1W5MA

Stepwise introduction of zinc binding site into porphobilinogen synthase of pseudomonas aeruginosa (mutations a129c and d139c)
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
NRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVCLDPFTTHGQCGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Synthase
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
publication title Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 128
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2004-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w5mA00
1MSSA 3B0VC 3EWXA 3GAKA 2C14A 1OFDA 4O11A 2DZTA 3W7QA 3LRKA 2YYUA 4AHPA 5HQEA 3W1TA 2X1RA 4MY8A 1O95A 5AHMA 1YPFA 1F76A 4I9AA 3LHVA 2A7PA 3MWAA 2F7FA 4BI5A 3W2JA 3DFQA 2BZNA 2QCEA 2Z1BA 4MUZA 4XTDA 1FWSA 4HIBA 4MZYA 1A5BA 1XI3A 3VCRA 4IXHA 3UXAA 3C52A 2A6NA 1TIMA 1LRQA 2JK2A 2Q8LA 2O7SA 3TV8A 4FX7A 1FXQA 1LDCA 3QW4B 1B3OA 2X1SA 2ZRVA 3L5LA 2Q3OA 1QCWA 1GZGA 3IV3A 4NVTA 1ZHAA 4JX6A 5D2YA 4O57A 3USBA 1HL2A 2Y7EA 4HNVA 2X16A 3LLFA 5DCBA 1TRIA 5U4NA 1LLZA 5CPNA 3ABSA 4JTIA 2CZEA 1D3GA 3FIGA 1FCBA 4N9EA 1EP1A 3PUEA 2W0UA 2X30A 2C15A 1EP3A 2J24A 3LCXA 5KSWA 2WJZA 2X1TA 4O16A 2QJIA 3VE9A 4GE8A 3HF3A 4O15A 4ZQRA 3TXZA 4MLJA 3W7MA 2QJGA 2V0TA 2Y88A 1AK5A 5AYYA 4GUGA 2R8WA 3ABRA 4N4PA 4AH7A 3DH7A 3CHVA 5C54A 2I1OA 1OHLA 1MEHA 1PCKA 1FWTA 3PBWA 4S2BA 2VEMA 2XN1A 5AHLA 1GYLA 5T26A 2NWRA 4HNTA 1NVMA 3BW3A 1FBAA 3LXBA 5AHIA 3O8AA 2W79A 1T0OA 1W3IA 4RR4A 2CZ5A 4FB7A 3KVMA 2HMCA 2V2DA 3C61A 1SO4A 2Q3RA 1H63A 4CCDA 5AN7A 1VLWA 2ZTJA 4O1BA 1FCVA 5G1TA 3R12A 2A21A 2HS6A 2PC4A 4IMGA 4UNKA 2C13A 1SW3A 4LTSA 3TQKA 4BWLA 1EUNA 5H2ZA 1TTJA 3GR8A 1H7XA 4ADTA 3NA8A 5FF4A 3NQMA 2TPSA 3A24A 1C8VA 1SO5A 3NM1A 4IWWA 2J6XA 1S3HA 4ZQMA 4MYAA 4CNPA 5FEXA 1KTNA 5DY3A 4Y9AA 5KITA 2TYSA 4JS3A 