2GQ9A

Structure of sye1, an oye homologue from s. oneidensis, in complex with p-hydroxybenzaldehyde
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
365
structure length
362
Chain Sequence
MTQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords oxidoreductase, FMN-binding
publication title Ligand-induced conformational changes in the capping subdomain of a bacterial old yellow enzyme homologue and conserved sequence fingerprints provide new insights into substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Shewanella oneidensis
total genus 130
structure length 362
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2gq9A00
1J4EA 3UWYA 4O10A 3HGSA 2ZA1A 4AVFA 2PE4A 5CPNA 4IXHA 4I7VA 3E12A 1KLYA 1MEHA 3P5ZA 2KZHA 4UFJA 2ATMA 1VZWA 4I7UA 1TPDA 1XI3A 4M5PA 1PE1A 3LTSA 4XTDA 1EWEA 1LOSA 4ADSA 2ZZ3A 3DBPA 1H7XA 5D2WA 2XFWA 3LLFA 4BI5A 4JYDA 3HBLA 2WSYA 5EMUA 4FX6M 1FDJA 1K7EA 3MWAA 2Z1BA 3TFCA 3NPWA 3G18A 2YZRA 3GR7A 2OCZA 3MBFA 4O4WA 1WV2A 1K03A 1YDOA 3DXIA 3HPSA 1S5WA 2EKCA 2X1TA 3O6YX 2AGKA 4E38A 2NUWA 1LLWA 1OFDA 2Y89A 5G5IA 4KWWA 2G5WA 3PSVA 3FEMA 1EP2A 3NOEA 1AK5A 3IRDA 5AHNA 1WOBA 3FJLA 1XL9A 4HSNA 3O16A 1C9DA 3P82A 2OJPA 4NJJA 1FWWA 3B05A 2YYTA 3DFNA 2TSYA 1N7KA 4IXXA 1OFBA 3C56A 3W22A 4AF0A 3MP4A 1H7NA 1E51A 5CKSA 2J88A 3G8EA 5G4EA 1OX4A 2QUTA 2V2CA 3BW3A 1AW1A 3QRHA 1F6KA 3THAA 2WKJA 2E68A 3BW2A 3ZFHA 2YR1A 1QWGA 3OEXA 4FF7A 3SJ3A 3L0KA 3QQ0A 1OFPA 2ALDA 2RDTA 2QCFA 2WV8A 3LLDA 4ZQNA 1GG0A 5L9FA 4MFDA 3W07A 3UD6A 2DJXA 3E49A 4UCGA 2OT1A 4XZ9A 4DO6A 1G4TA 5DXYA 2DZTA 1YDVA 2ZRWA 3W7DA 5CPMA 4JDYA 3P67A 4WY0A 2E5BA 4NT0A 1ZENA 3NZ1A 2ISWA 4GUJA 4NZFA 5C54A 5KSWA 2F84A 1KM2A 2I1OA 1TPEA 5MHBA 2VFHA 3ELFA 4NQ1A 2R91A 4AHQA 5BMXA 3BGJA 3STEA 4IMCA 2QJGA 1I45A 1G4SA 1LYXA 5CSRA 3TQ0A 3EX1A 3S1WA 4DEFA 4QM1A 1O5XA 5EPDA 2WNZA 5DN1A 2YX0A 1LCOA 4R34A 1TRDA 3MHUA 3N73A 3PBVA 3LI1A 4YWIA 3NQ7A 2QCDB 2RKXA 3NAVA 2QCCA 1EA0A 4UTTA 2PRLA 3CLMA 1SR9A 3T7VA 3CQ0A 2ZRXA 4ZQRA 1XDMA 1TTPA 4MYXA 