4P8XA

The crystal structures of ykl-39 in the presence of chitooligosaccharides (glcnac6) were solved to resolutions of 2.48 angstrom
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
SYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTVGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITWLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 2
publication title Structural and Thermodynamic Insights into Chitooligosaccharide Binding to Human Cartilage Chitinase 3-like Protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 126
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4p8xA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p8xA01
4QLJA 2ZWYA 2PWHA 5CQ1A 3ZT7A 1W9UA 5BROA 2W4XA 3ARPA 1DWAM 2GK1A 1UYQA 4CGTA 4WKAA 4ZEPA 1UR2A 1TA3B 1WB0A 1R7AA 4PMDA 4F8XA 4NI3A 1UQZA 4GO9A 1GOQA 5ABEA 1DWJM 1QI5A 1UKOA 2YL8A 4PEEA 4JL1A 3PZQA 5EB8A 4W5ZA 2CEQA 2VR4A 1UWUA 3MUZ1 2AMGA 3L2MA 2OWXA 1HNYA 3WH7A 4PRWA 4PTVA 3BAWA 1OWQA 2WMIB 2WSKA 4CKQA 4AC1X 5M5DA 1UUQA 5E0CA 1NWTA 3OGSA 3FN9A 2XVGA 5CSUA 2CHOA 1QW8A 1C92A 1CPUA 3ZOAA 1JAEA 3W4RA 3AIWA 2XVLA 3AROA 4RE3A 1UH2A 1JDCA 2WAGA 3THDA 2J74A 3MU7A 2CPUA 2JF6A 4XB3A 3OBAA 1UZ1A 1QHOA 1MWOA 1Z32X 3ZJ7A 3MMWA 4OJYA 1MYRA 4LPCA 1QHPA 3PZVA 1C7SA 2ZUMA 4UFKA 4C7DA 1WO2A 1XHGA 4EKJA 1CWYA 1E0XA 1JDAA 1GUVA 1BYBA 4WKHA 1D7FA 1KXHA 2Y5EA 1FHDA 4UQAA 2X05A 1H49A 3WY1A 2ZUTA 4TVCA 1B30A 1GQIA 3SCWA 3AISA 1PIGA 9CGTA 4MB1A 1VBRA 1G9HA 2Y8VA 4M56A 3VD4A 4WK9A 4QFUA 3NCOA 5A6AA 5A3HA 1B3WA 2E4TA 6CGTA 2V3FA 3K1DA 1TFVA 1EIBA 5CSYA 1IZJA 1E0VA 2D24A 1PZ2A 2CNCA 3IK2A 4AXNA 3CZKA 1E6SM 2EPKX 3CZGA 5D9NA 1W32A 5GNXA 1QPKA 1W91A 4AD1A 5A2CA 4LYQA 1FH7A 2VI0A 5LA0A 1L8NA 2DIJA 5FCZA 2G3JA 3ARWA 4MB5A 4AZ6A 1OM0A 4U5KA 3KWXA 1E6ZA 5A8NA 1MQRA 1E70M 4YHGA 7A3HA 1DWGM 1DHKA 3MSGA 1UWSA 2DH2A 3N1AA 5C8BB 1SYTA 1O6IA 1WDQA 3ARVA 1J12A 1R8LA 5I3DA 4KWUA 1W2VA 1VBUA 4R27A 2WMKA 1V0LA 1NP0A 4QP0A 2CXGA 4B3KA 4CD7A 4Z2IA 3WQ6A 4H8VA 3HN3A 1E9LA 1US2A 2YKKA 3QOKA 5IDIA 2IXUA 1JZ7A 1VRXA 5GQBA 4K68A 2WPGA 1H3GA 4D6JA 1JXKA 1Q6CA 3PTMA 5TD4A 4JZ5A 2WZIA 2UY5A 5A69A 3VGDA 5GPRA 1H0GA 3F5KA 4BQ3A 1NH6A 1CLVA 3T2OA 2DPEA 3B9EA 2VTFA 3D3AA 1W3KA 3VDCA 