1V3IA

The roles of glu186 and glu380 in the catalytic reaction of soybean beta-amylase
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGQNALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-amylase
publication title The Roles of Glu186 and Glu380 in the Catalytic Reaction of Soybean beta-Amylase.
pubmed doi rcsb
source organism Glycine max
total genus 178
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2003-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v3iA00
1GQJA 2XM2A 1UG6A 2D20A 1HJQA 1JD7A 1KR1A 4QFUA 3FY1A 2OYMA 1MQQA 2BY2A 2W61A 4CD8A 2VZSA 4TVDA 3BLPX 4W89A 3UG5A 2V5DA 2W4XA 2OWCA 3VNZA 4F79A 1KGXA 4CU7A 4UFIA 2VZOA 3G6LA 2WMIB 1NH6A 1B3ZA 3CUGA 2D24A 4EANA 2GDVA 1FH7A 1LG2A 3QHMA 3GXDA 3SCNA 3B9EA 4P7OA 2G3IA 2QF8A 3EDEA 1UKOA 4MADA 3OA5A 1TVNA 2CETA 2XSBA 3WQWA 3GNOA 2WVVB 2OSWA 3MV11 4WSKA 1X6LA 4JFSA 3WNPA 4X9YA 1CPUA 5ABEA 2VI0A 2ZXDA 3TTSA 1PIGA 2X8RA 3CGTA 4ACZA 4CD5A 5AYBA 4HMEA 4ACZB 4PCTA 4E4PA 1H0IA 1R8LA 1TUXA 1Y7VA 1BYAA 2W92A 1EOMA 3A6OA 3ARUA 2AOSA 5TD4A 2EPOA 4PTVA 3KL0A 2D0FA 2OYLA 4D1IA 4MPKA 1GOIA 1QNOA 3B8SA 4P8VA 2XIIA 4HPHA 1MYRA 3I3BA 3J7HA 3N12A 1UR0A 1UA3A 1HF6A 3SCRA 2VO5A 3ARTA 5CLTA 4EE9A 2J8FA 3VIGA 2DSVA 4JCLA 1WZMA 1SFSA 1UHVA 2WWDA 4PMQA 4QP0A 4ZE4A 3WUEA 2OLHA 3M46A 1E55A 2YA0A 1X1NA 1GHRA 4B15A 2XFRA 5A8MA 2XFYA 4CVWA 3TTYA 5HNNA 1E4MM 2IXVA 3AHVA 3VMOA 7CGTA 3N11A 4P8UA 1UD3A 4JHOA 3TOPA 2F2HA 3WQ5A 4BA0A 1M01A 1I1XA 2XVPA 2CHOA 5A6BA 3CHCA 3W81A 3AMLA 4UQBA 3ZQ9A 4QDMA 4J28A 2VUYA 2VOTA 1W9UA 3K4DA 4TXEA 3WENA 4OOZA 1E6PA 3VKKA 4W7VA 1ZL1A 5A8NA 2BY0A 2W67A 4UOZA 1OSEA 1QPKA 4C7FA 1QVBA 3WNOA 1GQKA 4UOJA 9CGTA 3GTNA 3ZO9A 2UY3A 2VR5A 4W7WA 1MQRA 3FAWA 2FH8A 1U2YA 3DYMA 3POHA 1UH4A 3PN8A 1EQPA 3FHAA 3TA9A 3T0DA 3ALFA 3UCQA 3PZOA 