4I7W | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	294
structure length	293
Chain Sequence	MFKGSIPALITPFTDNGAVDEQAFAAHVEWQIAEGSNGLVPVGTTGESPTLSHDEHKRVVELCIEVAAKRVPVIAGAGSNNTDEAIELALHAQDAGADALLVVTPYYNKPTQKGLFAHFSAVAEAVKLPIVIYNIPPRSVVDMSPETMGALVKAHKNIVGVDATGKLDRVSEQRISCGKDFIQLSGEDSTALGFNAHGGVGCISVSANVAPRLCSEFQAAMLAGDYAKALEYQDRLMPLHRAIFMEPGVCGTKYALSKTRGCNRKVRSPLMSTLEPATEAAIDAALKHAGLMN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
publication title	Structure, function and allostery of the bona fide DHDPS from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens rcsb
source organism	Agrobacterium sp.
total genus	116
structure length	293
sequence length	294
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2012-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4i7wA00

4UFIA 3DKLA 2R91A 1KM0A 2JKAA 2QUTA 3W2KA 3HG4A 4M5PA 2WJZA 1I4NA 2CZ5A 3BLIA 1EB3A 1A5SA 3SFKA 3G24A 3SZ8A 4HNTA 1WBJA 4S2BA 3FJ6A 3IVSA 2DZVA 4O17A 4ORMA 1F6PA 1VLIA 3TQKA 3QM3A 1W3NA 1XCFA 4FHAA 4IXHA 2IQTA 1V5XA 4L4MA 1P0KA 3I65A 1Z44A 5D2YA 3W7CA 4MFDA 3M5ZA 3P82A 5FEZA 2RKXA 4ZQMA 4LVFA 4NJJA 2VFIA 4FNTA 3NQFA 3EKLA 2DU2A 3PBYA 1OYAA 1QPOA 3LCHA 1UB3A 2DORA 1TO3A 4IPIA 1H7WA 3PG9A 1HTIA 3U8GA 3TIMA 2YPIA 1JUBA 4Z1DA 1WX0A 1O94A 1AL8A 1QDSA 1N8FA 3LHYA 3CEPA 3ABQA 1S3HA 2ZRXA 5U7SA 1RD5A 1H50A 3TE9A 3RLUA 3I68A 4UTLA 1XBZA 5AN7A 4ADSA 3PC0A 1LZOA 4KFOA 1CI1A 3N3MA 4PCFA 3HGRA 1W31A 4Y8FA 1TRIA 2PRMA 5E0KA 1XI3A 1PCWA 4LS2A 5A5WA 4JN6A 4MPQA 5DXXA 4CCDA 1BWLA 3QFEA 2ZA3A 4ICNA 3ATZA 1FCVA 3GDRA 1WDWA 1LBLA 3NO5A 2YZRA 5I3FA 4AHPA 4QITA 1C9DA 3C0JA 3KHJA 1DKWA 2E5CA 3MI3A 1JVNA 1VYRA 2EGZA 4MKNA 1JCJA 4K6AA 3E02A 4UC5A 5BNKA 3M6YA 4IMGA 3BPWA 4K39A 2E6FA 5CPLA 2GJLA 2I14A 3W7RA 4O12A 1ZAIA 3GR7A 3W75A 3PSWA 4FX8A 5HULA 4S1FA 1LDCA 1SZFA 3TXVA 4I7VA 3QMSA 3ZS4A 1YTDA 4UR8A 4XTIA 3MBFA 2P1FA 1O5KA 3M9YA 2Q3OA 3JS3A 1OX4A 2BSLA 3OVRA 1U5JA 1PHWA 3HGSA 3QSRA 3USBA 4BI6A 1SZNA 2BZNA 3S1UA 2ZZ3A 4X9SA 4EVZA 4N6FA 1ME9A 3MI6A 4O50A 1JUKA 3G3MA 2HS6A 4PA8A 