3RK8 | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
publication title	Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 A resolution rcsb
source organism	Acinetobacter baumannii
total genus	117
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2011-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3rk8A00

1H7WA 2V2DA 3NNTA 3IIOA 4CNOA 1GYLA 3BLIA 1EEPA 1TJRA 5E93A 3ANYA 3DENA 3T44A 4IPJA 4ZQNA 1QPNA 1GZGA 1NF7A 4M6QA 1B3OA 2YZRA 1SPQA 4IOTA 1P1XA 1OF8A 5G2WA 1VLWA 4A3UA 3LGEA 1M7OA 1IXOA 2ATSA 3NQCA 1OHLA 1FCUA 1DORA 2J9ZA 3DU0A 3E96A 3WJXA 5K4ZA 1LRQA 4NJHA 3CC1A 5J5RA 3P7YA 4PFMA 1FCBA 3UQNA 3KVLA 4O1CA 4I7WA 1EP2A 4HNVA 4GUJA 5F1VA 2FIQA 3NL6A 2FPYA 3VE7A 3PSVA 2RDWA 3G18A 1SW3A 2QF7A 4QNEA 1VJIA 5F4WA 1W3NA 1S5WA 1TIMA 1YLVA 3DI1A 3L9CA 2TRSA 4BI7A 3OVQA 4IGHA 1TV5A 3G1DA 3PUDA 4GUGA 1XDLA 4LV9A 4X22A 4DXVA 3S42A 3RLVA 4E0CA 2QCFA 2JKPA 3MI3A 1QFEA 3ZWSA 3SY5A 4DO4A 2DZSA 5AHEA 5GVJA 1AW5A 2JGQA 4JICA 2QJGA 2OT0A 2VEPA 3DI0A 1VS1A 4UTHA 1L6SA 2EKCA 5LHFA 2V9DA 4C1KA 5D2WA 1W54A 2PRMA 5HWNA 2J88A 4UFIA 1W5NA 2Y6ZA 2AAMA 2QDHA 2NWSA 2QCGA 1EP1A 5KTLA 3S5OA 3L5LA 1LRTA 3FLUA 4GBUA 3G0SA 3PB2A 4ZQPA 4DQWA 3WK3A 1H63A 5C6MA 4OE7A 3HO8A 1OFRA 5U7SA 4M5PA 3C4UA 1HO4A 4I9AA 3UXAA 3WJWA 1GVOA 1KM1A 3L65A 4UFHA 2DZXA 2FFCA 3HPSA 4FIRA 4HPXA 5K4XA 1CI1A 3QYQA 3GR7A 2YW3A 1TPWA 5AB3A 3CWOX 1JUEA 1XBZA 3W1AA 4CCEA 4P2VA 4MY9A 4ZL1A 2QJHA 4QM1A 4RXGA 3W2UA 3NL2A 1W3IA 1RVGA 3NG3A 1KM5A 3Q58A 1S5TA 3IIZA 2VFDA 4N02A 3ATZA 3FS2A 4QQ3A 5HJLA 1UJPA 4ONVA 2C15A 2DJLA 1J5TA 4OV4A 4UTUA 3QEZA 3GXTA 1LM1A 3FJ6A 3LXAA 1GT8A 5BOOA 1R2TA 1TO3A 4JDYA 4Q33A 5D37A 1FCVA 4CLMA 2YW4A 3OEXA 1T0OA 1VR6A 3WJSA 3BG9A 1WXJA 4O17A 5LHEA 3HIJA 4Z0SA 3IGUA 4XZ9A 3E12A 3TMLA 4N2YA 1L2UA 4HNTA 3S5YA 3LRLA 1FWWA 3W9ZA 5K7JA 4K37A 4M19A 4IQLA 4LU0A 1W5QA 3VNDA 4G1KA 1Z42A 1TQJA 3W1QA 4L4LA 4DELA 1FWTA 4CNPA 3I7RA 3O06A 1OFBA 5KMYA 2VFGA 