4TIMA

Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 90
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4timA00
4EWND 1KFCA 4CNPA 3WJXA 1F76A 2JK2A 2WSQA 4Z0JA 4MY1A 4RXFA 3WK0A 3W87A 2JKAA 4N9BA 5F1UA 4XZ9A 5FF7A 1XBZA 5IBXA 1OYAA 2RDTA 4ADUA 4MY9A 1LBLA 1OHLA 2Z0IA 4N2YA 1QO2A 4ADTA 5L6UA 4LS1A 2ATSA 2Y85A 5CGQA 1TREA 3E96A 1H62A 1I4NA 3LM7A 4HSOA 4LVGA 1G7VA 4UTTA 3M7WA 1B57A 1JR1A 3O6YX 3SI9A 4DF2A 1ME8A 3CU2A 3BW3A 3PULA 4FNSA 3UWVA 1F6KA 2B7OA 5CG7A 5FI8A 3S0CA 3FJLA 3LHTA 4O54A 5CZSA 1N55A 3CLMA 3LCGA 3W7CA 3DFSA 4XBSA 5GVJA 4JXCA 5I3FA 2C16A 3A9IA 2ZRYA 2C18A 4Q4KA 3M1ZA 1KFLA 2VEKA 3MW7A 2OMAA 3C6CA 3TU9A 3HB9A 3SFKA 4TU1A 2YXGA 2GPTA 3NR0A 4JYFA 2I1OA 4NXSA 2PRHA 1YXDA 2WJZA 3NA8A 3ABRA 2ISWA 2XFWA 3KVMA 4XQ6A 2QCGA 5E1QA 5F2MA 1KLZA 2DZVA 3P62A 2ZZ3A 3U2OA 3CEUA 2R8WA 3W74A 4AVFA 1VPXA 4NJIA 1JCMP 2ZTJA 1TQJA 1SO5A 4Z1CA 3RF9A 4UFLA 4Y9AA 3S9YA 4UUIA 4N6FA 2QDHA 3FYOA 2OX1A 5G5IA 5G2HA 3C3NA 1OFAA 3MP3A 2TPSA 4NNBA 4CQ8A 1K7EA 1THFD 4M6VA 1KTBA 2RFGA 1H7XA 1OYCA 2PRMA 3IVSA 4M7SA 3W7EA 2CLIA 3BLIA 2HS6A 3C8FA 1K7XA 1VZWA 3W7NA 1GTEA 1VLWA 1WBHA 4NX0A 3OG3A 3DFTA 3W1PA 5F2LA 1GVSA 3HMJG 1A5AA 4H3DA 4AWUA 3QC3A 3W2MA 1W5PA 3NM3A 2J9ZA 1R2TA 3M16A 1S5VA 4MY8A 5CSRA 2GOUA 1VYSX 1W56A 3CC1A 2Y63A 3W9ZA 3SECA 2FPYA 4PL2A 4Q32A 3IV3A 4M7TA 1SFJA 3C56A 4UFIA 2Y62A 3I65A 3N19B 3WJZA 1DQWA 2YPIA 3QW3A 1Z41A 4HNNA 2YR1A 1H7PA 1XKYA 2ZZ7A 1W31A 4A3UA 2C0AA 3FJ6A 3BW4A 2ATMA 5C5YA 1TPEA 3L9CA 4I7UA 1F7BA 4OWGA 3TA6A 4O1BA 3GDRA 5D2XA 2E6FA 3CEPA 2RDWA 3O06A 4G1KA 4FIRA 1ICSA 3P82A 4H4IA 4JR5A 5FESA 1WYIA 2P1FA 2CLLA 1I2NA 2B4GA 4IMCA 1OG0A 4JYEA 1S5TA 2ZRUA 3MWAA 1A5SA 3HPZA 1GJPA 1K8XA 3N2XA 2ZA3A 1L9WA 2H6RA 4DO5A 1GQNA 2YSWA 3S1XA 3B06A 1W3IA 1P0KA 1RZMA 3GDLA 5G2WA 3PF3A 3UPBA 4W9TA 2WOQA 4UTWA 2V81A 3EXRA 5F2GA 1GT8A 4GBUA 1SUXA 4O50A 4ZVJA 4KFNA 1L6SA 