4DELA

Active site loop dynamics of a class iia fructose 1,6-bisphosphate aldolase from m. tuberculosis
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGEEDGVANEINEKLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKPGNVKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
publication title Active site loop dynamics of a class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 138
structure length 345
sequence length 345
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4delA00
2Y7DA 1RQHA 1BKSA 4RXGA 3PR2A 3VFLA 2WNNA 5C6MA 3W75A 4G1KA 3UZ5A 1FXQA 4OE7A 4Q33A 1R2SA 4UR7A 5D03A 4CQ8A 1LBLA 3W1RA 4Y9AA 5U7SA 4FNQA 1NAL1 1PIIA 4MOZA 5I3HA 3EEGA 2C3ZA 3GDRA 4DBDA 1UBSA 2WKJA 1OFDA 1WBJA 4JN6A 1OK4A 4UTJA 4ZQPA 4WOQA 3U8GA 5F2GA 2YGYA 5AC8A 5DY2A 5DCDA 4IUOA 3M5XA 4MZYA 5LNUA 4XBSA 2ZA1A 1H60A 3W85A 1G4EA 1RQEA 1RV8A 2DZPA 3LLDA 5I3FA 2D73A 4QNEA 3QH2A 1AW2A 3LM7A 3F4WA 3NPWA 1OYAA 3SGUA 1OX5A 4QQ3A 5BW6A 4JD4A 4UIOA 3C0JA 3GNNA 4JTGA 1TRDA 1L6SA 1ZFJA 3DGRA 5HWMA 2A85A 5CZJA 3GXPA 5FF4A 3F4NA 4LVBA 4OT7A 4WX2A 4RCXA 3DXIA 4RZ6A 3VKJA 2G97A 2H8ZA 4GE8A 3RNDA 1OHLA 2PE4A 1EWDA 4NJJA 3FA5A 1QR7A 1FWNA 3K30A 5KZEA 4MY1A 4LS2A 4QITA 2ZZ1A 3HPXA 3FFSA 4OHQA 3FJLA 1HL2A 3S42A 1MSSA 3IIVA 4LS1A 5KINA 3ZR4A 2RHGA 2CLLA 2C15A 2WSRA 4ML9A 4UR8A 3TC6A 2NXIA 2YZRA 4MFDA 4NT0A 1SSDA 1JQXA 1MO0A 5DXXA 4MJZA 5AHFA 3W7HA 5J5RA 3TFCA 1G4TA 4Y8FA 2BLEA 2QR6A 2PURA 1W56A 1NF7A 3IIPA 2QAPA 3W84A 4XKYB 3KX6A 3HG3A 1DHPA 1OVDA 3EWYA 2I1OA 4WD0A 2DZWA 3NDOA 3L68A 3O6YX 1VGAA 3MUXA 1TQXA 4UTWC 4I9AA 3WK3A 5LHEA 3W7PA 3UWVA 4Z0JA 2DJXA 2Z6IA 4E38A 4P2VA 1OYCA 3FKRA 4GBUA 5CGQA 3G1YA 1GG1A 3EX3A 3O6DA 4LV9A 2IQTA 3W87A 1YLVA 3ABOA 2V5LA 4FNPA 1BEUA 4U4MA 1JCLA 1ZALA 3RMJA 2Z6JA 3MI3A 1V5XA 3MHFA 2X16A 2QCEA 3RFAA 4GFSA 3RF9A 4UTKA 3S8HA 5LNVA 2J6XA 1HO1A 2PRHA 1TV8A 1LOLA 1KLYA 2NUXA 4A29A 4UNLA 1GVQA 3QEZA 3WK2A 3LHTA 1KA9F 3W7MA 3Q2DA 1GTEA 2B7PA 2FLIA 4JTEA 5DCEA 5FESA 5F4XA 4UMAA 