1RQHA

Propionibacterium shermanii transcarboxylase 5s subunit bound to pyruvic acid
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
471
structure length
470
Chain Sequence
REIEVSEPREVGITELVLRDAHQSLMATRMAMEDMVGACADIDAAGYWSVECWGGATYDSCIRFLNEDPWERLRTFRKLMPNSRLQMLLRGQNLLGYRHYNDEVVDRFVDKSAENGMDVFRVFDAMNDPRNMAHAMAAVKKAGKHAQGTICYTISPVHTVEGYVKLAGQLLDMGADSIALDMAALLKPQPAYDIIKAIKDTYGQKTQINLHCHSTTGVTEVSLMKAIEAGVDVVDTAISSMSLGPGHNPTESVAEMLEGTGYTTNLDYDRLHKIRDHFKAIRPKYKKFESKTLVDTSIFKSQIPGGMLSNMESQLRAQGAEDKMDEVMAEVPRVRKAAGFPPLVTPSSQIVGTQAVFNVMMGEYKRMTGEFADIMLGYYGASPADRDPKVVKLAEEQSGKKPITQRPADLLPPEWEKQSKEAATLKGFNGTDEDVLTYALFPQVAPVFFEHRAEGPHSVALTDAQLKAEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords transcarboxylase 5S subunit
publication title Transcarboxylase 5S structures: assembly and catalytic mechanism of a multienzyme complex subunit.
pubmed doi rcsb
source organism Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii
total genus 194
structure length 470
sequence length 471
ec nomenclature ec 2.1.3.1: Methylmalonyl-CoA carboxytransferase.
pdb deposition date 2003-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF02436 PYC_OADA Conserved carboxylase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1rqhA01
1QOQA 4JDBA 8TIMA 3GR7A 2R94A 3VNDA 1O5KA 3W7IA 3W2UA 4UTWC 5I3JA 3I7SA 2NXGA 4NJHA 3L21A 4NNCA 2HMCA 3FKRA 3W7EA 3PM6A 3GIYA 1TPVA 1Q45A 4M7SA 3LI0A 1KTCA 5IBXA 5BOOA 2PE4A 2RDWA 4UFHA 2ZRZA 1P1XA 4DPPA 2FJKA 5EY5A 3DGRA 2QJIA 2EGZA 2O7SA 1ZALA 3LCIA 4Y6GA 1TO3A 3C2VA 2E6FA 3DH7A 1RD5A 3DFQA 4NZFA 3NO5A 2I1OA 3TE9A 3W7GA 4JTJA 1WV2A 3LM7A 4MJZA 3W7MA 1XKYA 5TIMA 3LDVA 3GDLA 3M7WA 4JEQA 3HF3A 4AMAA 3CTLA 3NR0A 1XC4A 3CIXA 3E12A 1DL3A 5LGXA 2NUWA 2ZZ4A 3W70A 1LRNA 4N4QA 2XFWA 1H7NA 3Q94A 2QCLA 1DV7A 1JCLA 5BNKA 5CG7A 4UTJA 1QR7A 2EAWA 4E2DA 1O95A 4O1DA 4GFSA 1I45A 2NV1A 4Q32A 5U7SA 3TC6A 1NEYA 4KWVA 4Y90A 3K30A 2DZWA 1ICSA 5SWUA 