4PMZA

Crystal structure of gh10 endo-b-1,4-xylanase (xynb) from xanthomonas axonopodis pv citri complexed with xylobiose
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
APLAATASKFLGCAYGAQQAPGFAQYWNKLTPENGGKWGSVEAVRDQMDWSTLDAAYRFAQANQMPFQMHVMVWGNQQPEWIKTLRPAEQRREIEQWFAAVAQRYPDIALLEVVNEPLNDPPSKADTGGGNYLQALGGNGDSGWEWVLQSFRLARRHFPHTKLMINDYSITSSAQATQKYLQIVRLLQRENLVDAIGVQEHAFETTPEVAVSVHRDNLDALAATGLPIYITEFDLDGPTDAQQLADYKRVFPVFWEHPAVHGITLWGFRPGLWRDKEAAYLIRADGTERPALTWLRDYVAAHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Xylanase
publication title Molecular mechanisms associated with xylan degradation by xanthomonas plant pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
total genus 124
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmzA00
3WF2A 1J01A 4NRRA 4A3HA 1V0NA 3WNPA 4A4AA 1MWOA 3WUBA 4CD4A 1WCGA 1ISXA 4DUVA 1R85A 1XRVA 2DT1A 2J8FA 4GZEA 2XIBA 1CXFA 3EBVA 5ABGA 3T0BA 5A8PA 5BXTA 2VTFA 3ZM8A 3GM8A 5I0DA 1ESWA 2OWWA 3QR3A 3W53A 4AISA 3D5HA 3WMCA 3U57A 3SUUA 3ARPA 2JFEX 1BQCA 5AYBA 5BROA 1L8NA 4D6CA 5C70A 2GSJA 1B90A 3TOPA 2EPNA 1NWTA 1GZJA 1E55A 1B9ZA 5BRQA 4H7VA 1R7AA 3AOFA 2WMKA 3M07A 2VZOA 4TXEA 2BXYA 4WSKA 5E0CA 1H0IA 4D1JA 1NOFA 2VZTA 5E6ZA 1Z32X 1LLOA 4CN1A 4W5UA 4GPNA 4QAWA 1SMAA 2WYSA 3RCNA 3FHAA 1H2JA 2CBJA 3VMOA 5BYWA 4L4OA 4CCDA 1BAGA 1LL4A 4GINA 3T09A 3EMZA 3AIVA 1SYTA 3W24A 3POHA 3MMWA 4ZE4A 3WQ4A 3WUEA 2YLLA 1CXEA 1BYCA 1E4MM 3WFZA 2WKLA 1B31A 1OGBA 3VO0A 3KL0A 2J62A 3ZOAA 4PMUA 1OBAA 3B9AA 3N9KA 4FLRA 4UQ9A 1PX4A 4MNKA 3WENA 4JHOA 1MXGA 1QI4A 1D3CA 2A3BA 2EBNA 4WKAA 1H11A 1I75A 1QHPA 3AMCA 2YA2A 4DM2A 3MO4A 1PJ9A 1JL8A 2QPSA 4A3YA 3BSGA 4S3KA 3AZSA 4UQAA 4BQ3A 2AMGA 2D1ZA 3GXFA 1NWSA 1E40A 4MAZA 3VINA 1V6YA 2VZUA 4AD2A 4JCLA 2GJXB 1GW1A 1UR9A 2HVMA 1SR0A 2WWCA 1WO2A 3GXIA 3W82A 1GOKA 3ZJKA 3VMPA 3WH9A 1JZ8A 4D6FA 1HVXA 2VVNA 1V3HA 1RH9A 2CIPA 4W87A 2G3MA 2Y24A 4PBGA 1HIZA 1CGUA 8A3HA 2VCAA 4U2YA 3CZKA 3KWXA 3ZJ7A 4RE2A 2WMHA 2GK1B 3M7SA 4HZ8A 3RPMA 1V3MA 1G94A 3ZT7A 1X6LA 4ZXLA 1C90A 5D8WA 4HP5A 3ZJ6A 3OLIA 