4R53 | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	KNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVKEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
publication title	Tyrosine 110 plays a critical role in regulating the allosteric inhibition of Campylobacter jejuni dihydrodipicolinate synthase by lysine. pubmed doi rcsb
source organism	Campylobacter jejuni subsp. jejuni
total genus	117
structure length	296
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2014-08-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4r53A00

8TIMA 4WXZA 3CU2A 1Q6LA 3O16A 5G1TA 4JTLA 3G1FA 2BTMA 3C2FA 1JJKA 3DHDA 1SFJA 2XN2A 2ZTKA 3NQEA 2A0NA 1OK4A 3NL2A 3T55A 1WA3A 3KVJA 5FF0A 4CNNA 1TPH1 2YDAA 2CWNA 1JR1A 2Q8LA 1OX4B 3PB0A 4PA8A 3VFLA 4BI6A 1AW2A 3M41A 5D38A 2RDUA 3PBYA 2QUTA 3PR2A 4LUIA 3NGJA 1Z42A 4O4VA 5G4WA 4OT7A 4RX0A 3C2EA 5KZMA 4KFOA 3W7MA 3N34A 4NJKA 1IGSA 1WBHA 3G24A 2CW6A 2Y89A 4LS1A 4N9CA 1YPIA 1QCWA 1IIGA 3CIXA 3LGEA 5K3VA 1TPEA 1O5XA 5LSMA 4Y96A 2DZVA 2Y63A 1VJIA 5F4WA 5FI8A 4OE7A 5CSSA 3NZ1A 4CNOA 3LV5A 4OV4A 3CHVA 2Q3OA 1AW1A 2ZBTA 5EBUA 4JX5A 3W71A 3NDOA 3MWAA 4WXYA 1W0MA 4AAJA 4JEQA 2B7QA 2E5DA 3W2KA 2GQ8A 3L65A 4WUIA 4XWUA 3UWVA 3HGRA 1TTJA 3Q58A 1JCYA 5EPDA 4RZ6A 5LNRA 2PRHA 1EWEA 3TSDA 4DELA 2A21A 3QW4B 2PRMA 1SW0A 1Z48A 4JR5A 4K37A 4JYEA 4QSHA 1PS9A 3HB9A 5CZJA 3FLUA 2ZA3A 4R34A 3QZEA 2AGKA 4ZQNA 1JCXA 3P84A 1UCWA 1O4UA 1I2PA 4MKNA 3JS3A 1OFQA 3CIWA 3STEA 1KM0A 2R91A 3TUUA 1TJRA 2CLIA 4PC8A 3NL6A 3C4UA 3TX9A 2ZRVA 2FLIA 5BW6A 5BRBA 4NJGA 1LBLA 4OGZA 4AF0B 4QNEA 4Y90A 1VH7A 4LU0A 3W7RA 3LRLA 2G96A 2WNNA 1OFPA 4OHQA 4NT0A 3GDMA 1W56A 4GXMA 1RQBA 3W2MA 2R14A 3FYPA 3GIYA 1KM2A 3PS7A 2A6LA 4ZQOA 4IPJA 1B9BA 2E6FA 3BO9A 2O7QA 3DKJA 4YMZA 4Q32A 1WQ5A 4JIPA 2ZRYA 4O19A 1A5SA 5KSWA 1S5TA 1AW5A 1EB3A 1M7PA 3W1QA 4RV8A 2X2GA 2IQTA 4XTIA 2E5CA 2QJIA 3IV3A 4D2JA 3PG8A 4O11A 3LTYA 3V75A 2FB2A 1UBSA 1EUAA 1QPOA 2QAPA 3LCHA 4XZ9A 3UWYA 4O4WA 5FF2A 5I3IA 4Z0SA 2BZNA 