4P8UA

The crystal structures of ykl-39 in the absence of chitooligosaccharides was solved to resolutions of 2.4 angstrom
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
SYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTVGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITWLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 2
publication title Structural and Thermodynamic Insights into Chitooligosaccharide Binding to Human Cartilage Chitinase 3-like Protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 129
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4p8uA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p8uA01
1CBGA 2WVVB 4BS0A 3FAWA 1GUVA 3FW6A 2OWXA 2VURA 3PBGA 1DWFM 1CGVA 3L4YA 4B16A 3NJ3A 5JUVA 2IUZA 2AAAA 2CKSA 2NW0A 2XFYA 1UD6A 3WQ8A 4ZXOA 6CGTA 1KGWA 1J11A 3D3AA 1TZ7A 3L4XA 1J18A 3LPFA 1E43A 3KEHA 2WMIA 3VIMA 1HVQA 2UY3A 3WENA 3OB8A 1OGSA 2W92A 3O9NA 3CUGA 3WNKA 4DM2A 1E70M 1QI3A 1JD9A 4CCDA 1BVZA 1OT1A 1EOMA 2VX7A 1CXLA 3OZOA 4LYRA 4AY1A 1H49A 3LPGA 2WCSA 5BXPA 3VIOA 4ZEPA 3GH4A 1WZKA 1JYNA 3KE0A 4R27A 4PMYA 2Y2WA 3KWXA 4UNIA 1XSIA 1Z32X 4CD5A 3AI0A 2WZIA 2ZX8A 4Z2LA 4BA0A 3A4XA 2J7FA 5A2AA 1Q6GA 2E0PA 3ARSA 2XWDA 5GNXA 5I5RA 1BF2A 2X1IA 4ATWA 4A3HA 2FHCA 3I3EA 4W5ZA 4JHZA 5I79A 1WAWA 1CZ1A 4HOZA 1L0PA 1TA3B 3AIUA 4F79A 4OOUA 2ZX5A 4IISA 4D6GA 1BYCA 3WMBA 1W1YA 3WUEA 3CZ8A 3U57A 4XV0A 5M17A 4HPGA 3AZRA 1TVPA 4MB5A 1ISWA 4JCMA 3UESA 1QI4A 3VILA 2FHBA 5LA2A 1US2A 3MV01 1E3ZA 4AW7A 1Q6CA 1ECEA 3WNOA 4AZ5A 2WHMA 1CGXA 2WKLA 4PBGA 3WFLA 5D4YA 3VDHA 3W82A 1GQIA 4Z2KA 3G6MA 5A95A 3VKKA 2OWCA 5M5DA 1GCYA 3L4ZA 1TFVA 1PPIA 4QAWA 1QNRA 2DT3A 1KGXA 1DWAM 1VJSA 1C3FA 1J12A 1CLVA 3BAWA 3SCPA 1XV8A 1E6SM 4UFLA 1ZBCA 1CDGA 5CG0A 5A8OA 4B15A 4W87A 1PZ3A 3L4UA 4LXFA 5AY7A 1ISYA 3VGGA 2FGZA 1HJWA 5CQ1A 5FD0A 3DYOA 1W9XA 3ARPA 3WF3A 4W93A 3VIIA 5IDIA 1HF6A 5E6YA 2EEXA 1B3YA 4PMQA 1V0NA 2BY2A 1UD5A 3EDEA 4BQ5A 1FFRA 1JFXA 2WSPA 1W2PA 3U7BA 5CZKA 