4LYQA

Crystal structure of glycoside hydrolase family 5 mannosidase from rhizomucor miehei, e202a mutant
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
414
structure length
414
Chain Sequence
FAFVKIASDGKGFTRYGEPYLIRGANYWQGMNLGADDCSGGDRKRMELEIKQMAEMGINNLRVMASSEGPDDQPYRMRPSMMPQPGKYNEGVFVGLDYLLDTMDRYNMTAVMTLGNFWQWSGGFGQYVAWITGNQTIPYPVGDVTYDEFTQFAARFYNDSEIAPKANKLFKDHIYTVQNRRNTVNGKIYKEDPVIMSWQIANAPQEAPASWFEEISTFIKKGAPKHLVSAGLESKLDEYDFDRAHDHKNIDYTTCHCWVENWGIYDPADPDGLPHANEYMHDFLESRSKWAAQLNKPIVMEEFGMARDAWRNPEDETYKYLPSTPTSHKDEYYQKAFNQIVSLASNRSFSGSNFWAYGGEGRSTYPPNPYGMVWLGDPPHEPHGWYSVYSNDTTVQIIKDYNANLLKVQKELSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Exo-beta-1,4-mannosidase
publication title Structural insights into the substrate specificity and transglycosylation activity of a fungal glycoside hydrolase family 5 beta-mannosidase.
pubmed doi rcsb
source organism Rhizomucor miehei
total genus 168
structure length 414
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date 2013-07-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4lyqA00
2G3IA 3KL3A 1XHGA 2XWEA 1TCMA 2VRQA 3WH7A 4HPHA 5BRPA 2PBGA 5JBEA 3K8MA 1ZJBA 3IJ7A 2A3CA 5BXTA 2HVMA 4M1RA 1HVQA 1U30A 1K9DA 4D71A 2J79A 4YHEA 4D6HA 5ABHA 5I6SA 3GH4A 2E9MA 4IISA 4W7VA 1UWQA 3BMVA 4WKHA 4MJ2A 4U31A 2WVVA 1QNQA 4U5KA 2YLLA 5LYRA 2WHMA 3CHCA 2YBUA 3ZO9A 1C90A 3W25A 1KWGA 5ABGA 3B9DA 1CPUA 3MKKA 2TAAA 3N17A 1PZ3A 4HZ8A 5A6LA 1HVXA 1BFNA 2GJRA 1BYAA 4XZWA 3ZJKA 3WNMA 3SUVA 2VX6A 2OWXA 4PMNA 1FP9A 1KCKA 4XX6A 1BHGA 1O7AA 1LL7A 3W53A 1PX4A 1EQCA 5M17A 3A4XA 1JAEA 1HXJA 1F4HA 5I79A 4PTWA 1WE5A 1RP9A 1OGSA 3W0KA 4QP0A 2X1IA 2WANA 3B9AA 1OM0A 3BCFA 4GPNA 2D0HA 3WUFA 2W92A 3N1AA 1ZB5A 1V6UA 3VNZA 4Z2LA 2D3LA 2ZXQA 4K68A 1I1XA 2UWFA 2VZVA 1QBBA 1H41A 2XVNA 4IPLA 2DSWA 4AEEA 2E4TA 4W8BA 2EPLX 1J0IA 2D23A 3IJ8A 1NP2A 1MW3A 1WZKA 1KQZA 6A3HA 2YIHA 4ZXLA 2XHYA 