5C54A

Crystal structure of a novel n-acetylneuraminic acid lyase from corynebacterium glutamicum
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
310
structure length
310
Chain Sequence
SATFTGVIPPVMTPLHADGSVDVESLRKLVDHLINGGVDGLFALGSSGEAAFLTRAQRKLALTTIIEHTAGRVPVTAGVIETTTARVIELVEDALEAGAEGLVATAPFYTRTHDVEIEEHFRKIHAAAPELPLFAYNIPVSVHSNLNPVMLLTLAKDGVLAGTKDSSGNDGAIRSLIEARDDAGLTEQFKILTGSETTVDFAYLAGADGVVPGLGNVDPAAYAALAKLCLDGKWAEAAALQKRINHLFHIVFVGDTSHMSGSSAGLGGFKTALAHLGIIESNAMAVPHQSLSDEETARIHAIVDEFLYTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase
publication title Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from Corynebacterium glutamicum
rcsb
source organism Corynebacterium glutamicum atcc 13032
total genus 118
structure length 310
sequence length 310
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2015-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5c54A00
4JTGA 2YFOA 8TIMA 4A2RA 1T8XA 2EHHA 2YCEA 3FS2A 4RLIA 1WBHA 3CC1A 1GWJA 2HTMA 3FJ6A 1ZCOA 3R89A 5G2WA 4WZHA 4K38A 4JTSA 5AHIA 2C14A 4JTUA 2VKZG 5CPLA 3DZ1A 4FNTA 3A5VA 2ZTKA 3DHDA 4FXSA 5CZJA 4ZQMA 2QJGA 3QYQA 2Y7GA 1VQTA 5AN7A 2KZHA 3TJXA 3G1AA 4A21A 4CNNA 1LP6A 1FXQA 3DHFA 4TMBA 3S1VA 3ZWTA 1ZY9A 4O11A 3UYCA 3JS3A 4FNUA 3KAOA 4AWUA 3LCWA 3LRLA 5G5IA 2DZVA 1B4EA 3WK1A 3R2GA 4S2BA 1Z41A 5D2XA 2JKAA 1X7FA 3TQVA 5AHLA 1TTQA 2V82A 1QO5A 1YTDA 2NWSA 3NVTA 3A9IA 4AHQA 3W2KA 4ZQOA 2ZYFA 1MO0A 3PG8A 2PE4A 2P0OA 4R34A 4Y8FA 1W37A 4GUHA 5EPDA 4HT3A 1KFKA 3M7WA 4O14A 3SZ8A 3GDLA 2FPYA 3SFKA 4MFDA 5AC7A 4FHAA 3UD6A 4UTMA 4MVAA 2H8ZA 1H7WA 4FNQA 3EX3A 3MBFA 4N9BA 3FLUA 2XN1A 1SO4A 3F4WA 4M7TA 4RR4A 3U6WA 2Y85A 3S1WA 3B4UA 1THFD 4UTWA 5I3JA 4LVBA 5D32A 3UXAA 3E49A 3S1XA 2OJPA 3PBUA 2C18A 4Q33A 3N14A 4DQWA 2E5BA 3GDRA 3MO7A 3UWYA 3LM7A 3OVQA 5DY2A 3GR7A 3NPXA 4RK8A 4FNRA 3W7RA 3SIZA 5K9DA 5D04C 4MIMA 1H61A 3CTLA 3TDFA 2FPTA 4JYFA 3BLIA 2CLMA 4O28A 3W86A 4CLMA 4WD0A 1ZHAA 3NO5A 4IMCA 4GUIA 1XDMA 3W07A 3W7OA 5U7SA 2ZRUA 1VYRA 1Q6LA 3QMTA 1SSDA 3GR8A 2ZZ6A 2YX0A 4LT9A 1RQEA 1XBVA 4A29A 1GQNA 4JGDA 