5CKSA

Dahp (3-deoxy-d-arabinoheptulosonate-7-phosphate) synthase in complex with dahp oxime.
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
346
structure length
339
Chain Sequence
NDDLRIKEIKELLPPVALLEKFPATENAANTVAHARKAIHKILKGNDDRLLVVIGPCSIHDPVAAKEYATRLLALREELKDELEIVMRVYFEKPRTGWKGLINDPHMDNSFQINDGLRIARKLLLDINDSGLPAAGEFLDMITPQYLADLMSWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGTIKVAIDAINAAGAPHCFLSVTKWGHSAIVNTSGNGDCHIILRGGKEPNYSAKHVAEVKEGLNKAGLPAQVMIDFSHANSSKQFKKQMDVCADVCQQIAGGEKAIIGVMVESHLVEGNQSLLAYGKSITDACIGWEDTDALLRQLANAVKARRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
publication title Potent Inhibition of 3-Deoxy-d-arabinoheptulosonate-7-phosphate (DAHP) Synthase by DAHP Oxime, a Phosphate Group Mimic.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 120
structure length 339
sequence length 346
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5cksA00
1EWDA 4G1KA 3G18A 5U7SA 5LNRA 1QPOA 2CFFA 2B7NA 1VQTA 3MYPA 1EP3A 3Q94A 3A23A 3IGXA 5H2ZA 4OQVA 3A5FA 3E0IA 3OVRA 1IXQA 1LP6A 3S5YA 3RLVA 3P62A 1IF2A 5HULA 4K8EA 3LCHA 1GYNA 1TV5A 2I14A 5AHLA 1R2TA 5CZ0A 4CQAA 3L5MA 1G7UA 2ZA3A 2WQPA 2NUWA 4JTLA 3EXTA 5DELA 3Q2DA 4XTDA 1H5YA 3TSMA 1EX5A 5EBUA 3M5ZA 3NM3A 3MHGA 1KFKA 4JNMA 3W23A 1MSSA 4H3DA 3M6YA 1OYCA 3DZ1A 4UTJA 1G4EA 1QMLA 5CPLA 1AL8A 5I3FA 3R13A 1SW0A 2BSLA 5D38A 3OBKA 1OFQA 3L5LA 4R33A 3VI2A 2Z0IA 3E9AA 1WBJA 5IM51 3W7QA 1FWTA 1OG0A 1SQ7A 1QO2A 3GDLA 3P74A 3UWWA 5FEZA 4X2RA 1X7FA 5C5YA 5F4XA 1K3UA 3WJXA 4PL1A 2XN0A 2A85A 2CWNA 3NQDA 4PCFA 5D37A 4DO6A 3NG3A 4AF0B 3DFTA 3VCRA 1XFBA 5DCEA 3IRDA 4FXRA 3G1AA 1YTEA 2OZ0A 3W1RA 4AVFA 5AC6A 1KW1A 3UY7A 1DL3A 5HQEA 3L65A 2W79A 2I9EA 4GUJA 1DBTA 4O13A 2PCQA 3FOKA 5F2GA 1H1ZA 1JUBA 1DHPA 2WO5A 3TQ0A 1SO3A 4ZQNA 3FJ6A 4DPQA 1UUMA 4N6FA 2QKFA 2W6RA 3KHJA 4MJZA 4JDYA 1KTCA 4IJBA 3S6DA 1JUKA 3FYOA 