3C52A 1SZEA 3I6RA 1XL9A 2V2HA 1SR9A 4U4MA 3HF3A 3MBDA 1LLZA 1KA9F 1ALDA 1QDSA 5A8GA 3W2NA 4UMAA 1RQHA 3W2MA 1TYGA 2BSLA 1G4SA 1YTEA 1LCOA 1LOLA 3LHZA 4FF7A 3UZJA 1EB3A 1KFLA 2Y62A 2PRLA 3B8DA 5D32A 2CLKA 3SR7A 1GPWA 1IF2A 3W75A 3C61A 3CIXA 1JUBA 5FF7A 3LCFA 2ZZ7A 3OHIA 1I2QA 3BLFA 2E6DA 1F76A 1J2WA 1JRBA 3S6DA 3UNDA 3HOJA 3QJAA 5HQEA 4CNNA 3W74A 3GR8A 4MJZA 2FB2A 1AK5A 2ZRYA 3LCIA 3C2EA 2CLMA 2V30A 1RR2A 5L6UA 3TJXA 1BWKA 4JNMA 4XUGA 3KOFA 3GYEA 2A6NA 3N9RA 2D73A 5DCEA 3RMJA 4O11A 4YCOA 3DFSA 3TFXA 3LTYA 4UTTA 3EX3A 1OFAA 3A9IA 2ZFAA 2NLIA 1YADA 3GNNA 4AHPA 4PL1A 4HNNA 1MO0A 5LGXA 4UC5A 5E1QA 2ZCGA 2QCLA 3G3MA 1P0KA 3TX9A 4AWSA 1NF0A 4OHQA 4Z08A 2GVLA 4DF2A 1QOQA 4GXMA 1RPXA 1XC4A 2C6QA 3W1NA 1SW0A 3QW4B 3SECA 4S2BA 1HFBA 1DBTA 1TPEA 4UR8A 4GJ1A 4I7VA 3G1YA 3S0CA 1H62A 1A50A 2O7SA 3S5ZA 3EWUA 2YDAA 3LTPA 4GE8A 3O15A 1G4EA 5IBXA 3BG5A 4WD0A 3O8AA 4FNRA 2Q8LA 1K7EA 1R46A 2NX3A 3BVJA 1O95A 3W1PA 4XTIA 3MHGA 4JTLA 3HGSA 3CT7A 4MYAA 1XKYA 3RK8A 2Q8ZA 3E9AA 4MZYA 1ONRA 4BF9A 3UWUA 4LVBA 2ZZ4A 5FF3A 5DXXA 3MHFA 2C0AA 4NZFA 1UUMA 1W0MA 1K3UA 3VI2A 1OABA 3FFSA 3W2KA 2X1RA 1IIGA 1KLYA 3B06A 4O53A 4ML9A 5D09A 1M6JA 1OX6A 1PHWA 1SO3A 4JIPA 4FX7A 1TCDA 3TIMA 2NXIA 2ZRZA 1QPRA 3ZR4A 3MP5A 3TROA 1SZNA 5DBTA 4H6KA 4DF0A 3HPZA 4C1LA 1TPUA 3SIZA 4AAJA 3P61A 1G4PA 2ISWA 1F6KA 4A2SA 5AC8A 1KFJA 4RZ5A 5G2IA 4JN6A 4JTKA 1I2RA 4IWWA 2TSYA 3G8EA 3GK0A 4WZHA 3NPWA 1LTDA 2A21A 3IIXA 3S1UA 1W3TA 1RQBA 3TE9A 3ABSA 4JYDA 3W87A 3QC3A 4LS2A 3C3NA 1WDWA 3M43A 1OK6A 1QNVA 1K7FA 3PG9A 4JYEA 3KAOA 2QDGA 1SSGA 2RH9A 4TO8A 1TPH1 4LC8A 3P8JA 4MYXA 3N3MA 2QCMA 4O1BA 4IX0A 3C8FA 3W7GA 5C54A 2XN0A 3G1XA 3OA3A 4AH7A 5DCBA 3C2VA 5KZEA 5HINA 2LLEA 1VLIA 3EXRA 3FYOA 4DEFA 1EIXA 4CQ9A 3NGJA 2C18A 1EPXA 3EWYA 2WSYA 3NQ8A 2I14A 3GAKA 2Y7GA 4RCXA 1LBMA 1HO1A 5H91A 2HSAA 2E5BA 3W22A 5FF2A 2BWGA 3R13A 1PV8A 3SGUA 4MIMA 3HJZA 3STFA 5EY5A 1F2JA 4DF1A 3ATYA 3G1HA 1Q6LA 2A0NA 