1YDOA

Crystal structure of the bacillis subtilis hmg-coa lyase, northeast structural genomics target sr181.
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
MPYPKKVTIKEVGPRDGLQNEPVWIATEDKITWINQLSRTGLSYIEITSFVHPKWIPALRDAIDVAKGIDREKGVTYAALVPNQRGLENALEGGINEACVFMSASETHNRKNINKSTSESLHILKQVNNDAQKANLTTRAYLSTVFGCPYEKDVPIEQVIRLSEALFEFGISELSLGDTIGAANPAQVETVLEALLARFPANQIALHFHDTRGTALANMVTALQMGITVFDGSAGGLGGCPYAPGSSGNAATEDIVYMLEQMDIKTNVKLEKLLSAAKWIEEKMGKPLPSRNLQVFKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords HMG-CoA Lyase
publication title Crystal structures of two bacterial 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyases suggest a common catalytic mechanism among a family of TIM barrel metalloenzymes cleaving carbon-carbon bonds.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis subsp. subtilis
total genus 97
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.4: Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase.
pdb deposition date 2004-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ydoA00
3O1NA 3WJSA 4N2YA 1GYLA 1G4TA 4UNLA 1KLZA 4K7VA 4HSNA 1QPQA 2FFCA 3W1QA 1L6SA 5E1QA 4AAJA 3TV8A 1YDNA 4MKNA 5AC8A 3W86A 1YTEA 1FWWA 3CEUA 3LLDA 1TV5A 4IMEA 3STEA 4FO4A 4UTTA 3N19B 5KMYA 4O4WA 5I3FA 3OG3A 3CU2A 2OJPA 2OT0A 1U83A 4JIQA 1ZCOA 4PCFA 4RZ5A 2V81A 1J4EA 1I2OA 2Y89A 2A7NA 5CZTA 1ALDA 3P5ZA 3W7RA 1OFAA 4O11A 5AHMA 3LTPA 5KZEA 3NQGA 3O15A 5A5WA 4IX2A 1SO6A 1GG0A 4K8HA 2V2CA 3TMQA 5F2LA 3GAKA 1FWSA 3NQFA 3N3MA 4DBDA 3P7YA 3W1UA 4YL2A 1WYIA 1OFOA 4BI7A 3G0SA 5KZDA 5U7SA 2HS6A 5CZSA 4KFNA 3PSVA 2E5DA 1OX4A 3ABSA 3CM4A 1MO0A 3OEXA 4IWWA 2G96A 2OT1A 3GK0A 4O0KA 3PUOA 1AL7A 2JGQA 3B0UX 4OT7A 4HIBA 1U5JA 4RK8A 4WY0F 2XN1A 1GEQA 3LDVA 2A7PA 2H90A 1ICPA 1JULA 4DPQA 5DBUA 3W1MA 2CLEA 3W1PA 3LHUA 1WV2A 1Z44A 4H6KA 3IRDA 2QCCA 1YXYA 4A2RA 1WA3A 3GLCA 4LV9A 4WJEA 1OFRA 4YMZA 3IVSA 3GR8A 