5G2WA 4FO4A 4I9AA 5D2TA 3DH7A 1Q3NA 1GJPA 4ZQOA 2QCGA 3DGRA 3CIWA 2NUYA 4N02A 1THFD 4MLJA 1TTIA 1J4EA 2A0NA 2AAMA 4GUIA 4O0KA 4GUHA 3GDKA 1F2JA 2GJNA 3B06A 4N9CA 3GXPA 3L0GA 2X2GA 4M7SA 2YW3A 4UFHA 3HBLA 3NXFA 4WD0A 5ABTA 1V7YA 1ZHAA 4OE7A 3WJYA 3R13A 5D2WA 3BGGA 1VYPX 1SZGA 5G4EA 3LLDA 3O07A 4LOCA 3LRMA 3NQCA 2WSRA 4CCCA 4I7UA 1VC4A 3W7PA 2V2DA 3BG9A 1TV8A 4LV9A 5AHMA 3M5YA 4RXGA 1OK4A 3EWWA 1H60A 3SJ3A 3QEZA 4BWLA 5FF7A 1QPQA 1YADA 1ICPA 3LHWA 5EY5A 4LVBA 4NXKA 5D02A 4TMBA 2YCEA 4NJGA 2I1OA 3N9RA 3DAQA 1W0MA 5D32A 5KSWA 4O53A 3L5LA 2HSAA 3WK2A 3PBUA 4GXMA 1LTDA 4Y6GA 3STCA 5AHNA 4RZ6A 1DL3A 1A5CA 1OYBA 1W54A 4KWVA 3GX9A 3SGZA 4GE8A 3STEA 4FX6M 4O14A 2B7PA 1RVGA 3SI9A 5LNVA 2B4GA 5DXYA 4R34A 2RDWA 2C15A 2NX3A 5HNRA 3TDFA 4JTGA 5F2MA 4ADUA 1OX5A 4M6QA 3QPYA 3G3DA 4UMBA 2NX9A 1FWRA 3EX6A 3S42A 4AH7A 2TRSA 3INPA 3LERA 5K4ZA 5HUPA 3E9AA 4LTSA 4UUIA 4R53A 3QQ0A 4ZZ9A 3B03A 2QCDB 3TQVA 1H7OA 3A23A 2E77A 2Y63A 1JJKA 1W56A 4JTEA 3UXDA 4ZQPA 2C1HA 1M7OA 1Q6OA 2Y7FA 1R2RA 2WQPA 4NNBA 5DBUA 4NJIA 2QDHA 3L21A 2V0TA 3W84A 2J9YA 3TU9A 1GVQA 2PC4A 4H4IA 3RFAA 4YCOA 1HO4A 1M7PA 2YXGA 4DF2A 2E09A 3PVFA 1IXOA 3BO9A 1JQXA 1JUEA 2ZA2A 4R33A 5EMUA 3KOFA 3O63A 4E38A 1EIXA 2X1RA 2FTPA 3BVJA 3TR2A 4UTUA 4XUGA 4YCPA 3S8HA 1BTMA 3WK1A 5D38A 5BMXA 5HR7A 1TPH1 2CFFA 5HQEA 2G5WA 1GTHA 3VKJA 3UPBA 4OU1A 3QSTA 1YXCA 4M19A 3IGUA 1AG1O 4OGZA 1W3IA 3CB8A 3IIVA 1JRBA 2X1TA 2ZZ2A 5DBTA 3AJXA 1GTEA 3LI1A 3P67A 3FLUA 3G1YA 4XTDA 4Z0JA 3RU6A 1JQVA 1KTNA 5CG7A 5FESA 1FWNA 1QPNA 3W2LA 2FPYA 3PG8A 1JCXA 3IV3A 4FX7A 1L6WA 2A5HA 3CQ0A 4OV9A 2HTMA 3TC6A 3HMJG 4ZQRA 3ZWSA 1MSSA 4KFNA 1TV5A 1XXXA 1L6SA 1OFDA 4QNEA 4OQVA 4GWEA 3BV4A 3GXNA 1KLYA 3PWAA 1JCMP 5HWJA 2Y7EA 4M6VA 4MOZA 2ZZ6A 1WYIA 3C56A 3QPZA 1GQNA 3BARA 3H54A 4O52A 1WXJA 3WJXA 2PURA 1KM1A 1NSJA 1TMHA 5AYYA 2G97A 4JX6A 1ONRA 3TQ0A 3W72A 3EWZA 2W79A 3WK0A 5H91A 5HMSA 3GLCA 1X8FA 3O6YX 4Y9AA 2NWRA 5BOOA 5I3HA 4IQLA 2ABBA 1LORA 4DO6A 3LOTA 3IRDA 2J9XA 1A53A 3NPXA 1YDOA 2RHGA 5L6UA 4GFSA 4BR1A 4CQ9A 4RX0A 4EF8A 4Y90A 1LLWA 2TSYA 