1WOBA 2H8ZA 2Y7FA 2HMCA 2VFGA 4UNKA 1AL8A 4RXFA 4ML9A 1CI1A 4GUJA 1D9EA 4O14A 3G1YA 1TCDA 1S3HA 4FNSA 4LS2A 4FNPA 3O1NA 1ZAIA 1GTHA 3HPZA 1W3IA 4N9DA 4M6QA 1DBTA 1W5OA 1M7OA 4OQVA 4GFSA 4B5NA 1LRTA 1THFD 1V7YA 4HPJA 3T7VA 1OX6A 2XN1A 1MEIA 2WV8A 3ABSA 2Y7EA 4N6EA 2OT0A 4DEFA 3DHFA 3I65A 5DELA 3FKKA 4ADTA 5EY5A 3LXAA 3T44A 1IXQA 2Y6ZA 2YX0A 3SIZA 3QEZA 3TSMA 2V82A 3O15A 4OWGA 3S5YA 4FIRA 1FWSA 5LNSA 1W5PA 1H7RA 2QCCA 2GVLA 4FNTA 3SSJA 3NQCA 4IX2A 2J27A 3C2OA 4JTSA 2WO5A 2J9YA 2QUVA 3R8RA 5CG7A 3B0UX 1BTMA 2YYTA 4IMEA 1QWGA 4RLIA 2ABBA 5HR7A 1FWRA 3N2XA 3W7DA 3ZWSA 3M43A 4RJEA 1WV2A 4X2RA 1VYSX 1H1ZA 4ADUA 1AG1O 4ZQMA 1ZFJA 3H53A 4WY0A 3MI3A 1DQXA 3INPA 1GJPA 3W88A 3G0UA 1SZGA 3CC1A 3QRHA 3QQ0A 1C9DA 3UD6A 4C1KA 1VRDA 3STCA 4UTWC 4HSNA 4Z1BA 2EHHA 1EIXA 1K03A 5K7JA 1P5BA 3TU9A 3SFKA 4I7WA 5D2VA 1IXPA 3L2IA 4N2YA 3PULA 3GK0A 4NX0A 3LTPA 3W2UA 1ICQA 1W3NA 3LRMA 5G4EA 1G4PA 4UTKA 1Q3NA 1FWNA 4IMDA 3W7CA 1JULA 1QNVA 1TPUA 3UWQA 4FF7A 4BWLC 1I45A 1MXSA 1MEWA 3W3OA 5IM51 1OFEA 1OYBA 4JY8A 3NPXA 3UWUA 1X6UA 3W22A 4R7JA 1RD5A 1YLVA 4MIMA 4O52A 5J5RA 1WX0A 3DU0A 4A3UA 2ZZ6A 4HNNA 2VC6A 2Y62A 4QAIA 3G18A 3TXVA 3NQFA 3RLVA 4HNTA 3W72A 3WJWA 3NQAA 3U2OA 2B0MA 3NL5A 1VHNA 4NJJA 4UC5A 5I3FA 1NEYA 4MJZA 2DU2A 4FB7A 3GLCA 4LC8A 1TV8A 3PUDA 1F6KA 2KZHA 1OF6A 3CT7A 5DXXA 3HG3A 1Y0EA 1H5YA 1AL7A 2RFGA 1L6SA 4JTFA 3VE7A 3RK8A 3V1PA 4PL2A 3FA5A 4UMAA 3CEPA 2JKAA 3MI2A 4GJ1A 1JQVA 2VOMA 3EWWA 1OFDA 5HINA 4IOTA 3SECA 5D2YA 4Q4KA 1LRQA 1FWTA 4HSOA 2DZSA 4OV9A 1G69A 1DVJA 5E93A 1XKYA 3W7GA 4JD4A 3E49A 2A5HA 1LROA 1MZHA 3IEBA 5BNKA 1TPWA 1NAL1 3MP4A 5AHMA 4NNCA 4XBSA 3UWZA 5K9DA 1PL9A 3UXAA 1S5WA 3KRSA 4UTTA 3N2MA 4ZZ9A 4AEOA 1SO3A 3CWNA 5F2GA 3FJLA 3M9YA 3FEMA 3KXQA 5HR6A 2I9EA 4MZYA 4AMAA 4JDYA 4IMGA 2ZRXA 2TPSA 1I2NA 4ZQPA 3OVRA 1LOLA 1PV8A 1DOSA 1TPC1 3EWUA 2NXHA 5LNVA 3A21A 3LLFA 3GKFA 1ZNNA 5AN7A 1XDMA 2RHGA 5D2TA 4UR7A 2V8ZA 3MBFA 2D73A 3LXBA 4Y8FA 3TAKA 1H61A 4W9TA 3M5XA 2E09A 3PY2A 3HPSA 2C19A 