4XX6A

Crystal structure of a glycosylated endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/gh10) enzyme from gloeophyllum trabeum
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
PFETLRAAAAPRYFGAALGVPHLLNFTHDPLFDVTAVLQFNGATPENEMKWAYIEPERNQFNFTGGDIVAAFSAANDYVLRGHNLVWYQELAPWVETLTGEDLWNATVNHITTVMTHYKESFNIYAWDVVNEAFNDNGTYRENVWYTQLGPDYIPNAYAVARSVNTPSKLYINDYNTEGINNKSDALLAVVQSMKAHNLVDGVGFQCHFFVGELPPDLEQNFARFVAAGVEIAVTELDIRMNLPPSQADIEQQARDYATVVNACKAQGAACVGITTWGITDLYSWIPSTYPGEGYALLFDDNYVPHPAFNATIQALLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-xylanase
publication title Crystal structure of a glycosylated endo-beta-1,4-xylanase (glycoside hydrolase family 10/GH10) enzyme from Gloeophyllum trabeum.
rcsb
source organism Gloeophyllum trabeum
total genus 129
structure length 318
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2015-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4xx6A00
3T09A 1YQ2A 4CN4A 4WKHA 3BAKA 4KRTA 3AHTA 2VMFA 2VC9A 1PZ3A 2XG9A 4D72A 2WMHA 1E1FA 2JALA 3IK2A 8CGTA 1JF6A 1ZU8A 1E70M 1LL6A 5A94A 3THCA 1OM0A 2Y2WA 2WVSA 3VDAA 1MFVA 3UEQA 2DT2A 3HN3A 1C3FA 1UA3A 1MW2A 2DDXA 1WKYA 3RMEA 3K46A 2CIPA 2VX6A 4JFUA 4ATWA 5C71A 4XB3A 1TR1A 2D20A 1NM9A 1UD3A 3K4AA 1DWGM 4CCDA 1UQYA 1K9EA 4V28A 4FLSA 1PIGA 4HU0A 3UERA 2EPKX 3MO4A 1J12A 1W3KA 3B9DA 4PMUA 4X9YA 1R86A 1FH7A 4TX8A 4JFSA 3WDJA 1CDGA 4D6HA 3AZRA 2UY2A 3N15A 4B16A 3L2MA 3DHUA 4TOQA 3O6AA 4UOJA 5EB8A 1UKPA 4OKDA 4WK9A 4PMNA 3VTRA 2W66A 4YPJA 1LWHA 3L4VA 2F2HA 3WUEA 1GOMA 1CTNA 2CERA 4WJXA 3BAYA 4M24A 1G01A 2A3HA 4R27A 1FH9A 4M1RA 3GXFA 1HVXA 1OB0A 1QBBA 4GIAA 2WMGA 3AROA 1JD7A 1E9LA 2OSYA 4C7FA 1WP6A 4U3AA 1JZ8A 1W2PA 2Y4SA 2BVDA 3T2PA 4M80A 3UG3A 4Z2HA 4LX4A 3RM8A 1BPLB 3KL0A 4F66A 4GZIA 2ZWZA 1RH9A 2CETA 4JFWA 4MDOA 2OLHA 1E4IA 1NP2A 3TTQA 3D5HA 4GQQA 1QI2A 2OWWA 3GNOA 1NOUA 1GHSA 4X0NA 