4JYFA 1W5QA 5HINA 1HFBA 2A85A 4XBKA 2W6RA 3GNDA 4JY8A 4LNYA 2JKPA 1RZMA 4N9DA 2OX1A 5BW6A 3FA5A 1SUXA 2QCFA 3LTSA 4FIRA 3WFAA 3DU0A 4MYAA 3DHFA 3H53A 4XKYA 2OZ0A 3MO7A 3KVKA 3P61A 1VQTA 2B7QA 5J5RA 1TPEA 3VE7A 2WNNA 1LBMA 1FDZA 1W5OA 3TA6A 2DZUA 1WA3A 2CLEA 1RQEA 4JTIA 2ZZ7A 1KFLA 1ZCOA 3MHFA 1GG1A 2DZWA 4W9TA 3UPWA 5DN1A 3N14A 4FF7A 4JNMA 1O5XA 4BFAA 1K8YA 2WKJA 4JR5A 1AMKA 4NJKA 4AWSA 3CWOX 1UCWA 3W1MA 4O4VA 1Y0EA 4JIQA 3R12A 3DKJA 1R47A 5HWNA 1OFOA 2G96A 4GRSA 5KITA 1G4PA 1GYNA 1K7EA 2Q8ZA 3DZ1A 1SSDA 1DOSA 4MFEA 2YGYA 5D30A 2VC6A 4KFPA 3I7QA 2OCZA 5I3GA 3FEMA 3TSMA 3A22A 4UTHA 4ZQCA 4PC8A 1PS9A 2WNZA 2X1SA 3DI0A 4O15A 5D2VA 4AB4A 4JYEA 3GVGA 2YDAA 1UJPA 5F4WA 4LW7A 3PB2A 4TIMA 4HN4A 3JR2A 3N34A 2Z2UA 1SPQA 2QCEA 3ZWTA 5F2GA 5C5YA 1AL7A 3C4UA 2Y62A 3CHVA 4UTTC 1KFCA 2R8WA 2QKFA 3PSVA 2H3BA 2Y85A 3GB6A 2J24A 3BK0A 1N55A 3TSBA 3G1DA 2KZHA 5FF0A 4NT0A 3DFNA 1F74A 5HR6A 2J88A 4FNPA 4HNVA 3L5MA 3NA8A 2C3ZA 4HSOA 4BI7A 2RDUA 4O13A 4O10A 2PRHA 4Z1AA 3LX9A 1XUUA 3PF3A 1QMLA 1I2RA 4MZ8A 3MP5A 1QO2A 1ZFJA 3T55A 1FY6A 3TNOA 1MO0A 1SO3A 4HIBA 1KFKA 4UMAA 3L66A 1FX6A 3S5ZA 3W2JA 3G0SA 3RK8A 4M6PA 2RDTA 3KRSA 3GAYA 1XL9A 3F1QA 3CM4A 5T26A 3ANYA 1OABA 2PCQA 2ATSA 2J6XA 3FKKA 4Z1BA 1MXSA 3BG5A 3N2MA 4IPJA 4K36A 4DPQA 3U2OA 2A6NA 5U4NA 5FF4A 1F73A 1OX4B 4TMCA 1HUVA 3LGEA 4FIQA 3ZFHA 3LDVA 4TR9A 1FBAA 1SO6A 1OF6A 1G6CA 2VOMA 3BW4A 1VZWA 3F03K 4NX5A 4Z08A 2ZZ1A 3NL6A 1H7RA 2Y70A 3TXZA 4OBTA 1EUNA 2C19A 4HKPA 3G0XA 1FQ0A 3G1SA 4CNOA 2HS8A 4JTHA 2BX7A 5LKYA 1VRDA 1IXPA 4LVGA 3ABSA 4MY8A 2DJLA 3NR0A 4CNNA 2B7NA 2WSQA 1B9BA 1ICQA 5KZDA 3N9SA 1E51A 2A6LA 3RLVA 3MMTA 3K30A 1XM3A 2ZA1A 3LV5A 4JTTA 1W1ZA 1OJXA 3F4WA 3TW6A 3LCGA 1H51A 5TIMA 1DJNA 5LNRA 1DV7A 3GXTA 2VEPA 4GUGA 1ME7A 1Q6RA 1X1ZA 4N2YA 4WY0A 2NUXA 1GPWA 5D33A 2RH9A 3W74A 1KM2A 4O54A 3GKFA 4GUFA 4IUOA 5EPDA 1YXYA 2P10A 1YYAA 1AW2A 3W83A 2YFOA 2V9DA 1EP3A 4JTFA 2GVJA 4JGDA 4PEKA 2VELA 1JCNA 4YMZA 2NXIA 2QUUA 1LOLA 5AC8A 4ADTA 3N73A 1F5ZA 3SR7A 1DVJA 3PUDA 3UQNA 4UTJA 2Z6IA 2JGQA 2XN2A 3EWXA 3ELFA 