1O60A

Crystal structure of kdo-8-phosphate synthase
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
281
structure length
269
Chain Sequence
QNKIVKIGNIDVANDKPFVLFGGMNVLESRDMAMQVCEAYVKVTEKLGVPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGMEEGLKIFQELKDTFGVKIITDVHEIYQCQPVADVVDIIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFLSPSQMGNIVEKIEECGNDKIILCDRGTNFGYDNLIVDMLGFSVMKKASKGSPVIFDVTHSLQRAQVTELARSGLAVGIAGLFLEAHPNPNQAKCDGPSALPLSALEGFVSQMKAIDDLVKSFPELDT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb
source organism Haemophilus influenzae
total genus 78
structure length 269
sequence length 281
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1o60A00
2XN2A 1SSDA 1SW0A 3LCHA 4IXHA 5H91A 3UWYA 1VRDA 3W1QA 3CM4A 3S0CA 3DFOA 3W1XA 1LZOA 1QOQA 1HUVA 3TIMA 1OX5A 3HPZA 4N9DA 1OYBA 3R12A 4LVDA 4N4PA 4O1CA 3JR2A 3N73A 4EIVA 2E1DA 2WO5A 3DKJA 2ZZ1A 3M1ZA 2NX3A 3MP4A 1YXCA 5CPLA 3HGSA 3NQVA 3NDOA 2QUTA 3L65A 4N4QA 3CC1A 3QRHA 4P2VA 3O15A 2PRHA 2VENA 4GFSA 4ZQRA 4QAIA 4DO4A 1DOSA 4JTEA 1BKSA 1W5PA 3G1YA 2G95A 2GQAA 3QZEA 5HUOA 1WOBA 2E68A 3QEZA 1H51A 4UTWA 3LCFA 5G2HA 3O63A 3S1UA 3P60A 5ABTA 1C29A 1U5JA 1G4EA 1NF7A 5AFDA 3ELFA 2YX0A 3TC7A 4FNRA 2FQIA 4RJEA 3TDFA 1KM6A 1LORA 1GVRA 3M47A 4JTJA 2H3BA 4PEKA 3ANYA 4WZHA 3S5NA 1SQ7A 2RFGA 1SO6A 2C14A 2Q3RA 2VEPA 1GYLA 3ATZA 4LUIA 1OF6A 3G24A 2YXGA 1UJPA 4YLWA 4A2RA 2TYSA 2PC4A 3SFKA 3W70A 1SUXA 2V0TA 3S6DA 1QR7A 1AL8A 1VCVA 2ZZ4A 3G0XA 1I2RA 4N6FA 3HPXA 3EWZA 1AMKA 3UD6A 3H54A 3QSRA 4QQ3A 3NPWA 1UUOA 4B5NA 4CQ9A 2C3ZA 4KFOA 4QNWA 2G5WA 3N2MA 1YDNA 5J5RA 3E0IA 2BSLA 3TSBA 2WNZA 1K8ZA 1TYGA 2E6DA 3UZJA 3G0SA 5HWJA 3LHYA 2QR6A 4M7TA 1ZAJA 3BGJA 5AHFA 2Y7GA 3OIXA 3BW3A 2E5DA 3N34A 3NQMA 3FKRA 4QNEA 3L2IA 3LTPA 4KFPA 2ZTJA 1P5BA 1BWKA 1RPXA 4P61A 2FB3A 3DFPA 3HOJA 6ALDA 3NL5A 1VYPX 3R13A 4FB7A 3R8RA 3MW7A 1EWEA 3CEPA 3O6YX 5IM51 1EUAA 1KM4A 4DQWA 3O1NA 5E1QA 3HIJA 4CLMA 3GK0A 4Z0SA 2ZDRA 4OGZA 1SU5A 1TJRA 1XBXA 1UBSA 4XWUA 3PF3A 5D2TA 1TV5A 2I14A 