1UCWA 2DZUA 1IXQA 2A7PA 3BG3A 5FEXA 4UMCA 4Y90A 3L2IA 3GAKA 2ZCGA 4XZ9A 3ATYA 3O1NA 1RQBA 2QUUA 1GWJA 1XFBA 2R8WA 1DBTA 1H62A 6ALDA 3W7IA 3W1UA 3LX9A 3UPWA 5HNRA 4RX0A 2ISWA 4NUWA 5C2XA 1VR6A 3TR2A 4FIQA 1EP2A 3T7VA 4YMZA 1Z44A 2B7QA 2FQIA 3W83A 3S1VA 4LC8A 4C1LA 3EX6A 2PRLA 4O52A 4JTLA 5G4EA 1AMKA 3H55A 1X6UA 3LXBA 1YTKA 4LNYA 4NX0A 3CHVA 1SW7A 1DKWA 3W1AA 3M5ZA 4KFNA 4Z1DA 1JULA 1SQ7A 1QDSA 4CQ9A 4N9CA 2O7QA 2GJNA 3N19B 4MLJA 1JVNA 1NSJA 1PL9A 4MZ8A 3WFAA 4JTKA 4X3ZA 1R2RA 2H6RA 3PUDA 4JGDA 3NPUA 5CSRA 1G6CA 4R33A 2J9XA 4LRTA 4M19A 5I3KA 4IMDA 1W5QA 1XBXA 2Q3RA 3TU9A 1N7KA 2Y85A 3EX4A 3R5EA 3HPZA 3CB8A 3BW2A 3W73A 3PG9A 4O13A 2OJPA 2CZ5A 3GNDA 4RKAA 3W1LA 4A21A 3P82A 4LV4A 3PM6A 2UV8G 3EX2A 3LGEA 2Y62A 1TPFA 3NAVA 4JR5A 3S1WA 1B3OA 1VJIA 3LRKA 1LLZA 3W70A 3FYPA 4FNTA 1G69A 1X7FA 2QJGA 1T99A 5CKSA 2GQ9A 3WJSA 3T44A 5EKYA 1T8XA 3IGSA 2VEMA 3PULA 1WBHA 3P81A 4OGZA 4FNRA 3OG3A 4HPJA 3TA6A 2NV2A 3MP3A 4DO6A 4ORIA 1TV7A 5D38A 1I45A 2NV1A 2Q3OA 1S5WA 1TPC1 4YCPA 5EPDA 2Z0IA 1LRTA 5AHLA 4M7TA 1WXJA 4D2JA 4XWUA 2CLMA 2HS8A 2Y89A 2QKFA 4E2DA 4GNJA 2YSWA 5EBUA 1VYRA 1SO4A 1P4CA 4MPQA 1W54A 2G96A 3S5ZA 4RXFA 4DEFA 3CU2A 3A5VA 1WA3A 1LM1A 1WQ5A 1BWKA 1OF6A 4IX2A 3THAA 2GVLA 1TCDA 1JUKA 3S5OA 4Z08A 3C2VA 1SW3A 1LTDA 1GYNA 3PB2A 5DY3A 4FIRA 5CG7A 3KRUA 2EAWA 2QCFA 2R94A 4O15A 2GVGA 2A7RA 4JNMA 4O1DA 4K8EA 3TQKA 1IIGA 2B0MA 3DENA 2R14A 4UFMA 3B8DA 5A5WA 3QYQA 1JQVA 3QW4B 1LYXA 2RKXA 3BW3A 2GUUA 1QO2A 3P5ZA 5D09A 2Z2UA 5BMXA 1LDCA 3MYOA 1Q45A 1TMHA 1LOQA 3I7RA 1VCFA 2DU2A 1LORA 2GQ8A 3W7DA 3B05A 4GUGA 4A2RA 3P8JA 3HQ1A 5K4XA 2E5CA 3G0UA 3H54A 1OX4A 1IXOA 1OG0A 3QZEA 4HNVA 2P10A 2J27A 3TQVA 5FEWA 3HF3A 3LCIA 3T78A 3HIJA 3WJXA 3LLFA 4AEOA 3EX1A 1A5CA 3LOTA 3BG5A 1OFPA 4UTTA 2ZZ4A 4HSOA 5F4SA 1M5WA 5U4NA 3HGRA 4A22A 3P8IA 3MHGA 3UWZA 5EYWA 3SFKA 3FLUA 4UUIA 3B0VC 5AFDA 3S1UA 3P84A 3LBCA 3E49A 1QOPA 4O4VA 1MXSA 4N9DA 2E5DA 5AB3A 5DN1A 2VELA 1W8SA 3E0IA 4FX6M 1O5XA 1PVNA 1ZHAA 2Y61A 3FOKA 3R12A 