3GDKA 2QKFA 5IM51 2EGZA 2EPHA 2A2IA 1SUXA 4MZ8A 5BOOA 1ZCOA 1QAPA 3B0PA 2BXVA 3W7JA 4LOCA 2C18A 1K02A 1PHWA 3LI0A 5HUOA 4GE8A 3PWAA 2XN2A 3BGGA 4GBUA 4ZVJA 5LNSA 2C16A 3WJXA 2TYSA 1H7PA 2V82A 3NQAA 2X30A 2QUVA 3QSRA 1ZJIA 1ME8A 1BTMA 1Z42A 2CU0A 2Z6IA 4R33A 4Y90A 4N2YA 4K6AA 4RV8A 2VKZG 1EIXA 5K9CA 1L2UA 4UTJA 2H3DA 4IQLA 1YLVA 4AWSA 2GQ9A 3H54A 3ABOA 3HMJG 1OFOA 1VCVA 3NL6A 3FFSA 5LGZA 2QDHA 4A2SA 1Q6QA 4OQVA 1Q6OA 3WJYA 5L6UA 3DFQA 4LVDA 3GLCA 4R7JA 2A5HA 3HIJA 4TX9A 5KTLA 1QFEA 1G67A 3PBYA 3SFKA 2TRSA 2Q8LA 4YMZA 3K30A 3FYOA 4CCCA 4UTMA 3TW7A 1OVDA 3BO9A 2ZTJA 1NFBA 1AG1O 1O5KA 4HN4A 3B8DA 3FYPA 2NX1A 3P84A 3RLUA 5DXXA 3H53A 2FB2A 3CEUA 1SZEA 1OYCA 2FQIA 2ISVA 1VCGA 3LHYA 5LHFA 3M16A 1KFCA 4IMDA 1L6SA 4CQ8A 2F7FA 1GTEA 2O7SA 5I3GA 1O4UA 3ZWTA 1KV5A 4GNJA 1ICSA 3BLIA 5D33A 1VQTA 2E5DA 5AHEA 5I3JA 4K8EA 1TJPA 5K4ZA 3V1PA 5KZMA 1JCYA 1KBIA 3GDRA 3QH2A 3C2FA 1BWLA 3NM1A 4JDBA 2CWNA 1VGAA 3EWZA 3M5XA 3ABRA 1I2RA 1ZNNA 4Q4KA 4W9TA 4MVAA 4HIBA 3CTLA 4HNVA 5DELA 4KFNA 1W5PA 3TJXA 4CCEA 4UMBA 5CPOA 3MI3A 3W7GA 1OYBA 3E0IA 3B03A 5I3IA 4TU1A 3W1UA 5FEZA 1AW5A 4RXFA 1P4CA 2FFCA 1JUEA 4UUIA 5HMSA 1TJRA 4LRSA 1A5BA 1V5XA 2A7NA 3MI6A 1FUYA 3WJZA 3F1QA 3NXFA 3LHWA 3CHVA 2CLIA 3T55A 1RQBA 2ABBA 3LTPA 2ZZ1A 3C0JA 3GAYA 3HGJA 1GVSA 3NM3A 4UNLA 5A8GA 3LB0A 4DO5A 3PUEA 2H90A 4IUOA 1NF0A 3PG9A 3TK7A 1FXQA 3VE7A 3M47A 4ZMGA 2QJHA 3DH7A 1K8ZA 4HPJA 3T40A 3GXPA 3USBA 3N2MA 3WK2A 4AF0B 1OJXA 3LV6A 1O95A 4E2BA 5AB3A 1WA3A 1D9EA 3W7IA 1OX6A 1DQXA 1UASA 2JKPA 2Z2UA 4H6KA 4PA8A 1GVOA 4FHAA 3DFPA 3NQFA 3R8RA 1JR1A 5AYZA 4Y6GA 2E6FA 1B4EA 1GTHA 5DY2A 2RH9A 3HPXA 3EXTA 2A4AA 4JEQA 5F4WA 3O63A 3CIWA 3KVJA 1KW1A 1VS1A 1VYPX 1PVNA 1LP6A 3P8IA 1OK6A 2VFGA 3E9AA 3UZJA 1JJKA 2WSQA 2WOQA 2QAFA 3NQGA 2DZSA 4NVTA 2NZLA 4Z1CA 4GWEA 4WY0B 4EOUA 1X1ZA 1IF2A 2W0UA 3KRZA 2YDAA 5KZEA 2RDWA 3EXRA 1KFEA 4EIVA 2NV2A 1UCWA 4JX5A 5D2TA 3NEVA 4MPQA 3ATZA 1Y0EA 2IQTA 3NYZA 1SZFA 1YPFA 4TMCA 3GKAA 1D3HA 4CNPA 1QPOA 1YXYA 2RHGA 2VOMA 3WK0A 3DAQA 4Z0SA 3TJLA 