4S2CA 3A9IA 4LS2A 2KZHA 4D2JA 1QFEA 4WOZA 2TRSA 2C6QA 3EWYA 5AHNA 2GJLA 1SSGA 4MYXA 4O50A 2DU2A 4KFNA 4O53A 1OFAA 4MZ8A 3L67A 4UTLA 5I3GA 2E09A 3G8RA 4P61A 1XBYA 2ABBA 3NYZA 2WOQA 1F6PA 2R8WA 3LGEA 3SGUA 3M1ZA 1S3HA 3DI1A 1KA9F 1K7XA 5LNVA 3TCEA 2DZWA 3W7DA 3LCWA 3RFAA 1Z41A 3LCGA 3LOTA 3NQVA 4LVDA 2WSRA 5KSWA 4XBSA 2JGQA 2NXHA 3KVMA 3R5EA 2ZZ4A 4ICNA 1TCDA 3G22A 2ZZ1A 1E51A 1PE1A 1ZCOA 1B3OA 4FO4A 3HOJA 2ZCGA 1AMKA 4FX7A 1AW5A 1DQXA 4BI5A 3NPVA 3HPSA 3NL2A 4WD0A 1QPQA 3IGSA 1RQHA 4GUFA 1JULA 3N2MA 1Z42A 4K8HA 2CZDA 1YDVA 2C18A 1CI1A 4RCXA 3PBUA 4RK8A 3C8FA 5AHEA 3RK8A 4M6VA 1KFCA 1ZNNA 4NT0A 3NVTA 1I2QA 3QPYA 1O5KA 1TQXA 4OT7A 3S0CA 4UR8A 4M7SA 1VYPX 3BV4A 2DZPA 4HIBA 1T99A 1T8XA 2GVLA 3GAYA 3FYPA 3LHVA 1DORA 3NXFA 1IXNA 5D05A 4QAIA 5AOUA 1YYAA 4W9TA 3CIXA 3GNNA 3O05A 3OVQA 1WXJA 3NM1A 1H63A 1M7PA 3B0PA 3HG2A 3O07A 3BPWA 3DHFA 2Y61A 1XUUA 4RXGA 2AGKA 4NX0A 2RDTA 3BARA 4FB7A 1WYIA 3O6DA 4K7VA 5D2YA 1S5TA 2QF7A 3R12A 3W7IA 1UUOA 5D33A 3KRUA 3PG9A 4N2YA 5LHFA 1TPWA 2RDUA 4ZQMA 5F2LA 1L6YA 1QPRA 5LZLA 1W5MA 3NQ6A 4NJIA 2V2CA 4CCCA 2DP3A 3EWXA 5D2XA 3RNDA 1OJXA 3ATYA 3W1TA 3SJ3A 2H3DA 3SFKA 2EAWA 4IMEA 4O1AA 2P0OA 2E6AA 1J2WA 1L9WA 2V30A 4O8RA 4JY9A 1TQJA 2Y70A 2V9DA 5DXYA 4ZQRA 3GYEA 1GPWA 4JX5A 1ZFJA 5CGQA 2QAFA 5LGZA 2TMDA 3TW7A 3GDMA 4MVAA 2V5LA 1LORA 1LLZA 4IPJA 3W3OA 4PFMA 3STCA 5KMYA 3CB8A 3PAJA 1FWRA 4GE8A 2Q8ZA 4POCA 1THFD 1RR2A 3ANYA 3O63A 2J24A 1N7KA 4IGHA 3G1HA 3TMLA 4E0CA 4OV4A 4AHQA 3CQ0A 3GAKA 1W1ZA 2NUYA 4Z1DA 5EA9A 3LRLA 3PY2A 3KVKA 1YXDA 1F76A 3PWAA 4UXDA 5D32A 1LRNA 3M9YA 4WZHA 1YTDA 3EB2A 3QEZA 1MEIA 4RLIA 3PS7A 1LBMA 1ICQA 2YFNA 1L6SA 5C6MA 1BTMA 4K37A 2PURA 2FPYA 1R47A 3F4WA 5F2IA 3VFLA 3W6YA 1W3IA 4JYEA 4QNEA 1SW7A 4ZL1A 3DXIA 5SWUA 3F1QA 1P0KA 4AHOA 3M47A 3KAOA 3HIJA 2QCGA 3BG9A 4GBUA 3AJXA 4BWLC 3IGUA 3B04A 2QJGA 2QDHA 3QJAA 2CLLA 1SPQA 4LT9A 