1TTJ | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	242
structure length	235
Chain Sequence	SKPQPIAAANWSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTSSHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Three new crystal structures of point mutation variants of monoTIM: conformational flexibility of loop-1, loop-4 and loop-8. pubmed doi rcsb
total genus	93
structure length	235
sequence length	242
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1995-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ttjA00

4N4QA 1TPWA 3LV5A 5HMSA 1WBHA 1HFBA 4FNSA 3PAJA 4LVFA 3FJ6A 3G22A 1CW2A 3EXTA 4O15A 5F4XA 4DXVA 3FLUA 4KFNA 1LBMA 3CB8A 1H7RA 3FIGA 1JULA 1L9WA 5IBXC 3GNDA 1EP1A 3NPUA 2DJLA 4O18A 1EWDA 4M6VA 5AFDA 3P84A 3E96A 3WK1A 2E5CA 3L0KA 4KKXA 1GTEA 3LRLA 4Z0JA 1OFRA 4JYFA 2FLIA 3L2IA 4LVDA 3N34A 5BW6A 4WJEA 3IVUA 1SO6A 4IMFA 3W7HA 3E49A 5K9DA 1JCLA 1P4CA 3OHIA 1E51A 3LGEA 2YDAA 3C56A 4O52A 1TQXA 4RR4A 1TYGA 1KA9F 4A3UA 4JTLA 3CQ0A 3UYCA 1KTNA 3N19B 2C1HA 3DFSA 3W07A 1EP3A 3LI1A 3S5ZA 1K02A 2YZRA 4JN6A 4JTEA 1DV7A 4O1AA 4UR8A 1MEWA 1WDWA 1XDMA 5CZJA 3NL3A 4Z1AA 5HULA 1ZNNA 2CZDA 3GVGA 1LBLA 2QCGA 4CCCA 3BW2A 3I7QA 4GUIA 4NJIA 4DPPA 1LLZA 3DH7A 1EUAA 1IIHA 3JR2A 3M9YA 4UTWA 1MXSA 3IVSA 3PB2A 2Y85A 3EWXA 2W0UA 4IMEA 3ABQA 2NV1A 4P2VA 1UASA 5CSSA 4ZQCA 3DAQA 3WJYA 2V0TA 3A23A 5CGQA 2A4AA 5CZTA 3HPXA 3HGOA 2Q8ZA 1O95A 1I2PA 2QCCA 4MFEA 4FNUA 5FF3A 3GXTA 1W8SA 3ZWTA 1L6SA 3Q94A 1XXXA 3TAOA 4DBEA 4UFKA 4UNLA 1F73A 2QJIA 2YCEA 1YXYA 3CEPA 3L67A 1MSSA 4XUGA 1C9DA 3C3NA 5C55A 4TR9A 1TV8A 4EVZA 1JCMP 2P10A 2V2DA 4RZ5A 1R2RA 3QFEA 2CLIA 1T0OA 2JKAA 4GRSA 1OX6A 1UBSA 1WOAA 3CTLA 3PVFA 2J6XA 3BLFA 3E02A 4ADSA 5BMWA 2Y61A 1H5YA 5D2TA 5CZ0A 4FX7A 2NX9A 4KFPA 2QCHA 3T78A 3FFSA 3LOTA 4MZ8A 3GX9A 5LHFA 