4DBE | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	213
structure length	213
Chain Sequence	LKSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVMKC

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus complexed with inhibitor BMP rcsb
source organism	Sulfolobus solfataricus
total genus	81
structure length	213
sequence length	213
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbeA00

3G8RA 1TREA 4UTWC 3NG3A 3MBDA 4E38A 4FIRA 2QF7A 3WJYA 1GYNA 3TC7A 3W7GA 1LYXA 1EEPA 3T55A 3LI1A 1W54A 5EA9A 3NPVA 4WX2A 2OCZA 3SIZA 2QCDB 4O50A 5LNSA 5BOOA 4LV4A 3C8FA 3G0SA 3B0VC 3BG5A 3IVTA 5LGXA 1FWNA 2BTMA 3CT7A 2YSWA 1KM5A 3ATZA 1GOXA 4A22A 3NQ8A 3GXPA 3RLUA 1TV5A 2W79A 3A22A 2ZA3A 1W0MA 3EWWA 4O1AA 1GEQA 4UTJA 5D2YA 4XBKA 3DZ1A 3UZ5A 1I2OA 4NJKA 3NQAA 1GT8A 3GLCA 1FDJA 4DXVA 3VNDA 1L6WA 4BWLA 4K39A 8TIMA 4O1BA 4ZQRA 4ZQOA 4C1LA 5FEXA 4LW7A 2KZHA 3H54A 1W8SA 3TR2A 4P61A 1CI1A 1VCGA 4DBEA 2B4GA 3QQ1A 2CW6A 2C15A 1BTMA 3HG4A 3LRLA 1TV8A 4JDBA 4BK9A 3GKAA 2YX0A 2YZRA 5HQEA 7TIMA 3BVJA 1TQJA 3W7KA 4IXXA 6TIMA 1JCJA 3DHDA 2E1DA 5I3IA 1DV7A 2R94A 4KFOA 1ZAJA 3W2MA 3W3OA 3M9YA 2E68A 1EP2A 1H50A 2EKCA 1PE1A 3QQ0A 3QJAA 3HOJA 4NT0A 3NO5A 1GYLA 5D30A 3USBA 4K8HA 1N8FA 3M41A 3W2JA 4BI6A 3MMTA 5IM51 5LGZA 3PR2A 1M5WA 3UY7A 3PAJA 3BW2A 3NQEA 4CCEA 1Y0EA 1R30A 2P10A 3CTLA 3PSVA 4XUGA 5DCEA 4FX6M 3W70A 3TDFA 2PRHA 1AG1O 4R33A 5DXYA 4HKPA 1ZAHA 3NQGA 1P1XA 3TK7A 2OX1A 4U28A 3DH7A 1QCWA 3MUXA 3NQVA 4JR5A 1T96A 3NEVA 1R2RA 5D2VA 1ZHAA 4GUHA 4O19A 2Z1BA 1R2SA 1XUZA 1Q6RA 3NL5A 2NV1A 1I8JA 2WNQA 5EL1A 2H90A 1TRDA 3IIVA 1UCWA 3HG5A 3OA3A 1W3NA 1UASA 3H53A 2XFWA 2DJLA 3NM3A 4A2RA 3CM4A 1DL3A 4WXZA 2A21A 1SR9A 2TPSA 3FS2A 1WV2A 2GUUA 1H1YA 1XFBA 1L6SA 1OG0A 3EX4A 1L6YA 3UWVA 1H7XA 5CGQA 1OK4A 3IEBA 1I2PA 3F4WA 3W84A 4O0KA 3CC1A 2FLIA 2J88A 1FWWA 2HS8A 4FHAA 3HMJG 4O10A 3LTYA 5D2TA 5DELA 1XC4A 2ZRWA 1V7YA 4MIMA 3P61A 4WUIA 3M5ZA 3DU0A 1SPQA 3TU9A 3G3MA 4O13A 