3QPYA

Crystal structure of a mutant (k57a) of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
276
structure length
250
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDAANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Targeting the role of a key conserved motif for substrate selection and catalysis by 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis
total genus 75
structure length 250
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qpyA00
3NQ7A 1SSGA 4MLJA 1LZOA 3UZJA 2QCGA 1O5XA 3N34A 1AW5A 5AB3A 4FX8A 3VCRA 1OFRA 2ATMA 2R94A 3W7LA 1SZNA 2GJNA 3BARA 3YPIA 3NYZA 1ZHAA 3O63A 1R2RA 1LOLA 2LLEA 1VC4A 4XQ6A 2VOMA 1KLYA 2H3BA 3OBKA 3N2MA 3ABOA 5HINA 4GUJA 2XN0A 5BNKA 3HGSA 3ZWSA 4A2SA 3KXQA 4LVDA 3GVGA 1GG1A 5FEXA 4GBUA 4GJ1A 2C19A 1KV8A 4XTDA 3PY2A 3NO5A 3HGJA 4O14A 1ZAIA 2B4GA 2NX1A 3W75A 1GPWA 5HWNA 1JQXA 4BF9A 4X2RA 4Z1CA 4O19A 1TPUA 2GUUA 1YPIA 3UYCA 3OIXA 4N4QA 5EKYA 3ZFHA 1JCLA 2DZUA 4GC4A 1Q6QA 1QDSA 4NX5A 4C1LA 5F2LA 1TRDA 1KFLA 4R7JA 4AB4A 4UMBA 2NV2A 3NL3A 5CPLA 5AN7A 3UPWA 1JUBA 3ATZA 1L6SA 1SO6A 1OABA 1QOQA 2FPVA 4LTSA 2G97A 1VJIA 4AXKA 4R53A 5DCDA 1SO5A 4ZQMA 3C2EA 4A29A 3O07A 3W1NA 4HNVA 1W5NA 4WJEA 4K38A 5BRBA 2V2DA 5K9CA 2WNNA 3W1UA 4LY8A 4WXZA 4N9EA 1IXOA 5LNSA 4UNLA 1RQEA 2W0UA 3NDOA 3GR7A 4UTWA 4YMZA 2XN2A 4MYXA 4UTLA 3W1QA 3P8JA 1OVDA 2RFGA 4N02A 1GEQA 2P10A 3QPZA 5FF7A 5CZTA 2Q8LA 4ADTA 1KW1A 1YLVA 1KM1A 4OHQA 4HT3A 3T7VA 4UNKA 1OX6A 1Q6OA 3QSRA 1KA9F 4H6KA 1FWRA 1V7YA 3KVJA 1W5QA 3PUOA 1K7EA 5BOOA 5CSRA 4N2YA 4TU1A 2G95A 5BW6A 2DJXA 2ISWA 4TX9A 4NUWA 1VYPX 4Y9AA 1P1XA 4LS0A 4IMFA 4PODA 3IVTA 5D03A 1FBAA 4LT9A 4C1KA 4NJHA 2EHHA 3STFA 1Q3NA 1TV5A 1VLIA 2ISSA 3BLFA 1I2QA 4NNCA 3WK2A 4IMGA 3DU0A 5GVJA 1AL8A 1M7OA 3M1ZA 1R30A 3IIPA 4EWND 3HGRA 3FJLA 