3NZR | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	245
structure length	245
Chain Sequence	SLKANFYKNRVCLNVLAGSVDNAADIYDAAEGHVLVGVLSKNYPDVDTAVEDMKKYSEVTNNAVSVGLGAGDPNQSMMVSLISQHVQPQHINQVFTGVATSRALAGQDKSIVNGLISPTGTVGMVKISTGPLSSRSEDAIVPVETAIAMLKDMGGSSVKYFPMGGLETREEFACVAKACADKDFWLEPTGGIDLENYEEIMQIALDAGVSKIIPHIYSSIIDKATGNTRPEDVKTLLDMTKKLLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase
publication title	Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase from Vibrio fischeri ES114 rcsb
source organism	Vibrio fischeri
total genus	83
structure length	245
sequence length	245
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date	2010-07-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07071	KDGP_aldolase	KDGP aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3nzrA00

2TPSA 3ZWTA 4A21A 3P8JA 1GG1A 1FDZA 5D2VA 1NAL1 3E02A 3U8GA 1L9WA 4LU0A 2Q3RA 1B4KA 3BG3A 4AXKA 4POCA 3S1XA 4UTMA 4Y96A 1TRDA 2A5HA 5CPMA 2QDGA 4O1AA 2PE4A 5KMYA 1LBFA 1JUKA 3AJXA 2A6NA 4OV4A 1BWLA 2GQAA 4DF2A 1SSGA 5A8GA 4MZ1A 4QSHA 2V5BA 1I2NA 2PRMA 1ALDA 2YW3A 3L65A 3ZS4A 3C56A 4BK9A 1G4EA 1ICPA 5LNVA 1RD5A 4HT3A 3IGXA 3MYOA 2WSYA 1AL7A 3LHTA 3T40A 1H50A 1W0MA 5AB3A 1WYIA 2C13A 1KV8A 3THQA 3LI1A 1EP1A 1KM0A 3RLUA 5TIMA 4RV8A 1FDYA 4L4MA 5D04C 3F03K 3NQ7A 3IVUA 1EP2A 4QIUA 1RPXA 1KBIA 3M5XA 2EHHA 5HUPA 2FB3A 3IVTA 3BGJA 3S42A 1PV8A 3C2VA 3TMLA 1R46A 3MHUA 5D2TA 3DFNA 3C61A 1DOSA 1WQ5A 3UWQA 2X1TA 4WZHA 3G3MA 1SW3A 1L6WA 3SY5A 1T96A 3P67A 4IPIA 4NJGA 1H62A 3OG3A 3T55A 3L5MA 4O15A 1KA9F 5BMWA 4MFDA 1FCQA 2DZVA 1S3HA 2F84A 1LOLA 4DF1A 4O10A 4FX7A 4K39A 4N02A 2ZTKA 4CNNA 1CX9A 1DQWA 4JX4A 2JKPA 2NX1A 1A50A 4O28A 3KFTA 3IEBA 1YPIA 2A6LA 1EA0A 4JYFA 1JULA 4ORIA 4D2JA 1KFBA 3OBKA 4FO4A 4KKXA 2NX3A 3W23A 2OT1A 3LOTA 1GPWA 2VFHA 1XCFA 5CZSA 3DH7A 1YDOA 1K3UA 3EKZA 4GUJA 2Y6ZA 