2JKEA

Structure of a family 97 alpha-glucosidase from bacteroides thetaiotaomicron in complex with deoxynojirimycin
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
705
structure length
687
Chain Sequence
QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
publication title Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 239
structure length 687
sequence length 705
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 2jkeA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jkeA02
1F4HA 2AGKA 1LYXA 3NNTA 4K39A 5U4NA 2CLLA 4AB4A 2CLHA 4HKPA 4JEQA 1QDSA 2WVXA 2NX1A 3EXRA 3OEXA 3CEUA 1AW5A 4WQ6A 1K1YA 3L0KA 3W1RA 2WSQA 2ZRUA 3TAOA 1H1YA 3U8GA 5J5RA 5CKSA 1QNVA 3NJVA 3O6YX 1TPFA 2G95A 2OCZA 5K3VA 4OV4A 4QISA 5D2WA 1SW0A 3NQGA 1C29A 3B04A 3KVJA 1YPFA 4NXSA 3UZJA 2J24A 3RU6A 4HNTA 3LCHA 5AC6A 1R2TA 1GEQA 3PG9A 1RWAA 3FFSA 3ELFA 2GJLA 2Z1BA 3STGA 1TQXA 3W1NA 2V9DA 4MLRA 4ORIA 1H5YA 2RH9A 3S8HA 2V2DA 3C2VA 3GNDA 3QM3A 1OFAA 4HNVA 3W74A 3E1F1 1GG1A 3FA5A 2B7PA 1JR1A 5G2HA 3W1XA 1ICSA 4LRTA 1F73A 2YSWA 3CTLA 1I2PA 1O5XA 3T0BA 3DKJA 3NQCA 3GDLA 5FESA 1YLVA 3ATYA 1TJPA 3KRSA 1NS2A 5T26A 1W54A 1JZ6A 3MUXA 1FY6A 3KXQA 3TQ0A 2YFNA 4NNBA 2I1OA 4IX2A 3EWYA 5AHMA 1A5BA 1X7FA 1VYRA 3MHUA 5LZLA 5CSRA 1EIXA 3KFTA 2FTPA 2Q8ZA 1FBAA 3W7PA 1G4SA 5D09A 4JD4A 2CLKA 1GVQA 1LF6A 4A29A 1KTNA 3NZ1A 3ZFHA 2A5HA 1CI1A 1JRBA 3P67A 4QAIA 3EX1A 4O11A 4R34A 2QJIA 4JTHA 4K7VA 1OJMA 3EX6A 1YDVA 1GVRA 4UFIA 3B0UX 2WNNA 1B4EA 1H1ZA 1N7KA 4UC5A 5A8GA 4MLJA 4ZQPA 3OG3A 1TPC1 3M0ZA 4R33A 4JGDA 2JBMA 4EVZA 4IMCA 4NT0A 3PBUA 3MUY1 5CPLA 1T8XA 3E02A 3M9YA 1UB3A 1DOSA 4JTKA 3F1QA 2ZA1A 3L5MA 1V5XA 2YX0A 3LTYA 1BWLA 3UXDA 1DL3A 2EPHA 3NGJA 4U28A 1KM4A 4PL2A 4DPQA 2RDUA 4GBUA 3QW4B 4C1LA 3SFKA 1TV7A 4A2SA 3V75A 4UTKA 1F5ZA 1TPB1 2C14A 2NUWA 1TPH1 3ZR4A 4TU1A 1OFPA 1Q6RA 2DZSA 2WCOA 4K36A 2B7QA 4LVDA 1SNZA 3M5XA 4IMGA 3MBDA 3S0CA 3M6YA 4K8HA 3E96A 4NX5A 3PB2A 3GAYA 2YFOA 4E2DA 3CU2A 1DQXA 3P61A 