3PBY | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLSTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	88
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pbyA00

1G4SA 1H7PA 4XWUA 3O15A 3MHFA 4FXRA 2Y88A 4JTSA 5G1YA 4O1DA 4O14A 2F84A 1S5TA 2FPTA 2FIQA 4P61A 4FO4A 6ALDA 4DELA 1HUVA 2VFIA 5DN1A 1EWEA 1KM4A 4O8RA 3V1PA 4N4QA 3B04A 3W1NA 1QAPA 1FUYA 1TYGA 1H7OA 4GWEA 3I7QA 3KXQA 3MI2A 3S8HA 1XL9A 3M5ZA 4GUJA 4K8HA 4X3ZA 1WOAA 1I2QA 3GIYA 1GT8A 1Q6QA 4JTLA 1NAL1 5D30A 3OG3A 1QFEA 4WY0A 1FDYA 5K7JA 1SPQA 2NXGA 3E9AA 2JKPA 4MPQA 5AHEA 2C13A 2ATMA 5TQLA 3W83A 2Q3OA 1CW2A 1XBXA 3G22A 3LBCA 3W1UA 1NF7A 4CLMA 1KFBA 1TTJA 3TUUA 3WJYA 1W56A 2WNNA 3GNDA 1DQXA 4Y9AA 1N7KA 1F05A 2VOMA 3GDTA 2ZRXA 3KAOA 3L0GA 5CZTA 1KM1A 1OX4A 3WK2A 1FBAA 1XBZA 2C18A 2HTMA 1U5JA 1GVRA 3DI0A 3LHZA 3TV8A 2ISWA 3FA5A 3I7SA 2P0OA 3MBDA 3SECA 1GQNA 4E38A 2GVLA 3NDOA 4HNUA 3UZ5A 1YTKA 3PAJA 1EUAA 3QW4B 2PE4A 3QZEA 1OFOA 3A21A 3W2MA 2C1HA 2TMDA 2H3BA 5F2MA 1F6PA 1M5WA 2OCZA 5CGQA 3RF9A 1OFQA 4FF7A 3IGUA 3SZ8A 3HJZA 3P8JA 3QC3A 5AC8A 3LCGA 2GQ9A 4AF0B 3NZRA 2H90A 5BOOA 2WOQA 4Z1CA 1TV5A 3E0IA 4HHPA 3IVSA 2GPTA 4QM1A 3STGA 1VGAA 1OX4B 3T44A 3B0VC 3BG3A 5LNUA 1F7BA 2HS6A 3SR7A 1J5TA 3QF0A 1JQXA 4NQ1A 1LRNA 2E6YA 4K7VA 5T26A 1ICPA 2KZHA 3N2MA 3O07A 4JY8A 4TMCA 1QPQA 3G1HA 3CU2A 3W7MA 3UXDA 4ZMGA 4JY9A 3LM7A 4FB7A 2YX0A 3HPXA 3MMTA 1FY6A 1LM1A 3FLUA 1YYAA 4JTUA 4XBKA 1IF2A 2CLFA 3UZJA 4JYEA 3P81A 2VFDA 2E6AA 5I3HA 3SIZA 4FNQA 3OVQA 1ML1A 4RX0A 3W6YA 3QSRA 4IUOA 5G4EA 4IPJA 1GTHA 5L9FA 3PG8A 2QDGA 3R12A 3EX2A 1YPIA 1RQEA 3HG4A 1OFPA 1ONRA 3R89A 1HO4A 3L68A 4YWIA 4KFNA 2C14A 1VHCA 2DORA 1LROA 3PUEA 5LHEA 3DENA 2A1YA 4OGZA 5KZDA 3W1TA 2O7QA 3FYPA 3NQ2A 1TPB1 5IBXA 3W87A 4Y96A 3DKJA 3W76A 2OZ0A 2XN2A 4EWND 5FI8A 3C2OA 1QOPA 3GVGA 3MO7A 3W7DA 5AHNA 1WOBA 5F4XA 5BMWA 3EB2A 2NUWA 4IMCA 1EIXA 3NPXA 4UNKA 5HMSA 4IMEA 3ZFHA 