2FHFA 1QI2A 4U5KA 3CIVA 2YL9A 4W7VA 5I0DA 2VT0A 3WF2A 1HNYA 3BMWA 1OIFA 3BAIA 4PMZA 3EBVA 1KR0A 4D6DA 1D2KA 1GHSA 3KZSA 3MMUA 1FP8A 1XHGA 1ZJAA 4R5EA 3K46A 3J7HA 4P8VA 2WB5A 1JYVA 1VIWA 4PUEA 4C7FA 4GPNA 2PWDA 4HZ7A 4MPKA 2VJXA 1V3JA 1ODUA 3F4VA 3M7SA 5JBFA 1WE5A 1B3ZA 1OD8A 1OT2A 4GZIA 5CPQA 8A3HA 1B9ZA 2VZSA 2XUCA 2BHYA 1UKPA 2IXUA 1NWUA 4F66A 1E3XA 4AMCA 5BXSA 1KXTA 3UG3A 2Y24A 3DC0A 1MVYA 1CNVA 4PUDA 4CU6A 4YHGA 3T2PA 2J7CA 1XD0A 2F2HA 2OSXA 1CXFA 1UZ1A 1R87A 1E0WA 2BY3A 3CUHA 4XUYA 3N17A 3N18A 1W9BM 4HU0A 1CGTA 5A6KA 3AZTA 4PTMA 4TUFA 2BVDA 4PMOA 5E0FA 3VGHA 3L2MA 4D6HA 4ZE5A 3W25A 3NCOA 1DWHM 1UHVA 2WCGA 4JL1A 2CETA 2EJ1A 1E5NA 2EQDA 1CYGA 1CLXA 4QCEA 3OGRA 3NUKA 2C0HA 2JIWA 3WY1A 5E0CA 1JDCA 1JZ6A 1GOQA 2YL6A 1GQKA 1E0VA 1GPFA 1QHPA 4N42A 4W88A 1WDPA 1U33A 4FLSA 2CBUA 2J7GA 3AMCA 1GOKA 3WUFA 3AHZA 2DDXA 1JDAA 3WF1A 4PMXA 4CGTA 2ZE0A 4IM4A 2WZEA 1MFVA 1JNDA 1B90A 5FL0A 3W4RA 3VIHA 1J01A 4X0VA 4GQQA 3LPPA 4HP5A 4J3VA 3SCNA 1EO5A 3QHOA 3A4WA 3GH5A 2WKGA 1C93A 2J47A 2WHJA 4AEFA 3VU2A 4J3WA 1GOWA 2X09A 1R7OA 1AQHA 2C7FA 1J0KA 3VD7A 2J77A 1ZJBA 3IJ7A 4A4AA 1K9TA 2ZXAA 4J28A 3UERA 2QHAA 1LLOA 2J75A 4TTUA 3UEQA 4RE4A 3RCNA 3VX1A 2VRJA 3QOMA 5FIPA 1BG9A 3PTMA 4PRWA 3IJ9A 4TOQA 2DEPA 1N82A 3WBEA 5GQBA 1R7AA 1GVIA 3BAKA 4HZ6A 2VL4A 3SCWA 1Q4NX 2D3LA 4J27A 1PEZA 1HP4A 5CGTA 5HNNA 1EGZA 2YIHA 2A3AA 4HOXA 4E8CA 1IZKA 4PN2A 1E15A 5E9AA 3LPOA 1D3CA 1Y7VA 4ZE4A 4BQ2A 3E1F1 3NDZA 1G94A 3U5UA 4X0NA 4KRTA 2WHLA 4B3LA 3NIYA 1MXDA 5EFFA 2ZUMA 4PMRA 4FLRA 5AYIA 1HXJA 3UCQA 1O7AA 3VINA 2WWCA 4FMVA 1X6LA 4ACZA 1QHOA 1ITXA 4NRRA 2GDUA 2GK1A 5DT5A 2DT0A 4U3CA 1M03A 3RJYA 1E55A 1SR0A 4OIFA 1E5JA 4FLQA 4CU7A 1XH1A 2A3BA 1HX0A 2BXYA 1A3HA 4MNJA 4BZYA 3ARVA 1V6XA 1OWQA 3DYMA 3GYCA 4YN5A 4DUWA 1CXEA 2V5CA 5LA0A 1G9HA 3PZUA 2XIIA 4P8XA 3POCA 3MKKA 3W29A 5JIWA 2E4TA 4Q22A 3T2QA 1R86A 4MDOA 4FK9A 5HPCA 3ARRA 1ZU8A 1K9DA 3AS1A 4F9DA 1PIGA 1YHTA 2GJXB 3WD1A 4CN4A 2J62A 3A47A 4ACYA 3MUAA 5I3DA 3ZJ7A 