4F9DA 2WLYA 3CHEA 2EXOA 5JBDA 2QPSA 3VMNA 1XYFA 3AS0A 4MB3A 1CZ1A 3VIPA 1GHRA 1M53A 4AZ6A 4QLJA 1C90A 2XPKA 1MXGA 4W8BA 4OOZA 1CXIA 1E6ZA 1GOWA 1M04A 1Q6EA 4UFMA 1D7FA 4W5ZA 4HTYA 1XD0A 2WXDM 2IUZA 4W8LA 1Q6FA 1MXDA 3IJ7A 4TXEA 2WVUA 1QNRA 5M3WA 3CBWA 1HIZA 4HZ8A 2WZIA 1MYRA 3LMYA 4LGXA 3WF3A 1OIMA 4N0RA 4J3SA 4H8HA 3RM4A 3RJXA 4WIWA 4AZCA 1VBUA 3WD0A 1O6IA 2W92A 4WKFA 3ARSA 2WHJA 3VDHA 3ZSTA 1DWHM 5E0FA 3KWXA 1E72M 3AS2A 4D71A 4TTGA 1ISZA 3OLDA 4RE2A 4WF7A 1W3JA 3DYOA 3FHQA 3SCWA 1VFOA 3VIKA 2F8QA 3N12A 2WHKA 5A2CA 5A6LA 4Z2GA 1TCMA 1U30A 2BVYA 1CNVA 2WHMA 4UQAA 4BF7A 5E70A 3GYCA 5LA0A 3L4UA 1WZKA 2ZUUA 2BNJA 4PMQA 1GW1A 3CUGA 5BCAA 1GOQA 3WD4A 1QVBA 5A8MA 1BG4A 3OZOA 1JIBA 3WSUA 2OWCA 3W28A 3I3BA 4JIEA 3ZIZA 4D6JA 3K8LA 3KL3A 3SCNA 3L4XA 3G6LA 1QI3A 1IT0A 2CBJA 1JZ6A 2YDSA 3ZR6A 3KL5A 4U5KA 3K8MA 2VOTA 2ZUNA 4UZUA 4MPKA 1IZJA 4CVWA 2X09A 5D9NA 3TTOA 3WQ8A 2IXUA 2WMIB 4N42A 5FL1A 1UR2A 5I77A 4Z2LA 2V3EA 1Q4NX 4PMDA 3WF2A 1J0IA 5I3DA 1WZMA 1XSIA 2X0HA 1JNEA 1EO7A 3CHCA 4B3LA 1QNPA 5JBFA 1VENA 1H0IA 1HJSA 1ISXA 1V3MA 3PTQA 3VIOA 5IFTA 1BGGA 2XTKA 1NQ6A 3OLIA 1Z32X 1J9YA 1UH3A 3GNRA 2Y8VA 1CIUA 2GJRA 3CHFA 4QFUA 1C8QA 3UR8A 4CKQA 2JF7A 2ZIDA 3F4VA 3WH6A 3WELA 4FMVA 4AY1A 2VZSA 1GOOA 2RGLA 2D2OA 1EOKA 2GDUA 2O9PA 3S2CA 3FAXA 3WH7A 1JZ4A 3WF1A 2WMKA 3AMDA 3ZMRA 1UR8A 4AIOA 1F4AA 2D3LA 3WQ6A 3MANA 3PZUA 4EAMA 4NRSA 1QBAA 2QMKA 1LLOA 3VIMA 4JFTA 1KXVA 1EDTA 2VQTA 1PX8A 1EDGA 1D3CA 1B30A 3CUIA 1OD0A 2NT1A 1HL8A 3AICA 4E8DA 1CGXA 4U2YA 2BXZA 4B9YA 1VJSA 3PN8A 3UG4A 4AD3A 3SCTA 3WFZA 4DUWA 3MMDA 3AHXA 1KXHA 1UHVA 3VO0A 1NP0A 3AIRA 2BFGA 1GQKA 4L4PA 3SCPA 1J0KA 3BLKA 2Q8XA 1ZJAA 5JIWA 1E4MM 3AIEA 2PC8A 4NRRA 1WB0A 3VILA 4D6DA 3L2LA 4JCLA 4UCFA 5BXPA 1W91A 3T2OA 3GM8A 2J4GA 4UTFA 1FHDA 2XM2A 1ZL1A 3ZJ8A 4ZXLA 2GUYA 3SUUA 3RDKA 2ZUMA 2FH6A 4WKAA 5I24A 1AQMA 4W93A 3RIKA 4UZSA 5E6ZA 3WEZA 4QCEA 