4ORIA 2CFFA 3W7NA 4NJIA 2CZ5A 3C2EA 4GFSA 4LNYA 1KTNA 2Y63A 1XDLA 3NPVA 4U28A 1W3TA 3HGOA 4O1DA 3LBMA 5EA9A 2Y70A 1XKYA 5FF3A 2VFFA 4IX0A 3G1YA 2Y85A 3C61A 4LS2A 1DJQA 2BX7A 3S42A 1JRCA 3L0GA 4QJ1A 3I7QA 2J9YA 1DVJA 1NEYA 4N9DA 4JTTA 1KM6A 3QPYA 1KLZA 5DY3A 3S0CA 4RKAA 2DP3A 5D2XA 3L68A 3QW4B 2GVGA 4JXCA 1S5VA 2G95A 3SY5A 3BG5A 4FIRA 5AC7A 5AC6A 2GOUA 3MBDA 1QPQA 4WZHA 3W87A 2BZNA 2QJIA 5T26A 1VPXA 3GNNA 1HL2A 1FQ0A 3LCLA 4PCFA 5HUPA 2YXGA 1QNVA 3RFAA 3EX6A 4K7YA 3SI9A 3O1NA 1XC4A 4O17A 1CW2A 4UFKA 3KVMA 4DQWA 4RZ6A 6TIMA 1Z44A 2A85A 4O0ZA 5I3KA 2ZTKA 1LOQA 2NXGA 4S2BA 4MLJA 1M7PA 1WBJA 2QCMA 3CWNA 5AYYA 1YTEA 4O16A 3S6DA 2A6LA 1RVGA 1ICQA 2X16A 3U2OA 4HNUA 3NQVA 1GOXA 1B3OA 2CLLA 1OHLA 2C1HA 1LOLA 1IXPA 2H3BA 3PBWA 5F1UA 2NX9A 1LZOA 3UPWA 3FJ6A 1J5TA 1K7FA 1YXCA 2P0OA 1IIGA 3HF3A 3BG3A 1R2SA 2FPTA 3P8JA 3OBKA 2C6QA 2I9EA 3CPRA 1K8XA 4O15A 1W5OA 3GZ3A 3JR2A 2ZCGA 1TQXA 4YLWA 2A0NA 4WXZA 2B0MA 2CLMA 5AHLA 1TTIA 4LUJA 4QQ3A 5AN7A 3HG4A 3W1MA 1F7BA 3W1AA 1VH7A 2CZDA 1H62A 1W31A 1WX0A 4AB4A 4ALDA 5HINA 1Q6RA 2HSAA 2VC6A 3CWOX 4LWWA 4S2CA 1EP3A 3AJXA 3IIOA 3LV5A 2C0AA 1HFBA 3IIPA 1DKWA 2OMAA 1GG1A 3L65A 3LCFA 3NQ8A 1TYGA 2EF9A 4Y9AA 5AYXA 3NPUA 4NZJA 3IIZA 3SW6A 4K8HA 2JKEA 3I68A 3KXQA 1Z48A 5K9DA 1OYAA 2A7PA 2Y7EA 1QDSA 2ZRVA 1I2OA 3BG9A 1C8VA 2A7RA 8TIMA 4UMCA 2QF7A 3TUUA 1YTDA 4Q32A 1MEIA 4MY8A 5AC8A 4PODA 3UWUA 2ZRYA 4OU1A 2NXIA 2FLIA 1F05A 3QMTA 3IVSA 4FNUA 5E1QA 3LHVA 5D30A 4XUGA 4WXYA 4C1LA 3A23A 3TQVA 3MI2A 2QCLA 2NWSA 3UWWA 3OVQA 4N02A 4YCOA 1HO1A 2YW4A 3OVPA 3HG3A 4LVAA 4RR4A 3GKFA 4MYAA 1M5WA 1DL3A 3YPIA 4BR1A 1KM3A 5AHIA 1KFBA 4O57A 1XM3A 4UC5A 4LVFA 4A22A 1LBMA 1SW3A 1TQJA 4YL2A 4O13A 4DF0A 3IVTA 1DOSA 4BF9A 3PC0A 4JGDA 1OFEA 1FWTA 1RPXA 4DO4A 3LERA 3NQ6A 4KFOA 4Z1BA 5F2IA 2FPYA 4N6EA 2WPBA 3S5YA 2HS8A 5FESA 3O6CA 3TFXA 4GUFA 5C5YA 3IIVA 4AH7A 1FXPA 1X8FA 1M6JA 5EYWA 4CQ9A 2J6XA 5D09A 4DELA 4IMEA 1UJPA 2QDGA 3HJZA 5J5DA 3JRKA 1RQHA 4PTNA 3TMQA 3N3MA 4UTWC 4PL2A 3W9ZA 1KM4A 3T4CA 1V7YA 1Z41A 