1LDCA 1KM0A 1PCWA 2Z6JA 4ADTA 1F2JA 1UJPA 4R7JA 1T8XA 3L0NA 1G6CA 4GFSA 2PURA 2C1HA 3TMLA 3M43A 4MYAA 2DJXA 2ZRXA 3RLVA 1TO3A 5G5IA 1XBXA 3DFQA 1MSSA 5AC7A 3GB6A 1JCYA 4IMDA 2ZA1A 3C0JA 4LVGA 4XQ6A 4EF8A 4XTDA 2VELA 4QNEA 1W31A 1IGSA 4O15A 3PG9A 3QW4B 4CQ8A 1WBJA 4H4IA 2YW4A 3KRUA 3M6YA 1OFPA 1KBIA 2D73A 2A85A 2VFGA 3G1HA 3IVUA 2GVJA 4WD0A 1W54A 3GAYA 4MOZA 5AYYA 3P8IA 5LHFA 3F4WA 3MBDA 1OF6A 5DBTA 1Q3NA 5I3GA 4FHAA 3UD6A 3B05A 3UZJA 4MZ8A 1A5BA 2B7QA 1NF7A 3QZEA 6TIMA 2PCQA 4LY8A 1KFLA 4AEOA 3PULA 5FEWA 3NA8A 1VS1A 4O1BA 1CI1A 4GNJA 3CTLA 4HPJA 4LS0A 1ZHAA 1AW1A 2R91A 4PH6A 3M5VA 4JTUA 2ZRYA 2YYUA 2CLKA 5FF3A 3NM1A 4UTIA 2C19A 1BTMA 2J88A 5CPLA 2YZRA 5EKYA 3FS2A 2YGYA 5BNKA 3TAKA 3IEBA 1H50A 3DXIA 2ZA3A 1OYCA 3C2OA 1TQXA 1ADOA 1VLIA 1JRBA 3CC1A 4GC4A 4NJKA 2QAFA 3QH2A 3GXNA 4IJBA 3T4CA 1ML1A 3LX9A 4TU1A 3TIMA 3C2RA 4P2VA 4GRSA 1VQTA 3JR2A 3G1SA 1FWTA 4UMBA 1LM1A 4MLRA 2EKCA 1F76A 5G1TA 3SGZA 3PG8A 2YX0A 2ZZ2A 4Y96A 1WBHA 2Y62A 3NQ8A 4MZ1A 5IBXA 3W3OA 4ONVA 1I45A 1DV7A 1B4EA 2W6RA 1SZEA 1EA0A 2DORA 1QMLA 3YPIA 1JUKA 1EUAA 3I65A 2EPHA 5DN1A 3G1AA 3KVMA 1NFBA 5U4NA 1TQJA 4GE8A 5TQLA 3BGGA 1XBZA 2HSAA 3IIOA 4UXDA 4JYEA 3PAJA 4HN4A 2BZNA 2DZUA 4CCDA 2ZRWA 3ATYA 4JY9A 1SO5A 2H8XA 3EXRA 4Z1DA 5DY3A 3A23A 1XUZA 1P4CA 3NZ1A 2HS8A 2F7FA 1H7RA 4CCCA 4YLWA 1LORA 2C18A 2YCEA 3EWBX 1G67A 3EWXA 4IUOA 3W7EA 3HGOA 3S5YA 3QMRA 5KSWA 4FNSA 1OHLA 1TREA 2QCGA 3GZ3A 4LC8A 3HGRA 1DJQA 3WK1A 1VCGA 5CKSA 3QEZA 1QOQA 3JRKA 3TA6A 4RZ4A 4PA8A 4IMGA 4A22A 1S3HA 2TPSA 4CNOA 1DOSA 2YXGA 3O06A 5FESA 1B57A 1ZALA 2ABAA 5CZ0A 1VR6A 1P0NA 2V5BA 1FWNA 3P5YA 1GVSA 4MVAA 3UPWA 3E49A 3IVTA 4R34A 5CPOA 3NQMA 2WPBA 3PVFA 4UTLA 3W7HA 1SR9A 1V7YA 1WQ5A 4XBKA 1K8ZA 3W1XA 3DAQA 4KFOA 5BOOA 4DO4A 2G95A 3FFSA 5LNUA 3EXTA 3HOJA 1QFEA 3LCFA 3HB9A 2KZHA 5HMSA 3P81A 4Q4KA 1NAL1 2C0AA 3E9AA 3P8JA 1ZAJA 3MBFA 5H2ZA 3GVGA 4LS2A 2Q3RA 2QCEA 1ZJIA 4JTGA 3MP4A 