3LM7A

Crystal structure of duf1341 representative, from yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SNAMKLTPNYYRDRVCLNVLAGSKDNARAIYQAAEGHVLVGVLSKNYPDVDSAVKDMREYAALIDNALSVGLGAGDPRQSVMVSQISQQVQPQHVNQVFTGVGASRALLGQHDTVVNGLISPTGKVGYVKISTGPLSSQQKDAIVPVTTAIAMLKDMGGSSVKFFPMNGLDSIDEYRFVAEACAATGFWLEPTGGIDLDNFEQIVQIALDAGVTKVIPHIYSSIIDSKTGNTRPEDVKTLLDIVKKIVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords putative 4-Hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deo
publication title Crystal Structure of DUF1341 representative, from Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081
rcsb
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 88
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07071 KDGP_aldolase KDGP aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lm7A00
1KTCA 2OCZA 2NUWA 1Q6LA 4AHOA 4BFAA 3TDFA 4UTKA 1P1XA 1GYNA 1SO5A 4UMBA 2H3DA 3DFPA 2BX7A 5CZ0A 4K38A 4Q32A 4PCFA 2QJGA 3BVJA 4O4VA 4LS2A 3MBDA 4HNUA 2ZRVA 1HO1A 4R33A 5FF4A 1OF8A 4K8EA 2VEPA 3LRMA 1FCVA 5D04C 1TTIA 2V0TA 4K6AA 5F2LA 3NR0A 2OT1A 1X8FA 3PBUA 4HNNA 2GUUA 5U7SA 1S3HA 3CIWA 4IJBA 4ZL1A 4HPXA 5D38A 3BPWA 2A6NA 3CWNA 3G22A 2ATSA 1OFAA 3SY5A 1TPH1 3OVRA 3S5ZA 1Q3NA 1HUVA 2VFGA 4LC6A 4AHPA 4B5NA 1BEUA 3WJYA 5HJLA 3M5YA 1B4KA 4QQ3A 1VR6A 3EX3A 4XBSA 3GX9A 3AO0A 4AHQA 5K3VA 3GKFA 1VC4A 4FB7A 5CSRA 3DI0A 3IIXA 4UNLA 1LCOA 3SSJA 3UWWA 3P80A 4RR4A 5G4WA 3BGJA 3UNDA 1FCUA 3B05A 4LV4A 3MHUA 3CLMA 1XBZA 4IXHA 3LBCA 2V5LA 4ZQRA 5CPOA 3UWZA 2FIQA 1IXNA 5CSSA 3HG2A 2QDGA 1EP3A 1RQBA 5F4SA 3W1AA 3GDTA 2CLEA 3TH6A 1KTNA 1GPWA 1OG0A 3R13A 4QM1A 4LVFA 3E0IA 1H60A 4UFMA 1FWTA 1L9WA 3L67A 2EPHA 1SQ7A 4MZ8A 5J5DA 1PS9A 4A2RA 1JUEA 5K2ZA 1QPOA 4OU1A 2PURA 1U5JA 3LLDA 3QYQA 3IIPA 3N19B 3UXDA 3F03K 3W7EA 4FHAA 1GZGA 2C15A 2Z6IA 6TIMA 4UFHA 3EX6A 5F4XA 1N7KA 4RK8A 5AHLA 4ML9A 4WD0A 3BK0A 2RKXA 4E0CA 2X1TA 4O57A 4NZJA 1JRBA 1K8XA 3U6WA 2PE4A 1I4NA 1TPB1 2B7NA 4N4QA 4XQ6A 1W8SA 5K4ZA 4UFIA 4BWLC 1JULA 2WNNA 3KAOA 2C18A 4PEKA 3TROA 3NPVA 3U8GA 1TV5A 2H3BA 3S1WA 