1QPNA 4HPXA 4O1CA 4QITA 1PVNA 1AL7A 3W7OA 1F5ZA 2G5WA 3SFKA 1XXXA 4N9DA 1WX0A 1XBZA 2NV2A 3S5YA 3DFTA 1FWNA 2A5HA 3QRHA 1KM0A 1SZNA 1ZNNA 2DU2A 3O6DA 4O53A 3IVUA 3QMSA 2YYTA 3RLUA 1CW2A 2CLLA 3KVLA 1ME8A 5EY5A 3L21A 3W72A 4UR7A 3W73A 2FQIA 1TTPA 1L2UA 1VCVA 4PL1A 1B57A 2TRSA 2VC6A 5K4ZA 2GPTA 7TIMA 3W1QA 1O5XA 4PTNA 3TR2A 1M6JA 1C9DA 3NL3A 4MIMA 5EYWA 3PM6A 4AWSA 3LTPA 2VKZG 5D2TA 3BW2A 1VZWA 2QUUA 2XFWA 4IOTA 3T40A 3I6RA 4JX5A 5HJLA 2HS8A 4CQ9A 5L9FA 1LOSA 2X2GA 3DKLA 3LLDA 4DXVA 3W76A 2Y85A 2QUVA 1W5QA 4JTSA 3NDOA 1WQ5A 4N9BA 3DFNA 1QOPA 4K7YA 1ICPA 3B03A 3O06A 1W5MA 1GYNA 4UTTC 3W7CA 3F4NA 2YX0A 1H7PA 4KFPA 1K8XA 1UUOA 3T4CA 1DQXA 4EWND 2B7NA 3JRKA 4IGHA 4K6AA 2AGKA 3BLEA 4YLWA 2FIQA 3UNDA 1P1XA 3R13A 4FXRA 4BR1A 5CZJA 1HFBA 3PWAA 3UQNA 3I65A 1QPQA 4JYEA 3HGSA 1EX5A 1VJIA 2VFDA 1P4CA 3A5VA 1ZAJA 3LCWA 4N6EA 3PG9A 5I3FA 5DXYA 4UMAA 3TH6A 3NR0A 2ZZ3A 3UWUA 1Q45A 4M5PA 1W5OA 5FEWA 5D05A 3EXRA 1W37A 3TQ0A 3KVJA 2FDSA 2A6LA 1TSIA 4NJGA 4C1LA 1G7UA 2CLIA 1FQ0A 2FPTA 1OFAA 3NQFA 1NSJA 1OX6A 2VELA 4TO8A 1KTCA 3IEBA 4P61A 3SW6A 4CQ8A 3BG5A 3WK0A 4GUJA 1QDSA 1VYRA 3S8HA 3PAJA 3OG3A 1JCLA 3GXPA 1OX5A 4ICNA 1TV8A 1V7YA 4H4IA 4IMEA 3DHDA 1J2WA 4FNTA 4O19A 1TV7A 2WSQA 3U2OA 1ICSA 1WBJA 4CQAA 1N7KA 1ML1A 2CLOA 3BK0A 4K39A 4BK9A 2ZDRA 3STCA 1A5AA 3GLCA 3L0NA 1T8XA 3G1SA 1H1ZA 4W9TA 4MZ8A 1S5VA 5DBUA 3UWVA 3QFEA 1R30A 4RLIA 2NLIA 3P8IA 1EIXA 3NYZA 4DPPA 2VFIA 1IIGA 3SZ8A 2NXIA 3HPSA 4GBUA 3DHFA 2VEKA 3A22A 4A21A 1AW1A 5L6UA 4X2RA 4ADSA 4JXCA 3TU9A 3WK3A 1O4UA 3TNOA 4JGDA 1BEUA 4UTLA 4NNBA 4K37A 1QO2A 4EVZA 5F4XA 3UZJA 1SO6A 1YLVA 3W75A 1GTEA 4DQWA 2CFFA 4O10A 3SECA 1ONRA 3NQ6A 1F74A 2ZRZA 3HOJA 3N3MA 5F2IA 5EPDA 3UXDA 1ZY9A 1OFRA 1EWEA 3MP5A 4WXZA 4GUHA 1TPH1 1YTKA 2OMAA 1GOXA 3OBKA 1GVQA 2CZDA 4NX5A 4O28A 2Y61A 3RMJA 5K9XA 