4JTI | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	277
structure length	253
Chain Sequence	MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPARLAQQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQGLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title	Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase. pubmed doi rcsb
source organism	Neisseria meningitidis
total genus	86
structure length	253
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2013-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jtiA00

5K4ZA 3UWVA 1KLYA 4JEQA 1LRQA 2FJKA 1VPXA 3L0KA 3SIZA 1H5YA 3LRKA 1PL9A 3MP4A 4ADSA 3V75A 2FTPA 3E02A 2WJZA 1R2RA 2DZWA 3NQCA 2BTMA 1SZFA 2VFHA 4CQ9A 3OIXA 2TMDA 3MBFA 3LLDA 1LYXA 3USBA 4YWIA 3WFAA 3HBLA 1SW3A 3B0PA 3BW3A 1WA3A 4RV8A 2J9XA 3F4WA 3OVQA 1TPWA 4XWUA 1KFKA 1JUEA 3CWNA 4ORMA 1P0KA 3PC0A 3LCWA 3HGRA 4E0CA 4H3DA 1CX9A 3LCXA 3L68A 1KM1A 1IXOA 1OFBA 4ONVA 2Y61A 3N73A 4UFIA 4JYDA 1W8SA 2V30A 5L9FA 1S5VA 2CU0A 5IM51 1H7OA 1F73A 1G4TA 3FKRA 3MI3A 3TMLA 4NUWA 3F03K 3QPZA 2ZA3A 3EXSA 5FEZA 5CPLA 3MBDA 1AMKA 1SQ7A 5K9CA 1ZJIA 4UFKA 3FEMA 1L6WA 1QNVA 4TMCA 2QCHA 1AL7A 3N14A 3S1XA 1NSJA 3NZ1A 2FQIA 3DU0A 3AJXA 3DZ1A 3T55A 3S5NA 1O94A 1QFEA 4LW7A 3LCFA 2H90A 4ML9A 5EBUA 2PCQA 3W1QA 4XTIA 4UXDA 1JCXA 5DCEA 4JICA 4UTTC 4HNVA 1MZHA 3EWBX 1KV5A 1DORA 2H8XA 1JRBA 1H7WA 1LRNA 3W7KA 3N2MA 1ICPA 4FNQA 1JUBA 1PS9A 4ZQNA 4O28A 1FQ0A 1EPXA 4KWVA 1SFLA 2NX3A 4D2JA 2GVLA 3GAKA 5GVJA 3V1PA 1HTIA 1TPFA 5AB3A 2XN1A 3W2KA 3B03A 1Q45A 2YGYA 3LHZA 5EL1A 2W6RA 2ZTJA 3EWUA 1KTCA 5CZJA 1Z41A 1A5AA 1KM2A 1EX5A 2FPVA 2RH9A 1OFDA 3WJWA 1NEYA 1S3HA 3P5ZA 5BRBA 2NV2A 3M44A 5AOUA 1G69A 1KFJA 1M5WA 3CU2A 4YL2A 3C6CA 1LM1A 5G2HA 3W7PA 4QJ1A 3U8GA 3NXFA 2A7PA 2WKJA 3DH7A 1D3GA 4JX5A 3W2UA 5D30A 3TU9A 1G6CA 3TX9A 1JCNA 2JGYA 1FWNA 2ZFAA 1AW1A 3QQ0A 3W84A 3HGJA 3RFAA 3O8AA 4OV4A 4RJEA 1XBVA 4O53A 1F74A 1GG0A 4AWUA 3RF9A 1YDVA 1UASA 4R33A 3G1DA 4MFDA 2TPSA 3C56A 4CLMA 7TIMA 