1LRQA 2C15A 4PA8A 3DENA 4XBKA 1O4UA 3QPYA 2E5DA 2C6QA 2VFFA 2VENA 3W75A 4RXFA 5DXYA 5LNWA 1JCYA 1GZGA 3KVMA 5D30A 4PL2A 4UTTC 3CIWA 3WJXA 3G24A 3PB2A 2XN1A 5C2XA 3MO7A 4IGHA 3SY5A 3QPZA 1KM4A 4BF9A 1KTBA 2BLEA 4O12A 4QM1A 2VFGA 1LM1A 1R46A 3IEBA 5C5YA 4UFIA 2BTMA 4AF0A 3P67A 2DJXA 4IX2A 1A5AA 1VGAA 4E2BA 1G69A 3THAA 2F7FA 2ZRYA 1XL9A 2WO5A 4GUIA 5C6MA 4L4LA 3GYEA 1QFEA 4CCDA 3DZ1A 3BV4A 3O06A 4JR5A 4FNQA 5DELA 3IV3A 5AHNA 3NQGA 2BSLA 3TUUA 3EWYA 3HG3A 1JUKA 1YTDA 1H63A 2I14A 2Y89A 4O13A 5CSSA 2ZFAA 3I68A 2QDGA 3A5FA 3C2EA 5KMYA 5AYYA 1HG3A 1GTEA 3W83A 3P7YA 1V7YA 3A9IA 1MZHA 1TPDA 4C1LA 2Y7GA 1EPXA 2V5BA 2YX0A 3N34A 5KSWA 4DO5A 4LS0A 3DI1A 3HGRA 3WJWA 2X16A 4ZQCA 4CNOA 2Y7EA 3UWQA 2H3BA 2D73A 1EWDA 3EXRA 3GK0A 4R33A 1GVSA 5EL1A 5FESA 3EWZA 3G8EA 3GXTA 1BTMA 3EWUA 4ADUA 5D2VA 4LVBA 2Y88A 4LVAA 4AEOA 4DPQA 1PVNA 4KFNA 3N14A 5EA9A 3HO8A 1I2PA 1S5TA 4XBSA 3GDRA 3TR2A 3MJYA 4JTLA 3L5MA 2QDHA 2YGYA 4UNLA 1GG1A 1Y0EA 3CPRA 3NQMA 5DLCA 3QMRA 3W7NA 3G1HA 2NUYA 1UUOA 3KOFA 3B0UX 4JTIA 3G0UA 1EUNA 2KZHA 3W2LA 4RR4A 4XTIA 3KHJA 1LLWA 1X1OA 1H7RA 4ONVA 4WY0F 1R2TA 1SUXA 2ZRUA 4EF8A 1RQBA 1Q6QA 3WK1A 1DKWA 3C6CA 3LV5A 2UV8G 4I7VA 4WXYA 3Q37A 5AC8A 1GOXA 1KM0A 1UASA 3RFAA 1OFAA 5CPLA 3KVKA 4PC8A 5D2XA 4Q33A 1UB3A 4ZQPA 3S1WA 3MUXA 4O4WA 2FPTA 4K36A 2QCDA 3FOKA 3M9YA 1RZMA 3BGGA 1G4PA 5AB3A 1TB3A 1OFOA 2V2CA 4O1BA 3TCEA 2V5LA 2B7NA 2C0AA 2TYSA 3UWVA 3HJZA 3E96A 1B4KA 2RDUA 1F6PA 2C1HA 3B05A 3FJLA 1FUYA 3BGJA 3GAKA 4IMGA 4GRSA 1OK4A 4O17A 4N9DA 1TRIA 2DU2A 2OX1A 3BVJA 4J9JA 5D03A 1IIHA 4AWSA 4MYXA 3HMJG 1GJPA 3W1RA 1TRDA 1A5BA 3DKLA 3A22A 3CU2A 5CGQA 3WK3A 3O63A 3LTYA 3C8FA 5KZDA 3TKFA 4DEFA 1LBMA 2H3DA 3FYOA 3ATZA 5KITA 2GQAA 5FEWA 2Y70A 1DBTA 3MI3A 2X1UA 5BMWA 1VRDA 3C4UA 1X8FA 3CT7A 4ICNA 4QAIA 1HL2A 1NSJA 3O16A 2TPSA 4TO8A 1MEIA 4LOCA 5FF4A 2NLIA 1W5MA 4GUFA 1ZAJA 1FDYA 3HGJA 5AHEA 2V82A 2NWRA 4RX0A 3NYZA 4JXCA 1T8XA 4DELA 3G8RA 5E0KA 5DY3A 1E51A 4YL2A 