4HKPA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with cmp-n3-oxide
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
ELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase
publication title Novel cytidine-based orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors with an unusual twist.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 256
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2012-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4hkpA00
1LBLA 5E93A 1V7YA 3BG9A 4BF9A 3N19B 4DBDA 3QRHA 1IXQA 1B4KA 3CPRA 3DKLA 1JCLA 1W31A 4GRSA 2QJGA 4CNOA 3ZR4A 3O6CA 1TTIA 5BRBA 3PBYA 3ATYA 2NX9A 2DZTA 1VR6A 3NQMA 4DO4A 4UNKA 1RVGA 1IXPA 1I2RA 3JR2A 1PHWA 1PIIA 4RV8A 5F4SA 4CNPA 2BSLA 2QCNA 5HUOA 1M7OA 3U6WA 1HG3A 4XQ6A 5AN7A 2A7PA 2FFCA 3EX1A 4MFDA 5F2LA 3TA6A 2I1OA 1F76A 2FTPA 4UTUA 1M5WA 3TCEA 3BO9A 5HUPA 1NVMA 2C0AA 1KBJA 3UZJA 4OE7A 4N6FA 4O16A 2YDAA 4FIQA 1JRCA 2X1SA 2ZCGA 5AYXA 4WUIA 3PULA 2TYSA 3GLCA 4M7SA 4UMCA 3BW4A 1KFBA 4BK9A 3FIGA 4JNMA 3LI1A 3M5VA 2WO5A 3CIXA 1XFBA 2ZBTA 1XBXA 1TSIA 5G2WA 3PBVA 2PRMA 1FCUA 4WXYA 1D9EA 4M6PA 3TXZA 3IVUA 2JKPA 1R2RA 5HULA 1ALDA 4AHPA 5H91A 3W7GA 1G4EA 4JYDA 5EYWA 1B9BA 5T26A 5HNRA 4LVAA 2GQ8A 3MP3A 3L9CA 5G2HA 1DKWA 1XC4A 3SZ8A 3SSJA 3M7WA 1DL3A 4PFMA 2E6FA 5D2VA 4D2JA 1G7VA 1DOSA 3GDTA 3RLUA 3W23A 1N8FA 3GR7A 1TPFA 4Z1BA 3NL6A 2V0TA 1FUYA 3VE9A 1ZJIA 1DBTA 3OHIA 4HSNA 5AHIA 3S1UA 1I2NA 3EXTA 2GJLA 3HG5A 1WDWA 4P2VA 4BWLC 1TIMA 1N55A 3TJXA 2WOQA 4JY9A 2O7QA 3MWAA 1SUXA 1XUZA 1GT8A 3BLEA 3C61A 1B3OA 4I7WA 3HF3A 2WSRA 4WY0A 1Q6LA 5KZEA 1ZAHA 3W7LA 1LDCA 3NYZA 4NNBA 3KVMA 2Y63A 2ALDA 2V30A 3TKFA 4H4IA 2A21A 2RFGA 4X22A 4NNAA 4DPPA 1PS9A 5D2WA 5GVJA 4MUZA 3UY8A 1T8XA 3DI0A 3YPIA 3T40A 1YXDA 3UNDA 4GUJA 4CCCA 4O28A 1H7WA 4O1CA 4BI5A 5F4WA 1TB3A 1ML1A 5DY2A 3GYEA 2B7NA 4QQ3A 3E02A 3LM7A 1OFRA 2PURA 1TQJA 5E1QA 1YTKA 1R2TA 4M5PA 4OU1A 2C14A 1CI1A 3W7RA 1SW0A 3QJAA 2UV8G 2EPHA 2J24A 2AAMA 2EAWA 5D02A 4UTKA 3WK1A 3NL5A 3TW7A 4K8HA 