4UTUA 3I7SA 5I3GA 2NZLA 5G5IA 4UFLA 1OJXA 3A23A 5AC8A 1WOAA 1XDMA 1ZJIA 1G69A 3TSBA 3WJSA 3IIZA 3QH2A 1I2QA 3DI1A 2QUTA 4XKYA 1AL8A 1QPRA 1QNVA 3M5YA 2RH9A 4OV9A 1QPOA 4WOZA 1CX9A 1TPB1 1KFKA 3SGZA 3NOEA 3EX2A 1RR2A 4Z08A 3BVJA 3MI6A 3W71A 4K38A 3G1AA 4LVGA 1IF2A 3QMRA 3SJ3A 1RZMA 3C3NA 3L66A 4Z1DA 1IXNA 4PL2A 5J5RA 3STGA 4WXYA 4GC4A 3IIXA 1A53A 1WBHA 4UTJA 3KAOA 1WV2A 4H6KA 2B0MA 4IX0A 1S5TA 1HG3A 1DORA 4R33A 4XUGA 1TTIA 1EUAA 3O07A 4LWWA 3MI2A 3G22A 2WSRA 3SR7A 5F2LA 1X1OA 3OVPA 1DVJA 1VYPX 3LBMA 5D02A 3RU6A 3S5ZA 5LNVA 3CU2A 3E49A 5IBXA 4M6QA 3NNTA 3CWOX 3FJ6A 2EGZA 4E2DA 3KRSA 3M0ZA 5EKYA 3ATZA 1PV8A 3KHJA 1KFBA 5LKYA 1OK6A 3EKZA 1JCYA 1JUKA 4Z1AA 2G97A 3G8EA 4JN6A 3KVKA 2B4GA 2G96A 3C2VA 2WOQA 3CM4A 3AO0A 4N02A 1OFEA 3KRZA 3O63A 1A5CA 1K02A 1VH7A 3LI0A 4O0ZA 3LCLA 3GDRA 2C19A 3G1FA 3GIYA 5BW6A 4G1KA 4PC8A 4DELA 2QCMA 2QDGA 5LHFA 1OFQA 1Q3NA 3KOFA 1YYAA 3QF0A 3FLUA 1LORA 3MHFA 3M47A 2BLEA 3JS3A 2CLKA 1FY6A 1GG1A 4JY9A 3HGOA 5HUOA 5AFDA 4ADUA 1XUUA 3P7YA 2VFHA 4GNJA 2NUXA 4FF7A 4IX2A 4R34A 1SU5A 3LHYA 2OT0A 5FEPA 3HGJA 5FF7A 4PEKA 2ZTKA 3IIOA 4N2YA 5CSRA 3HB9A 3I68A 2RHGA 5E0KA 2C16A 1KTBA 1MXSA 2ZQ0A 2P10A 3L65A 4Q32A 3M7WA 3W23A 2DZVA 4XKYB 3PBUA 1JUBA 1ME7A 3ABOA 3LCGA 3FJLA 2ZRWA 1RV8A 3W7EA 1XL9A 2ISWA 1TJRA 4AHOA 4IUOA 1L6YA 5BMXA 4GFSA 3CT7A 1DHPA 4LUIA 3TJLA 3UPWA 4JD4A 1MEWA 1N55A 4E38A 4TX9A 1OVDA 2A7NA 4NXKA 3KFTA 5F1VA 3TDFA 1OYCA 2ALDA 3STFA 4S2CA 4JTHA 3CPRA 1XFBA 4BF9A 3FEMA 4O18A 2V82A 3NPXA 3GAYA 2WNZA 1K7FA 1I45A 4H3DA 5KZEA 3DXIA 4LV4A 2E6DA 4UMBA 3UWQA 4LVAA 4M19A 3TXVA 5D09A 4X9SA 4UTWC 1R47A 1ZAIA 3BG9A 3P5YA 5DELA 3K30A 4FNSA 4BWLC 5H91A 4EIVA 4Y6GA 1TPDA 2C6QA 1I2PA 4HSOA 5G2IA 6TIMA 3BPWA 5HWNA 5HMSA 3C0JA 4ZQOA 2NUWA 2PE4A 2Q8ZA 1R2TA 1T99A 4CNNA 5LNWA 1RD5A 1W54A 2OZ0A 3ZS4A 