1K1WA 4ADUA 4E0CA 3VDBA 3MWAA 2OJPA 5EY5A 1UUMA 4ZQOA 4IOTA 3OHIA 2ATMA 2E6DA 2R94A 4GFSA 1YTDA 5BRBA 4KWVA 1X1ZA 1KM0A 3TW6A 1C8VA 2DZVA 2Y88A 1X6UA 1DORA 1QO5A 4K38A 1OX4B 1JJKA 4GE8A 4M6VA 3GXTA 1MN0A 1DKWA 4WY0B 3I68A 1JYNA 1CW2A 2ZFAA 1LROA 5HMSA 1AK5A 4UTLA 2HS6A 4ONVA 3QQ0A 4PL1A 3QMSA 2YR1A 5DLCA 3TXVA 3M5YA 2JK2A 2FFCA 2GQ9A 4GNJA 1JZ5A 4WY0F 3GX9A 3FOKA 4RR4A 1L7KA 1K3UA 1Z44A 3TFXA 1FXPA 4I7WA 4ICNA 4CQ9A 1W5MA 4DEFA 2YGYA 4M6PA 1F6KA 3RMJA 3LXCA 1K8ZA 4GC4A 1VC4A 5LGZA 3TMQA 2X16A 1I4NA 3CHVA 3EWXA 2TMDA 1F74A 1GZGA 4XTDA 1MMYA 1LORA 1CB8A 3PC0A 3M16A 5F2IA 4NVTA 2VFEA 3EXSA 2V82A 3T2PA 3E12A 3FS2A 4GUGA 4KFNA 4I7VA 2FLIA 4MKNA 4XBSA 1KM5A 4LY8A 2WSRA 1LBMA 4NZFA 1SUXA 2BTMA 4L4MA 2O7SA 3HPXA 4MZ8A 4DBDA 1TRDA 3IEBA 1Z45A 4ZQCA 1ZCOA 4AWUA 3S5ZA 5TBOA 2WPBA 5D02A 2J9XA 2NV1A 1MMXA 3O16A 3QPYA 1ZAIA 5F2MA 1H60A 3NQMA 3L66A 1R2SA 1OF8A 2DJXA 3CEPA 5D2XA 2QCNA 4RKAA 1OYBA 1W56A 1TV8A 4FX7A 5HWNA 3GAKA 4GWEA 1H51A 5EPDA 2WJZA 2JKAA 3O1NA 1D3GA 3M47A 3GKAA 5LNWA 2QCFA 3P5ZA 3VD9A 3UQNA 3I65A 1G6CA 2QCDB 3LCXA 2ZBTA 4HPXA 4TMCA 3PULA 5AN7A 1QPOA 3VD3A 4QITA 1HM2A 1IIGA 4NQ1A 1HFBA 2A85A 3W1TA 3HG5A 2A7NA 3SZ8A 1PE1A 1YADA 1JUBA 1YYAA 1N7RA 3CB8A 3TQVA 5IM51 8TIMA 4HSNA 1H61A 4ZQNA 2V30A 3B05A 5DBUA 3VDAA 5F1VA 3A24A 2C16A 4XUGA 3BV4A 4ZZ9A 4UTHA 2A6LA 3W2UA 4XTIA 4YL2A 1Q6LA 3C2OA 2GVLA 3EKZA 4KFPA 1XBVA 4JS3A 4M19A 4Z1BA 1EWEA 1TTQA 3UPBA 1AMKA 3W3OA 5AHEA 1MEWA 4OV9A 5FF3A 5G1TA 5F4WA 1T96A 3LCIA 3WJXA 4A22A 2Z2UA 3UWZA 3PBVA 4IXHA 1QOPA 2VFIA 2VEMA 1DVJA 3TJLA 3THQA 1WXJA 4GUFA 3NREA 5AHFA 1TRIA 4UNKA 1S5WA 1KLYA 4IMEA 3G1YA 3GR8A 1LXMA 3STEA 2ABBA 2ZRXA 1SO0A 3UYCA 1K02A 3EEGA 5HR7A 2ISVA 3L0NA 3RK8A 5CPMA 2E77A 4EF9A 3W7JA 1GJPA 2NXHA 3OVRA 1QR7A 1YQ2A 3NQEA 1LOSA 5HNRA 3TMLA 3LRLA 1J0NA 4IWWA 1BTMA 3G0UA 2C19A 1B9BA 4TIMA 1C82A 3R89A 1EA0A 3LBMA 2JGQA 3S6DA 5BOOA 3HGRA 1OFOA 4UUIA 4UNLA 3S5YA 1FX6A 4AF0A 3W7IA 2NX9A 1HN0A 3PUOA 3G8RA 5C55A 4YMZA 2C6QA 