4OGZA 3NM1A 2JGYA 3TH6A 2WOQA 2DJLA 4NJKA 4LS1A 1UJPA 4FNPA 3MW7A 4UMCA 3HQ1A 2A7NA 4DQWA 1YTEA 3LERA 2Y88A 3V75A 3W07A 4UMAA 4JIPA 4DPQA 4EOUA 2VC6A 2ZZ1A 3G0XA 3O1NA 2RKXA 1F6KA 3IRDA 4IPIA 1AK5A 4K8EA 1BKSA 1W8SA 4WD0A 4A22A 2QCCA 2YGYA 3M43A 3GX9A 5AC6A 2CLFA 2PRHA 4O28A 4LNYA 5H91A 1LM1A 4Y90A 5EA9A 4UIOA 2FTPA 1S3HA 4I7UA 4EF9A 5HWMA 3L5AA 1PL9A 5CZSA 3PR2A 2QCHA 4FX6M 4MUZA 2ZA2A 3NOEA 3WJZA 1K02A 3A23A 4JTUA 3DH7A 4O16A 3THQA 5TBOA 1PCKA 1JCXA 1O60A 3S42A 1PV8A 3EB2A 3W1AA 4O0ZA 2J9YA 1TPWA 1TPFA 1MO0A 3I7QA 3INPA 1X7FA 4GUHA 1QNVA 3HG2A 1TQJA 3G8RA 1OYBA 5F2GA 2ZYFA 1M6JA 3F4NA 3IVUA 3MHGA 4IXXA 2JGQA 3FLUA 4ONVA 1FDJA 3GNNA 3GR8A 1NAL1 4M7SA 4JTJA 1DQWA 1WOAA 3T78A 5I3IA 3LTSA 3NA8A 3EXTA 5G4WA 1FDYA 4O57A 5DN1A 2H90A 4E2DA 1LCOA 1TJPA 5CPMA 4MPQA 2C14A 3PBVA 4LVBA 3DGRA 3N19B 1HO4A 3EX2A 3W73A 4O50A 2VEPA 2WQPA 1QFEA 3TQKA 2Y61A 4LOCA 5FF2A 4RZ4A 3TAOA 4CNPA 5CG7A 3W72A 1SO4A 1VLWA 3G3DA 2ZBTA 1XUZA 4DF2A 1P4CA 2BTMA 2HS8A 3W7JA 3M9YA 1IGSA 3N14A 1G4SA 3I68A 1UASA 3FKRA 3HPXA 1K8XA 2C15A 1LORA 3HG5A 4ZQRA 1T96A 4PA8A 1VR6A 4CQ9A 3C2RA 2QCDB 1U5JA 3W7EA 2Y7FA 1DQXA 4S2CA 1UB3A 1X1OA 3D0CA 1YADA 3QFEA 5KMYA 3MYOA 2BXVA 4OWGA 4UXDA 5DY3A 2X16A 3NQ2A 3RK8A 1JULA 1J4EA 5A5WA 4AHQA 1FQ0A 4O1AA 2ZZ5A 2A0NA 2E6YA 4YXGA 1JVNA 1F74A 2ZRUA 3VKJA 1YTKA 4RKAA 1CI1A 3G0SA 2PURA 4LWWA 3LB0A 4XTIA 1W5PA 4G1KA 1KTCA 3LCIA 3BGJA 3LLFA 3SJ3A 5F4XA 3NAVA 1WBHA 3TFXA 1V5XA 1LDCA 3EX1A 1LOQA 3WJWA 2WV8A 3LCGA 3MWAA 4NZFA 5I3GA 4NU7A 1FY6A 3GXTA 2NLIA 3LHTA 4O1DA 3FA5A 4QISA 1EP3A 3M6YA 4WUIA 2QKFA 3UQNA 1G6CA 1IXNA 3EX6A 1GT8A 7TIMA 1P0NA 3EX3A 2R14A 3WFAA 3PF3A 4M19A 3NQAA 4AF0A 4NNBA 1BTMA 3IIOA 3NPVA 3I6RA 1JRCA 3G8EA 5F1VA 2J9ZA 3QMRA 3STEA 5LNUA 3NM3A 4NQ1A 4N6FA 2F84A 1GZGA 2ZTJA 3PBYA 3IIXA 4JEQA 