5AFDA

Native structure of n-acetylneuramininate lyase (sialic acid aldolase) from aliivibrio salmonicida
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MKKLTGLIAAPHTPFDSSSNVNFEEIDKIAKHLINDGVKGIYVCGTTGEGIHCSVEERKAIAERWVSACNHKLDIIVHTGALSIVDTLELTRHADTLDILATSAIGPCFFKPGSVSDLVEYCATIAAAAPSKGFYYYHSGMSGVNLNMEEFLIQADKRIPNLSGLKFNSGDLYEYQRCLRACDGKFDVPFGVDEFLPGALAVGAKSAVGSTYNYAAPHFNSIIEAFNKGDHDAVFNKMTNVIELIRVLVEFGGVAAGKIAMELHDINAGDPRLPLMPLSAEQKLTVVEKMRAANFLKHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title Efficient Production of Sialic Acids at Low Temperature and High Ph: Features and Structure of a Novel Cold Active N-Acetylneuramininate Lyase
rcsb
source organism Aliivibrio salmonicida
total genus 111
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2015-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5afdA00
1XCFA 1RQHA 2HSAA 3TC6A 3A5VA 3FLUA 3LCGA 4JX4A 3IGUA 3WJXA 3TQVA 2ZZ3A 1JCXA 2V30A 1B3OA 3DFPA 4GUIA 2CZ5A 3OG3A 1VZWA 4O57A 4Q4KA 1W5NA 3TDFA 2X1RA 5LNSA 3TJLA 8TIMA 4HPXA 2NUWA 1A5AA 3UPWA 1H61A 1LYXA 1G67A 3W71A 3S6DA 3QPZA 1Q6RA 1NEYA 1GPWA 4MUZA 1JCYA 1QMLA 4BI7A 5BMXA 1PL9A 5CSSA 1H1YA 1UB3A 3INPA 4CNOA 4O13A 3RU6A 6ALDA 1GOXA 1L9WA 2QJIA 3RNDA 1SZGA 1OX4B 3LM7A 3MBFA 2WNNA 3TSDA 1R47A 3W7HA 1LOSA 1YPIA 3TAOA 3O6DA 4LY8A 4O54A 3C2FA 1GVFA 3O6YX 2EHHA 2YYTA 3W2MA 4UFHA 1NFBA 1A5SA 2OT0A 1GG1A 3CHVA 1KM3A 4O1BA 2ZRYA 2Y62A 4O0KA 3RK8A 3OVPA 2QKFA 4FX8A 3W73A 3UWZA 4RK8A 4NNCA 3W1UA 4IJBA 4WZHA 3BO9A 1L6SA 4N6EA 4XBSA 2X1SA 4K7VA 3DKJA 1EUNA 4FIQA 3C52A 4HN4A 3YPIA 3GIYA 1MSSA 4UTUA 3W7DA 4OV4A 1RD5A 2X1TA 4UFJA 4NXSA 3HOJA 1BWLA 3HO8A 1K8XA 3PS7A 2C19A 4ML9A 4NUWA 5A5WA 3DFOA 1PHWA 3HG4A 4BWLA 4ZQNA 2ZDRA 1UCWA 2YYUA 1DVJA 2BXVA 5CZSA 3T78A 1TPEA 4N4PA 4NX0A 3KRUA 1T96A 1JCLA 2Z6IA 3IRDA 4IXXA 2J9ZA 3NPUA 3E9AA 1ME9A 4JTKA 3QMRA 1QCWA 3LHTA 3E0IA 5F2MA 2TYSA 3JR2A 3GDRA 3M9YA 1EA0A 4NNBA 3EB2A 2Z2UA 2ZZ4A 3B4UA 3NM3A 3SY5A 5DY2A 3EWBX 3ABOA 3GAKA 2BTMA 4BFAA 1WA3A 4JTSA 2RDTA 4E0CA 2HTMA 2J9XA 1WOAA 1TTPA 3VE9A 1Y0EA 