5D09A

Neisseria meningitidis 3 deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase phe211ala variant
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
KELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHALSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
publication title Neisseria meningitidis 3 deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase Phe211Ala variant at 2.35 Angstroms resolution
rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 124
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d09A00
2B0MA 3O15A 2FDSA 2A4AA 2R8WA 3IIZA 5D2WA 4BI7A 4FX8A 1OFOA 5K9DA 3N2XA 1K8XA 3O06A 4A22A 2E1DA 4A29A 3LBMA 3EX3A 1JCNA 1W1ZA 2VELA 3P7YA 5G2WA 4MZ8A 1I2PA 3WJWA 3SR7A 1BEUA 3TSMA 3CT7A 1HG3A 4MPQA 3W76A 1IXPA 3R8RA 3UYCA 3QRHA 4S2BA 4ORIA 2NV2A 2Y61A 5E1QA 2GQ8A 3LLFA 4ONVA 2CZEA 4B5NA 2H3BA 3NZRA 4O28A 1GJPA 1ML1A 3NL6A 1QPRA 2ZRWA 4O17A 3UPWA 2ZA1A 3W7NA 1WQ5A 2VFIA 3BK0A 1Q6RA 3NQ7A 1LTDA 4UNKA 2ZZ4A 1OF8A 4O1DA 1HO1A 2FJKA 5FF2A 2CLMA 2CLKA 1W31A 1IGSA 2OT0A 3P81A 4MJMA 2CLOA 1G4SA 1W8SA 3GKAA 3CEPA 3K30A 4MZ1A 4NJGA 2NX1A 2E77A 3PWAA 4P61A 2GUUA 2C13A 4QAIA 4FNUA 3TAOA 1HUVA 5EMUA 5CZTA 2GJLA 1F6KA 3A24A 3NR0A 3EXRA 3V1PA 4JYFA 4BI5A 3BG5A 3UXDA 2GVJA 2HS6A 4E2BA 4E2DA 5DN1A 1KFEA 4AF0A 1OK4A 5F1UA 4DXVA 2Y70A 5G5IA 4YCOA 1N7KA 5AN7A 4PC8A 2QAPA 1YXCA 3SSJA 4QM1A 4AAJA 3HBLA 2YW3A 4LS1A 3G18A 4PH6A 1O5XA 3W2LA 1YTDA 4CNOA 4LU0A 3C8FA 2R94A 3W3OA 4JN6A 3I65A 1JUBA 3NQ2A 3EWXA 3P8JA 4TIMA 1U5JA 5F2MA 3HPSA 1H7PA 1G7UA 2J9XA 3W83A 1A5AA 1CX9A 2Q8LA 2V30A 4DF2A 3GDKA 2CU0A 1W3IA 4QJ1A 1SO5A 3PBWA 2Z1BA 4XKYB 4EIVA 1G7VA 1AMKA 2ZA2A 3PVFA 1H63A 4WY0A 3EWYA 3WFAA 4O1BA 2PRLA 2WNQA 3W70A 1YADA 3F03K 1R46A 1FUYA 2A1YA 4P2VA 1M6JA 2J9YA 4QQ3A 3P74A 1M7OA 3LRLA 2C14A 6ALDA 1VLWA 4OHQA 1LOQA 1IXNA 4ICNA 3L2IA 1NAL1 5FEPA 1EWEA 4Z1DA 1I2RA 2V5BA 5AB3A 3W84A 4UMAA 1MEWA 3FKKA 4TR9A 2YYTA 4JICA 3GXPA 4MLRA 5BOOA 3QSRA 5C2XA 3I7QA 3LHTA 3Q58A 1KM3A 