3UWQA

1.80 angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. n16961 in complex with uridine-5'-monophosphate (ump)
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
229
structure length
222
Chain Sequence
NDPKVIVALDYDNLADALAFVDKIDPSTCRLKVGKEMFTLFGPDFVRELHKRGFSVFLDLKFHDIPNTCSKAVKAAAELGVWMVNVHASGGERMMAASREILEPYGKERPLLIGVTVLTSMESADLQGIGILSAPQDHVLRLATLTKNAGLDGVVCSAQEASLLKQHLGREFKLVTPGIRPARRIMTPAQAIASGSDYLVIGRPITQAAHPEVVLEEINSSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title 1.80 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with uridine-5'-monophosphate (UMP)
rcsb
source organism Vibrio cholerae
total genus 77
structure length 222
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3uwqA00
1OFBA 4KFOA 4PL2A 3W1MA 5D03A 4O10A 3PUEA 4LVDA 4K7VA 3QM3A 3DHDA 4O14A 1EP2A 1ME7A 1EP1A 3LCIA 3GB6A 5G4WA 2ATSA 2BSLA 3G0SA 1JCYA 4MOZA 1A5CA 1BEUA 3B8DA 1S3HA 2HMCA 4Z1AA 1PS9A 3W7JA 4NZFA 1KM2A 2PRHA 3G22A 2EKCA 1JCNA 2Q8LA 4IMEA 5DXXA 4PCFA 4O1AA 5KITA 3QW4B 4NNBA 1OYBA 1EUNA 2ZTKA 2Y62A 3PC0A 1GVFA 1P1XA 4JEQA 1DQWA 2E5DA 2YFOA 3TIMA 3MUXA 1TB3A 2A6NA 1C8VA 1L9WA 3LXAA 4Y6GA 2ZRZA 1LBFA 4M7SA 2EAWA 4I7WA 3BO9A 1KM1A 1T99A 1K03A 2QCNA 4N4PA 4AWUA 4JTSA 3W2JA 5AHIA 4OQVA 1VH7A 4E2DA 1G67A 1OFQA 3HGOA 2NX3A 5AYZA 1LBLA 3JR2A 1KV8A 3LRMA 1SU5A 3MBDA 3QQ0A 4XBSA 2TMDA 1IXPA 3KVLA 1T8XA 3LCLA 3QPYA 1SQ7A 1KFCA 4R7JA 4UTTC 1SSGA 1W3NA 4BI5A 2CLHA 4AH7A 1TYGA 2QCMA 3W1UA 5E0KA 3KRZA 1DJNA 1YTEA 3EWWA 1TCDA 3S1UA 1AW5A 4JX5A 4TX9A 1ZAHA 2OMAA 2A2IA 3PB0A 3UY8A 1PCKA 1JCXA 3BLEA 3M1ZA 3M5ZA 3FFSA 1H62A 4GRSA 4LTSA 1K8ZA 3R8RA 4UFHA 4WZHA 1WX0A 1RQBA 3LI1A 4WQ6A 5AC8A 1AL8A 3S5ZA 4C1KA 2Q8ZA 4MFEA 4E2BA 3GK0A 5KTLA 1I2NA 5HR6A 3EWBX 3HG3A 1OX4A 4WUIA 3TUUA 3TXVA 3NQ6A 3S5OA 1KW1A 4AHPA 1H61A 4DO5A 3M9YA 3NL3A 4IOTA 3AO0A 1FWSA 1Q6LA 4QITA 1LOQA 3SW6A 5LGZA 5FEZA 1VR6A 1HL2A 2WSQA 1YXCA 4RZ6A 1THFD 3TNOA 2JKEA 1MEHA 1PE1A 1JRBA 1OK4A 3NQ8A 1D3GA 2V2DA 1EWDA 4BR1A 3W2KA 3FJLA 1QOQA 2CFFA 3IIPA 4BWLA 4DF2A 2QCLA 