3HGSA 3NL5A 4FF7A 5FEPA 3DU0A 5AC6A 3N2XA 4OHQA 4AWSA 3HG4A 3UQNA 3TIMA 3VNDA 2F84A 3HF3A 2RH9A 5AN7A 2NX3A 2RDUA 4ZQPA 1C8VA 4JNMA 4NUWA 3TQVA 5T26A 4LV4A 1X8FA 3C0JA 4OQVA 5AYXA 2H8XA 3CIWA 4U4MA 3SGZA 3O07A 1OFEA 3KX6A 2ZA1A 3LX9A 1VCFA 2V30A 3R5EA 1KM3A 3N14A 4RLIA 3EWYA 5EY5A 4AMAA 1W5NA 4Y8FA 4TIMA 1TQJA 2TRSA 2RFGA 2V82A 2X1UA 3PF3A 3SI9A 4O19A 3KRUA 1WA3A 3LLFA 3MJYA 4R33A 4DF1A 3KVKA 1KFKA 3W2MA 3W7LA 3SFKA 5CG7A 2GJLA 1RR2A 2FPTA 3KXQA 1LORA 5HR6A 3PSVA 1G69A 1DBTA 2UV8G 3QM3A 3NXFA 1W0MA 5AC8A 4JYEA 1BEUA 3H53A 1DVJA 3NQ2A 1OG0A 5F2IA 5G4EA 2E09A 1VR6A 3O05A 3G1SA 1P0NA 3R13A 3FOKA 1HO4A 4YMZA 2A0NA 1TPEA 3DFOA 3W22A 2BWGA 3A24A 3W87A 4WUIA 3TX9A 3FYPA 3P5ZA 3MYOA 1KTCA 2VFDA 3GR8A 4N4PA 2RDWA 5CKSA 4YL2A 3UY7A 1SO3A 1Q6LA 4ML9A 4ZVJA 4YCPA 4NJHA 1PHQA 1GEQA 3UZJA 1GOXA 3G1VA 1ALDA 2TMDA 4O1BA 4RV8A 3SY5A 4S2CA 4CQ9A 3EXRA 1ZJIA 4M6PA 4A29A 3LTYA 1W1ZA 6TIMA 4LS1A 3W7GA 3W84A 2QEZA 1GPWA 3NQ7A 1JJKA 5D05A 5LNSA 1FQ0A 3W7CA 2OT0A 4X3ZA 4DQWA 5LNVA 3F4NA 1ZAHA 5BNKA 1TB3A 3FA5A 4NXKA 3ANYA 5DCBA 2H6RA 3DZ1A 3KHJA 4CNPA 3ABOA 1XBVA 4O11A 3TROA 2QCDA 3GR7A 1W3IA 1W5PA 2OT1A 3KVMA 2DJXA 1SFJA 3O1NA 3QPZA 4MY8A 3W75A 5HWNA 4XZ9A 5F1UA 4UCGA 1SO4A 4UTTC 5K7JA 1GYNA 4AF0A 4NZFA 1HO1A 2Z6IA 3S9YA 2A85A 5AYYA 3G3MA 4DEFA 2GUUA 3DBPA 3MP4A 4IJBA 1WV2A 2DZVA 3MO7A 1SZNA 5U4NA 2E77A 1ME7A 2VFEA 3BVJA 4M7SA 4FO4A 4UTKA 4MVAA 1DL3A 1S3HA 1AL8A 2P0OA 5D37A 3BG5A 4NNBA 3L5LA 2Y70A 5HQEA 3NO5A 3QMTA 1SR9A 1XUUA 4DO4A 3SGUA 1ZAIA 2V5BA 5D2WA 4FNPA 4O8RA 2GQAA 1SZEA 3ELFA 5K4ZA 2YPIA 4DPQA 1G7UA 3M47A 4YWIA 1ZALA 1O60A 4FNRA 4H3DA 2BX7A 3MWAA 3TFXA 3KRSA 4AVFA 4YCOA 3EX1A 4NVTA 1T99A 1G67A 1F74A 1QOPA 1WQ5A 2CLOA 4JIPA 5CZSA 3TXVA 1TPFA 4A21A 3T4CA 2WSYA 3L66A 1LOLA 4XBSA 4AXKA 3W1UA 2FPVA 1VQTA 4MPQA 5G5IA 4WOQA 