4Y90A 2V2HA 1P0NA 4AHQA 4FB7A 1OYAA 2RDWA 4KKXA 3TR2A 3T44A 1L6YA 3BARA 4NXSA 1KLZA 4UTLA 2VELA 2R94A 4MYXA 4LV4A 3SW6A 5C54A 1TREA 4IQLA 1ZENA 3IGSA 3DI1A 1A53A 1H51A 1JQVA 4EF9A 3W1LA 4LWWA 3KAOA 3HGSA 4QITA 3S5NA 4A2SA 2WSYA 1LYXA 4HN4A 1C9DA 3TSMA 2J27A 3M6YA 4GNJA 3W83A 4AF0B 1SSDA 1BKSA 3F1QA 1KFJA 3EWZA 1TJPA 2FB2A 5DELA 1TPH1 1KA9F 2Y61A 2YFNA 1T99A 4FX8A 3SFKA 5KZMA 3EKZA 5C2XA 3L67A 1XM3A 1OX6A 3W70A 3NM1A 5AHFA 1W5OA 1SW7A 3NDOA 3TQ0A 2A1YA 3LRMA 3T7VA 5G1YA 5H2ZA 5U4NA 5LNVA 3EX4A 1X8FA 1L6SA 3ZWTA 3DFPA 3W07A 3PBUA 4JX5A 4K36A 3TW6A 3H54A 5I3IA 1QDSA 2TRSA 2DZPA 3G24A 2QUVA 4LC6A 4WY0B 3IVTA 1H60A 1LOLA 3W75A 1SZGA 4RJEA 4CCDA 3W1TA 2W6RA 3LCGA 1YADA 5F2MA 3TIMA 3UWZA 5J5DA 1LOQA 1XKYA 2J6XA 2NUXA 5F1VA 4AEOA 3CHVA 4K6AA 1XL9A 2DJXA 3N9SA 5HWJA 1GVOA 5I3HA 3LHZA 3M1ZA 3W1XA 3WK2A 1ZNNA 4O18A 5HR6A 4W9TA 2QCGA 1JCYA 1T0OA 1H7XA 4UTMA 2E5CA 1ZALA 1GYLA 1K3UA 4TR9A 4UTJA 3SJ3A 3EX3A 1Z41A 4ORMA 1TYGA 4O54A 2BLEA 3KHJA 3UWVA 2G95A 2OT1A 3LTPA 4LS2A 3S1WA 2ISWA 3DFTA 5D05A 3G0SA 4K38A 3IEBA 4UFMA 1E51A 3L5MA 3A5FA 1KM1A 1TQXA 2J9XA 3B0PA 4JTUA 3MO7A 1FCVA 2XN1A 1YDOA 2C3ZA 4KFPA 2E6AA 2NX3A 1LORA 5FF7A 2YPIA 3QW4B 2VXNA 4N4QA 5C6MA 1JCMP 2Z1BA 3HMJG 2CLHA 5D2XA 1V5XA 1XDLA 1OYCA 1YPIA 3UQNA 2C18A 3TC7A 3G1AA 4JN6A 4PL1A 2NLIA 2X1TA 3UY7A 1Q6QA 5FEWA 4Q32A 1W0MA 3S5ZA 3C2EA 3MI3A 4I9AA 2Y7DA 3NA8A 1JCNA 2GQ9A 3EXRA 5K4ZA 2TMDA 2B7OA 2Q8LA 3FA5A 1I2QA 1Y0EA 3AO0A 3ABRA 4ZQPA 2WKJA 4E2BA 4DF0A 4UXDA 1H7NA 2QR6A 4UFJA 3TH6A 3S5YA 2CLFA 2VOMA 2WQPA 3G3DA 2W0UA 3NGJA 3PS7A 1G7UA 3IIXA 4UTTC 2QF7A 3W7PA 4N9CA 4S1FA 3O63A 1ICPA 4DQWA 4O17A 1W5QA 1H7RA 1GG1A 2CZDA 3RMJA 3UXDA 7TIMA 4DO5A 5K9CA 2J9ZA 4HHPA 3GDRA 4WJEA 2F7FA 3QMRA 2JBMA 3FJ6A 4M6VA 1JRBA 1W56A 4FO4A 4JEQA 4JDYA 4PL2A 4N6EA 4O11A 3HO8A 3P84A 4LV9A 3UYCA 5F2IA 4AWUA 2AQWA 1S5VA 3TK7A 2E09A 3VKJA 5LKYA 4LRSA 5AFDA 4N9DA 3DENA 1EP1A 5EBUA 2GOUA 1EB3A 3VCRA 1KFKA 4NX0A 4IWWA 1XCFA 3MMTA 3H55A 3N73A 4C1LA 4IPJA 4B5NA 2Y62A 3KX6A 5LNSA 