1F7BA 2NWRA 3L21A 3NVTA 1ME9A 1AG1O 1SZEA 5G1TA 1KM0A 1W5QA 3RU6A 2Y61A 2FDSA 1EWEA 5H2ZA 5EMUA 2GVLA 1H51A 1RR2A 2NLIA 4A2SA 1MEIA 4EWND 4UMCA 3QH2A 1LM1A 4IWWA 4MYXA 1K8ZA 1ONRA 3KVJA 3W7RA 2ALDA 3QPYA 3VE9A 1I2QA 5E0KA 3WJZA 5I3KA 3TW7A 2XN0A 3IV3A 5EPDA 4A22A 1LZOA 1JCJA 4M6VA 3TMLA 1KTBA 4JIQA 2QAFA 1BWKA 3DENA 4LS0A 1GVSA 1SO3A 2GJNA 1TTQA 3EB2A 2CZFA 4GUJA 2OMAA 1NEYA 3HMJG 3O05A 1SZNA 4MY1A 5D2WA 3C52A 5HULA 1SSDA 3GR8A 3L68A 1JRCA 3LHZA 3GVGA 5DY3A 3B8DA 3W07A 2Q8ZA 1M7OA 1ZENA 3STFA 3CC1A 1ADOA 1O4UA 1OVDA 4TR9A 2B0MA 4M6PA 4N9BA 3HG5A 5E1QA 1W5OA 3PBYA 4BI7A 3N73A 3TAOA 3V75A 4PC8A 3IGSA 1SSGA 3ZWTA 5DXXA 1Y0EA 1M6JA 1WYIA 2EF9A 1LYXA 2A2IA 4O15A 1R2SA 2HS8A 4PODA 5HQEA 5G2HA 4JY9A 3M7WA 2C13A 3A24A 5MHBA 1YXCA 1Z41A 3R2GA 2YR1A 3STGA 4MY8A 1SO4A 4GFSA 3DXIA 1OX4B 2R94A 1R2RA 1QDSA 2AAMA 3C2VA 3W22A 2A21A 1HTIA 3TJXA 2KZHA 4UUIA 3EEGA 2BSLA 4OQVA 1ZFJA 2VFFA 4I7UA 1KM4A 4HT3A 5AHNA 1TIMA 3DHDA 4K39A 2EAWA 4OHQA 2X1UA 3VE7A 1O60A 3TSBA 5K4XA 1A50A 2QEZA 3TE9A 1PV8A 2QUUA 4IMFA 2YCEA 3LTPA 4N6FA 1I45A 2B7OA 4HHPA 5DCEA 4W9TA 3A9IA 5DBTA 3W2KA 3HJZA 3QC3A 3W3OA 3ANYA 3GK0A 4NJJA 3S42A 3G1VA 5AYZA 1X7FA 3LHTA 3N14A 3THAA 4UTTA 1BWLA 3T78A 3SGZA 1LBMA 3NQ6A 2J88A 2WNZA 5KINA 4S2CA 1OYAA 3E02A 1XBYA 4JDBA 5FF0A 3H53A 5HINA 3SW6A 4X2RA 4MY9A 1X1ZA 3PF3A 3PG9A 5CPLA 3GXTA 4UTWC 2NXIA 1S5VA 3QW4B 4TO8A 3IGXA 3TJLA 4AWUA 4BF9A 2Y7FA 3S6DA 1TPDA 3P61A 3M5VA 4AF0A 1G67A 3QM3A 4WJEA 4DF0A 1FDYA 1PCKA 5I3JA 3C61A 1KFLA 1P0NA 4AF0B 3DKLA 3N2MA 3MUXA 4DF2A 3P62A 4Y9AA 5G1YA 3FA5A 1IF2A 4IPIA 1OYBA 4CCEA 4CCDA 5BMXA 3TC6A 4R34A 4O11A 1JCLA 2WOQA 3ABQA 2WQPA 5CZJA 4DXVA 4AVFA 5LGXA 1P4CA 3EWZA 5EL1A 2XFWA 3C3NA 3NEVA 3NOEA 1RV8A 4J9JA 1ICSA 3RFAA 4JXCA 4Z0JA 1PHWA 5CPNA 3GNNA 5BNKA 3TNOA 3L0KA 1TTJA 4ZQPA 1HG3A 3G1HA 1OK6A 2WV8A 2TPSA 3UWUA 2G5WA 2QCDA 2RDWA 3M47A 3EXTA 1ZJIA 3P67A 4E2BA 4LRTA 3NL5A 1K3UA 2QCDB 1FXQA 3SGUA 1KLYA 1GTEA 3SFKA 1O94A 5TQLA 1RQEA 1GVOA 4RCXA 3O15A 1M5WA 2HTMA 2I1OA 1JVNA 1ZY9A 3W1UA 3EX1A 1GVFA 3R8RA 1K8YA 4QIUA 3A23A 3QPZA 