1UD5A 5KZ6A 3W82A 5A2BA 1KCLA 1GONA 1E5JA 4J3VA 1MW0A 1US3A 4JKLA 4AIEA 1SYTA 4CCCA 4NF7A 1UZ1A 4JCMA 1EDQA 4W5UA 3FHAA 2PWDA 3L4WA 3KEHA 1V02E 2XVPA 5D8WA 2DPEA 3T0BA 4OIFA 2WKLA 3WDPP 1TFVA 3OB8A 4PEEA 3PTMA 3GXMA 7A3HA 2WNWA 2J7EA 5A6SA 3RJYA 1W1TA 4JZ5A 1E1EA 1VFMA 1TVNA 3BAJA 3U5UA 2PB1A 2FHCA 3WENA 3WFLA 2OYKA 1B90A 2J75A 1AMYA 2W61A 4EE9A 1KXQA 2XSBA 4UFIA 2WMIA 1JDDA 3ZT7A 1CXKA 2JEPA 2QHAA 3IJ9A 3QGVA 4ZE5A 3RO8A 2WC3A 1W3HA 3NSNA 1JZ5A 1B0IA 2ZX6A 4BA0A 4HA3A 3VPLA 2JE8A 1UD2A 2OSWA 3ARPA 2OWXA 4UNIA 3HJEA 5I6SA 2J8GA 3NDZA 4P7QA 4TUFA 3S6TA 3CHDA 3M7SA 5GNZA 2TAAA 1NWSA 3AS3A 5AY7A 3QHMA 2JEQA 2VRKA 2XVGA 3UR7A 4M29A 5FCZA 4JKKA 5CGTA 2D23A 3PHAA 2VX5A 1H41A 1QI5A 4A3HA 3WEMA 2J7BA 1WZAA 3SCQA 5BXSA 4JHOA 1UQZA 1JFXA 4AEEA 2X05A 1G1YA 2A3CA 1EIBA 3EMZA 2VZVA 4XUYA 1UKQA 4M56A 1HJVA 2ZX9A 3K8KA 2CCRA 3A4WA 3AISA 1XD1A 1MW1A 4V27A 1HJQA 1R87A 3UETA 2BHYA 3SIMA 3VD5A 3WNNA 2XIBA 1GQJA 1W32A 2ZUTA 1E3ZA 1PIFA 1AQ0A 4DM1A 4ATLA 4PTWA 4JAWA 4PMOA 3WQWA 4V2XA 1W1YA 5CLTA 4AZCB 3VDCA 4NZCA 4UFKA 5E09A 4AD5A 5A6BA 4P8UA 3MUY1 4A4AA 1VEOA 1RD6A 3OGVA 4AD0A 4PTMA 2A3AA 3VIJA 3OLEA 1DTUA 1HP5A 1UUQA 1J0HA 2PWFA 3MUIA 3IANA 1C93A 3AIBA 1LF1A 2VL4A 1BYAA 3I3DA 5LA1A 3N9KA 1FH8A 1CBGA 3ALGA 2CXGA 4P7NA 5D9MA 2EPNA 3PZMA 4BCEA 2WBGA 3ARRA 4E4PA 3VIGA 2CPUA 3VD3A 4LPCA 3AHZA 7TAAA 4RE4A 3WBAA 1NH6A 1WDPA 3ARVA 4AD4A 3SURA 1MQRA 4QLKA 1J0YA 2WBKA 1TUXA 1B2YA 1E71M 1VFFA 2G3MA 1VF8A 2W91A 4CVUA 3AHYA 1PPIA 5D9PA 1JD9A 3WNLA 3EMQA 1H0GA 4PSPA 1CWYA 1QI4A 3BAXA 3AMKA 1D2KA 3A47A 1R85A 2EEXA 7CGTA 1UWRA 1OGSA 2WWCA 1OGBA 4IISA 2D1ZA 2D0GA 3MUZ1 1JI1A 4GQRA 1XSJA 3N18A 2G8ZA 3W38A 1HKKA 1R7AA 4GI8A 1OBAA 3EDJA 3WDIA 1WDSA 3TOPA 2ZX7A 2VVSA 3AIQA 3AJ7A 4J3UA 3OA5A 4AMCA 3BGAA 3SCSA 1SMAA 3CUHA 3WL0A 2VX7A 4GINA 4TTUA 1UWTA 1V3IA 5A6MA 2YBUA 2UWFA 5ABGA 4RL3A 2X8RA 2YA2A 1LL4A 1QHOA 4HOXA 5CQ1A 