4D6CA 5HDRA 1G1YA 1CECA 1XYZA 4UZSA 4WIWA 2XM1A 2Y4SA 3BLPX 1NWTA 3WD3A 2BHUA 1GOOA 1UD2A 1QOXA 3AIRA 4PEEA 3EDKA 2O9RA 3CHCA 3CZEA 3PZTA 3WNMA 3CMJA 2WPGA 4D6FA 1GOMA 3VPLA 3AS3A 3SUTA 3VM5A 1UWSA 4B9ZA 4NF7A 1AMYA 3TTOA 5CJ5A 1UQZA 2CESA 3GDBA 2Q8XA 1ESWA 3SUUA 2VCCA 2OYLA 4WF7A 4LYQA 2XFFA 2Z1KA 3VD5A 3ZT5A 4M1RA 1XH2A 3W37A 3BC9A 2YA0A 3ARZA 3MO4A 3OIHA 4AWEA 2IXVA 1W1PA 1BFNA 1NOUA 3WDJA 3TTYA 3W6MA 3BCFA 1OIMA 3CBWA 4H2CA 2WWDA 3M6DA 1BYDA 1KWKA 1WZMA 2CHOA 4QLJA 1NQ6A 4J7RA 2XVGA 4RL3A 4MB4A 2G3IA 3BSHA 1B3VA 3QR3A 1UA7A 1WCGA 3F5KA 1CXKA 3N9KA 5D9PA 3W26A 1JYXA 1VFMA 3ZT6A 4E2OA 2NT1A 1EOKA 4AD3A 2QMJA 3DECA 4OKDA 4JFSA 1ISXA 4CCCA 3ZIZA 5A3HA 1JF5A 2VNCA 2XSBA 3VIPA 5C70A 2VQUA 1KXVA 4DWSB 1J0YA 5A8QA 5EFDA 4KWUA 3WQ4A 1GNXA 3EMZA 3AYSA 1V0KA 2ZX6A 5LA1A 2CBVA 3IAPA 4WKFA 1VFUA 2J8FA 1EIBA 3WD4A 2DSKA 3N15A 3SURA 7A3HA 1PX8A 1E40A 2JALA 5I78A 4KGLA 3AS0A 3AHTA 2PBGA 1VAHA 2V38A 2FGLA 4UQBA 4W86A 2E8YA 3MSGA 1FOBA 4N0RA 1E6ZA 4UQAA 1JZ2A 1MW3A 1KCLA 4WK9A 4GI6A 2Y8VA 2FDMA 1XH0A 3GNOA 4OUEA 4BQ3A 3N1AA 2WMIB 3W81A 1KB3A 2E3ZA 3N12A 4AD0A 4D71A 3IANA 3IK2A 1SMAA 3FAXA 4PSPA 2VR5A 4P8UA 1HKIA 2V3DA 4AISA 4W89A 3CLWA 1PAMA 2YLAA 1TE1A 2Y5EA 3OGSA 1KBBA 3EYPA 2W5FA 3DYPA 1UKOA 1CENA 1JI2A 1QNSA 1E4MM 1QW8A 4U31A 3PZOA 1VF8A 1JFHA 2V5DA 3A4AA 1GVYA 4TXEA 1B3XA 4AXNA 1CGWA 3N13A 5IHSA 4B3KA 4D72A 3GXDA 4GQRA 5KZ6A 1OD0A 4P7RA 2YBUA 3F5JA 1UWIA 1PJ9A 4C7DA 4AZCA 3WH6A 2G3NA 2D0GA 3SCUA 4LPCA 4J3XA 4QDMA 4CU8A 3ARTA 4Z2GA 4TX8A 3EMQA 1QPKA 2W63A 3MMWA 1W9DM 3MMDA 3RILA 3MS8A 2A3CA 2GFTA 2W4XA 5FL1A 3AMLA 4H7VA 3AZSA 1E4LA 3CHFA 3VTRA 1XCWA 1JDDA 2DSWA 3APGA 4J3SA 4AIEA 1Q6DA 2J74A 2XHYA 3GBEA 3ARWA 2W66A 3K8LA 1BPLB 3RDKA 2WMFA 2YL8A 1PBGA 1HL9A 4HPHA 2AMGA 2J25A 2D2OA 5GNZA 4KGJA 3NSMA 4JAWA 2C8NA 3OG2A 1US3A 3F5LA 3B9EA 2QLYA 3CZJA 1HP5A 2J7DA 3GXIA 1LWHA 4X9YA 3VD9A 3WH9A 2G3MA 3VM7A 5GPRA 1W91A 2VVNA 3OA5A 2X05A 5ABGA 3G6LA 3EDFA 1TR1A 1ZL1A 4OOZA 2GJRA 3JUGA 2VZTA 