3GBDA 4M8UA 3OA5A 3AMDA 3WD0A 2YJQA 4TVDA 2XWEA 4AZCB 3WD4A 3WH5A 1RD6A 1TUXA 3ARRA 1UD5A 1I1XA 3VVGA 3ARQA 2D0GA 4KGLA 1R86A 3FXYA 1E1FA 1B3VA 2XHYA 1V0KA 1CEOA 3VMNA 3VM5A 1B90A 2GDVA 5JUVA 4HPGA 1V02E 5CZKA 3ARTA 4Y7EA 1M03A 4NF7A 2W62A 3LMYA 1RP8A 3MUIA 3RJXA 5D9OA 4CCCA 1TVPA 4D1IA 1MW3A 3T2PA 4D6HA 3DYOA 3PZ9A 1G5AA 4E2OA 1FP8A 4C7FA 2QV4A 1NQ6A 5FIPA 4GI8A 4J3VA 5E0FA 4ATLA 3VX0A 4HA1A 2D2OA 4LX4A 3TTYA 3CZEA 2ZXQA 1WZMA 1QI4A 4UFJA 1U33A 2XSBA 2WHKA 1W3JA 2V5DA 3VD9A 2MANA 1E15A 3VD5A 3MV01 4GIAA 3NSMA 3SUWA 3OLDA 4QLLA 3FHAA 3NUKA 5EFFA 2WLYA 1MW2A 3A6OA 1E43A 4JFVA 3RCNA 4J28A 2BNJA 1H2JA 3E1F1 3RJYA 3OIHA 3CUGA 2DGAA 1BGAA 3WSUA 5CPSA 1E6QM 2XSAA 4L4OA 3DHPA 1J0IA 2CCRA 3BMVA 2NT0A 3T0BA 2C7FA 4B3LA 1Q6DA 4FLSA 1JZ4A 1G1YA 3PZGA 2DT3A 4A4AA 4CD5A 2JFEX 2DSZA 2VURA 4NZCA 3WNMA 3ZO9A 1X6LA 5I77A 5D4YA 3W37A 1CBGA 4MTVA 1VFUA 1ECEA 1HKMA 1XSIA 1SMDA 1UKTA 4NRSA 5EFDA 3SCRA 1HIZA 1UKSA 3VNZA 1W1VA 4OIFA 1CGYA 4PMVA 5HDRA 4D6FA 3RM8A 2EEXA 3ZJ8A 3RM4A 3NJ3A 1S46A 4DWSA 4GPNA 2WCSA 2A3EA 1B3ZA 1OD0A 3AMLA 5BCAA 3IJ7A 2EPOA 5CPTA 2J75A 4P7LA 3F5JA 5LYRA 2ZUVA 5CG0A 1W9XA 5D9PA 3VIOA 1J11A 2EJ1A 2ZUUA 3PZTA 4D6IA 2XPKA 1I1WA 3N12A 4FF5A 1ITCA 3M7SA 3RILA 4WJXA 1W3LA 3WDIA 5FKYA 1H41A 1UR1A 2X09A 2UY2A 8A3HA 2ZWZA 3NSNA 3W38A 1L0PA 1EDQA 1CZ1A 3A4AA 3AMCA 1WE5A 2J7EA 3LPGA 4WIWA 1VFFA 2W61A 3UEQA 2VL4A 2O92A 1XRVA 1UH4A 1BYAA 4FMVA 4AIEA 2VNCA 3L4UA 3L4YA 5ABFB 3EMZA 5CPQA 2CETA 1CGTA 4P7OA 1PJ9A 2WVUA 2BHUA 4AEEA 3ALFA 3RMEA 3F4VA 5LA1A 2XTKA 3SCNA 5FOOA 1KGWA 2WBKA 1BHGA 4J3WA 3EDEA 4RE2A 2D0FA 3RDKA 2BHYA 4AZBA 4PCTA 4TVUA 3M6DA 2WHJA 3U7BA 4RE4A 1QOXA 1V3HA 3SCSA 2VVNA 1YQ2A 3U7VA 4AZIA 1AQMA 3BMWA 4J27A 3T08A 1UH3A 3ZR6A 2VX4A 2RGMA 2GK1B 4XZBA 1WP6A 3U5YA 4J3TA 4UFLA 1UR9A 1HJXA 3AXXA 3CO4A 2CBIA 1ZL1A 3WIJA 1ZBWA 5I79A 5I5RA 3AYRA 5FL1A 1QNSA 3ECQA 2C0HA 2QHAA 1CECA 1E73M 2YL6A 4CN1A 1OBAA 4CVUA 1HXJA 1HX0A 2VQUA 4TTUA 1EDGA 3ZMRA 4W8LA 1JI2A 2ZXDA 3WUEA 1NWUA 1HP5A 5I6SA 4AD3A 3NYDA 3BXWA 3GNRA 2WZHA 5IFTA 4FK9A 1U2YA 2WKLA 1LLOA 4PMXA 1HVXA 2J7BA 3EMQA 3SUTA 2ZICA 3EBVA 4PMRA 3K8KA 1UD8A 1CGXA 4OZOA 3B9DA 3G6LA 1LWHA 2EPLX 4TUFA 4W5UA 1GOKA 1NM9A 4XX6A 1JZ2A 2J7GA 