1TB3A 4DQWA 2FB3A 1YXDA 4AWTA 5KZMA 4M7TA 4L4LA 4MJMA 3NVTA 3DBPA 4JGDA 5G1TA 3I7QA 4PH6A 4O54A 1RPXA 3MP3A 3A23A 4ADSA 3JRKA 1WX0A 1W3TA 4OHQA 2YW4A 3MYPA 2DZWA 2H8ZA 3JR2A 1JQVA 3CWNA 3A9IA 2E6YA 3M47A 4KWVA 3L5AA 2H8XA 2BWGA 3S5ZA 2EGZA 3S8HA 4NNAA 3L21A 4E2DA 2QCNA 4JTKA 3IIXA 3K30A 1VH7A 3IVSA 3SY5A 5CKSA 4MVAA 2GQ8A 3A21A 2JGQA 2ISWA 5FEPA 3N2XA 1F5ZA 3MYOA 1T99A 4QISA 4PCFA 4HN4A 1O5XA 1LRNA 3B04A 3L67A 5I3JA 1IIGA 4YMZA 5L9FA 4MLRA 3LXAA 3TXVA 4LNYA 4RV8A 2A1YA 4XQ6A 1YXCA 1D9EA 3S5OA 1H60A 1MSSA 2FIQA 1MEIA 1SO4A 2C16A 4CNNA 3L5MA 2JBMA 1LRQA 3T44A 5G4EA 1PS9A 1U5JA 3CEUA 1LBMA 1G7VA 2RDWA 1TTQA 2ZTKA 1EB3A 3O05A 4DPPA 3TAKA 1X6UA 5AHIA 3TA6A 5TQLA 2RKXA 1HO1A 3SGUA 2Y89A 3BK0A 1VLWA 3B0PA 3I68A 1DJNA 3EKLA 1DQWA 2JKEA 4K6AA 5C6MA 3GX9A 2GPTA 4EVZA 1DOSA 3VE9A 3GNNA 1AL7A 4O57A 3DFOA 1ML1A 4NVTA 3TJXA 2Z2UA 1LDCA 1TYGA 2X2GA 4LC6A 3WJWA 4DELA 1MZHA 5GVJA 1XI3A 4NJIA 3W1TA 5SWUA 3TW7A 3LDVA 4NX5A 3LXCA 4ORIA 2QJHA 2WJZA 4LY8A 1YXYA 1ZFJA 4LTSA 1TPFA 1V5XA 3TX9A 2PURA 4IOTA 4IPIA 3TH6A 2ZTJA 2CZDA 2LLEA 1JRBA 1WOAA 3GXNA 2R8WA 4XKYA 5FESA 3NL6A 4MKNA 1FUYA 2HS6A 2A5HA 1W5PA 1AL8A 5D32A 1R47A 1TSIA 3NL3A 5I3HA 3UXDA 4A2SA 3NQ6A 3V1PA 3NQMA 3L0NA 2NX9A 1YDNA 2TYSA 4RKAA 3NGJA 3NPWA 3W2KA 1BKSA 2H3DA 3EB2A 1OK6A 2NXHA 1JJKA 3SZ8A 2W6RA 2VFFA 1OFRA 2ZRYA 3OHIA 4WQ6A 3LCWA 4ML9A 4NJHA 1SO6A 4RJEA 4XKYB 1EUNA 1OX6A 3QH2A 3W83A 3UNDA 1FCQA 3U6WA 4W9TA 1W5OA 4E2BA 3HIJA 3S1XA 2VC6A 4JTEA 3HG3A 3PG9A 4CCCA 4DF0A 4FNSA 1NAL1 2JKPA 5HWJA 3B05A 2ZZ1A 1JCLA 2H3BA 4LOCA 3P5ZA 4PFMA 3QW3A 1F76A 4LVAA 5AN7A 4PL1A 5F4SA 1I45A 4QIUA 2BZNA 2RHGA 1H62A 1OX4A 5HNRA 1KBJA 1XBVA 4M6QA 1SFJA 1G4TA 4IX2A 4LV9A 4YWIA 3L5LA 3IVUA 3R2GA 2Y63A 1VYSX 2YGYA 4CQ9A 4JTLA 4KWWA 1KM4A 4IMDA 3GDLA 4JYDA 1NFBA 5DY3A 4JYEA 3ZWSA 1FY6A 4UFJA 3W22A 1K7FA 1DVJA 2VELA 4DO4A 2NWSA 5A8GA 4LUJA 1ME9A 4RX0A 3PB2A 4NUWA 2G97A 1TJPA 1I2QA 1G4SA 1OX4B 4I9AA 2WSRA 2Y70A 4Z1CA 2B7NA 