1VCVA 1PHWA 1TPVA 5DXXA 3NQEA 2R14A 4MY8A 2BZNA 4MOZA 1FBAA 2V5LA 4UTJA 2A5HA 4UMCA 1MXSA 2C0AA 2YSWA 1KM4A 2RHGA 4FIQA 3S1WA 1F6KA 4Z1BA 2NWSA 3PB0A 1NAL1 3P60A 1XKYA 4HT3A 5LNUA 1OX4B 2WV8A 1TYGA 4JY9A 1G4SA 3RMJA 2E6DA 1LCOA 4DF1A 2ZRWA 3CC1A 1W54A 1QPNA 2JKAA 4K37A 4OT7A 3NNTA 3TC7A 3SJ3A 3TK7A 2VC6A 3ABOA 3KRSA 2NX1A 2Z6JA 5D32A 1TRDA 5CKSA 5AHFA 3W1PA 1HO1A 2E68A 3I7RA 1EUNA 4MY9A 4U4MA 4R34A 4OV9A 4OE7A 5F4SA 2QCGA 1J5TA 4O17A 3B4UA 1BWLA 3RLVA 3TAOA 5LGXA 5FF3A 1X6UA 4P2VA 4FNTA 3TKFA 5CGQA 1UUMA 1T96A 1VYRA 1LBFA 5F1UA 1G7VA 3NPWA 1KFCA 2FPYA 4K38A 3BG9A 1TCDA 5HR7A 3YPIA 3LDVA 3LV6A 4N6FA 4O4VA 3G0XA 2C18A 3GKFA 5TIMA 3OVRA 1AW5A 4MVAA 2C14A 3SFKA 4PC8A 3JS3A 1WBJA 3O15A 4TO8A 5KTLA 5DBTA 2NXGA 4UR7A 3HOJA 1H1YA 3W1UA 2BX7A 4NVTA 1WOBA 3IV3A 2HS6A 1EA0A 4IMDA 2E5DA 3D0CA 4UTTA 3G24A 1QCWA 3CLMA 1SU5A 3MHFA 3UQNA 4XBKA 5T26A 4K8EA 5AYXA 3KRZA 3GAYA 1SZEA 2DZUA 4LS1A 4ZVJA 1LROA 5BOOA 1TPUA 3BK0A 2HSAA 5F2IA 3TMQA 5SWUA 1OYCA 3BW2A 2HS8A 4GBUA 3W86A 1A53A 1VRDA 3W6YA 1RR2A 3OEXA 3M16A 5G5IA 2YW4A 4JTFA 3PBUA 1JUKA 4ALDA 1FUYA 3DXIA 3N9SA 3LTPA 4HKPA 3IIPA 3L0NA 4MJMA 4POCA 1TPC1 3IGUA 1VYPX 3GDMA 2E5CA 5HWMA 1LORA 4CQ8A 4UIOA 3MUXA 4UFLA 3M6YA 3HQ1A 4K39A 4MYXA 1PE1A 3E96A 1JQVA 3JR2A 3NQ6A 1FX6A 3I65A 3LLFA 3W07A 4QITA 3TNOA 3QFEA 4H6KA 5HULA 1FWTA 2QCFA 3S1UA 4RZ6A 3TE9A 3NPVA 3ZS4A 3PAJA 2ZYFA 4QAIA 3PVFA 3BGJA 5HINA 4AHPA 4QM1A 4FB7A 3UY7A 3S8HA 4DO6A 5CZ0A 6ALDA 3B0VC 4MUZA 4HNNA 4O11A 5J5RA 2CZFA 3DKJA 5KZMA 1XUUA 4LV4A 1ONRA 4IGHA 1NF7A 3O06A 2CFFA 3RNDA 1W5MA 4M6QA 1E51A 4MYAA 5LGZA 5K9XA 5D37A 3C52A 3GLCA 2H8ZA 3UYCA 1VYSX 2C6QA 1SSDA 4FNUA 3A23A 3G1SA 1YYAA 5D04C 4K7VA 2VFGA 1WYIA 3INPA 1FXPA 4BI5A 2J24A 1SW7A 4TR9A 1J4EA 1GYLA 4MY1A 1ZAHA 5F4XA 3FS2A 3DFNA 3ABQA 4JYFA 4NJGA 4LTSA 1VHNA 1NVMA 1YDOA 5K9DA 4MZ8A 2CWNA 4CCEA 2FPTA 4Y8FA 2A6NA 3EKLA 2H3DA 3KFTA 3M5XA 4AMAA 1H62A 1ALDA 3WJZA 1DQXA 5EA9A 4KKXA 3CEPA 1YXCA 4ZQRA 2YCEA 1H51A 1TPH1 2QUVA 1U5JA 