3UWQA 1UUOA 3QW3A 3W7KA 3CWNA 5LNRA 1KM4A 1GTHA 3DI1A 1H63A 1TPUA 1ALDA 2QAFA 3C6CA 3W74A 3H53A 1KFJA 5AYZA 1FCUA 1TJRA 1F73A 3P61A 3G24A 1IXPA 2A1YA 1WV2A 1SO6A 4IMCA 5HUOA 1N8FA 4IQLA 2WSYA 3R13A 1ZY9A 3G1SA 3W88A 2A5HA 4EOUA 4LY8A 3M43A 1VCGA 4IOTA 2WJZA 4YXGA 1YYAA 2WNQA 3LHWA 5D02A 3BPWA 3WJWA 2W79A 1CX9A 1QPRA 3UZJA 4FX8A 4HPXA 2QUTA 2NLIA 2WPBA 3W2NA 1X8FA 1SSGA 1XUUA 4DO4A 1TREA 1ICPA 2X2GA 1R46A 2PCQA 5LZLA 1KFCA 4RV8A 4LRSA 1YDVA 4UNKA 1H7PA 5FI8A 3DFNA 4JEQA 4B5NA 1TB3A 3PS7A 5CZSA 5I3IA 4K39A 1DJQA 3P74A 4JY9A 4WOZA 2BTMA 5HUPA 4PTNA 3TJXA 4IMFA 1DQWA 1ZAIA 3I68A 3RLVA 4YWIA 2HMCA 3OVQA 3O07A 3UWYA 1ME7A 1SO3A 3TMQA 3W7NA 1SZGA 1ZENA 1Z48A 2FFCA 4UFKA 3PVFA 3QQ0A 3NO5A 1RR2A 3S1XA 1FX6A 5HULA 5KTLA 2TPSA 3LRMA 4IJBA 2QEZA 1DJNA 3LB0A 2A6NA 3LV5A 5CSSA 3CC1A 1EA0A 4AF0A 1XDMA 4BI7A 3GKFA 4AWUA 1FDZA 3LTYA 3EB2A 3UQNA 5IBXA 4FNUA 4GRSA 1K3UA 1YXCA 2NZLA 3NPXA 3YPIA 4S2CA 3IIZA 1GOXA 3PSWA 4O10A 2VEKA 4PCFA 5I3JA 1KTCA 2C1HA 2NX1A 3IGUA 3PBUA 5DXYA 1LRNA 2C16A 4IWWA 4MUZA 3NZRA 5K9CA 3LHZA 3Q58A 1M7PA 2FTPA 4OBTA 3TROA 4WY0B 3GZ3A 3U6WA 2FB3A 3W07A 4PFMA 2Q8ZA 2XFWA 3VCRA 3O15A 5AN7A 3LBMA 1I4NA 4RZ5A 1SW0A 2P1FA 3LXAA 3CWOX 4FEZA 4O4WA 1PS9A 3CEUA 3O63A 4LT9A 4RK8A 3NL3A 1W3NA 1C8VA 4K8HA 1B9BA 1DORA 3ABQA 4MY9A 3C61A 2JK2A 1S5VA 3W1XA 4QIUA 4NJHA 2YYTA 2YCEA 3R2GA 2ZTJA 3GDLA 1VYPX 3KHJA 1PHQA 3NQ8A 4JYFA 3TSBA 5TBOA 1T0OA 3S9YA 4A3UA 1YADA 4DPPA 4DBEA 2CZFA 3CIWA 2GJLA 3G8RA 4O11A 4O53A 1AW5A 3R8RA 4UTLA 2FJKA 4HSNA 1F7BA 1NEYA 5LGZA 6TIMA 1E51A 2RDUA 2C14A 1XDLA 4PA8A 3ZWSA 4I7UA 4ONVA 3GR7A 1KM1A 2V30A 3TXZA 1ONRA 1F2JA 1O4UA 3PBYA 3TX9A 2V9DA 5HWNA 2Y88A 5EY5A 1H7XA 5H2ZA 2H3BA 5D05A 1G4PA 5LKYA 3AJXA 2QCLA 3GDKA 3L0NA 4ZQCA 2V0TA 3THQA 3SY5A 5A8GA 3GX9A 1KTNA 3S6DA 3BLFA 4TU1A 1TRIA 1C9DA 4LVAA 3W2LA 1ZNNA 2CU0A 4H3DA 1W0MA 5L6UA 3W1PA 4AMAA 2ZZ3A 1W5MA 2H3DA 1OFQA 4RZ4A 1KM6A 3ABSA 2ZRUA 2V82A 3TFXA 3VE7A 3LCXA 1SFLA 4AB4A 3L5AA 3N9SA 4M6VA 2ZRYA 1L6WA 