1M01A

Wildtype streptomyces plicatus beta-hexosaminidase in complex with product (glcnac)
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
DRKAPVRPTPLDRVIPAPASVDPGGAPYRITRGTHIRVDDSREARRVGDYLADLLRPATGYRLPVTAHGHGGIRLRLAGGPYGDEGYRLDSGPAGVTITARKAAGLFHGVQTLRQLLPPAVEKDSAQPGPWLVAGGTIEDTPRYAWRSAMLDVSRHFFGVDEVKRYIDRVARYKYNKLHLHLSDDQGWRIAIDSWPRLATYGGSTEVGGGPGGYYTKAEYKEIVRYAASRHLEVVPEIDMPGHTNAALASYAELNCDGVAPPLYTGTKVGFSSLCVDKDVTYDFVDDVIGELAALTPGRYLHIGGDEAHSTPKADFVAFMKRVQPIVAKYGKTVVGWHQLAGAEPVEGALVQYWGLDRTGDAEKAEVAEAARNGTGLILSPADRTYLDMKYTKDTPLGLSWAGYVEVQRSYDWDPAGYLPGAPADAVRGVEAPLWTETLSDPDQLDYMAFPRLPGVAELGWSPASTHDWDTYKVRLAAQAPYWEAAGIDFYRSPQVPWT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-N-acetylhexosaminidase
publication title Aspartate 313 in the Streptomyces plicatus hexosaminidase plays a critical role in substrate-assisted catalysis by orienting the 2-acetamido group and stabilizing the transition state.
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces plicatus
total genus 186
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2002-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1m01A01
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1m01A02
3VMNA 4AD4A 1HJWA 3SURA 4XUYA 1BYBA 3B9EA 1B3YA 1EOMA 2X09A 2J7BA 1W3KA 2XSAA 3PTMA 1XSJA 4JCLA 1EH9A 2JALA 1AMYA 3AQUA 2W91A 3T2PA 4TTGA 4P8WA 3W26A 3SCOA 5DF0A 1DWHM 1C92A 2WMHA 1H4PA 1VBUA 4C7GA 2WCGA 1UD8A 2ZWZA 1HL9A 3MMDA 1GJUA 3BSHA 3AYRA 5A8OA 1DWAM 1Q6FA 1V3LA 4KGLA 4HZ6A 2XUCA 2WANA 3DECA 3AZSA 1B0IA 4GI6A 1JAEA 2PI6A 4B15A 3J7HA 3WFZA 1JZ8A 5DO8A 2DSUA 4BS0A 4W89A 1VAHA 2BHUA 5IFTA 3OZPA 3AROA 3QOKA 1J9YA 3CIVA 3SCVA 2G8ZA 3MV01 4ATLA 4P8UA 1JIBA 4OOUA 1QBAA 2Y4SA 4CCCA 2VQUA 1PZ3A 1OGSA 3QGVA 1UR4A 2D3NA 3RJYA 3F5LA 4P8VA 2BVDA 2Y5EA 1ZJBA 1O6IA 5TD4A 5I2UA 4HU0A 2WLYA 2WM0A 4PMZA 1JFHA 1FFQA 2BY3A 1JF5A 4CVWA 4Q7NA 5HPCA 3FNDA 6CGTA 5C70A 2GJXA 2JEPA 1NOFA 