5BMXA 4LS1A 1N8FA 4GE8A 3O07A 4MPQA 4O13A 4FIQA 1IIHA 2ZRUA 1EPXA 2X1UA 4WXZA 1XFBA 3LV5A 1AK5A 3NPXA 1H7OA 3Q37A 1LLWA 4U28A 1TTQA 3O1NA 1IXNA 3UWVA 4AWSA 2WNZA 1E51A 4LS2A 1XBVA 4ZQPA 4XBSA 5HR6A 2WSQA 2C6QA 3LHYA 2VOMA 6TIMA 1W5OA 1KM2A 3A5FA 3W07A 3TCEA 2Y89A 1U5JA 4O16A 3UWYA 3WJYA 3PSWA 1X6UA 4ONVA 4FB7A 4DO5A 2Z6JA 2QCNA 1TTIA 3GAYA 4HPJA 2VEMA 3N9SA 3QQ1A 4UTHA 3TFCA 3HG3A 3NXFA 3PSVA 3ZFHA 2XFWA 3B4UA 1EEPA 4LW7A 3UY8A 1QOQA 4EF8A 3U6WA 4O1BA 4JTFA 3EB2A 3YPIA 2FPTA 1QNVA 3QEZA 3ABRA 1TTJA 3OA3A 3MJYA 3TQVA 1BKSA 3M7WA 4NJKA 1H1ZA 2BXVA 3GVGA 4AF0A 5HQEA 2VKZG 3S6DA 3M0ZA 1H1YA 5HJLA 4CQAA 2JGQA 2Z2UA 4BI5A 4HNTA 4AVFA 1ZENA 5LNUA 3EWUA 2ZA3A 3NQMA 4UR7A 5F4WA 3SZ8A 5HUOA 1H7RA 4RLIA 3MP5A 1GOXA 5E0KA 3W7RA 3PC0A 2R94A 3UZJA 3CHVA 3BW4A 3DZ1A 2GJNA 2CW6A 2G5WA 5A5WA 4IXXA 3EWXA 2RDWA 4XQ6A 1JCYA 1RZMA 2YFOA 4O11A 1SO4A 2V9DA 4WX2A 4FNSA 2OT0A 4MUZA 3P7YA 2WOQA 2RKXA 2E68A 1D3HA 3LHVA 1AW1A 5CZ0A 1FXPA 3MP4A 3FLUA 5FEPA 6ALDA 1B3OA 2J27A 2KZHA 4N4QA 2V2DA 3LTYA 3MI2A 5DCBA 3W7KA 1VYSX 3SFKA 5HWJA 1QPNA 5DBTA 2C3ZA 4O4WA 1QDSA 4NUWA 1JCLA 4HNUA 3TV8A 4IXHA 1XKYA 1ICQA 3LCGA 4GBUA 3N2XA 4NZFA 2ZTJA 4O1CA 2CLOA 4FXRA 2X16A 4Q32A 4JEQA 3UQNA 4O53A 2EF9A 2FLIA 4R53A 3G1HA 1KM4A 1X8FA 3A9IA 4FNPA 2OJPA 4IWWA 3IGUA 2YR1A 3W7EA 1TPUA 5FEXA 5D38A 1Z44A 4FX6M 3PUOA 3QMSA 4UTWA 5HWMA 2FB2A 1TV8A 2E5BA 3OIXA 2P0OA 1MZHA 3T4CA 1SO3A 5U4NA 4WY0F 1OF6A 4M19A 3LHUA 2V5LA 3HPSA 1OFBA 2RHGA 4CNOA 1RVGA 3N3MA 1XBXA 2QCCA 4WXYA 1YLVA 1P0KA 3PG9A 2E5CA 3MW7A 4OGZA 4MZ8A 3GR7A 4WQ6A 1YYAA 1TQXA 3C2OA 1VS1A 1IF2A 1Z41A 4TMBA 1KM1A 2B0MA 3GB6A 4O17A 4CQ8A 5D30A 3EX6A 3TC7A 5D2YA 5LNRA 1H7PA 3W7LA 3KOFA 4I9AA 2QUVA 4N2YA 3NM3A 3SECA 3W3OA 5MHBA 4MJMA 4RKAA 4DELA 4YXGA 3LCXA 3PBYA 5DXXA 3TMQA 5CKSA 4MY1A 4IMFA 1Q3NA 1OFRA 3TAOA 4JIQA 3ANYA 2RDTA 3NEVA 3EWZA 3LBCA 3S1UA 3NQCA 