5C2XA

Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from colwellia psychrerythraea (tetragonal form)
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
SDIKAVAQRALSLMDLTSLTNTETDQEIIDLCRQAKSPAGETAAICIFPRFIPVAKKALKAQQTPHIKIATVTNFPQGNDDLDIALAETRAAVAYGADEVDLVFPYRALIQGNETIGFDMVKVCKQACSGNAKLKVIIETGELKSEELIRKASEIAINAGADFIKTSTGKVAINATPEAAKVMLTVIKNKNTAVGFKPAGGVRNADDAAIYLDLADNILGNEWADANHFRFGASSLLISLLDTLGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
publication title Trading off stability against activity in extremophilic aldolases.
pubmed doi rcsb
source organism Colwellia psychrerythraea
total genus 96
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2015-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5c2xA00
3KOFA 5KITA 3W2MA 2NWRA 2JBMA 4AWSA 1PL9A 3CPRA 2Y6ZA 2EGZA 2QUUA 1H63A 1LTDA 1NF7A 3TW7A 2OZ0A 2A6NA 3NQAA 1VYRA 1WQ5A 1C9DA 1V7YA 5D30A 2VEIA 1XBYA 3NPUA 4FXSA 4EWND 1EWEA 2C13A 1W31A 1A5SA 3L5AA 4S2CA 2WNQA 4JYDA 4P2VA 2YZRA 5E93A 1RPXA 5HNRA 4R7JA 1R2RA 1TPUA 1GVOA 3G1AA 1SSGA 3OHIA 1A5BA 5G2WA 4HSOA 2VFEA 2V2CA 3EXSA 1VCFA 4QIUA 1L6WA 1TB3A 3S9YA 2A21A 4JY9A 1JCJA 1I2OA 4Y96A 1SFJA 4MYAA 4O50A 4ORMA 3GNNA 2OX1A 5BOOA 1H62A 3PBVA 2GQAA 3LRLA 4ZQMA 2E68A 5LNVA 4WUIA 1EP3A 2ZZ2A 3B0PA 4DBDA 3TQKA 4MFDA 4ADSA 3W7MA 1C8VA 3B0UX 4K38A 1ICPA 1DJQA 4EIVA 1GYLA 3U2OA 1VH7A 5HWJA 4MLRA 1TCDA 3CC1A 2B7QA 5BW6A 1VRDA 3WJXA 1ME7A 1SZGA 1GVQA 3ANYA 1YYAA 4MPQA 4O10A 4NZFA 1KM2A 4ZQRA 1X8FA 4LVAA 5AN7A 3DHDA 3G1FA 3CB8A 4NUWA 4JX6A 3MHFA 1JUEA 3NQMA 3ZS4A 3S0CA 1OABA 5KMYA 1ALDA 2GVJA 1U83A 2W6RA 2QCCA 4FNSA 3WK0A 4FEZA 2Q3RA 3QPYA 1OFPA 2J6XA 4MVAA 3G1YA 2PRMA 4LUIA 4JIQA 5HJLA 1W3IA 2JKEA 1OFDA 3UPBA 1TTIA 4O28A 2A5HA 3T7VA 1N7KA 3TMLA 1ICQA 4CQAA 4H3DA 1KFCA 3M5YA 2QAFA 1X1ZA 1I8JA 2RFGA 3EWYA 3E02A 3HO8A 4NZJA 1QCWA 4LOCA 3STGA 1W0MA 4M19A 4JY8A 1FX6A 3SR7A 3ELFA 3TROA 1QDSA 3LHWA 5F2GA 2JGYA 3GXPA 2Y7GA 1C29A 1TPDA 1SO3A 3M41A 2A0NA 3C4UA 1N55A 1QR7A 3LRKA 2QCLA 2ZDRA 1W54A 4AEOA 1GWJA 4LRTA 3TJLA 