3UY8A 1CX9A 3PUOA 1TSIA 1FWRA 1RZMA 2EAWA 4GUJA 1K8YA 4ONVA 3NPVA 1YPIA 3O6DA 4MOZA 1B4EA 4LW7A 1FDJA 3W1NA 4K39A 3TJLA 1GT8A 3M7WA 1BTMA 1QR7A 3FKKA 4O12A 3HG3A 3DI0A 4R34A 3W1PA 4N9CA 2W79A 4RZ4A 3HPZA 3HMJG 2QR6A 4BI5A 1OFQA 1FCBA 3QQ1A 4O57A 4IX0A 3P62A 3MUXA 3TC6A 1H62A 3NG3A 3QMSA 1OK6A 4UFJA 1TTJA 3EKZA 4FEZA 1KTBA 2YSWA 2WPBA 1Z41A 1W31A 2AQWA 4PTNA 3MI2A 3G8RA 2OX1A 3M5VA 1QPNA 3BGJA 4BWLA 3M5XA 3R89A 1CI1A 1H7PA 1ZY9A 4AHQA 4IXXA 1ZHAA 5CPOA 3TMQA 2DZTA 2E6YA 3HGJA 3L5MA 5FI8A 3W1AA 3C52A 4WQ6A 1F2JA 1YPFA 3CU2A 5FEZA 2FDSA 2ZZ3A 1EIXA 2A1YA 3A22A 1W56A 3UXAA 5G2HA 5F4SA 1UUMA 2NXGA 1VGAA 1B3OA 1G4PA 4AHPA 3NPWA 2GQ8A 2H8ZA 3W1RA 3O15A 2V2HA 2FB2A 1EA0A 2WQPA 3W6YA 1P5BA 4IX2A 5FF2A 1A5AA 3HQ1A 3LTSA 3PR2A 1AK5A 4EOUA 4O1DA 3G1DA 4JS3A 4NX5A 1UB3A 4RZ6A 5D33A 2NUXA 1GVSA 3S8HA 3ZFHA 1EX5A 1LRNA 1W37A 1AMKA 4OV4A 3TUUA 3B05A 1FDYA 4ZZ9A 2J9ZA 4H4IA 4AH7A 2QCDB 3STGA 3T44A 1MZHA 1J2WA 5C54A 1XM3A 4TU1A 5K4XA 4AWTA 4PODA 2YXGA 3TQKA 3EKLA 4JTKA 3BW3A 2EKCA 5EBUA 2GPTA 2DZSA 2BSLA 3FKRA 4MYAA 3H55A 3TA6A 4AF0B 2TYSA 1JCXA 4DF0A 1KBIA 1W5OA 4Z08A 3HBLA 2YW3A 4HSOA 2J24A 3DFQA 3W7RA 2G97A 2GVJA 1OX4B 5D2YA 2ABBA 1DHPA 3EWUA 2Q3OA 1VRDA 1SQ7A 2C14A 1H1ZA 2Y7FA 2OCZA 1ME8A 3VI2A 5IM51 4WXZA 1VPXA 5DELA 1KFEA 4TO8A 4NU7A 3VE9A 2I1OA 2JGYA 1QPOA 4UTIA 1OFDA 1TV5A 3GLCA 3MHGA 1J5TA 4HNVA 2A7NA 2X1RA 3BV4A 3NQ8A 3W7QA 5J5RA 1T96A 1NSJA 1KBJA 3L0NA 3MHFA 2NUWA 1N55A 1TPUA 4FXRA 2NWSA 4PA8A 4IMDA 5L9FA 2ISSA 1PIIA 5EL1A 3O6YX 3A21A 3GDTA 1A53A 1HUVA 4MUZA 4JGDA 1H7XA 3U2OA 5F1VA 1SFLA 2ZA2A 4JYDA 2YR1A 4PEKA 1JUKA 5KZDA 1FWWA 3RNDA 3P61A 3ABSA 1XFBA 4JTSA 2WNZA 3M0ZA 2FQIA 4MY9A 5AHMA 3G1FA 3PUDA 4MZYA 4O0KA 5C2XA 3NM3A 3MI3A 3LCFA 5FEWA 2HSAA 1WBJA 1SZFA 3RLUA 2B4GA 2X30A 1LZOA 4XWUA 1I4NA 3S5NA 1OF8A 5D38A 