2QF8A

Crystal structure of the complex of buffalo secretory glycoprotein with tetrasaccharide at 2.8a resolution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Secretory Glycoprotein with Tetrasaccharide at 2.8A resolution
rcsb
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2qf8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2qf8A01
2WLZA 4AD1A 4QLJA 3EDFA 3OLEA 3VUPA 5A6JA 1B2YA 1UD4A 5A6BA 2J47A 4BF7A 1XRVA 1HP5A 3AJ7A 3GNOA 1V02E 2XHYA 2ZX8A 4TXEA 2OSYA 1E43A 2EPOA 1JXKA 3W82A 4A3YA 1JZ8A 1JD9A 1JFHA 4CVWA 1PX8A 2WW5A 4OBRA 2VX7A 3PZNA 5ABEA 1JNEA 3VMNA 4CVUA 4CCCA 5LA1A 3GNRA 4ACYA 1GZJA 2W5FA 3WIJA 4ACZB 3PZGA 1QBBA 1CPUA 2NSXA 1QBAA 4UQDA 3EDEA 3HJEA 3RJXA 1HVQA 4ACZA 2YLLA 3WQVA 1B1YA 3WN6A 1B3WA 4JIEA 1E15A 1TVNA 2VCAA 1IZKA 1F4HA 1U33A 4GINA 3GXMA 1VENA 4WIWA 3PZIA 1NM9A 2D0FA 2CYGA 2E8ZA 4ZEPA 1KXQA 3CZGA 3WL0A 3A3HA 2BVDA 1PIGA 4D71A 4P8VA 2XVNA 3OA5A 2C0HA 2G3IA 3ZIZA 1W1VA 1GVIA 3WH8A 2D2OA 1W3HA 1E6SM 1UKPA 2CIPA 2Y4SA 2O9OA 3FAXA 3T0BA 4PSPA 4PTWA 1XYFA 2DSUA 2J78A 5A6SA 1KQZA 3CUFA 1V3IA 2GDVA 3ZSSA 3WUEA 3RM4A 1L8NA 2HISA 3VIOA 2OSXA 5E0FA 1UA7A 2CNCA 5JIPA 4UFJA 1HJWA 2VCBA 4D6JA 4PSRA 2W66A 2JF6A 3WNMA 3AHZA 4J28A 4PMXA 5BROA 2YL5A 3AS1A 1E55A 1OD8A 5M5DA 5LA0A 3SCVA 5EMYA 2BY1A 2WMFA 3BAWA 4JHZA 2XUCA 4OOUA 3BLPX 1JL8A 1QNQA 1UKSA 3QHOA 4PMQA 4ZENA 5A2BA 1NOWA 3WEOA 1WCGA 2BV9A 3NIYA 1EOMA 3TOPA 5A8NA 3ARUA 1OGSA 3S6TA 4H8UA 4M8UA 5BYWA 5DT7A 3WNLA 1DWGM 1PEZA 1B0IA 5EBAA 1KBBA 1UKTA 3WF4A 7A3HA 3SURA 4UNIA 1WB0A 4CN6A 3GBEA 4P7RA 3WMBA 1I1XA 2D22A 1V03A 4MB4A 4WSJA 1R7OA 4B3LA 2FHFA 2DDXA 2VJXA 1TE1A 4A4AA 1FP9A 1HVXA 3VIPA 2PF0A 3WQWA 1PZ3A 3WMSA 1H11A 1HP4A 1VRXA 3NCOA 4U2ZA 1RD6A 2EEXA 1JNDA 3WF2A 2J25A 3UG4A 2NT0A 1J0YA 2FHCA 3LMYA 4MNMA 1B31A 1NP2A 5HDRA 3MSDA 4LGXA 5HOSA 4CCEA 3A4WA 1WPCA 3JUGA 1C7TA 3T0AA 5M17A 1FHDA 3BGAA 1DEDA 4WSKA 1J0HA 3SCSA 1E0VA 1EOKA 3NDZA 2WCAA 2CBVA 4OOZA 