2ZCGA 2QJGA 2TPSA 1HUVA 3DENA 4AF0A 2CFFA 1MO0A 3BGJA 3UWQA 2DORA 3CLMA 2ZRVA 1VS1A 5LKYA 3C3NA 4R33A 3OG3A 2V0TA 4MLJA 3C61A 1YTKA 4M7TA 3LXCA 2YSWA 1AL8A 2ZZ6A 1T96A 3DXIA 5K4XA 3BG3A 2A7RA 3M5VA 1QPQA 3IV3A 1D9EA 3RF9A 4WXYA 4M6VA 3GZ3A 1TV5A 4DF2A 3W1TA 5D09A 3QRHA 2X16A 3E9AA 3GXNA 4UMBA 4HKPA 4C1KA 2RDWA 3G3DA 4YWIA 4HNVA 4JR5A 2KZHA 1JCNA 3B0VC 2WNNA 1AG1O 1G4EA 3PG9A 4IGHA 3SW6A 3W75A 2YW4A 1SZNA 1R2SA 4LC6A 5FI8A 3W7DA 1MEWA 4KFNA 4A21A 2R91A 3ATZA 3QF0A 4TR9A 4TMBA 2CLKA 2X1SA 2Z0IA 5DCBA 3H55A 1Z48A 4K8EA 1TRIA 1ME9A 4QM1A 4HIBA 2QDHA 2DJXA 1TPC1 5EKYA 4IMCA 4K7YA 1TPWA 3W1MA 1F76A 4MY9A 5AYXA 3UY8A 3BPWA 3HB9A 2QCHA 1U5JA 4GUFA 5EPDA 3N9SA 1FWWA 4TMCA 2G97A 2ABAA 1VYPX 1TJPA 3PC0A 1TQXA 1WA3A 1W3NA 5F4XA 3VFLA 1TREA 1WBHA 2J9YA 4Q33A 1W5MA 1OG0A 3E49A 4M6PA 1VGAA 4JICA 5AC7A 2CU0A 5EA9A 4AHQA 3G1SA 3L5LA 3HJZA 4WY0A 2C1HA 3EWBX 3AJXA 2QCNA 2NLIA 1I2RA 5DBUA 2XN2A 3SSJA 3FLUA 4CCDA 1KFEA 4HNUA 2QJIA 3SJ3A 4MYXA 4N9EA 3TSDA 4Z1DA 4JYFA 4O14A 4Q4KA 2RDTA 4DO4A 4LS0A 4IXHA 1M6JA 4JTLA 2QF7A 4Z0SA 1OYAA 2WSRA 2B0MA 3A5FA 4BK9A 3A24A 4Z08A 5D05A 3RFAA 5D04C 1IIHA 2CZFA 1Q6LA 5GVJA 5KSWA 1L9WA 3NQFA 1W3TA 1H7XA 4K8HA 1KFKA 3FYPA 1L6SA 3KHJA 3TSMA 4K7VA 5FEXA 4JDYA 3NL6A 5FEPA 3W76A 2NUXA 1PS9A 3OVQA 4O1DA 4WQ6A 1TRDA 1LOQA 1UUOA 3CIWA 3VE9A 3I7RA 5G1YA 2CZ5A 2ZRXA 4ORIA 1KM3A 2ZFAA 1EWDA 5AB3A 3STEA 3GKFA 4Z1AA 3TMQA 4ZZ9A 1H7PA 1LOLA 1XDMA 4O4VA 4UTLA 4YL2A 1F6KA 1JJKA 3TUUA 3P8IA 1SR9A 2VEMA 2HTMA 3S1VA 5BMXA 1TYGA 5G4EA 4ML9A 2VC6A 3THAA 1A5AA 2B7PA 2C14A 1SZEA 1AW2A 3TE9A 5EYWA 2A4AA 1QNVA 3G1HA 4PH6A 4IMEA 4UTJA 3LXAA 3C52A 3THQA 4HN4A 2Y70A 3GNDA 1T0OA 4QISA 4UTTA 2DZWA 2PRLA 2Y62A 4JDBA 5FF7A 3W23A 3SECA 2WSQA 4JX5A 1FCBA 1EUNA 4QNEA 3SZ8A 3W7HA 1XCFA 2DJLA 2XFWA 5DBTA 2C15A 4RXFA 3GVGA 2PE4A 4WD0A 3O1NA 1ZFJA 2A7PA 2RHGA 4LU0A 1QAPA 3IIPA 1FXPA 3LV6A 4IX2A 4JNMA 2Q3OA 1S5TA 4X3ZA 3G3MA 2RDUA 3O06A 2GOUA 2JKAA 2Y85A 4UNKA 1PCWA 3L65A 1GYNA 1HFBA 1H51A 1F7BA 2ZA1A 3BW4A 4Y90A 2W79A 4ZQNA 3S1UA 3TSBA 2D73A 3GR8A 