1VCVA

Structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase from pyrobaculum aerophilum
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
226
structure length
226
Chain Sequence
MIHLVDYALLKPYLTVDEAVAGARKAEELGVAAYCVNPIYAPVVRPLLRKVKLCVVADFPFGALPTASRIALVSRLAEVADEIDVVAPIGLVKSRRWAEVRRDLISVVGAAGGRVVKVITEEPYLRDEERYTLYDIIAEAGAHFIKSSTGFAEEAYAARQGNPVHSTPERAAAIARYIKEKGYRLGVKMAGGIRTREQAKAIVDAIGWGEDPARVRLGTSTPEALL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Probable deoxyribose-phosphate aldolase
publication title Sequential aldol condensation catalyzed by hyperthermophilic 2-deoxy-d-ribose-5-phosphate aldolase
pubmed doi rcsb
source organism Pyrobaculum aerophilum
total genus 86
structure length 226
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2004-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vcvA00
5D38A 3IV3A 3SECA 5LGXA 2G96A 2QR6A 3GKAA 4WD0A 3NQVA 3LCHA 3G24A 1Q45A 4O10A 5F4SA 1TPWA 5MHBA 3WK0A 3FA5A 1OX4A 4X9SA 1GQNA 2QDGA 5HWMA 4MLJA 4LV4A 4FEZA 4FF7A 1YTDA 3GXTA 5AC7A 4GNJA 4JTKA 5H2ZA 3B04A 1KBJA 4DO5A 2YSWA 3UZ5A 1G67A 3E9AA 3QW3A 1MO0A 2QUVA 3BPWA 4S2BA 4UTUA 1FWRA 3N9SA 3NL3A 5CKSA 1OG0A 4OV4A 3UQNA 3BLEA 4GC4A 2VKZG 3L65A 4ORIA 4EF8A 3LX9A 1SZNA 4N9CA 1CI1A 5G2IA 4DF0A 1L6SA 1TJRA 1G4TA 2FLIA 3ZWTA 1I2QA 4IUOA 4CCEA 2NX1A 3G22A 1SO6A 2NV2A 5A5WA 3HG2A 3W1AA 2GOUA 2NXGA 4NUWA 1K8YA 2V2DA 2OX1A 2A85A 3H54A 4IWWA 5CZSA 4AHPA 1LYXA 3D0CA 3WK1A 2VFFA 3VI2A 2GVJA 3JS3A 3B06A 3P62A 1JQXA 5CZTA 1A5SA 1G4SA 4H3DA 4KWWA 1L6YA 2VEMA 3PY2A 1FDZA 4W9TA 2E5CA 2PC4A 3TDFA 1OYCA 4AMAA 2CFFA 2GJNA 2C14A 2QCDA 4GUIA 1X8FA 1ZFJA 3MHUA 4O50A 4HNVA 5F4XA 3UWUA 3QPZA 4GUJA 4LWWA 4TU1A 1GJPA 1HO1A 3DFQA 4K7YA 3UWYA 4MVAA 5TBOA 1LOLA 4O8RA 1H1ZA 1L2UA 4O0KA 4CNOA 2RKXA 3STFA 1QOQA 1V5XA 4MY1A 2ZFAA 2AQWA 2XFWA 2J9XA 5KINA 1JUEA 1K8ZA 1DHPA 1TPFA 4JTIA 4CNPA 5D33A 4UFKA 1FX6A 1Q6LA 3JR2A 2C3ZA 3B0UX 4UCGA 4ZQMA 3TJLA 1B9BA 4IX0A 1IF2A 3G3DA 5J5RA 4AVFA 1ZAJA 4JXCA 5I3HA 1BWLA 1UJPA 3GR8A 3CQ0A 1GWJA 2B0MA 3PG9A 1LDCA 1PHQA 4UTKA 