2B7PA 3S8HA 3O8AA 2RDUA 3QW3A 4JTIA 4UR8A 3BK0A 1WBHA 4IX2A 3W2MA 3WK1A 2E1DA 1NSJA 1SZNA 1SO3A 5IBXA 3QMSA 2V2DA 1FWRA 1QPRA 3G1SA 1ZAIA 3TX9A 2H6RA 3CIXA 4O4VA 3G1XA 3TIMA 3SZ8A 2AAMA 2J24A 5D02A 3LM7A 3IGXA 1DORA 5CZJA 3LDVA 2JGYA 3HQ1A 3LCXA 4D2JA 3S1VA 2B7NA 3DKLA 1UB3A 5G4WA 5HULA 3O6DA 4DXVA 1ML1A 4FO4A 4FNPA 4KWVA 4NJKA 4POCA 4LT9A 1EWDA 3GYEA 4GJ1A 5KINA 3I6RA 1L6YA 1A50A 4MY1A 4JN6A 5G2WA 4ML9A 1CI1A 3DKJA 5K4XA 3P61A 2BWGA 2WNNA 4IGHA 4IMFA 3UZ5A 1VC4A 5DLCA 3G3MA 5J5RA 3DHFA 3Q94A 2NUYA 2DZVA 3G1FA 1EUAA 3VFLA 2ZZ7A 4JYEA 1SQ7A 3EWXA 4YCPA 1RD5A 3R89A 3ZS4A 4OWGA 3LCGA 1XFBA 1QPNA 3W1NA 2BTMA 3EEGA 1PHQA 4NNAA 3W72A 2ZFAA 2W6RA 3TSBA 1QMLA 4LV9A 1GEQA 4XBSA 4E2DA 1TPWA 3QJAA 3A22A 1RV8A 4LS0A 1M7OA 3GX9A 3C4UA 4L4MA 5HR6A 1RR2A 1PIIA 1KM5A 5D37A 3T44A 5FF0A 1O94A 4WY0F 2E5CA 2V9DA 4K37A 2CLHA 2FJKA 4I7WA 1AMKA 4O0KA 3W85A 4ORMA 1W37A 3EXSA 4ADTA 1W1ZA 3EKLA 3WJSA 2PC4A 5K9XA 1G69A 4K36A 3ZWSA 5LZLA 3MP3A 3RU6A 2VEMA 3L9CA 4DPQA 1JQVA 3TAKA 5HWMA 3P62A 4JNMA 3S1XA 1MO0A 2VFDA 3SIZA 5D2VA 2NUXA 3FKRA 3P80A 5HWJA 3W7EA 4QITA 3A21A 3LCWA 1U5JA 3MUXA 3LHZA 4NXKA 1AL7A 1SZGA 3OVRA 3IIXA 4KFPA 5D03A 1G7UA 4N9BA 3EX2A 2V5LA 2PURA 1TPH1 3GK0A 1Q3NA 1W54A 5AHFA 2YFNA 3FKKA 4MUZA 1BWKA 4JX4A 5CSSA 1B4KA 1LDCA 1PL9A 5U7SA 3TW6A 4B5NA 1OFQA 4QISA 1W3IA 4EF8A 1EB3A 3NL2A 4R53A 1FCUA 3NGJA 2E09A 2VEIA 4CQAA 3UYCA 5D04C 4DF2A 3VCRA 3TC7A 3TQKA 3C52A 3KRSA 4C1KA 3HG2A 4UTIA 1ADOA 3W7KA 3UQNA 2DORA 3G3DA 1GZGA 1JCNA 3MYPA 4RZ5A 4OE7A 2OT0A 3W6YA 4TIMA 3SSJA 4O54A 2H8XA 3W3OA 3QFEA 1SSGA 1JUKA 4GUIA 1HG3A 1HUVA 2XN1A 3S1UA 4YXGA 5EKYA 5D32A 1K8YA 3VKJA 4XKYA 3W7LA 1G6CA 3UWVA 3DHDA 3EWUA 3M5ZA 1EPXA 1XCFA 1XUZA 3PSWA 1EUNA 3TSMA 5C6MA 3W73A 5FF4A 1TB3A 1JRBA 1JCJA 4JY8A 4EVZA 5F4SA 3KVKA 1VLIA 4A29A 4AMAA 3I7SA 5EL1A 3B04A 3R2GA 3BLFA 2BSLA 1GVQA 4LVBA 3MHFA 3DFOA 1KM1A 4N4PA 3RF9A 2NX3A 1WQ5A 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 2WO5 A;  1W8S A;  4TO8 A;  4HHP A;  5SWU A;  4UNK A;  3AO0 A;  