4TOQA 3WDJA 3W27A 4AYSA 1H0IA 1VEPA 1CDGA 4ZXLA 3PZQA 3ARRA 3TTOA 3K8LA 4CN4A 1B30A 1UD2A 1VF8A 1EGZA 3QHOA 5FIPA 1ISYA 5DEZA 1HKKA 1ISXA 7A3HA 1OWQA 3KL0A 3VD7A 2PB1A 3L4TA 3AHYA 1W3JA 4EE9A 4MPKA 4PBGA 2FH8A 1NARA 3WMSA 3WD4A 2YL6A 5HBFA 3M6DA 5ABHA 2E9BA 5CJ5A 4ZE5A 1HVQA 4FMVA 1GPFA 4UR9A 4UFMA 2VQTA 2DSVA 3WQVA 1J0JA 1GQLA 1W9PA 1VEMA 2BVYA 5A6KA 3WEOA 5LYRA 1H41A 4JFUA 4AMCA 1C8QA 1JL8A 1OGBA 2UY5A 2ZUNA 4JZ5A 3VPLA 4H8UA 4M80A 4M81A 1W1VA 3MMWA 2BFGA 3BAIA 2D0GA 1Q6CA 1UZ1A 2HVMA 2WZIA 2O9PA 3K8KA 1KBBA 3VILA 1D2KA 5FKYA 2V5DA 2CYGA 3N1AA 1JDDA 2O9OA 2J74A 4F9JA 2CIPA 3VUPA 1KGUA 1HP4A 1AQ0A 3I3DA 3NSMA 3BAKA 5E6YA 2WMJA 1HNYA 2J7DA 3L4VA 2XVNA 1JFXA 1DWIM 4D6DA 4GKLA 3PZUA 3HN3A 1WZMA 4H04A 3CUJA 3CBWA 1WKYA 3AIQA 5F7UA 2XFYA 2UY2A 4WKAA 3A6OA 3LPFA 4PUDA 4J3TA 2ZE0A 1QI0A 2ZUMA 1V0LA 1GNXA 1TG7A 1H2JA 1FOBA 3LMYA 1XYZA 1SMDA 1VFFA 2G3MA 4J3XA 4XZBA 1JAKA 8CGTA 1W9XA 3HMCA 3SUWA 1E6QM 3GNOA 4HZ8A 4HPGA 5BROA 1XH1A 5C8BB 3EDFA 1MW2A 2WC4A 3WQ6A 3CZGA 1NWTA 1UKOA 1E4NA 3M7SA 5AC4A 2WC3A 1MXDA 2CKSA 4F79A 2J8FA 5AYBA 3OA5A 3VX1A 1UKTA 5M03A 1E6NA 4Z2LA 4E2OA 3OLIA 5A8MA 4GPNA 5I6SA 5A8NA 2ZX9A 2CBVA 4D6IA 1LL6A 2D0HA 4AW7A 1NH6A 4NSBA 1KFWA 3VMPA 4TVCA 1MQRA 3AIRA 2PBOA 3PZOA 4OOZA 4RE3A 4H8VA 3QHMA 2D0FA 3EMZA 3ZM8A 3UR8A 2FHCA 1TA3A 1U33A 3W53A 4PMOA 1KCLA 2D2OA 3IK2A 4FLQA 2BXZA 2J4GA 3AIUA 1W3LA 5JIPA 1WDSA 1E1FA 2ZX8A 4MNJA 3WQ4A 1C93A 1EDGA 3VMOA 4TUFA 3BAJA 1MXGA 3U7VA 4CCDA 4QCFA 1HJQA 1E6ZA 2WPGA 3SCTA 4MNMA 1QI5A 2BY2A 4E8DA 3K4AA 1RH9A 2VX5A 3SCNA 3U5UA 2GJXB 1EDQA 2F61A 3SCRA 2PWGA 5CSYA 1WDPA 3WH6A 3OGVA 3AMDA 1XYFA 2YJQA 1Q4NX 2XG9A 4HP5A 1ZS2A 3O6AA 3ARUA 3VGFA 2OWCA 2ZICA 2F8QA 1H09A 3PTQA 1CXFA 1ZB5A 1E73M 1BG4A 3WQ8A 2WB5A 3SUTA 1GHRA 1LG2A 2GUYA 3WEZA 2CEQA 2E3ZA 1MW0A 1E1EA 1H11A 4C91A 3UG4A 4CN1A 1CNVA 7TAAA 2YDSA 2XHYA 4F8XA 1B3WA 2EPMX 4UNIA 3ZJ8A 1I1WA 2ZWYA 3WNPA 5A1AA 5I24A 2FGLA 1WZAA 3OGRA 1E4MM 