2Z6JA 3V75A 4IGHA 2NWSA 2IQTA 3SY5A 1VHNA 3DFOA 4XZ9A 3KRSA 2OX1A 4TMBA 4NJKA 4O14A 3NQ2A 1S5TA 3ABSA 4NXKA 3L68A 2Y85A 3CEUA 1VRDA 4JDBA 4UFLA 1WA3A 1H1YA 1GWJA 1MEWA 2Y70A 3Q37A 1W3TA 3CWNA 2JK2A 4Z0SA 3WK3A 2B7PA 1A5SA 1F73A 3DGRA 1RPXA 3NXFA 4DPQA 3PG9A 2X2GA 4GUFA 3UWUA 5IM51 3OG3A 2QCEA 2DZXA 3QPZA 5LZLA 4JXCA 2A6NA 3A9IA 4PCFA 4UCGA 3R12A 3G18A 4BFAA 3FYOA 3JS3A 2GPTA 1PVNA 3NPVA 3O05A 5HQEA 2CLEA 4JTEA 4MPQA 3M0ZA 2J9YA 2CWNA 4A22A 3PBWA 2JKAA 4P61A 1OX4A 1G69A 4IMFA 1UUMA 4JTSA 1EP2A 4MKNA 4PODA 3I65A 4DF2A 1Q6RA 3A23A 4K7YA 3N3MA 1TTJA 3LB0A 1VC4A 3PWAA 4N4PA 2V5BA 1OF6A 4LT9A 3GKFA 1VLWA 2DZVA 3B0VC 3NEVA 2ZQ0A 5IBXA 2C6QA 3W76A 3NQAA 3KOFA 1QMLA 1GOXA 2EGZA 2JKEA 2Y7EA 3MHFA 1VLIA 3TE9A 2ATSA 2H8XA 1GVSA 3W1MA 5K7JA 3S9YA 4K8EA 3IGXA 3RK8A 4JIQA 1R46A 3JRKA 1MSSA 3LHWA 1QOPA 4CCEA 3SR7A 4O15A 3STFA 2RDUA 2ZRUA 5DXXA 2QCDB 5BMXA 2QCCA 3CEPA 3NVTA 3DH7A 4NUWA 4C1KA 5CZTA 3R89A 5D09A 3LCXA 1GVFA 5AHMA 4POCA 3MJYA 4QJ1A 3A21A 3TQVA 1PV8A 5KTLA 1TJRA 4PC8A 1FY6A 2NXIA 3L5AA 1KTCA 5LGZA 4O0ZA 4RX0A 1TV7A 4NZJA 2YZRA 1LCOA 3TDFA 2X16A 2ZTJA 5HWMA 4HT3A 4FXSA 1ICQA 1OFAA 1C29A 3N34A 4DBEA 1R30A 3UPWA 3USBA 4BI6A 4OV9A 3IGUA 5EL1A 3G1YA 4A2RA 3FEMA 4EOUA 4UTWC 1EUAA 4X3ZA 3L5LA 3MP4A 2FJKA 3PUOA 2QJHA 4ZVJA 3IIZA 1DJQA 3G1XA 3LOTA 4KWVA 3FYPA 3G0UA 3LXAA 2ZZ5A 3W1UA 2VFFA 3KRZA 3HB9A 4GC4A 1TPVA 1LM1A 2FIQA 1FDYA 3GXPA 3NOEA 3FFSA 4NJJA 1SO3A 3DXIA 3KRUA 1LRNA 3QW3A 3I7SA 4LU0A 5DBUA 2Y89A 4LW7A 3WJYA 1OYBA 1M7PA 1YPFA 2VC6A 2ATMA 1KM2A 2H3DA 6ALDA 3N2MA 3OVRA 1Z42A 1DQWA 3W9ZA 3CM4A 4AXKA 5LSMA 1K02A 4KWWA 1K7XA 2CLIA 4FXRA 2G96A 1QCWA 2QDGA 1AW2A 1SQ7A 1Q6OA 3STEA 4X2RA 2F84A 2ABAA 2V8ZA 1K03A 5DN1A 4UUIA 3C2VA 3Q94A 1UBSA 2GJNA 1CX9A 2OCZA 5BW6A 1N7KA 3BW2A 4O4WA 4MFEA 1A5CA 3L0KA 4MY8A 2A6LA 5E0KA 1AW1A 1PCKA 1DORA 2FPYA 1O94A 3PM6A 5FI8A 1ZAIA 2ZRVA 3R8RA 1HO1A 3L0NA 4PTNA 3THQA 1UB3A 5CPOA 3GNDA 5TQLA 3GB6A 4ALDA 4CQAA 2XN0A 3HPZA 2C16A 3NQ8A 2KZHA 2P0OA 2CW6A 3W1RA 1JVNA 3EWWA 3M16A 