3FEMA 4IMEA 5LHFA 4LS0A 3EKZA 1W5PA 2ZZ5A 1TPUA 4GUFA 1H7XA 5BOOA 3W7NA 2H3BA 3M43A 1VCVA 2OT1A 1OFEA 1F5ZA 3TA6A 3UYCA 2YGYA 4S2BA 3KX6A 1DBTA 2VKZG 4WJEA 1XBYA 1W8SA 2X1UA 3FOKA 1TJPA 3SR7A 3GDTA 4BF9A 1LOQA 3MHFA 5G2IA 3DBPA 4TR9A 1OFBA 2GQ9A 1H60A 4U4MA 3UNDA 4LUIA 4DO4A 1FBAA 4NJGA 1TPH1 3UD6A 4IX0A 5I3GA 3B0PA 3QEZA 3L0NA 3G8RA 4MJZA 5D04C 5K4ZA 1TREA 3TKFA 2E77A 3GR7A 5IBXA 2WSRA 3C2OA 3MUXA 3DKLA 1C8VA 1M5WA 4JD4A 1P4CA 3OHIA 5FEZA 1N55A 1VQTA 4QITA 4NXKA 1KTCA 5AC7A 2E6FA 4Z0JA 1Q6QA 1KV5A 3PBVA 1VYPX 3H54A 4GJ1A 2Y63A 5I3HA 2BSLA 1VC4A 3BG9A 4XZ9A 1DJQA 1H7PA 4JDBA 4WY0B 1XDMA 4FNQA 2PRMA 3NOEA 1I4NA 4NJJA 3QF0A 3MYPA 1W5MA 3NQFA 5KZDA 3CPRA 1SW7A 4LC6A 2NXGA 2QCCA 2YW3A 3NL3A 1ICSA 3NM1A 2QAPA 4ORMA 5D2WA 4WY0A 2QCDB 3FKRA 2UV8G 2YR1A 2JBMA 1OF6A 4O18A 1QPNA 5AHNA 5G4WA 1FWNA 2JK2A 3M5YA 4WXZA 2CLIA 3VCRA 4O0ZA 2VXNA 2QCDA 5IM51 1QNVA 3MYOA 1KBJA 5DCDA 4OE7A 2PCQA 3TSMA 1TPDA 1A5BA 3RMJA 5SWUA 2OJPA 2QR6A 1TPB1 4CCDA 1AMKA 1KFLA 3G3MA 2Q8LA 1M7OA 3MI3A 1HTIA 4A22A 3WK3A 3QFEA 5FEPA 1FDYA 5CGQA 1EX5A 2J9YA 1ZAIA 4ZZ9A 1TTJA 1R2TA 2HMCA 1JQXA 5LGXA 1EP2A 4UFMA 2O7QA 3R89A 1W3TA 5BRBA 1AW5A 3HPSA 5KINA 4L4LA 2DZXA 5CZTA 1RQEA 2V2HA 1ICPA 4UMBA 3HGJA 1OX5A 2NWSA 4DXVA 3CB8A 3SECA 5J5DA 2ZA1A 1XKYA 3W1TA 3DGRA 4WOQA 1SZFA 2XFWA 4M19A 1X6UA 2X30A 4H4IA 4IMFA 3M5XA 1H7OA 1GVOA 1TCDA 3S1VA 2I9EA 1DV7A 1F7BA 3M41A 3QSRA 3UXAA 3L68A 3OBKA 4FB7A 4W9TA 1SO5A 1W56A 3R2GA 1GYNA 1Q6OA 2NUXA 3CTLA 5G2WA 2OMAA 3C2EA 3UWUA 4LW7A 4H3DA 3TFCA 2J24A 3W2LA 4UC5A 1OG0A 5AHMA 4CQAA 4RZ5A 1KM6A 3LCIA 4HKPA 2X16A 3DXIA 5D33A 3EX3A 1T99A 1SU5A 3GK0A 2Y89A 4Z1DA 3PUOA 2Q3RA 1O60A 1W3IA 3PUDA 4GUHA 3GB6A 4QJ1A 4MZYA 1PE1A 3G1AA 5E93A 2QUVA 2R14A 1CX9A 3EWZA 2QDGA 2VFFA 3KXQA 4XBKA 4Z0SA 4RXFA 1JUKA 4IMDA 3L5LA 3G1XA 3GYEA 3FFSA 3W85A 3M0ZA 1YDOA 3P81A 4IMGA 4IPJA 4LVGA 1LM1A 4K38A 1BWKA 5FF3A 2FDSA 1SW3A 4JXCA 1H1ZA 3TJXA 1VCFA 1G69A 4TO8A 2ISWA 4N9CA 4IMCA 3CWNA 4AVFA 3NAVA 3FYOA 3P74A 4RR4A 1WXJA 3M44A 5F4XA 1S5VA 1SFJA 1J5TA 3S8HA 4ADUA 4PC8A 1B9BA 3B06A 4DPPA 