3QRHA 4B5NA 1DOSA 2GVLA 2C3ZA 3R12A 3G1HA 3L67A 2G97A 3A5FA 1H7RA 4MYXA 3CWOX 4O15A 1H1ZA 5T26A 3EKZA 3MP4A 4IPIA 2NXHA 4W9TA 5LHEA 2WSRA 3HOJA 1I4NA 1TTPA 3N34A 4FO4A 3DAQA 2QCFA 5D30A 3N19B 1JUKA 4JTKA 3O06A 3OIXA 1JUBA 7TIMA 1PV8A 4KFOA 3B0VC 2H8XA 1W54A 3KRZA 1AG1O 1KTBA 2VFIA 4GFSA 4RCXA 3S5YA 4DEFA 3UNDA 1VJIA 1TPB1 3E0IA 3CM4A 4S2CA 3KX6A 1TJPA 4AAJA 1K8YA 1W5QA 4FX6M 1WAUA 3OVRA 3C2OA 3HPZA 3BW4A 5EBUA 4AF0B 2ZQ0A 1XUZA 3C52A 4GWEA 4NJGA 5DXYA 3BW2A 3C2EA 2E5CA 5HWMA 3PG9A 5LSMA 3GXTA 2RDTA 1WYIA 4O13A 2TYSA 3TC7A 3G3DA 1QAPA 3TR2A 1DBTA 3P84A 2C6QA 3ATYA 4J9JA 2GQAA 3UPWA 3GB6A 3LTPA 2XN2A 4UFIA 4ICNA 3NAVA 3QMSA 2GQ9A 3NPUA 4GC4A 4N6EA 1KFJA 4MUZA 4LS0A 2NX1A 4IQLA 4UTLA 4Q4KA 5D33A 1A5SA 4MYAA 1IXOA 1X1ZA 4DO5A 1JCXA 1LRTA 3OVPA 1B57A 2P10A 4GUJA 4A3UA 1XFBA 2A85A 1GVFA 2YSWA 3HGJA 5D2VA 1E51A 3G8EA 1B9BA 4N9EA 3LCXA 1JULA 4PTNA 1D3HA 3L21A 1LORA 3NQ8A 1YPFA 3FOKA 1OFQA 1QPRA 1Q6QA 4XKYA 3W7JA 3NQCA 3Q37A 4UTJA 3NA8A 4CNPA 4EF8A 1AW2A 1WOAA 5FF2A 2CLEA 4Z1CA 2F84A 1DQWA 3PBYA 3LLFA 5U4NA 3QW4B 3TSBA 3NDOA 2ZRWA 4UNLA 5KSWA 2R91A 2Y6ZA 3EXSA 1H7XA 2Z6IA 3QQ1A 4GUFA 1SR9A 5D2YA 2GJLA 3AO0A 1NSJA 2Q8ZA 3DXIA 5BRBA 1H50A 3NPWA 1OYAA 1JCYA 3FEMA 4HPJA 1SPQA 3F03K 3W88A 3MBDA 3P60A 3UWWA 1BEUA 3W1XA 3W7PA 5LKYA 1TPC1 3T44A 1PE1A 2G5WA 4OQVA 1YDOA 5K2ZA 2Y70A 1LCOA 1XKYA 2Q3OA 3PBWA 4FF7A 1OF8A 3PSWA 1QOPA 2V9DA 3I7RA 1QR7A 5LNSA 2RHGA 2CLIA 4IMFA 4IXXA 4YCOA 2PRLA 2WO5A 3GKAA 4LC6A 3HG3A 3O6DA 3TCEA 4I7VA 1ALDA 2AAMA 3WK3A 3T7VA 4YWIA 4M7SA 2V0TA 1EPXA 1GVRA 4CCCA 5LNUA 1BWLA 3IIVA 2E5DA 4IMGA 2GOUA 2ZA3A 4UUIA 2V5LA 1S5WA 3G1FA 2OT1A 3BO9A 3DH7A 2NZLA 3QF0A 2ZA2A 2A7RA 1WQ5A 2ZRZA 1AK5A 2OCZA 3USBA 3W74A 2RDUA 5H2ZA 2QCDB 1DJNA 5IM51 3M5ZA 3PUDA 3DU0A 3GX9A 4RX0A 3W3OA 3P61A 4JIQA 1JJKA 3GXNA 2QR6A 3C2FA 3TK7A 4AB4A 2WNQA 2NX3A 1RD5A 3W76A 3U2OA 5AYXA 4CQ9A 3S5NA 2J9ZA 2CLFA 1PCWA 3C6CA 2NX9A 1ONRA 2FPVA 1EEPA 3NM1A 4JTTA 4O57A 3MI2A 1LDCA 3O16A 3HBLA 4KFNA 4UTTA 3EWXA 4DBEA 2AGKA 3M5VA 4GNJA 1EP1A 3IIZA 3LCFA 1IXQA 2B7NA 2Y88A 3V75A 4PL2A 2GJNA 4QAIA 