4HIBA 3M0ZA 5LGZA 3W22A 1KV8A 2CZ5A 2CLHA 4H4IA 3QC3A 4X2RA 3W72A 5LZLA 1XUUA 1YDVA 3S1UA 1G4EA 1BWLA 2PC4A 5D05A 4GC4A 4QQ3A 1QCWA 4M5PA 5K9XA 3GNNA 1DHPA 3O6DA 3KVJA 3TROA 3WJYA 2JKPA 2YR1A 3KFTA 3P80A 1WBJA 4JIQA 4UTIA 4WUIA 3VKJA 2ZDRA 3P8JA 1G7VA 3T44A 1FQ0A 2OJPA 2YYUA 1Q6LA 1QPQA 2VEMA 2J6XA 2JK2A 2B7QA 2QCFA 4LS2A 3S5NA 2W0UA 3P60A 4ADSA 3LLDA 3S1VA 3T55A 5GVJA 4LVGA 2ZTJA 3W23A 3W84A 2E6AA 4KKXA 3IIPA 3MYPA 3ABSA 1IF2A 3BK0A 3TFXA 2PRLA 1VZWA 4FB7A 1TV8A 2FB3A 3CLMA 2RHGA 4DBEA 2AAMA 3L67A 4UXDA 1ME7A 4JX6A 3UWYA 5AHIA 2YXGA 4DF0A 1TQXA 4XZ9A 1UCWA 3LCXA 3MHFA 1PS9A 3PBYA 1YXDA 2HS8A 3MBFA 3QSRA 2QCEA 1F2JA 1HO4A 1JJKA 4WX2A 3CQ0A 4ZQMA 3TXVA 3M41A 4X3ZA 5EPDA 2QCHA 5KINA 1K7FA 3DXIA 1XBXA 4LV9A 1TTJA 4UFLA 5KZEA 3NPUA 1KTNA 1A53A 4LW7A 2Z1BA 1Z48A 3QH2A 3EX3A 4GUJA 4NUWA 4FNUA 3S9YA 5LHEA 3LCFA 5HJLA 2ZA3A 1W56A 1JUEA 1TPH1 1UBSA 2YSWA 5H91A 4JYEA 2ATSA 3STGA 3B0VC 1OFDA 2V81A 4TU1A 4MPQA 1GEQA 1SW3A 3R5EA 4ZVJA 3ZFHA 3EEGA 1VCGA 4BI7A 1IXNA 1XI3A 2QUTA 2X30A 4LV4A 2JBMA 5CZJA 7TIMA 1ADOA 4ZMGA 4KFPA 4FNPA 3G22A 3TAKA 1YTEA 1W3NA 1X7FA 4NNAA 3V1PA 4UTKA 3L9CA 4UTUA 1JCXA 1Z42A 2Y6ZA 2E5CA 3G0SA 5F4SA 4OU1A 1JRCA 2F84A 5K9CA 3DU0A 3FS2A 1FX6A 3L5LA 3QF0A 1Z41A 5I3KA 4WY0B 1SSGA 5FF0A 2GJLA 1SQ7A 5FF7A 3EKZA 1GT8A 3SIZA 2H6RA 3FKKA 2QCCA 3I7RA 1W5NA 5AYZA 4UNKA 5AOUA 3L0GA 4KWWA 3V75A 5CPOA 2QUVA 2E5BA 1YXCA 3EKLA 1QPRA 2QCMA 1B4EA 4UFJA 1I2QA 1U5JA 1NVMA 2Z6JA 2VC6A 3L2IA 1HFBA 3EB2A 1I2NA 2RDTA 1OX4A 3SW6A 4LS1A 3FIGA 4MIMA 1TREA 4YXGA 1YPIA 5K7JA 3NOEA 1EB3A 1GVOA 4KFOA 4FF7A 4O18A 4LC6A 4G1KA 3LBMA 1EEPA 3NQ2A 4IWWA 2TSYA 4AVFA 4CCCA 4W9TA 3IIOA 2FB2A 1A5CA 4UTWA 1IXOA 1W54A 4JX5A 4UIOA 3PBVA 5FF2A 3TH6A 4O14A 4HT3A 3KRUA 3QEZA 3TDFA 1H62A 3W07A 4P2VA 5D09A 3SGZA 1FY6A 1HO1A 1GYLA 2CLKA 1TPC1 3EXSA 4XKYB 1FXPA 1KFCA 4JTFA 2Y7FA 1OYBA 3QRHA 4RZ5A 4GUHA 5K4ZA 2ATMA 3LRMA 4JY8A 4RJEA 3W85A 3MI6A 2JGYA 4O52A 4WJEA 3UD6A 4FNTA 3DBPA 2GVLA 