3UPBA 4LC8A 2C18A 3E12A 5U4NA 4OGZA 1X6UA 2E1DA 4BK9A 1X1ZA 2I1OA 3DZ1A 2E6YA 5HR7A 1RZMA 3TQ0A 2X1TA 3P7YA 4IXXA 2B4GA 1SFLA 3QW3A 3A21A 2JK2A 1FWWA 3P80A 4AXKA 4MLJA 4UTLA 5K9DA 5A8GA 4S1FA 4GXMA 1IXQA 2YFNA 3OA3A 1ADOA 1QAPA 5F1VA 3CC1A 3F4NA 1FDJA 3KRSA 2C6QA 2CLKA 5E93A 3LM7A 4HIBA 4JGDA 3W74A 4MIMA 1DJQA 3LTYA 5FEPA 4NT0A 2QCFA 4RX0A 4YCOA 4Z1BA 3GX9A 1X1OA 1MZHA 3TW6A 2F7FA 2PRMA 1G6CA 3HPSA 3G3DA 3G1VA 3TMLA 2QCHA 4R33A 2YGYA 1M7PA 3QZEA 1MO0A 2YPIA 4K8HA 2GJNA 4K36A 4OV9A 2YZRA 4UNKA 3TSDA 4CCDA 1F76A 3QRHA 1I2OA 4I7UA 1BKSA 5AB3A 2DZPA 3QSRA 5LKYA 3RLVA 2FB3A 5F2MA 1YLVA 4MY9A 4JIQA 4O16A 3C2FA 5D30A 4YXGA 4GUHA 4PTNA 3W23A 3O1NA 3A9IA 1PHWA 5IBXA 1VZWA 4ZQNA 4QJ1A 4ICNA 3NQ7A 1K02A 1XFBA 2FPYA 4JNMA 1IXNA 3T44A 4E38A 2V2HA 1HG3A 4PEKA 3O06A 3R2GA 4LC6A 5C55A 1FQ0A 2ALDA 1IGSA 1F73A 3W7RA 2ZFAA 1I2PA 4ORMA 3CB8A 3E49A 3N19B 4GUJA 2CWNA 3KAOA 2NX1A 3T7VA 4RLIA 5TIMA 3C2OA 4O17A 1VCVA 2B7OA 5AHEA 1LOLA 3F03K 3M43A 2ZRXA 3W84A 3TQVA 1VHNA 1YADA 4LS2A 5G5IA 1QDSA 3O6DA 1SR9A 2B7QA 1ONRA 3UWUA 5CZTA 1WXJA 3WJZA 3STEA 4O0ZA 3LHWA 4WXZA 1OYCA 4NJIA 2J9YA 2QCGA 2E5CA 3M5VA 2HS8A 1DVJA 2C19A 3DFNA 1FUYA 2YX0A 3P5ZA 3ZWSA 1ZY9A 2GQAA 1HFBA 1ZENA 1ZAIA 2DZSA 4ZQPA 2C14A 3THQA 1KBJA 3G24A 1DHPA 2RHGA 2EGZA 1TIMA 4Z1DA 1FBAA 1G4TA 1R2SA 3NQAA 3T4CA 3S5YA 2YCEA 3W07A 3B05A 3O6YX 4KWWA 3TU9A 1F74A 1YPFA 4UMCA 3A24A 3PBWA 1OX4B 2TYSA 3RNDA 5D2YA 2I9EA 3G8EA 3L0NA 2QJIA 1LORA 3BGJA 4XZ9A 4RXGA 3UXAA 4YCPA 1ZNNA 3SECA 2NUXA 5DY3A 2PC4A 5EA9A 1Q3NA 2QUVA 3L67A 5I3HA 4HNVA 4GUIA 1NVMA 4JX4A 4O19A 2CLLA 3CEPA 3W7DA 3N73A 3TDFA 2A7RA 4O1BA 4AEOA 3T78A 5GVJA 4FHAA 3N34A 2X30A 3E96A 1QOPA 4NNAA 5CZ0A 2QDGA 4RZ4A 3W70A 2GOUA 3L21A 3G0UA 4UFJA 1Y0EA 1NFBA 2NUYA 2H90A 5SWUA 2BX7A 1WAUA 3HBLA 2W79A 1AK5A 4NX5A 5HNRA 4YLWA 1WQ5A 2GJLA 3NNTA 1GOXA 2GPTA 1WA3A 3W1TA 4L4MA 3P84A 2C1HA 1B57A 4LVFA 3LCGA 2ZZ5A 2PRLA 1JCJA 1L2UA 4PFMA 3M0ZA 1TPVA 1FX6A 2ZA1A 4EF8A 3OEXA 5LNVA 1WV2A 3TR2A 3W87A 3IEBA 3M41A 3IRDA 5MHBA 4LUJA 2NLIA 3BLFA 5HWJA 