4XKYB 2ABBA 5AYXA 3EEGA 3DFNA 4O10A 3B0PA 4E2BA 4MLRA 3LI0A 5I3HA 3LHZA 5K4XA 1LP6A 4BFAA 3R2GA 3IIZA 3DKJA 1EWDA 5F1UA 1Q45A 4Z1AA 3QYQA 3HO8A 5CZ0A 3A5VA 3P61A 1LLWA 2NWRA 3W6YA 4LVGA 2CZFA 3M44A 4IMEA 5E1QA 1JUEA 3MBDA 3BW4A 3WJSA 1VCVA 3QM3A 1L6YA 4FNUA 3GAYA 1VCFA 1GVQA 3E0IA 1OFQA 3M5YA 1PIIA 3B04A 1KTNA 1XC4A 3TUUA 4JGDA 1Q6LA 1TPDA 5FI8A 2BLEA 2BZNA 1VYSX 4X9SA 3GYEA 1EUNA 2WPBA 3TMLA 3TIMA 4QSHA 1IXQA 4CNOA 5EBUA 4MYAA 4K37A 2YW4A 1OJXA 3CPRA 1SW0A 3MI2A 1HL2A 1THFD 1TTJA 2WSYA 1GVSA 3G0UA 3Q2DA 3TMQA 4UFJA 4N9CA 3L5LA 4UUIA 4H3DA 5FF4A 1Z41A 5C5YA 2E1DA 3UPBA 5AOUA 1BWKA 4Z0SA 1WOBA 3N73A 3CHVA 1OYCA 4JN6A 1YXCA 5J5DA 4LVFA 1H7OA 1T0OA 3MMTA 4U4MA 3S5YA 1XDMA 2E6AA 3B0UX 3E9AA 1M5WA 3L67A 1PHWA 4ADUA 1F73A 4XBKA 4Q32A 3ZS4A 8TIMA 1L9WA 3RU6A 3A24A 4JYDA 1UCWA 2DORA 2VFIA 2A7RA 2GVGA 5G1TA 3E12A 2JKPA 3W2KA 3L9CA 3IEBA 4OV9A 3MP3A 3QF0A 3OHIA 1JCYA 4ZQCA 1TQXA 1GTEA 4LV9A 3O16A 4UFKA 2Y63A 4XZ9A 2VEMA 3NPUA 4P61A 3W1TA 1O94A 2QDGA 4JTFA 4FEZA 1SSDA 1T8XA 3DFOA 1TCDA 3UXDA 4Z1DA 4MZ8A 1LBFA 5HULA 5AFDA 4HNTA 4RR4A 4GNJA 5U7SA 4CNNA 3HG3A 3NQ6A 5G5IA 3NG3A 3LBMA 2D73A 2VENA 3P84A 4H4IA 4DBDA 1CX9A 3G1DA 3NVTA 3UWVA 2CU0A 4WY0A 1DVJA 3W2UA 1JR1A 2JBMA 4WY0F 3N2XA 4FHAA 1DOSA 3W76A 3BO9A 3L65A 3MJYA 3A21A 1ZNNA 1VHCA 4KWWA 2EAWA 1I2NA 1X1ZA 3JR2A 3NGJA 1TMHA 4QNWA 4BR1A 1TYGA 1TTIA 2CLOA 4NX0A 1T99A 3DFPA 4DF1A 4LW7A 5D04C 2GQ8A 2YDAA 1HTIA 4O54A 5HUOA 5LHFA 4YL2A 1A5BA 2ZRXA 4DO6A 4YCPA 1KLZA 1H62A 3F03K 3KHJA 4Z1BA 2VELA 1W54A 3E02A 2YFOA 4O0KA 3R8RA 5D38A 3I65A 1E51A 1X6UA 3SECA 3UY7A 1AW1A 2TRSA 2X1TA 2YCEA 1TB3A 2GOUA 3G1AA 4WXYA 2YW3A 1ME8A 1OX4A 4K8HA 1VCGA 1ZALA 2DZWA 3DI1A 3K30A 1F7BA 1SO3A 3P67A 3JRKA 3W71A 2XN1A 3UXAA 3W74A 2V5BA 3ZWTA 1X8FA 1W3NA 3FKKA 3L5MA 4UTTA 4JTKA 2ZRZA 