3QPYA 3MI2A 4JTGA 3ELFA 4LTSA 5AC8A 4DO4A 1A5CA 5BRBA 3TSBA 3LCGA 1OFDA 1QPQA 3W2UA 3A9IA 3NQVA 2DJLA 1HFBA 1LROA 1SSGA 2JKAA 4O0KA 4UTTA 3DAQA 3GX9A 3EWUA 1A5BA 1QCWA 1H5YA 2WSYA 3B03A 2F7FA 2YDAA 2JBMA 1DV7A 3FYPA 4AH7A 4C1LA 4GJ1A 4WOQA 1JQXA 4NJHA 4WUIA 4I7WA 3GXNA 1PHQA 4OV9A 3S42A 4GE8A 1F05A 3P61A 4HNNA 4NJJA 2DZXA 3MMTA 5G4EA 4ALDA 1K02A 1ZCOA 2CZFA 3HIJA 4XQ6A 1L6WA 3W1NA 4K6AA 4JYEA 2DJXA 3LCHA 5EYWA 1LCOA 4GUJA 1WOBA 1X1OA 2A21A 3DZ1A 1KFJA 1F74A 4XTIA 3LBCA 4NXKA 2C18A 1VYPX 4IGHA 4ZQPA 3C2EA 1ZHAA 3IIXA 1Y0EA 3QMSA 5EKYA 4S1FA 5G4WA 1QWGA 1PE1A 3BLIA 4LVFA 2VOMA 2JK2A 5G1TA 4UR7A 5IBXA 3PSWA 5AC6A 3LERA 4IMFA 2A6NA 3V75A 3MJYA 3DFSA 1TPFA 4JD4A 1VYRA 3VE9A 3M9YA 1XBXA 3G8RA 4N2YA 1JCLA 3N9SA 4LY8A 1T96A 1SO4A 5D04C 3W7GA 1KFLA 1EP2A 3S1XA 4UFMA 2OCZA 3G22A 5FF4A 4BK9A 4FXRA 3E49A 1RVGA 3W71A 4UTUA 5EA9A 4M6VA 3SGUA 3UXAA 4MKNA 1KBJA 3JR2A 3UZ5A 5U7SA 4ADUA 2VXNA 3RK8A 1D3HA 2QUTA 3TV8A 4MFEA 4PL2A 4LV9A 1A5SA 4JIPA 3W1TA 3W23A 5A5WA 1TPDA 4N6FA 2UV8G 1RR2A 3C3NA 3L5LA 2PCQA 1TV8A 1F2JA 1LORA 3BVJA 2Y7FA 3TQ0A 1W0MA 1TJPA 1ADOA 3EX2A 1TV7A 1ME7A 4GUFA 5LNRA 1RPXA 1AW5A 3TU9A 4R34A 2QDGA 1K03A 3PC0A 3RFAA 5E0KA 1P4CA 1YPFA 5FEXA 3GLCA 1VS1A 1K7EA 1UB3A 3FEMA 5CPLA 2NUWA 1UUOA 3QSTA 4N02A 1O95A 3W7LA 2KZHA 4UFIA 3LM7A 3PAJA 4AWUA 1H50A 1F73A 1AW2A 2WOQA 2V81A 4RV8A 3VFLA 4FB7A 3S6DA 3S9YA 3O16A 3ATYA 3H55A 3UWZA 3MI6A 7TIMA 1SO3A 1VH7A 4HSOA 5AHFA 3IGSA 4UCGA 3DENA 4QITA 2EHHA 2GVLA 3CTLA 2IQTA 5EY5A 2QCEA 4IXHA 4UTKA 3LOTA 1YLVA 2NX3A 2XN0A 3LTYA 2ISWA 3EXSA 1OFRA 1EUAA 1J5TA 4TU1A 4JY9A 1SQ7A 5DXYA 3M0ZA 3I6RA 2JKEA 2DP3A 2NZLA 1ZNNA 4OT7A 4YMZA 1FQ0A 1W5OA 1LBLA 3OHIA 4UMBA 1LRTA 2WV8A 5D2VA 1TQJA 1ZY9A 1DHPA 2Y63A 3G1SA 4M5PA 2FQIA 3MYOA 1OFQA 2QCNA 4JTIA 3T55A 3W2JA 3HO8A 4L4LA 4CNPA 3G1YA 3NPUA 4I7VA 1FCQA 4UTWC 1OK6A 2C6QA 3G0SA 4O11A 4ZVJA 2WJZA 4O16A 4HNUA 4NJIA 2RH9A 3R2GA 1SZEA 2VKZG 3F4WA 1MEIA 1GT8A 3QFEA 5F1VA 1SO6A 1OJXA 5LNUA 2ZZ2A 1AL8A 3NAVA 