1LYXA 1O5XA 2A7PA 4Q32A 3ABOA 4UTTA 3PULA 4R53A 4MFDA 3IIVA 1SFJA 3DFOA 2HSAA 1ADOA 1WA3A 1VH7A 1PHWA 3VNDA 2VXNA 2WJZA 1BKSA 4ZZ9A 4FHAA 2VOMA 3U6WA 1KTBA 1W56A 3NQAA 4OBTA 2B7OA 4JTTA 1G69A 4Z0JA 5CKSA 1W0MA 4ONVA 2Y6ZA 2YW4A 1H50A 4DBEA 1QWGA 2ABAA 4MY8A 3SW6A 1QR7A 3W1LA 1KM2A 3TV8A 1GWJA 5D02A 1ZAIA 2E6DA 3W2NA 2QJIA 5L9FA 3CEPA 2O7QA 3NQ8A 5C2XA 1GVOA 2YXGA 4JIPA 3N3MA 2ZRVA 2CLFA 1AW1A 1W54A 3M7WA 3N73A 4WY0A 2LLEA 3HGOA 3HJZA 1LTDA 3WJSA 3GXPA 4NXSA 1TPB1 3HB9A 3NQ7A 3BW4A 2RHGA 4AWTA 3A5VA 1ALDA 4FF7A 1P0NA 2ISSA 3CHVA 2Y7FA 5FF4A 3QPZA 4MUZA 1XCFA 5BOOA 1XL9A 4C1KA 1FDZA 2X1RA 4RXFA 2BTMA 5ABTA 1JCYA 1UB3A 5DBTA 1TREA 1RVGA 5LGXA 1ICPA 4ZQOA 1B57A 3ABSA 1H7OA 3MI3A 4YCOA 4UFLA 1NFBA 5F1UA 4CCDA 2C1HA 3LERA 2C14A 4GXMA 2DZTA 2WNNA 1TPFA 3LHUA 2FLIA 1F7BA 2GVGA 3BW3A 1FWSA 3L9CA 1LOQA 3UXDA 2PRHA 2JKPA 2TYSA 3DH7A 5KINA 1O94A 2WNZA 1RD5A 3BO9A 3O6CA 3T7VA 3LCXA 3TDFA 5EL1A 4BR1A 4FNPA 4ADSA 1VCVA 3NPUA 2VFGA 3G1FA 3C2RA 1FCVA 2YDAA 2OT1A 1XKYA 3M5YA 3ELFA 1O95A 4N4PA 4NVTA 4C1LA 3KOFA 5IBXA 3LHWA 3INPA 4DO5A 3MMTA 5DBUA 4O1BA 3NO5A 3TSBA 4YXGA 1IGSA 5K9DA 1YXYA 4NQ1A 4O16A 1JRCA 4X9SA 2ZRXA 4UMCA 2QCDA 4LWWA 3NL3A 2V5BA 4QJ1A 3LTSA 3TIMA 5FEXA 4UNLA 1A50A 4LOCA 3TFXA 5KTLA 3I7QA 1TJPA 2BWGA 4LS1A 3QQ1A 3MP4A 4JYDA 3UWQA 3G24A 3LXCA 3W22A 1ZJIA 1TTIA 5C54A 2O7SA 3I68A 3UWYA 4MYAA 3WK1A 4ALDA 2YR1A 4TIMA 1TPUA 2CU0A 2FFCA 2VENA 3W85A 4NNBA 1EIXA 4Q4KA 3W7LA 4O4VA 4WUIA 3IVTA 3T4CA 2TSYA 3NR0A 3Q37A 3TC6A 2YX0A 3I7RA 2QEZA 2YSWA 1DJNA 2B7QA 2DJXA 2QUVA 4A21A 2HS6A 1LOLA 3G1SA 4IOTA 4LW7A 4NNAA 1K8XA 4NU7A 3DBPA 3CT7A 3CIWA 3B0VC 1WX0A 1NVMA 3GB6A 3P84A 5KZMA 2QUUA 1O4UA 4UTUA 3AO0A 3GVGA 3PSVA 4WXYA 2GQ8A 1FCBA 3NZRA 4GWEA 5TBOA 1H1YA 2DZUA 3SIZA 3CU2A 3LHZA 5LSMA 2DORA 3L2IA 3TXZA 2B7PA 5I3HA 3UYCA 4Y96A 1LCOA 1SZEA 4IXXA 5K4XA 2QCLA 5HR6A 4UTMA 2NWSA 4IPIA 