3C56A 3W7DA 3KOFA 3SW6A 2Z0IA 4IGHA 5CGQA 3RMJA 4JTHA 1ML1A 1K7FA 4YLWA 5I3KA 4MFEA 1G4PA 1LOSA 1YDOA 1FCQA 4MZ1A 5TIMA 4FNTA 3LLDA 4JX6A 3RLUA 4NT0A 1GWJA 3PWAA 4TMCA 5D02A 2O7SA 2C16A 4RLIA 4EVZA 1GVOA 4Q4KA 3W23A 3P62A 5K9XA 5AC7A 4ZMGA 2FLIA 2EGZA 5FF0A 2OT0A 5K2ZA 1H5YA 3LCFA 2TYSA 2J9XA 3BPWA 4ZL1A 3TA6A 6TIMA 1XFBA 2ZZ4A 3HOJA 1G67A 5A8GA 1SZGA 2BSLA 3LXCA 4A21A 3IGUA 2V30A 3M5ZA 4N9DA 4RXFA 2VFHA 3LM7A 2DZPA 2J6XA 4UFLA 2OCZA 4M5PA 3TQVA 4Y6GA 2VKZG 1XM3A 1JUKA 3BV4A 3TC7A 1B57A 1JJKA 1ME9A 4AMAA 5D2TA 1I2PA 2H8ZA 3IIVA 1TPH1 2O7QA 3Q58A 5CPNA 2Q3OA 3TNOA 3KFTA 2A6LA 3TQ0A 3DHFA 2X30A 1RPXA 3FS2A 5HNRA 1H7XA 3CIWA 4IX0A 1JCJA 1HUVA 3PUEA 2OMAA 1MSSA 3GXPA 1FXPA 4BI7A 4FXRA 4A3UA 1VHNA 3ABSA 3MO7A 1OF8A 3LDVA 2NXGA 2JK2A 5HJLA 1BEUA 2Y85A 2GVJA 2A5HA 2TSYA 3LTPA 1VRDA 5T26A 1GOXA 1OFEA 4QJ1A 1FCUA 3TKFA 1DL3A 4W9TA 1KBJA 4OU1A 1FWSA 2Y89A 1SU5A 4E0CA 3NQGA 2C0AA 2OT1A 3CQ0A 2Q8ZA 1QCWA 4XUGA 1NFBA 2PRLA 3CTLA 2QEZA 3P81A 3T40A 1MZHA 3M0ZA 2EF9A 3NQ8A 5HUPA 4POCA 2NX3A 4AHPA 4UTMA 3N9RA 4NXSA 1KFBA 1QWGA 4BWLC 1TREA 2DZVA 5LZLA 4QM1A 5KINA 4P2VA 4OE7A 4FF7A 1EWEA 3GDKA 3W7KA 3IGXA 4MY9A 4PCFA 3TSMA 3L2IA 3O6YX 2A1YA 4CCCA 4GWEA 4WZHA 3TE9A 3G24A 4Y8FA 2NXIA 1W1ZA 1IIGA 1VZWA 1QPNA 4MFDA 4IUOA 2Z6IA 2WNQA 3O6DA 2A2IA 1XXXA 3G1FA 3ANYA 4O4WA 1B3OA 3QMTA 3MUXA 3LHUA 4JR5A 3PULA 5LNRA 4CLMA 4B5NA 5LSMA 3FYOA 4IQLA 4JTIA 5DBUA 3L0KA 2FIQA 1NSJA 4R33A 4RK8A 3SIZA 1EP2A 3DXIA 1H7WA 3UD6A 2YR1A 1Q6RA 2A4AA 3WK3A 1NF7A 1I8JA 5EMUA 1ME7A 3TK7A 3CLMA 3TJXA 4UR8A 3EXRA 3BVJA 3TX9A 4K39A 3GDLA 3S1VA 1OK6A 3B8DA 3G22A 1GYLA 5HR6A 3LBCA 4IMDA 3BG3A 3GXNA 4DXVA 2C6QA 1F76A 5DCBA 5K9DA 2FPTA 1Z44A 3EKZA 1K3UA 3TU9A 4OT7A 4AWSA 3BG5A 2QUTA 3THAA 4JTTA 3P80A 1A5CA 3SGUA 3U2OA 4E38A 2QAFA 1R2TA 3N3MA 