1XBZA 1KTNA 4YXGA 1U5JA 4ZL1A 1ZCOA 1QO2A 5FF3A 1EX5A 1FCBA 3VI2A 1UASA 4GJ1A 3W7QA 1F5ZA 1IGSA 1SU5A 2OMAA 3S5OA 5DXYA 4Z1AA 4WD0A 1OK4A 1YDVA 3FS2A 1AL8A 3STGA 1ADOA 5A5WA 4JTJA 2NV2A 4E38A 2X1UA 3LV6A 1D3HA 3I6RA 4OGZA 1KFLA 3S6DA 3TAOA 4XKYA 3DFQA 3LCHA 3SGUA 2CLMA 3SGZA 4OWGA 1MEIA 1KW1A 2O7SA 3GIYA 3QMTA 4JTTA 3U2OA 2QUTA 4UR8A 3PSWA 1PE1A 3W2KA 1SO5A 3OBKA 2G97A 2NX1A 5AOUA 2DZSA 4ML9A 4KFOA 4FNRA 5CSSA 1FCQA 2B0MA 1X7FA 1TMHA 4XTDA 1VCGA 2HS8A 4JR5A 4UR7A 1I4NA 4IXHA 3DAQA 1GQNA 1SFLA 1LTDA 3C52A 2YFOA 5K9XA 2CFFA 5MHBA 1ZAJA 2GVLA 3TU9A 2YYTA 1PL9A 2CZEA 4DELA 2XFWA 3HG2A 1JJKA 3N14A 3C56A 4O53A 2JGYA 3QH2A 5FEXA 2VEPA 1FXQA 2NXGA 3MYPA 1Q45A 4MZ8A 3G8RA 4ONVA 3CTLA 1LP6A 3L66A 3L2IA 1KV8A 1NSJA 2PC4A 4MZ1A 3BW3A 3M41A 4HSOA 4IMGA 1CW2A 3WK0A 1FWTA 1ZFJA 3NQVA 5K9DA 1SPQA 3D0CA 2A7NA 3GDLA 2E77A 2QUUA 2WNNA 2ZZ4A 4EWND 1XUUA 4XBSA 1QPRA 3PG8A 2A4AA 1WYIA 3HOJA 4JTIA 1QR7A 1NEYA 3TMLA 1BEUA 3NL2A 5I3FA 2V81A 5D03A 4GUGA 1F05A 4DEFA 4Z0JA 3EWYA 1OHLA 2WSQA 3WJWA 4EVZA 4EIVA 2ISVA 2A2IA 5D2TA 5DBTA 1I45A 3EKLA 1C8VA 4ZZ9A 4JX6A 3W7EA 5AHLA 3W7JA 3NL3A 4HPXA 1TPDA 3W7CA 2Q3RA 4M6QA 3E96A 3T4CA 5KINA 3BPWA 4FNPA 2VENA 3PC0A 4PA8A 4BWLA 1PHQA 4JTLA 5FEZA 5KMYA 3W1AA 4UFIA 4S2BA 4EF8A 3NQ7A 3I68A 2R14A 3E49A 2WPBA 1H7PA 5CZJA 2Z6IA 1K7FA 1S5WA 3S1XA 5KZDA 5EA9A 1YTDA 2RDTA 1G4SA 1F74A 5I3KA 3IV3A 4ZQOA 2YSWA 1BWKA 1JCJA 4LVDA 4AB4A 1WX0A 3UWQA 5TIMA 3DBPA 1RZMA 1LLWA 5HR7A 3IIOA 1KM0A 3NQFA 2A85A 1MXSA 3QQ1A 3W88A 1SZNA 3PR2A 4WOQA 1EPXA 4UIOA 4K37A 3IIPA 1G4TA 1F7BA 4A3UA 4LTSA 2QAPA 5L9FA 1S3HA 3MHUA 3NZ1A 3PF3A 1O60A 1TPC1 3RNDA 4UFKA 3TXVA 1VPXA 3O1NA 4HKPA 1ZY9A 3EWUA 1SO4A 3G3MA 1JUEA 3LV5A 2J88A 3GAYA 1QPOA 4CQ8A 3UPBA 4NT0A 2NXHA 1K8YA 4OV4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OXN A;  1LBL A;  1EYW A;  3NDZ A;  4BF9 A;  8A3H A;  3QRH A;  3GS6 A;  1EDT A;  3CPR A;  3E0W A;  4Q8W A;  1IWA A;  4MJ4 A;  1TTI A;  5M17 A;  3PBY A;  3ATY A;  4HCL A;  2NX9 A;  4C5Z A;  2DZT