4HNNA 2J27A 3UZ5A 3DFPA 6ALDA 3DAQA 5DCBA 1U5JA 2NV2A 4H3DA 1S3HA 1LRTA 4X22A 1YDOA 2C15A 5DY2A 1UJPA 5D03A 3NPXA 2E5BA 3M5VA 5G4EA 4NJKA 1XM3A 1DJQA 2YDAA 1XDMA 2H6RA 3ZWTA 4NU7A 4N4QA 1FDZA 1QO2A 4QNWA 3C8FA 1GOXA 3W7CA 3DYOA 2ZZ4A 1JYWA 1ME8A 2CU0A 2X1RA 1ICPA 3NQ8A 3LLDA 4IPIA 4DUXA 4A21A 2FIQA 2C0AA 4UFMA 1Z42A 2QJGA 1WBJA 1HMUA 4K6AA 4O28A 1OJPA 1UG9A 2FB2A 4TX9A 1RR2A 3R5EA 1MO0A 3QH2A 6TIMA 1CX9A 4KFOA 1QMLA 2WW1A 4PFMA 3DHFA 4OE7A 3HPZA 2ZTJA 1OX5A 2Y70A 2VENA 5FEXA 3IIZA 4MVAA 3T44A 2BWGA 2PRHA 3WK0A 4DO4A 4FX6M 1LLZA 2CZDA 1VYPX 1KTBA 4LV4A 4QQ3A 1QWGA 1XC4A 3DFSA 4FNQA 5D32A 3NQ7A 1GTEA 2QDGA 3KVKA 4POCA 1KLZA 1T0OA 1G69A 4M7SA 1YGAA 2CIQA 4JTGA 1NSUA 4RNLA 1A53A 1BWKA 2E24A 4JX5A 5BMXA 1GPWA 2P10A 1OJOA 3WJWA 3WJYA 2VOMA 1LLWA 3DKLA 1V7YA 4Z1CA 3VKJA 4WX2A 2QDHA 2GJNA 4X9SA 3I7RA 4HSOA 3W75A 3PS7A 5G5IA 1I8QA 3F4NA 3C56A 1FUYA 2V81A 4IQLA 5HUOA 1FQ0A 2JKPA 1JCLA 3BLIA 3F03K 2QCEA 5CZTA 1OFQA 2QUVA 1LP6A 5TQLA 3MV01 1DBTA 1RWHA 1QPRA 2Y61A 5L9FA 3ABSA 1L9WA 1W3TA 2Y7EA 3KAOA 1EUNA 1SU5A 1VCFA 1SZNA 3NQ6A 3MWXA 4DUVA 3EWZA 2C1HA 3N3MA 4JR5A 5I3JA 2CISA 3L0GA 3QZEA 4CNPA 3R2GA 1TO3A 4PA8A 4PODA 1A5SA 4UR8A 3CLMA 3O06A 1QAPA 3DFQA 4DQWA 2ZRVA 1OJNA 4YWIA 1TCDA 4NX0A 4ALDA 4M6QA 1KFCA 4NZJA 1MZHA 1TMHA 4JN6A 3IRDA 3W1LA 4CCDA 1JCNA 3R8RA 4HNUA 5E1QA 2HMCA 2ZRYA 3T08A 1TREA 1YPIA 3TC6A 3W1QA 1VS1A 3W7GA 2VEPA 1SO4A 3KVMA 5IBXA 3NJXA 1XCFA 3NQAA 1IXQA 3RFAA 3W71A 3TCEA 2B0MA 1PIIA 2E6YA 1GTHA 3GXNA 4AH7A 5KSWA 3L5LA 2ZZ7A 4FXSA 4Z08A 2Q8LA 4UR7A 3LTSA 2OZ0A 4BI7A 1TPDA 3GDMA 4RJEA 1TIMA 2KZHA 3BG5A 3PBWA 1SW7A 4OHQA 1RWCA 5CSSA 1XI3A 1NSMA 3CPRA 2G96A 3NEVA 3P80A 1O94A 1D9EA 3W07A 3QMRA 1J2WA 2GQAA 4JNMA 3IIPA 1MMZA 2Q3OA 3TSMA 4UTTA 4E38A 4AHOA 3DHDA 2VEIA 3T55A 3NR0A 1ICQA 1NVMA 3LI0A 3L2IA 1NS7A 5DY3A 2V2CA 3GB6A 1F05A 2ZA3A 3GKFA 1WX0A 2BRWA 3G22A 4IXXA 1GG0A 1MEHA 3G0SA 1I2OA 2Y6ZA 4JDYA 1P0NA 2V5BA 1QCWA 4MY8A 3HQ1A 5FF2A 2ZTKA 5HWJA 3HGOA 4UFJA 2BZNA 