1JYVA 1UKTA 2BS9A 4R5EA 4CU6A 2ZWYA 3NJ3A 4KRUA 1RP9A 4FK9A 3THDA 1KR1A 3WF0A 1Q6DA 4B9ZA 4PSRA 1J18A 4LYPA 3A4XA 1KQZA 4J3TA 3G6MA 2PI6A 1E40A 3BH4A 5GPRA 1V3KA 3T08A 1BYBA 1S46A 1A47A 4W7VA 5JBEA 1CGWA 5HPOA 1Q6GA 5A3HA 5ABEA 3AZSA 3BMVA 2WZHA 2XVLA 1DHKA 3VU2A 5D4YA 4ATDA 3A6OA 3AOFA 2E0PA 3SUSA 1UOKA 2C8NA 4D1IA 2QPUA 5BWFA 3DHPA 2PF0A 1OGGA 1IV8A 4PMYA 2CNCA 2XWDA 5A6BD 1L8NA 2VX4A 1TG7A 1XRVA 1DWFM 2V5CA 2ZE0A 1V3LA 3BAIA 4CUCA 1FP8A 4ML4A 5GQBA 4MNLA 2VUYA 1O7AA 1V3HA 4WSKA 5D8ZA 1GORA 5DO8A 3CZGA 4BQ4A 3WNMA 1GQIA 1U2YA 2J7GA 4H8UA 4PMZA 5A69A 1MVYA 3AMLA 3BAWA 1W2VA 2F61A 2J7FA 2FGLA 1LJYA 3W0KA 5A1AA 3VGEA 3VMOA 1WCGA 1LWJA 1BTCA 2FDMA 2XWEA 2WMFA 2VI0A 2WPGA 5IXEA 3CO4A 1XYZA 3ARTA 5CSUA 3OG2A 4U2ZA 3K1DA 2J7HA 2DEPA 1NARA 3VIFA 1V0MA 1HNYA 3VGBA 6CGTA 4EK7A 1H1NA 2VCBA 2V3FA 2X0YA 2VZTA 1J10A 3M46A 2HVMA 1W1PA 4JFVA 1EHNA 3BLPX 3MSDA 4W7UA 5CPQA 4UFLA 5ABFA 2VJXA 1DWJM 5FKYA 4TVCA 4HZ6A 2WB5A 5ECUA 1DWAM 4HA1A 3WMBA 2DSWA 4WSJA 4UR9A 3WY1A 1V02A 3QHNA 2C7FA 4PUEA 1M7XA 1GUVA 3W29A 4AXNA 5DEZA 2YKKA 3EYPA 4YN5A 1W9PA 3U5YA 3NSMA 4CU7A 1X6NA 3CUJA 3AXIA 2XVNA 2DGAA 4EKJA 3WQVA 3GTNA 4MADA 3CGTA 1GVIA 1C91A 5M5DA 1M01A 4F9JA 4GXPA 1KGWA 3VIIA 1E6QM 1JF5A 5DMYA 1NWRA 1E73M 1OINA 3N04A 3BSHA 5AC4A 4S3JA 3T0AA 3VD7A 1KQYA 4CGTA 4MNJA 1CXLA 2G41A 4J28A 1C7TA 5A8QA 1BLIA 2WVTA 5KEZA 5JIPA 3WNPA 2EJ1A 3WUGA 4CN6A 4D6FA 2WSPA 2DH3A 3OBAA 2DT3A 2WCAA 4HOZA 4W86A 5C8BB 3QR3A 1SFSA 4UOQA 3ZR5A 1ODUA 5BXRA 2XVKA 4MJ2A 4E8CA 3F5LA 1AQHA 3MMWA 1LL7A 4HMDA 3MKKA 4F8XA 4AZBA 1E0VA 2WLZA 3II1A 1TA3A 3ARUA 3W81A 3DYMA 2G3NA 5A6JA 2GK1A 3ECQA 4CD8A 3ARQA 1GCYA 1EO5A 3IJ8A 3WH5A 4XX6A 1EXPA 3F5KA 4HPHA 1PX4A 4OZOA 1XCXA 2J78A 1WAWA 3OLGA 4CD6A 3AIUA 2JIEA 2GFTA 1EQPA 3CLWA 4Q22A 3CUFA 1E6NA 3GH4A 4MAZA 2BY2A 2QV4A 4B3KA 5CG0A 4JL2A 5A2AA 3AI0A 1UD4A 4HMEA 1JYWA 2ZXDA 2FHBA 1XV8A 5M17A 