3NQDA

Crystal structure of the mutant i96t of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAITVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqdA00
5TBOA 3G1SA 2E09A 3LI1A 1JCNA 2V5LA 2JKPA 1QPNA 2ZRVA 3C4UA 1MEWA 4U28A 3T7VA 2QKFA 2CLEA 4NT0A 4NNAA 1I45A 3LXCA 3NOEA 2BXVA 1DL3A 1TYGA 4J9JA 4KWWA 4OV4A 1TPEA 3KFTA 1GEQA 5AC6A 3VI2A 1GTHA 3BARA 3HGJA 3P67A 4ORIA 4B5NA 1KM1A 1L9WA 1OHLA 1Z44A 3ATZA 1KFEA 1S3HA 1R2TA 3LRLA 1QO5A 7TIMA 3W1QA 1LLWA 1RQEA 3T78A 1XBZA 3SJ3A 3NM3A 3FOKA 1XDLA 3LCIA 4GUGA 2CLLA 4O0KA 2OT0A 4GUFA 4FHAA 4JXCA 4UFHA 1WX0A 4LRTA 1FXPA 3PULA 3ELFA 4GXMA 3QJAA 1GVSA 2BSLA 1TMHA 3E49A 1L6YA 5G1YA 1FBAA 3BW3A 1KTNA 1VQTA 1ZAHA 1EP1A 1LOLA 3CC1A 1K7FA 2LLEA 2R94A 3P80A 1DQWA 3N9RA 1AL8A 3EX4A 3W7QA 5D04C 3QPZA 3WK1A 1F7BA 3SFKA 2FTPA 4JNMA 2UV8G 4UTWA 2Y7DA 1KM6A 2H90A 4ZMGA 4N6FA 3W7HA 1KBJA 2IQTA 1OG0A 3W71A 4LVDA 3GNDA 5A8GA 4TMCA 1S5VA 4HNTA 2XN1A 5G2HA 1Q6QA 3LTSA 3G1YA 4IJBA 4FB7A 1FXQA 1HO4A 4DO6A 2CLOA 4XTDA 4LY8A 4O12A 4MKNA 1W37A 3BPWA 4FO4A 3UWQA 2DORA 1EIXA 1SPQA 3VFLA 1NFBA 3QH2A 1XFBA 3TAOA 3SY5A 2WSQA 3NQ6A 3EWUA 4FX7A 3FA5A 1QOQA 4QNEA 4HNUA 1FCUA 3NO5A 3B0VC 2CZ5A 3AJXA 1KLZA 1TB3A 4PC8A 1ZHAA 4XQ6A 5K4XA 4QSHA 1W5OA 5FF7A 3TCEA 1JCMP 3O1NA 3NVTA 4POCA 3NQ2A 1XI3A 2QJHA 3PF3A 5CSRA 3TFXA 3M5VA 3RLUA 4M6QA 4A2SA 5HUPA 5BMWA 3PB0A 1RZMA 4A29A 4XBSA 1K7EA 3HO8A 4RCXA 3M9YA 5I3FA 4LVGA 1SFJA 3P61A 3EWYA 4JIQA 1PVNA 3GX9A 3TQ0A 1W5QA 2ALDA 4PEKA 2CLMA 3M5XA 2J9XA 2V9DA 2C1HA 3DBPA 4O1AA 4UFKA 3W84A 3HG4A 3ABQA 1K8YA 4Y9AA 3O16A 1SFLA 1XM3A 2NV2A 1VCGA 3EWWA 3DENA 4N9DA 1LRTA 3NG3A 3NQFA 3FJLA 3DXIA 5K7JA 1T96A 4O13A 2W79A 2I14A 3GNNA 1VYSX 3M47A 4N02A 3CTLA 1FX6A 2RHGA 1B57A 4DBDA 2QCMA 1SZEA 3STCA 1O5KA 1YLVA 5AHIA 4ICNA 1TJRA 3NEVA 4Z1AA 1A50A 3UXDA 5J5DA 3TU9A 3LM7A 1C9DA 1MEHA 3S1WA 4GFSA 1DQXA 5D03A 2H3BA 1OABA 3I68A 4OU1A 1FWTA 3O6DA 