3EDDA 4HA1A 2PI6A 2TAAA 1MVYA 3BCFA 1WZKA 4ATLA 3CZEA 5M17A 3UESA 3T2OA 1V6YA 2A3BA 1CXFA 2BXYA 1KXQA 1QI0A 2VVSA 4IM4A 5ABGA 4GIAA 3WF1A 4R27A 5CG0A 3IJ9A 1IZKA 1E3XA 5BXTA 1UZ1A 3SEPA 1JL8A 4DWSD 1GORA 3ECQA 3UERA 2E9LA 4H04A 5ABFA 5BCAA 3EDKA 3AHZA 1HJVA 2NT1A 2YL8A 2VCCA 3AIQA 2YIHA 4AYSA 2W66A 1JNDA 4HU0A 2ZE0A 4DUWA 2XVGA 1HJWA 5A69A 1EIBA 3WMSA 4HP5A 3HU7A 3WH5A 3QGVA 1O7AA 2X0HA 1LF1A 1HX0A 4UFMA 2PWGA 1UQZA 1WNOA 3MUAA 4MAZA 2XVLA 1K9DA 1AVAA 4UTFA 1JDCA 1UZ4A 2J7GA 1QHPA 1GNXA 2XIBA 3EMQA 1UD8A 3KL3A 1W3JA 3K8MA 4D6DA 4KH2A 1QW8A 5CSYA 1SMDA 3VU2A 1BHGA 1J9YA 1QOXA 1CXHA 1VF8A 4H8HA 1I1WA 4UR9A 4CKQA 1JZ2A 3AJ7A 3GH5A 1GHSA 1OB0A 1HP5A 2VZTA 4ZENA 1V0KA 2D23A 4MDPA 3SCSA 1QI2A 3K8KA 5E6YA 5GQBA 2MANA 3EYPA 2BHUA 4MTVA 1EOKA 4ATWA 4BCEA 3K1DA 1ZBVA 3O6AA 1W1TA 4PMDA 3WNKA 3GZAA 4M29A 2Z1KA 5LA2A 4QCEA 1B3XA 2YL9A 1PEZA 1CENA 5M03A 3KE0A 2D2OA 1V6XA 4MB1A 1DWGM 3RIKA 2DDXA 4TTUA 3HN3A 1ESWA 1IZJA 2YBTA 2G4FA 1FFRA 3DC0A 3LMYA 1TE1A 1JZ4A 1NM9A 1EDQA 2OYKA 4CD6A 5AYIA 2VC9A 1BYDA 4UQ9A 1V02E 3WUGA 3A4WA 2A3AA 2PB1A 1CYGA 1KXVA 4PEEA 5ECUA 3NSMA 4CD7A 4PBGA 2J7CA 4PN2A 3ARXA 3CUHA 1HVQA 3CHFA 3W37A 1E15A 2J7FA 4RE3A 4XX6A 4MAVA 3UEQA 1US2A 1IT0A 4P7QA 2WMGA 3B9AA 4U3CA 3N15A 4EKJA 2QMKA 3W27A 5BXRA 6CGTA 2E8ZA 3SCQA 2J74A 3U7VA 4NSBA 4DM1A 3W4RA 3AFBA 1E5JA 4XZBA 4ZFMA 4N42A 2X0YA 3WN6A 2GSJA 2VVNA 1W3HA 1GQIA 5I3DA 2YOCA 1C7SA 1UR9A 3BCDA 3AIBA 1MW1A 1AMYA 3UR8A 3BAYA 3CUFA 1Q4NX 3WDJA 1OIFA 1MXDA 3ZT6A 5IDIA 2WYSA 4IPLA 4JFUA 5CGTA 3VM7A 3T2QA 4W93A 2EPMX 3T09A 1VEMA 4TX8A 1D3CA 2D22A 1V02A 2JE8A 1L8NA 4MB5A 5LA0A 4HOXA 3CUJA 4LQ1A 4HTYA 3ARYA 4NRSA 3ZJ8A 1XYFA 1TA3A 4ATDA 5I79A 4DUVA 5CLWA 1M53A 1FH8A 2WCSA 4KGLA 1TA3B 2CCRA 3W29A 4C7DA 2CNCA 3O2LA 2WMKA 4FLRA 4NF7A 5DT5A 3MMWA 3WQVA 