2ZZ1A 3NQEA 1SZGA 1J4EA 3KXQA 2B7OA 3G1SA 1PVNA 4UMAA 4FNRA 4Z1BA 2R91A 3W1QA 5AYZA 3KRSA 3NPWA 3NYZA 3NO5A 2GVLA 3NPUA 3PAJA 3MUXA 5I3JA 1ZHAA 3NNTA 5I3KA 5FESA 2I9EA 3W72A 3M6YA 4MLJA 4NQ1A 5AN7A 3T7VA 4UFHA 1ZAJA 4ZQOA 2ABAA 4EOUA 1W5NA 4XUGA 5D2WA 3E0IA 3QC3A 3W73A 3VNDA 4ADTA 1O5KA 4ALDA 1W56A 5F2GA 2V30A 2A1YA 2E1DA 3IV3A 3I68A 2GPTA 2RFGA 3L5AA 1VH7A 1XM3A 3W2UA 2VELA 3L0NA 3TUUA 5T26A 4FX8A 4HKPA 1TIMA 1JUBA 1QCWA 2HMCA 4O54A 3DFOA 4P2VA 4CNPA 1FWTA 1F73A 1IXOA 3W1RA 2QCDA 1S5TA 1EUAA 3UPWA 3DAQA 2WSRA 2Y7DA 4N6FA 1LORA 3W70A 1M7PA 3NQ2A 3OEXA 1U83A 2NXHA 4TX9A 2O7SA 1YTKA 4MOZA 3GZ3A 4FIRA 3P74A 3UZ5A 2NWSA 5G1TA 2QUUA 3TW6A 1I2RA 1Z42A 1HFBA 5AHNA 4UUIA 4UC5A 2Y70A 4JXCA 2NLIA 3QPYA 3HOJA 4GXMA 1R30A 1AL8A 5CZTA 3MBFA 1WBJA 3PB2A 3TXZA 1DKWA 1O95A 4YLWA 2NX9A 3STFA 5EL1A 2O7QA 2A2IA 3W7OA 4HN4A 5AOUA 4E0CA 5EA9A 4X22A 4LVFA 1QO2A 3O05A 5ABTA 3L5LA 3NZ1A 1Q45A 2YYUA 4ZZ9A 1XBYA 3LRMA 2H6RA 4I7VA 2ZYFA 5F2MA 4CQ9A 4M6VA 1QAPA 2G97A 1W5PA 3TU9A 3G24A 1TCDA 3PR2A 5LZLA 3KVMA 1QFEA 1NSJA 1OFAA 2ABBA 2QJIA 3W7GA 1OFOA 3RLVA 4NVTA 3N2MA 2QAFA 5LGZA 2H8ZA 1DORA 1DJNA 4O8RA 5G2WA 3UNDA 1SO6A 3JS3A 1L6YA 3W2NA 2I14A 1QWGA 3CWNA 3WJSA 1LCOA 2EAWA 1F7BA 3HF3A 5EKYA 2ZZ7A 5FF7A 2JBMA 2WPBA 3W76A 2EGZA 5K9XA 3LERA 2CLFA 3IGSA 4WY0B 2WV8A 4YCPA 3NQ6A 2Y7GA 1LROA 5DELA 2QEZA 2QKFA 3NQ8A 4OV9A 4IJBA 3RNDA 2Q8LA 1JCXA 4HNVA 5IBXC 4UTJA 3QM3A 3BGGA 2AQWA 5KITA 2NXGA 3M47A 1JUEA 1OX4B 1W3TA 3IRDA 3VFLA 1YDNA 3LB0A 2WNQA 1EWEA 1VJIA 1GT8A 4A2RA 3GNDA 4MJZA 1YXYA 2HS8A 3I7RA 4HHPA 4RK8A 4LWWA 1YTEA 1WBHA 1HG3A 3HJZA 3Q58A 2DJXA 1F5ZA 2FDSA 3BLEA 4JTKA 4OE7A 2ZA1A 5LNSA 4IX0A 3BLFA 5K7JA 2J9ZA 3P80A 1LDCA 3CU2A 5J5RA 1SQ7A 1TPH1 3IIPA 3RF9A 1NFBA 4PH6A 2A7RA 5CPNA 3DBPA 4CCEA 3I7SA 3A24A 4XKYA 3FYOA 1PCWA 4EWND 4XBKA 2QCEA 1W54A 3NQAA 2DZSA 4QITA 1BWKA 1PCKA 1ICSA 2C14A 