3WD4A 2YA1A 2JF6A 4TX6A 3GH5A 1W9VA 1MQRA 3TTOA 1V6WA 4M29A 4HU8A 2QV4A 4AXNA 3OBAA 4TVUA 5D9MA 1HJSA 2FDMA 3QHMA 3EMQA 1QI2A 2FHCA 2XM1A 4CU6A 2ZXBA 3BXWA 2NW0A 3AS1A 1WDQA 3ZR6A 5M5DA 2YDQA 5EFFA 2X0YA 3WIJA 4W8AA 3AIQA 3KZSA 3U5YA 5HNNA 1I1XA 4NZCA 3FAWA 1US2A 3VIKA 1TA3A 3ZO9A 3IANA 1TVNA 3LPFA 3MV11 1ZBCA 1AQ0A 3L2MA 2VI0A 2X8RA 2VR5A 2X0HA 4K68A 3U7VA 3T0DA 5FCZA 2GK1A 2E0PA 5DO8A 3SCVA 3MS8A 3GBDA 3VIHA 3CZ8A 1JZ7A 2E9LA 5M3WA 3TTQA 5I78A 4JAWA 2XSBA 2J7CA 2V3FA 3F5LA 5EFDA 1OSEA 1V3JA 3WQ6A 1TMQA 1GCYA 4UOQA 2BVYA 4HZ6A 1OT2A 3SURA 1QI3A 2XWEA 2WSPA 2BHZA 1N82A 3PZMA 1H5VA 4Q22A 1FFRA 3WDPP 1JDAA 2WHMA 4TOQA 1QI5A 3N15A 4HMCA 2O9OA 2VRKA 2CHOA 1W32A 3VDCA 2XGIA 4P7NA 1XD0A 1ISWA 1PZ3A 1Q6GA 3UR8A 1H3GA 3ZIZA 2JALA 3UESA 1KFWA 1V08A 4P7OA 2CKRA 3WMBA 3WNMA 4UFLA 3SCPA 4Z2HA 3IAPA 4D6IA 4TUFA 1X6NA 1EHAA 5FL0A 3WQ5A 1UWQA 4PTWA 1CEOA 1ODUA 5AC5A 1E6PA 3AQUA 1JYXA 3ARRA 4PMYA 3WF1A 4PCSA 3JUGA 2WBGA 1E6ZA 4W86A 2BY3A 4BA0A 3WQ8A 4CD8A 4J28A 4XZWA 4GXPA 1G01A 4LXFA 1UR8A 4CGTA 2D0GA 2G41A 3WELA 3WD3A 1A47A 1CXKA 2DT0A 4KRUA 4GZIA 3AZTA 4Q7NA 1OINA 3BMWA 2VRJA 3LPPA 2BV9A 2YBUA 4UR9A 3WNLA 2X1IA 4MNLA 3ZT5A 3WDHA 1UH2A 3AXXA 4AEFA 1V6VA 1B1YA 4JKMA 3EDJA 2XFYA 5BWFA 1WZMA 1ZBWA 3AISA 3FY1A 1VAHA 3EDEA 2ZUTA 2JEPA 2ZX9A 2WMGA 1BF2A 1QPKA 3WH7A 1PZ2A 1BSIA 1KGUA 3BAXA 4WSJA 2J74A 1RP9A 2FH8A 4M8UA 3VNYA 4FLSA 2YDSA 3VGDA 2WC4A 4ATWA 3WSUA 1BG4A 4BQ5A 1J18A 5A2CA 3AMKA 4AIUA 3WDIA 3L4TA 3ARVA 4CU7A 1UWTA 5D9PA 3T2PA 1GVYA 4M56A 4H04A 4WK9A 3PTQA 4JFUA 1HKIA 1J9YA 3THCA 1MW3A 1GUVA 4GQQA 2QMJA 4QLJA 2CETA 4TTUA 4QFUA 1CBGA 3AMLA 5A1AA 4P7QA 1OGGA 4OUEA 3VGEA 1E3XA 3O9NA 4D1IA 4KWUA 4FMVA 3VD7A 5A8OA 2YL5A 1EXPA 2BS9A 3W81A 1EOMA 1EA9C 5BXRA 3OGRA 1NOWA 4AWEA 1H49A 1KQYA 1J12A 1PBGA 3PBGA 5A3HA 4E2OA 1JF5A 1B0IA 1EIBA 3BMVA 2DGAA 1WZAA 2WVUA 1B3ZA 4DUXA 4J3XA 5JBDA 5TD4A 3W6MA 4J7RA 2EJ1A 4KMQA 1XHGA 1J0YA 3RMEA 3CUHA 4WIWA 1Q6CA 5JIWA 1PEZA 3CO4A 2VURA 3FAXA 1JYWA 1GOOA 3AS2A 3B8SA 4GO8A 1AMYA 2WM0A 1HXJA 2AOSA 4U33A 4DWSB 2VX6A 1Y7VA 2VX5A 4V28A 