4MNLA 3F5JA 1A3HA 1W2PA 4JHZA 2J4GA 3D3AA 4PCSA 3WNMA 2D3NA 2WNWA 3L4ZA 4YN5A 1HJXA 3THDA 1LG1A 4U31A 2HVMA 5AC4A 4W8BA 4YHEA 1JFXA 3VDAA 3RO8A 3MANA 1JI2A 1KGUA 3OLDA 5A6JA 5FCZA 4QCFA 2PWEA 1Q6FA 4J3VA 3BGAA 3AMGA 1B3YA 3VIJA 3WH8A 3MUZ1 4D6EA 1UWSA 3BAWA 1UH2A 3ZSSA 4BQ4A 1TMQA 2PBGA 1HKKA 4GXPA 2YJQA 3CLWA 1OCQA 1UKQA 1OGGA 2X05A 1E6QM 2VX4A 4D6HA 1E40A 1VFUA 3GM8A 1ZB5A 1W1VA 3WIJA 2JIWA 3VOCA 2J7EA 3PZGA 4HMDA 2XGIA 3AS3A 4AZ6A 1CEOA 1ISXA 1V08A 1VBRA 5DFAA 2ZXQA 2RGMA 1TZ7A 4B9YA 2VMFA 1DHKA 4V28A 5JBFA 3K8LA 3ZIZA 1KCLA 4OBSA 2VX5A 4QAWA 3GDBA 1NP0A 1QW9A 3AXIA 2BVYA 2CHNA 1CZ1A 1PIFA 2DSKA 1DWIM 3GXFA 4OZOA 3SIMA 5A6LA 2EPNA 2WWCA 2PBOA 3TP4A 1KBKA 4AD5A 1XRVA 2J25A 3W28A 3AZTA 4UQDA 2WZHA 1WCGA 3ALGA 5D9OA 3IANA 3OB8A 4JL2A 4HPGA 4GI9A 1CXIA 1V0NA 3VIMA 1JF5A 3CZLA 1E43A 4CN6A 2EEXA 1E5NA 2GVYA 3VD9A 2Y5EA 4TOQA 2GJRA 4PMXA 4XUYA 5D9NA 2O9RA 1V0LA 4Z2KA 3RMEA 3OZPA 1J0JA 1LL4A 4W8AA 1VFFA 3AMDA 4PSPA 1E3ZA 4W7UA 1GVIA 3T08A 1J12A 5FIPA 1W32A 1FP8A 3RPMA 2WMFA 4DWSA 2DEPA 3B9DA 4PSRA 2ZX7A 1XCXA 2E9MA 2ZICA 4GO9A 3RDKA 1XC6A 1GOOA 3I3DA 7TAAA 2XFFA 4F9JA 1BGAA 4J3WA 4D6GA 2C0HA 3OBAA 3CUIA 3TTQA 2AAAA 5CPQA 1JYVA 4EAMA 1ZS2A 1UR2A 1WE5A 1B2YA 4W87A 4HOZA 4NZCA 3CPUA 1E6NA 4AIOA 3ARVA 1KXTA 5A2BA 5HXMA 2WC7A 3L4YA 3ZT5A 3VX1A 3HMCA 2FDMA 1E9LA 1C92A 3BSHA 3NCOA 4RE4A 4AEEA 3PZVA 1V3LA 1UYQA 3VGGA 2GK1A 3OGRA 2GDUA 2GUYA 3G6MA 5A2CA 1KCKA 2QPSA 1JZ7A 2GK1B 5A3HA 4CD4A 1PX8A 5E70A 1D2KA 3WF4A 2XHYA 2WZEA 2J8GA 1CBGA 4MNMA 3AXXA 4UQAA 4JZ5A 3GXIA 1E70M 3N1AA 1E6RA 2WVTA 1B3VA 2QV4A 2YDQA 3OZOA 2UY5A 1WDSA 3CIVA 4MB4A 4UCFA 2WXDM 1VAHA 4V27A 2BV9A 2E3ZA 1ITCA 4AD0A 1H41A 4GPNA 3VMPA 1JDAA 1HL8A 1E56A 1N82A 1WP6A 1R7AA 3ZT7A 2V3DA 3CTTA 1BG4A 6A3HA 4BQ3A 2CBVA 1BPLB 1GOKA 4YPJA 1GQLA 2EBNA 1JXKA 