4Q4KA 1YXDA 4YMZA 4UTWC 1JCMP 2E6AA 3QEZA 1CI1A 3I7RA 3WFAA 4NNCA 2C16A 3STFA 1I45A 2TSYA 3N9RA 1KFLA 4C1LA 3WJSA 1QO2A 1H7WA 1K7EA 4QIUA 4Q33A 3A5VA 4K8EA 1XC4A 1LZOA 2VEMA 2TRSA 3EXTA 1VQTA 5HULA 1LOSA 4UFKA 3NA8A 2Y7DA 4LY8A 5D33A 3CTLA 2Y89A 3S1VA 2ZBTA 5LNWA 2HTMA 1LM1A 2ZRUA 3EWUA 1XI3A 3EX1A 3OVPA 3PG8A 1K8XA 1O5KA 4IMGA 3HO8A 4IGHA 3L5AA 1DORA 3PBYA 3HJZA 4FNQA 1QPOA 3W83A 3HB9A 3GXNA 1QO5A 1VYRA 3E02A 3W73A 2A4AA 3MP3A 3LRKA 1LLWA 4FX8A 1RV8A 1W1ZA 4JDYA 5DELA 5EMUA 3M47A 2ABAA 4GE8A 3NM3A 3FJ6A 1A50A 3I7QA 1HO1A 3QMSA 1IIHA 1GT8A 4JXCA 3U6WA 1GVRA 2V8ZA 4UUIA 5I3GA 3P8IA 3C52A 1TTPA 3S9YA 3RU6A 1YXYA 3LHYA 5F1UA 3QSTA 4IJBA 4M7TA 2QJGA 4LT9A 1TPH1 3QYQA 4ZMGA 3V1PA 4LVBA 4O54A 2CW6A 2ZTJA 5F4SA 1SO3A 3LTSA 1YYAA 4ONVA 2FQIA 1XXXA 5DLCA 3OBKA 3MJYA 4PH6A 3UPWA 3ABOA 3JS3A 3DKJA 4QSHA 4DPPA 1ZHAA 1K7XA 1RR2A 4QM1A 3Q37A 1NF7A 4M5PA 1P5BA 3HPXA 2ZZ2A 3G1DA 5C5YA 2EF9A 5AFDA 2QR6A 2YW4A 4QAIA 1G7VA 5AHLA 2DZUA 2WJZA 3L66A 4MYXA 3QQ1A 4JTFA 4MPQA 1TTQA 2QAFA 5AYXA 3G1XA 1F6KA 5DXYA 4M6VA 1T96A 2NXIA 2X1UA 4JDBA 2CLOA 4YL2A 1FCVA 2C13A 3H55A 2P0OA 4OWGA 2ZZ3A 3RLUA 3NQDA 1A5AA 2DJXA 4UMAA 3GDLA 5H91A 4MUZA 2DZXA 2JKPA 5F2IA 3HIJA 3A22A 3BW3A 5I3KA 4DQWA 3R89A 3BK0A 2V2CA 3C6CA 3EX4A 3NQCA 4UFMA 3OG3A 5CPNA 1VRDA 1XBVA 3KRUA 2QDHA 3KVJA 4AVFA 1VJIA 4WOZA 5CZSA 3TA6A 3N3MA 4AWTA 1OHLA 2J9ZA 4OBTA 2ZZ1A 3N2XA 4GNJA 3P82A 2QCDA 3FLUA 5AHFA 3W1RA 4FIRA 1SW0A 3IGUA 4QNWA 4PL1A 1J4EA 4NJHA 1L6SA 3G3MA 5ABTA 3S1WA 1N55A 1GVQA 4NQ1A 5IM51 1W56A 3UD6A 3CM4A 3NPXA 2V5BA 2BXVA 1SZEA 1GVOA 4UFLA 3VNDA 1N7KA 3USBA 5I3IA 1RQEA 3L65A 3TX9A 3PB2A 1OFOA 4AF0B 2VEPA 4RV8A 3PSVA 2A7NA 4A2SA 4ZQOA 4UC5A 3SR7A 2E6DA 4E0CA 3C0JA 1W0MA 3GIYA 1ZAJA 1YDNA 3NEVA 3WJYA 1FXQA 3G1YA 4O52A 2P10A 1M6JA 1Q6QA 1MXSA 4FEZA 1TPDA 4TMBA 5EL1A 3W71A 2F84A 2ISVA 2RFGA 4CQAA 4PA8A 4GUFA 4JTIA 4N02A 4WD0A 2W6RA 3LHUA 1XDLA 1DQXA 3NQ2A 1VC4A 5H2ZA 5KZDA 5CPMA 3WK1A 2RH9A 1XBXA 1NAL1 3EX3A 2QUUA 1KM6A 1A53A 1G4EA 1OFAA 2X1RA 1TREA 1UUMA 2V30A 1XBZA 2VOMA 