4GBUA 4DPPA 1FWTA 4DBDA 4JTHA 3B0VC 4Z1DA 1IXOA 1NVMA 1I45A 1QO5A 5FEZA 1KA9F 2Y61A 2HMCA 5AHEA 3W7QA 1NFBA 3TW6A 1XDMA 2VFDA 1LOQA 2WSQA 1WV2A 2B7NA 3NQGA 3MO7A 4R34A 4MIMA 3FLUA 1H63A 4AF0B 1KFLA 3TAOA 4BI7A 3UWWA 2NUWA 4JY8A 3PUDA 1T0OA 4NVTA 3C61A 3PBWA 5HJLA 3TK7A 4N9BA 3W1UA 2H90A 2ZRXA 3CWOX 1ME7A 4IMEA 1G67A 2ZA3A 3HO8A 2NUXA 3UZ5A 5SWUA 4RR4A 2J9XA 3GXTA 1JRCA 1VGAA 3LCLA 4JX6A 3NQDA 5F1UA 4IOTA 4AF0A 1P0NA 1HO4A 3LXAA 3S1XA 1B3OA 3E12A 1QDSA 1QO2A 1SFLA 3A24A 3BLIA 2PCQA 4LNYA 1JQXA 1FDJA 5LNRA 5FF0A 1NEYA 3E96A 5H2ZA 3HJZA 4JIPA 2Y85A 2NLIA 2G96A 3N19B 3RNDA 3LGEA 1W31A 5CSRA 4FF7A 3W1PA 3C2FA 2ZYFA 3VI2A 2IQTA 5KTLA 1PV8A 4H4IA 3G18A 3F4WA 3QJAA 4A22A 1DKWA 4BI6A 4KWVA 4LUJA 4MZYA 3IIOA 2JK2A 3NQCA 1SR9A 5FEXA 5TIMA 2E6FA 2NXHA 4LTSA 4UR8A 2Y7DA 1LCOA 5D2VA 1XCFA 2QCEA 3TKFA 1CI1A 2W6RA 1KFEA 4M6PA 3GDTA 3C52A 3KVMA 3M41A 1M7PA 1VPXA 3W1AA 1TPB1 1H50A 1SZFA 3DI1A 1OX4B 1Z41A 2QUUA 1LRTA 4C1KA 3TU9A 1N55A 5D02A 3W86A 5HMSA 5AC8A 1WDWA 3D0CA 2A5HA 5FESA 3W7HA 3TSMA 5C55A 5U7SA 4DO6A 3ABRA 1DVJA 3B03A 4TU1A 1WAUA 1H7OA 3OVQA 4GUFA 2CLMA 4ZQCA 2C15A 3CU2A 4ZQOA 3W7IA 1QMLA 2Y7EA 4JEQA 1QPRA 2DZTA 3AJXA 5AHMA 3W7JA 1DHPA 3NZ1A 3QQ1A 4IGHA 2TSYA 2FPYA 3C2VA 2CLHA 3KOFA 3IRDA 1S5TA 1OX4A 3W7GA 3UY7A 3EWXA 1K02A 3DI0A 4LT9A 1UASA 2ALDA 3CT7A 3LM7A 4FXRA 4YMZA 3INPA 5TBOA 5LHEA 1VJIA 3E49A 1A53A 2V9DA 4JGDA 5F2MA 4GE8A 1C9DA 3QH2A 3LB0A 4UFJA 4X2RA 3THAA 5G1TA 1H1YA 5G4WA 2NWSA 4GC4A 5FF2A 1XBYA 3C2RA 4R7JA 3W84A 3GZ3A 1GYNA 2ZZ5A 1DJQA 2FIQA 1B9BA 1TRDA 2O7QA 1DORA 1YDVA 5G1YA 5KZEA 3STCA 2RDWA 4UC5A 3TX9A 1A5SA 3HMJG 3IGSA 1FCUA 4JTFA 5LHFA 3VFLA 3KVLA 1OK6A 4O1BA 3L68A 4CNOA 2X30A 4UMBA 1SPQA 4NNCA 3RLUA 1F6PA 5I3KA 2WV8A 1I2QA 2A6NA 2YDAA 2ZZ3A 1H7PA 1Z44A 1RQBA 1F6KA 1WBJA 3GAKA 3NAVA 4ZQPA 2ZRUA 3BARA 1L6SA 2EF9A 3MI2A 3HG2A 3UPBA 3M44A 1P0KA 2WSRA 2A4AA 2YFOA 3IV3A 3LXCA 3G22A 3UYCA 1OFDA 3DBPA 1SZEA 3NYZA 1GJPA 1KFKA 2Y6ZA 2ISVA 1W5MA 3NQFA 3L0KA 1I4NA 1VR6A 1EUNA 3STFA 3PM6A 1LM1A 4UTHA 