2GJXA

Crystallographic structure of human beta-hexosaminidase a
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
506
structure length
492
Chain Sequence
LWPWPQNFQTSDQRYVLYPNNFQFQYDVSSAAQPGCSVLDEAFQRYRDLLFGTLEKNVLVVSVVTPGCNQLPTLESVENYTLTINDDQCLLLSETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTEIEDFPRFPHRGLLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKLNVFHWHLVDDPSFPYESFTFPELMRKGSYNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGIPGLLTPCYSGSEPSGTFGPVNPSLNNTYEFMSTFFLEVSSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPEIQDFMRKKGFGEDFKQLESFYIQTLLDIVSSYGKGYVVWQEVFDNKVKIQPDTIIQVWREDIPVNYMKELELVTKAGFRALLSAPWYLNRISYGPDWKDFYVVEPLAFEGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDNTNLVPRLWPRAGAVAERLWSNKLTSDLTFAYERLSHFRCELLRRGVQAQPLNVGFCEQEFEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-hexosaminidase alpha chain
publication title Crystallographic structure of human beta-Hexosaminidase A: Interpretation of Tay-Sachs Mutations and Loss of GM2 Ganglioside Hydrolysis
pubmed doi rcsb
total genus 166
structure length 492
sequence length 506
chains with identical sequence D, E, H
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2006-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF14845 Glycohydro_20b2 beta-acetyl hexosaminidase like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2gjxA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2gjxA01
1E3ZA 4AEEA 4HMDA 3ALFA 4U5IA 1K9DA 5A6BD 1OGBA 1W1YA 2ZUUA 1GQLA 5D4YA 4OKDA 1XH2A 1TG7A 2AMGA 2JE8A 1OBAA 3GDBA 4DWSC 1JYWA 4BQ3A 3GNPA 1HJSA 3T2PA 1S46A 4W87A 2WHMA 2O9RA 4V2XA 1EHNA 3FHQA 5GNXA 1M7XA 5F7UA 2CBIA 3CIVA 4MDPA 1UKTA 4HTYA 2Q8XA 3K8MA 5CG0A 5BXSA 1GONA 3NJ3A 1X6LA 3J7HA 3OA5A 2J7EA 3OLGA 1EA9C 4U2ZA 3IAQA 2W4XA 4X0NA 4EANA 2ZUTA 2D22A 5A6AA 5D9PA 1BFNA 2YA0A 3QR3A 2BY3A 2V3EA 1UWQA 3GH5A 2CETA 3EYPA 3D5HA 3W0KA 4EK7A 2J74A 3JUGA 4P7RA 1E5NA 2ZUWA 1AQ0A 4Z2IA 5BROA 4PCSA 