1LOQA 3GYEA 4LUJA 4XBSA 4RV8A 4FNUA 4O1CA 3VFLA 2BTMA 1L2UA 2V82A 2FJKA 4IX0A 3W7JA 1LTDA 3EWZA 3CC1A 2Y6ZA 4ZQPA 3W1RA 3W7RA 2FPYA 3FIGA 3GLCA 1QDSA 2ISSA 1LZOA 1ZENA 5AB3A 1T99A 1FDJA 5F2IA 4MLJA 1F5ZA 5EYWA 4E0CA 5FEPA 1XBYA 1VYRA 1YTEA 4IGHA 2V5LA 3ZWTA 2NX3A 3W2KA 2ZA1A 4ZVJA 1QPNA 1I2RA 5A8GA 2J9YA 2A2IA 1DOSA 3WK0A 4A2SA 4UTTC 2GJLA 3VI2A 1FDZA 1W8SA 1Q6OA 2VFFA 2B7QA 4O28A 4ZZ9A 5D04C 3W23A 5HR6A 4MFEA 3N9SA 1NFBA 1QPRA 2FDSA 4TIMA 2OT0A 4M6PA 3KX6A 4JTKA 2NV2A 2FQIA 1BKSA 4PFMA 4A3UA 3PSVA 2V9DA 4JGDA 1WA3A 1S5VA 5TIMA 1G4EA 2NX1A 3L66A 2Z0IA 3INPA 1RZMA 2V2DA 3QFEA 1QWGA 4MY8A 3S5YA 3IGSA 1VCVA 3PB2A 2RH9A 3DHDA 3N3MA 1H61A 3PUDA 4JIQA 4H3DA 5HWMA 3TSMA 5FF0A 4HKPA 3JS3A 3UPWA 2TRSA 2JKAA 3M5XA 3LHTA 4CCEA 2CWNA 3M5VA 3GB6A 1GPWA 4QJ1A 3TFXA 4UFMA 1H7WA 2GOUA 4CQ9A 4N4PA 3QQ1A 3SFKA 1IXQA 4Y6GA 2VENA 4KKXA 4YMZA 1XM3A 3IIVA 3NL6A 3PUOA 1GG0A 3M41A 3LERA 3TDFA 3KVKA 4LS2A 3W07A 1JR1A 5G5IA 2A7NA 2ISVA 2CLOA 1E51A 3W7GA 2X16A 4QISA 3CEUA 2E6DA 3O63A 1KFJA 1QMLA 3Q58A 2H6RA 3EKLA 4YCOA 2VFHA 1PHQA 1OYAA 1Q6LA 2R94A 3DBPA 3N34A 5E93A 1TV7A 3LDVA 4IWWA 1DORA 5EPDA 3NL3A 5LNVA 1KV5A 1M7PA 5EKYA 4OE7A 1JCJA 4KWVA 1SSGA 1P4CA 3ABSA 3BK0A 3G3DA 5I3KA 3L9CA 1VHNA 2P1FA 4LTSA 1TIMA 5FEWA 4FNPA 4JD4A 3H54A 1FX6A 1FWNA 1V5XA 3HPZA 2WSYA 4RXGA 3TK7A 4FIRA 1TSIA 1M7OA 2QEZA 4TMBA 3O1NA 3FEMA 3YPIA 3W22A 1SW7A 4N6FA 3GXTA 1VLIA 4EOUA 4HNNA 1DL3A 3GNNA 5AYXA 1L6YA 1M6JA 3PF3A 1XC4A 3A5FA 3G1DA 1H7NA 1UUMA 2XN1A 4ADUA 2ZZ5A 4PL1A 5AC7A 2BX7A 1GZGA 3KVMA 3W7PA 1J2WA 1RPXA 3A22A 2ZFAA 3PSWA 3B06A 3DFQA 1ME9A 3BARA 3MUXA 2B7NA 4UFHA 3CWNA 2ZDRA 4CNNA 2VKZG 4IMGA 2BLEA 1S5WA 1DJQA 4AHPA 1FWRA 4ORMA 4IQLA 4JXCA 4MZYA 3NQAA 2B4GA 1XI3A 1TPH1 3HO8A 3SJ3A 5J5DA 3S5ZA 4O52A 2Y61A 4LVFA 2RHGA 2ZA3A 4UCGA 3G0SA 4JTJA 5HQEA 1N55A 2PRHA 4RKAA 2CZFA 3D0CA 5AOUA 4Z0JA 5AFDA 1H60A 1JRCA 3LCWA 3DFPA 1EP3A 