3P5Y A;  3Q37 A;  3OIX A;  4JR5 A;  1VRD A;  1ZAJ A;  2D73 A;  2G97 A;  5CG7 A;  1VYR A;  4UIO A;  4NJG A;  4UFM A;  5CPL A;  1UBS A;  4MJM A;  1QR7 A;  2DZX A;  1NAL 1;  3D0C A;  3G1V A;  3W88 A;  3STF A;  4MKN A;  2R14 A;  3TU9 A;  3TAO A;  2WJZ A;  4L4L A;  5FF7 A;  4LV4 A;  4J9J A;  2YFO A;  3OA3 A;  4LC6 A;  2GVJ A;  3G1A A;  2X1R A;  1H60 A;  1TRE A;  5G1Y A;  4O19 A;  3RMJ A;  1PCW A;  4RZ4 A;  1XBZ A;  2H8Z A;  5TIM A;  3CB8 A;  3W2K A;  1T96 A;  4ZQC A;  3PVF A;  1VJI A;  4HT3 A;  1UUM A;  3TXV A;  2YPI A;  1A5S A;  1IIH A;  3QEZ A;  4FX7 A;  1SO5 A;  3TKF A;  1H7R A;  3N2X A;  3WJW A;  3UWQ A;  2PRH A;  4FNT A;  2NV1 A;  2C14 A;  3W7R A;  2DZU A;  5U4N A;  4BI6 A;  2TPS A;  2A1Y A;  3TE9 A;  3TSD A;  3VE9 A;  4WUI A;  4CNO A;  4UFI A;  3NL3 A;  3T78 A;  4A2R A;  3DFS A;  4K7V A;  1RZM A;  2Y7F A;  3NQM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ITL A;  3PZN A;  3JZE A;  4JQ2 A;  2PE4 A;  4M29 A;  3UG3 A;  4QHR A;  3R25 A;  1LT7 A;  5GJN A;  2ATM A;  1QNR A;  4PTV A;  4GY7 A;  4DM2 A;  4ADS A;  3RN6 A;  5D2W A;  1VIW A;  2WC3 A;  1K7E A;  3MWA A;  4A3H A;  2YZR A;  3LPF A;  1WV2 A;  5C70 A;  1R3S A;  3WH7 A;  3DXI A;  4P8W A;  2AGK A;  6REQ B;  2NUW A;  1LLW A;  2Y89 A;  1OGG A;  3FEM A;  2E25 A;  4UQD A;  1AK5 A;  1JDE A;  4L1G A;  4DYJ A;  3UCC A;  1WOB A;  1QHZ A;  4X2P A;  4IP4 A;  4NJJ A;  2OG9 A;  3OW1 A;  1KCK A;  1WNO A;  3DFN A;  4KRT A;  5AZ0 A;  2YDS A;  1HF6 A;  1XLB A;  3C56 A;  3L12 A;  5CC5 A;  1KGU A;  1B9Z A;  4NY2 A;  5CG0 A;  1OC5 A;  1EZ2 A;  3XIM A;  3GG8 A;  4IFK B;  2WKJ A;  5XIN A;  3ZFH A;  1QWG A;  2E3Z A;  4XUY A;  4FF7 A;  2VR5 A;  1CXH A;  4R7W A;  1OFP A;  2RDT A;  2X8R A;  4ERA A;  2QCF A;  2WV8 A;  1OD0 A;  4A8R A;  2E7F A;  4AYS A;  3H21 A;  1UMY A;  1PZ1 A;  2PBG A;  4Z2L A;  1B0I A;  3UG8 A;  3B8I A;  5H1W A;  3E49 A;  1OCQ A;  2F2K A;  2V63 A;  2OT1 A;  1G4T A;  3E38 A;  2DZT A;  3W7D A;  4WY0 A; 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