2E09A 3ZS4A 4XUGA 1LBFA 1LZOA 4PL2A 3LHYA 3QC3A 1KBJA 1OYBA 2NX3A 2CZEA 1O94A 5KZDA 1I2OA 4BFAA 1JRBA 3KOFA 4XBKA 4AWSA 4CNPA 2ATMA 3A22A 1QWGA 3PC0A 3ELFA 3NEVA 2VFEA 3SGZA 4JTFA 4S2BA 2QF7A 1QFEA 1FCQA 5F4WA 2QCDB 3G0SA 1QOQA 2ZRZA 3N73A 4Z1CA 4JTSA 2CFFA 2ZA3A 1O5KA 3OIXA 4UFJA 4UTUA 3LI0A 4M5PA 3W2UA 1WDWA 2QJHA 2VEIA 4AF0B 2VFGA 2JGQA 3W2KA 3NQFA 5CZTA 2O7SA 3GXNA 4GUIA 5KMYA 3MWAA 4UFHA 3W1MA 3KXQA 4PEKA 1K8ZA 2BWGA 1KW1A 4DF0A 3NZ1A 1VYSX 3I6RA 2VOMA 3WJYA 4O50A 4KWWA 3M16A 1TPEA 4Y96A 3LCHA 4UCGA 3RK8A 4TMCA 4WUIA 3DFTA 1RPXA 2Y7EA 3G18A 4N4QA 4AWTA 5KZMA 3TUUA 1SR9A 4HNUA 4LW7A 4TR9A 1HFBA 2VXNA 3PAJA 3P67A 5BMWA 1TV5A 3QSTA 2AAMA 3L67A 1TIMA 3M5VA 4MZ1A 3QMSA 3LTPA 1KTBA 1VQTA 3MYPA 4MIMA 1CI1A 3L0GA 5F2LA 4DQWA 1PV8A 1C29A 4M7SA 1KM0A 4HHPA 2VFHA 4HN4A 1THFD 3HG5A 1GQNA 5HWJA 3LCWA 4BR1A 2EHHA 1GVRA 3W1QA 3QPZA 2CLHA 1TPB1 3BO9A 4GJ1A 3B03A 1IF2A 3JRKA 3L9CA 2WV8A 4Z1BA 1JR1A 2E6DA 3W1TA 3TCEA 3HB9A 3SIZA 2NXHA 3NQEA 1HUVA 5D2VA 3TH6A 1LLWA 1YXDA 2DORA 3LHVA 4ZQOA 1R2TA 1OX6A 3EWZA 5DBTA 4FF7A 3IEBA 3VE9A 4OQVA 3OVRA 4JDYA 1ICSA 4ORMA 2ALDA 2Y7FA 2AQWA 2XN2A 2AGKA 3O06A 3RU6A 4QAIA 2A4AA 1QO5A 3FIGA 1R30A 4NQ1A 4NNBA 2JKPA 4FNSA 2I14A 4LWWA 5ABTA 4Z1AA 1OFRA 3T4CA 4AHOA 2Y7GA 2E6FA 2VENA 2YFNA 1AK5A 1GT8A 2QCHA 1I2PA 4KKXA 1YPFA 1H61A 1VHNA 3NG3A 1B57A 3G8EA 1KM3A 5D2WA 4OU1A 2ZRXA 3NL6A 1XBZA 3MHUA 3BG9A 4LUJA 3TAOA 1X1OA 5AC7A 1GEQA 1Q6RA 2ZZ6A 1GYLA 4P61A 2C6QA 3B04A 3KVJA 4IXXA 3DHDA 2J9YA 4H4IA 3HGSA 2OX1A 4IMGA 3TJLA 2F84A 2G5WA 5LHFA 3OBKA 4QNWA 1EP1A 5D2TA 3UWUA 4ZL1A 2A6LA 2ZRWA 3TW7A 4PODA 3BARA 3P80A 2G95A 3M41A 4LU0A 4JTUA 1TTJA 4FB7A 5CPLA 3M1ZA 1T96A 2ZTKA 3HMJG 3GB6A 4O1CA 1SZEA 4IMEA 2ZRVA 4IPIA 4N9EA 1XI3A 2JKEA 3TAKA 1FCVA 1QPNA 3S5YA 5G2IA 3FJ6A 5G4WA 4WQ6A 2YW3A 3UWWA 3KRSA 1WOBA 1V7YA 4RLIA 1H7NA 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 1XXX A;  4K7V A;  4FX7 A;  4QJ1 A;  1VHC A;  3IRD A;  2Y6Z A;  3TDF A;  2E6A A;  3LDV A;  4ALD