5FEXA 4EWND 3GKFA 3E02A 2J27A 4XTDA 3QJAA 4HNNA 4DBDA 3LERA 1G4PA 4LRSA 5F1UA 1YXYA 3LHVA 1F6PA 3GYEA 4KFPA 1NEYA 4ORMA 2PCQA 3NNTA 3IIOA 1YTKA 1W56A 3DFTA 4NXKA 3TROA 4PCFA 4O18A 3UPBA 3LCIA 4FX7A 3LX9A 1H62A 3W7MA 3G0SA 1RQHA 2P1FA 3BGGA 1W0MA 3EWBX 4Z1AA 5I3KA 3BG5A 2NV1A 3K30A 5AOUA 3TUUA 3I7SA 1LM1A 3P7YA 4CCEA 1VH7A 1T96A 1OFEA 3HGRA 3LBCA 2YW4A 4H4IA 3IGSA 2CZFA 4WY0F 2CU0A 3ZFHA 2EGZA 4KWWA 4ORIA 3TSMA 3W7CA 3UWZA 1I2QA 2V8ZA 4DPPA 4UFLA 2WNNA 3PVFA 1AW5A 4LV4A 1FCQA 4U4MA 3BG3A 1TTJA 2QCEA 1H7PA 2BWGA 3RLVA 4CQAA 1KM2A 4L4MA 4JXCA 3M6YA 3HG4A 3UWUA 3LHYA 3YPIA 2FLIA 3QSTA 1VCVA 1G4TA 4LVDA 1TYGA 3W84A 1VPXA 4ADUA 4K7YA 1X8FA 4OHQA 1AMKA 1UJPA 1XC4A 2GVGA 3TC6A 3L0NA 2V81A 3W1TA 1YXCA 4MZ8A 4FB7A 4N4PA 3A24A 5LNWA 1KBIA 3GAYA 3LTYA 3O63A 4IWWA 2ATMA 2F7FA 3EX4A 1TB3A 4IPJA 1O95A 1G7UA 1PHQA 3Q2DA 2ATSA 5EYWA 5FESA 2FIQA 3MW7A 4DELA 1OFOA 1TMHA 3GAKA 4AHOA 4DXVA 2PRMA 4LUJA 4OWGA 1EX5A 1FDZA 1SO6A 4GXMA 5EA9A 2H3BA 5DBTA 5A5WA 1IXPA 1SW7A 2QDHA 1FDYA 2OMAA 1H7OA 4K36A 3FKKA 2TRSA 1VRDA 5AHEA 3NEVA 4UTKA 3CT7A 3G1YA 1DL3A 1IF2A 3HPXA 2GQ8A 2EKCA 1OG0A 2NV2A 3N2XA 4MKNA 4NVTA 5C2XA 2V2DA 2Y89A 2YYUA 5E93A 3H54A 4NJKA 3D0CA 5AHMA 1KFLA 1L6YA 1OJXA 2CZDA 4LS2A 3ATZA 3LOTA 3SSJA 3LRMA 4UR8A 1LLZA 2Y62A 3GVGA 5C6MA 3SECA 1MEIA 3RNDA 3G0UA 3UZ5A 3TFCA 1M7OA 1H5YA 1P0KA 4HKPA 2RKXA 2JKPA 1WXJA 4O50A 5F4WA 5CG7A 1HTIA 2D73A 1Q6OA 2DZTA 4MY1A 1V5XA 1C8VA 3QPZA 2Y7EA 1EUAA 4UNKA 3LXBA 3TA6A 1RPXA 4TU1A 1GZGA 3UQNA 2VXNA 3L5MA 5G4WA 4O54A 5AB3A 4OV4A 1OX4B 1GVOA 3IVTA 1FUYA 1VYPX 3RK8A 4UFJA 3LRKA 2DZWA 3KHJA 2FFCA 1JR1A 3L65A 1SZFA 2Y63A 1TV8A 2C13A 1GT8A 4Y9AA 3HQ1A 4D2JA 1K8ZA 3NQ7A 1ZAHA 1YXDA 5BW6A 3PM6A 3P80A 4LUIA 3NZRA 4MFEA 1PIIA 1SFLA 3S6DA 1KLYA 1ICQA 1JRBA 1TPUA 4YLWA 3FIGA 3W7NA 5EKYA 1KM6A 1ZAIA 3W7EA 1M7PA 4H3DA 2E6YA 1J4EA 3W6YA 3INPA 4NNAA 1R30A 3EWYA 1D9EA 3MI6A 3CLMA 5MHBA 3G1XA 3IVUA 3W87A 2CZEA 4DF2A 1OHLA 3CQ0A 1U5JA 1TPH1 2DORA 3I7QA 3QC3A 4GRSA 4O52A 5KZDA 3CIWA 1TREA 1RV8A 4K8EA 3GZ3A 2ABBA 1ICSA 1YDNA 2R14A 5ABTA 1H7NA 1H1YA 1TV7A 2QJHA 