4WX2A 1L6SA 2VXNA 3PG8A 4LS0A 2QEZA 1H7XA 3L21A 1T99A 5D2XA 3PSWA 5LHFA 3HGRA 1H51A 3W22A 4FNRA 4MFEA 3GXNA 2CFFA 5AFDA 3W7KA 1DKWA 1K3UA 5GVJA 1H7WA 3GDLA 1OFPA 1F73A 5IBXA 4JDBA 3UWUA 1SUXA 3NL2A 4Y8FA 3EX2A 3TSDA 1G6CA 3VNDA 5KZDA 3LOTA 3MI3A 1FCQA 1NVMA 4UFLA 3PBVA 5K9CA 5CG7A 4UMCA 3N19B 1HUVA 2G95A 2TSYA 3G1XA 4GE8A 1VH7A 1YTDA 3C2EA 3HGOA 2WNNA 2GQ9A 2GVLA 2I1OA 5ABTA 4LV9A 3UWYA 3H54A 1YXCA 4KWVA 2HMCA 2Y6ZA 2HS6A 4MYAA 1LZOA 3B8DA 4O50A 4LVFA 3UY8A 4LV4A 4LUIA 4MUZA 2ZRYA 2R8WA 3CPRA 3GAKA 4BWLC 2G96A 3G24A 1IIHA 3DFTA 1K02A 2B7NA 4ZQRA 4AH7A 2O7SA 2WKJA 3W73A 5C6MA 1TPFA 2DZXA 3G1AA 4M7TA 2WNQA 1KBIA 3GDTA 4GUIA 1LYXA 2JK2A 4PFMA 3HG3A 3VE7A 3M16A 1QMLA 3EX6A 4O15A 4UTTA 4CCCA 3R2GA 2GPTA 2VFEA 5LNRA 5FI8A 3BLFA 1TREA 4MPQA 3EXTA 5F1UA 1L2UA 3G1DA 4WY0B 2RDUA 4ZQMA 1VLIA 3ATYA 2F7FA 1VC4A 3PBWA 1GVQA 1IXPA 3FKKA 4UTMA 3P82A 2YW3A 2GVGA 3O15A 1SSDA 1RQBA 4RZ4A 3W2JA 2A7NA 3LCGA 3GVGA 2VENA 3L2IA 1FDYA 1P0KA 3INPA 4Z1CA 4A2RA 3RF9A 3G8EA 5AOUA 4CQ9A 5EA9A 3MYOA 2ATSA 3LV5A 3B4UA 3LHYA 4X2RA 3BG9A 3EB2A 4XWUA 2ZA3A 2XN0A 2A7RA 2V5BA 3JRKA 2ZA1A 1HL2A 1SW7A 1HTIA 5KMYA 1N55A 4IX0A 1JRCA 4AMAA 2KZHA 2VEKA 3S1VA 1QDSA 2ZDRA 3NQ7A 3LHTA 4K36A 4CCDA 3NPXA 3C2FA 5F2LA 2P0OA 2ZZ4A 4RJEA 1R46A 1XKYA 3S5ZA 1R2RA 3JR2A 1IXQA 1HG3A 5D2WA 1DV7A 2HSAA 3TX9A 3G1FA 5H91A 1ICPA 4K6AA 1B3OA 1VHCA 5F2IA 5AYYA 1K8ZA 4YMZA 3OHIA 4IMCA 1NEYA 2YFOA 1TTPA 4QITA 4H6KA 3I7QA 3S0CA 4O54A 3W2KA 3IV3A 1SSGA 3E96A 5KSWA 2AAMA 1ICQA 2WQPA 5EMUA 3G0SA 4FNQA 5AC8A 1DHPA 1VGAA 4HN4A 2BTMA 3P5ZA 3EEGA 4LVBA 4NX5A 3QYQA 5EYWA 4QM1A 3N34A 3MP5A 1YDVA 3L0GA 2A21A 2X1RA 3SGZA 3VKJA 1BKSA 1VS1A 5FEZA 5DELA 3HQ1A 3DHDA 2A1YA 1TQJA 2Q8ZA 2Y62A 3SSJA 1GJPA 1JJKA 3SECA 1UUOA 2GQ8A 4WZHA 5F1VA 4MIMA 1DVJA 1SO5A 2QCDB 3CIWA 3W74A 1JUEA 4M6PA 5EY5A 1AW5A 1WDWA 2YPIA 2E5CA 2PRLA 3W7CA 4JYDA 3NZ1A 3G3DA 2CW6A 3LRKA 