2VRKA 4CN6A 3PTMA 4ZE4A 2Y24A 4PYSA 2JF6A 3E1F1 4HOWA 3WQ8A 2XSAA 4V2XA 4R27A 3VKKA 1RH9A 1W1TA 1UG6A 2ZXAA 2WMIA 1XYZA 2VNCA 1V3MA 4Z2HA 4AD0A 4MB1A 2CBIA 1GQLA 1PAMA 2WM0A 3L4TA 1RPKA 3ARUA 4GI9A 1ZBKA 5CPSA 1KCLA 1XH2A 2OSWA 2VC9A 1V02E 2XFRA 2GDUA 1XSIA 4P8VA 1BPLB 1H1NA 3WUBA 3VIJA 1GOQA 1DWHM 4UFKA 3EMCA 2WXDM 1QVBA 4FMVA 3QOKA 3WUGA 3RM4A 3WEOA 1R86A 4PMYA 3SCUA 1B3ZA 1H0GA 3WD0A 3CMGA 4DWSA 1HL8A 3N11A 4P7LA 4DUVA 3OGVA 1BSIA 1UKPA 2WK2A 3OGSA 1B0IA 2VTFA 5A94A 1B3XA 3AZTA 3PZIA 2J4GA 4KRTA 1E40A 2CXGA 3GNRA 2JIWA 3B9EA 4ZEPA 4MJ4A 4MB5A 2JIEA 1H4PA 5E0CA 1KBBA 4HZ7A 5I78A 5DO8A 3VIKA 1GQIA 3PTQA 3AMLA 3WBAA 1H11A 4PUEA 1BGAA 2VOTA 5D8ZA 3VMOA 4F9JA 1UR8A 1CLVA 3O2LA 1W1VA 2XM1A 3QHOA 1F4AA 3PHAA 2BY2A 2ZUNA 4MNLA 2UY2A 1QHOA 4M56A 1C93A 2YDQA 3GZAA 4JHZA 1WZAA 5A6BD 4P7RA 4W7WA 4HTYA 2CIPA 1KGXA 1QBAA 2UY4A 5FL0A 2PWDA 4ZXOA 2J7CA 2VZTA 3AS3A 1EHNA 2BFGA 4LGXA 1LL4A 3VTRA 2QPUA 3WY1A 5BXRA 2PI6A 3NJ3A 4D72A 3VUPA 1PJ9A 2BHZA 3NDZA 3U7VA 4PSPA 1C91A 5GNYA 5D4YA 1E6SM 2XM2A 1JNEA 2NT0A 1G01A 3MS8A 2DSUA 1MFVA 5D8WA 1UD3A 2E40A 2WVTA 3UG5A 2CBJA 1GCYA 1QNSA 3L4UA 2EPOA 4YHGA 4B3KA 3BMWA 4FK9A 4J7RA 3MV11 3AZRA 2ZXDA 3EMZA 1MQRA 1TR1A 4MB4A 3AIRA 1N82A 3T0AA 1A3HA 2BHYA 1EDQA 3CPUA 1UWUA 3WMSA 3AOFA 4AY1A 3ARQA 4PMZA 4AZCB 3ARPA 2WC4A 3DC0A 4LQ1A 4NRSA 5I23A 5JUVA 1HT6A 3RO8A 4JCLA 3BSGA 3WNOA 4TTGA 1PZ2A 3G6LA 1WDQA 1MW2A 1JZ5A 2C7FA 4D6IA 1CYGA 3EBVA 4ML4A 4LYPA 2YDSA 1QHZA 3CH9A 4W84A 2AMGA 4CUCA 4H8UA 3EMQA 1KXTA 3WF1A 4ZENA 1J0YA 2YBTA 2QF8A 3L4YA 4MAVA 3AYSA 5DT7A 1GOMA 5HXMA 1HKKA 1S46A 3SUUA 1E43A 1SFSA 2VZSA 4M24A 1V6YA 2BY1A 5A6KA 1CGYA 3QOMA 3AS1A 3OBAA 4UFHA 4AWEA 2F8QA 2XVPA 3CUGA 1WP6A 2F2HA 2JEPA 3POHA 1V3LA 2XGBA 4HMEA 1UZ1A 1CWYA 1ISZA 3SCSA 2GDVA 2D20A 2ZUVA 4FLRA 2GVYA 1UKSA 3W38A 1IV8A 3KWXA 3LPGA 3NDYA 4IPNB 4WSJA 4RE2A 2WVVB 4AD5A 1YQ2A 1UR1A 2WMFA 1GHSA 1UOKA 4FLQA 4URIA 5IHRA 2YDRA 