2WMFA 4W87A 1JD7A 1CGWA 4MNLA 1KXQA 2FH8A 1GJUA 3VIJA 1K9EA 3II1A 4AD0A 1UD4A 3POCA 4UOQA 2OSYA 1DP0A 3CHEA 2PC8A 2BVTA 4PMUA 4PYSA 4JKKA 1K9FA 1GQLA 1E6PA 1E5JA 3SUUA 1G0CA 2G3MA 2RGLA 3VIMA 4H8HA 1E55A 5A2AA 2A3CA 3GBEA 4PTMA 1TZ7A 3ARZA 2PWDA 3AIVA 4MNKA 2ESCA 2VQTA 1XD0A 3LPPA 3POHA 1PIFA 1VEMA 2ZUSA 4W84A 1BF2A 4AD5A 4EE9A 3PHAA 4P8UA 3FY1A 2Y2WA 4NSBA 3WUGA 2ZXBA 2UWFA 3B9AA 1AVAA 3WNKA 2YL5A 3VTRA 4FLOA 1EOKA 3AZSA 3WEOA 4X0NA 1HVQA 3AIQA 3DC0A 3L4WA 4U2ZA 3L2LA 1ZS2A 1PAMA 1XD1A 2WHMA 3VGGA 1GCYA 4YN5A 4ZE4A 2D20A 1FFQA 1QNRA 1OD8A 3UR8A 2BY1A 2VCBA 1EHAA 2W5FA 1JZ8A 2WMJA 1HJVA 3AZTA 1BAGA 3A3HA 7CGTA 1GPFA 2OSWA 1JG9A 1E4LA 3N04A 4M29A 3AIUA 1KXTA 1ZBVA 4HU8A 4HZ7A 3PZNA 5A8PA 1TG7A 3VM7A 4PMOA 1GQJA 1XCXA 3W25A 3VGHA 2G3IA 1BSIA 3CPUA 4OOUA 4CD6A 2WC4A 4H7VA 1OCQA 1MVYA 3WQ4A 2XFRA 3VIGA 4U3CA 4ATWA 3T09A 3GNOA 3PBGA 4M82A 2XJ7A 2XM1A 2QMJA 3BC9A 3WF1A 3PN8A 3CBWA 1UZ4A 2GJRA 1GVYA 4QCFA 1UOKA 1VAHA 3T2QA 1XC6A 2DSWA 2BVDA 3GTNA 3ARXA 1MXDA 3GH4A 3WBAA 3WDPP 5FL0A 2GUYA 4GINA 3CUHA 1C8XA 1HKJA 5A1AA 2WMGA 4OBSA 5M03A 3CMGA 1JNEA 3AIEA 1E4IA 1E1EA 3ZT6A 1J18A 2J25A 3VD7A 4WKFA 3WUFA 1LL7A 1TE1A 4EAMA 4YHEA 5BXRA 3WD1A 1RPKA 3PZIA 2VZUA 5HBFA 3WN6A 4DUXA 3W26A 1DWHM 3VPLA 3KZSA 2F8QA 1HL8A 1GNXA 2XIIA 2WBGA 5BXSA 3PTKA 4JKMA 3MSDA 4D71A 1ISXA 4OKDA 2E9BA 2CESA 2G41A 1W1YA 1PX3A 2D0HA 4BF7A 1XSJA 4J3SA 4JCMA 3AOFA 1FOBA 2FH6A 2G4FA 7TAAA 2YL9A 1H0IA 2VOTA 1VEOA 5A6JA 5GNYA 4H8UA 4Z2JA 1OT1A 4GKLA 1H4PA 1Q6FA 1KQYA 2BS9A 2D3LA 4GO8A 1PPIA 1MQQA 1JI1A 2FGLA 4BA0A 3ARYA 1WDPA 2QLYA 1UWRA 5AY7A 4H41A 5I24A 4V2XA 2DT1A 5KEZA 2G8ZA 1TR1A 4IM4A 1CGVA 4D6DA 2VX7A 2J7CA 4UCFA 4KRUA 2WC7A 4Z2LA 4B9YA 1TA3A 3IAPA 3WNNA 5CLTA 3AJ7A 3TOPA 4W7WA 1MXGA 1RH9A 1EO7A 4HTYA 5E6ZA 1XYFA 3SCTA 1A47A 1KCKA 3VKKA 3K4DA 3AICA 1MFVA 1EH9A 3L4ZA 1KQZA 2BV9A 3UCQA 5EBAA 1TCMA 2VX5A 1KXVA 1V02A 2JF7A 4PUEA 1NWSA 4F79A 1B9ZA 4AIOA 4MAZA 2WMIA 3AMKA 4DWSB 4PMNA 1UWQA 4CU6A 1LL4A 3N13A 3APGA 3VIPA 2WZEA 2DEPA 3CUJA 2J7DA 1W9DM 1E0WA 1EQPA 2FGZA 3AI0A 1KCLA 3WH8A 1OGBA 5A6MA 1BVNP 3A47A 3CZ8A 3SUVA 1JDDA 5A6BD 2A3HA 4AMCA 5CXPA 4B15A 4GQRA 4AW7A 4HOZA 4J7RA 3ZJ6A 2FDMA 5I0DA 1JF6A 1UR8A 1GONA 2W63A 4CD8A 