3TFXA 3U6WA 3KOFA 3P82A 3VI2A 2RFGA 1XCFA 4O19A 4K8HA 2A2IA 2OT0A 4X9SA 1DKWA 1YDNA 1Q6RA 1X1ZA 2QF7A 3LXBA 1H7XA 2VEMA 4A3UA 1EIXA 5KMYA 2YR1A 2A7NA 4PL2A 3NQMA 4RZ4A 3W23A 1CI1A 4O15A 3AO0A 3SGUA 3PBWA 4EF9A 3IVTA 4AHQA 2ZRYA 4JIPA 4EVZA 5D38A 2EPHA 4Z08A 4GNJA 1IIGA 3MP3A 3W7MA 2WO5A 3CB8A 3FA5A 5U4NA 3IIXA 3BLIA 1B3OA 1I2PA 2PRLA 3TR2A 3STGA 3O63A 3QRHA 1PIIA 3RLUA 2YYUA 1G4EA 1F05A 2DZTA 3N19B 4LVAA 3STCA 3G1XA 3GXPA 2Z1BA 4IQLA 4IWWA 2RDWA 5AYZA 1TV7A 1Z44A 4HPJA 3F1QA 4JTHA 1G67A 1JRCA 3N2XA 1RV8A 2CLMA 2IQTA 2NLIA 3HO8A 1VR6A 3KRUA 4RXGA 3ZWTA 4BI6A 3DGRA 3A9IA 2RKXA 1HG3A 3NG3A 2F7FA 5A8GA 4AB4A 3U2OA 5G1YA 4UFHA 3TFCA 3P62A 4HNUA 3G18A 3BGGA 4PTNA 2QKFA 3DFQA 3Q37A 1GJPA 2EKCA 1ME7A 2WOQA 3G1VA 3M5ZA 4FIRA 3W7HA 2CZEA 2FDSA 3LCGA 4N9BA 3QPYA 3W1MA 3BLEA 2C1HA 3A5VA 4UUIA 3IIZA 3P5YA 3P7YA 2QR6A 4X22A 1LOQA 1ME8A 5C5YA 2R8WA 1WBHA 4MKNA 3HG4A 5FESA 4O52A 3MHUA 3PUEA 2ZZ2A 2CZ5A 5KSWA 5EKYA 3QSTA 4WQ6A 5D2XA 1T99A 3UWWA 1UJPA 3DI1A 2CLKA 4EF8A 3LB0A 3GNNA 3OG3A 1FDYA 4AWTA 3LHYA 2CLEA 1IXPA 4HSOA 3PF3A 2VEPA 5A5WA 3NR0A 3HGOA 5E93A 1H7NA 3L66A 2ABBA 3LOTA 3QMTA 2ZZ1A 4N2YA 3NQFA 3G1FA 4NT0A 4IMCA 2GJNA 4CQAA 1W5OA 3ATYA 4LS2A 1VCGA 2ABAA 5E0KA 3QM3A 2EF9A 4K36A 1K3UA 3NOEA 3KVLA 4HHPA 3H53A 3W2MA 3VKJA 4KFOA 3QW3A 3NQVA 4FX6M 2V5BA 1WQ5A 3G0SA 3UZ5A 3W76A 4LS0A 3KVMA 3PR2A 2AGKA 3EXTA 3ELFA 3HG5A 3GDTA 5I3JA 3GDKA 2CLHA 5DCDA 2Y88A 1GWJA 3GYEA 1B4EA 1W31A 3Q94A 4M7SA 4NJJA 1FWWA 3M7WA 3W75A 5AHEA 1VJIA 3LCHA 4AWSA 3JRKA 1RQHA 4NJKA 3UD6A 3RU6A 4KFPA 4GJ1A 3FFSA 3NEVA 3SECA 3NYZA 1KBJA 2AAMA 3NA8A 1OG0A 3DHDA 5EPDA 5C6MA 1YLVA 1F2JA 4NXSA 4C1KA 5D33A 4AVFA 1XBZA 2ZCGA 2FB2A 3S42A 4UTMA 1WX0A 2BWGA 3N9RA 1F6PA 2A7RA 1XBYA 5F1VA 4WOQA 3FJ6A 3MI6A 5G1TA 2JBMA 4ZQMA 5H2ZA 1XDLA 4N9EA 3W7LA 3GIYA 3LCLA 1FCVA 1ME9A 2V2HA 3TAKA 2VKZG 2CZDA 4JTGA 1VC4A 5MHBA 1B4KA 1W37A 4O14A 3LXAA 1LBLA 2ZZ5A 2B4GA 3O6CA 4I7UA 8TIMA 2EGZA 5DXYA 1KLZA 5BMWA 3UWYA 3QEZA 4XTDA 3PWAA 4ICNA 4DPQA 