3ZR5A 1EDGA 1B2YA 2DIJA 4D6FA 4UOZA 3BLPX 1XD1A 1E55A 2VZOA 3HU7A 1PIFA 1BVZA 4H7VA 5EMYA 4HA4A 3CZ8A 3F5JA 1EHAA 1B1YA 3IK2A 3N15A 3WF2A 5ABFB 3VDAA 3QHMA 5CLTA 4H2CA 1WAWA 1K6AA 2J7EA 4LYQA 4PSRA 2EBNA 1DWGM 2W5FA 2ZWZA 4D6EA 5HOSA 3OGRA 3PZGA 4HOZA 3W24A 3SIMA 2VCAA 4V27A 2E3ZA 1SYTA 4RL3A 1IZKA 1E6NA 2NT1A 4XZBA 1QI3A 1E6RA 1UD2A 4A3HA 1W9BM 5GNXA 1CGXA 1UKQA 2W67A 5FL1A 1UA3A 4J3TA 2E9LA 3ARSA 2GJXB 4AW7A 2EPNA 5KEZA 4IM4A 4CD6A 3GH5A 2J74A 1E4IA 1JDCA 3UR7A 3FY1A 4PMRA 1NWSA 3OG2A 2FH8A 3OB8A 3VIIA 5EB8A 1CXHA 2PWFA 4AYSA 3W82A 2XUCA 1BYDA 3N13A 4UTFA 1R8LA 1I1WA 2DT2A 2JFEX 4MADA 3VNYA 3WDHA 4WF7A 2ZX9A 3VD7A 1FP8A 3BAIA 1UR2A 1VAHA 4HZ6A 2WMIB 1CXLA 1OIMA 3AJ7A 4PTXA 3T2QA 2QMJA 3OA5A 4YN5A 3VVGA 4UQ9A 2XG9A 2J78A 7A3HA 1J18A 1U33A 1MXDA 2Y8KA 5ECUA 4YPJA 3AIVA 1WCGA 1JD7A 1MXGA 1W9VA 3WQ5A 4AZBA 3ARYA 1JXJA 1J11A 6TAAA 3RJXA 7TAAA 4QAWA 3CUIA 1B90A 1UD4A 1XD0A 1LJYA 2WZHA 3K1DA 3KL5A 2D3NA 4DWSB 3RJYA 1NH6A 2WNWA 2XFYA 1Q6EA 4GZJA 1JL8A 3FHAA 2CESA 3SUTA 3SUWA 3NUKA 2BV9A 4GZIA 3VGHA 1VIWA 1J9YA 3N04A 1GZJA 1W3JA 3WIJA 3AIBA 1UWIA 1PEZA 4F9DA 1KBKA 2PBOA 4BQ5A 1EA9C 5A2BA 3CIVA 3PZTA 5BCAA 1PIGA 4J3VA 1U2YA 1V3IA 4B9ZA 1QI0A 3AMCA 4P7QA 3KL0A 1C8XA 2BS9A 3ARRA 3KE0A 3AXHA 3UEQA 1AQHA 4GIAA 5FKYA 1VEPA 1W9UA 2NSXA 1XH0A 1GQJA 3BCDA 2OYMA 3GTNA 1EO5A 2E0PA 5CPQA 4AD2A 5F7UA 3WQ6A 1DWIM 3WQWA 3WD3A 3PZNA 3UERA 4Z2KA 1QI4A 4HPGA 1KFWA 2AAAA 3L4WA 1TUXA 3RPMA 4UQEA 1JYVA 2C8NA 3AZSA 2F61A 3VGDA 2WC7A 4W8AA 4QCEA 3VIOA 1M01A 4OOZA 4D1IA 1CXEA 5M3WA 2ZWYA 1B3YA 2G3MA 2ZUSA 5IDIA 4MAZA 1V3KA 2XIIA 1CECA 5GQBA 4UQDA 3PZMA 4CVWA 1VEOA 3SCOA 4BCEA 4UQAA 3ZT6A 5A6MA 1ZBCA 3AHVA 2YJQA 1X6LA 4CD8A 2QHAA 3WELA 4BQ4A 1E6PA 1O6IA 2WC3A 5FD0A 3PTKA 5JIPA 1W91A 2ESCA 3W81A 2WZIA 5FCZA 2V3FA 4EE9A 3EDFA 1BG4A 1LQ0A 3WKZA 4A3YA 5ABFA 4LPCA 4MNJA 5D9PA 2WZEA 3WFLA 2D0FA 3MUY1 3ZSTA 1X1NA 1LG1A 3PZQA 1CXIA 2CITA 3ZJ7A 