2EAWA 4GXMA 1AW1A 1VJIA 4O4VA 4JX4A 1ZAIA 2YR1A 3L68A 4WXYA 4JTJA 4RKAA 3IVSA 4KFOA 3H54A 4FHAA 1TO3A 2AQWA 3QC3A 4TMCA 4NXSA 4BF9A 2Z6IA 1OYCA 1UUMA 2LLEA 5G2IA 1YDOA 5CPOA 1SW0A 3C56A 4WQ6A 3S8HA 3RF9A 2NV1A 1RQBA 3M43A 3G1DA 3OVRA 3PUDA 4M6PA 3TA6A 4RXFA 4RXGA 1TRDA 2FB2A 3L66A 1XDLA 4CLMA 1KTNA 1JUEA 3FKRA 3LHZA 4TMBA 1FWRA 3T7VA 3VI2A 4O1AA 5HWJA 1H7RA 2QKFA 3SGZA 5C6MA 4GUHA 3TH6A 4EF9A 2ABAA 4PCFA 2Y62A 4KKXA 3NM1A 1T99A 1TPVA 1ICQA 1R2TA 4LV4A 4ADSA 4NUWA 3UZJA 1GOXA 4HT3A 5DCBA 3TJXA 3A5FA 3TX9A 3MBFA 2V2CA 1IXQA 3EB2A 3W1UA 4DQWA 2WKJA 1WDWA 5D2XA 3WJSA 1GEQA 3MWAA 1GYNA 3DU0A 4A3UA 3G3DA 2ATSA 3PBUA 1L9WA 1GVRA 3G1XA 3N73A 1WBHA 2WPBA 1MEHA 1QOPA 5KTLA 2C1HA 1FXPA 4YWIA 1GVOA 3BG3A 3NQFA 3LX9A 2X1TA 1D3GA 1QOQA 2O7QA 1O60A 3PF3A 5DCDA 2CWNA 1TPWA 3N3MA 2QF7A 3EX6A 5HWNA 3LXBA 4JIQA 5HR6A 3LI1A 1MSSA 3P84A 3NL3A 3ABRA 3SECA 2DZUA 5AYZA 4RZ6A 1G4EA 2WSRA 1ICSA 3LCXA 3TXZA 3P82A 3M6YA 3OBKA 5LHEA 4WXZA 4JX6A 3CWOX 3G0XA 2A7PA 3DKLA 4AWSA 1TMHA 1K3UA 1BTMA 3F4NA 2EKCA 4G1KA 2VFFA 3W88A 1L6YA 3IV3A 2WSQA 4LC8A 4UTIA 4XBSA 3LI0A 1VRDA 1K7FA 1WXJA 1Z42A 1LM1A 3U8GA 4M7TA 3EWZA 3INPA 3TFCA 4QNEA 3BV4A 2QJIA 4ZQRA 1P5BA 2EF9A 1Z48A 1TPC1 1LRQA 3FFSA 3O6DA 5F2LA 1JRBA 3CIWA 1WOAA 1U83A 4BI6A 4FXSA 3HG2A 4JTEA 5HJLA 2BX7A 1OVDA 1SPQA 3UWVA 4TO8A 5K2ZA 4UUIA 2G95A 1KM5A 2Y6ZA 3CIXA 1OFEA 3W1QA 3VNDA 4LC6A 3OG3A 3HQ1A 1XBVA 1UJPA 1LDCA 2QCDA 2TMDA 1TTQA 3SIZA 3C2FA 4N9EA 1QAPA 5CKSA 5D2YA 2ZA3A 1SZFA 3NPWA 3IIOA 4FNRA 4UNLA 1H61A 1ALDA 3ANYA 1FDYA 2X16A 4HN4A 2Y7EA 2VFDA 1XXXA 3NDOA 8TIMA 3UWYA 3R5EA 3L0KA 4Z1BA 2B7OA 3SW6A 3W86A 3W87A 1LP6A 4O50A 3LXCA 3LXAA 2V9DA 3M47A 3EWWA 4JNMA 4MUZA 4Z08A 2D73A 3UQNA 2E68A 1KFKA 3NQCA 3DFQA 4O52A 3HGJA 1X1ZA 3N14A 4OQVA 3TXVA 3G0UA 4AXKA 3TUUA 3DFNA 4NZJA 3T4CA 1W56A 4XUGA 1OG0A 4DO5A 1R30A 3FJLA 1S5TA 4S2CA 3MI3A 4H6KA 2J88A 1W3NA 4H4IA 3I7RA 4YL2A 4UTMA 2WNZA 2GVGA 3CHVA 2GOUA 1W54A 4IOTA 1C9DA 1OABA 5AYYA 3OEXA 5HINA 2Z0IA 3STGA 1YDNA 