4NT0A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 3-deazauridine 5'-monophosphate
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
222
structure length
213
Chain Sequence
RSRRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 3-deazauridine 5'-monophosphate
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 74
structure length 213
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nt0A00
3Q37A 1JRBA 3W3OA 3ABOA 3Q94A 5G4EA 4IMDA 2QEZA 5LNUA 1QNVA 3S5OA 7TIMA 4JDYA 3W9ZA 1GQNA 1KM1A 4JY8A 1FDZA 4GRSA 2WSQA 1W54A 1GVOA 1FWWA 2ALDA 4WJEA 2ZZ3A 4YMZA 3NDOA 1I2OA 3TQKA 4ML9A 1XBZA 2WKJA 4O53A 1VH7A 2GUUA 3OVPA 1PHQA 3W7KA 3DBPA 1GWJA 2E6YA 1C9DA 1LBMA 4K7YA 3P62A 3U8GA 4IQLA 1P4CA 1YLVA 4IMCA 3UWVA 1LM1A 2XFWA 3W86A 1MZHA 1FCQA 1OX5A 3W7EA 1LROA 1JCMP 1YXYA 1EEPA 4O1AA 1GYLA 2ZRYA 1GEQA 3B05A 3PUOA 3P8JA 1DJNA 3S1UA 3G3DA 2VEPA 3MYOA 4LW7A 5KINA 1I2PA 3LLDA 1GVSA 2J27A 5AHNA 1AW2A 4IX0A 3G8EA 3WJZA 1XC4A 1HL2A 2QF7A 1G4PA 1KW1A 4JY9A 4NVTA 4LC8A 2V81A 1QO5A 3F1QA 3PS7A 3K30A 4TMCA 3OIXA 2YX0A 5E93A 3V1PA 3G18A 4UFMA 2HTMA 2EGZA 3W2JA 1KTNA 2VC6A 3BGGA 3W74A 3NPWA 5LSMA 3FLUA 2A2IA 1FX6A 3CT7A 3KHJA 4MVAA 2R94A 1FBAA 4DQWA 3NQ6A 1JCLA 3S42A 3BK0A 3C2RA 5CPMA 3L0NA 2ISVA 3MI2A 3B0UX 1TPWA 3NO5A 2NV2A 3NGJA 1PCWA 3N2XA 1QDSA 1XUUA 1FXQA 3GNNA 3EKZA 4DEFA 3LCHA 5D37A 1VZWA 4ZQMA 3A23A 1ICSA 2QCEA 4UC5A 1DL3A 2Y89A 2BTMA 3SFKA 1G7UA 2ZTJA 3NPXA 3TSDA 3C0JA 5BOOA 1ICPA 1LLWA 3W22A 3QMSA 1R2RA 3QW4B 2P1FA 3HO8A 3GXPA 4O17A 3NOEA 3PR2A 3PB0A 1SO6A 2EF9A 1TTIA 5CG7A 5HWJA 4JIQA 4XTIA 2Z1BA 3QMRA 2FB3A 4NUWA 3BG3A 5IBXC 3TA6A 4N9DA 1LZOA 3N2MA 1GVRA 1LOLA 2CW6A 2V30A 3ELFA 3S5NA 4UMBA 4UTHA 3PF3A 3DENA 1ME9A 1J4EA 1JJKA 4FIRA 2QAPA 3S5ZA 3W84A 2ZQ0A 5LGXA 2R91A 4QNWA 5GVJA 