3A6OA 1P6WA 3WN6A 1WPCA 1O6IA 3VD3A 1UR1A 4TTGA 2CHNA 2YLLA 4UFIA 3SUWA 3AXXA 4PMNA 1MXGA 1KCKA 4DWSC 3AJ7A 2D0HA 1G01A 1NP2A 2XVNA 4DUVA 1FH7A 4UQCA 4UR9A 4D1JA 5DO8A 1MYRA 3SCSA 1DWJM 2E9LA 2G4FA 1W3KA 5E6ZA 2JF7A 5IHRA 1L8NA 2YA2A 3UETA 3O2LA 2ZUUA 1JI1A 3W0KA 3CHDA 3GZAA 4HZ8A 2WMHA 2VR4A 1V0LA 2WK2A 2BS9A 2VVSA 1QI0A 4U5IA 4WKAA 2CCRA 3BGAA 1UWRA 1H5VA 2UY5A 1CPUA 3WDQA 3ARYA 1C7SA 4JFVA 4EE9A 4CD7A 4Z2IA 1CTNA 1CIUA 3K8MA 2TAAA 4Q7NA 2WVUA 2W91A 4M80A 3B8SA 4AYSA 4JFUA 1UR2A 4AD4A 1W3HA 4P7OA 1BAGA 2ZXQA 3AS2A 1ITCA 4XZWA 4GO9A 1PX3A 4W7WA 1K9EA 1VRXA 1QBAA 1WO2A 4MAZA 3AYRA 4K68A 4ATLA 1FP9A 1UA3A 7TAAA 3VGDA 1XRVA 5BWFA 3AHVA 3IJ8A 1W9UA 4UCFA 4PTWA 1VFFA 1EHAA 1MWOA 2UY4A 4CN1A 2J7HA 1H0GA 3WDPP 3FHQA 1WZAA 1E0XA 3SCTA 1NOWA 3WUGA 2WANA 2W62A 1PZ2A 2D22A 4HMDA 1H3GA 4BQ4A 5I77A 2ZICA 3AIBA 2WYSA 5EB8A 3PZGA 1OGGA 3VD4A 2WC7A 5E70A 4EANA 4KH2A 2VOTA 2WCAA 3PZMA 5DEZA 1SFSA 1I1XA 2J79A 3FHAA 4U2YA 5DFAA 2WLZA 3T08A 1JZ5A 1B30A 3WEOA 2D1ZA 1KQZA 4HA4A 4LQ1A 1H4PA 5D9OA 5LYRA 3AROA 4UQEA 5JIPA 5ABFA 2YOCA 3WSUA 4UTFA 1VEOA 2WHKA 3VNZA 2OLHA 1UR0A 2EPKX 1SMDA 1D7FA 1V6UA 2JEPA 2XPKA 1MQRA 2J7EA 1BYAA 3QGVA 4GKLA 3AMDA 1F4HA 2PWGA 3WELA 2V3EA 1XSJA 4HTYA 4V2XA 5A6MA 2FH8A 4WSJA 4J3UA 4WSKA 4UQ9A 1VBRA 3ZM8A 1GJUA 5IXEA 2J7BA 1EDGA 1S46A 2J4GA 4DWSD 1FA2A 2G3JA 3AICA 1E73M 4ML4A 1UWTA 2XG9A 2VI0A 2ZUSA 3WQWA 1UH2A 2ZX9A 3CZLA 1NM9A 4AC1X 1UWQA 3ZSTA 4WKHA 1I75A 2O9TA 1G0CA 5TD4A 3WFZA 4MB1A 2EXOA 2E9BA 1EH9A 2XYLA 4M29A 1CXHA 5JBDA 4CD4A 3VIKA 2PF0A 2WMKA 2NT0A 3NDYA 5ABHA 3VDCA 2CKRA 3II1A 5F7UA 1E9LA 1BG4A 3ZT7A 1LL7A 3SUVA 1RD6A 1CGYA 3W28A 1NH6A 3BAJA 2DSVA 3AHXA 4M56A 5A94A 3B9DA 1B2YA 3NSXA 4GI8A 2Y8KA 1X1NA 4M24A 5EBAA 3VIFA 3RM9A 1LJYA 4IPNB 5BRPA 2D23A 3THCA 1BLIA 1K6AA 1E71M 1JG9A 1QBBA 4MTVA 2WBGA 4TVCA 5ABEA 1V6YA 5BXRA 1CEOA 3BLKA 1DP0A 3KL3A 5CXPA 1E72M 4LGXA 1VFOA 1IZJA 5CLWA 1UH4A 4A3YA 5IFTA 2UWFA 1B0IA 2YL5A 3AQUA 1HJQA 2PI6A 4CN6A 1FH9A 3K8KA 2D24A 