2ZA2A 2ZZ7A 4LNYA 5D2WA 5CPOA 3PBVA 3N9SA 4QNWA 3IVSA 2QDGA 2X1SA 3EXSA 2CLHA 2VEKA 4M5PA 4GFSA 1LROA 1OX6A 4A22A 1TB3A 4H6KA 4QQ3A 1WAUA 2Y7DA 3W84A 3HPZA 3EWBX 3O6YX 3M44A 1GOXA 1I2RA 2B4GA 3QC3A 4I7WA 1I4NA 2EHHA 4O0KA 1KM6A 1LOSA 3PM6A 4NUWA 4UNKA 3W7HA 2ISVA 5HJLA 2E6YA 3C56A 3RF9A 2FIQA 4YLWA 3N2XA 2E5CA 3EX3A 1OFPA 5EPDA 1QNVA 1J5TA 3B8DA 4RZ6A 1TTQA 1ZY9A 2CLEA 5D04C 4IMDA 3S5OA 1UBSA 3TR2A 2Y85A 5BNKA 1VR6A 1OF6A 3W07A 4QISA 4L4LA 1YPFA 3W1UA 2CZFA 3DKLA 3EEGA 3E12A 3FA5A 4DF2A 1K8ZA 1TPC1 1GG1A 4GUIA 4BK9A 3TE9A 5F4WA 1HL2A 4KFPA 3LLDA 1KFLA 1H51A 3P8JA 1LBLA 1W8SA 3E96A 2X2GA 3T44A 1KM5A 3UPBA 3W88A 4HT3A 4MZYA 4U28A 3EX2A 4Y8FA 4MY9A 4ZQPA 4LC6A 4BWLA 3TH6A 4RZ5A 2ZTJA 3W75A 2Y88A 1FQ0A 4HNUA 3G1DA 3NPXA 4GUGA 1R2SA 4XTIA 3LRMA 1A53A 1PCKA 2V82A 4HNNA 3WK2A 2G95A 1YTKA 3WK3A 2XN2A 3N14A 3TU9A 1XBXA 3TKFA 3ZWTA 1TTJA 4OHQA 5K3VA 1FDJA 4JGDA 4MLJA 4TX9A 2ZRWA 1L6WA 5K9XA 3G3MA 3O06A 2Q8LA 2EF9A 4MJMA 1HO1A 3O1NA 1K02A 3H54A 3QM3A 2F7FA 4FX6M 4YL2A 2DZSA 3PR2A 4FIQA 4NNCA 3E02A 4AHPA 3LCFA 2FPTA 4QITA 4LUJA 3DFNA 3G1XA 4O12A 1EWEA 2BXVA 3G1YA 3QMTA 1X1ZA 1F2JA 4HHPA 4I7UA 1DVJA 4NZFA 1V7YA 5L6UA 1U83A 3W2JA 4K7YA 1GTEA 4N9BA 3GXTA 1TPEA 3MBDA 4JN6A 5AFDA 3LDVA 2AQWA 4FNSA 3HG5A 4K6AA 3LHTA 1QDSA 1Y0EA 4DEFA 2EPHA 3PF3A 2ZFAA 3OIXA 2EKCA 3PSWA 1OX4A 1G4SA 2A6NA 1I2PA 1DQWA 1W5PA 2GUUA 4E38A 3PVFA 4X3ZA 1LM1A 3W7CA 3DI0A 3GK0A 5F1VA 2FB2A 5EY5A 3KRSA 4WX2A 1IXOA 1JCLA 1WBHA 4JDBA 4UMBA 5T26A 3DFQA 1WQ5A 2C3ZA 2GPTA 4AH7A 2CLOA 2P10A 3HPXA 4O11A 1KLYA 2VEMA 1G4TA 4MKNA 4MPQA 2OT0A 1TPVA 3B0UX 4M6QA 1RQEA 2CZEA 4ZMGA 2X16A 1H61A 4X22A 4A2RA 1A5CA 3L66A 1FY6A 4O52A 3G3DA 4JTFA 4PODA 3W7GA 4N9CA 5E93A 2GQAA 5HINA 1LRQA 5D2TA 1Q3NA 4JTKA 3TAKA 4N02A 2HMCA 3W83A 4O57A 1OFDA 1YDNA 3O16A 2TPSA 3IIXA 1LRTA 3QMRA 4LV9A 1EPXA 3TA6A 3UD6A 1KM3A 1OYAA 3PUEA 2A0NA 3LV5A 1VPXA 