3GDLA 4FX6M 3M47A 5F2MA 1FDYA 1PHQA 4LTSA 3S9YA 5C2XA 2QDGA 1FBAA 3IIVA 1T99A 4BFAA 2CZFA 3W2UA 3FKRA 4XUGA 1OF8A 5J5RA 2CZ5A 3EX1A 3G8EA 4JTSA 3UWQA 5DXXA 3HGJA 3TE9A 1BKSA 4K38A 4AB4A 1A5AA 3I7SA 3NNTA 1A50A 3D0CA 4E2BA 4UTMA 3IGXA 3W7LA 4NXKA 3W7MA 1P1XA 5D2YA 2V2HA 1OX6A 1TTPA 1EPXA 2ZDRA 3PUDA 4RLIA 2GJNA 3EWYA 3T78A 5KINA 5EL1A 5CPNA 2UV8G 1LRTA 3HPSA 4LV4A 1JQXA 3UY8A 3MHUA 5AHFA 1W8SA 2E77A 2Q3OA 4HNTA 3O63A 5FF4A 2E68A 3RF9A 3KOFA 1QR7A 2Y7DA 3ELFA 4U4MA 1NF0A 4ZQNA 3OVRA 1Z41A 3P80A 3USBA 4RR4A 2R8WA 1R2RA 3L5MA 3MHFA 4FX8A 3VE7A 3NQAA 1ME9A 3ABQA 5C55A 5HWMA 4FX7A 1H5YA 3ZFHA 2VC6A 2E6FA 4JTKA 3WFAA 1ZENA 4AMAA 1G7UA 2WSRA 4MFDA 2NWRA 2C13A 2VEKA 3DI0A 3KFTA 3LLFA 4IXXA 3KVLA 3CWNA 3M9YA 2CLLA 3G1YA 4FNRA 3MYPA 1FQ0A 2GQ8A 3L68A 1L6YA 3MP3A 3INPA 3O6CA 3DHFA 3LHYA 1OJXA 1FY6A 1YDVA 2J9YA 4OQVA 2YDAA 3L65A 5CPMA 2ZZ1A 2HTMA 3N14A 1TB3A 4JTFA 3UNDA 3TJXA 3M44A 3LHTA 3FYOA 4XBSA 1KV8A 2CZDA 2YR1A 2ISWA 3DZ1A 3ZS4A 3W1LA 1HO1A 3LV6A 5GVJA 5BRBA 4FXRA 2EGZA 2YYTA 3HIJA 1AW5A 3TSDA 3NPVA 1C9DA 1S5TA 3UWVA 2Y70A 3UPBA 4AWTA 2VFHA 2NLIA 3W71A 1J2WA 3O6YX 4H3DA 1H62A 1JUBA 2PRMA 1I2QA 2H6RA 4B5NA 3S42A 2ZFAA 5AHLA 5C54A 4N02A 3FOKA 1OK6A 3DI1A 1IXQA 1KBJA 4DF0A 1O95A 4UFJA 5J5DA 4OWGA 4HNUA 3ZWSA 3HG2A 1VC4A 2EAWA 3QSTA 2XN2A 4NJIA 2Y61A 1L2UA 1TPVA 4NU7A 5FEXA 3GX9A 1TJPA 3VFLA 5D02A 3G3DA 4NZJA 3W6YA 4J9JA 4CCEA 4M7SA 1KA9F 3TX9A 3BVJA 5H91A 3Q37A 2DZXA 3FJLA 1I4NA 1V5XA 5L9FA 3TKFA 1KV5A 3LI1A 2BLEA 3SJ3A 1OFQA 3G8RA 5F2GA 4OE7A 4PODA 3G0XA 4GJ1A 3SR7A 2ZTKA 3HGSA 3L21A 4UNKA 2GJLA 3L66A 3T55A 1ICSA 3WJXA 5K9CA 1Q45A 1LLWA 2VKZG 3PR2A 3G1XA 7TIMA 3E96A 3C61A 3HQ1A 5ABTA 4M6QA 2VEPA 4TO8A 5HINA 2P0OA 3EWUA 4LW7A 4WZHA 4PC8A 4X22A 4ML9A 4PL2A 3S1UA 1W56A 3MYOA 1VH7A 1YXCA 2J6XA 1QO5A 5CSRA 2V30A 2RFGA 4O1DA 5DCDA 1CX9A 1LROA 4KWWA 2V8ZA 4ICNA 2X1SA 1SSDA 2GUUA 1SO3A 2RHGA 3M0ZA 3LTYA 1AG1O 2ZRVA 3W7QA 