2ZRYA 4PFMA 3W2KA 4HSNA 2VENA 4S1FA 4UFHA 5AB3A 5K3VA 5LGXA 1TTPA 4HNTA 2KZHA 1GQNA 1OF6A 2VEMA 2D73A 3B0PA 4M7TA 1PVNA 1NAL1 4DO6A 1OHLA 3C2OA 1H60A 1C29A 1K7EA 4FX8A 5HWJA 4I7WA 1QAPA 2V2CA 2Z0IA 1KFJA 3W7PA 3BLEA 3O06A 2V5LA 1YDOA 2QKFA 4ADTA 1LBFA 3G0SA 1KM5A 1R2TA 4JTIA 4LWWA 3CIXA 1EPXA 4XKYA 5CSRA 1LDCA 3QF0A 4NJKA 2E5DA 2ZDRA 4UXDA 4C1LA 3L65A 5AHNA 1FY6A 4XTDA 4W9TA 2VOMA 2B7NA 2G95A 4GJ1A 1XL9A 4Q4KA 1DKWA 1JQXA 2CLLA 3S42A 2E6DA 2YGYA 3GDKA 4K8HA 5ABTA 2X1SA 1JQVA 1AW5A 4GE8A 3M41A 1Z42A 1ICQA 3TK7A 3W72A 5H2ZA 1ADOA 3W88A 2NZLA 1G6CA 4JY8A 4YXGA 5I3HA 4UFMA 1B9BA 3LM7A 5TQLA 5DXYA 4IPIA 1RQBA 4M6QA 4WY0A 3W1MA 2ZZ4A 1QOQA 4JTHA 2XN1A 5KSWA 1GTHA 4K37A 3DKLA 4OBTA 3W2LA 3TAKA 1Q6RA 1VHCA 1K7FA 4UFLA 4HKPA 3IV3A 5D30A 1PHWA 1RD5A 2QCFA 2EGZA 4UTUA 2ATMA 1V7YA 5KINA 3OBKA 2PRMA 4JX5A 1Q45A 3F4WA 3BPWA 3LCXA 3QW3A 1DQXA 2FIQA 5K9CA 2WJZA 1SSGA 1KM1A 4LC6A 4UUIA 3P81A 4DBDA 2DORA 4XBKA 1JRCA 3N3MA 4MFDA 1HTIA 2A6LA 3EWZA 3NQFA 5DY2A 1FCUA 2A21A 3EB2A 2PCQA 1N8FA 2J27A 3S5YA 1VYPX 1VCVA 2CWNA 3TE9A 3MBFA 1VCGA 3P80A 3RMJA 4N6EA 4FB7A 4HPJA 3BGGA 1OFBA 2C0AA 3K30A 3B03A 4N9DA 1BWKA 2QUUA 3TC7A 3PG8A 3EEGA 1FX6A 5CPNA 1LTDA 4MLRA 2DZUA 3W7OA 2FPYA 1BKSA 3DKJA 2XFWA 3O63A 3GK0A 1X6UA 3LCGA 2HS6A 1Y0EA 3WK0A 1OYBA 4BR1A 1GYLA 4IMGA 3TXZA 2BLEA 2FJKA 1TPDA 3DENA 1KM0A 1AL7A 1K8ZA 3E12A 3C6CA 3L9CA 4Y96A 1HL2A 1AW2A 1NF0A 3BARA 3LB0A 4CCDA 1QO5A 4I7VA 2HTMA 3W7EA 1F6PA 4U28A 3NR0A 3CM4A 3ZR4A 3OIXA 2QCNA 2G96A 1D3GA 1FDZA 2DZWA 3C2VA 3TFCA 3W2NA 3O16A 2R14A 4LS0A 4UTLA 4RKAA 4GUFA 3LXAA 4GC4A 4S2BA 4Q33A 4LVBA 4UMAA 1S5VA 4RCXA 2QCEA 3EXSA 3BG9A 4FIRA 5K9XA 5EPDA 1JCYA 2Y63A 3TW6A 1KFLA 2CW6A 1THFD 1GVFA 3E9AA 1SPQA 3W74A 3GB6A 2ZZ5A 3DHDA 2WNNA 1R46A 1JVNA 3MHUA 2VEKA 3N73A 1OVDA 2GOUA 3S1XA 4JDYA 