5HNNA 4CVWA 2XGBA 3ZJ8A 1Q6DA 1EDQA 3PTMA 4WKHA 4AD5A 3BSGA 2YDQA 1HL9A 3MMWA 2Y24A 4B9ZA 4N42A 4PTMA 1K9FA 1XD1A 4HA1A 4UCFA 3BAXA 1XCWA 1E3XA 4CCCA 2TAAA 3W6LA 1GOIA 2VVNA 2ZUVA 1NQ6A 5IDIA 2DSZA 3N17A 2VCAA 2WC4A 5EMYA 1MFUA 2FDMA 1BLIA 2DSUA 4OOZA 1FH7A 1E4LA 4OIFA 1ODZA 3AIBA 4C90A 3QOMA 3CH9A 3VOCA 3VIJA 1I1WA 3GNRA 1BGAA 5JBFA 4ACZB 4GQRA 1SYTA 2A3CA 5A8PA 2J7FA 1PEZA 2XM1A 2CIPA 3POHA 1LL7A 4KGJA 3SCVA 3OIHA 3AICA 4BQ4A 2WZEA 1KBBA 2V38A 5IFTA 2OYMA 3F5KA 3LMYA 1E4MM 4UFMA 3WBAA 5ABFB 4LYRA 3WD4A 4WSKA 3RJYA 2EEXA 1VBUA 2ZXBA 5I0DA 1J10A 1E0XA 1MQPA 1LLOA 2FHFA 3T2QA 4PMNA 1QBBA 1L0PA 4Q7NA 3UG3A 4P7NA 1FH9A 1VIWA 3IJ8A 4CN6A 4UNIA 4ZFMA 3UG5A 4E2OA 4U3CA 1E70M 3ZSSA 2JFEX 1QW8A 3CZJA 4NRRA 1ZBVA 4PYSA 1NARA 4UFJA 1R86A 4A4AA 3MV11 1V6YA 5BXPA 3VUPA 3E1F1 2BY2A 3PTKA 3HJEA 3UR7A 3F5LA 2GFTA 2VRKA 4PMVA 3N13A 3RM4A 2WSKA 1ODUA 2VZTA 3ARYA 1K6AA 5D8WA 3AIRA 4AZCB 4AZ7A 2FH6A 1CECA 4U2YA 3N11A 5IHSA 4PRWA 2UY2A 1QHPA 2YKKA 1H1NA 1U33A 4B15A 1DWIM 1CGYA 1EDTA 1BHGA 2AAAA 4ATLA 1US3A 1UD8A 2CXGA 4D6GA 5FL0A 4R5EA 1MW2A 5FD0A 4WSJA 4AXNA 1V3LA 1MW1A 3WQ5A 4QDMA 4HZ6A 2C0HA 4HZ7A 2QMJA 3GH4A 4Z2LA 3TTYA 1GPFA 3GM8A 4UTFA 3UEQA 4L4OA 3VMOA 2VCBA 2BXYA 4MNJA 4DWSB 3S2CA 2VJXA 3SURA 1WE5A 4W93A 3WFZA 2WMGA 4DM2A 1ZL1A 3EDKA 2CHNA 2PWEA 1HJUA 3VGEA 3WELA 3DYMA 3OLEA 1LL6A 2D1ZA 4P8XA 2FHBA 1E6RA 3RIKA 1CLVA 2D3NA 1UA7A 4D6CA 4RL3A 2PBGA 4MB3A 3DHUA 3WH8A 2WC7A 3CUGA 7CGTA 1XSKA 1B9ZA 1XYZA 4Z2JA 4UOJA 5JIWA 1CBGA 1B3XA 3MSGA 3PZ9A 4F66A 2XYLA 2QHAA 3BC9A 3OZOA 2XFRA 3WD0A 1CEOA 2PWHA 1J0IA 2DT1A 3BAWA 3VINA 2X05A 3TP4A 4YHGA 4PUDA 2GJPA 3AFBA 3BGAA 2OSWA 4L4PA 5DEZA 1OGGA 2X0YA 2B31A 2ZXDA 3M6DA 3CGTA 3NCOA 3WF3A 3GXIA 1WDQA 1Q6EA 2PF0A 4YPJA 5CSYA 3OG2A 3MUZ1 5HPOA 3UCQA 3OLDA 1JYVA 3MS8A 4XB3A 1GW1A 4GKLA 2HISA 1GOMA 4UQ9A 3ARVA 1KWGA 2XGIA 5A6KA 3ARPA 3BLKA 1PX4A 2VQUA 5ABGA 1Z32X 1VJZA 2OLHA 2JALA 4GZEA 2BS9A 4WKFA 2VT0A 3APGA 4RE2A 5I79A 2E8ZA 2CKRA 3OBAA 5EBAA 3VDAA 1ISWA 3GNOA 