2X2GA 5K2ZA 3DU0A 1T0OA 4O11A 2NV1A 3W7QA 3MP4A 3UXDA 5EYWA 1SZGA 4O1CA 4CQ9A 4UTJA 1LCOA 4MZ1A 3RK8A 3VE7A 4DO4A 1SW3A 3RMJA 4OT7A 4D2JA 4I9AA 4X2RA 2E68A 4HPJA 3TSBA 2B7NA 4A21A 1B4EA 3B03A 2VEIA 3OIXA 2WSYA 5C6MA 3BARA 3ABRA 3DH7A 4O13A 1TRIA 1K3UA 3W75A 2CZ5A 2X1SA 3ABSA 6TIMA 1H7OA 2A5HA 4RXFA 3H53A 4IX2A 1FCBA 5EKYA 3IIVA 5DBTA 3W2MA 4CNNA 4Z08A 4A29A 3STCA 4K38A 1H7XA 4IWWA 1YDVA 3IV3A 5FF4A 2J27A 1JCLA 1O60A 5G2HA 3KVMA 1O4UA 1FDZA 4MY1A 3B0UX 2VFEA 2C15A 3W1LA 4O12A 3PBVA 2ZZ4A 4JS3A 3NPVA 1JRCA 4JTTA 1B9BA 4FNUA 4JTUA 2Z1BA 4M6PA 1EB3A 2IQTA 1ZFJA 4MY8A 3R12A 1W54A 4FXSA 1J5TA 1YTDA 1D9EA 1P0KA 3TW7A 2ISSA 3F1QA 5D2WA 2GVGA 4A3UA 4WJEA 2A21A 2NXGA 3PUDA 1F05A 2LLEA 4PODA 5DBUA 2E77A 3LLDA 3TE9A 5AYYA 4OU1A 1EWEA 4Z0JA 1K7FA 2YXGA 1QNVA 4S2BA 5KINA 3LDVA 2FJKA 1FXPA 1G4SA 3ATZA 4FNTA 1TV7A 3M16A 4JX6A 7TIMA 1TV5A 1IF2A 3O07A 4Y90A 4AHQA 1I2RA 3WJWA 1MSSA 1A5SA 1H51A 1M7OA 3LCXA 4JICA 4AWSA 1TV8A 3BG9A 3W3OA 3W88A 3W86A 1S5TA 2YDAA 4PC8A 3E0IA 3MI2A 4EWND 4DBDA 2ABBA 3THAA 3GR8A 3TJLA 4H6KA 4KWVA 3C56A 1JR1A 2JGYA 3L0KA 1XCFA 4NUWA 3W76A 3HG4A 1V7YA 4O15A 4BFAA 3FS2A 1G7UA 4RK8A 3W7EA 3G1FA 4LVAA 5LGXA 3P62A 3GLCA 3LV5A 1W5OA 5TQLA 1CX9A 3DAQA 1ZCOA 1BWKA 2OCZA 2WO5A 1YDOA 3ATYA 4ZZ9A 3W1NA 3TSMA 4TMCA 1YPIA 1GPWA 4N6EA 4HT3A 3ABQA 2GUUA 3TQKA 1TMHA 1V5XA 4L4LA 1KFBA 2CZEA 1OFDA 2DU2A 2JKAA 2OZ0A 3WK2A 3NXFA 3UZ5A 1FDYA 3W1XA 3TH6A 1U83A 1SW7A 3UWZA 3R5EA 1AG1O 4IMDA 1JJKA 4U4MA 2VC6A 1Z44A 4UMBA 1OF8A 1JUKA 3PUOA 3MMTA 3L0GA 1LRTA 2W0UA 2Y7GA 3GDRA 3SIZA 4ZL1A 5J5RA 3O6CA 5K3VA 1WOBA 1ICQA 1OYAA 5HJLA 1TRDA 4GJ1A 2WPBA 4GFSA 2WNZA 4N4QA 1L6WA 4LV4A 4EIVA 3I6RA 4ORIA 3N14A 2ZYFA 3NPUA 4POCA 3W7OA 3DI0A 5HUPA 5LNRA 4O18A 5DCEA 2ZA3A 1F6PA 5HWNA 4HHPA 3CHVA 3W1PA 4Y96A 2P1FA 5CZJA 3C61A 4H4IA 4O4VA 4HSNA 3DFPA 3GAKA 2Q3OA 1GQNA 1TQXA 4LVGA 3TMQA 2A0NA 1F5ZA 3L68A 3L2IA 1QPNA 1VLWA 3LI0A 1HTIA 5K4XA 4ZQMA 5D32A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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