARYA 1KQYA 1QOXA 3AS0A 4R5EA 1GHRA 2FGLA 1V3LA 2WBGA 4OZOA 4FLRA 1B2YA 1JZ7A 1WB0A 2VI0A 2W91A 4J28A 5GNYA 4AY1A 2NT1A 4HMEA 4QLKA 4XB3A 5IXEA 4TTUA 2GK1A 1G01A 3ARTA 2WKLA 1GUVA 1G5AA 2BVDA 3WUFA 2YL5A 4CD7A 1MQRA 3WF3A 1OGGA 2O92A 3T2PA 1E70M 3WSUA 4H8HA 4ACYA 1QI2A 1FHDA 4F9DA 2V3DA 8A3HA 2DPEA 2ZX8A 4GO8A 2YKKA 3GNPA 1U33A 4MADA 2D23A 3VDBA 5DMYA 4PEEA 1R87A 2ZXAA 2F8QA 4P8XA 2RGMA 1IV8A 2PWEA 4W5UA 1B1YA 4WKAA 5CLTA 3VIKA 2ZE0A 3ZMRA 1Q4NX 2AOSA 2CBJA 1K6AA 4UFMA 4OIFA 4NSBA 3ARXA 1C8XA 3WD3A 3WD2A 2XVNA 3SIMA 4JFWA 1JXJA 1LL7A 2XM1A 4D6DA 2OWWA 3IK2A 1TMQA 3AI0A 1G1YA 2G3NA 1BF2A 2J75A 2WPGA 4HA3A 4IUGA 2XWDA 1J0ZA 1W9UA 1E72M 4XUYA 3TTYA 2DDXA 2BVTA 2QF8A 1V6WA 5LA2A 1WZAA 2EQDA 3W4RA 2DT0A 3SCNA 1UD2A 2B31A 4ZXOA 1D3CA 3SCOA 1FOBA 4AZGA 4CN1A 1VJZA 5A6AA 1UQZA 1GOQA 3FNDA 4W85A 4AXNA 2Y2WA 1JZ4A 1WZKA 3ZO9A 1DP0A 3EDKA 4D6HA 1GQKA 4HU8A 1M53A 2FDMA 4UCFA 3QGVA 3M6DA 2ZUTA 2DT1A 1UA7A 4HP5A 2ZICA 4PMDA 3FHAA 5A6BD 1HF6A 3VVGA 3BLKA 1CZ1A 1J0YA 2IXUA 6A3HA 2O9RA 2WLZA 1A3HA 3BMVA 5AC5A 5CSYA 1Q6GA 1Z32X 3K8KA 1JYWA 4B15A 3DC0A 1E0VA 2BY2A 3L4YA 1C93A 5I3DA 1DTUA 4D72A 5AYIA 1KCKA 1KGUA 1EGZA 2HISA 3PZVA 1Q6DA 2E9BA 1KBBA 1X1NA 2E9MA 3AFBA 3AIQA 4EK7A 3W53A 2WSKA 4HTYA 3A4AA 5EFFA 2GSJA 1EDGA 1CGYA 1UKPA 1LJYA 2W5FA 5JIWA 4Z2JA 2X2YA 5GQBA 1V3MA 2Q8XA 3VDAA 4MPKA 1B3XA 2XFFA 2WMIB 2DGAA 2O9TA 2EJ1A 3IJ8A 1D7FA 2CBUA 4TVCA 1XSKA 2YLLA 1KXTA 1KR0A 4AIUA 1HJQA 3CLWA 1E56A 5LYRA 1J0IA 4DWSA 2JIWA 3WNLA 3T0DA 2DSZA 3WEMA 1KB3A 2J25A 3CO4A 3OG2A 4MJ2A 2VZVA 2OSYA 5A8OA 5A95A 2Y5EA 1KXHA 3OGVA 4C7DA 1JI1A 1E6PA 1JIBA 1JF6A 3ALFA 1B30A 1GOKA 1WKYA 3WH9A 5BRPA 2UY2A 1J12A 1WAWA 1EOKA 3W26A 1BHGA 3VMPA 3AQUA 1CDGA 2XHYA 3BSGA 2ZX5A 4WF7A 1Q6FA 3ARZA 1W1PA 1WP6A 4ZXLA 2FH8A 4RE3A 1LWHA 1XH0A 3TA9A 3F5JA 1ISVA 3WIJA 3ALGA 3II1A 3FW6A 5D9MA 1RP9A 3CZKA 4BA0A 1LQ0A 3AIEA 1GCYA 3AIWA 2EXOA 3CHEA 1ZU8A 4P7LA 3I3BA 4V27A 2J78A 1BTCA 1OCQA 1V0MA 4PRWA 4IM4A 5EB8A 1XC6A 1XGZA 3A47A 2D3NA 4KH2A 4GINA 2DSWA 1HKMA 4QDMA 5I6SA 4GPNA 3GM8A 3K46A 1V0NA 5BWFA 3M07A 3OZPA 2VUYA 1N82A 1E0WA 3RCNA 2J7FA 2JEPA 1W9XA 3W29A 4Z2IA 1V6UA 1OGBA 3GDBA 4M82A 1OIMA 5ABGA 1I1WA 1NOFA 1V6VA 3PZTA 3UERA 3TTOA 1WNOA 4NF7A 3WNPA 3ZJ6A 3KL3A 1ZL1A 