1CTNA 2NT1A 2UY3A 4AZHA 2J79A 2FH8A 4IPNB 1QHOA 3CUHA 3VD4A 2ZUNA 3CTTA 1ITCA 4F9JA 4ZE4A 3ZJ7A 3W82A 1VF8A 1VFUA 5AYBA 1W9PA 2EPLX 1UR0A 4HOXA 4XX6A 4NF7A 2VZUA 2VRQA 4E4PA 1D3CA 1QOXA 1W32A 2GJXA 2BHYA 3CUJA 1H0GA 1US2A 2OWXA 2J47A 4ML4A 2ZOXA 3MMDA 3ZOAA 5A94A 3SCOA 1OINA 1JZ5A 1JDAA 2Z1KA 1JDCA 3VGDA 4MB1A 3NSNA 3AZRA 3AXIA 1VENA 4JZ5A 3TOPA 3WDIA 1V02E 1ZU8A 3GZAA 2O9PA 4PMOA 1UHVA 1G9HA 1GOKA 1DEDA 1ZB5A 2J62A 5GNZA 1JGIA 1V03A 1R7OA 3K8LA 3WH9A 1NOFA 4OUEA 5GQBA 1E73M 3WNLA 1JI2A 3WN6A 3VNZA 1U30A 1G5AA 3AZSA 2F8QA 2Y5EA 1W1PA 3W53A 1CGWA 3AIQA 5A8OA 1JNEA 1MQQA 1QPKA 2YIHA 1PZ3A 1NOUA 3W81A 3AS0A 2BNJA 2ZX9A 3AQUA 1W1TA 3BLPX 1G01A 1H09A 1SFSA 3RJXA 4J3WA 5IFPA 1NP0A 4AZ5A 4AZ6A 4BS0A 4MADA 1ECEA 4QP0A 1ZBCA 1PPIA 1H5VA 2ZIDA 4M56A 4MAZA 3RO8A 4AD3A 1TFVA 4R27A 2XWDA 3WKZA 4MTVA 1VB9A 2UY4A 3LPOA 4TTGA 1MW0A 4RE4A 4W7UA 3N04A 3VIGA 3OGSA 5CGMA 4QCFA 1KCLA 1GCYA 1MVYA 4AD1A 3L4YA 2BXZA 4U3AA 1V6VA 3QHOA 3EMQA 4CU6A 2VI0A 5CPQA 1BVZA 1LL4A 1DHKA 3EDDA 1OGSA 3PBGA 2O9TA 4M24A 2WVUA 1E9LA 4P8UA 4QAWA 1HXJA 3FAXA 2WNWA 1XSIA 2XHYA 1HT6A 1ZBWA 3PTQA 1Q6CA 4OBSA 4AD2A 3VGBA 1ISYA 4BCEA 1CXLA 2GDVA 3QHNA 5E0FA 3WY1A 2WBKA 1VEMA 1Q6GA 4W7VA 1MXDA 4CUCA 2ZICA 2YL6A 4HU0A 2UY5A 1WB0A 1HL8A 5M5DA 5AC5A 1VRXA 2DH2A 1W2PA 2QPUA 3T0DA 1E6NA 2WBGA 3WENA 1CPUA 4AD4A 3S6TA 2CITA 1JXKA 2D24A 4PMYA 3U5UA 2ZX8A 4GI9A 1A3HA 3CPUA 1IZKA 5E70A 5JUVA 3B9DA 3L4ZA 3MV01 3KE0A 1R85A 4LX4A 3ZIZA 1J12A 5HXMA 5A95A 4TVDA 2YDRA 5BRQA 2DT2A 5CJ5A 1SMDA 1B90A 2ZX6A 3G6MA 3IANA 2MANA 1C91A 4S3KA 2PB1A 5JIPA 1J0JA 1E1FA 1R8LA 1K9TA 4GZJA 2VVSA 4WJXA 1X6NA 4U33A 4PN2A 1E56A 2DIEA 1OSEA 1W2VA 3I3EA 1TE1A 3L4XA 3F4VA 4IM4A 4GXPA 2GUYA 2CNCA 3SCQA 3CHFA 2CERA 3TONA 2WYSA 2E9LA 2UWFA 2VOTA 4W85A 1WCGA 3LPPA 1FOBA 4OZOA 1V0LA 3AS3A 2OYLA 2J8FA 5E6ZA 1QVBA 3SCTA 3TTOA 1RH9A 4PTWA 2D20A 3OLIA 2JEQA 6CGTA 1W9VA 2VCCA 1E6XM 2J4GA 4TOQA 3CUIA 4AZBA 4JCLA 2X09A 3BAJA 3VU2A 1JAKA 2Y8VA 1EO7A 8CGTA 2BVDA 2X1IA 1OIMA 