5BMWA 1H61A 3GDKA 2H3BA 2R94A 2RDUA 3O16A 3MJYA 2VEKA 4UTLA 1OFQA 4XQ6A 1T0OA 1NF7A 3DFTA 1EP1A 1GZGA 3NNTA 4J9JA 3W1RA 1S5VA 3TMQA 4JD4A 3CIXA 1ONRA 1PVNA 3O63A 3RF9A 4JX5A 5HWJA 4YL2A 3W7PA 4PA8A 3N3MA 3C3NA 3S1UA 4C1KA 3KRUA 4R7JA 2VOMA 1AW2A 3AJXA 4WUIA 3SIZA 1ZENA 4LOCA 3G1FA 3CLMA 4BI5A 1DQWA 1TO3A 2ZZ1A 3Q37A 3MW7A 2VFHA 4TO8A 3GZ3A 2CLOA 3TMLA 1KFBA 4R34A 3TXZA 3KHJA 1EWDA 1PS9A 4RZ5A 1ME7A 3TH6A 3NR0A 3W23A 3PUEA 2VELA 1OX5A 1XXXA 3CTLA 1LRTA 1EUAA 1TSIA 1M5WA 5BOOA 2FPVA 1HO4A 1DOSA 2ZZ5A 3LBCA 1NFBA 1QAPA 3LI0A 3EWWA 1N8FA 5AHLA 3GKFA 3W73A 1WXJA 2HMCA 5F2MA 1I2RA 1KFEA 2CWNA 3T7VA 4YMZA 5FF7A 3W7LA 1X1ZA 3NO5A 2NX9A 3O6YX 3C56A 4MY8A 1Q3NA 4DXVA 1JCLA 1YXDA 3LCIA 3LRMA 4GFSA 3UWQA 5FEZA 3ABQA 4GWEA 1H7PA 4RXFA 1VQTA 1QMLA 2V30A 2EGZA 1WBJA 2Y89A 3BLIA 3C4UA 3I7RA 4LW7A 3W85A 4JDBA 3DFPA 1W3TA 2XN2A 2VENA 4ICNA 4U4MA 1KFJA 4CNNA 3KVLA 5EBUA 5F1VA 3N19B 5D32A 1T99A 2ZDRA 1PIIA 2QCMA 2YX0A 1FDYA 2B7OA 1VYPX 3QJAA 3GVGA 2YXGA 3O8AA 3PBVA 3VKJA 2ZZ4A 3UPBA 1V7YA 3CC1A 3LGEA 5AOUA 2CZ5A 1MEHA 5DXXA 2YR1A 2QCFA 4WY0A 1W5QA 3N34A 3HG3A 2DJXA 1VGAA 3RLUA 1RR2A 2OT0A 3GYEA 3H53A 2GJLA 5SWUA 4QAIA 1JUKA 4NVTA 4I7WA 1TV7A 2E5BA 2ZBTA 1H63A 4POCA 3BG9A 3W7MA 2RFGA 3P8IA 4PC8A 4LY8A 2P10A 4BWLA 3DFNA 4Z08A 1NEYA 4E0CA 1K8XA 2V2HA 1FXQA 3P8JA 4UTWC 1EP3A 4YLWA 4LU0A 3ZR4A 1TQJA 1R46A 2GQ9A 1YPIA 3EX6A 4LS0A 4MPQA 4HNUA 3CHVA 1A5CA 1FXPA 1LORA 2FDSA 1ZHAA 1OK4A 3O07A 6TIMA 1HL2A 4FX8A 3I6RA 1K3UA 4OQVA 1P0KA 3Q58A 3TIMA 3W2MA 1GOXA 4K37A 3GAKA 3QRHA 2O7SA 1UUMA 4ZQPA 3W1NA 2EHHA 4JEQA 4MJZA 1U5JA 3NZ1A 5FEWA 1W5OA 3HGSA 3UXAA 4UTIA 5D02A 4FNUA 2QEZA 2WQPA 3OG3A 1VJIA 2CLHA 1ME9A 4JYDA 1IIGA 4UMCA 3QPYA 3NA8A 1LRNA 1WBHA 4RKAA 3T40A 3B4UA 5CSSA 1SR9A 3M1ZA 1KM0A 1JCJA 2CW6A 4IPJA 5BW6A 3W1LA 2HS8A 5EPDA 2Y7GA 3IVUA 3MMTA 3INPA 1H5YA 1GTHA 3H55A 4X3ZA 3EX2A 3WJXA 4OGZA 1RD5A 3W7GA 3W84A 1X7FA 3W7IA 1W54A 2V5LA 4E2DA 1AL8A 3GNDA 1QR7A 4OU1A 4HSNA 3DZ1A 1I4NA 4JX4A 3LCFA 3W83A 3CWOX 1TPB1 5EA9A 3QSRA 4LTSA 4JR5A 1TIMA 2GVLA 4LRSA 4TX9A 1ZAIA 4PCFA 1TPH1 