1LDCA 1IXOA 3FJLA 4BI6A 5FF2A 2ZZ6A 3FS2A 3OBKA 1GJPA 1KM3A 4Z1BA 1P0NA 1PIIA 2G5WA 1LRQA 1GWJA 3NO5A 1TMHA 2FLIA 3NVTA 3OVPA 3LI1A 3GZ3A 3NQGA 3FKKA 3GAKA 5I3GA 2GUUA 3W2NA 4ML9A 5C2XA 5D32A 1KLYA 1LCOA 4NNCA 4C1LA 1KFCA 5KSWA 1MO0A 2UV8G 3QEZA 3EXTA 4NNAA 4PEKA 3W7NA 3O06A 1DVJA 3I7RA 4N9EA 2WO5A 3B8DA 3BLEA 1OFBA 3C8FA 4GUFA 5U4NA 3W2UA 3UQNA 2CFFA 3B4UA 2C15A 1B9BA 3ABOA 5F2LA 4LY8A 2ZRWA 3PBUA 3HGOA 3S42A 1Z41A 3BW4A 4K36A 2NLIA 4UTMA 3P7YA 4OV4A 1EA0A 2A85A 4NNBA 1SO6A 4K8EA 2ZZ1A 2Y70A 1EPXA 3NEVA 3CHVA 3O16A 1C9DA 4LV4A 3MW7A 5LNSA 1VC4A 3DI1A 3WJWA 4DF2A 4AMAA 3F03K 3DZ1A 3ELFA 3F4NA 3LOTA 1CX9A 1NEYA 1T96A 4BK9A 3W7EA 3KHJA 3OVRA 4IXXA 1TTPA 1B4KA 4NXSA 4OWGA 4DXVA 4JYFA 1GG1A 4O4WA 4FEZA 5CPLA 4LW7A 2V2CA 1XDLA 4MFDA 3UWVA 1JCYA 3FJ6A 1RQBA 4CCCA 1EB3A 1NSJA 5LHFA 3KVLA 4FNTA 2QF7A 4N02A 5AHIA 3EKZA 4XQ6A 1K7FA 2CLLA 1G6CA 1RR2A 4HN4A 3ANYA 3GKAA 3TW6A 7TIMA 1Q3NA 1TPEA 1NF0A 2RDUA 2V30A 4FX7A 1UUOA 2WNZA 3W88A 3QYQA 3FKRA 4Y90A 3E96A 3QJAA 1OK6A 4JTFA 1ALDA 1LRTA 4M7TA 4UMBA 1I8JA 5LKYA 3NG3A 3W2JA 3S1VA 3DHFA 1NVMA 4LC6A 2GQAA 1OF8A 2G95A 3UWZA 3W1XA 3W72A 1TQJA 4QSHA 1XUUA 1TJRA 2V0TA 3W9ZA 4ONVA 1KTCA 3TSBA 1VZWA 2QUVA 4Z1AA 3G1FA 3NGJA 4AF0A 2V81A 3STEA 3T55A 4UTTA 5GVJA 3UY7A 3NZ1A 3TSDA 5F1VA 2RKXA 3GXNA 5CPOA 4S2CA 3W75A 4ZQRA 4NZJA 2CLKA 2DZTA 3USBA 4UMAA 4QAIA 2EKCA 1OYBA 3L2IA 3C3NA 2WSRA 3TH6A 3W7QA 3UY8A 1FWTA 1DHPA 4JN6A 1R2TA 3TMQA 4O0ZA 1W5PA 1O94A 3PS7A 4BI7A 1QOQA 3M0ZA 1K02A 1GYLA 3HPSA 3TXZA 4BFAA 4O50A 5DELA 4WY0F 4JX4A 2C19A 4YL2A 3FFSA 5K9XA 1XKYA 5EA9A 3EEGA 4IOTA 4MKNA 4U4MA 3FOKA 1SZFA 2QUUA 3P62A 3UWUA 5IM51 3LGEA 3VCRA 3NOEA 4NU7A 5BW6A 1OABA 1YXYA 1TQXA 1SO5A 2QCNA 2VEKA 2ZQ0A 4K38A 3MHGA 1FXQA 2AAMA 2V2HA 4HPXA 4LV9A 3ZR4A 2DU2A 1D3GA 2ZRZA 1Z44A 3L0NA 4LVAA 3RLVA 1YPFA 3DU0A 2VEIA 4AHOA 3KRSA 1F6KA 3MWAA 2X1UA 2JGQA 1YLVA 4O17A 2ZA2A 4JTTA 3BG9A 