4OOZA 4AD5A 1K9FA 3W82A 3W6LA 1BVNP 4J3WA 2VL4A 1J9YA 3MSGA 1HKIA 4K68A 3SCQA 3AXHA 4Z2KA 1J18A 4NRSA 4J3VA 1NWSA 4JL2A 1DWFM 4W7UA 4Y7EA 5HDRA 3EMQA 1J10A 2VZTA 3WDIA 2VC9A 1KFWA 2FHFA 4UZSA 4XZWA 5HBFA 1H1NA 3UESA 5A8PA 1UKSA 1XRVA 1UWSA 4UOQA 4FLOA 2CXGA 2OYKA 3VD9A 1ZB5A 3PZ9A 1Q6CA 4NI3A 3DHPA 1EQPA 3AMCA 2QMJA 3NDZA 1QPKA 3PZIA 1CGVA 4D6EA 3WMBA 2QV4A 1TR1A 1H3GA 4CCDA 1XCWA 1E73M 3HMCA 4CVWA 1ZBVA 4CKQA 1GOIA 1JZ2A 1DWIM 2DSUA 2XVPA 1UZ1A 5JBFA 1OGSA 3ZJKA 4W93A 1I75A 3VTRA 4AMCA 2QHAA 1J0KA 3WL1A 4ZFMA 5EFDA 1WDQA 3WFLA 4GO9A 3ZQ9A 2BNJA 2E8YA 3FXYA 4AZCB 1B3WA 3VD3A 1WDRA 3GH5A 5DF0A 2EPMX 2BXZA 4HPGA 3PZOA 4QP0A 2XJ7A 1QBAA 2AAAA 2D1ZA 1W3KA 2FH6A 4BQ4A 2G8ZA 5FKYA 2QMKA 3L4UA 1ITCA 2AMGA 1PX8A 4D6IA 3MSDA 1V08A 4W8BA 1BPLB 1CYGA 1MW3A 4PUEA 1VEMA 2E4TA 2FHBA 3AS1A 3RJYA 2VCBA 3CUJA 4JHOA 5HOSA 4AZCA 4MAZA 2CESA 2J7GA 1JD9A 2V3FA 3VIGA 1MVYA 1E6XM 1UOKA 3BAYA 3OZOA 1K9DA 3F5LA 4ATDA 4AEEA 3EYPA 1ISXA 3DECA 4MAVA 4FLQA 1W1YA 1GQJA 2D2OA 1XH1A 2VJXA 1JGIA 4AD4A 2WLYA 3BSHA 2EPOA 5E09A 4B3KA 2D22A 3IANA 4LX4A 3MKKA 1AQMA 4AZHA 4OOUA 4UQEA 3WELA 1CWYA 3W37A 2WZHA 4URIA 1CENA 1QVBA 4QAWA 1LG2A 5ABHA 1DWJM 2ZX9A 4UNIA 4HU0A 3VGFA 3SCPA 4AD0A 2GJPA 4M8UA 2DH3A 4XX6A 4QFUA 2OSWA 4RE4A 1E9LA 3OGRA 4GI6A 3MUZ1 1CXIA 1WCGA 2DEPA 1JNDA 4CCCA 2VRQA 4P8UA 3AS3A 3PBGA 5A6KA 3AIVA 4P7NA 1QHPA 1TA3B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4KRU A;  4UTF A;  1KR1 A;  4TX6 A;  3UG5 A;  1EQC A;  3N12 A;  3NYD A;  2W92 A;  4A3Y A;  3RIK A;  2PB1 A;  1MWO A;  1UWT A;  1H4P A;  3DYO A;  3WNO A;  5CSU A;  1ZBW A;  2GJR A;  3GNR A;  2CEQ A;  3AIR A;  2XIB A;  2CHN A;  2VNC A;  2X0Y A;  2JE8 A;  3OIH A;  3GXI A;  3WNK A;  1E1E A;  3WH7 A;  4UFK A;  2WVT A;  1MYR A;  1ZJB A;  3MU7 A;  4L4P A;  2VZS A;  3QR3 A;  1LL6 A;  1JI2 A;  1J01 A;  3WD0 A;  4YN5 A;  4U5K A;  2WAN A;  3NIY A;  4TX8 A;  1JF5 A;  1R8L A;  4E8C A;  2VUR A;  5CJ5 A;  4B9Y A;  4DM2 A;  2VX7 A;  1BFN A;  4H8V A;  3ZST A;  3BGA A;  4OBS A;  3G6M A;  1H41 A;  1XHG A;  1VEP A;  2A3E A;  1AMY A;  1ZJA A;  1M01 A;  1P6W A;  1IZK A;  1MQP A;  3K1D A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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