6TIMA 4K7VA 1NEYA 1K8ZA 1ZCOA 1YXCA 4LV9A 2A6NA 2W79A 2ZRXA 1KFBA 4JR5A 1KTBA 3DFNA 3O63A 1YTDA 2EHHA 4BWLA 1FWRA 1TTJA 4BFAA 2FQIA 4CNNA 3M47A 5ABTA 1PV8A 3UWQA 5FF3A 5C6MA 3M5XA 4FB7A 3LRMA 3NQ2A 4U4MA 3G3MA 3TC7A 4PL2A 5G5IA 1RZMA 4WY0A 3W1NA 5G1TA 1G4SA 4W9TA 4B5NA 4HT3A 1OX4B 1ZAJA 1R2TA 2YDAA 5D38A 5LNSA 4O0KA 1M7OA 1KFKA 3NA8A 4GWEA 1Z44A 3W7IA 4BK9A 2O7QA 1BTMA 4K36A 3TH6A 4WOZA 2Y88A 3NZ1A 2WQPA 4FNRA 4LVAA 4KWVA 3GDRA 5U7SA 5DY2A 4XUGA 1GT8A 1H7RA 2HSAA 5CPOA 1I8JA 5J5RA 4EF9A 4GUFA 3W7DA 1EB3A 2NXHA 1Z41A 1TRIA 4YL2A 2QCCA 3BPWA 3GDKA 2VOMA 3BGJA 3HPZA 1OYCA 4I7WA 4AWUA 3LB0A 4I7VA 3GAKA 3GYEA 4XWUA 4LVDA 5I3HA 3T4CA 1VRDA 1K7XA 1B57A 4CCCA 3QF0A 1OFOA 1HO4A 3CWNA 1WOAA 3EWBX 5TQLA 5AHLA 4JYDA 1DVJA 2ZFAA 4UTUA 1XUZA 1O60A 1VCFA 5EPDA 2A7RA 2ZYFA 4ORIA 1RV8A 2DJLA 5DELA 1UB3A 5DBTA 2QCDA 1GTEA 1K7EA 4IX2A 5K4ZA 4A22A 2RDTA 2V2CA 4NXSA 1WXJA 4ADTA 4UCGA 2HS6A 1XKYA 2E6DA 2A0NA 2CZDA 3EX1A 1OVDA 2QDGA 3TR2A 2J24A 5CKSA 1OFPA 3V75A 1LLZA 4IGHA 1XFBA 1G6CA 3N14A 3I6RA 4RZ4A 2E5DA 1EP3A 4UMCA 2I9EA 5G2WA 2YPIA 4MFDA 1B4EA 5AYXA 2QKFA 3HMJG 3W7CA 1KTCA 2VEIA 2YZRA 5AHMA 3BW3A 3N9RA 1DQXA 4RKAA 4YCPA 4FNPA 2V8ZA 1TB3A 4Y8FA 5KZMA 3NQFA 5D33A 3TE9A 3WFAA 2BLEA 5LNVA 4POCA 2CZFA 2V2HA 3C61A 3W2KA 1SW7A 4N2YA 4NJKA 1Q6QA 4YCOA 1U83A 3M43A 4AB4A 5AC7A 3W76A 1F7BA 2GJNA 4L4MA 2A7PA 3QH2A 4CCDA 1HO1A 1X6UA 3QM3A 3LCLA 5K4XA 3LOTA 3W1AA 1R47A 4EF8A 4R33A 2NX3A 3S8HA 3W83A 1PL9A 1DJQA 3PBYA 2Q8ZA 3E49A 3HF3A 4UTWA 3KFTA 1JCJA 1FCUA 2WOQA 1SPQA 1WOBA 4QAIA 4BI7A 2GJLA 4UNLA 4TO8A 4JEQA 1TQJA 3NZRA 5IBXA 2QUUA 3QSTA 3DH7A 3NL3A 4NNBA 4N6FA 3TAOA 2J9YA 3DGRA 1AL8A 2NZLA 3PBUA 2TSYA 3RNDA 3W1LA 1RR2A 3ZR4A 1BWKA 2C0AA 2GQAA 3AO0A 4Z0JA 3M5YA 3NQMA 3PAJA 2TRSA 2VEKA 3LERA 1CW2A 2X1SA 4E2DA 