5DBTA 1L9WA 1LZOA 3FS2A 1JRCA 4CQ8A 2E77A 1KV8A 3STFA 3I7SA 5HNRA 3IVSA 3TMQA 2GVJA 3B03A 3ABOA 4WY0F 4FXSA 3UY8A 5I3JA 1F73A 3H55A 3TDFA 3W7LA 5EMUA 2JGQA 3P5ZA 4GNJA 5DLCA 1XBYA 4NNAA 1G4EA 3S1XA 3EX4A 1TQJA 4TX9A 3IIOA 1SO6A 4UFMA 3ABQA 3W2JA 1B4KA 4LT9A 4CCCA 4MYXA 1ZALA 1OG0A 1C29A 2VFIA 3VI2A 3HGOA 2NXIA 1KA9F 3S5OA 1TO3A 1VC4A 4FNUA 4XUGA 5AC6A 1L2UA 1KTNA 2OCZA 4GE8A 4TU1A 5LNWA 3RLUA 5FESA 1F5ZA 3TA6A 6ALDA 1GG1A 5J5DA 3W7OA 1F6PA 2UV8G 4JGDA 3M1ZA 1F76A 1T99A 4QQ3A 1ALDA 1WDWA 1GEQA 2X1UA 2QCGA 4FHAA 1HTIA 4UTLA 2CFFA 3WFAA 3G0SA 3OG3A 4LTSA 1WAUA 5FEZA 1Q6RA 4JTTA 3TMLA 1LLWA 1L6WA 2CLEA 4QNWA 1RPXA 3C2VA 1V5XA 5AHLA 4N4PA 3HBLA 4RR4A 4E38A 2A6NA 1YDOA 3IIPA 4LVDA 3O63A 1LYXA 2G97A 3OHIA 3HG2A 1HO4A 3C8FA 5AHIA 2Y7GA 4UTUA 1TPDA 4KWVA 2X1SA 3NQ7A 2ZDRA 2B7OA 2NWSA 1TMHA 2BXVA 4U4MA 4ALDA 3BW4A 3SJ3A 3EKLA 4BFAA 1PE1A 2A7RA 2BWGA 4O1BA 1TPFA 3LB0A 4RXGA 3CPRA 4MLRA 4DBEA 5DN1A 2C13A 5EA9A 1KM5A 1VYRA 4KWWA 2VXNA 1FWWA 3HOJA 3TJXA 1AK5A 3QPZA 3GKAA 4BWLA 3G0XA 2E68A 5BMXA 1GQNA 3EXRA 2CLFA 5EYWA 4LS0A 1GOXA 1IIHA 3GB6A 5AYZA 1GWJA 4ONVA 3NEVA 3CB8A 3N73A 3QYQA 4S2BA 4MFEA 2C16A 3THQA 1YXCA 2V2HA 1SFLA 3UPWA 4M19A 2ZZ4A 4JXCA 5I3GA 1WBJA 2P10A 3EX2A 4ZMGA 1XM3A 4UNLA 1F74A 1PCWA 4A2RA 4JTJA 1RQEA 1HO1A 1P0KA 4RK8A 2Y7DA 3LXCA 3G8EA 1XC4A 2CZ5A 2Z6IA 2EAWA 4UCGA 2H6RA 1O95A 2Z6JA 2LLEA 3W23A 4RCXA 4PCFA 1KFBA 2QF7A 3SY5A 2W6RA 4Y6GA 1ZAJA 3TC7A 2C15A 1S5VA 1DORA 3C6CA 2YW3A 2I14A 3TR2A 3RMJA 4TO8A 3DI0A 4Z08A 3FIGA 1ME9A 3N9SA 5AHEA 2RDTA 3PBVA 3ZR4A 3NL3A 4YXGA 1KTBA 4WZHA 4DPQA 5D09A 3GDTA 1J2WA 4K36A 3AJXA 4Z1CA 2QAFA 2JKPA 1LCOA 3DFSA 4QM1A 3M0ZA 4K8EA 4A21A 3T4CA 1C8VA 3OEXA 3W7NA 3PM6A 3S1UA 1XUUA 2QCDB 1SSDA 3PSWA 2Z0IA 2C6QA 3P80A 4K7VA 2PURA 2QCNA 3BPWA 2QCMA 3MP3A 1H7XA 1ICPA 5AOUA 3W6YA 1MO0A 3L67A 5BOOA 1VCVA 3IVTA 4FNQA 4GUFA 4O50A 3LDVA 1QOPA 5KZEA 4FEZA 5EKYA 3L5LA 1TB3A 4H3DA 1W54A 1UUOA 5CZSA 3W1LA 3W7IA 1J4EA 1Q45A 3IGSA 1O94A 4YL2A 2VFEA 2X1TA 2HSAA 