5F2GA 1TYGA 2Y7DA 4O8RA 3DKJA 1RPXA 5G5IA 3STEA 3NM1A 1WA3A 3GXPA 4DBDA 2WNQA 1Q6OA 2VEPA 2Z6IA 3W1XA 3HGSA 1FWSA 5HINA 3W7CA 1VLIA 1C8VA 4QNEA 5K3VA 3W7QA 1GVRA 1L6YA 4TMCA 3OVRA 4RXGA 1EWEA 2VFEA 4CNPA 2Z2UA 1QPOA 1H7PA 3N73A 2DZVA 3TJLA 1LOLA 2NWSA 5D2YA 1N55A 3F03K 2WOQA 5D2WA 2EHHA 3T4CA 1K03A 2EF9A 3HBLA 2ABBA 3TAOA 1B9BA 1XFBA 4BK9A 4N4PA 3W2KA 3THQA 3GDMA 5K2ZA 3USBA 3TJXA 4UTTA 3OBKA 4MVAA 4UR7A 1FXQA 4IMEA 1H61A 2J24A 1SO6A 2X2GA 3UWUA 1W5PA 3W2MA 1LLZA 1WQ5A 5TQLA 1F6KA 3PG8A 3GZ3A 4JIPA 5F4WA 3NA8A 2Q8ZA 1K3UA 2QEZA 3MMTA 2CZFA 4JTTA 5CKSA 1FWNA 3R13A 3LCWA 1LOSA 3WK2A 4R34A 2G96A 3VE7A 1WAUA 1WX0A 3TC7A 1WOAA 3FJ6A 2ZRXA 1SPQA 3MHUA 4IUOA 3PUOA 3P5ZA 2PRMA 1XXXA 1M7OA 3R8RA 1C9DA 2GJNA 3CM4A 2Q3OA 2JKAA 1G67A 1OHLA 2NX1A 3GDTA 3S1XA 4JX4A 3NQCA 2ZZ6A 3MP4A 2VEKA 3HPSA 2QF7A 3NGJA 3BLEA 1AL7A 1FWRA 3HQ1A 2QKFA 1LP6A 2E68A 2NX9A 3LI1A 5HUPA 4GUGA 4FX6M 4JTSA 3PSVA 1OFRA 3DI0A 4UMCA 5DBUA 2Q8LA 4DO6A 1H51A 3C56A 1DVJA 4DO4A 3BG9A 4Y9AA 3TNOA 4N9EA 4XWUA 4BWLC 1GPWA 2BX7A 3BG5A 1VQTA 2C13A 1RQHA 3W9ZA 3RMJA 3SSJA 1P5BA 3LERA 1KLYA 1TTPA 2P10A 1UJPA 2OCZA 4O53A 3MWAA 1YPFA 3NAVA 3R2GA 3WK0A 1L9WA 4YCPA 1QWGA 4AWTA 3DFNA 3UPWA 3L66A 3L68A 1FWWA 3NL3A 1SZEA 4ZQRA 2B7OA 3L0NA 1TCDA 3NQDA 3OVPA 5FEZA 2QR6A 4WOZA 5G2IA 5CPNA 6TIMA 4NU7A 3HG2A 1J5TA 3LRKA 1QAPA 3PULA 3N19B 2VFHA 4LWWA 2YW4A 2C16A 4X9SA 2BXVA 4NT0A 3W7OA 5KZMA 1JCJA 2WSQA 2ZZ2A 3W1AA 1X1ZA 3HIJA 3G1DA 4Q4KA 3DFTA 3CWNA 5F2LA 4TX9A 4AH7A 1T0OA 1AW1A 3I65A 3G0XA 4NVTA 3EX1A 2A85A 2QAFA 3NPWA 2CZDA 4MYAA 1PHQA 3W88A 4D2JA 4ORMA 3DAQA 3Q58A 1K8YA 5ABTA 2A5HA 3E49A 4JTEA 1FDZA 5FI8A 3W2NA 3LHZA 4PTNA 2CFFA 5AYXA 1VR6A 1VYSX 2J27A 3GX9A 2EPHA 3NXFA 1NF0A 3NL2A 3B04A 2LLEA 4UFMA 3CWOX 4MJMA 1GWJA 1H7WA 4MFEA 5AHLA 3EX4A 1ML1A 3T7VA 1SU5A 3B4UA 3BG3A 2E6YA 3LXCA 3M5ZA 3SR7A 3CEUA 4U4MA 3NL6A 4CNNA 1SSDA 1R47A 1EP1A 4AF0B 5HMSA 5DBTA 1SFJA 5KTLA 3TX9A 3OG3A 3BO9A 1JCNA 3O07A 3LTSA 