3LHUA 3UPBA 1Z42A 4O8RA 4LVGA 1UASA 4JTEA 2FJKA 3O07A 4HKPA 4PH6A 3S5YA 2J24A 1B9BA 2E5BA 4EIVA 3MWAA 5D2XA 3BW3A 1QR7A 3N9RA 4KFNA 4DPPA 1KBIA 5KTLA 2ZTJA 4MLRA 3EWWA 1VYPX 3GNDA 1NFBA 2I14A 3VI2A 5BW6A 1HFBA 3HPZA 1LBFA 3SIZA 4OE7A 3W7CA 2I9EA 1NVMA 4NX5A 4WY0A 4H6KA 3F4WA 3P5ZA 1LOSA 1M7PA 4CNNA 3UY7A 3CWOX 3UZJA 3UWQA 3THQA 4M6QA 4N2YA 4BK9A 3M16A 3W76A 3LDVA 1OK4A 4LUJA 1G6CA 1FBAA 3LCLA 4DPQA 5LKYA 5E93A 1BTMA 1XFBA 4FNSA 1QO5A 2C16A 4O50A 4JTUA 3RLVA 4JYDA 1KV5A 5G4EA 1W1ZA 2GVJA 3FLUA 4UIOA 4KWVA 5D05A 3QW3A 4ADSA 2LLEA 4TU1A 1DBTA 1G7UA 1UJPA 3IRDA 1LRNA 3PY2A 2J27A 4GJ1A 5SWUA 2NXHA 2FLIA 3NQ2A 4CCCA 3LTYA 1EA0A 2RDTA 4JTIA 3KRUA 3BARA 1KLZA 2OJPA 2Y7GA 3LTSA 1VLIA 4X22A 1FY6A 3I7SA 4NJGA 4DF1A 2ISWA 3QMRA 2C14A 1TRDA 2CW6A 3H54A 4IGHA 3DFSA 5F2MA 5G2WA 2A85A 1FWNA 5BRBA 3L0NA 4O0KA 1W37A 3NQ7A 3W1PA 3P8JA 2YDAA 2H90A 4K7YA 3O6YX 3G1SA 3M5XA 3PVFA 5HMSA 2V30A 2DU2A 3QEZA 4RV8A 4IUOA 5AHIA 1PHQA 3LHWA 1XBVA 1A5AA 4S2BA 5AHFA 1WV2A 3W7NA 4DO5A 3EX2A 5I3HA 3BLFA 4IOTA 4XTIA 1QWGA 3LM7A 1H1ZA 3KHJA 3HGOA 7TIMA 4QISA 3TAKA 5TIMA 5AHMA 4YMZA 1V5XA 2Y62A 1FWWA 1D9EA 1AMKA 5EKYA 1JQVA 3M43A 2YYTA 1LROA 2A7NA 3LXAA 1TQXA 1EUNA 3UPWA 3C0JA 1TJPA 2XN1A 3LBMA 5D2VA 2YYUA 3UD6A 5GVJA 1GVQA 1XI3A 2VXNA 3M1ZA 5T26A 2CFFA 5AN7A 1OF6A 1OABA 2ZYFA 3B0VC 3P82A 3Q37A 1OX6A 2E77A 3LCWA 4JYEA 1KM5A 4PL1A 1KBJA 4XZ9A 2FB2A 3B0UX 5I3GA 4IQLA 1B3OA 4ZQNA 2TRSA 1TV8A 2QCNA 4FNPA 5I3FA 4IMDA 2ZZ4A 4IX0A 3ELFA 3AJXA 2QCLA 4O12A 3F1QA 2E5CA 3I65A 3IIZA 3NGJA 3C56A 1SW3A 2A5HA 1W5NA 3NQGA 4GUFA 1ZCOA 2QCGA 3YPIA 3PG8A 4GXMA 1TPEA 2F84A 3T44A 1YPFA 2E1DA 4JTGA 4IX2A 4O17A 3W7DA 2V8ZA 1FUYA 4ZQCA 1H7NA 1TO3A 4GUGA 2RHGA 3W7MA 2A7PA 1EWDA 4YXGA 2TYSA 4UTJA 3KOFA 1OFBA 1ZAJA 3W2JA 5LNUA 2ZZ5A 3C6CA 5AHEA 3RNDA 4JX4A 3E96A 3QSRA 3GDKA 1KM2A 3IGUA 4WOZA 4LW7A 3UWVA 3WK1A 3NL3A 3OBKA 3LRLA 5IM51 4ZQMA 3W7OA 2A6LA 1VHNA 2TSYA 2ZRWA 2FPVA 4FNTA 4JTFA 5EA9A 3M9YA 3FOKA 3L9CA 2BTMA 5KSWA 2QJHA 4AH7A 1W5MA 1MXSA 4XTDA 3MYPA 1OX5A 1V7YA 3UZ5A 1F76A 2C19A 3TUUA 5FEPA 2Z6JA 