3R2GA 3NL5A 4UTWC 3W1XA 1F05A 1DJNA 1YPIA 2CLIA 3W7IA 5D2VA 2GQ8A 3KHJA 3O6CA 3N2MA 3E02A 2X16A 4POCA 3EWZA 4BI5A 3HB9A 1OG0A 3P67A 4O0KA 4Z1BA 2GQAA 3W1TA 3C2OA 1ZFJA 3LM7A 3EX1A 5G4WA 2Z6JA 4ALDA 3EWWA 3ZWTA 3P82A 5KSWA 5K9XA 4RZ6A 1OVDA 3W85A 4KKXA 1EA0A 1Q45A 4FNPA 2TYSA 6TIMA 1TJPA 3NM3A 5SWUA 4UMCA 1GTHA 3PULA 2AQWA 3G22A 1U5JA 3TJLA 2V5LA 5FF4A 3GDKA 3WK0A 1JCXA 4MVAA 1GYNA 3W1RA 3B05A 4O1AA 4BWLC 1EP3A 3A5FA 5K3VA 2XN1A 4N4QA 1P5BA 3TQ0A 3LBMA 5I3IA 4O8RA 3MHUA 3UWYA 4UFJA 2Z0IA 1YPFA 2Z6IA 5C55A 2ZZ5A 2VENA 2HS6A 2TPSA 3QRHA 4N6EA 3TW6A 1JCLA 3QMSA 1YXCA 2YR1A 2Y61A 3PBWA 3O16A 2FQIA 3B04A 1QR7A 4Q32A 5CPMA 5EKYA 4OQVA 1JCNA 4LV4A 3NAVA 2DZPA 4NXSA 4NJGA 2QAFA 4MLRA 2A6LA 4JS3A 4NX0A 3LOTA 1FDJA 2HTMA 5CSSA 3IV3A 1PE1A 4PEKA 3P84A 1TQXA 4O18A 5BMWA 3NQGA 4LW7A 1MSSA 3TDFA 3FKKA 4HKPA 1FY6A 3W73A 2QAPA 1A5CA 4QIUA 3M1ZA 1MEHA 3NEVA 1MEWA 3G8RA 3P60A 3PSWA 1QOPA 5AYZA 1UCWA 4JTHA 1G6CA 3LI1A 3M7WA 3W72A 4GUIA 3IEBA 3B0UX 1LROA 4DO5A 1RQEA 2QUVA 4Y8FA 2QJIA 3HGRA 3MWAA 3DHFA 3U2OA 1DVJA 1CW2A 3KX6A 1OJXA 4QNWA 1H50A 3L21A 4HSNA 3NZ1A 1ME7A 1PHQA 2TMDA 2X2GA 2G95A 2H8XA 1KFKA 4RV8A 4OV9A 5KINA 1W5MA 1XBYA 3T55A 5DCDA 3N73A 1LLWA 4FX8A 5G1YA 2B0MA 5G5IA 1TB3A 4IMGA 5J5DA 1TMHA 1ZAIA 3DFPA 2BXVA 3M5XA 5AN7A 2OZ0A 5DLCA 4XBSA 3UWVA 5LNSA 1F5ZA 1I2PA 3BARA 5D2XA 1ZJIA 1GVQA 4AWUA 3TMQA 3RU6A 1SO4A 5KZDA 4LNYA 4MZ8A 1YYAA 4TMCA 4A21A 3YPIA 3NQFA 2B7OA 4UFKA 1KW1A 4MKNA 2ISVA 3RNDA 1R2RA 3U8GA 1VCVA 4JY9A 3W7LA 4JGDA 1QCWA 2X1UA 4YXGA 1RV8A 1MEIA 4YWIA 4MUZA 1JR1A 3TSDA 3T78A 3H54A 3GAYA 4NJKA 5KZMA 2ZRVA 4LTSA 1VCFA 2VKZG 1BEUA 3TNOA 2C14A 1H51A 4UTKA 5F2IA 3LHUA 1Z41A 2W6RA 3WJYA 5HWJA 4FEZA 5DXYA 5BRBA 3LV5A 5AHNA 1H7PA 2QEZA 1WA3A 1WBHA 3S1VA 5HNRA 1HUVA 2X30A 3E0IA 4JTGA 1AL8A 3F4WA 3LBCA 3L67A 1J4EA 1ZHAA 2V0TA 3LCLA 2XN2A 4Z1DA 4NZJA 1FWNA 1B4EA 5EPDA 4E38A 4AVFA 2WQPA 4GRSA 1VHCA 1VRDA 4EWND 1MZHA 3MYPA 3O07A 3TXVA 