3NPWA 5CG7A 2ZZ5A 2WW0A 3RF9A 4FNSA 2WNQA 4BI5A 2ZDRA 3INPA 4GRSA 1N7PA 3W88A 3EWUA 2VELA 2G5WA 1W3IA 1TPWA 4N6FA 4XKYB 5IBXC 3IAQA 2FPYA 3PR2A 1VZWA 1YTEA 1JZ3A 2QCMA 3H55A 1EB3A 2CW6A 2VXNA 3T0DA 4FIQA 5FI8A 5FEZA 3QW3A 1HTIA 3DGRA 1ZY9A 3R12A 2WSYA 3FJ6A 2VEKA 1JUKA 5G4WA 2W0UA 3C0JA 4RXFA 1UCWA 1LTDA 3N34A 3L21A 2DZUA 5HQEA 4CLMA 1VR6A 3MI2A 3N19B 2WNZA 1L6YA 3MHFA 1KFKA 2X2GA 2B7NA 2QCGA 5D38A 1SPQA 5L6UA 3W1MA 4EWND 3GIYA 3TQKA 1NSZA 2X1TA 1F6PA 1T99A 1FDYA 1KFLA 1N8FA 2DP3A 1NS8A 3CT7A 4JX6A 1LBFA 2EF9A 2Q3RA 3QFEA 1FCVA 3G3MA 2RFGA 1WAUA 3SEPA 2VFGA 4O50A 4QM1A 3QJAA 3P8JA 5FEPA 3FKKA 4M5PA 5HWMA 1E51A 5DCDA 5LSMA 2QCHA 4WUIA 4X3ZA 3UWQA 3VE7A 3W9ZA 2RDWA 2WVYA 3TA6A 4I9AA 4QNEA 4AWTA 1XUZA 4O15A 3ANYA 5G2WA 4JTFA 3TC7A 1HG3A 4P2VA 3FLUA 3S5NA 2A21A 1RWFA 3J7HA 3C52A 1JZ7A 2E5DA 3THAA 3VDCA 1YXCA 3NO5A 2EAWA 1X1HA 1SO3A 2ABAA 3M1ZA 1VCGA 1EWDA 4JIPA 3WK3A 2D73A 1OK6A 1O95A 4X2RA 2UV8G 1NEYA 4DXVA 1PX4A 3SGUA 2B4GA 1IF2A 1KM3A 2X1SA 3Q2DA 2FPVA 3TXZA 4ZQRA 1LRNA 2YW3A 1JCJA 4RCXA 4TTGA 1ZAHA 3SI9A 3GXPA 2PC4A 4OGZA 3IAPA 1FXQA 3K30A 4UTMA 1KBJA 3T2QA 4LOCA 3DFNA 1HN1A 4H4IA 5I3FA 4UMCA 5I3IA 3BLFA 1RQEA 1F1SA 3EWBX 2E1DA 4IPJA 3BW3A 2NUXA 1LF9A 1AL8A 1FWTA 3JS3A 3TX9A 2FPTA 4UFHA 3Q1NA 4JXCA 1GYLA 1GWJA 3W87A 1OYAA 4BFAA 3DZ1A 3LHYA 2H8ZA 2H3BA 4O4WA 1IXOA 3L5AA 4RX0A 1JZ4A 2QJHA 2R8WA 5D30A 3BO9A 1EPXA 2DZWA 4JY8A 3TDFA 4CNOA 4WXZA 2QCDA 1TV5A 5CGQA 1IGSA 1DP0A 1C9DA 3W1AA 1F76A 3GLCA 1KTCA 1NS0A 5BMWA 3W7RA 1ADOA 3W7HA 3W7MA 3UWYA 4AWSA 2WZSA 4S2BA 3LLFA 3W7DA 1RQBA 2R14A 2QF7A 1VRDA 4RZ5A 3HOJA 2J9ZA 1WYIA 1OFDA 1I2RA 3MYPA 1KV8A 3TAKA 4MZ1A 3BVJA 2Y89A 4MY1A 2BSLA 1JCXA 1JCYA 4JICA 3W23A 2Y7GA 3QF0A 1L6WA 4LVAA 4HN4A 2CWNA 4RXGA 4I7UA 3GR7A 3NQDA 1K7XA 2W79A 4O52A 2YZRA 5CZJA 5AYXA 3HO8A 3I3BA 2GUUA 3AJXA 3Q58A 4UFLA 3GVGA 2CLEA 1K8XA 4JYEA 1PVNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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