4WJXA 1NQ6A 1XH1A 3BMWA 3GNRA 3T2PA 1R87A 1ZJAA 4RL3A 1GZJA 4UZUA 4J3UA 2YDRA 1PAMA 1MQPA 2WVSA 4NRRA 3VIIA 4WK9A 1GCYA 1ZBWA 4PMVA 3VILA 4Q7NA 4PMOA 4PMNA 3VD5A 1LWHA 4AMCA 2WCGA 1BSIA 3SCWA 4D6FA 3LPFA 4HZ7A 2CYGA 3AQUA 1ODZA 1UD4A 5F7UA 1RD6A 1CXLA 1FHLA 2NT0A 2Y8KA 1RP8A 3WBEA 5D4YA 5A6MA 4MJ2A 3ZJKA 1XD1A 1KWGA 3RJXA 3W6LA 2NW0A 2FGZA 1XGZA 5GPRA 1NWSA 1JI1A 3E1F1 1W9VA 1D7FA 2D3LA 1Q6DA 2XWEA 1V03A 1W1PA 2VJXA 1DWFM 3WSUA 2VTFA 2J47A 2ZWYA 4JL1A 1G0CA 5CPTA 1GUVA 3NUKA 2ZUNA 4H2CA 2DH2A 3VGDA 2DSWA 2WHJA 2V5CA 1E6ZA 3SCUA 2JEPA 1MW0A 1JYNA 1EHAA 1I75A 4AD3A 4M1RA 1UKPA 3W53A 4N0RA 3WL0A 2VX6A 5D9PA 2J77A 1C93A 3LPGA 2ZUWA 3ZR6A 2XUCA 3WEOA 3ARZA 2XVKA 2WK2A 5A8PA 3W6MA 2Y4SA 2ZOXA 3U5UA 3L2MA 3APGA 4H8VA 5ABFB 1J11A 1YQ2A 4P8XA 1NARA 2A3CA 1VENA 1LQ0A 4AD1A 5EFDA 5C70A 4M81A 1J0KA 4H8UA 4XZWA 3BLKA 4FLOA 2BNJA 2YL5A 4Y7EA 4U5KA 3MS8A 5HOSA 2E4TA 2WC3A 3AICA 4W88A 1VJSA 4D6CA 1KB3A 2W62A 5E0FA 3WUFA 3CMJA 1WDPA 1MWOA 4MNJA 2FGLA 4UFLA 1UWIA 1UWUA 4AEFA 4HA4A 4WKHA 5JIWA 1AQHA 4E2OA 2E9BA 2E8YA 4PMZA 2WLZA 3IAQA 3PBGA 4HOWA 5A8QA 5E0CA 3IK2A 4TUFA 3VDCA 3PZMA 1QI3A 1JDDA 4AW7A 1JNEA 8CGTA 2VRJA 1PZ2A 2EXOA 2BFGA 1O6IA 1JZ6A 2VCBA 2VZVA 1XH0A 1Z32X 2BHYA 2WVUA 3EDFA 1UOKA 2ZIDA 3CHDA 4TVCA 1V6WA 3VINA 3VD3A 3VMNA 4Z2HA 3OG2A 2CITA 1BG9A 3PTKA 1ZBKA 3QOKA 1LWJA 3BAXA 4GINA 4D72A 2QMJA 1JZ3A 3FXYA 3MUY1 1E4IA 1UKSA 1V0MA 2C8NA 3CZGA 1K6AA 2JALA 1B90A 3AISA 1TFVA 1HIZA 2PWFA 4M24A 2DIEA 3D5HA 2XG9A 2WMHA 1QNSA 2QHAA 3AIRA 4CN1A 5BXPA 1C91A 3BAJA 3BXWA 1H5VA 1OIMA 3OGVA 3WDQA 1EHNA 2VNCA 2UY4A 3EMCA 3A4XA 3UG4A 1GOQA 1F4HA 3AIWA 5A1AA 3GBDA 1ZBCA 1Q6CA 5HDRA 4P7LA 1KFWA 5JIPA 3VM5A 1XH2A 3BAIA 4BF7A 1H0GA 3VNYA 2FHFA 2W91A 1HXJA 3WBAA 3WNLA 4HMCA 2D0GA 4J3SA 2X1IA 3SCPA 3AZRA 3ARSA 3VUPA 1V3MA 