4UR8A 1W3TA 2QKFA 1SZGA 1TYGA 3EX4A 4MPQA 4N9CA 3A5VA 1LDCA 3PB2A 4LS1A 1LRTA 4NNBA 1K7EA 1NF0A 3HOJA 3O16A 4QSHA 3WK2A 4YLWA 3W2UA 4HNVA 2ZBTA 2QDHA 3RLUA 3HG4A 2JKPA 3GDLA 4WY0F 1TMHA 3KVLA 2YZRA 4A3UA 3HF3A 1TREA 4NNAA 3TSMA 3E49A 3G0UA 5AFDA 5C5YA 2VFEA 2G96A 3G24A 5DELA 2NWSA 4MFDA 3TQ0A 2A0NA 2J9ZA 2DJLA 4Z1CA 1GQNA 5HUPA 1IGSA 3UY8A 2PCQA 1D3HA 1DHPA 2PRMA 4U28A 1H7OA 1JCNA 1P0KA 1Z44A 5CKSA 3M5ZA 1Q6RA 4LWWA 3TFXA 1FWRA 4MFEA 2NZLA 4P61A 1TV7A 4ONVA 2P10A 3TSDA 3ZWSA 3NQCA 1KFCA 4YCPA 5G5IA 3TC7A 4P2VA 2CLFA 3EWUA 4N9EA 2ATMA 4CNPA 2V2HA 1VRDA 3T55A 3LX9A 5KZDA 1JCMP 2DZWA 2WSRA 2W6RA 3QJAA 3NL6A 1DORA 5DN1A 5EBUA 1I2PA 2GQAA 3F4NA 2JKAA 3A21A 5AC7A 2CU0A 3W6YA 2B7PA 1QOPA 1R47A 5AYYA 2WO5A 4C1LA 4NZFA 4NXSA 3W7GA 2VELA 3G1XA 4OWGA 4DELA 4ORMA 3CM4A 1KFJA 4EF9A 4JN6A 4DEFA 1IIHA 1KM1A 4O4WA 1T0OA 1FX6A 4FIRA 1Q6OA 4RLIA 2Y89A 4O10A 3O6DA 1MO0A 3LXBA 2EHHA 4YWIA 2R8WA 1SO6A 3DI1A 1AL7A 3G3DA 1CX9A 2YFNA 3W1NA 4JNMA 1F6KA 1TCDA 2Y6ZA 4CNOA 2QCHA 3HQ1A 4RJEA 1T8XA 4TMBA 5FESA 3CQ0A 2QUTA 4JICA 4NJKA 3MMTA 3WJWA 2ZZ6A 5L6UA 1TB3A 4JR5A 2ZCGA 4DO6A 3BG5A 4AWTA 1GEQA 4YCOA 1ICQA 4IPJA 5HUOA 5U4NA 3EKLA 3WJSA 2P0OA 3T4CA 5H91A 5HR7A 1OFOA 4LU0A 4K37A 2QCCA 1QMLA 3I7QA 1DJQA 4NT0A 3G1FA 4MKNA 4KFPA 2HS6A 3W1LA 2NV2A 1G4SA 1EIXA 1H7RA 2V81A 3LCIA 1NF7A 4X9SA 3MP3A 2V82A 4JYFA 1TPWA 1F2JA 4O1BA 2V5BA 3FJLA 3W7KA 1W3IA 3NPXA 1YDNA 3ABOA 3NQMA 4OT7A 4Q33A 4LVBA 3L2IA 2G95A 3LV6A 4O13A 1J2WA 3NM1A 2O7SA 2Z0IA 2VOMA 3WK0A 2ZZ7A 5FEXA 3I68A 5ABTA 3WK3A 3QMTA 5C6MA 3CIXA 3FIGA 3W73A 1DV7A 3QFEA 4FEZA 3FYPA 2X1SA 2V2DA 1VQTA 1XCFA 1RQHA 3TQVA 1O5KA 1SFJA 1R30A 3B06A 1W0MA 2VENA 3P81A 4QNEA 4UTIA 4Y6GA 2J9YA 4LV9A 5AYXA 2A4AA 2D73A 3TFCA 2CZEA 4NQ1A 3NM3A 4HN4A 5CZTA 4JTKA 2G97A 4NX0A 4FNRA 4ZVJA 1P5BA 3IIOA 1THFD 3TK7A 3PUDA 3W1MA 1GT8A 2ZZ1A 1LOQA 3N34A 3EWYA 2GJLA 1ZAIA 3MHFA 1G4TA 3HPSA 5HR6A 3LOTA 4CQ9A 2DZPA 3H55A 5G2IA 3W74A 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 3GDR A;  4LNY A;  1O5X A;  2YX0 A;  1TQJ A;  3S0C A;  3MW7 A;  3C2E A;  