2E9LA 2J47A 3POHA 4B9ZA 2DQXA 2J79A 3WD0A 1CZ1A 4XB3A 1KWGA 3KL3A 1QNQA 2YLLA 4PTVA 1TR1A 1A47A 5I3DA 1Q6EA 3SUUA 3MMUA 1UA3A 3AI0A 3AIWA 4LYRA 4J3SA 1OT2A 5BXTA 4GXPA 4DM2A 1HF6A 4WSKA 4KRUA 3WH7A 3EMQA 3ARXA 3VDAA 4C7FA 5A6BD 4N0RA 4V27A 2JF7A 4D6HA 5CGTA 1BYAA 3FAXA 3L2LA 2PF0A 3T2QA 4BQ2A 4ML4A 5EFFA 2W92A 1UWSA 2EBNA 1QNPA 4LX4A 1E71M 5A6JA 1KGWA 1EDTA 4LQ1A 3SCQA 1HN1A 3WEMA 3ZQ9A 5I78A 4WJXA 1LWJA 4N42A 3MUIA 1G94A 1JG9A 4TVDA 1W9DM 2WVSA 2WSPA 3G6LA 3UESA 3AHTA 1R87A 4H2CA 1K9FA 2BXYA 5E9AA 2EPKX 1MFVA 1B1YA 2V3GA 4OBRA 4CVUA 4TTUA 4Z2JA 1DWJM 5LA2A 2A3BA 2ZOXA 3L4XA 1BPLB 5ABEA 4P7RA 2X2YA 3FW6A 3T08A 1W9BM 2G4FA 4K68A 1W1TA 1UUQA 1FH9A 2VX4A 1C90A 1PPIA 2UWFA 3VIKA 3WKZA 1UR0A 3W4RA 4XZWA 1OSEA 3CZJA 2DIEA 2VX6A 2OWWA 1U2YA 3I3EA 4HPHA 3CZKA 5A2CA 3HJEA 4LYPA 1GJWA 1JZ3A 3SCUA 2VMFA 3VOCA 5JBFA 4LGXA 4H7VA 1GW1A 4J7RA 1W2VA 4L4PA 2VRQA 2DDXA 3N13A 2V3EA 3WNNA 4D1JA 2VT0A 4MAZA 5JIWA 3AS2A 4M8UA 3VGGA 3VGEA 1QI3A 4AZ5A 3VGBA 4GINA 4UQ9A 1KBKA 2C7FA 3MANA 3E1F1 5JBDA 2GK1A 4A4AA 2CHNA 2YA0A 3L4ZA 4CD4A 2VRJA 2OSWA 4WIWA 3A47A 1KXHA 2WHLA 5A2BA 1BYCA 1WAWA 4MTVA 4EK7A 5BXSA 2E8ZA 1VB9A 1X6LA 3QOMA 3EMCA 4W87A 1B31A 1WZKA 1KQYA 3RO8A 3K46A 1DTUA 1M7XA 5AY7A 1TA3B 4AD2A 3ARWA 3WUGA 2VO5A 4F9DA 4UQBA 2PWFA 4D6FA 1EQPA 4FLSA 2OYKA 3WF2A 3CGTA 1CTNA 1ZL1A 3FN9A 3NCOA 3CZLA 2CCRA 1RPKA 2G3IA 2VR4A 4AD5A 3KZSA 4WKHA 1MQQA 1X1NA 3WNLA 5IDIA 3BH4A 1I75A 5CQ1A 1UG6A 4W93A 2WMGA 3K8MA 2QMKA 4HOWA 4UFJA 4M29A 2D1ZA 3O2LA 3M46A 4ZE4A 5CXPA 4B3KA 4CD6A 3PTKA 3W37A 2ZUUA 1OD0A 2WBGA 4QCEA 3ZO9A 1BHGA 1MQPA 5CPTA 3W6LA 3K4DA 4M24A 2ZX7A 1GQKA 4PSPA 1UR1A 3CUFA 3RM4A 1BLIA 5E0CA 2JEQA 2ZUVA 4KMQA 3WDRA 3CO4A 1WCGA 3GXMA 3EYPA 1J0YA 3WQ5A 5A94A 1UWQA 2VI0A 5GPRA 2WBKA 3O9NA 3OBAA 4FF5A 3AISA 2W63A 4IPLA 4U31A 3W6MA 1GORA 4AZIA 1JDAA 2NW0A 3A4AA 3VDCA 1KXVA 1ZBKA 1XSIA 3WENA 2CBJA 3WDQA 5HOSA 1M04A 1EA9C 5D9PA 1ZBWA 3QR3A 3VX0A 5ECUA 3WL1A 1G1YA 