4LYPA 4NI3A 2CKRA 4PUEA 4ZXLA 1J0ZA 3WDIA 1U33A 2V38A 3SUUA 1G1YA 5A6BD 3SCOA 2EO7A 2EPKX 1V3JA 1GOWA 1UD6A 2J78A 4R5EA 2WM0A 2V3FA 2EQDA 2DGAA 5HPOA 5KEZA 4PTXA 1WAWA 1H09A 3W82A 3VGFA 3NJ3A 1H3GA 1E1FA 4V2XA 2Y8VA 3AS1A 1V3KA 2O9PA 2YLAA 2ZX5A 2VRQA 1CLVA 3NSXA 4QLKA 4GI8A 1W1YA 3F5KA 5EBAA 1TVPA 3MSGA 1JAEA 2ZUTA 1JZ8A 3N04A 1VEOA 3PZTA 1JGIA 1E0WA 3W24A 3ZJ7A 3DECA 3VDHA 2Y2WA 3RM8A 3SUVA 2OSYA 2DT1A 5A6SA 3QHNA 3DYOA 4FMVA 2WAGA 4M56A 3GXMA 5EFFA 4UZSA 1XYZA 1XHGA 3VIHA 2VQUA 5EB8A 4P7RA 5I77A 2WBKA 4GO8A 2YA2A 1ODUA 4WLCA 1GPFA 2CPUA 4KGJA 3WD0A 5I0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GQJ A;  2XM2 A;  1UG6 A;  2D20 A;  1HJQ A;  1JD7 A;  1KR1 A;  4QFU A;  3FY1 A;  2OYM A;  1MQQ A;  2BY2 A;  2W61 A;  4CD8 A;  2VZS A;  4TVD A;  3BLP X;  4W89 A;  3UG5 A;  2V5D A;  2W4X A;  2OWC A;  3VNZ A;  4F79 A;  1KGX A;  4CU7 A;  4UFI A;  2VZO A;  3G6L A;  2WMI B;  1NH6 A;  1B3Z A;  3CUG A;  2D24 A;  4EAN A;  2GDV A;  1FH7 A;  1LG2 A;  3QHM A;  3GXD A;  3SCN A;  3B9E A;  4P7O A;  2G3I A;  2QF8 A;  3EDE A;  1UKO A;  4MAD A;  3OA5 A;  1TVN A;  2CET A;  2XSB A;  3WQW A;  3GNO A;  2WVV B;  2OSW A;  3MV1 1;  4WSK A;  1X6L A;  4JFS A;  3WNP A;  4X9Y A;  1CPU A;  5ABE A;  2VI0 A;  2ZXD A;  3TTS A;  1PIG A;  2X8R A;  3CGT A;  4ACZ A;  4CD5 A;  5AYB A;  4HME A;  4ACZ B;  4PCT A;  4E4P A;  1H0I A;  1R8L A;  1TUX A;  1Y7V A;  1BYA A;  2W92 A;  1EOM A;  3A6O A;  3ARU A;  2AOS A;  5TD4 A;  2EPO A;  4PTV A;  3KL0 A;  2D0F A;  2OYL A;  4D1I A;  4MPK A;  1GOI A;  1QNO A;  3B8S A;  4P8V A;  2XII A;  4HPH A;  1MYR A;  3I3B A;  3J7H A;  3N12 A;  1UR0 A;  1UA3 A;  1HF6 A;  3SCR A;  2VO5 A;  3ART A;  5CLT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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