2OZ0A 2GQAA 3SZ8A 1N55A 3NEVA 3TNOA 3B03A 4UNKA 3STCA 3W70A 4GJ1A 3NQ7A 3LHTA 1TB3A 1TRDA 3UWZA 4PH6A 1DVJA 3C52A 2EAWA 2CZFA 2EKCA 1KLZA 2FTPA 3WJYA 1IIHA 3M9YA 5AYYA 4O0ZA 3SFKA 2XN1A 4GRSA 3L5MA 4DO6A 3BO9A 3TAKA 3P60A 3QZEA 2E09A 5HINA 1W5MA 3GAYA 3IEBA 5DCEA 3W1PA 1LTDA 3NVTA 5CPLA 3DXIA 4MUZA 1XFBA 5D05A 3MUXA 3S5OA 3NZRA 3TK7A 4HSOA 5K2ZA 4FXSA 4I9AA 3L0KA 3NQDA 5G1TA 5FF2A 4IX2A 3N73A 4EF9A 3IGSA 4O15A 2HSAA 4LUIA 4K7VA 2RHGA 5E93A 3L68A 1OFRA 1GTEA 1VHNA 4UFMA 4AWUA 4IQLA 4AWSA 2X1UA 4IOTA 4L4LA 4R33A 2ISSA 1QO2A 1I45A 1ML1A 3M16A 1THFD 1T8XA 1LRQA 1YDNA 5F2LA 4BWLC 4L4MA 2PRLA 2BSLA 1DORA 2ZRVA 4BR1A 1M7PA 1Q6RA 3UPWA 3B0PA 4ADUA 3S1WA 4LT9A 1GVQA 1LOSA 3NQFA 4LVBA 4H6KA 2P1FA 1FBAA 1YLVA 3LB0A 1JCYA 3ATZA 3CPRA 4K6AA 1Z48A 1GPWA 3HJZA 4HPJA 1H7RA 2ZRZA 1VYRA 4UFLA 2BWGA 1XDMA 5KSWA 1I2OA 4CQ8A 3T78A 4IMGA 1YADA 3SW6A 2FJKA 3S5YA 5AC6A 3EB2A 3EWYA 5FF4A 3ZFHA 3HGJA 1WV2A 2H8XA 1OJXA 4ADSA 5DELA 3HGOA 5I3JA 4JYEA 2CLFA 1OFBA 3MYOA 1XI3A 3EWZA 1I2NA 3F4NA 1WYIA 3IIVA 3KVKA 3V75A 5LKYA 1KTNA 3M5YA 1TV5A 4FX6M 1BKSA 1NVMA 3TXVA 3A22A 5CZ0A 1IXOA 5BMXA 2EPHA 1LZOA 1YYAA 1WOBA 5KTLA 4PL2A 3EXSA 1B4KA 1FQ0A 4RV8A 1N7KA 3BK0A 3W7OA 3A21A 4WXYA 1R47A 3NPUA 4RZ4A 4R53A 2TPSA 1A50A 2Y7DA 4EIVA 5CPOA 1KFLA 4JTHA 3E0IA 4XBSA 3C2VA 1XBYA 3FJLA 3SJ3A 5KZMA 2ZA3A 2ZRUA 3DHFA 4O4VA 3RFAA 1B3OA 3HPZA 1CX9A 4O1BA 5HMSA 4Z1AA 4MZ8A 4MZYA 4AF0B 5CPMA 4NXKA 4LVFA 5E1QA 2W79A 3VE7A 5D30A 1KLYA 1K03A 1VR6A 1YXYA 2QCHA 3ATYA 4RR4A 3RLVA 2VFGA 5K3VA 3GDLA 2VEPA 4K38A 2ZTKA 4O16A 4HN4A 4O1AA 3LLFA 2NXHA 1JJKA 5G4WA 3G18A 4XTDA 1VZWA 3U8GA 4ZQOA 1Q6OA 1SO3A 2QJIA 1XKYA 3G1SA 1VCVA 3TC7A 3HOJA 2ATMA 4GUHA 1VC4A 1ICPA 3EXRA 3ABSA 4FIRA 3LDVA 1CW2A 1ALDA 2E5DA 3RK8A 3LV5A 3O06A 1MZHA 5C2XA 5AHNA 5F2GA 5HR6A 2CLEA 1ZY9A 2C18A 3M41A 5C54A 1X1OA 3C2RA 3KAOA 4IPIA 3GLCA 1JCNA 3F03K 2E68A 1SSGA 2V5BA 3O05A 2NUXA 1XL9A 1F5ZA 3A5VA 1Y0EA 3TUUA 5FF3A 4WOZA 1L9WA 4JIPA 5F2IA 1F6KA 3LCXA 2Z6JA 2DZXA 3MI6A 2QJHA 3A9IA 3IIXA 3NL5A 2C16A 1T96A 4YWIA 5LNVA 4UUIA 1GVSA 1QPQA 2Y7FA 