3VIPA 4GINA 2WMJA 2ZX8A 4U2YA 4JKKA 5LA1A 3FXYA 3ARWA 4ATWA 1KXQA 3L4XA 4DWSD 3ZM8A 5I77A 5I0DA 4GXPA 2WB5A 1UH2A 7CGTA 1VJZA 3A47A 3VIGA 1H0IA 1E3ZA 2DQXA 2GJXA 3TOPA 2JEQA 3OIHA 4RE4A 3MV01 1J0KA 1UD6A 3UCQA 3AHYA 2PC8A 5DMYA 2WWDA 1XCXA 4AZ5A 5FOOA 1OB0A 4WKAA 2J62A 3I3DA 1XSKA 1PX3A 1UWTA 3VINA 1WNOA 1WZMA 3ALGA 2BY3A 1DTUA 3LPOA 4U2ZA 4XV0A 2CHNA 1EOMA 3W4RA 1G0CA 5A8OA 2CHOA 4JZ5A 3CZEA 4UR9A 1CEOA 3HN3A 3DECA 4AEFA 3UG4A 1C7TA 3N12A 2DPEA 2ZX7A 3VD5A 4J3UA 3CHDA 4AZHA 4OOUA 3GXDA 1E3XA 1RP8A 4D6DA 1A47A 1CGVA 4H04A 1W3KA 4C7FA 3MMDA 4HA3A 3FAXA 3VDHA 3RILA 3WD2A 2QV4A 1NARA 3WD4A 3HMCA 4M81A 3JUGA 2V3GA 3AIWA 1V6XA 1E6ZA 3AS2A 4B3LA 5HBFA 2XGIA 4PRWA 4HOXA 1CGWA 3APGA 2O92A 2DSZA 3VMNA 3FW6A 1ZJAA 4PEEA 4TX6A 3SCQA 3WFZA 1W2VA 2CKRA 3W37A 2DT3A 1CENA 5D9MA 3VU2A 3ZT7A 1LLOA 1JZ7A 2CPUA 1UQYA 4D6CA 4CU8A 4W7UA 2DSVA 3J7HA 3SCRA 1BTCA 4QLLA 1H3GA 4AIEA 1QI5A 4U3AA 4KGJA 3WQVA 2VQTA 2A3EA 1NWRA 1W1YA 3AHZA 3AIQA 3VGEA 1D3CA 3AMKA 1UKOA 4JCMA 2IXVA 1E5NA 3T0DA 1J12A 4AZIA 2WCSA 4DUXA 1TZ7A 4JL2A 4W5UA 4W89A 3ZQ9A 1D2KA 3RIKA 5C8BB 2BVDA 3SUSA 1NOFA 1JZ6A 1HJVA 1TA3B 1UH3A 1J0ZA 4JIEA 1CGUA 3WNKA 3M46A 2X09A 3S2CA 2XVKA 4AISA 2VVNA 1V0MA 4WKFA 4U3CA 2GK1B 3DHPA 1ITXA 2XVLA 1UA7A 4XUYA 1J0JA 4JFWA 3VIFA 1MQQA 5AY7A 2EQDA 3O9NA 1WZLA 3T0BA 2VVSA 4GI6A 5BRQA 1TFVA 5E09A 3WQ4A 2YL8A 4CCCA 1QNPA 1JYXA 3FN9A 1ISYA 2G8ZA 4UFIA 8CGTA 4S3JA 3WH6A 4UQCA 3AIEA 1EGZA 3AFBA 3TP4A 1JYNA 2CNCA 1JG9A 2WSKA 5A69A 5JIWA 3TTOA 1E0WA 1G1YA 1QHPA 2W61A 1KGUA 4CN1A 2GJPA 4PUDA 5A6AA 3WNLA 1LG2A 3F5LA 3SCWA 1W9PA 4NI3A 4MNMA 3N18A 1UH4A 1XH1A 1HJUA 3W6MA 1B31A 3QR3A 3HJEA 4GKLA 5D9NA 4OZOA 2X2YA 3CGTA 1UZ4A 3N9KA 2Z1SA 4TVCA 1BYBA 3O6AA 3SCNA 3BAKA 5GPRA 3U57A 6CGTA 1Q6CA 3RDKA 2ZICA 2PWGA 2Z1KA 4Q22A 4HU0A 5CLWA 1VFOA 2YL9A 1W2PA 1XSJA 1P6WA 1IT0A 1K9TA 3M6DA 1QPKA 3AHXA 1VFUA 5EFDA 1Z32X 1GOKA 3RCNA 3I3EA 4EAMA 3CMJA 2PF0A 1JZ2A 