A;  3R0D A;  3B97 A;  3HM7 A;  1RVG A;  1TJ2 A;  4AZ5 A;  1Q4N X;  5FCZ A;  2CIT A;  4GD0 A;  4PCS A;  4CNP A;  1XR2 A;  4EXQ A;  1K9F A;  1HG3 A;  4GAB A;  2A7P A;  3NDY A;  4MFD A;  2I1O A;  1F76 A;  3IV8 A;  3TN4 A;  2OYL A;  3TCE A;  3WQ6 A;  2J6V A;  2DVX A;  4NP7 A;  1WZM A;  4KEU A;  3SBF A;  3CUG A;  4IQE A;  4DJE C;  1B1Y A;  1E15 A;  3UZW A;  2W62 A;  3VNL A;  3MSY A;  3SO7 A;  1KFB A;  1JI1 A;  1URO A;  3OZO A;  1RHC A;  1GQK A;  2VUN A;  3OGV A;  2PDU A;  2ZBT A;  3GD6 A;  1TSI A;  5CG0 A;  2E8Y A;  4RNI A;  1ESW A;  1R2R A;  1DQU A;  3RX4 A;  5EYW A;  3F2C A;  2GQ8 A;  4HA0 A;  3SSJ A;  3HQN A;  3M7W A;  1R3Y A;  3GDT A;  1DIK A;  1CXK A;  2OLH A;  5GQB A;  4Z1B A;  1FUY A;  3OHM B;  1XLD A;  2BGS A;  2UZ9 A;  3OHI A;  3S1U A;  3G5E A;  5A8O A;  1LL4 A;  1HL8 A;  3HG5 A;  1FHL A;  4ZFM A; 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 1SSD A;  1BKS A;  3F1Q A;  3EWZ A;  2FB2 A;  3PZN A;  5DEL A;  1YNP A;  1KA9 F;  1DE6 A;  1HKJ A;  5KZM A;  5J8L A;  3UNT A;  1EA9 C;  3F4C A;  4Y9M A;  5H8U A;  2CBI A;  3NM1 A;  1FWI C;  3SB0 A;  1IHI A;  2ZXA A;  2AL1 A;  3EMQ A;  3UCQ A;  3MC5 A;  4YNG A;  2XIJ A;  3T7V A;  3AAM A;  3EX4 A;  2VR2 A;  4GYK A;  1X8F A;  3ZWT A;  3DFP A;  2I5G A;  1B30 A;  3A3H A;  2I17 A;  2X41 A;  2YLA A;  1QDS A;  1E55 A;  1RAK A;  2QUV A;  4TX8 A;  4OEC A;  2XGZ A;  2VR4 A;  4RNJ A;  1SZG A;  4F0S A;  1YAD A;  1XKY A;  3ZT5 A;  3ZIZ A;  1UWA A;  3PJW A;  5HWJ A;  4DZ5 A;  5I3H A;  4KBX A;  1W9P A;  1SM9 A;  4LAN A;  3AWO A;  3KTS A;  5HR6 A;  3N3T A;  1K6W A;  4IGM A;  1XCX A;  4I6K A;  3OBA A;  2WZI A;  3SJ3 A;  2BNJ A;  3UXK A;  1V0L A;  4M1B A;  3KHJ A;  2G95 A;  3RCM A;  3LTP A;  3S1W A;  4LEF A;  2VDG A;  3L4X A;  1Z89 A;  3A5F A;  1TQX A;  2YB4 A;  4GKT A;  2XN1 A;  1X39 A;  3GH4 A;  2C3Z A;  4KGJ A;  3W01 A;  2FZ8 A;  2JIW A;  3LGD A;  2YPI A;  3QW4 B;  1FKX A;  5C6M A;  2Z1B A;  1E9Y B;  2WJE A; 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