4O54A 1VLWA 3MBFA 1WDWA 1W5OA 3NPXA 1KA9F 2YX0A 2QJHA 2DZPA 3DKLA 3DH7A 3M9YA 5LNWA 2V5BA 3C2FA 1Z44A 2EKCA 4N02A 2J9ZA 2BLEA 4H4IA 1OVDA 3WJYA 1RQEA 2E5CA 3TR2A 2ZRUA 1QO2A 1HTIA 1TPB1 3EX4A 4QAIA 1KTCA 4OGZA 1S3HA 2V2HA 4WY0B 4A29A 5AYZA 1S5WA 1XBXA 5F2MA 5AHIA 3P61A 1L6YA 4N6FA 3GKAA 5D38A 5C5YA 4YMZA 5F2LA 1WX0A 1TPEA 3JR2A 3MJYA 2ZRZA 1BEUA 5A5WA 3TC6A 3YPIA 3NZRA 4MIMA 3W2UA 2ABBA 2XN1A 1ZAHA 3HGSA 3DFTA 3NQ7A 4E2DA 3O07A 3L9CA 3IEBA 3KVLA 2E1DA 1OF8A 3CWNA 4FNUA 3GYEA 2WQPA 1NF0A 4UFLA 2P1FA 3H54A 3PSVA 3C2VA 1IXOA 4JN6A 3WK1A 1FWRA 5CPNA 4JTSA 3NVTA 1NAL1 1VZWA 2GQ9A 3N3MA 5F1VA 7TIMA 2DU2A 5SWUA 3MP5A 4PODA 3W7CA 1LRTA 4UUIA 3O63A 1QWGA 4YXGA 3LHYA 4FX8A 5DCEA 4M6QA 1RZMA 1H7RA 3LOTA 1B3OA 3T55A 2GQ8A 4YLWA 1EB3A 5HINA 2FLIA 4CLMA 3I68A 1FCVA 3BW3A 3KFTA 4QNWA 4HNTA 5U4NA 2V30A 3GR7A 3PBUA 4FXRA 3BG9A 2FQIA 3QSTA 1LCOA 3IIOA 4N9CA 3KX6A 4RKAA 3DHFA 1ZHAA 4IMGA 1ZJIA 1TV7A 2B7OA 1PHQA 3IGXA 2ZZ7A 1UB3A 4M7SA 1SW7A 4O1AA 3W7OA 4HPXA 2YGYA 3SFKA 2FFCA 2NXIA 3HOJA 4GNJA 5AHLA 4MJMA 3P8JA 3N2XA 1KLYA 2WV8A 4M5PA 1I2QA 4IJBA 2B7NA 5CPOA 5AHFA 5G5IA 2C16A 2FTPA 4K37A 3WJSA 4EF8A 4WJEA 3MW7A 3LB0A 3LGEA 4GXMA 3O8AA 3RMJA 1LDCA 4DBEA 1EUAA 2FB2A 3PB2A 1T8XA 4FF7A 2Y7FA 3W7IA 3PY2A 3GLCA 3N9RA 1OYCA 3DFQA 2H6RA 1Q6QA 2DZSA 1DV7A 1J2WA 2VELA 3FS2A 3P74A 1QOPA 2F7FA 4GC4A 4LV9A 3VNDA 3DBPA 3EXRA 5CZ0A 4RV8A 3PAJA 3PVFA 2CLHA 1DHPA 3NDOA 2R8WA 5D32A 1WOBA 3MP4A 1GPWA 2BXVA 3F03K 3LHVA 4LVFA 3HIJA 3HF3A 2NWSA 4GFSA 2FJKA 3W1LA 4HPJA 4O13A 4MZYA 1K8XA 2V81A 4FNPA 1KM5A 1RVGA 3TU9A 3MMTA 4UTIA 2FPYA 5IBXC 4LTSA 3HG2A 3W85A 4Z0JA 4AH7A 3L21A 1EX5A 5AYYA 4PA8A 4UMCA 3CEPA 4I7WA 5D2YA 3DAQA 3OVPA 2QR6A 3VCRA 3LCWA 1DQXA 3LCFA 3OBKA 3U8GA 2YYUA 4DEFA 4J9JA 2WPBA 1R47A 5A8GA 3ABSA 1ZCOA 3HPSA 4RCXA 4XQ6A 3PUEA 3ATYA 3LI1A 2OJPA 2A85A 4NQ1A 3DFSA 4OWGA 1HG3A 3R8RA 3P60A 3W74A 3PS7A 4MKNA 1H7OA 1K8ZA 3W88A 3G18A 3QM3A 2Y61A 3G1DA 3NG3A 3MHGA 3TC7A 1DOSA 3W1AA 2ISVA 3I6RA 2ZYFA 2H8ZA 4K36A 3KRUA 5ABTA 3S5ZA 5EY5A 4Q32A 1B57A 5LHEA 1AL7A 