5K7JA 3HPXA 4QM1A 4A2RA 1U83A 1VCFA 3MO7A 3SR7A 1G7VA 1LBLA 1X6UA 2QCCA 5K9CA 3S1VA 3ANYA 3DKJA 2J9YA 2OJPA 1SQ7A 2TYSA 3EWUA 3LHYA 1LM1A 1XUZA 5D2VA 2QDHA 3LBMA 3UYCA 3HF3A 1UB3A 2B7QA 3U6WA 4TMCA 1OF6A 1TRIA 1SFLA 4DELA 3GDTA 3NQAA 3EX3A 3DH7A 2W6RA 3FIGA 1TPUA 4UTMA 4HPXA 3GK0A 3QQ1A 4CQAA 4FB7A 4QQ3A 3F4WA 4AEOA 1SO5A 4FO4A 4O1DA 2NUWA 3TSMA 1TTPA 4FNSA 4RJEA 4X2RA 1M6JA 3BGGA 2VFIA 3W87A 3B0VC 5EYWA 1A5BA 3P80A 2X1TA 2C0AA 1IXNA 5IBXA 3GXNA 5LHEA 1VRDA 3QFEA 4RCXA 1KV5A 2ZRXA 5HUPA 4M6QA 5LGZA 4JYFA 5AYZA 1ZALA 1AW5A 4A3UA 1GT8A 3MI2A 1YTEA 3HBLA 1QPOA 3BARA 2QAFA 3GDMA 3KRSA 2WSYA 4MYAA 5AN7A 1D3GA 5C55A 3IVSA 2CLIA 1O60A 3YPIA 1S5WA 4FHAA 1DL3A 1TCDA 1KTCA 5EKYA 4M6PA 2PURA 4S2CA 4TMBA 5GVJA 1WA3A 3W7RA 2FPYA 3PB0A 2Y6ZA 4C1LA 5KZDA 5A8GA 4NNCA 3BLFA 4OBTA 4O14A 2ZA2A 3W1UA 1P5BA 3LXBA 1FCQA 1DV7A 4XTIA 2A5HA 4UMAA 1A53A 4OT7A 1TQXA 5L6UA 2Q8LA 3MBFA 3ZWSA 2ATSA 1NAL1 3BW4A 1AL7A 2ZCGA 4S1FA 1KM2A 3MP5A 4BI7A 3W9ZA 3G1AA 1G4PA 2C6QA 5DLCA 3GNNA 1I2PA 4NT0A 2ZTJA 1YPFA 3W7KA 3OEXA 3CEPA 2VXNA 3R5EA 1RPXA 3QW4B 1BWKA 4QITA 3WFAA 2J9ZA 3QMRA 1R2TA 1A5AA 2FPTA 4JTGA 1O5XA 1F73A 5ABTA 3VE9A 5LNRA 4N4QA 1L6WA 1B57A 4RXGA 1QWGA 1TPDA 1RV8A 4K36A 1KFKA 5LNSA 3TA6A 4DF1A 3IVTA 3R2GA 1KM5A 2BLEA 3P61A 3KXQA 3L66A 2UV8G 2E6AA 1F76A 3DAQA 3L0NA 1F05A 5AHEA 4Y96A 3LM7A 4UXDA 1GVOA 4ALDA 4KWVA 4N4PA 2F84A 2Z0IA 4M5PA 2EF9A 4QNWA 3L5AA 1VYSX 1QFEA 1OFEA 3LERA 1W0MA 1IXQA 4I7UA 3P74A 3L5LA 3BVJA 3TC6A 5CSRA 3NXFA 3NM1A 5HUOA 2OT1A 1B4EA 3PWAA 4GE8A 5HNRA 4UTTC 4LVDA 1OYAA 1K7XA 5I3GA 1XBXA 1EP2A 2JGYA 2D73A 3NOEA 2J27A 2Q3RA 3G8EA 1OHLA 2ZA1A 2ZZ2A 1Z41A 2C19A 3AO0A 1OFDA 1FCUA 5T26A 5FI8A 3S5NA 3NG3A 1F6PA 2Z6IA 3M44A 3NQ6A 4JDYA 3A5FA 1LOQA 2NZLA 1KM1A 1P1XA 1GEQA 5FEPA 2WO5A 4JS3A 4GXMA 1H7XA 1TYGA 1W3IA 3W1XA 1C29A 2DZUA 3W7JA 1JULA 3NQ2A 3HO8A 3PUOA 3DBPA 3P5YA 3KFTA 2Y70A 1TMHA 1KM6A 1F74A 4NJIA 2BXVA 3N2XA 1VPXA 2HTMA 3G1VA 2YW4A 3GDRA 3OVQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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