1O95A 1N7KA 3ABOA 2H8ZA 1TQXA 1XM3A 1FCUA 3VCRA 3SW6A 4M5PA 1P0NA 3P5YA 3S8HA 4JTHA 3UWQA 4MJMA 2E5CA 3FOKA 3SJ3A 2W79A 1SZGA 3MHGA 1PHQA 2ZRXA 1JUKA 5AFDA 4UNKA 4L4LA 2PRLA 1RD5A 3MI2A 4RCXA 1VS1A 1QPOA 2ZA2A 1FXPA 3HQ1A 2DZWA 3O8AA 3O6CA 4HNUA 2BZNA 2VKZG 2WV8A 4OHQA 4Z1BA 4GWEA 2NWRA 3BVJA 2I14A 4CNNA 1A5BA 3HBLA 3F1QA 5DY2A 4JDYA 4TMBA 2I9EA 4PL1A 1F2JA 2QJGA 3O1NA 1CX9A 1K8YA 1W37A 2GUUA 2G95A 2V2HA 3GX9A 4KWVA 1TPVA 3S42A 3GR8A 3DKJA 4S2CA 4PC8A 1H7RA 2E6DA 2YFOA 1AG1O 2FB2A 3LV6A 2Y7FA 3UY7A 4IMGA 5CPNA 2QJIA 3N2MA 5T26A 1GG1A 4O10A 4XWUA 3A5VA 1YDNA 1P1XA 3OEXA 4DPQA 5D09A 5KINA 3HIJA 1FDZA 2QEZA 5AYYA 4XTIA 3DENA 3QMTA 1TPDA 3QMRA 2WQPA 4OQVA 2NX9A 2J24A 1NAL1 4MLRA 3LHVA 3QEZA 4FEZA 1HTIA 4PEKA 1I2RA 5C2XA 4IPIA 3MI3A 3NXFA 1IXNA 4ZQMA 2X1UA 1OYBA 3ZFHA 1W5NA 1LOQA 1EIXA 1I2QA 4K38A 3ZR4A 5EMUA 3VI2A 2CLEA 1LYXA 3M5VA 3DFOA 5IM51 4GUFA 3IVUA 4ZZ9A 4XBKA 2Y89A 3NL6A 1G4SA 4IX0A 4WOQA 3LTYA 3OVRA 3N34A 4TMCA 3OHIA 4HNVA 3TC7A 4Y96A 1JRBA 2CFFA 2FDSA 3HGJA 3NQGA 4FNQA 4N6EA 5KMYA 2EPHA 4A2RA 3CT7A 1YXCA 4FO4A 2WKJA 4FB7A 4JDBA 3E0IA 3G1DA 3MI6A 2C6QA 2ZDRA 1ZHAA 1H1YA 3RMJA 1FQ0A 1SSDA 2W0UA 1LLZA 2CLMA 1JQXA 2YYUA 3CHVA 3KRSA 4FNUA 4O17A 4DXVA 3HJZA 2BX7A 1DOSA 4DPPA 8TIMA 2X1SA 3NQAA 3W7KA 5LNWA 4AHOA 4RKAA 4O4WA 3QRHA 1WAUA 2DZTA 4OGZA 3STCA 4LW7A 4EOUA 3WK2A 3P8JA 1E51A 3G22A 3W7RA 4LC6A 1FX6A 3DFNA 1H50A 3NPXA 3IGUA 3LLDA 3UNDA 5G4EA 4GUJA 4NUWA 3E49A 3DU0A 2W6RA 4QM1A 1FY6A 2JGYA 3DI1A 3I6RA 4OV9A 1G4TA 4POCA 5FEXA 1RQHA 3B0VC 1F73A 3MP5A 2V9DA 1CW2A 3SSJA 1KV5A 4Y6GA 1O4UA 3TAOA 1YLVA 3SGUA 5HWMA 1F6PA 1TCDA 5LNVA 5BMXA 1I8JA 3UXAA 1QOPA 1XBXA 1QPQA 1Q6OA 3W1AA 5DBTA 4IMFA 4ZQCA 4U28A 3UQNA 4IX2A 4DQWA 4QSHA 1YPIA 4K7VA 3S5ZA 4YMZA 1W5MA 1W3NA 1RR2A 1OFPA 3GIYA 4UTIA 1AK5A 4O13A 3GDKA 5D30A 1SZEA 1L2UA 3CWOX 3PBWA 1OX4B 1ZFJA 4FIQA 1Z44A 3PB0A 2DZSA 1GVRA 