3TW7A 3LXBA 3GLCA 3OEXA 3SY5A 2QCFA 4LUIA 3UNDA 1TJRA 3LGEA 2G96A 4O4VA 5KZDA 1QO2A 4MY1A 4LC6A 1DJQA 1RQBA 3EWXA 3RNDA 4EIVA 2V8ZA 3NR0A 4JDYA 2RDTA 1OFPA 1S5VA 1H60A 4IX2A 4QNEA 1KBIA 1JCMP 3W7GA 1EIXA 2Y62A 1J5TA 3SI9A 4HIBA 4JY9A 3CWNA 4JTLA 5EL1A 3Q37A 2ZFAA 5KSWA 1ALDA 3HG4A 2B7PA 1KM5A 5LNVA 3ELFA 1O4UA 3NNTA 1ZCOA 4UFMA 1HFBA 2YXGA 4ZZ9A 5I3JA 4NNAA 1LTDA 3U8GA 4O53A 1FXQA 1GQNA 1WX0A 2BWGA 3CU2A 3LHWA 3QMSA 4ADSA 2BX7A 5D2VA 1PCWA 4YWIA 4RXGA 4DO5A 2WSRA 3LX9A 2ZZ6A 1DHPA 3W7NA 5AHLA 2Z2UA 3KRZA 3OVRA 1OHLA 5F2IA 3DBPA 1FCVA 1UUMA 1NVMA 2QDHA 5D2WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SSG A;  1LZO A;  2WM0 A;  3AIQ A;  4R7W A;  1AW5 A;  4FX8 A;  3N4E A;  3VCR A;  4KRZ A;  2EPK X;  2GJN A;  3S6O A;  4D72 A;  2WVT A;  3WH6 A;  3O63 A;  1R2R A;  2DVU A;  3GU2 A;  3V16 A;  5E5C A;  1KLY A;  5CPS A;  4DX3 A;  3UU0 A;  3N2M A;  4IFR A;  5FSE C;  3HGS A;  1PTG A;  5JH2 A;  2WC4 A;  1GG1 A;  1HJX A;  4GJ1 A;  2C19 A;  4UOQ A;  1KV8 A;  3H2C A;  3HGJ A;  3BCD A;  1HQT A;  2B4G A;  3TN6 A;  4H19 A;  1XIE A;  3C0L A;  1GKP A;  1JQX A;  4Z1C A;  3PZM A;  4NZ5 A;  1KNW A;  3TNB A;  2GUU A;  1YPI A;  1ISV A;  3UYC A;  4N4Q A;  1Q85 A;  3ITG A;  5H8P A;  4HP5 A;  1PDZ A;  1R3R A;  2OFJ A;  5BXS A;  1QDS A;  3QY8 A;  4XB3 A;  4V33 A;  5F2L A;  4O0Q A;  4R7J A;  5CQ1 A;  3S9I A;  4UMB A;  3NL3 A;  3UPW A;  3NCO A;  3ATZ A;  1OAB A;  1VJI A;  3G6L A;  3AXH A;  3TVA A;  2DSW A;  3O07 A;  4HNV A;  2R1P A;  4HVX A;  4WJE A;  3FW6 A;  1DJG A;  3BAI A;  2AQO A;  1IXO A;  2I56 A;  1CEO A;  4QJ3 B;  3W1Q A;  3P8J A;  3W81 A;  4DIA A;  1XYM A;  2ZID A;  3IPW A;  4HT3 A;  2O0T A;  4UNK A;  1OX6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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