1LQ0A 2XIIA 4AZCB 1PIFA 3PTMA 1GNXA 2ESCA 5ABFB 3DECA 3OA5A 1BTCA 2A3CA 5ABEA 5FOOA 5EMYA 2WPGA 3W0KA 4MB5A 2J7HA 2DT3A 3W4RA 4Y7EA 1P6WA 2YL6A 3MKKA 1QNRA 4JKKA 3WDJA 2V3EA 1JI1A 3L2LA 1MQPA 5CJ5A 2VX7A 1AVAA 1WZLA 1H1NA 5A2BA 4TVDA 3G6LA 2G4FA 1HP5A 1JDCA 1PAMA 1QHZA 1UH3A 3WQVA 3CZGA 2F2HA 3CZJA 1CPUA 1EDTA 2W61A 4HA4A 4OIFA 1R87A 2OSWA 4DWSA 1UWRA 3WEOA 3F5JA 4AZIA 3ALFA 3SCQA 3BAWA 3RDKA 4EKJA 4HTYA 1CDGA 1KCLA 1JNEA 2GDVA 3AS3A 1VBUA 1ITXA 1TR1A 1UKSA 1W1YA 1HL8A 4UOJA 2UY3A 1C92A 2Q8XA 1XCWA 1HX0A 4UQBA 4CUCA 1E6XM 4PTMA 3L4VA 4S3JA 3N13A 1ZJAA 1FFQA 3CHEA 1IV8A 2D3LA 1BFNA 1C93A 3VIPA 4JIEA 1KBKA 4CCEA 3WL0A 1LJYA 4UCFA 2O9PA 4B9YA 3DHUA 4UFMA 4U5KA 1K9TA 2CPUA 3WDQA 5A69A 1HNYA 1C7TA 1O7AA 2VJXA 1KXVA 9CGTA 3PZ9A 3CH9A 4P8XA 4DWSD 7A3HA 4AZ5A 2XFRA 5FD0A 3OLDA 4UFJA 2ZUNA 4J3UA 4DWSC 1LF1A 2DEPA 5ABHA 2EEXA 1FP8A 1JG9A 3W26A 4HOWA 2WMFA 4E8CA 4PMDA 1JFXA 4UQEA 4Z2LA 4UQCA 3WNKA 4AZ6A 2PBGA 3J7HA 4PN2A 3MMUA 4GI9A 5I24A 1W3HA 4PMQA 5M17A 4W5ZA 1GJUA 1F4AA 2ZUWA 2YOCA 3ARXA 3VX0A 3VU2A 3U7BA 1WPCA 2W62A 1VEMA 2CESA 1VFOA 2CEQA 3O2LA 1W9BM 3PZIA 1QNSA 2BY0A 2UY5A 4B15A 1EO5A 1WB0A 1G0CA 3U5UA 1M04A 1GQJA 2X05A 1HN1A 4W7VA 3VD9A 1K6AA 3VD5A 3RM8A 1RP8A 1UZ4A 2J7DA 4MAVA 2XYLA 2Y2WA 3CLWA 4XZBA 3WMSA 1E5NA 1Q6EA 3TP4A 3NSXA 2J77A 2CXGA 2J7FA 1H41A 1HP4A 3BSHA 3CTTA 3OGSA 5LA0A 3ZJ8A 1O6IA 2XM2A 4OOZA 2FHBA 3K4AA 5GNYA 1UKTA 1OD0A 5DT5A 4CCCA 4JZ5A 2C8NA 1BYDA 1DWGM 4WKHA 4V2XA 3L4YA 2DIEA 4R5EA 3BLPX 3AXHA 3K4DA 3T2QA 3N1AA 4CU8A 3ZR5A 2A3EA 2WMIA 4B16A 4AD5A 1B3XA 3NYDA 5GNXA 5CG0A 4WF7A 4HOZA 5IDIA 5AY7A 3WH6A 3VIJA 1DWAM 3E1F1 4AIEA 4H41A 2CCRA 4P7LA 2DSUA 1W3KA 4H2CA 1WAWA 2VZSA 2WMJA 5HDRA 2WSKA 3RIKA 2VQUA 1OT1A 4AD0A 1V02A 1D7FA 5IFTA 4QDMA 4BCEA 5I2UA 1LWJA 1U30A 2NT1A 5DMYA 2J7EA 2BVTA 3PZTA 1M01A 2VCBA 2WBKA 1UA3A 3W27A 4U2ZA 2WNWA 1L0PA 1OB0A 2JE8A 1TA3B 2OYMA 3W37A 1ZBKA 2OLHA 3MU7A 2ZE0A 4X9YA 1LL6A 2VVSA 1C8YA 1HJQA 2PBOA 2VUYA 1PPIA 2EPMX 4UFHA 3WKZA 4KGLA 3WD1A 5A6SA 1JDDA 2WKGA 3ZSTA 1UG6A 1EHNA 3RILA 2GJPA 3W38A 5I79A 2DT2A 