4AWSA 1L6WA 2A7NA 3BARA 1TO3A 2NUYA 1QPQA 4WUIA 2ZZ4A 3EX1A 3W7IA 5LHFA 1H63A 1I2PA 1N7KA 4MY9A 2E6FA 1TPFA 2J24A 3NYZA 2C1HA 1XBXA 3FA5A 2X1SA 5CZSA 6ALDA 3TAKA 2X1TA 3NR0A 2FJKA 1GYLA 3C3NA 3W2NA 3RMJA 3W7KA 2PRHA 3LDVA 1K03A 4OU1A 3QM3A 4QIUA 2ZZ1A 2WQPA 4UFMA 2J9XA 2OZ0A 1VHCA 2QCMA 1VLIA 4ZZ9A 3WJYA 3QSRA 3KOFA 5FF7A 5I3HA 2PC4A 2QCGA 4JDYA 4A2SA 4E38A 3MUXA 3TKFA 1DKWA 5D2TA 4O17A 2BLEA 3W2MA 1WOBA 1W31A 4WJEA 4AXKA 4BFAA 3GDKA 4Y90A 1SW3A 4BI6A 2PURA 2DZPA 1W5PA 3R8RA 4XQ6A 2H90A 5IBXC 1ADOA 3W70A 4UTTC 4WQ6A 2B7QA 3BG9A 2ZRYA 2QEZA 5DELA 1M5WA 5CKSA 4JY8A 3P8JA 3TSDA 4RZ6A 4M6QA 4AEOA 4GJ1A 1AL8A 1EWEA 1FWTA 3KVLA 2VC6A 4ZMGA 2GUUA 1W5NA 1NAL1 3IIPA 4N6FA 3TW7A 3W83A 4NT0A 4Z1BA 3W1UA 3FKRA 3NZ1A 1H60A 4WXYA 5BNKA 3B0UX 3I65A 3QH2A 1AL7A 3RFAA 1KV5A 5HJLA 1QPNA 5C5YA 4IGHA 1F6KA 3STCA 3LV6A 3BLFA 3TH6A 1SUXA 1HFBA 3WJXA 2DU2A 1L2UA 1OVDA 3DFOA 4BWLC 4FIRA 2ZDRA 3IRDA 5D09A 4NZJA 3OEXA 3O1NA 1KM3A 4HNVA 1FDJA 2TMDA 4WY0A 3G1SA 4JTJA 3STEA 1DHPA 1XM3A 1RVGA 4JX4A 1R2RA 4NNBA 2ZZ3A 1MSSA 3W1NA 1DJQA 4TR9A 3VNDA 2H3DA 3M5YA 3W75A 4ZQPA 4E2DA 1SZEA 2X1RA 3NOEA 3TFXA 2VEMA 2JK2A 4G1KA 3B0PA 1ZALA 4GE8A 3DFNA 3CIXA 3W1MA 4NJIA 1B4KA 1ME8A 3R5EA 3HG2A 4XZ9A 3PBVA 3GLCA 3L68A 5EL1A 3UY8A 4M5PA 5D05A 1LOSA 3EKLA 4MPQA 1D3GA 3L0KA 4Q32A 3EB2A 1EP3A 1LROA 4HSOA 1QWGA 4QITA 1VGAA 1SU5A 1FBAA 5L6UA 1GEQA 2J88A 1RR2A 4HNTA 1XL9A 1O60A 1SW0A 4I7WA 4N02A 5TIMA 2C16A 3PAJA 3CB8A 3MHGA 1P4CA 4K6AA 5D37A 4AWTA 2CZ5A 3HJZA 4N9DA 3CEPA 5K3VA 2ZZ5A 6TIMA 1XI3A 3WK0A 5AC6A 1YTEA 3NL5A 3BVJA 3UZJA 2WSYA 1Q6RA 1I2RA 4PODA 1GG1A 4KWVA 4MY8A 2QKFA 4TX9A 4JX6A 4UIOA 4IUOA 4BR1A 4JD4A 4JICA 4LVAA 2Y61A 2BSLA 3M1ZA 1LZOA 4LWWA 1DQXA 5HUPA 3W85A 4KKXA 5FEZA 3TJLA 2FB2A 1H51A 5I3IA 4FNSA 4UMAA 4UFKA 4DPQA 2V2HA 3TQ0A 2V2CA 1RQBA 4JTIA 1W5MA 5AC8A 5AYYA 2CLOA 3F4NA 4ZQNA 3TXVA 4NXSA 3PY2A 3SI9A 1PL9A 1K8XA 1QPOA 2NUWA 4IMDA 2NWRA 4DO4A 2X1UA 4YMZA 5BMWA 1NFBA 1DVJA 2EAWA 3CHVA 4IMEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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