5M5DA 1OSEA 3BSHA 1E1FA 3BAYA 4HA1A 2WBGA 3IJ9A 4J3XA 4U5IA 4B15A 1XRVA 3F4VA 3CTTA 1L8NA 4KWUA 1D7FA 3WENA 3ARZA 3ZJ8A 3MANA 5DEZA 2WKGA 4BQ3A 2VJXA 2VMFA 2GFTA 1Q6GA 2ZUWA 2A3HA 3II1A 2WHKA 3GBDA 5CGTA 1FHLA 3KZSA 4PMXA 4WSKA 2YA0A 1VB9A 2DGAA 1HKIA 1ZBVA 3A4WA 1DWFM 4HP5A 3LPFA 4OUEA 5C71A 3K46A 1XYFA 2ZOXA 1HP5A 1FFRA 1HKMA 3WH5A 1CNVA 4PMDA 4E8DA 2J7HA 2WVUA 3VM5A 4X0NA 4Z2GA 4OIFA 5A8PA 2XSBA 4GQRA 4PMOA 1GPFA 2DSKA 4W5ZA 1BF2A 4TOQA 1H09A 5IFTA 1DWAM 3VPLA 4DUWA 3AHTA 3AICA 4FLSA 1OT1A 1JXKA 2EEXA 4ACZB 3TTSA 2D22A 3BAXA 1BLIA 2JALA 4D6GA 4TXEA 1ZU8A 3VGBA 2BY0A 3M7SA 1W3LA 4JFTA 2GSJA 1HJWA 5CZKA 4L4OA 3L4VA 3GXMA 3WD1A 1QNOA 1E5JA 1M03A 1CZ1A 2NW0A 3MUIA 3NCOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G3I A;  3KL3 A;  1XHG A;  2XWE A;  1TCM A;  2VRQ A;  3WH7 A;  4HPH A;  5BRP A;  2PBG A;  5JBE A;  3K8M A;  1ZJB A;  3IJ7 A;  2A3C A;  5BXT A;  2HVM A;  4M1R A;  1HVQ A;  1U30 A;  1K9D A;  4D71 A;  2J79 A;  4YHE A;  4D6H A;  5ABH A;  5I6S A;  3GH4 A;  2E9M A;  4IIS A;  4W7V A;  1UWQ A;  3BMV A;  4WKH A;  4MJ2 A;  4U31 A;  2WVV A;  1QNQ A;  4U5K A;  2YLL A;  5LYR A;  2WHM A;  3CHC A;  2YBU A;  3ZO9 A;  1C90 A;  3W25 A;  1KWG A;  5ABG A;  3B9D A;  1CPU A;  3MKK A;  2TAA A;  3N17 A;  1PZ3 A;  4HZ8 A;  5A6L A;  1HVX A;  1BFN A;  2GJR A;  1BYA A;  4XZW A;  3ZJK A;  3WNM A;  3SUV A;  2VX6 A;  2OWX A;  4PMN A;  1FP9 A;  1KCK A;  4XX6 A;  1BHG A;  1O7A A;  1LL7 A;  3W53 A;  1PX4 A;  1EQC A;  5M17 A;  3A4X A;  1JAE A;  1HXJ A;  1F4H A;  5I79 A;  4PTW A;  1WE5 A;  1RP9 A;  1OGS A;  3W0K A;  4QP0 A;  2X1I A;  2WAN A;  3B9A A;  1OM0 A;  3BCF A;  4GPN A;  2D0H A;  3WUF A;  2W92 A;  3N1A A;  1ZB5 A;  1V6U A;  3VNZ A;  4Z2L A;  2D3L A;  2ZXQ A;  4K68 A;  1I1X A;  2UWF A;  2VZV A;  1QBB A;  1H41 A;  2XVN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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