1G4EA 3KFTA 3TMQA 1UB3A 1M7PA 4IXHA 3W87A 2QDGA 1LBFA 3BGJA 4MYXA 4NJGA 4O11A 2V8ZA 1YPFA 3M44A 1HUVA 3B06A 2C3ZA 5D2WA 4FNPA 3LHUA 3P8IA 3TXZA 1GTEA 4M6PA 2D73A 3T78A 3BW4A 1OFDA 1KFKA 5LHFA 4C1KA 3TQKA 1LLZA 4NJJA 3W7NA 2V5BA 1ZJIA 4JX5A 2Y88A 3C2EA 2QJGA 4OQVA 1H1ZA 4AF0A 4HPXA 1K02A 1TPVA 3CU2A 5CZSA 3DGRA 1EUAA 1H7WA 1NSJA 4MY8A 4MFEA 5U4NA 2Z6JA 3FYOA 3KRZA 4Q33A 1LTDA 4UMCA 1OFOA 2Z0IA 2V30A 1QWGA 3HPZA 4Q4KA 1YTKA 4JDYA 4AF0B 4ALDA 4PA8A 1TPEA 1RQEA 3KX6A 3MWAA 1F74A 1VRDA 4POCA 3BW3A 3WK2A 4ZVJA 1JCMP 5EBUA 5LSMA 2VFEA 2YCEA 1MO0A 1O5KA 1YLVA 4JTJA 3W7CA 1QO2A 1YTDA 3VI2A 2YFOA 2ABAA 4N9EA 4EOUA 2A6LA 3VCRA 1MEWA 1Q6OA 3LV5A 3TMLA 3EX3A 3AJXA 5CPNA 1VLIA 3NOEA 1EP1A 2VOMA 2HTMA 1WA3A 1TTIA 4MY9A 4FX8A 1EWEA 5BNKA 3M1ZA 2J6XA 2DORA 4QITA 4EIVA 2GJNA 4I7VA 5DBTA 4X2RA 3TQ0A 4DBDA 4WXYA 3LXBA 3ATYA 1SZFA 5AHEA 4LT9A 1DKWA 1VJIA 4MY1A 4OU1A 3DENA 3TROA 3M43A 4A3UA 1B3OA 1YTEA 3GAKA 1PHQA 4ZQCA 4UTWA 4FB7A 3TJLA 2ALDA 4OV4A 4PEKA 1TTPA 2ZZ5A 1IXOA 2CZFA 2QEZA 3S1WA 4Y96A 4Z08A 1E51A 1AW5A 3GR8A 3S0CA 2J9XA 2PRMA 1QPQA 1S5WA 2PE4A 3N2MA 4KFPA 5K9XA 3Q2DA 3DFPA 3IV3A 3EKZA 5F2MA 4M6VA 3SR7A 5BRBA 2ZRXA 4GC4A 1IXPA 4H6KA 2QJIA 3GNDA 4AHOA 3WFAA 1EX5A 4JTHA 1FBAA 4GUJA 1CW2A 1K7XA 1N55A 4TMBA 3P7YA 3MP5A 2W0UA 4Y9AA 3W23A 2C1HA 1QNVA 4O1DA 4JNMA 1UUMA 3BLFA 5HULA 4UFKA 3W1LA 3IIPA 1M6JA 3BO9A 2E5CA 2GQ9A 1XDLA 3M16A 3UD6A 3QPZA 3E0IA 4RZ5A 3FJ6A 4N9BA 4O0ZA 2ABBA 1B4EA 1QFEA 3LM7A 3OBKA 3CPRA 4LRSA 1X1OA 1G4PA 2AGKA 4IGHA 3W1UA 4FNUA 4LS1A 3C2VA 3G1HA 5EPDA 3W07A 3LCXA 2A2IA 2E09A 4IMGA 1SZEA 1H61A 3W7HA 1JQXA 4JXCA 1Q3NA 3PSWA 5C55A 2TSYA 3W7LA 4O28A 3G1YA 3G1VA 4AVFA 1RQHA 1PL9A 4CQAA 4UNLA 1KTCA 3F1QA 4RZ4A 4FNTA 4XTDA 3NQ2A 3ZR4A 4UNKA 3UQNA 1GTHA 3A5FA 2OT0A 3L9CA 3NL2A 3ABQA 4EF9A 3DXIA 2DU2A 3HGSA 3MI2A 1VHNA 3PVFA 1IIHA 3MO7A 1KTNA 2JGYA 2VFDA 2GVGA 4JD4A 1PCWA 3PM6A 1Z44A 4QM1A 3PS7A 3SI9A 3INPA 1SFLA 3O1NA 1QOPA 4K38A 2DJXA 4N6EA 