3VMOA 4J3SA 4GI8A 2Y8VA 3TTSA 1J0KA 3VIFA 3HU7A 5IHRA 2X0HA 3CMGA 1E6NA 1XHGA 3T08A 3ARRA 1J12A 2CHNA 2WMGA 3WDRA 1V3KA 3KZSA 2F2HA 3HMCA 3LPGA 4KRTA 2Z1KA 5D9MA 5A8OA 4J3XA 3UETA 4FLOA 4EAMA 3DYPA 2WWDA 3F5JA 3O2LA 4AZHA 3BC9A 5FIPA 2OWXA 1TMQA 4B15A 3W29A 1BG4A 2BHZA 3IAPA 3A4AA 4RE4A 4JCMA 3KE0A 1OCQA 4XZBA 1XD0A 1ISZA 1H1NA 4UQCA 2DT1A 1D7FA 5BXSA 2A3AA 4HPHA 2E40A 3TP4A 3VU2A 2ZXDA 3VIGA 2WYSA 3AS0A 4UFHA 2WZHA 1NH6A 1MWOA 2IUZA 4Q7NA 4AC1X 1EO5A 2JF7A 4JFVA 5DT5A 4LYRA 5D4YA 1WZMA 4W93A 3II1A 1PBGA 3VD9A 1KFWA 4P8UA 1K9EA 3UEQA 4QP0A 4PRWA 3ZT6A 3AI0A 3THCA 1KCKA 1LL4A 4TTGA 1ISYA 2X0YA 1UH3A 4B9YA 4MJ2A 3UR8A 2XG9A 1CWYA 1CXEA 3LPPA 2WXDM 4C7GA 3K8KA 3THDA 3ARVA 4UFIA 4J3UA 1TZ7A 4AISA 4OIFA 1JAKA 3ARTA 2VQTA 1H5VA 3AMDA 3WQ6A 2E3ZA 2WC4A 3SCQA 2QMKA 3CHFA 1N82A 2YOCA 3A6OA 4CU7A 1UD5A 1TG7A 4NRSA 1NP0A 1OWQA 2V3GA 2WHLA 3K8LA 4B16A 1JYWA 3WF0A 4PN2A 5IDIA 4BCEA 2E9MA 3QGVA 4CD5A 2CKRA 3U57A 3PZVA 1V6XA 1OT2A 4F8XA 1ZL1A 3F5LA 1LWHA 4UQ9A 4MJ4A 4XX6A 1BGAA 2ZWZA 3DYOA 4PTMA 4UOJA 3ARPA 2WK2A 1CNVA 2YJQA 1M04A 3CH9A 1QI4A 1V6WA 1US2A 2GJPA 3BSGA 4UZSA 2EPLX 2G4FA 4AD3A 4AD0A 1LG1A 3FXYA 1A47A 1V3LA 3VD3A 4AD4A 1CXFA 3GXDA 3ZJKA 1LLOA 3WNPA 1ZU8A 2IXUA 2ZUVA 4U2YA 1GJWA 1WZLA 5DEZA 1E5NA 1JGIA 3W37A 1B3ZA 1EH9A 3SCPA 3DC0A 1CEOA 2CEQA 3GYCA 4E2OA 1OGGA 1MW0A 4PMDA 3GXIA 4HOWA 1J9YA 3AS2A 5KZ6A 1OGBA 1E1EA 2J7FA 3VDAA 1OINA 1GUVA 1UR0A 3VD4A 2XFYA 1QNOA 2ZXAA 5I0DA 2GFTA 3VIHA 4MAVA 2E9LA 3B9EA 3VGBA 3UERA 2VRQA 3IJ8A 1U2YA 3AISA 3VDHA 4RL3A 2VL4A 4EK7A 4MNJA 2CBJA 4DM1A 5A1AA 1I75A 1ZS2A 2E8YA 3PZTA 2ZX9A 1K6AA 3VIJA 1VFOA 1NARA 4HMDA 4AZIA 1QI2A 1IZJA 2BVTA 5TD4A 1BTCA 5CXPA 2V3EA 1EO7A 1JXJA 2ESCA 5I6SA 4FLSA 4PCTA 5CZKA 4GO9A 5DO8A 3VGEA 1VJSA 1G9HA 1HJQA 1QI3A 2DH2A 4D6DA 1GVYA 5GNZA 2VT0A 3HN3A 4V27A 2J7GA 3O9NA 2XIIA 3IAQA 3AHVA 1C93A 1PX3A 2VZUA 5CQ1A 4HZ7A 4YN5A 5FL1A 2UY5A 1ZBWA 2G3JA 2EBNA 3IJ9A 3FHQA 3QHNA 