3DXIA 3I6RA 4ORMA 3S9YA 4IOTA 2FQIA 3EWYA 3W2KA 4G1KA 3PWAA 1F6KA 3G1YA 4CLMA 4NU7A 1OX6A 2GOUA 1R2SA 2ZDRA 4O0KA 3LXCA 3BO9A 5E1QA 1JRCA 5BRBA 4O12A 2BSLA 1UBSA 3GIYA 4IPJA 1YADA 4LUJA 3R8RA 2OCZA 4ZQCA 4ADSA 2H90A 3O6DA 4XTDA 3FKRA 1EX5A 5HULA 3SSJA 5DCDA 3MHFA 3W7CA 2E6AA 4ML9A 5FEWA 2XN1A 3RU6A 3LCIA 2Y61A 4YCOA 4WOQA 4JICA 4PCFA 1Z48A 2VFGA 3QMTA 1K7FA 1TREA 4KFOA 1DJQA 1ZCOA 2A0NA 5H91A 1UJPA 3W1MA 1GVRA 2ZZ6A 5K2ZA 3DFSA 3QSRA 2DZPA 4H6KA 3TAKA 1Y0EA 3G1VA 1TV5A 3KVLA 4PL1A 3RK8A 3DFQA 3M43A 1LRNA 1KFJA 1WX0A 4UTKA 3FKKA 4JX6A 1FUYA 2ATMA 4NZJA 4HIBA 3TX9A 4N9CA 1BTMA 3TW7A 3BVJA 3M16A 3O6YX 1LRQA 4JTIA 1W3IA 3R89A 1ME7A 3R13A 3SJ3A 2QCMA 4BWLA 1F2JA 1GWJA 4IX2A 1XBZA 2AGKA 4MIMA 4ZQMA 4LOCA 4ICNA 3HG5A 3W7QA 4O57A 5LSMA 2ZQ0A 3W1LA 4QAIA 4JTEA 4Q33A 1A53A 3HPZA 3PY2A 4R7JA 3ELFA 3QPZA 1W37A 3G3DA 2HS6A 1ML1A 4UMBA 3IIOA 2ZA2A 3QH2A 2Z0IA 2JKAA 1XDLA 2NV1A 2OMAA 3FJ6A 2B7NA 1CW2A 1P0NA 1F74A 4GUHA 1M7OA 3LRKA 4JTJA 1WAUA 2VEIA 3DI0A 3P8IA 4DO4A 1DVJA 2GVGA 4LS0A 4MY9A 3C2RA 3PBUA 2QJGA 3B04A 3LI0A 1JCJA 4RXFA 3L67A 4TIMA 2A4AA 2JGYA 3NQVA 3GKFA 4DPPA 3OVQA 3FEMA 3VCRA 2YX0A 1FCUA 3WFAA 1ZY9A 1OYCA 1QPOA 3CB8A 1F6PA 3EWWA 5U7SA 4H3DA 4W9TA 2ZRXA 3S5YA 3L68A 4Y90A 2J9YA 1VYPX 2BZNA 3NQDA 1N55A 5C6MA 4ZMGA 1OK4A 5F2LA 1FWNA 3B05A 3HGRA 4IMDA 1RV8A 1TPEA 3W1XA 3GDLA 4A22A 2X30A 1PE1A 3A22A 2VC6A 3F1QA 1TV7A 4O1DA 2NUWA 1TPFA 3N9RA 1THFD 3W1PA 2VFEA 3NQGA 4GUGA 4OWGA 1LYXA 4WD0A 1TRIA 3GDRA 5G2IA 1AW5A 4H4IA 3NM1A 2DU2A 1JR1A 2ZZ3A 1LBMA 1R47A 2B7QA 1H7NA 4OHQA 3TC6A 4PODA 2QDHA 1ADOA 1VQTA 3TFXA 3VI2A 1HO1A 3G18A 1GYNA 4MYAA 1H63A 1VGAA 2YDAA 2B7PA 2PCQA 3QFEA 1VCFA 1MO0A 1K8YA 3K30A 2P1FA 1XDMA 4TR9A 3FA5A 4JNMA 1S5WA 4AH7A 4AEOA 4PA8A 1SR9A 1NEYA 3C4UA 2CLKA 3GXTA 1LOSA 2TMDA 3IIZA 1JQVA 3S8HA 3MO7A 4OBTA 1KLZA 1YDVA 1G67A 3LV6A 4AB4A 5K9CA 5D02A 