2BXVA 1RQEA 1VLWA 4CLMA 2EAWA 4MJMA 3G0SA 3BG9A 4FEZA 5CPNA 4AVFA 3NR0A 2Y6ZA 4LS1A 5L9FA 3NYZA 4AF0B 1W5MA 1XBVA 4CCEA 1VCVA 3G1FA 5D05A 2VFGA 2V5BA 3P84A 4K8EA 4ICNA 1SFJA 4PH6A 4EOUA 4O54A 1X7FA 4QJ1A 4Z08A 1P1XA 3STFA 4LNYA 3G1YA 1XXXA 3FOKA 4M7TA 3GX9A 3KRZA 3C2VA 3ZWTA 1XBXA 2WSYA 2A85A 1JVNA 6ALDA 1SSDA 3IVTA 1KA9F 4MIMA 1K8YA 1C29A 1I45A 5EMUA 2VKZG 3JRKA 3TSBA 1UBSA 1T99A 4A29A 2DZTA 2FDSA 1NAL1 2TYSA 3LHVA 1TQXA 4X22A 1LRQA 3SY5A 4JTEA 3WJYA 1SO3A 4GUGA 2Z0IA 3W85A 2GVJA 3WK1A 3EKLA 1I2QA 4O57A 2JKEA 1SFLA 1ONRA 2QJGA 3UZ5A 2Y85A 4K37A 3ABRA 2DORA 4PCFA 2C13A 3H55A 1GTHA 3BVJA 4UTKA 3MYPA 5TIMA 3ATZA 2A7NA 4HHPA 3RLUA 1M7PA 1DKWA 1K3UA 1W5QA 5FF4A 1YDNA 5A8GA 3QPYA 1BEUA 1MEIA 1H50A 2E5CA 4GUIA 1VHCA 2BSLA 2YFOA 3IVUA 2B7OA 3LHUA 3PSVA 4S2BA 4JN6A 4JICA 4RZ5A 3DHFA 1YTEA 3LDVA 3G1XA 2C6QA 1FDYA 4KFNA 2V2DA 3CU2A 2QJIA 1FCBA 3LBMA 3T7VA 5K7JA 1ZENA 4UTIA 1K02A 4BWLC 1FDJA 5EY5A 4Z1DA 3TXVA 1EP2A 1Q6RA 3CEUA 4XKYA 3EWWA 4MY8A 3W1TA 4LRSA 2XN0A 1SZFA 2VFFA 2C15A 2YFNA 2ZRWA 4IWWA 2D73A 2NXGA 2DU2A 3UY8A 3P5YA 5C55A 3CTLA 1XM3A 4MZ1A 2AQWA 3P80A 4O13A 1JCNA 1GG1A 2HMCA 2OZ0A 3CLMA 3NEVA 4XBSA 1TSIA 4HIBA 1GOXA 1SUXA 3B04A 4MY9A 1YTKA 4Y6GA 3GR8A 1H7PA 2V9DA 4UTJA 3W1PA 3DFQA 3NG3A 1IXOA 4O14A 2RDWA 1IXQA 4LUIA 4RZ6A 5DN1A 3W2UA 3A24A 3UXDA 4XZ9A 5KITA 3GDLA 4XTDA 5AC8A 2TMDA 4N9CA 3O15A 1ME8A 4JTKA 1IGSA 4Z1BA 4NJJA 5EKYA 2FB2A 3UWWA 3ZFHA 3LX9A 5K9CA 3UYCA 4OGZA 4PEKA 3G22A 3VE9A 4A21A 1OG0A 3UPBA 3SGZA 3M6YA 4OU1A 4ALDA 1ZHAA 4K6AA 4UFHA 3WK2A 3B0PA 3N3MA 4MLRA 4JNMA 2H3DA 3EXRA 3LHTA 1VYSX 1V7YA 2WV8A 3G1VA 3DI1A 3L2IA 2AGKA 1YDVA 5FESA 3MP4A 1PCKA 3TV8A 1L9WA 1F76A 1P0KA 1OHLA 3HGRA 4FXRA 3S1XA 1KFEA 2P0OA 1W3TA 4OWGA 2VELA 3WK0A 4WD0A 5C5YA 2VFEA 4IUOA 2H8ZA 5LKYA 4IXXA 