1AK5A 1F7BA 4LVBA 3STFA 3NXFA 1CW2A 4M7TA 4O8RA 4PTNA 2TSYA 3MI3A 3TK7A 1K7EA 3HPZA 4O14A 1OX4B 2YFNA 3NQCA 1UBSA 1F05A 3V1PA 5HR7A 3A21A 3QM3A 4MLJA 2XFWA 5K2ZA 3WK3A 4JDYA 1AMKA 3S1WA 1SW0A 1WXJA 2EF9A 3LHVA 4UMAA 4NUWA 2AQWA 2QCLA 4R33A 2CWNA 3CT7A 1YYAA 3S5ZA 3UWUA 3LCIA 4EF9A 2Y63A 1K8YA 1PIIA 3NM3A 1YDOA 4K37A 2PE4A 5I3KA 4JN6A 1HUVA 4FNUA 3W74A 1O94A 4A29A 1BWKA 1HL2A 3OBKA 4CQAA 1B9BA 4JYDA 5LSMA 4IMFA 1VCVA 3HG5A 1M7OA 1X8FA 1THFD 1ICQA 3DH7A 1XM3A 1H1YA 1RQHA 3W88A 2C15A 2CLIA 3FJ6A 3W7PA 2V82A 1H60A 4X9SA 5DELA 3TAOA 2QEZA 4GWEA 3G3MA 3NPUA 1DKWA 1SPQA 1QOPA 3FEMA 1VYSX 1W3IA 2WNNA 3B8DA 4UTTC 3KAOA 4MYXA 1LLZA 3F4NA 3N2MA 4WOQA 4LC6A 2PRLA 2FJKA 5G1YA 3S1VA 2FPTA 3LRMA 2YFOA 4CNNA 1FCUA 1W5MA 3F03K 1XBYA 1S5VA 3TQKA 3W7KA 3MHGA 3TSBA 1YLVA 1T0OA 2QUUA 1LTDA 2Y7EA 3W7OA 3LCXA 1ZFJA 1UASA 2ABBA 1GWJA 2ATSA 4JXCA 6ALDA 1OFBA 1X7FA 2FLIA 1GZGA 4RCXA 2A5HA 1QPRA 1TPC1 3OVQA 4AHOA 3PBWA 1W1ZA 2O7SA 1TYGA 2A0NA 2NUYA 2ZA2A 2IQTA 3P74A 4QM1A 1FXQA 4DQWA 2WKJA 5A8GA 2H3DA 2O7QA 3L2IA 3HF3A 4NNCA 3G1VA 4JX4A 1W3NA 3NQ6A 1B3OA 4NNAA 3CIXA 1FCVA 3KX6A 3S5OA 5DXYA 3GNDA 5D32A 3TROA 2ISSA 3QQ1A 1VPXA 3BLFA 3C2VA 2V5LA 1Z48A 2BX7A 3W1AA 1TRIA 2P1FA 1H1ZA 2B7PA 2RDUA 1UUOA 3STCA 4UTJA 3GDRA 3TDFA 3SY5A 4KKXA 3N9RA 4Z0SA 3TXVA 1TMHA 4Q33A 5CGQA 4O53A 5K9XA 3IIXA 2BWGA 1QDSA 2DU2A 1OYBA 1EB3A 1LBFA 3DKJA 3LCWA 1TPB1 4O1CA 1DL3A 3GDKA 1BEUA 4GBUA 4N6EA 3G18A 3C6CA 1W5NA 4LUJA 4DEFA 3QRHA 4N9CA 1F6PA 1KM1A 3N2XA 5AYZA 3CWOX 4QSHA 3OA3A 1LRQA 4LRTA 1PL9A 4OHQA 2ISVA 1YADA 3LHZA 2C6QA 4LNYA 3VCRA 5LGZA 5KTLA 1H61A 4D2JA 3HBLA 1KW1A 1GYNA 4WX2A 4Y6GA 4I7UA 3G24A 2I14A 3B0PA 4WQ6A 3NQEA 4I7VA 1YTDA 2FTPA 1ZAIA 3E12A 3BW3A 2X2GA 4AHPA 4DELA 2YPIA 5HQEA 1MEHA 1VRDA 1DORA 5D2TA 2QCMA 4LOCA 2C14A 2JKPA 2NX9A 2JK2A 4MIMA 4MJZA 5D33A 3TFCA 5EBUA 5F1UA 3PUEA 3QF0A 5FF2A 4BR1A 4RJEA 5I3JA 1HG3A 3LERA 3DFTA 4O16A 5D03A 