1SZGA 2IQTA 2QDHA 3NQ7A 1VGAA 5K2ZA 4TMBA 3HPZA 3QC3A 1XKYA 5CSSA 5K9DA 1J4EA 3GZ3A 4AAJA 1LBLA 2P0OA 2ZZ5A 2DZWA 4ORMA 2A4AA 3HO8A 2EAWA 1LBMA 2D73A 4Y96A 2YGYA 1G6CA 2E6AA 4NJIA 1KBIA 1XBVA 1VYSX 2QCGA 1EEPA 2QCCA 5AYZA 3EXTA 5IM51 1LLWA 2ATSA 4AWTA 1MO0A 4OWGA 1CI1A 3TAKA 3N2XA 3QPYA 1UASA 4ZQCA 1JCXA 2B7QA 2ISSA 1FCQA 2OT1A 4I7UA 5CZ0A 5KTLA 2HSAA 1ICQA 3L5MA 3ZR4A 2NX1A 2BXVA 3YPIA 2NX3A 1G4TA 4FNUA 1RPXA 1UJPA 2GQAA 3N19B 3DBPA 3NQAA 1QMLA 3L2IA 1PCWA 1SFLA 4AVFA 4AEOA 2ZZ2A 3M16A 2ZRXA 2PRHA 2J9ZA 4WD0A 3W1UA 3C8FA 5D2VA 2GVGA 1XCFA 5E93A 4ZL1A 1SUXA 3NL2A 4GWEA 2W6RA 1FDJA 2I14A 4WX2A 3MJYA 1ALDA 3MMTA 4O17A 1TPC1 3P5ZA 4N4QA 4FX8A 2FPVA 3IVSA 4FHAA 2ZCGA 3MP4A 1UBSA 2PRLA 1TB3A 4YXGA 3HJZA 1K8ZA 4MJMA 2E68A 1QFEA 4UFJA 1RQEA 3DAQA 3ATYA 4UR8A 3O6YX 1Q6QA 4WOQA 1XBXA 3LB0A 1L6SA 3TSMA 2H3BA 2H6RA 4Z1CA 2Z6IA 2DZSA 2JKEA 3F03K 5CGQA 1FUYA 1RVGA 3G1HA 2DZXA 3OA3A 3OIXA 1GVRA 1YXCA 2GVLA 1KBJA 4O54A 1UB3A 5D37A 3OEXA 3UWWA 4BI7A 3CQ0A 2JKPA 4M7SA 1M5WA 2V8ZA 4RXGA 3P62A 3WK1A 2ZZ4A 5EA9A 3THQA 1FWRA 2XN0A 5AHEA 1FCUA 1DQWA 1TPUA 3W7HA 3TC7A 3W9ZA 1K7EA 2EKCA 1WA3A 1JR1A 2NX9A 1ZENA 1KFCA 6ALDA 1VCGA 5LNUA 4RZ6A 2WO5A 1GQNA 3RK8A 2YZRA 3S1UA 3LTSA 3GDTA 5F4WA 2ZA3A 2YXGA 1Q6OA 2ZRYA 3GK0A 1LROA 1Y0EA 2LLEA 2VENA 4DO4A 3GYEA 2R14A 2ZFAA 3WJZA 4NNAA 2J9XA 4LU0A 1W3NA 3HIJA 2V5BA 4HPJA 3C2EA 2Y89A 4LVFA 1UUMA 1NF0A 3LV5A 3PG8A 3W2NA 1QAPA 2A0NA 3UD6A 5CKSA 1ZAHA 1IIHA 5C5YA 3HG4A 3MBDA 3UYCA 4ZMGA 1DJNA 4RZ4A 2VFGA 2ZA2A 3NEVA 1XM3A 2G95A 3W7KA 2EF9A 1R46A 2H8XA 5D30A 4EF8A 1LP6A 2R91A 3NZRA 4LW7A 4JTTA 1DBTA 3M43A 4UUIA 3G1YA 3OVQA 1VHCA 1X8FA 3I7RA 1EP2A 3CC1A 2GVJA 3NG3A 4WUIA 3MO7A 2YW3A 4LC8A 3PY2A 3W1RA 2NXHA 1H61A 1OK4A 1F6KA 1LOLA 1GPWA 2CU0A 2QCDB 4PA8A 1W8SA 3TW7A 3W87A 2WQPA 4L4LA 4A3UA 1FDYA 2VOMA 