1FWSA 4JTGA 3P7YA 4OE7A 2I14A 4JTTA 3B8DA 5DLCA 3S1VA 4JIQA 1R2SA 1HG3A 4LRTA 1TREA 3QMRA 5J5DA 3GXNA 3M1ZA 4NNAA 1VLWA 1I2OA 4HT3A 3W83A 3NOEA 2B0MA 2HMCA 4XKYB 3UWWA 5DBUA 4TX9A 3IIVA 1IXNA 3L68A 3W1QA 1DORA 1FCQA 3C4UA 1XUZA 3IIZA 3QW4B 1S5WA 3PBWA 3LHVA 3C2EA 5HR7A 2OZ0A 3LCIA 4CLMA 4K7VA 4UIOA 3IGUA 3IIOA 1I8JA 1FBAA 4ZL1A 4UTWC 4JY9A 1LRTA 1KV5A 4LUIA 4NQ1A 2NUYA 1EEPA 3A5VA 4FXSA 1KV8A 5IBXA 3NYZA 1SW0A 1ZENA 2Q3RA 5KZEA 3KOFA 4WY0B 3L21A 4UTJA 4BI7A 4K36A 3NQVA 4UMCA 5CPLA 5FF0A 2ISWA 3M5ZA 2ZRXA 4LTSA 3TCEA 1S5TA 4Z1BA 2NXHA 2Y88A 3U6WA 1L6WA 4DF2A 4D2JA 3G1HA 4FX6M 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2QF7A 1LROA 3C61A 5HINA 3STCA 4JTFA 2PURA 4DO5A 2Y6ZA 3EX2A 3KAOA 4EF9A 5DBTA 1H51A 1ZAJA 3QH2A 4Q32A 4BI6A 5AHEA 1QDSA 3P60A 1TPVA 3WK2A 3ABRA 4QISA 1ONRA 3RLVA 3LCHA 1ME9A 1XCFA 4LU0A 1F05A 1KLYA 3PSWA 1GG1A 4IPJA 4LVGA 4IUOA 1YTEA 3CWOX 2Y7DA 1Q3NA 4N9BA 2H3BA 3QJAA 2WO5A 4NJGA 3W1TA 4I9AA 3EX6A 4Y9AA 3CHVA 2R94A 1VZWA 4O1CA 2VFFA 1XI3A 5H91A 1L2UA 1GVOA 2JGQA 4LC8A 2QAFA 3V75A 1JRBA 5BOOA 1H7NA 1Q6OA 3LCLA 4QAIA 2J88A 4LNYA 1TPC1 3HG2A 3BO9A 2ZZ6A 2JK2A 1LOQA 3W86A 2E68A 5EMUA 2QAPA 1T8XA 1UCWA 3GKFA 1PL9A 4BF9A 5F2MA 3QRHA 2NV2A 3R12A 3NVTA 1G7VA 4LY8A 1FWTA 1MEHA 5G1TA 1OYCA 4E38A 2ZA3A 2FB3A 2BXVA 4IWWA 3OG3A 4MYXA 3KFTA 2QJHA 4O14A 1EB3A 5KMYA 1OFPA 3WJZA 1FWNA 2V9DA 1FCVA 4UTMA 5EYWA 4QQ3A 1G4SA 2NLIA 2E6AA 1SO5A 1VYSX 3HGRA 3B0UX 1W5MA 3LHWA 2H3DA 3MP5A 2NWRA 3HIJA 1VHNA 3G8EA 4L4MA 4CQAA 1M5WA 3B04A 3QSRA 1F5ZA 1YADA 4UR7A 2BZNA 2JKEA 2RDTA 1RPXA 3NPXA 5TIMA 2R91A 1F7BA 3FS2A 1LM1A 2X1TA 4ZQNA 3TR2A 1GVRA 2WOQA 4OGZA 5G1YA 3GDRA 4FHAA 4ICNA 3F1QA 3B4UA 4Y90A 1A5SA 3PC0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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