2DZPA 4HNVA 2QCNA 2QCDA 3UYCA 1MEIA 4M6VA 2QJHA 4FIQA 3BW2A 4UC5A 5FEZA 1LBLA 3IIPA 3RFAA 1W5OA 2RH9A 3GKAA 4O1AA 5BW6A 1VGAA 2Y85A 2J27A 3BK0A 4A3UA 1TPFA 1KM6A 1JCJA 2F84A 3W7CA 3NOEA 3BG3A 3UZ5A 4RV8A 1JRCA 2GPTA 3QYQA 4UFHA 4N4PA 5IBXC 5FF0A 3GXPA 2NUWA 3W7GA 1LOQA 1H51A 1O5XA 3Q58A 3W73A 4HSOA 4IXHA 2GOUA 2R14A 1KFJA 1K7FA 2H3BA 3O05A 2DZSA 1XL9A 3I7RA 5EMUA 4IX0A 3ANYA 3HG3A 1FWRA 3QJAA 3TSMA 4TR9A 5HWNA 2TRSA 1A53A 2NXHA 3GKFA 1WAUA 3DFSA 3RNDA 3L0KA 4MUZA 2HMCA 1DHPA 3W1NA 5FI8A 1G4SA 2FPYA 5FF7A 3BARA 3BG9A 3QC3A 3IGUA 3NZRA 1FUYA 3DGRA 1IF2A 1PV8A 1Z42A 3LXCA 4JNMA 1PVNA 1O4UA 3LXAA 3TNOA 4Z1BA 3QSRA 4FB7A 1TV8A 1P5BA 1ONRA 1QAPA 1K7XA 3KXQA 1EEPA 3LRLA 4YXGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Q4R A;  4FOU A;  3BOF A;  4N2Y A;  1GYL A;  2B81 A;  2GVE A;  5E5C A;  4JIH A;  3PAN A;  4K7V A;  2G8Z A;  3OZY A;  4J3U A;  1QPQ A;  1Q8A A;  1IT7 A;  1WB0 A;  2YA1 A;  4AAJ A;  1CXK A;  1UML A;  5AC8 A;  1FWW A;  2IPJ A;  3STE A;  1X1N A;  4FO4 A;  4L5Z A;  4B5T A;  1BYC A;  5KMY A;  3N1A A;  1BHG A;  4ICC X;  2OT0 A;  3EGJ A;  1J4E A;  2VZU A;  5CZT A;  1ALD A;  3MV1 1;  5C7V A;  2HJP A;  4FSA A;  2VDG A;  4NZ4 A;  3LTP A;  5KZE A;  2O9R A;  3W25 A;  4PSR A;  4AZB A;  4IX2 A;  1GG0 A;  8XIA A;  3WLQ A;  2KX9 A;  1FWS A;  1UPM B;  1XGZ A;  3JVA A;  4DAF A;  1OCJ A;  3EOO A;  3RG6 A;  4K2S A;  3URB A;  1WYI A;  3GNO A;  4BI7 A;  2YZ5 A;  2BOE X;  4G7E A;  4JHM A;  2CBU A;  1OX4 A;  3ABS A;  3MU7 A;  3OEX A;  1JPH A;  4IUG A;  3GK0 A;  3PUO A;  1AL7 A;  2ISF A;  4MSS A;  2FVM A;  2UY2 A;  1EJS C;  2XVK A;  1GK8 A;  3QYS A;  4RK8 A;  4H9M A;  1GEQ A;  1DXE A;  1J96 A;  1PPI A;  4E5T A;  3WQ6 A;  4QAW A;  1E1C B;  1WV2 A;  4TX6 A;  1V6X A;  2WVT A;  2VR4 A;  4H6K A;  3VIN A;  4A2R A;  4W7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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