1CENA 1HKMA 1KB3A 1LG1A 1H49A 3B9EA 1V6UA 3SCRA 1QW9A 2HISA 2JIWA 2G3IA 3VD9A 1C7SA 3BSGA 3JUGA 1JZ3A 1UH4A 2BV9A 4QDMA 1JZ7A 4GZEA 4CCEA 1BG9A 4BQ5A 2D3NA 4RE3A 2WK2A 2ZX8A 2UY3A 2O9OA 3VM7A 3W53A 1J01A 2W62A 5I78A 2XGBA 3N13A 4TX6A 2DSZA 3QOKA 5A6KA 1OWQA 2WWDA 1W9UA 3W4RA 1BF2A 1ISVA 3VUPA 3ZQ9A 2XYLA 3UCQA 3VGHA 4E2OA 3E1F1 1JGIA 4HU8A 1H4PA 4ZE4A 1MQPA 2CHNA 1QNSA 5BROA 1DWIM 3CZ8A 3ARYA 4M82A 4AYSA 3PZVA 4W8AA 4B15A 1PZ2A 3KZSA 3UESA 4CD5A 4AZGA 1WE5A 2ZXBA 4W89A 4AZ7A 5E6YA 1HP4A 3LPFA 3QHOA 3ARZA 3TTSA 4EANA 5BYWA 1B31A 1PJ9A 4CN1A 4AISA 1PEZA 1U33A 3VNYA 1B3YA 4BQ3A 4D6GA 4HA4A 1I75A 4F79A 4ZFMA 4UFJA 1DEDA 2XUCA 5BRPA 1V6YA 2ZXQA 1JI2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T09 A;  1YQ2 A;  4CN4 A;  4WKH A;  3BAK A;  4KRT A;  3AHT A;  2VMF A;  2VC9 A;  1PZ3 A;  2XG9 A;  4D72 A;  2WMH A;  1E1F A;  2JAL A;  3IK2 A;  8CGT A;  1JF6 A;  1ZU8 A;  1E70 M;  1LL6 A;  5A94 A;  3THC A;  1OM0 A;  2Y2W A;  2WVS A;  3VDA A;  1MFV A;  3UEQ A;  2DT2 A;  3HN3 A;  1C3F A;  1UA3 A;  1MW2 A;  2DDX A;  1WKY A;  3RME A;  3K46 A;  2CIP A;  2VX6 A;  4JFU A;  4ATW A;  5C71 A;  4XB3 A;  1TR1 A;  2D20 A;  1NM9 A;  1UD3 A;  3K4A A;  1DWG M;  4CCD A;  1UQY A;  1K9E A;  4V28 A;  4FLS A;  1PIG A;  4HU0 A;  3UER A;  2EPK X;  3MO4 A;  1J12 A;  1W3K A;  3B9D A;  4PMU A;  4X9Y A;  1R86 A;  1FH7 A;  4TX8 A;  4JFS A;  3WDJ A;  1CDG A;  4D6H A;  3AZR A;  2UY2 A;  3N15 A;  4B16 A;  3L2M A;  3DHU A;  4TOQ A;  3O6A A;  4UOJ A;  5EB8 A;  1UKP A;  4OKD A;  4WK9 A;  4PMN A;  3VTR A;  2W66 A;  4YPJ A;  1LWH A;  3L4V A;  2F2H A;  3WUE A;  1GOM A;  1CTN A;  2CER A;  4WJX A;  3BAY A;  4M24 A;  1G01 A;  2A3H A;  4R27 A;  1FH9 A;  4M1R A;  3GXF A;  1HVX A;  1OB0 A;  1QBB A;  4GIA A;  2WMG A;  3ARO A;  1JD7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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