1R7AA 2ZE0A 2VX6A 2D23A 5I78A 1FFQA 3NJ3A 2ZXQA 1J18A 2PC8A 4HPGA 2JEQA 3AIUA 1HKKA 1EXPA 6TAAA 4W5ZA 4W7WA 3AXIA 1WDSA 4P8XA 4QCFA 3RM9A 1CGXA 4BZYA 1E3ZA 4CKQA 4E8CA 4WLCA 1TVPA 4P7QA 4KWUA 4E4PA 3PZUA 5AC4A 1K9DA 5D8ZA 4AW7A 4GPNA 1M53A 1UWUA 1HKIA 3WUBA 1XSJA 1CIUA 3I3BA 3WL1A 1H2JA 4JFSA 1BQCA 2XSAA 4CD7A 1HJXA 4GIAA 3F5KA 3VNZA 1S46A 3WH9A 2W61A 2G3MA 1CXLA 2EJ1A 1HIZA 1Q4NX 3KWXA 2XVGA 5JIWA 1E0WA 2JIEA 4ATDA 3I3EA 1EA9C 2V3DA 3QOMA 3MUAA 1QOXA 2QLYA 4AZGA 5CLWA 2E0PA 1I1WA 2O9RA 2CXGA 3VKKA 1HJVA 2XYLA 3TONA 1HN1A 1GCYA 3GXFA 4TUFA 5GNXA 3IK2A 5CPTA 1E6RA 2EXOA 4D1IA 4RE3A 2XVKA 5A2AA 4M1RA 1MW2A 3PZ9A 4JFUA 1C8YA 1ECEA 2J7HA 2DGAA 1V3MA 1ZJBA 2W91A 1C7SA 1E70M 4K68A 1V02A 3WBEA 1E4MM 1VBRA 2BVYA 2WB5A 2GK1B 2VRKA 5ABHA 3QHMA 1OBAA 3ZO9A 3L4VA 1HXJA 1XD1A 2XSBA 5D9NA 1KR1A 2CPUA 2GK1A 3BMVA 1E6QM 4AIUA 4GQQA 3WDPP 1KXTA 5M3WA 4IM4A 2UY4A 2RGLA 3AIQA 3T2PA 2YBTA 2GVYA 2X8RA 1C91A 4YHGA 3OGRA 5F7UA 2GJXB 2WBKA 1FHLA 4OUEA 4AD2A 4WKHA 2AOSA 4PUEA 3CUGA 2J7BA 2GJXA 4X0VA 3OZOA 3RM8A 2J79A 1YQ2A 1Q6EA 1UR9A 4AZCB 1MXGA 5BXTA 3GZAA 4KMQA 2DSVA 1ISVA 4AZCA 2J62A 4JFTA 2J7DA 3CTTA 3KEHA 1AQMA 1MQRA 3RDKA 1JYVA 1PAMA 3GNPA 2WMJA 3CO4A 1UD2A 2J74A 4HMEA 4F9JA 5JBEA 2VR4A 2VZTA 3VIKA 2VO5A 1JD7A 3EMZA 5JBFA 8A3HA 4B3KA 5JBDA 1EDTA 3ZR5A 2Y2WA 1MW1A 4LYPA 4ATWA 1XCWA 3L4ZA 6CGTA 3ZSTA 2NW0A 2CCRA 5A69A 3TTQA 4N0RA 2WBGA 2VQUA 1H49A 3K4DA 2OYLA 4AEFA 3AXXA 4RE2A 3MUZ1 4W89A 3DYMA 1QVBA 2W4XA 1EHAA 3VIMA 2D0GA 1HNYA 4IISA 5BXPA 1UUQA 7TAAA 1HL9A 1G0CA 4JKMA 4GXPA 5DFAA 1KCLA 1ITCA 2OSWA 5M03A 2WC7A 3AMCA 3BCDA 4QAWA 3U7VA 3F4VA 3EYPA 1NWUA 4LX4A 4WJXA 1TCMA 4Q22A 1W1TA 3KL0A 1V0KA 2VCCA 3KL3A 2DPEA 5ABFB 4JAWA 2PWHA 4TX6A 1UD3A 7CGTA 3BSHA 2VZOA 2RGMA 5ABFA 1ZBCA 5HBFA 4BQ3A 4TVDA 3WF1A 1NWSA 4PTXA 3CIVA 3WEMA 4AZ7A 3WMCA 1XYZA 2CESA 1K9FA 3BAJA 1P6WA 3PZQA 4AEEA 1GW1A 3PBGA 4TTUA 4UFMA 1RH9A 3UESA 2VOTA 2DIJA 5I24A 3AMGA 4Z2HA 1XCXA 