2WJZA 1PHQA 1GVFA 3ATYA 4M6VA 4UTIA 2E1DA 2RKXA 3CEUA 3O07A 2WKJA 3W1MA 5C5YA 3G22A 4JTIA 3F03K 1FDYA 3LHZA 1FUYA 3UZJA 3DKLA 3WK0A 4DO5A 1SW7A 3W1NA 3A23A 3Q37A 3F4NA 3HMJG 4UFHA 3TXZA 1H63A 4JYFA 5D2XA 2JK2A 2V0TA 1KM3A 2FPYA 4PTNA 3W76A 2EPHA 4UFIA 3EKZA 1X1ZA 3QM3A 3EXSA 5D33A 3KAOA 3W9ZA 5D04C 4CNPA 3KVKA 1KBIA 1EA0A 5ABTA 1G7VA 1VQTA 4N6FA 5BMWA 3L0NA 1PVNA 4O8RA 3O6YX 3F4WA 4AB4A 1FBAA 4L4MA 1KW1A 1TREA 2QKFA 1TV7A 4DQWA 3VKJA 2ABAA 3E0IA 4XKYA 3FJ6A 4P61A 3TH6A 3P61A 1X1OA 2B7NA 1Z41A 4BI5A 2QCHA 1XCFA 2FTPA 4K38A 2JBMA 4EVZA 1I2RA 1GPWA 3W7PA 5DXYA 1VPXA 3TE9A 4MLJA 5H91A 5IBXA 2DZPA 3ELFA 3W2NA 3L21A 2J24A 5AYXA 3GR7A 4CQ9A 4UMCA 1ONRA 3N19B 3DFQA 1BWLA 3SR7A 1ADOA 5DCBA 1G4SA 4MY9A 1Q6QA 2YCEA 4EOUA 3O6DA 3NQGA 3O06A 2ZZ7A 2WPBA 5F2LA 3CLMA 1LBMA 4DF0A 3FKRA 4MFDA 3TV8A 4IGHA 1YXDA 3LHTA 3G1AA 2W79A 1H1YA 3BW2A 1R2SA 2J9XA 2NUWA 3QC3A 4XBKA 3S8HA 1QO5A 4JYDA 5LNUA 2ATSA 1QPNA 3HF3A 4HT3A 5CKSA 5D32A 3DBPA 3WJZA 1KFEA 3OIXA 1OK6A 3UQNA 1OVDA 3NOEA 1OABA 3R13A 2ISWA 1W5QA 2PCQA 1U83A 1X7FA 2PC4A 5CPMA 2DZXA 4ZL1A 4NUWA 4WQ6A 3HIJA 3N3MA 1HUVA 2BLEA 5E1QA 2P1FA 2NX1A 4U28A 1ZAHA 3NPWA 5FEPA 4O15A 3I7QA 3LHYA 4NVTA 1G4TA 2TYSA 2V9DA 1BWKA 1G7UA 3GDKA 5K9CA 4AXKA 3ATZA 1XBXA 1YTKA 3A22A 4HN4A 1TTIA 2F84A 1TYGA 4AWSA 2YZRA 4NXSA 2CLLA 3S9YA 3BLEA 2Q8ZA 1KFJA 4LRTA 3D0CA 1DJNA 1R2RA 1PCKA 1VLWA 2H3BA 3DZ1A 5LGZA 1SZEA 2ZA2A 1K8XA 4WX2A 1FDZA 1TRDA 2HTMA 2ALDA 2ZZ2A 3N9RA 5TIMA 1P4CA 1JUKA 2CZDA 3LCXA 5A8GA 4IJBA 5CZ0A 1HFBA 1I8JA 5F2MA 3MHUA 3BVJA 1FCUA 1K7EA 4POCA 3NO5A 3ZFHA 3U6WA 4O1DA 4HHPA 4HKPA 3GR8A 1FX6A 3HQ1A 1A5BA 3I6RA 2C3ZA 4RZ5A 1FQ0A 1P1XA 1TPVA 2EGZA 2YR1A 3W07A 1X8FA 3GNDA 4NXKA 3C61A 3Q94A 1PIIA 4O1CA 1W3TA 3C3NA 5LGXA 5GVJA 1HG3A 1H62A 4NNBA 3NXFA 3S0CA 3O05A 1KV5A 3LTSA 3QMSA 1NSJA 1IF2A 1EPXA 1TJPA 5A5WA 5CPOA 2ZA1A 3O8AA 1GVOA 4NQ1A 4DF1A 4XTDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4R53A

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