3GH5A 1NP0A 4UOQA 2CBIA 2J7HA 1H49A 1HXJA 3MSGA 1WPCA 1ITCA 1J0HA 1LG1A 1UQYA 1V6YA 1JZ2A 3BCDA 3VD4A 3EDKA 4D6JA 3ZJ7A 4DUVA 6TAAA 2X1IA 1XC6A 3TTYA 2WZEA 2ZX5A 3ZJ6A 5I79A 3SCPA 1US2A 4WSJA 3UEQA 1CGXA 4Z2KA 2GJPA 1B9ZA 1ISZA 2OSYA 5C71A 3CUGA 3WN6A 1EO7A 3RJXA 1UWUA 3BLPX 2EXOA 4UTFA 1BVZA 3WFLA 4Y7EA 1C91A 1FHDA 3DYMA 4UFIA 4W88A 2WLZA 4ACZA 2EO7A 2BY1A 1OM0A 4D71A 1R8LA 1UOKA 2DH2A 1JZ6A 1UD4A 3VO0A 4D6CA 3AZTA 3F5JA 4U5IA 4M82A 4R5EA 2XGBA 1X6NA 1GVYA 3NYDA 4U33A 4ATDA 4PMDA 5CPSA 2YLAA 4AD3A 4JFWA 1DWFM 3RMEA 5A8PA 1MW3A 2MANA 4W84A 2AMGA 2XVKA 2CNCA 2WYSA 4JHOA 3WL0A 5A6BA 1J01A 3VM5A 4HA4A 1M53A 2WKGA 4DWSC 2XM1A 3AXHA 4OUEA 1W1YA 2DT0A 1Q6GA 2J7CA 5CLTA 4JAWA 4D6GA 4NZCA 2GSJA 4D72A 4JL1A 3AOFA 4QLKA 3UCQA 2VJXA 5A6SA 2YIHA 2W67A 1QOXA 2GK1B 2W5FA 4AWEA 1FA2A 3AFBA 1IZJA 3CUHA 4KGJA 2JIEA 1VENA 5D9MA 1VBRA 1KXTA 2BNJA 5DFAA 1GCYA 4TXEA 1UA7A 2QF8A 2VOTA 3FHAA 3KE0A 3F5KA 2DEPA 2XM2A 3VIPA 4L4OA 1EQCA 3WBAA 4PMXA 2IXUA 2WK2A 2ZUSA 5CG0A 1FFRA 1WDQA 1PJ9A 1C7TA 3BSGA 1XCWA 2X05A 2GVYA 1E3XA 1K6AA 4GQQA 2YL9A 1K9TA 4UQAA 4PMQA 5EFDA 1V3KA 2WMKA 4TX6A 4U2ZA 2JE8A 2VURA 1UR8A 1WE5A 4MADA 2WZHA 1JYWA 1TMQA 4HZ7A 2DSWA 3FAWA 1L8NA 4BA0A 5I77A 3VM7A 1VJSA 1CBGA 1LF1A 3VIGA 1JI2A 1PAMA 4LYQA 2VCAA 4GI9A 5EB8A 1BF2A 2PWHA 3L4WA 2ZXBA 3EBVA 1W9UA 2WVVA 3TA9A 4BCEA 1K9DA 1LWHA 3AHVA 4PTXA 3W24A 3WNMA 1E6PA 1XH2A 2ESCA 4PTMA 1E40A 4MNLA 2VVNA 3OIHA 3WNOA 4JKLA 2WCSA 2VNCA 1CPUA 4CD7A 1HKMA 2VZUA 5EMYA 2V3FA 3G6MA 1KB3A 3SEPA 4V2XA 1HT6A 3RIKA 3W81A 1ZJAA 3CZEA 4ATWA 7CGTA 4OBSA 1PIGA 1FHLA 1AQMA 4ZFMA 3IAPA 4U5KA 3BAWA 1ODUA 1PX3A 3BMVA 2IUZA 1XD0A 1WDRA 3GXIA 1R7AA 3U57A 5E09A 2PWEA 2V38A 4CN6A 5A6MA 5BCAA 5E0FA 1YQ2A 3GDBA 1E72M 3WELA 5BRPA 1OINA 5LA1A 1UH4A 2VRKA 3N17A 5E70A 2VVSA 5AYIA 5I0DA 2J7EA 1Z32X 1BVNP 3AXXA 3SIMA 2RGLA 1BFNA 1NQ6A 3S6TA 4W8AA 1OCQA 1UR9A 1VFUA 1BGGA 2YL8A 5HXMA 4PCTA 4GZEA 1HJXA 4MJ4A 3FXYA 1OIFA 3MKKA 