3AHZA 2GUYA 5DFAA 3N04A 1KWGA 5KEZA 3GYCA 1J11A 5E70A 1Q4NX 4YN5A 1VJSA 1VFUA 2QF8A 2CYGA 3W6LA 1HVQA 1UR2A 5DEZA 1NH6A 4AC1X 1S46A 4AZBA 2DDXA 1W1PA 4KGJA 1JI2A 3AHVA 1GHSA 3DYOA 5BXPA 3PZOA 1GJWA 2O92A 2QLYA 4AD3A 1JXJA 3VILA 1PX8A 2XVKA 3VDAA 2DIJA 3NJ3A 3T2OA 2WVSA 2CITA 4HA3A 3MUIA 1GOQA 3UEQA 2WZIA 3EDKA 1E43A 3FNDA 4W7WA 2G3IA 4MDOA 1XH2A 2ZUMA 3D3AA 1HJUA 3DYMA 4UZSA 3WF0A 1K9DA 1ZL1A 4AZGA 4MADA 1MW0A 4HA1A 3MANA 1QBBA 1JAKA 1VFFA 1EGZA 4EANA 4D6HA 1J0IA 1UWUA 1ZBVA 3T08A 2AAAA 1BG9A 4AY1A 3O6AA 4LQ1A 2WCSA 4Z2KA 1DP0A 3CUJA 3WUFA 4WLCA 1C8XA 3ARUA 2WAGA 3LPGA 4D6GA 3SCOA 3UG4A 4AEEA 1QNOA 4Z2IA 2QPUA 3CUGA 3VPLA 4H8UA 2VL4A 4PUEA 1FHDA 4W85A 2VC9A 2D23A 4N0RA 1VENA 3VNZA 4CKQA 3GBEA 4UOZA 3WBEA 1FH7A 3AYSA 3GH7A 1HJWA 1Q6DA 3NDZA 4HMDA 3VGHA 3AICA 2VMFA 2GVYA 4PUDA 4XX6A 3ZSSA 2YL9A 2EPKX 1XH0A 1GOWA 3SUVA 3QHNA 4MB4A 1QOXA 2E4TA 7CGTA 1B3VA 2J47A 5HOSA 1JFHA 2YIHA 1W2VA 1UQZA 2MANA 2EO7A 5AYIA 4JL2A 1NOUA 3A4AA 2E40A 2ZWYA 3A3HA 3PZQA 2V3DA 5CZKA 3ARZA 2QHAA 3IK2A 3L4WA 1XV8A 4C7GA 1JGIA 3CIVA 2F61A 4KH2A 1JNDA 1KB3A 1B30A 1WE5A 2VO5A 2EQDA 3SIMA 4AYSA 2G8ZA 3AZRA 2XSAA 3VM7A 4D6JA 2WK2A 1V3IA 1MVYA 2IUZA 3VKKA 4PMNA 1MFUA 3KEHA 5FKYA 1NP2A 1IT0A 2UY2A 3ECQA 3CHFA 4PEEA 1I1WA 1US3A 1NARA 5CXPA 1GQKA 2VNCA 3CZLA 4P8UA 4H8HA 2EXOA 2DQXA 4CD5A 1E6RA 2Y8VA 2OWCA 2D20A 5A6LA 1E0WA 4YHEA 1U2YA 1OGSA 4W84A 3S6TA 3THDA 3BAIA 4J3VA 4TTGA 5A2AA 5IXEA 1FHLA 3PN8A 5GQBA 3AMGA 2NSXA 3W29A 5BXSA 5M03A 1RPKA 4OJYA 2E9BA 1UD8A 1OD8A 4W89A 3VM5A 1CYGA 1DHKA 2WZHA 1BLIA 1CGWA 1BPLB 5BRPA 1M53A 3SUTA 1CLXA 3NIYA 1ZJBA 2IXUA 3K8MA 1XSJA 4KRTA 5KZ6A 2CBUA 5C71A 5D8ZA 2JEQA 1CGYA 4DM1A 5I6SA 4M24A 1TUXA 4E4PA 3FW6A 5LA2A 1BHGA 1GPFA 1JYNA 4U3AA 2CBVA 1BGAA 2WXDM 4JFWA 2PC8A 5A8QA 1W9XA 1LG1A 1UUQA 1QNQA 4TX8A 3WFLA 1CXHA 3OZPA 4HU0A 5E6YA 3GH4A 1DWIM 1LG2A 1BYBA 1MW2A 1SFSA 3K8LA 2ZIDA 5EBAA 3WDRA 1ECEA 2D0HA 4C7DA 3N11A 1UD4A 4RE3A 1HT6A 2XUCA 3GNOA 1OM0A 1KR0A 2YJQA 3KE0A 1UD3A 1VEOA 2YL8A 1VJZA 3WY1A 4M82A 3AS0A 3SCTA 3HN3A 4QLKA 1E0VA 1V0KA 1ZS2A 