3B05A 3L0NA 3LRKA 2VFDA 3W7PA 1MXSA 3TQKA 4UIOA 1ZALA 3N34A 3C61A 3R2GA 4N6EA 4WY0B 1Q6RA 1VRDA 1RQBA 4MY1A 3PUDA 2FDSA 4EVZA 3HO8A 5KZDA 4PA8A 3P80A 4HSOA 4P2VA 3OA3A 1K7FA 4Z1BA 1VS1A 3TK7A 4Y6GA 1K7EA 1XBZA 1TYGA 4FNQA 4JXCA 3SSJA 1LLWA 1CW2A 1M5WA 5G4WA 1I45A 4QIUA 1DKWA 3Q58A 1G4PA 1RZMA 4DBDA 1G67A 1KLZA 4JICA 1H7PA 3MWAA 1TRIA 2ALDA 1NSJA 4I9AA 2FPVA 4LU0A 3W1MA 1SU5A 1GVSA 1JQXA 1CX9A 1A5BA 5DCDA 2JGYA 1GT8A 3QF0A 3TJXA 3MUXA 4OWGA 3QSRA 3ZFHA 3C0JA 4TR9A 3HMJG 5DY2A 2RFGA 2A2IA 3L5AA 2H90A 5G2WA 4IMCA 3W2MA 2A1YA 4ADTA 1LDCA 4TU1A 5A8GA 4NZJA 4ORMA 1LBFA 3DHDA 1Z48A 2C16A 3HQ1A 3V75A 1AG1O 3NQEA 3W9ZA 2BX7A 1ME7A 3W7NA 1PS9A 4JY8A 1OHLA 5FF7A 3UWZA 1TPH1 4ORIA 2FB3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LNR A;  1VQT A;  1OG6 A;  1EP3 A;  3MYP A;  1T7L A;  4Z2H A;  5H2Z A;  1E0W A;  4OQV A;  5HJY A;  1R3T A;  4MB5 A;  1E6S M;  3P62 A;  1IQ8 A;  3FVD A;  4Y7E A;  3WEM A;  3LCH A;  2I14 A;  1TV5 A;  2DQX A;  5AHL A;  5CZ0 A;  2ZA3 A;  2NUW A;  4JTL A;  4F40 A;  5E5C A;  1G5A A;  4XTD A;  3M5Z A;  8A3H A;  3WLS A;  5GJM A;  4B92 A;  3M6Y A;  3DZ1 A;  3VKC A;  1G4E A;  2CBJ A;  4NL1 A;  4A8N A;  4QAW A;  3R13 A;  5AEC A;  3ARW A;  3FEQ A;  5D38 A;  5F7U A;  3VD3 A;  2VL4 A;  2C7F A;  3L5L A;  4RPQ A;  3E9A A;  3EDJ A;  3W7Q A;  4JQA A;  3T0C A;  1IT8 A;  4GAC A;  1JYN A;  1NWU A;  3S4T A;  5LA1 A;  3TOY A;  3UWW A;  1WB0 A;  4OZO A;  1K3U A;  4XD6 A;  1DTU A;  2BOE X;  2A85 A;  3UXK A;  4DO6 A;  1JZ3 A;  2XTK A;  4AF0 B;  3IRD A;  3G1A A;  2OZ0 A;  3ITT A;  1DWF M;  4EK7 A;  3OGV A;  1HQT A;  4M81 A;  4DXK A;  3L65 A;  2W79 A;  3ZVH A;  5BOE A;  1EYE A;  5C2C A;  3MQT A;  2IQD A;  1M7X A;  5DRI A;  3P0X A;  2RGL A;  2I57 A;  1ISX A;  3VZY A;  1O1H A;  4ZQN A;  2VMF A;  1W9V A;  1UUM A;  3QR0 A; 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