4Z1CA 4A2SA 1XDMA 5HQEA 3A21A 4CQ9A 1JVNA 1ICPA 1PIIA 3LLFA 1KM3A 1Q3NA 3LHUA 1H7OA 1KBIA 3M16A 3UYCA 2WSYA 1W5QA 2G97A 1SO3A 2ZZ1A 4HPJA 1OK6A 4EWND 1ZFJA 2NUXA 1A5SA 3NQEA 1JQXA 2B7PA 1TV5A 4TMBA 2E77A 2DP3A 1G6CA 1W1ZA 2FTPA 3UY8A 5HWNA 3KRSA 1GVFA 3TFCA 1L2UA 5LSMA 4HHPA 1TMHA 1VHNA 5LNVA 2H90A 4XUGA 2ZCGA 2ISWA 1QOPA 2C19A 2TMDA 4ZZ9A 1PHWA 2QUUA 3NQ7A 3NZ1A 1PL9A 1YYAA 3IGSA 2NXIA 1FCUA 1I2RA 4FIQA 3QW3A 3SFKA 3KXQA 1MEHA 5D33A 3LXAA 1KV5A 3W1LA 2FLIA 1VLWA 3NL5A 3PAJA 5LKYA 4BFAA 3NDOA 2WJZA 1H5YA 4FXSA 5F1VA 3BW3A 2ALDA 3T78A 5HUOA 2VELA 3GAYA 3GKAA 3H53A 1LOQA 5J5DA 2C3ZA 3P74A 4I7UA 2DZXA 3A23A 5LNSA 2H8ZA 1ZNNA 1EIXA 1K02A 4EOUA 3LX9A 3KAOA 5DXXA 1RQEA 3W7KA 2CLFA 3ABRA 1ZENA 1KFEA 4M6VA 4DQWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CGU A;  4NZ1 A;  3URQ A;  1GNX A;  2PDU A;  4Y8E A;  4HNO A;  4UTW C;  5I3J A;  1TMQ A;  3IJL A;  1J12 A;  3SCO A;  2YCJ A;  1J6P A;  1TPV A;  1XIJ A;  2Y5J A;  4M7S A;  3LI0 A;  1KTC A;  2Z2A A;  2QYG A;  3S9I A;  1QWK A;  3ABX A;  2ZRZ A;  1B90 A;  1R6W A;  1UMY A;  2PTX A;  3VD9 A;  2I5Q A;  2BGN E;  3KE0 A;  4QEE A;  4CNT A;  4Q8V A;  3CHF A;  4Y6G A;  3VIN A;  3GTX A;  3C2V A;  2OQH A;  4OBS A;  4FS9 A;  4H41 A;  4RUB A;  3DFQ A;  4NZF A;  1Q5M A;  3FDG A;  2DEP A;  2JEP A;  3W7G A;  3T2O A;  4AVO A;  3TW9 A;  1WV2 A;  3SO7 A;  1XKY A;  3AXI A;  4LAL A;  5C0Q A;  2W27 A;  3V5O A;  2ZZ4 A;  2PLM A;  4MG4 A;  1C3F A;  3M7S A;  3DDM A;  1V6W A;  3ARU A;  1QR7 A;  4E2D A;  1T7L A;  2NV1 A;  4Q32 A;  1OC7 A;  4DLF A;  3TC6 A;  4KWV A;  4KEU A;  4Y90 A;  1IR1 A;  4LUT A;  1LRQ A;  2RJH A;  1O4U A;  1XH0 A;  3AS1 A;  2C6Q A;  2VEN A;  3P0X A;  3W75 A;  4RXF A;  1J01 A;  4BCE A;  2J77 A;  5D30 A;  3UA4 A;  1O5Q A;  1QNO A;  4IIB A;  3MO7 A;  2NSX A;  4XD4 A;  3E5B A;  3F5K A;  3CQI A;  1QAT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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