2J75A 4CVWA 3RJXA 1JZ4A 1R86A 1UWSA 3GTNA 3N18A 4URIA 1B3WA 1CTNA 4QLLA 3MSDA 4JL1A 3A4XA 1NWRA 2J78A 3ARQA 4MNJA 1XC6A 2PWEA 1E5JA 1MYRA 5GNZA 1X1NA 2Y8KA 4QCEA 3WD0A 4LPCA 2PF0A 3S2CA 5A94A 2ZXDA 4AD4A 3AHTA 1E1FA 1V03A 3NCOA 3BCDA 2Y4SA 3FXYA 1UKPA 4NF7A 3POCA 1TG7A 1MFVA 1UQYA 4GI6A 3QHOA 2WCGA 4XB3A 2FH6A 1F4HA 3ARYA 2IXVA 3SUWA 1V0MA 4PMVA 4CN6A 3I3BA 3QOMA 1OWQA 1E4IA 4J27A 3EDFA 2G3NA 1FA2A 3F5KA 1CZ1A 4ATDA 1GVIA 2XJ7A 2E8YA 2BY2A 1W1TA 2XTKA 2BNJA 2JIWA 1C91A 3SUSA 5HBFA 3WUGA 3B9DA 2BFGA 1UR4A 5I77A 3VOCA 1HJXA 4IM4A 3WF4A 3AIWA 4XV0A 1E70M 3ARWA 4IUGA 2D24A 2XFFA 3WN6A 2DSWA 1E71M 2BVDA 4NRSA 1QW9A 2XPKA 1IZJA 1BGGA 2D3NA 4OBSA 4CN4A 1JAEA 2CHNA 4PMOA 2VX4A 2DSKA 3G6MA 3MUY1 4CD7A 1M7XA 1CWYA 1WDRA 2W4XA 5ECUA 1VB9A 2EPOA 1OCQA 3WEZA 1TE1A 1W2PA 3K8KA 3ZT6A 2YA0A 2RGLA 3AXIA 3RM9A 2W91A 2OYKA 2PB1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WF2 A;  1J01 A;  4NRR A;  4A3H A;  1V0N A;  3WNP A;  4A4A A;  1MWO A;  3WUB A;  4CD4 A;  1WCG A;  1ISX A;  4DUV A;  1R85 A;  1XRV A;  2DT1 A;  2J8F A;  4GZE A;  2XIB A;  1CXF A;  3EBV A;  5ABG A;  3T0B A;  5A8P A;  5BXT A;  2VTF A;  3ZM8 A;  3GM8 A;  5I0D A;  1ESW A;  2OWW A;  3QR3 A;  3W53 A;  4AIS A;  3D5H A;  3WMC A;  3U57 A;  3SUU A;  3ARP A;  2JFE X;  1BQC A;  5AYB A;  5BRO A;  1L8N A;  4D6C A;  5C70 A;  2GSJ A;  1B90 A;  3TOP A;  2EPN A;  1NWT A;  1GZJ A;  1E55 A;  1B9Z A;  5BRQ A;  4H7V A;  1R7A A;  3AOF A;  2WMK A;  3M07 A;  2VZO A;  4TXE A;  2BXY A;  4WSK A;  5E0C A;  1H0I A;  4D1J A;  1NOF A;  2VZT A;  5E6Z A;  1Z32 X;  1LLO A;  4CN1 A;  4W5U A;  4GPN A;  4QAW A;  1SMA A;  2WYS A;  3RCN A;  3FHA A;  1H2J A;  2CBJ A;  3VMO A;  5BYW A;  4L4O A;  4CCD A;  1BAG A;  1LL4 A;  4GIN A;  3T09 A;  3EMZ A;  3AIV A;  1SYT A;  3W24 A;  3POH A;  3MMW A;  4ZE4 A;  3WQ4 A;  3WUE A;  2YLL A;  1CXE A;  1BYC A;  1E4M M;  3WFZ A;  2WKL A;  1B31 A;  1OGB A;  3VO0 A;  3KL0 A;  2J62 A;  3ZOA A;  4PMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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