A;  1TTP A;  4M6P A;  1EPX A;  1VPX A;  1IIH A;  2FPY A;  4QM1 A;  5CPM A;  1L2U A;  4EWN D;  1SFJ A;  1MEW A;  4ZQM A;  3LV6 A;  3IIX A;  5BOO A;  2FDS A;  3DBP A;  3LCL A;  1K02 A;  3STF A;  2V2C A;  3LRL A;  4FO4 A;  3AO0 A;  2DZX A;  1GVO A;  1UB3 A;  4N2Y A;  1Q6L A;  4XTD A;  4J9J A;  3GK0 A;  4NU7 A;  2WOQ A;  4PH6 A;  4MY8 A;  3NQ6 A;  1W5P A;  3FEM A;  1EUN A;  4HKP A;  4BI6 A;  3N2M A;  3CIX A;  2QCD A;  2X1R A;  5F1V A;  5TIM A;  3ZFH A;  1VCV A;  1H7R A;  4JY8 A;  5MHB A;  5EA9 A;  2NWR A;  3C2O A;  4JIC A;  1JCX A;  3L0K A;  4O57 A;  1ML1 A;  4JTT A;  2B7O A;  1G67 A;  2NUY A;  3NM1 A;  4LS0 A;  4R34 A;  3DAQ A;  5HQE A;  1EB3 A;  3A21 A;  3QMR A;  3TE9 A;  2BSL A;  4I7V A;  1SPQ A;  3KVM A;  3SEC A;  1GJP A;  5FF2 A;  5T26 A;  5HR6 A;  4QSH A;  5FF3 A;  3NQA A;  1VS1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RQH A;  3CK5 A;  2PTX A;  2VYO A;  1BKS A;  4RXG A;  2BVT A;  4OBR A;  5EB8 A;  5FSE C;  3W75 A;  1ZTV A;  4RNJ A;  3CUG A;  4BEQ A;  5HNN A;  4IM4 A;  3EEG A;  2GGE A;  2WKJ A;  3D46 A;  3T1G A;  1WBJ A;  3B9O A;  3L23 A;  4CD7 A;  2HPM A;  3VIH A;  2PZ0 A;  5AC8 A;  5DY2 A;  1V0L A;  4IUO A;  5LNU A;  4FK9 A;  3KL0 A;  4MDP A;  1ITC A;  4XBS A;  1Q85 A;  1EX1 A;  3W85 A;  1G4E A;  1RQE A;  2DZP A;  4Q6J A;  2UWF A;  2VC5 A;  1I6N A;  2HIS A;  2WW5 A;  1SFT A;  3F5L A;  4IPN B;  5CLW A;  1D7F A;  1OX5 A;  3HUR A;  3M0M A;  4UQB A;  4I6V A;  3C0J A;  4XO7 A;  4HYV A;  3FV9 A;  2ZC8 A;  1LQ0 A;  1TRD A;  2XTK A;  4KEU A;  5CCZ A;  3GXP A;  3KCO A;  5FF4 A;  1E6S M;  3F4N A;  4LVB A;  4WX2 A;  3S2L A;  4RCX A;  2H8Z A;  3RND A;  1OHL A;  1KWK A;  4D8A A;  3WNM A;  1QR7 A;  1FWN A;  4LS2 A;  4IPL A;  2ZZ1 A;  4OHQ A;  1F61 A;  4L64 A;  1MSS A;  3IIV A;  2FGB A;  1IWA A;  1X6L A;  1GVY A;  3APG A;  4LSB A;  4ML9 A;  1IQ8 A;  2NXI A;  3W02 A;  4WKA A;  5AHF A;  1NTH A;  1RXO B;  1V3M A;  3UG4 A; 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