3TQVA 4LRTA 1XUZA 2ZRVA 4JX6A 4JN6A 5AHLA 3TUUA 4M6PA 4NNBA 2E6AA 3W87A 2DZSA 3W72A 2Y62A 1L9WA 5G2WA 3THQA 1TTQA 3L5LA 2X1TA 2C3ZA 2Y6ZA 3C4UA 3LI0A 3I6RA 1N55A 3TC6A 1JCJA 1R46A 3S9YA 1A5SA 3G1AA 1HUVA 2ZA1A 3FJLA 3WK3A 3W88A 3HG2A 3GDLA 1JQXA 3OHIA 1W5NA 3FLUA 3PBVA 2X1UA 3LX9A 3GNDA 3DBPA 3MJYA 2BLEA 5LKYA 2V82A 4EOUA 3O1NA 3LGEA 1Q6OA 1QO5A 4JTTA 5EYWA 4CNNA 5K3VA 4NZFA 3MP5A 1Q6QA 1SR9A 4Z0SA 2E6FA 1W1ZA 5C55A 5HMSA 1G4PA 4FXRA 4WZHA 3UWUA 4JTUA 3T7VA 4HNTA 1KW1A 4DF0A 4O4WA 1SUXA 4WXZA 4L4LA 2QCLA 3PSWA 1R30A 4LUIA 5DCBA 2PE4A 3R2GA 1TQXA 3BG3A 5KITA 4FX7A 3I68A 1TREA 4A29A 3K30A 5CPNA 2V0TA 2YXGA 3SR7A 4LV9A 3HB9A 3UPBA 5CZSA 1S5TA 2QCNA 2R94A 5KINA 1RVGA 5G4WA 4LVGA 5G2IA 5CPOA 2GJLA 3R8RA 3W7GA 1C8VA 3HMJG 3C2OA 3EX4A 4PA8A 1VS1A 3MI2A 3B06A 2ZRUA 2YX0A 4A21A 3C2FA 2DZVA 5KZEA 1FCBA 5FF0A 5I3FA 2DJXA 3P80A 5BW6A 4MLRA 1TV8A 5LNSA 1DJNA 1B57A 1KM5A 1SZNA 1PVNA 1VLIA 2QAFA 4A2SA 1TQJA 2I1OA 2J9YA 3NQ8A 1GYNA 1BTMA 5FEWA 4LUJA 1XM3A 3CEUA 4B5NA 3I7QA 4Q32A 1AG1O 4DXVA 1LLWA 1X8FA 1Q3NA 2A6LA 3LM7A 1BWKA 4OWGA 2A0NA 4ZQOA 2J9ZA 3W74A 1H7PA 4NU7A 1V5XA 5AFDA 4MZ1A 2E09A 3DFTA 1VZWA 1W56A 1C9DA 4IOTA 3C0JA 4NJIA 1H7RA 3BVJA 2DU2A 1GPWA 2BXVA 4QIUA 3SZ8A 1DBTA 3W71A 4R7JA 3TJLA 4UCGA 1OYBA 2DZXA 1A5BA 1K8XA 3C2RA 2QUTA 2ZDRA 3TSMA 4LT9A 3TSDA 3WJXA 1QPQA 2CLFA 3BPWA 4UFMA 4FNRA 1OF6A 3LHTA 2YYTA 1LBMA 1GZGA 3LRMA 4BK9A 3TW7A 1I2QA 1L6SA 1AW2A 5D2VA 4RKAA 3W22A 1KM6A 5AC8A 3IVUA 5I3HA 3S0CA 3OBKA 2B7OA 2I14A 3G3DA 5HUPA 1DV7A 3R89A 3PB2A 5G4EA 4GUHA 3M1ZA 2ATMA 3L65A 3LHUA 4JTEA 3T40A 5LZLA 3NPXA 4AHOA 1GOXA 5AC6A 1JCYA 3HPXA 1H61A 1QAPA 3CIWA 2ZZ4A 3Q58A 4ZQPA 3UWQA 1OK6A 3ATZA 1JULA 1I8JA 1KA9F 3S5OA 3W2JA 4ZZ9A 1TTJA 3B04A 4RR4A 3W7IA 5IBXC 2ZRXA 1G7UA 2ALDA 2DZPA 3UZJA 3CT7A 3WJSA 4FEZA 3IGXA 3ZFHA 3O6YX 4RCXA 5CG7A 1CW2A 4JXCA 1FWRA 4JY8A 4DBEA 1IXQA 1K7FA 3TW6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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