2Q3RA 3HG2A 5FEZA 3W85A 4WJEA 3RNDA 1VYRA 3UWUA 3N73A 3LHWA 4JTTA 4UMAA 2TMDA 5FF2A 4JN6A 5K9DA 1WBJA 5CG7A 2DZVA 3DHFA 4BI7A 4X9SA 2BSLA 3HO8A 1OFPA 4J9JA 2GVLA 3NQ7A 4CCDA 2E5DA 4LVFA 2QCEA 3LBCA 1TCDA 3I6RA 3TC6A 4UTHA 2A6NA 4O53A 1F7BA 1GVOA 1ALDA 1O94A 4NNCA 4IX0A 1A50A 1KLYA 3EWXA 3RK8A 1LOSA 2ZA2A 4JTGA 2FB2A 3UXAA 1LRTA 2ZRZA 1ZY9A 3O6YX 1LM1A 3C6CA 2ZRVA 3MJYA 2NX3A 1P4CA 3FKKA 3BG9A 1K3UA 5AFDA 5AC8A 2X1UA 3KOFA 3E96A 2ZZ2A 3CB8A 3HQ1A 4LC8A 2J9ZA 4ZMGA 1SW0A 2ATSA 1XBZA 1VGAA 3W76A 1XL9A 1QDSA 2CZEA 1SSGA 2VENA 4BF9A 1UJPA 2OJPA 3O16A 5G5IA 5FI8A 1JUEA 4AWUA 4IPJA 3EWZA 3ANYA 5CSRA 2NZLA 4Z1BA 4QAIA 4LVGA 1ME8A 4IMFA 5EKYA 3OG3A 1KM6A 5KINA 1B57A 3P81A 4LVBA 2WOQA 2B7OA 1DQXA 3GDKA 3LOTA 4UR8A 1RV8A 2YW3A 4FIQA 3RU6A 3HJZA 4M7SA 2Y61A 3FOKA 4XTIA 3VKJA 3W1RA 3PY2A 2OZ0A 4UTKA 1GZGA 4YLWA 3O63A 4JIPA 3NA8A 1H63A 4JYFA 1TPWA 1ZENA 1KV5A 3O06A 5IBXC 5F4WA 3CHVA 4MZYA 3VE7A 1Q6QA 3W7IA 3C3NA 2A7PA 3R89A 3UWYA 1G67A 3GR7A 1DBTA 2C19A 3MI6A 2EPHA 2AAMA 3DFSA 3QSRA 3GDMA 3DFTA 3HPSA 2JK2A 3LCGA 3BLEA 5IBXA 3S6DA 5AC6A 4Y90A 3TKFA 1J4EA 4GWEA 4JEQA 5D09A 2J24A 4UUIA 4NZFA 3NM1A 4UTMA 1PV8A 5EYWA 1TJRA 1QOQA 2X1SA 3LHTA 1KM3A 3W9ZA 4O4VA 1UBSA 1A5BA 2AQWA 3G1XA 3P84A 4I7WA 3N9RA 1SO5A 3G3DA 4JTIA 1Z41A 2BXVA 4O4WA 3CEPA 2E6DA 3TSMA 1ICPA 3M0ZA 3P74A 2G95A 1RD5A 1FCUA 3GZ3A 4AH7A 2WSQA 2A4AA 2YR1A 4JIQA 3NYZA 5HMSA 5C54A 2VEMA 2RFGA 5TBOA 4UFHA 4GBUA 4LUIA 4HPJA 4D2JA 1BWKA 4OBTA 4O17A 1GG0A 2CLKA 4ICNA 1P0KA 2VFHA 5G2WA 1QPNA 2Y85A 2FPYA 3M7WA 5F4XA 4UFMA 3SECA 2ATMA 3NZRA 4M19A 2ZRUA 4WOZA 4MYAA 1SW3A 1YYAA 3B0UX 1CX9A 3KVJA 1H7OA 3S9YA 1EP3A 1ONRA 1JCYA 1NF7A 4NQ1A 2GOUA 3G22A 2Q8ZA 3LTSA 4MUZA 1LROA 3W74A 2WO5A 4UTTC 3WJXA 3M5VA 4DPQA 1VCFA 4JX6A 2YXGA 2R91A 5BW6A 3Q94A 3OIXA 2QUTA 1G6CA 3CIXA 3O07A 1P0NA 4MFDA 3ZS4A 1X7FA 4Z0SA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4DBEA

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