1BTMA 5CPOA 2B7PA 4ZQCA 3PC0A 4DELA 3YPIA 1VJIA 2QAPA 3S1XA 5KINA 4K7YA 1KLYA 2ABBA 3HF3A 1OX4B 5HULA 3O63A 3BGJA 3TJLA 3NGJA 3W7DA 4I7UA 5HWNA 2FPTA 4JTKA 4L4LA 4E0CA 4JYFA 4YWIA 4JTIA 2C18A 3PBUA 1KFJA 2QJIA 1O5XA 3MMTA 1XUUA 2H8ZA 4H4IA 4JD4A 1DJNA 3C6CA 1LP6A 3BLEA 4NQ1A 1GTEA 1SZGA 1OK4A 4IMGA 3TK7A 1G7UA 2GOUA 4JIPA 3W83A 5SWUA 4O10A 5I3JA 4MLRA 4JTSA 2YSWA 3K30A 2PE4A 3P8IA 1DOSA 1OYBA 1XBXA 2E5BA 4GWEA 1V5XA 3JS3A 3O6CA 1QFEA 4OE7A 3TE9A 2PCQA 3G22A 1VPXA 2X16A 2NUWA 3QSTA 3LRMA 3NZRA 4A3UA 3SGUA 2ZRZA 4WQ6A 4NJHA 3SI9A 3TC7A 2X1SA 2F84A 3W1TA 3NQ8A 1YDNA 3MW7A 1YDOA 3PUDA 3STEA 5E1QA 3L68A 6ALDA 5HJLA 3NAVA 3GKAA 2GUUA 2WSRA 1ZNNA 3GR8A 4YXGA 3THAA 4NXSA 3W07A 2NXHA 5DXYA 1THFD 3LXAA 3R12A 5F4XA 1X7FA 3CEUA 3C0JA 3PWAA 4LS2A 5TQLA 1YPFA 4FF7A 3S6DA 3CQ0A 3TROA 2NLIA 1W1ZA 3NQGA 1D3GA 2ATMA 3UQNA 3T55A 4OV9A 3W86A 3L5LA 1GG1A 1KFKA 3W87A 3FJ6A 4QQ3A 4FXSA 5G2WA 2VFFA 2OT1A 1CI1A 1TTQA 2RH9A 3UYCA 1QR7A 4MY1A 3DHFA 3UNDA 2PC4A 1W3TA 1QAPA 2CWNA 3N9SA 3BK0A 3W1XA 4IPJA 5LSMA 3E02A 3M1ZA 4IMEA 4AXKA 2PURA 1PHQA 3NPUA 4N9BA 2ZZ1A 1OX5A 1UJPA 2W0UA 3DFSA 4HHPA 4RK8A 1SR9A 3GXTA 1TPH1 2CLFA 5D2YA 4FNPA 2EF9A 2GQAA 4CLMA 1EB3A 4UFJA 1I2OA 1WV2A 4HKPA 1W0MA 1H1ZA 2QF7A 4JTTA 3HPXA 2NWSA 5DBUA 2Y89A 3UPWA 1D9EA 4XTIA 4EOUA 1F74A 1M6JA 2ZCGA 4WXYA 4K38A 3M6YA 3IIPA 2FJKA 1KW1A 4WJEA 2ZRWA 5HINA 1TCDA 4RLIA 1K8XA 2QAFA 5CZ0A 4LWWA 2ZZ5A 4NNBA 5D38A 3TKFA 3W9ZA 3TW6A 3Q94A 1AK5A 1G4EA 4X22A 2X1TA 2DZPA 2YFNA 4NZJA 1TJPA 3M5YA 3TFCA 1PV8A 5LNWA 5K9DA 4QISA 4UMBA 5KZEA 1VCVA 4GBUA 2RDTA 3KX6A 2OJPA 3IEBA 3UXAA 5BNKA 1ZAJA 1KM4A 2ISVA 3CB8A 1ZALA 1SU5A 4UXDA 2WJZA 3LTYA 3N14A 1JUKA 3HGSA 4Q33A 3RFAA 2E6DA 4UCGA 4GNJA 1NAL1 4LNYA 4UC5A 3SZ8A 3MJYA 1W31A 3F4WA 4Y96A 3TNOA 3B05A 3KHJA 1RVGA 2C0AA 2J88A 4LC6A 2JGYA 1H63A 3NNTA 4IGHA 2X1UA 5LNUA 3DGRA 4O1CA 5DY3A 2R91A 1IXNA 3M7WA 1PL9A 2ZRUA 