1Q3NA 2HSAA 2FTPA 2VEIA 1VCFA 3UWYA 2ZBTA 2YX0A 1LP6A 1KW1A 3NQVA 3O05A 4RX0A 3EWZA 4LV9A 1IF2A 2NX1A 4N9EA 4CLMA 3MYOA 3TQ0A 3UZ5A 1BKSA 1DJQA 4ADSA 4UTMA 3L0KA 1XBYA 4O11A 3LBMA 3EEGA 2WO5A 3NOEA 4WY0A 1M5WA 4N4PA 3ZWSA 1Z48A 2DP3A 4RK8A 1HO4A 4MPQA 5ABTA 1UB3A 4K39A 1SW0A 3C2OA 1LM1A 1RPXA 3AJXA 4O0ZA 4WUIA 3S5YA 4J9JA 4MYXA 4BI6A 4LVAA 2P0OA 3LHZA 3QZEA 2V2DA 1FBAA 1FWNA 1W5QA 1X7FA 4TIMA 4QISA 4A29A 3LRMA 3EX2A 4JX4A 3VKJA 1W3TA 4UMAA 1Q6QA 1PL9A 2R14A 1KFEA 5TQLA 4AF0B 2QUVA 3TMLA 5DBUA 2A85A 3RK8A 5E93A 4UFHA 4FNRA 5IBXC 1FWTA 3WK3A 2GVJA 1W0MA 3BO9A 1QMLA 1W54A 5AC8A 5D03A 1O5XA 4K7YA 1EWDA 3TAKA 2C19A 3R2GA 5K4XA 5K9XA 3MUXA 3NNTA 4QITA 2QAFA 4JYDA 4R33A 1YXYA 3S6DA 3I7RA 2QF7A 1KBJA 4IXHA 1C9DA 2AQWA 1OABA 1A50A 1EP3A 1SO4A 3EXTA 3GAKA 4ORMA 1R2RA 3EB2A 5HUOA 4Q33A 2X1TA 2CWNA 4K36A 3NVTA 2VFGA 4GFSA 3QPZA 4X9SA 3HG2A 2QCDA 3M41A 1T99A 1U83A 4HPJA 5AYZA 5FF3A 2J9XA 1H7OA 3R5EA 2OT1A 1ZAHA 3TJLA 3SIZA 1M6JA 1QPNA 3HGRA 1DBTA 1JVNA 2X1RA 4XKYA 5LHFA 3UD6A 5I3KA 2ISVA 3PSVA 3PS7A 3TSDA 3QF0A 3NQ2A 1XBVA 1TV8A 3A22A 3HPSA 3IIOA 4P2VA 3UZJA 4JS3A 3KHJA 1BTMA 1Q45A 1YDOA 3IIVA 2ZYFA 1JCXA 2GJLA 5EYWA 2Y70A 4UTKA 4NZFA 2A6LA 4RXGA 4KWWA 6TIMA 3EX6A 3GYEA 3KRZA 4RJEA 5J5RA 1KTNA 2C1HA 3S1UA 1GG0A 1TV5A 3FEMA 3F4WA 4O4VA 4CCDA 3NPUA 1D3GA 1OX6A 3T78A 2CLOA 2ZRWA 1CI1A 4FNPA 3L2IA 3M43A 1WA3A 2YFNA 4PH6A 2X2GA 3E12A 5HNRA 4M6PA 5K9CA 1G7UA 3TH6A 1KBIA 1J2WA 4KKXA 1VYPX 2FPVA 1WQ5A 4UTLA 1VYRA 3NL2A 2ISSA 4Z0SA 5AC7A 2Y88A 3M47A 3O6DA 4GUHA 1OF6A 1KM5A 1JCJA 3QQ0A 5CZ0A 4BR1A 5C55A 3UYCA 1JCNA 5D33A 1O5KA 3B4UA 2VENA 1XDMA 2GVLA 3O07A 4JEQA 5KITA 3NQ7A 1SZFA 3FKKA 4O57A 5G1TA 1OF8A 3THAA 3HGOA 2Z6IA 4GNJA 1UBSA 4DBDA 2Y61A 4JTKA 3G3MA 4MLJA 2X16A 4BF9A 3W84A 4NXKA 1TRDA 3JR2A 5HQEA 2QCLA 3FS2A 1W1ZA 1C29A 1SO3A 3GXTA 2WSRA 3TJXA 1FCBA 3F03K 5HINA 3IGSA 4K6AA 3B8DA 3ZS4A 