2XSBA 4H04A 1AMYA 1SR0A 1W1VA 1NM9A 5A8MA 4AIEA 3U5YA 2WLZA 2J7GA 4UQBA 3G6LA 2BFGA 4W8AA 1BYDA 3ZR6A 2J7HA 1BYAA 4HPGA 1AQMA 4J3TA 3WEZA 4PCTA 2RGMA 4WF7A 1CGTA 2XFYA 3IJ9A 4QFUA 1WNOA 4CD4A 3WUEA 4QLJA 3VIIA 3L4WA 1KCKA 3MKKA 1W3HA 3A4XA 1WZLA 2JIWA 3A47A 3GXFA 5I3DA 1JZ3A 5JBEA 1IV8A 3PZVA 5A6BA 3NYDA 2W61A 4H7VA 2WCSA 5DT7A 7TAAA 1E55A 4IPLA 4FLOA 1QHZA 4UFIA 2VUYA 3KEHA 4KH2A 1HP4A 2WMIB 1I75A 1WDPA 1XV8A 1ISXA 4E8CA 3GXDA 2ZUSA 1JFHA 4HMCA 1CZ1A 2IXVA 2W91A 5EFDA 3WF4A 1M01A 2J8GA 5KEZA 3W24A 4ACZA 3VM7A 3VVGA 2X0HA 4EE9A 3W28A 1RPKA 3T09A 1FFRA 3AHTA 1UD4A 3HU7A 5GNYA 2XJ7A 1ISZA 1DWGM 2BVTA 1AQHA 4W89A 4DWSD 1KR1A 1F4AA 1VFMA 1DTUA 4MNMA 1GOQA 2XVKA 2D0GA 1GNXA 2QLYA 3MUIA 4LGXA 4F79A 5DMYA 3K46A 2JEPA 2V3DA 2WZHA 1C3FA 2GJRA 5ABFA 5CPSA 5M03A 4AEFA 4E8DA 1HIZA 4HMEA 2DDXA 4CGTA 1CXKA 3IK2A 2E8YA 3GXMA 1KXVA 4U5KA 4LYQA 5HBFA 5TD4A 3PHAA 1E6QM 3U7VA 4QLLA 3KZSA 3A4AA 2CBVA 4KGLA 1C92A 1FFQA 2V5CA 3I3DA 2C8NA 2WZIA 1WKYA 1NWUA 2XVPA 2F61A 4PMUA 1KXHA 2W67A 1V08A 1EOKA 4CD8A 4D6EA 2WMKA 4W88A 2V3GA 1QBAA 4Y7EA 2EPKX 4CKQA 3AISA 3CZEA 1HKJA 3ARTA 2XWEA 3SCSA 4MAVA 5FOOA 4W5UA 1DP0A 5BXTA 3VD3A 4DUXA 1B3VA 2PWFA 5CLTA 2WVVA 3AYSA 5M17A 3WF2A 4P7OA 3DECA 3SUVA 1GHRA 4W5ZA 5FKYA 1H49A 4H41A 2EPOA 4MB4A 3LPFA 3N15A 1IZJA 3ZO9A 3I3BA 3WFLA 3ARXA 1E43A 2OWWA 1C7SA 1AVAA 4QLKA 3SCUA 3CO4A 5HOSA 4FF5A 3THDA 4C7FA 5I6SA 4DWSA 2V3FA 5A2CA 2EQDA 4JFTA 1V3JA 4H8UA 2CCRA 3SEPA 2VRJA 4AIUA 5DO8A 2W62A 3WNKA 3PZQA 1TUXA 1HX0A 1HJQA 4OJYA 4B3LA 4BA0A 4QCEA 3WDRA 3VD7A 3L4UA 2PWDA 3PZUA 5BXRA 5D9OA 4XZBA 1J11A 1E15A 1BG4A 4URIA 1B2YA 2IUZA 2WW5A 2Z1SA 3WQVA 1L8NA 1JZ8A 5C70A 4MNLA 2D0HA 4KWUA 5ECUA 3DYOA 1ZBKA 2DGAA 3BXWA 4PMDA 4JKMA 1D2KA 1P6WA 3VNYA 3NDZA 1XC6A 1KGXA 4J3SA 2NSXA 3NDYA 1DWHM 1KGWA 1JNDA 1V0KA 2WWDA 3PZGA 5I77A 3MUY1 2W66A 4AWEA 1H0IA 5DF0A 2YL5A 4AZIA 4M29A 4Z2GA 1QI4A 4AC1X 1KBKA 2QMKA 4JFSA 2YLAA 4M82A 4LYPA 2QF8A 1TVNA 1V6UA 3VX1A 3A4WA 1JAEA 4W7WA 5A6LA 2A3EA 1LQ0A 