1JQXA 3LTPA 4M6PA 3W7LA 4OHQA 4MZ8A 3LCXA 1F6KA 3FYPA 3LBCA 2A4AA 2GQ9A 4J9JA 1GG0A 1NFBA 4O4WA 1QMLA 3PB2A 2NXIA 5KZDA 5F1UA 1OFEA 4O52A 1F05A 1VLIA 3FYOA 4LU0A 3IIZA 2H90A 1X1OA 4JD4A 5F1VA 3TROA 4ADUA 4GBUA 3LHYA 2CLKA 3M5VA 4AHPA 1DOSA 2Q3OA 4H4IA 1TTQA 3TJXA 4E38A 5DCBA 2PRHA 8TIMA 5BW6A 3L5AA 1QPRA 4UTMA 3I7QA 3A9IA 4AMAA 2E68A 3N19B 3CQ0A 2YYUA 3P7YA 4NQ1A 3BW4A 3GKAA 4N9EA 3C6CA 4E2BA 4FO4A 3OBKA 1YYAA 4PC8A 3M7WA 4TU1A 4A3UA 3NQ7A 2WNQA 3LV6A 3NQAA 1NSJA 1NF0A 2KZHA 1W3NA 4UNKA 4O12A 3LCFA 4KWWA 2Q3RA 4UTWC 2YW4A 1H7NA 2J6XA 3SR7A 1SW0A 1OFBA 3PUDA 3C2OA 3DFPA 1PE1A 5HJLA 5KMYA 1L6YA 1XDLA 1H5YA 1VQTA 3EWXA 5I3JA 4H3DA 3KVKA 5HULA 4LVBA 3C2FA 3L68A 5DY3A 4EWND 3A5FA 5D2XA 1W3IA 4DXVA 2WPBA 5DXXA 3HG4A 5FI8A 3GAYA 3NQCA 2XN1A 3IGUA 4ZQOA 3SSJA 4UIOA 3GVGA 3LI1A 1EWDA 4RLIA 3BLEA 2QR6A 3W7JA 4WY0F 4DPQA 3W73A 5G1YA 3BW2A 4IPJA 1Y0EA 3MI3A 3TK7A 1JR1A 1O94A 4MUZA 4UTLA 4O15A 3PBVA 3G1DA 4DO4A 3A21A 1ZFJA 4MLJA 2R14A 5D09A 4BF9A 3GXTA 2ZZ2A 1QO2A 4UUIA 2RDUA 5F2GA 3EXTA 4HPJA 4MY1A 2J88A 1PVNA 2BWGA 3I65A 4RJEA 1RVGA 4FNQA 1GPWA 5CSSA 4JGDA 4FX7A 3EX3A 1LTDA 4HKPA 1A5CA 4D2JA 3B8DA 5K9XA 2Y70A 4JTHA 5CZJA 3TU9A 1NF7A 3UNDA 3QFEA 3OA3A 3LHWA 4AF0A 3LTYA 5F4SA 1DQWA 4CQ9A 1WV2A 5G2HA 1KM6A 4ZQPA 1EA0A 4NJIA 1A5SA 3TAKA 1DHPA 1JRCA 1OFRA 4JTUA 1VHNA 3T44A 1VJIA 2A1YA 5D2TA 3STEA 3NXFA 4BI5A 3TJLA 2W6RA 3FS2A 3SECA 3W1RA 4ZQNA 3GIYA 2Z2UA 3VFLA 4AEOA 3CIWA 4HNTA 1SO4A 4UMAA 4HNUA 2J9XA 1QCWA 3HPSA 4O19A 3TC6A 1A5AA 1AL7A 3MJYA 5G4WA 3E0IA 1I4NA 3PY2A 5D32A 2DZXA 4JIPA 3LRKA 2DJXA 2CU0A 1V5XA 1VPXA 1KFLA 2I1OA 3O1NA 4XBKA 5A5WA 3GLCA 4FX8A 5HWNA 4LVGA 1LOQA 1ZAHA 3TW6A 3TUUA 2ABAA 1SZGA 2YYTA 1AW5A 5DXYA 2E09A 5TBOA 4R34A 4TMBA 2QCFA 1SR9A 3FEMA 1JCXA 4P61A 2DZPA 1OYBA 4BI6A 