4IGHA 1H5YA 3QPYA 1HG3A 3W70A 1K3UA 5LGZA 3W71A 3E02A 3BG3A 4JY8A 1OFQA 1AMKA 4BWLC 3SR7A 2DJXA 1EP2A 2DU2A 2HMCA 4NJJA 2ZZ4A 4YLWA 3GLCA 1JCLA 4S2BA 2V8ZA 3S5OA 4NJGA 2TSYA 3N73A 5D32A 5K3VA 3TV8A 1S3HA 3O15A 1UJPA 4JTSA 2A21A 4UTWC 4N02A 2BWGA 4TO8A 1DL3A 3PB2A 1NVMA 4WX2A 4ICNA 4K37A 4O1AA 2DORA 4M6QA 1XFBA 1DQXA 4UXDA 2RKXA 1ONRA 1YTKA 2QKFA 3QM3A 3TC6A 3W88A 5DN1A 4GUGA 3TROA 5C6MA 3L5AA 3C0JA 4QQ3A 5CSSA 4FXRA 2QR6A 4JIQA 3T55A 2J6XA 3C2FA 3DGRA 1JUBA 2G96A 4D2JA 2FFCA 3HGSA 3G1AA 3LHWA 3NAVA 4RZ5A 4M19A 1O94A 3L67A 1YYAA 3N14A 1FDYA 1VJIA 3L65A 3GVGA 4JICA 3L5MA 2PC4A 5CZTA 4WJEA 1TJPA 3Q58A 4O15A 3NZRA 2RH9A 5CPOA 1UASA 5BMWA 4JNMA 1KM0A 2JKEA 3Q2DA 1ALDA 4HSNA 3NGJA 2EKCA 4DELA 1KLYA 5AHEA 1PV8A 4JTEA 1KFBA 3NQDA 3LXAA 4JTJA 2YDAA 2Q8ZA 3KXQA 2B7PA 3P61A 5LHEA 5HR6A 4YWIA 1EX5A 3RLVA 1UUMA 5CKSA 3L66A 1NEYA 1QNVA 4TR9A 1LBFA 1U5JA 3FA5A 1SFLA 4MOZA 5G1YA 5KZDA 2ZRVA 3SZ8A 4OU1A 1V5XA 4A22A 1WV2A 3BPWA 1WOAA 3QSRA 3R13A 2ZA1A 4LRSA 4LVDA 1AW2A 4O12A 4NJHA 2J88A 5AHNA 5EA9A 1KM3A 3CIXA 2X30A 3L5LA 2NX3A 5EKYA 2CZ5A 4S1FA 3NQ6A 5EY5A 2DZUA 3DFPA 3TSMA 2C3ZA 2J27A 4NJKA 1EWEA 2H90A 3GXNA 4CCEA 2R94A 4ZMGA 2CZEA 1PE1A 1JRCA 4GUIA 3BG5A 4Z1DA 3MMTA 3PC0A 3UWZA 3O16A 2QDGA 2E6YA 1KM1A 3W7IA 3NL3A 2A6NA 4U4MA 4UTUA 1KM2A 1RV8A 3LV5A 5D2VA 1DKWA 4FX7A 1XCFA 4LU0A 4JX6A 1TB3A 5FEPA 3DZ1A 3YPIA 3G1HA 4UTHA 4LV4A 3ATYA 4LS2A 3DBPA 4O52A 5HR7A 3A5FA 5FF4A 2NUXA 4I7VA 1SPQA 1VRDA 2NZLA 3W2UA 1LORA 3EXSA 4GXMA 5KZEA 4FNTA 1GYNA 1GZGA 1FWWA 1XL9A 4FX8A 2TRSA 5F1VA 2V30A 2J9YA 2NV2A 2NV1A 3H53A 3HF3A 3QW4B 2CLHA 2CU0A 4YCPA 3G8RA 1TTPA 3KRUA 2OT0A 3LRKA 1SO6A 1JULA 1FCQA 2YZRA 5LZLA 4NNAA 3W23A 4L4MA 3M5ZA 3PG8A 4KFPA 3AO0A 1XI3A 1EEPA 1LBMA 1PCKA 1KFKA 3CIWA 3KVLA 1T0OA 6ALDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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