3R89 A;  4YL2 A;  4IMG A;  2ABB A;  5KZM A;  2E6F A;  1VH7 A;  4H4I A;  1LTD A;  1WQ5 A;  3PUL A;  4ADU A;  1OFP A;  4M7T A;  5AOU A;  3DKJ A;  3L5M A;  4AWS A;  4QNW A;  3GDM A;  3UYC A;  3S8H A;  2NUY A;  1DJN A;  2H8X A;  5F4W A;  1XDM A;  4O19 A;  1AW2 A;  3TXZ A;  2FPT A;  4M5P A;  3BLI A;  3OVP A;  1EPX A;  1WX0 A;  2GVG A;  2FPY A;  5EY5 A;  1YXD A;  3G8R A;  2YPI A;  1EUA A;  1OHL A;  5D32 A;  3ABS A;  3QF0 A;  3TA6 A;  4G1K A;  3EKZ A;  2V9D A;  3HBL A;  3G0S A;  3M44 A;  3CPR A;  1VZW A;  1KM3 A;  3B03 A;  1C8V A;  3DH7 A;  3ATZ A;  5A8G A;  5D30 A;  1JUB A;  4JTL A;  3W9Z A;  1W3N A;  4IMC A;  4RXG A;  3LGE A;  2WJZ A;  1L6S A;  4E38 A;  1F6P A;  3TXV A;  1LLW A;  3C2R A;  3W71 A;  3HGJ A;  4N02 A;  2X16 A;  3W23 A;  2VFD A;  1SW0 A;  1C9D A;  2YGY A;  2X30 A;  3CT7 A;  4A29 A;  1GVR A;  2DZV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OWW A;  1KTC A;  4MWA B;  4JHM A;  3TDF A;  5H8U A;  3TC3 A;  4K38 A;  1LG1 A;  4PCF A;  2PGR A;  2EQD A;  4R33 A;  4XZI A;  3CZK A;  3MO4 A;  5F2L A;  1EBH A;  3WEZ A;  4Z2H A;  2WWD A;  3WBX A;  4IJB A;  2UY4 A;  5D38 A;  1HGW A;  1E9Z B;  3VGE A;  1TMQ A;  3DX5 A;  2ZDS A;  2VDG A;  3S5Z A;  1Q3N A;  2VFG A;  3DOP A;  1BEU A;  3AXI A;  3M5Y A;  1VR6 A;  4XBS A;  1V0N A;  4Q6J A;  4FB7 A;  5CSR A;  2PDN A;  1D8W A;  2QUL A;  3V4B A;  1H49 A;  3UND A;  1FCU A;  4DJE D;  3CLM A;  1J0H A;  4H8N A;  4WKH A;  1DXI A;  4I9J A;  2V5L A;  5LXX A;  4ZQR A;  1JYN A;  4AD2 A;  1XIM A;  4K1G A;  4JFU A;  1R87 A;  5C9X A;  2EKG A;  3HG2 A;  2QDG A;  5F4S A;  4E4U A;  3TH6 A;  4QM1 A;  1XPG A;  4LVF A;  4AZ6 A;  4C7D A;  1KRM A;  3L67 A;  2X1I A;  5AEC A;  5I2U A;  1C7T A;  4INF A;  5K2Z A;  2BNJ A;  3EB4 A;  4FF5 A;  2PP1 A;  3QYQ A;  3ERP A;  1WXY A;  3N19 B;  2WMF A;  3UXD A;  1GW9 A;  3W7E A;  3A64 A;  2IQD A;  4FHA A;  1V51 A;  5AYB A;  2C15 A;  4M29 A;  5I07 A;  4UFH A;  1JPM A;  1WO2 A;  4H00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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