5C54A 1NSJA 4AF0B 4CNPA 1F76A 4ZQPA 3VCRA 4UTWC 1OYCA 3DFPA 3LHUA 3NQAA 3W1LA 3RLVA 2E6AA 4JDYA 4N4PA 3U2OA 2QCLA 1G4TA 2E6FA 5DY2A 2AQWA 4OBTA 3B03A 4IXHA 1AG1O 2HTMA 2Y7FA 4JS3A 4PA8A 4QAIA 5EPDA 3B04A 4AAJA 2EKCA 3FYPA 5KTLA 5D37A 3W7EA 4Y6GA 3IIVA 5AHNA 3P62A 2BZNA 2NXGA 4BI7A 1KTBA 5HR6A 4RXFA 5BOOA 1TV5A 2X2GA 4UTHA 1I2PA 4FIRA 3W76A 4NU7A 3O07A 3O6YX 1ADOA 4X9SA 4RKAA 4HIBA 3GAYA 2A4AA 2DZWA 5MHBA 2V30A 3CEPA 3LLDA 4NNCA 1VYRA 3WK2A 4JTJA 1OX6A 3QM3A 1EPXA 4K8EA 1UB3A 4PL1A 4I7VA 5AC7A 2DZVA 4U4MA 2E6YA 4UFIA 3W7IA 1GYLA 3IGUA 3OVRA 3S5NA 4PH6A 4O17A 2NV1A 1J5TA 2YX0A 4O4WA 3ZWSA 4CCEA 1I2QA 2V2DA 1SZNA 1LBFA 1TPWA 3OEXA 3W7RA 4WY0A 4UNLA 5FF3A 3KRZA 2ZYFA 3USBA 4O57A 3WJXA 3MHGA 1Z42A 3N2XA 3P81A 4XKYB 4JTEA 2FQIA 5BW6A 3TMQA 2Y61A 3IRDA 2QR6A 3NDOA 3STFA 2A6LA 5HUOA 4EF8A 3G8RA 2V2CA 4AB4A 3LHVA 2CLHA 5G4WA 3Q37A 3HG2A 5FF2A 2B4GA 3C56A 3A24A 4OHQA 1WYIA 5I3IA 3QRHA 1VCFA 1YADA 3G1HA 1KFLA 1ME8A 1X6UA 4A22A 3QSRA 3S5YA 3W1RA 1SZFA 3G0UA 1FWSA 1G7VA 3OVQA 2HS8A 4RZ6A 2A2IA 3G3MA 4JX6A 1JUBA 3EXRA 3W88A 2R14A 4M19A 3L67A 4DF2A 4WD0A 1A53A 2C3ZA 5FEWA 4G1KA 5LGZA 1XXXA 3NM1A 4MOZA 2ZZ7A 4ZQOA 1XCFA 3DAQA 3GKFA 4ALDA 4NXKA 4XUGA 3SR7A 3MWAA 1TTJA 1ZCOA 3UZ5A 1YPIA 2NX9A 4O18A 2C16A 2Z0IA 3E0IA 3HJZA 4LS1A 4DXVA 1WOBA 1TV7A 5A5WA 2EHHA 4IMDA 4ADUA 5IBXC 2V8ZA 4R7JA 3DKJA 3LXBA 4PODA 1JCJA 4YCOA 3BW2A 3N73A 3TDFA 1LORA 3TQKA 2YZRA 2FFCA 3U6WA 4LU0A 1EEPA 2CZEA 4BR1A 2G97A 2QCDA 4IXXA 1RPXA 3LI0A 4DEFA 2FLIA 1FDJA 1WXJA 4LT9A 3R8RA 3M41A 3LGEA 3RK8A 3C3NA 1O95A 1TO3A 3QEZA 1O94A 1VLWA 4ZZ9A 4I9AA 1TSIA 5E93A 4A21A 1ZJIA 3NQMA 3LCXA 3W7NA 2H3DA 2FIQA 3DI1A 4FNSA 1TPB1 1OX4A 2GVJA 1H7PA 1ME7A 3I6RA 3HOJA 1LTDA 4HNNA 1LBMA 3EXSA 5FEXA 1OYAA 1C8VA 1OF6A 1N7KA 1U83A 4HT3A 3PUEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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