2A3AA 2WMIA 4HU8A 5GNXA 4ZEPA 5A95A 5GQBA 1ECEA 4P7OA 4IISA 3VDHA 1FP8A 1CIUA 4DWSB 3IJ7A 1J10A 4QAWA 4U3AA 4ACZB 6A3HA 1PX4A 1V03A 4BQ3A 5DMYA 3CMGA 3THDA 2J7GA 2ZIDA 3WUBA 3FY1A 3ZJKA 3N9KA 1OB0A 1TE1A 1E6RA 1KR0A 4H8HA 3WDIA 1OGGA 3L4UA 1HJUA 4DWSD 1UWRA 2J75A 2WWCA 1EHAA 4JFTA 4S3JA 1E43A 2CXGA 3ZSTA 2W61A 2G3NA 3OLGA 2J78A 3CZ8A 1SFSA 3GZAA 5A8QA 1KR1A 1NM9A 1VFOA 3PZGA 3DHPA 1IZKA 2X0HA 3VD3A 3U7BA 3W28A 4ZXOA 3WIJA 2GFTA 4CUCA 2YKKA 1NP2A 4E8CA 1OIMA 2EPLX 2XJ7A 2VZVA 3CHCA 1XCXA 1TVPA 1WO2A 3TTQA 2YA2A 2E0PA 4WLCA 5JBEA 3AYSA 3BAXA 5DT5A 3GH7A 2XGIA 3VIFA 2PBGA 1GZJA 2BV9A 1AVAA 4AIEA 4XX6A 4AZHA 3AMCA 3AMKA 4IM4A 1GOWA 1KQZA 2WVUA 1W2PA 2DT1A 4RL3A 1FP9A 3KWXA 3ARYA 4UOJA 4AEFA 3CPUA 3OLDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VMN A;  4AD4 A;  1HJW A;  3SUR A;  4XUY A;  1BYB A;  3B9E A;  1B3Y A;  1EOM A;  2X09 A;  2J7B A;  1W3K A;  2XSA A;  3PTM A;  1XSJ A;  4JCL A;  1EH9 A;  2JAL A;  1AMY A;  3AQU A;  2W91 A;  3T2P A;  4TTG A;  4P8W A;  3W26 A;  3SCO A;  5DF0 A;  1DWH M;  1C92 A;  2WMH A;  1H4P A;  1VBU A;  4C7G A;  2WCG A;  1UD8 A;  2ZWZ A;  1HL9 A;  3MMD A;  1GJU A;  3BSH A;  3AYR A;  5A8O A;  1DWA M;  1Q6F A;  1V3L A;  4KGL A;  4HZ6 A;  2XUC A;  2WAN A;  3DEC A;  3AZS A;  1B0I A;  4GI6 A;  1JAE A;  2PI6 A;  4B15 A;  3J7H A;  3WFZ A;  1JZ8 A;  5DO8 A;  2DSU A;  4BS0 A;  4W89 A;  1VAH A;  2BHU A;  5IFT A;  3OZP A;  3ARO A;  3QOK A;  1J9Y A;  3CIV A;  3SCV A;  2G8Z A;  3MV0 1;  4ATL A;  4P8U A;  1JIB A;  4OOU A;  1QBA A;  2Y4S A;  4CCC A;  2VQU A;  1PZ3 A;  1OGS A;  3QGV A;  1UR4 A;  2D3N A;  3RJY A;  3F5L A;  4P8V A;  2BVD A;  2Y5E A;  1ZJB A;  1O6I A;  5TD4 A;  5I2U A;  4HU0 A;  2WLY A;  2WM0 A;  4PMZ A;  1JFH A;  1FFQ A;  2BY3 A;  1JF5 A;  4CVW A;  4Q7N A;  5HPC A;  3FND A;  6CGT A;  5C70 A;  2GJX A;  2JEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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