1DHPA 5C5YA 1SW7A 3UY7A 5DY3A 3G1XA 1FQ0A 4QJ1A 3LCLA 1L2UA 4X3ZA 1KTBA 5EYWA 4DF0A 4AWUA 2TYSA 4NJHA 4BI7A 2Y7EA 4UFJA 1DBTA 3C3NA 4M5PA 2G96A 2HSAA 1O4UA 2ISSA 3PB0A 3QZEA 5DLCA 5AHIA 4UCGA 4UTLA 4JN6A 3IVSA 3NOEA 4UTTC 4LVBA 3VE9A 3P82A 2GQ8A 4S2CA 4OT7A 3NR0A 5FEZA 4KFNA 2ZRYA 1SUXA 1LTDA 4LV9A 1TB3A 3P61A 1VHNA 3LM7A 4FNUA 3NZRA 2V2CA 4Z1AA 1UCWA 2BWGA 4QISA 4NNCA 4NNBA 3E12A 3LCHA 3L0GA 1VHCA 4UNLA 5BW6A 2Y62A 1I2QA 3CWOX 1YXCA 2GVJA 5AFDA 1C29A 4PFMA 3DU0A 3W9ZA 2FFCA 2H8XA 1OVDA 3GXNA 1MSSA 3L9CA 5I3IA 1VZWA 5H2ZA 5K4XA 1WV2A 3WK1A 1O60A 5EMUA 3LXBA 3C8FA 5AHFA 2W0UA 3BK0A 4QNWA 5EY5A 1Q6RA 4JYDA 3AO0A 3OVPA 2FPYA 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1D3GA 2CLLA 5D09A 1OJXA 3P60A 2CU0A 2CZFA 4ZQRA 3STGA 1TPVA 1J2WA 1B57A 2DORA 3VKJA 5I3GA 1LM1A 4O50A 2XN0A 3DHFA 3LXAA 3KRZA 1GEQA 5C55A 3DKLA 1PHWA 3LHZA 2TRSA 1MEWA 4K38A 1W8SA 2FPVA 3KVKA 4IQLA 4NNAA 1GVOA 1SSDA 4WY0A 2EKCA 3KHJA 3W7HA 4YL2A 1K7XA 3W7IA 1X1OA 3RFAA 4EIVA 4GUFA 4RR4A 4EF9A 3GYEA 1EP3A 3CTLA 3KX6A 4HSNA 4LUIA 3LBMA 3TQKA 4KWWA 1JCMP 3GK0A 1D9EA 1KLYA 4O14A 3S0CA 5KZMA 4BF9A 4FXSA 3LDVA 3CEPA 3PBVA 3TNOA 1XI3A 2QCHA 1VC4A 2ZRVA 1OFPA 3BLIA 2DP3A 3HQ1A 3G0SA 2PURA 4AWTA 4E2DA 2J24A 4JY9A 4LTSA 1GZGA 4FEZA 2Z1BA 3CQ0A 2CLIA 1VYRA 3EKLA 3CIXA 2Y63A 4LVDA 1TTPA 5F4SA 1O5XA 3UD6A 4LV4A 5AHEA 5L9FA 1AG1O 2FTPA 4LY8A 3NG3A 4MY8A 3TSBA 5CPOA 3DFPA 4XWUA 1FBAA 3ATZA 3WJZA 2QCFA 5F1VA 5HR7A 3M5ZA 5G1YA 2IQTA 3G0UA 2JK2A 2ZZ2A 4A29A 1KW1A 4UR8A 4BFAA 2V8ZA 2UV8G 4ADUA 1LOQA 2V82A 5D37A 2VEKA 3LRLA 4U4MA 3TSDA 2Y88A 2EPHA 4XKYB 2FJKA 3NQFA 1SU5A 1YXDA 1VLWA 2YYTA 1FCVA 1AMKA 1PHQA 2Y7FA 4UFKA 8TIMA 1GYLA 2ISVA 5KZEA 3W7MA 5D33A 5L6UA 3WJWA 1JVNA 4M6PA 3TE9A 3W74A 2W6RA 4DQWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3NZRA

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