5HULA 3YPIA 3DKJA 5D32A 3ZR4A 1N55A 1H1ZA 4FEZA 5LNWA 2I14A 4NVTA 2QJGA 3KAOA 3WK0A 4A2SA 3WK3A 2W6RA 3W7DA 3BG9A 3LTSA 3RLUA 3M44A 2ATMA 3M16A 1EP1A 4DF1A 4O0ZA 3NQEA 2NWSA 3NVTA 2QCHA 2QCMA 2ZDRA 1JCYA 1TB3A 2OMAA 3W22A 4EOUA 3A5VA 4U4MA 1VR6A 5H91A 3TK7A 1GTHA 2VFGA 4KWWA 2V8ZA 4FNSA 4O18A 3UNDA 1KLYA 1VHNA 2ZFAA 1KBIA 5KMYA 2YFNA 3UD6A 3C0JA 3W7RA 1TPB1 1DKWA 2H6RA 4WZHA 1OF6A 4X2RA 1SUXA 3G1AA 3KVMA 5I3HA 2AAMA 2QJHA 3W7JA 5FF0A 1EWDA 3E0IA 1NSJA 3NL5A 4DO6A 1EIXA 1WBJA 3L0GA 3W7IA 3B04A 3P5YA 1JVNA 4YLWA 5TIMA 3ZS4A 3L21A 2J24A 3OIXA 4WX2A 3IIVA 3TIMA 3ZWSA 1F5ZA 3TCEA 3GAKA 2NXIA 4BFAA 5DY2A 4J9JA 4OGZA 3W7OA 4UFLA 1XKYA 1H62A 4FX6M 3GXTA 4JS3A 3C4UA 2CLHA 4MIMA 2RHGA 2E6YA 3MP5A 2NXGA 1GQNA 3TDFA 2CLEA 1TQXA 3GIYA 2V2DA 3NQDA 3O07A 3G8EA 3FJ6A 5G1YA 4Y90A 3CU2A 1H7XA 1B4KA 4RR4A 4M19A 4BR1A 3BGJA 2HTMA 4JDBA 4MY9A 2NLIA 4IJBA 2ZZ6A 4ZQMA 4BWLC 3PB0A 3NZ1A 1QR7A 1XUUA 4Y6GA 4Q33A 4JTLA 2Q3RA 3KVJA 4IX0A 4PA8A 2C16A 1TJRA 1B4EA 1G6CA 3HG3A 3LHYA 2C0AA 2PE4A 1LZOA 4ZQCA 4KWVA 5DELA 2VFEA 2ZCGA 3BARA 1PL9A 4Y9AA 2VEKA 1DJNA 1C8VA 4GRSA 4YCPA 3KRSA 1OX4A 4AF0B 4KFNA 4Y96A 1FBAA 3W1LA 1OFBA 1FDZA 5BNKA 1P0KA 3MP4A 2RKXA 3MUXA 5T26A 2CZ5A 3O1NA 4O13A 3BLEA 4LS0A 1FWTA 2QCFA 2G96A 5K4XA 1TTPA 4NX5A 4UR8A 2P1FA 5DXXA 5K4ZA 5ABTA 5LKYA 2YW4A 3BGGA 4UFJA 4JTFA 5KZDA 4IPJA 3W7QA 5KSWA 1QO2A 1V5XA 1RQEA 3NOEA 2Z6JA 1SFJA 1ZJIA 3QH2A 4Q4KA 3BW4A 2JGQA 4LVBA 3GDLA 2FPYA 2E6AA 3LCWA 2P10A 2CZDA 1PV8A 4YXGA 1FDJA 1O4UA 2VEIA 4UTHA 4I9AA 3UWQA 3KHJA 3LV5A 1IIHA 1K7XA 3MHFA 4POCA 1FCBA 4PTNA 1BWLA 4UIOA 4WY0B 4JTKA 3G1FA 3GNDA 4IWWA 1SFLA 3LLDA 1SZGA 5KZMA 1RD5A 1QDSA 1SR9A 1VZWA 3W1XA 4IMEA 2CW6A 5LSMA 3L67A 1KLZA 4MY1A 5FF7A 1A50A 1VC4A 3DFOA 2NUXA 3JRKA 2DZVA 1XBZA 3P67A 1L6SA 4O15A 2ZZ1A 5DBTA 1RQHA 3W7PA 4IMDA 3T40A 4U28A 2QEZA 1PS9A 5LZLA 3L65A 1KM4A 4UFKA 4AEOA 3NXFA 2OJPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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