4HA4A 1VEMA 3PTMA 3GH5A 3OG2A 2YA1A 2OWCA 2ZICA 1WNOA 1WZAA 3WUGA 1VB9A 3MS8A 3ARWA 3AHTA 1UH2A 1UKOA 3MSGA 1FH8A 4ZE5A 4HOZA 5DMYA 4HTYA 4UOQA 3FHAA 1W32A 4L4OA 3WF3A 3MANA 1EDQA 1KXHA 3K1DA 1Z32X 1Q6GA 1FP8A 4BA0A 3CUHA 4ZXLA 1LL7A 5JUVA 3VGFA 4WK9A 1BSIA 4MB3A 1MVYA 2TAAA 3WD1A 3U5YA 4R5EA 3AXHA 5HXMA 1ODUA 3A47A 1WAWA 2WC3A 5I23A 1UH4A 2EPKX 1E6PA 3W0KA 1BYBA 5AYIA 3B8SA 2C7FA 4W88A 5E0CA 1UR4A 3I3DA 4DWSD 4XUYA 4PTVA 2WM0A 4PMUA 1W3JA 1SMDA 3VIIA 3W24A 2UY3A 4UQBA 1BYCA 3PZOA 2YDSA 2XM1A 3GM8A 2XFRA 4JCLA 3BAYA 2VUYA 2V3FA 4U5IA 5CLTA 2OWWA 1JFXA 1MQQA 3T2OA 1JYXA 2FHBA 2WVSA 3D3AA 3DHPA 5IHSA 2ZWYA 3CGTA 2AAAA 1NWTA 3MV01 4IPLA 4UQAA 1CGYA 3B9AA 2D3LA 1K9TA 1H4PA 4CD8A 2OLHA 2YA0A 2X2YA 4AZ5A 1OSEA 1UWTA 1DP0A 5A8MA 2O92A 3CUIA 4KRUA 2FH6A 3WEZA 2VURA 2ZUSA 1CGVA 1GONA 3MUY1 1XH1A 4D6EA 3N1AA 1V0MA 3ARSA 1C3FA 1E6XM 2CITA 2YL9A 3FAWA 5CSUA 1WKYA 1UKQA 2WHJA 2WMIB 2PWFA 2WNWA 4M29A 5ECUA 2GSJA 1NWRA 2YDQA 2WMIA 3L4TA 1E4IA 4U5KA 3SCRA 4J7RA 3WELA 1CECA 3CHEA 2A3EA 5E09A 5A6MA 2WSKA 3VOCA 1JZ6A 4MAZA 1AQ0A 3WBAA 5AY7A 1TR1A 2BXYA 5A94A 1W9BM 2BHYA 5FCZA 5A3HA 1RPKA 3MMUA 4JHOA 4AZBA 1SYTA 1WDRA 4PMVA 1GQIA 1GQJA 1CENA 5BCAA 4WF7A 2BHUA 2W67A 3WKZA 4FLQA 1ODZA 5E6ZA 3GBDA 3WY1A 3TTYA 4Z2KA 1E3XA 4XZWA 1IT0A 1GJUA 5CJ5A 1JIBA 1TUXA 2JFEX 3WUFA 1QNPA 4GKLA 2EPMX 1E56A 1BG9A 2WKLA 3A4XA 1UG6A 4Y7EA 3WH7A 2OYMA 5E6YA 4MDPA 1D2KA 1E73M 3SUUA 1CLXA 5I79A 3MV11 2QPUA 1JYNA 3W26A 1BGGA 4A3HA 3NDYA 1CXHA 4FMVA 1KGXA 2B31A 4YHEA 2VX4A 4N42A 4PMOA 3PN8A 2PWGA 2G41A 5BWFA 5HPOA 1V3JA 1BF2A 1W9DM 3FN9A 5DF0A 1JDDA 3CZJA 3W4RA 1G1YA 2D20A 1ZB5A 4D6FA 3RJYA 1EDGA 2UWFA 5CPSA 4F9DA 4OKDA 4IPNB 5FD0A 2WANA 3NSXA 4LXFA 3DECA 3WFLA 1UR2A 2CERA 4J3TA 2GUYA 1E4NA 2XTKA 1QI5A 2WKGA 3UR7A 1E1FA 1YHTA 3RIKA 4L4PA 4MTVA 4UQEA 1CZ1A 4W7UA 4W87A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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