1GVOA 4AWTA 2ALDA 2YFNA 4DXVA 3L0NA 4BF9A 5CKSA 4HPXA 5F2LA 3S5NA 2CZFA 1YDNA 1SW7A 2CWNA 3CWNA 1G4SA 3W1TA 3VNDA 3P5YA 3OIXA 3B04A 1XBYA 1PHQA 4FXSA 1VCFA 4X2RA 4UFKA 4YXGA 3KXQA 4GNJA 3W7OA 3LHVA 3S1XA 3T44A 4X22A 4CNPA 3NNTA 3LBMA 4LVDA 4IX0A 3KVJA 1TTPA 3O6CA 1JULA 5SWUA 4EF9A 4RXFA 4IMEA 4C1KA 3NPUA 3IVTA 1VCVA 2EF9A 2NV2A 3R5EA 3OA3A 2FPTA 4IMFA 4B5NA 2VXNA 5D03A 1TPUA 4AHQA 2QEZA 1OYCA 3UD6A 3W3OA 1GVFA 2QCMA 1QNVA 1KBIA 3LCWA 2QAPA 3DXIA 5IM51 3O06A 3NM1A 4NZJA 4EIVA 4YWIA 5E93A 5D09A 4PTNA 3MJYA 3QMTA 1H7XA 1GG0A 4NNAA 5G5IA 3G18A 4JTUA 5AC6A 6TIMA 4MY1A 2PRLA 4QM1A 1TTJA 2E1DA 4I7WA 3NQEA 3LHTA 3UWZA 1NF7A 3EXSA 1QWGA 3RMJA 3AO0A 3UWWA 3TX9A 1F6KA 2OMAA 5LZLA 1KFBA 2QJGA 3W2NA 3W87A 3NOEA 3C3NA 1TPDA 1NEYA 1LM1A 4DBEA 3S0CA 4UIOA 2Z6JA 1ME8A 2JKEA 3VCRA 4RKAA 2ZTKA 1SO4A 3BW3A 4JIPA 2A1YA 3MW7A 4EWND 4MZ1A 3C2OA 1FXPA 2CZDA 1IIHA 1I2NA 3L5AA 5LNUA 3OBKA 3N19B 4HPJA 4HSNA 3NZ1A 4UTTA 4MJZA 4DF1A 3LRLA 3NQAA 3S9YA 1MEIA 1WOAA 1KFJA 3W76A 3LTPA 1IGSA 1X1OA 1W5PA 2QJHA 3DFOA 4MIMA 3OVPA 3DFSA 4JTLA 3ABOA 1OFAA 4HNUA 4RR4A 5FEWA 4O11A 4DF0A 3WJSA 1LROA 1JCYA 3H55A 3MP4A 4C1LA 2CZEA 2QF7A 1UUOA 3DFQA 5G1YA 2ZQ0A 3EWUA 3STFA 4AXKA 2A2IA 2DZTA 1XFBA 2WV8A 3BLFA 1BWKA 4K37A 3DFPA 4O0ZA 2FB2A 3KFTA 1Z42A 4IX2A 2V2CA 3HPXA 3B8DA 3LHUA 1S5TA 2C6QA 4TX9A 4AF0A 3KRZA 3OEXA 2C14A 1XC4A 2NXHA 4Z0SA 5D2XA 2QUVA 3W22A 1EP2A 1TYGA 3MYPA 1PCKA 4K8HA 1VHCA 4NJHA 1KM4A 4N4QA 3CEUA 3HG3A 5C6MA 1X7FA 3N2XA 5FEXA 4QQ3A 4UTIA 5EA9A 3UXAA 1K02A 4RJEA 5EBUA 2JGYA 2ISVA 4IOTA 1KA9F 2GVLA 2R14A 1W5NA 2GPTA 3G1XA 4ORIA 1KTCA 1LYXA 2C0AA 3EEGA 1O60A 2DZPA 1K8XA 4XKYB 3LCIA 1K03A 2QCCA 4MVAA 5FI8A 4JICA 1H63A 4FNSA 5FF3A 4UTWA 3O05A 3V75A 4NUWA 4UFMA 1VCGA 1RV8A 1K3UA 4DO5A 2H90A 4LWWA 1KM3A 3GZ3A 3O15A 2E6YA 1TPWA 1GEQA 3NQDA 4IMCA 1NF0A 5K9CA 1ALDA 3NQGA 3NVTA 4JD4A 4OHQA 3C2FA 1S5WA 2V5BA 2FPVA 2VFEA 3G22A 3B0VC 3TMQA 3M7WA 2FFCA 4XZ9A 3UWVA 4LRTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4I7WA

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