1ADOA 4JTIA 1TPFA 4TX9A 3C8FA 5FF0A 3CEPA 3GK0A 3HG2A 1SU5A 3DU0A 3C52A 3CPRA 1WBHA 4LT9A 4FF7A 4Z0SA 4JYEA 1GVFA 4Y96A 3EWUA 2NLIA 4EVZA 4LV4A 5D2VA 4UR8A 4YWIA 4IMGA 2XN2A 3NQDA 1WDWA 4OBTA 3U6WA 3L5LA 1JUEA 2E6AA 1WAUA 1N8FA 2Y62A 1M5WA 1ZJIA 3F4NA 2WSRA 1KV5A 2NV1A 1B4KA 3FA5A 5LZLA 2Y7EA 4FX6M 4JTGA 2GOUA 3TDFA 1SZNA 1TIMA 4QIUA 3TX9A 3S1VA 2OX1A 4CQ8A 3IGSA 4UFKA 2GVGA 3E02A 5KTLA 3IEBA 1K03A 4HN4A 4MFEA 2C19A 4OT7A 5AYZA 3EEGA 5G2IA 4C1KA 4KKXA 4DO5A 4O1DA 2UV8G 3FKKA 3BG5A 1I2NA 5H2ZA 2OCZA 3INPA 5BMWA 2PCQA 2VFDA 3P61A 3FKRA 1DORA 4QISA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F2H A;  1FHU A;  2OU4 A;  2QEZ A;  4JDY A;  3SQL A;  3ARY A;  4PMR A;  4W5U A;  4C7F A;  1E40 A;  1A4M A;  1P6B A;  1QW9 A;  4PTV A;  3UJ2 A;  1GVO A;  1BTC A;  3I3B A;  4WJE A;  1YEY A;  1DWG M;  4M6U A;  2R24 A;  4DJF D;  5IHS A;  2G37 A;  1PHQ A;  3W7K A;  3RX4 A;  3WQ4 A;  4YYC A;  4IJC A;  1LBM A;  3OGR A;  3P62 A;  3P93 A;  1YLV A;  3UCD A;  1Z32 X;  2OOD A;  4GJJ A;  3W7E A;  2O9O A;  5MKG B;  1QBA A;  1LRO A;  1SJD A;  1YXY A;  4PR4 A;  1GYL A;  1T7L A;  3B05 A;  4YNG A;  1XID A;  1E1E A;  1HL9 A;  2OSY A;  4HMN A;  2IPF A;  4UQD A;  3UZZ A;  4H6R A;  3MYO A;  3MKC A;  1GVS A;  4DWS D;  3UR2 A;  3VD9 A;  3AXH A;  3WUE A;  5DT7 A;  3WJZ A;  1XC4 A;  1HL2 A;  2QF7 A;  4XVD A;  1KW1 A;  3MZN A;  4DNM A;  2O9P A;  2V81 A;  2J7G A;  1QO5 A;  3K30 A;  2WVU A;  4KWU A;  3TTO A;  3LNP A;  1KTN A;  3WG6 A;  3FLU A;  2A2I A;  3CQI A;  3KHJ A;  1F4H A;  4MVA A;  4DQW A;  2P0I A;  2BXZ A;  3S42 A;  1BVW A;  3H21 A;  3C2R A;  2FZM A;  5CPM A;  3B9D A;  2ISV A;  3L0N A;  4HBK A;  1GCY A;  4MNK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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