3F1QA 1EWDA 1JCNA 2QCGA 4RZ4A 4R34A 4AB4A 1FXPA 2JGYA 5I3IA 3W7JA 2YXGA 3I7QA 5F2GA 5EKYA 3L2IA 2VOMA 3P8IA 1UBSA 1TV5A 2H8ZA 1LBFA 4LRTA 2QDHA 3HG3A 4LOCA 3A21A 4O8RA 1WDWA 5FF7A 1JUEA 2BX7A 3VNDA 3SFKA 4UTWA 3T55A 1XFBA 1THFD 2C13A 5DXXA 2QCNA 3NYZA 2FJKA 1PV8A 3PF3A 3HQ1A 1H5YA 3EWWA 4MY1A 3LTYA 5HUOA 5EPDA 3T4CA 1L2UA 4NT0A 1XBZA 3R8RA 4EIVA 4M7SA 2AQWA 1JCMP 1FCUA 3GNNA 2J6XA 4UTTC 4C1KA 4DELA 1C9DA 3DH7A 1M6JA 3W2UA 1O95A 1XM3A 2ABBA 3L66A 1QWGA 3S5YA 3SIZA 2A6NA 1V7YA 3BW3A 1ZALA 4UTKA 5D2XA 2ABAA 5AFDA 4CCCA 1K7EA 4GC4A 4DO6A 5C6MA 4X9SA 3BW4A 3KVMA 4ICNA 1ZENA 1O5XA 2G97A 4MFDA 1TPC1 2DZPA 4JYEA 1HO1A 1F2JA 3G1DA 4ZQRA 2LLEA 1TPWA 3GKFA 4O1DA 3CU2A 4O50A 3PWAA 4K37A 4O1CA 3PUEA 2WNZA 3P62A 1KV8A 1N8FA 3I6RA 2G5WA 1G7VA 3G22A 1YADA 3TW6A 4CQ9A 3G1FA 2C15A 3HG5A 3O6CA 3B0VC 1DQWA 3S5OA 1VGAA 3HBLA 3G8EA 3NNTA 3ZWTA 5DY3A 3P5ZA 3AO0A 1W54A 3PBUA 4ADSA 1FCQA 3O8AA 4XQ6A 5U4NA 5D2TA 4MY9A 1G7UA 3NDOA 4PODA 3E96A 2ISVA 5C54A 3KVJA 4FNRA 3TX9A 3W70A 3JS3A 3TNOA 4M7TA 3NQMA 4NX5A 1H51A 3NQ7A 3LXAA 4L4MA 1RR2A 2Y70A 3RF9A 3HB9A 5CG7A 2QUUA 1LP6A 3R13A 1JRBA 1SPQA 1OFRA 1S5WA 3M5VA 4G1KA 3W3OA 2H8XA 5C2XA 5CZ0A 4MVAA 3NQDA 1H7RA 3IVTA 3STGA 5ABTA 5LNUA 3C0JA 5F1UA 3GXPA 3P60A 5AHIA 2NUYA 2V2CA 3SZ8A 2V82A 4FO4A 3UZ5A 2I1OA 4O19A 1KBIA 3BLEA 3W87A 1GJPA 3L5AA 1SO4A 4FHAA 4JDYA 2WOQA 5AYZA 1TQXA 3SI9A 5C55A 1IIHA 2ZA3A 1GG0A 1ZY9A 4HSOA 4X2RA 3ABQA 1VRDA 2C14A 4UXDA 5D05A 3W83A 4YWIA 1S5TA 3ELFA 4QNEA 2CW6A 4NQ1A 3JRKA 4OBTA 4KKXA 4N4QA 1H7WA 5HWNA 3O63A 3WK0A 4GBUA 5FI8A 3KRSA 2CZDA 3TC7A 5CPLA 4UFLA 1KFCA 5CPOA 4LVBA 2V5LA 3LRKA 1I2PA 1X7FA 1O4UA 4JTFA 2GUUA 3TROA 4A29A 1K8YA 2VEKA 1TMHA 1OX4A 1JULA 1RQBA 5AHEA 3LHVA 4NZJA 2VFEA 3LRMA 1W31A 1FWWA 3W9ZA 2QCEA 1LRNA 1SO6A 5AHFA 4YCOA 1FCVA 1GT8A 3USBA 1GTHA 3LHWA 1JUBA 1UJPA 3NQCA 1T8XA 2Y85A 3LTPA 4Z1CA 3S0CA 4A2SA 1EUAA 5LKYA 2WJZA 3GDLA 3BW2A 4O14A 2NLIA 5AYYA 4HIBA 1QR7A 2ZFAA 3BGJA 3FYPA 7TIMA 3G0SA 4WQ6A 3UWWA 4PH6A 4AHPA 1J2WA 1OF8A 3KOFA 4WXYA 1G4SA 1H62A 5AC6A 1R30A 3T40A 1K02A 3DFNA 2NX9A 