1U83A 3EWXA 1H7RA 3NOEA 1TTQA 5DY3A 2EGZA 3K30A 3CEPA 4QITA 4Y9AA 3M6YA 5U4NA 1IXQA 1BKSA 2Q3RA 4WOZA 3WK2A 3CM4A 3UYCA 2DP3A 3IVTA 4O28A 3QSRA 1JUKA 1YXYA 2DU2A 1ZNNA 3BO9A 1PCKA 3GXPA 3BG3A 2F7FA 2G96A 2DZUA 3NQ6A 3Q94A 3EXTA 4WXYA 4UR7A 3U6WA 3N2XA 1TREA 3WK1A 1A5BA 4HNUA 4J9JA 3DFOA 3DBPA 4QISA 3DAQA 5AYYA 5FESA 3TFCA 2NV2A 3QPZA 5LGZA 4AHOA 4QSHA 2QCNA 3QQ0A 1LBLA 1W5PA 2JGYA 5D33A 2R94A 2PC4A 1LOQA 1SW7A 3S9YA 1JQXA 4WXZA 3PUOA 2WNNA 1SZFA 4O1DA 4RXFA 5FEPA 3HPXA 3HG3A 1YDVA 1QWGA 2PCQA 4K36A 2A7NA 4S1FA 3LV6A 1PCWA 1DL3A 1QO5A 4ZQMA 1FWRA 3QQ1A 3NA8A 4LUJA 4LY8A 1DHPA 1VGAA 4AXKA 4DBEA 4IMDA 1QPQA 3BW4A 5I3HA 4JDBA 4BI6A 2V81A 3TAOA 3QM3A 3UPWA 3W7RA 3M16A 4JYFA 3LXBA 3TR2A 3PY2A 4IMEA 2WNQA 4ADTA 8TIMA 2ZBTA 2JKEA 4O50A 5D2YA 3UWQA 1ZENA 1Y0EA 2VEMA 1S3HA 1ICPA 4UTTC 4H4IA 3SZ8A 1TTPA 1KM2A 4MY8A 3WFAA 1V7YA 3W84A 3LHTA 3NQ2A 5AHLA 1XFBA 1WAUA 1KTCA 2G97A 4GUHA 5HWMA 1TSIA 4WQ6A 4NXKA 1LOSA 1Z44A 2X1TA 2P0OA 5D04C 5FEWA 1KM3A 2OMAA 4R34A 4O52A 4Q4KA 1T99A 3T7VA 3TU9A 1BTMA 4JTUA 5T26A 3LHWA 2W0UA 1AW2A 4IMFA 5DY2A 3USBA 3W7KA 1ZAHA 4NNCA 4EF9A 4O4VA 4N9DA 3EKLA 2PE4A 2NUYA 3IIPA 2EPHA 2DZVA 4A2RA 5F2MA 2OX1A 2GPTA 1QMLA 2WPBA 1KFEA 3F03K 2E6YA 3AO0A 4AHQA 3GLCA 4UTJA 2YCEA 3HMJG 3SGZA 4BK9A 1FXPA 5IBXC 3L0KA 4HSOA 1FCQA 3BGGA 1G69A 3W7JA 3PS7A 2ZRUA 2YYTA 3VKJA 2FJKA 1VHNA 3QZEA 1XXXA 1H7OA 1RD5A 3B0PA 2WV8A 4O16A 3V1PA 1GWJA 2DZTA 5KITA 2WNZA 4EVZA 2NUWA 5ABTA 3P5YA 3TKFA 4ZQCA 1KTBA 3IGXA 4M7SA 3SJ3A 3DH7A 3EKZA 1NFBA 2WSQA 3Q2DA 4WY0A 2NX9A 4S2CA 1KBIA 3TC7A 4WX2A 1LBFA 3PM6A 2JK2A 2E68A 3LDVA 2ZA2A 3SFKA 2CZEA 1EUAA 2A4AA 4N9CA 2YFOA 3GKFA 3OVPA 3GX9A 3KVJA 3C6CA 3GDLA 3AJXA 1OFPA 1M5WA 3R8RA 2ZZ3A 1KV8A 2QUTA 4ZQRA 4DO6A 3NDOA 2FPTA 2B7NA 4FB7A 1XBVA 4FIQA 1GVFA 5DBUA 2DZWA 3G1VA 1QO2A 1TV7A 2QCDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RK8A

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