2X1IA 4E8DA 3VNYA 3ALGA 3THCA 1FA2A 2VVSA 2ZX5A 3EDJA 1CXFA 5DF0A 3AIBA 8CGTA 4BQ4A 2YA2A 2CIPA 3UG3A 3WENA 3CZJA 1QNPA 1N82A 4P7RA 4UQBA 5D8WA 3OG2A 1KB3A 3WNPA 3KL5A 2WWCA 3EYPA 4HMDA 3WBEA 4GZIA 3WNOA 2GJXA 4F9DA 3QGVA 1GHRA 2J79A 2AOSA 3VDHA 2WWDA 2XUCA 3BH4A 1C91A 3UESA 4A3YA 2E8YA 3BGAA 3QHMA 3VIFA 3OZOA 3IJ8A 3KEHA 1NARA 5E6YA 1UQYA 1GOWA 3WDJA 3RIKA 4PMQA 3S2CA 3AHTA 3EMCA 1KR0A 4UFHA 1NWRA 2EPMX 4EK7A 2WLZA 2W92A 4CN4A 3W81A 4UZUA 1UKPA 1H09A 1PEZA 2OYLA 3WFLA 1V3IA 3AHYA 4CU7A 4ZENA 4KRTA 4P8WA 3UG4A 1UHVA 1LG2A 2BVYA 4B9ZA 5AC4A 2QF8A 1HJUA 4JFUA 2Y24A 1J0ZA 4UZSA 3PTQA 1WZAA 1X1NA 4RL3A 1FP9A 1V0NA 3D5HA 3TP4A 2A3BA 4MB4A 1JYWA 2GSJA 3BAKA 4OBRA 2GFTA 3FNDA 3VD3A 3A4XA 4Z2KA 1HJSA 3UETA 5JH8A 3VMPA 1ZBCA 2W91A 2OYKA 1EHNA 3GDBA 2YDQA 1E72M 1JNDA 3QHOA 4UTFA 1EGZA 4D6CA 3BAYA 1BFNA 4JFWA 4D1JA 3RM9A 5JBFA 4AY1A 3W82A 3UERA 1LJYA 3PZUA 4UQDA 1VFOA 1CTNA 1IV8A 1HT6A 2XGBA 4L4PA 4W93A 4ML4A 2WXDM 3BLPX 3WDHA 3SCPA 3WDRA 5C70A 4TX8A 1AQ0A 3VGBA 2VR5A 1QNOA 2F61A 4EANA 2X0HA 2CERA 4AD2A 1BYCA 4W7VA 5IHRA 2EBNA 2BXZA 3LPOA 1JZ6A 3AHVA 1UG6A 3K8LA 3N15A 4AZCA 5CLWA 2EXOA 4DWSD 3WQ5A 3MV11 2ZE0A 2CKRA 5D9MA 2XYLA 5HPCA 1V3LA 3VIKA 2HISA 3BLKA 1QI0A 2VJXA 3W27A 1LF1A 2O9TA 2DT2A 3I3BA 1VJSA 2NW0A 1G94A 3CMJA 2V3EA 4HU0A 1PZ3A 1UR4A 3N11A 3VINA 2X8RA 3CZLA 1FHLA 2YA0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1GJW A;  1XYZ A;  1WAW A;  1V0M A;  3MAN A;  5A2B A;  3U57 A;  1XH1 A;  3ZST A;  2E0P A;  2QPU A;  4ACZ B;  3MMD A;  2CBV A;  2V3G A;  1B3Y A;  3W28 A;  3IJ9 A;  5BRP A;  4ZFM A;  1QBA A;  4HPH A;  1CEN A;  4HP5 A;  3HMC A;  1M04 A;  4U31 A;  1WDS A;  4AD4 A;  3SCO A;  5E70 A;  4LQ1 A;  2TAA A;  4P8V A;  1US3 A;  3ZJK A;  5BXP A;  1ZJA A;  2YBU A;  3CIV A;  2V38 A;  1M53 A;  3WL1 A;  4MJ4 A;  1HJQ A;  1J01 A;  2WKG A;  1CYG A;  4N42 A;  1QHZ A;  2IXV A;  4H04 A;  2OSX A;  5M17 A;  3GXI A;  5ABF A;  1FH9 A;  2DIE A;  4ATD A;  3FAW A;  1BTC A;  5JBD A;  2OWC A;  4Q7N A;  2AAA A;  4Z2H A;  3SIM A;  1BYD A;  3VX1 A;  2Y4S A;  3K46 A;  1LL6 A;  3KE0 A;  1W2P A;  1KFW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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