1Q6RA 2C18A 5E1QA 2V9DA 4O53A 1D3HA 1H50A 3TFCA 3B05A 3BK0A 1MZHA 1H61A 4JYEA 1QPNA 4LVGA 5LNUA 1WXJA 2YFNA 2ZA3A 1KV8A 3W7QA 3W73A 3UWUA 1M7PA 2A6LA 4PL1A 3GDTA 1GQNA 3M6YA 1AW1A 1O95A 3PG8A 3NQGA 1TJRA 1S5VA 4LC8A 2UV8G 1G67A 2C6QA 3FIGA 4Y8FA 2YYTA 2QCFA 4OE7A 2QKFA 3TV8A 3NZ1A 3CHVA 3E0IA 3F1QA 3P84A 4QSHA 2DZXA 1RR2A 1LYXA 5LNSA 3NA8A 2Z1BA 1KV5A 1PCKA 3W72A 3GX9A 3GDLA 5D03A 5LHFA 3QW3A 3MYPA 2X1UA 3W7NA 3AO0A 3UZJA 4D2JA 2YPIA 1F73A 3MO7A 3EWUA 4NX5A 3GXTA 1KM6A 2VFIA 1TPFA 3EKLA 5LNRA 4O15A 2H8XA 3P62A 5CGQA 4MZ8A 5HQEA 1FXQA 4FO4A 4O0ZA 5FF0A 5TBOA 2EPHA 3WK2A 3QQ1A 1WYIA 3N2MA 4WX2A 2OT1A 4XTDA 3MUXA 5C54A 4Y6GA 4AAJA 3SIZA 5KZMA 5J5DA 5HWMA 3HMJG 3QPZA 5CG7A 4ZQPA 3PB0A 3EX6A 3HPZA 3Q94A 3M5ZA 1W8SA 5TQLA 3W22A 5K4ZA 1K03A 2Z6IA 4TO8A 4TX9A 3S1WA 1DJNA 2XN0A 1HO1A 4OV9A 3W7KA 1ZAJA 4O1CA 1CW2A 1LROA 2NUYA 3NL5A 4NNBA 2E6YA 3RU6A 2YDAA 3EKZA 3TDFA 4DO6A 3A23A 1P0NA 3GDRA 3EWZA 3IIXA 5CSSA 3TAOA 4CCEA 2VOMA 3CWOX 2C19A 3HBLA 3LCGA 1O60A 1KLZA 1Q3NA 5FEZA 4IQLA 5DELA 4ALDA 1VPXA 2Y89A 5HUPA 4UFKA 3WJWA 4UXDA 3GDMA 1LORA 4XUGA 1LLZA 4MFEA 3W84A 2V5LA 3QC3A 3I7QA 2DZTA 4LNYA 4JTJA 3STFA 2NUWA 3E12A 1WOAA 1ZENA 2ZRYA 4LV4A 3T78A 2QCDA 2QCGA 3E96A 1ADOA 1LBFA 3LHTA 3LBMA 4O8RA 1P5BA 1W5QA 1N8FA 4W9TA 5G4WA 4DPPA 3EX2A 3LCHA 2FB3A 3ZWSA 1OFRA 1SPQA 1Y0EA 4P61A 1EP1A 1GTHA 3C6CA 4NJJA 1GG1A 1JRCA 1MXSA 1THFD 4IUOA 1SO6A 1Z42A 4DO5A 4FX6M 4NU7A 3G0SA 1OX5A 5LZLA 3GAYA 3NYZA 3O6CA 3W1NA 2C0AA 4UTKA 3WK3A 1OK4A 3NPVA 4MOZA 4UTMA 2YXGA 1ICSA 1VCVA 4LVBA 1DL3A 4JS3A 3DI0A 4FNRA 2BZNA 5CPMA 4DPQA 1OF6A 3P5ZA 1FDYA 3PULA 3C2EA 3M5XA 1X7FA 1SW0A 3T40A 3B4UA 1TO3A 1GVSA 3G8EA 3MI3A 3Q2DA 3DGRA 1PHWA 4AHPA 2NV2A 4FNQA 1M5WA 2VKZG 3QQ0A 4AF0B 3PUOA 2X30A 5KINA 1TSIA 3S42A 4AWTA 4CCCA 4O4WA 1GEQA 1FCUA 3UWWA 1D3GA 3UY7A 5K7JA 3FA5A 1UCWA 2WNZA 2ATSA 4RLIA 3W1RA 5EBUA 3LRMA 1G4PA 3P80A 1LBMA 3KRSA 3FKRA 1QPRA 4GWEA 1JVNA 1ZALA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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