2PWFA 2VZVA 1GZJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2GJP A;  2XM2 A;  1E6Q M;  3WIJ A;  5JH8 A;  1JIB A;  4OZO A;  1KXQ A;  1UH3 A;  3SUS A;  2PWH A;  3VVG A;  3HU7 A;  3SEP A;  4QP0 A;  5A1A A;  2WMG A;  1W3J A;  5HXM A;  2DT2 A;  1AQM A;  4MNM A;  1NWS A;  1UKQ A;  3WH7 A;  4ATD A;  3SCQ A;  5C71 A;  1KWG A;  1KR1 A;  4M8U A;  4UQD A;  3OLD A;  2XVK A;  3AMG A;  2CIP A;  3BH4 A;  3PTQ A;  1QNO A;  2DGA A;  3NSN A;  4XX6 A;  4TVU A;  4LX4 A;  2VCB A;  3WH8 A;  5BCA A;  2A3H A;  5DF0 A;  2DIJ A;  1C8Y A;  4DWS A;  4Z2J A;  4QFU A;  2VRQ A;  1WNO A;  1JAK A;  4UFM A;  4MNL A;  3WF4 A;  1TVN A;  1HJX A;  5C8B B;  4RE2 A;  5M3W A;  2DSZ A;  1MFU A;  1ZBW A;  2GDV A;  3KL0 A;  3WQV A;  5BRO A;  4F9J A;  4CKQ A;  4H8V A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1Q6C A;  3B06 A;  3WNO A;  2KO7 A;  1UP0 A;  2CLI A;  2WKL A;  2IQT A;  3GND A;  3VDH A;  1W8S A;  3G6M A;  3VKK A;  2Z7G A;  3C3U A;  1PII A;  4KW2 A;  3UQI A;  3G22 A;  2JKP A;  4B4F A;  1J12 A;  1XV8 A;  1E6S M;  1B54 A;  2QDH A;  4O1C A;  3N6H A;  1DE5 A;  4W87 A;  2QZR A;  1PZ3 A;  3L4U A;  4GCX A;  3GS6 A;  5I3F A;  3UQA A;  3GU2 A;  1S2A A;  1GG1 A;  3WF3 A;  4W93 A;  3VII A;  3ZYZ A;  1EGV A;  5IDI A;  1G4T A;  3IJQ A;  2DY3 A;  4PMQ A;  4BEQ A;  4LVB A;  1VFS A;  4MZ1 A;  1FFR A;  1JCJ A;  3W73 A;  2BVW A;  3B8V A;  3CIV A;  2VEK A;  5C54 A;  2VT0 A;  3BZG A;  2Y63 A;  1OIF A;  4PMZ A;  3EBV A;  1KR0 A;  1YXD A;  3S0C A;  1GVS A;  3MY9 A;  1JCN A;  4A29 A;  4D8Z A;  4C7F A;  3MCO A;  1IR1 A;  3L5L A;  1DQU A;  5CKS A;  4HZ7 A;  4MPK A;  4GIV A;  2VJX A;  4A8N A;  1ODU A;  3O8A A;  3F4V A;  1OZM A;  1FWT A;  3EA1 A;  3GY1 A;  1A3X A;  2VD8 A;  4GZI A;  3FYY A;  1B9Z A;  2XUC A;  2BHY A;  3C5Q A;  3XIM A;  3K30 A;  2IKH A;  1E3X A;  3W76 A;  2A4A A;  3UG3 A;  3W2N A;  5GJM A;  1QML A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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