5CZTA 2FPYA 1KM6A 3W88A 1NAL1 3DFOA 2V81A 3B0PA 4WZHA 1R2RA 2RDUA 3IGUA 2QR6A 3G0XA 3NL6A 3G1DA 1LM1A 3V75A 3B04A 2ABAA 4ALDA 3Q2DA 3HPXA 1H50A 3LXCA 3S1XA 3WJWA 5DXXA 3QMTA 1U83A 3T44A 4O1DA 3MHUA 5HR7A 1JQXA 2QAFA 1A5SA 3M1ZA 3VNDA 5C6MA 3GX9A 3MP3A 4UTTA 4JR5A 4JNMA 2KZHA 4QNEA 4DF0A 5HWJA 4RX0A 4RZ5A 1J5TA 4OV4A 1H62A 4CNOA 5FF2A 2YFOA 5DCDA 1YTDA 1PHWA 4XZ9A 2C18A 1I4NA 3NQVA 3UWYA 4AMAA 4L4MA 1JUEA 4UXDA 1KM1A 5G4EA 3I7QA 1S5WA 4QNWA 3LHTA 5HUPA 2Y63A 4WQ6A 4MOZA 3NXFA 4ML9A 3RF9A 1Q6RA 5A8GA 3NL5A 3QM3A 3B4UA 3GDMA 3EWBX 1TPFA 3MI3A 1YTEA 4Z1BA 2C1HA 1KM3A 1Z44A 2PCQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B0V C;  2WMI B;  3R8G A;  3W7Q A;  4GQQ A;  4LBS A;  4AHP A;  5HQE A;  4GZ7 A;  3W1T A;  3L4U A;  1WUE A;  4MY8 A;  5AHM A;  3WQ6 A;  3DIP A;  4L6H A;  2P88 A;  4I9A A;  2J7E A;  1AZ2 A;  3DC0 A;  1W9P A;  4WKA A;  1WKY A;  1PZ3 A;  1QHP A;  3W2J A;  5JBE A;  4PUK A;  4A3Q A;  2Z1B A;  5E6Y A;  1XSJ A;  2POD A;  4DHG A;  1EJU C;  3ARX A;  1DPM A;  1FWS A;  2DSZ A;  1AQ0 A;  4PSP A;  1KC7 A;  1UD3 A;  1XI3 A;  1E1F A;  3B8S A;  4HTB A;  3N4F A;  4TV5 A;  3C52 A;  1F3W A;  4QG6 A;  2A6N A;  2ZWY A;  2WZH A;  5T9C E;  4HTY A;  1KQZ A;  3HTW A;  4FX7 A;  4US6 A;  3ENL A;  3L5L A;  3RX3 A;  4ZR8 A;  1F07 A;  1T6M A;  4NVT A;  5E9X A;  3NQB A;  3USB A;  2E1W A;  4S3K A;  5JBD A;  5J04 A;  1LLZ A;  2GSH A;  3C5Q A;  1J6P A;  4JTI A;  2XPK A;  3OJG A;  4EWJ A;  1VJS A;  3PUE A;  2X30 A;  3KL3 A;  4ICC X;  2J24 A;  4WK9 A;  5MKG B;  3LCX A;  3SCR A;  5JBF A;  2Q01 A;  4FS9 A;  2WJZ A;  4O15 A;  4UB9 A;  3FVD A;  3QY6 A;  1BXN A;  2QJG A;  1R7A A;  4H9X A;  3CHV A;  1OHL A;  4P7L A;  5CJM A;  3PBW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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