1B4KA 2FTPA 3H53A 4TMCA 1W1ZA 4JS3A 3R12A 3W2NA 3KVLA 1R46A 2B4GA 3TMLA 4KWWA 1MXSA 1P5BA 2DJLA 3G1VA 5K9CA 3PM6A 2V8ZA 4P61A 3W07A 2VFDA 2NV1A 3GVGA 4QNWA 5DBTA 1ALDA 1U83A 4P2VA 3IEBA 2J88A 4LVFA 4OHQA 3L0KA 3UY7A 3LI1A 5KMYA 4DBDA 4KFOA 1IXOA 3CM4A 3TMQA 2E6AA 1L6YA 3C3NA 1XBVA 4TIMA 2YDAA 1PHQA 3PULA 4TU1A 2E5DA 1IF2A 1KFKA 3I7RA 3T44A 1YXYA 3TH6A 2QJGA 2DZVA 2CFFA 3M6YA 4CQ8A 1BTMA 1I45A 2FQIA 3N3MA 3QRHA 3HMJG 3EWUA 1K7FA 3EXSA 2NWRA 2CLOA 3M1ZA 4A2RA 3PVFA 1GEQA 3G0UA 1FDJA 2EAWA 3TAKA 1YYAA 3G3DA 3LXCA 3ZR4A 3N14A 4JTTA 3RLUA 4YXGA 3CT7A 4AWUA 2E6YA 1ONRA 3W1LA 4BK9A 1QOPA 1FXQA 2C3ZA 3HGRA 4A21A 2EF9A 4GNJA 5FEWA 2F84A 3LOTA 3EWYA 3GZ3A 4UNKA 2ZZ1A 1A53A 1LDCA 1AK5A 3HG2A 4AHOA 1RVGA 1VJIA 1D3HA 4E38A 3NGJA 3S5NA 4AHQA 1Q6LA 4WX2A 1OFAA 5EMUA 4UTIA 1EP1A 3TXVA 1X1OA 5DBUA 4LNYA 3IIOA 5AC8A 4B5NA 4CCEA 3PC0A 4JEQA 3LB0A 2ZRUA 3P7YA 2H90A 4JN6A 1BKSA 1OFQA 1I2QA 2QJHA 4GUJA 2O7SA 4IQLA 5G2HA 2YW4A 4GE8A 2DJXA 3S42A 4CNNA 1WAUA 4E2BA 5DN1A 2B7NA 1G4TA 3SSJA 3NL2A 3ANYA 1R2SA 3ATYA 2P1FA 1QDSA 4OQVA 4BWLC 4O1AA 3B8DA 1FCBA 3PB2A 4GUGA 5D03A 3CLMA 4GWEA 3NPWA 2C18A 2DZWA 3DZ1A 4UNLA 2PC4A 3CIWA 2CLHA 1I2NA 4QIUA 4LV9A 3STEA 1IGSA 5K9DA 3GLCA 4RZ6A 2AAMA 4BI5A 2Y7EA 5HR6A 4EOUA 1SSDA 3DHDA 1XDLA 3OIXA 5G4EA 5C5YA 3TQKA 5EYWA 3W86A 5LNVA 1A5CA 1XBXA 2GOUA 5F2LA 4HHPA 2R8WA 2ZCGA 3Q94A 2GVJA 2CLEA 3AJXA 4MYAA 1HG3A 4ZQOA 4MOZA 1NF7A 2EPHA 1K03A 4CNPA 2W0UA 3NQAA 2ZTJA 4POCA 2ZRXA 3LLDA 1FWTA 2X2GA 4MZ8A 5CKSA 2E5BA 5EY5A 3GNDA 3W1RA 3BK0A 1CW2A 2Z6JA 4HNTA 1E51A 1EB3A 1WBJA 2NX1A 4JNMA 3W7CA 2D73A 2Q3OA 2B0MA 4JX5A 4ZMGA 2VEIA 5T26A 5CZJA 4UMAA 1QPQA 1PCWA 3P5YA 5LZLA 1JQVA 3N9SA 4J9JA 4AMAA 2CZFA 2XN1A 4H6KA 3W7RA 5IBXC 3LTSA 1LBLA 3S1UA 3FJ6A 4DPQA 2DZSA 3TUUA 5A8GA 5HWMA 3P8JA 3Q58A 4X3ZA 3WJSA 3O1NA 2DP3A 3A24A 4JTJA 5HMSA 3SGUA 1KM0A 4QAIA 4JTGA 1AW2A 5K4XA 4N02A 2A7PA 1TIMA 3PBYA 2WNQA 1DL3A 4K36A 3U2OA 3WJYA 1KFJA 4Z08A 4DO5A 3S1WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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