2W0UA 4MLRA 3W86A 3S6DA 2YYTA 3OIXA 3LHVA 4XUGA 5J5RA 3QH2A 1UBSA 4KFOA 4AWUA 4X9SA 2X30A 3QMRA 5KZMA 2DZSA 2E77A 3G1VA 3TX9A 3C4UA 3GDRA 3E49A 1VR6A 5D05A 2NV1A 2H3DA 4MJZA 1SZEA 5D03A 1PHWA 1KFEA 3HIJA 1ICSA 3M9YA 3W73A 2DZWA 1DKWA 3C0JA 3NQ8A 1KM0A 1A5BA 2QR6A 3LCFA 4L4LA 4YLWA 3EX4A 4LUIA 2R91A 4GBUA 1BTMA 4PA8A 2AQWA 4XTIA 4DPQA 3LRMA 5D38A 1D3HA 4ZQOA 5AHMA 2JBMA 4N6EA 1JJKA 2CLIA 1BWLA 2QCDA 3TC7A 5D02A 1Z48A 5FF4A 1ICQA 5L6UA 2QJHA 1TV8A 4RXFA 1IXPA 1I4NA 3QPYA 2EF9A 3LX9A 4WQ6A 1QO2A 3UWQA 1VLWA 1VCGA 3Q37A 3GXPA 5E1QA 4UFJA 1LBLA 3T7VA 4MZ8A 4MJMA 2J9ZA 2Z2UA 3KFTA 4JTIA 5AYYA 3W85A 3RLUA 3AJXA 4UFLA 2CLHA 3IV3A 4IJBA 2XN0A 4B5NA 4WX2A 2Y7EA 3IVUA 4JDYA 1EUNA 4HNTA 4CNPA 5SWUA 2ZTJA 3TAOA 4CQ8A 3A5VA 5FF7A 1LP6A 1MEHA 1XBVA 1OK4A 3LCHA 1OG0A 2CZDA 5AC6A 5LNRA 3LLFA 2Z6JA 4DF0A 3P82A 2BWGA 2QCDB 5KZEA 2J27A 2DZVA 2DJXA 1OX5A 3L21A 3NAVA 5D2WA 5ABTA 3NQ7A 3EX1A 4UTJA 4JX5A 2WKJA 1TPC1 4DF1A 1WDWA 1AL8A 2C16A 3PM6A 4O54A 4HSOA 4JX6A 2A21A 4MIMA 1R47A 4A21A 1O5KA 1AK5A 1VJIA 3PBYA 3LCXA 1FQ0A 3G8RA 1J4EA 1K7EA 1XUZA 3DFTA 3LB0A 1K7XA 2VEPA 2BZNA 1A53A 1VPXA 2ZCGA 3S9YA 2CZ5A 3THQA 1AW2A 4TO8A 3SGZA 3W1PA 3P5ZA 1O5XA 4OT7A 2Q8ZA 2I1OA 4E2BA 3MYOA 2ZZ7A 3TE9A 3LHWA 3HMJG 3ABQA 3U6WA 5FEXA 1G7VA 1YTDA 1DV7A 3KRZA 1C8VA 1X1ZA 4TU1A 2X2GA 5C55A 3PY2A 3BPWA 4GNJA 1O95A 4BI5A 1F73A 1WQ5A 1FCBA 3HGSA 5TBOA 1YDNA 3HGRA 4FXSA 3QQ0A 2YSWA 4NJIA 3M5YA 3LV6A 3GDKA 3BW2A 3T40A 3ZS4A 2YGYA 4X2RA 2QJGA 3IIXA 1SUXA 2YW3A 1YADA 2P10A 3BLFA 3ZWSA 2H8ZA 2QCMA 1PVNA 3LV5A 3KRUA 3NM3A 1GYNA 1K8YA 5F4WA 4MZ1A 1X8FA 1PE1A 3O05A 3NQDA 3N14A 3H53A 2PC4A 4DPPA 3BW3A 3E12A 5C5YA 4LC8A 4ADTA 4E2DA 1XXXA 1IIHA 2WSQA 5DXYA 4PODA 1T0OA 4UTIA 1HO1A 4L4MA 4DBEA 1CI1A 4O13A 3L0KA 1OFRA 3B0UX 3W7KA 1TREA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PBYA

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