1Q4NX 2WWCA 2YDSA 2VX6A 3GYCA 3W6MA 2VMFA 1G0CA 2XTKA 1QNPA 2ZX7A 2EXOA 2PC8A 4MNKA 3WQ6A 1VEPA 3WQ8A 2QV4A 3ZMRA 4F8XA 1IT0A 2JF6A 2WMFA 4JFUA 1PJ9A 4AZGA 4CU8A 1GJUA 2YLLA 1QI5A 2XG9A 3N1AA 4EKJA 4UZUA 1GZJA 4HZ8A 4X9YA 3K4AA 3ARQA 1WP6A 2GJXB 4H8HA 4F9DA 4J7RA 6TAAA 3GH7A 2BHZA 3NSMA 2WLYA 2D3LA 3PN8A 4PMZA 2WXDM 5ABEA 3CHDA 2WC3A 1EGZA 1UH3A 1BGGA 2WPGA 2VZSA 3DHPA 5FCZA 2PBOA 1B3YA 1VBRA 3AZTA 3WDQA 2WKLA 3CMGA 4GI6A 4OOUA 2XFFA 1UOKA 4KRUA 1HVQA 1UUQA 2GK1B 2WMJA 3CLWA 2WHKA 2QPSA 1JL8A 1VEOA 3EDEA 4HOZA 3MU7A 2YOCA 2BVYA 2YL9A 1PX8A 1XD0A 1Q6FA 3WUGA 3WIJA 1C8XA 1RP8A 2XIBA 1VJSA 1NH6A 3WSUA 1UD3A 1JI1A 2GVYA 4K68A 4XUYA 4D6IA 3K4DA 1ESWA 1XSJA 3OGVA 4D6DA 1FP9A 5A2AA 1XGZA 3QOKA 1XH1A 5JBDA 4UOQA 4AISA 4D1JA 2OSYA 3II1A 1H4PA 3FNDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E3Z A;  4AEE A;  4HMD A;  3ALF A;  4U5I A;  1K9D A;  5A6B D;  1OGB A;  1W1Y A;  2ZUU A;  1GQL A;  5D4Y A;  4OKD A;  1XH2 A;  1TG7 A;  2AMG A;  2JE8 A;  1OBA A;  3GDB A;  4DWS C;  1JYW A;  4BQ3 A;  3GNP A;  1HJS A;  3T2P A;  1S46 A;  4W87 A;  2WHM A;  2O9R A;  4V2X A;  1EHN A;  3FHQ A;  5GNX A;  1M7X A;  5F7U A;  2CBI A;  3CIV A;  4MDP A;  1UKT A;  4HTY A;  2Q8X A;  3K8M A;  5CG0 A;  5BXS A;  1GON A;  3NJ3 A;  1X6L A;  3J7H A;  3OA5 A;  2J7E A;  3OLG A;  1EA9 C;  4U2Z A;  3IAQ A;  2W4X A;  4X0N A;  4EAN A;  2ZUT A;  2D22 A;  5A6A A;  5D9P A;  1BFN A;  2YA0 A;  3QR3 A;  2BY3 A;  2V3E A;  1UWQ A;  3GH5 A;  2CET A;  3EYP A;  3D5H A;  3W0K A;  4EK7 A;  2J74 A;  3JUG A;  4P7R A;  1E5N A;  2ZUW A;  1AQ0 A;  4Z2I A;  5BRO A;  4PCS A;  5HNN A;  4CVW A;  2XGB A;  3ZJ8 A;  1Q6D A;  1EDQ A;  3PTM A;  4WKH A;  4AD5 A;  3BSG A;  2YDQ A;  1HL9 A;  3MMW A;  2Y24 A;  4B9Z A;  4N42 A;  4PTM A;  1K9F A;  1XD1 A;  4HA1 A;  4UCF A;  3BAX A;  1XCW A;  1E3X A;  4CCC A;  2TAA A;  3W6L A;  1GOI A;  2VVN A;  2ZUV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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