1YTDA 2YW4A 2BLEA 4O15A 1YADA 3NQAA 1L2UA 3OEXA 3N9SA 4ZL1A 1JUBA 5F2LA 2QCDB 4JY9A 1OABA 4JTLA 3T78A 2G97A 5DCBA 3G1XA 2YFNA 1NAL1 1WYIA 1XFBA 3MBDA 5D05A 2J27A 1IGSA 4N9EA 8TIMA 3O6DA 1P4CA 4O1AA 3C2OA 3T7VA 5D04C 1KFJA 1PS9A 1TTPA 4NJHA 4IQLA 1IIGA 3W74A 2A7NA 1TTIA 3BGGA 4XQ6A 4EOUA 3GB6A 4RV8A 4O11A 3T4CA 3W7RA 3LDVA 3LRMA 3G1SA 3IIPA 3MP3A 2QCDA 4N2YA 5CZSA 5EMUA 4DEFA 3S9YA 3EWUA 4EF8A 2B4GA 5DCEA 1QCWA 4LS0A 2R14A 2VOMA 4Z08A 1T96A 1LBLA 2ZCGA 4UTTA 1TCDA 4JDBA 4LV4A 3PBVA 2RDTA 1OX6A 3PBYA 4PCFA 4IJBA 5AB3A 3MUXA 4ICNA 1FBAA 4DO5A 3SR7A 4TO8A 4E0CA 5AHIA 2ABAA 1HFBA 3A21A 4IX2A 5LNSA 1W5QA 3OA3A 4I7UA 1EIXA 3R5EA 4I7VA 4FEZA 1G7VA 3IIZA 4S2BA 1IXNA 1O5XA 4WUIA 3BW2A 3HPSA 1KTCA 4J9JA 3BV4A 4MLRA 4ALDA 2V30A 1L9WA 1MEWA 5CZ0A 2HS8A 3QMSA 2NXGA 4NX5A 4AWTA 3LCGA 1TREA 3C4UA 2QCLA 3L67A 2KZHA 4UTTC 4UR7A 2FB2A 4GXMA 2DZUA 1O94A 3WJWA 3QSTA 4RK8A 1RQHA 2OZ0A 4O57A 5KMYA 4LY8A 4UFKA 5K4ZA 4UTLA 1MO0A 1LRNA 1Q6RA 3CLMA 1A5BA 2QCFA 2QDHA 1TV7A 2GPTA 2XN1A 2LLEA 2WQPA 2P10A 2V82A 4NQ1A 1L6YA 2A7RA 4WOZA 3EXTA 3P74A 3HQ1A 3G3MA 4Y96A 3USBA 4JR5A 3EX1A 5D2YA 5HQEA 1F2JA 1QPNA 3WK0A 4MJMA 3O6CA 5AC6A 2YYTA 4O16A 2WKJA 3EB2A 3IGXA 3FFSA 1QNVA 1SW7A 1F7BA 4RX0A 3STGA 2C18A 3NA8A 1H7RA 1JULA 2PRLA 3W7DA 4AWSA 1MXSA 3FS2A 4O50A 3LTSA 5F2IA 2X1UA 5GVJA 2JKEA 5LNVA 3P81A 1WBHA 2R94A 2C19A 3W9ZA 1DBTA 5MHBA 2CZFA 1X1OA 1WQ5A 3I6RA 2E77A 2OT1A 4ORIA 4LVAA 4HT3A 3V75A 4NU7A 3P82A 4HNNA 3KXQA 1PHWA 2J24A 3G8EA 4NZFA 3NQ8A 1OJXA 4UMAA 2A7PA 2J9YA 3EWBX 3LX9A 3LOTA 3KAOA 4O0KA 2V5LA 3W7EA 3LCIA 2JGQA 1OYAA 3W83A 2GOUA 1YYAA 4O52A 1FWSA 3BG9A 4NZJA 2OCZA 1EP3A 4JYFA 1K3UA 1OFRA 3W7OA 3W1RA 1KFBA 2Q3OA 3T44A 1O4UA 3QW3A 3L5MA 4DELA 3B0UX 1AK5A 4WJEA 5D30A 3FA5A 5A5WA 4HNUA 2DZWA 1J5TA 2VEIA 2EKCA 2B7QA 3FKKA 4FX7A 1SO4A 4LWWA 1QFEA 4OV4A 1OYCA 4CQ8A 5HWNA 4BK9A 4LU0A 1JCXA 4WXZA 1H7NA 3L5LA 1OVDA 4AXKA 4Y90A 1NF0A 1OHLA 1TPEA 4L4LA 1H7WA 4E2BA 4XUGA 1XUZA 1LLZA 1A50A 3MYOA 5FF3A 3W07A 1PL9A 5AYXA 4ZQMA 4WOQA 1G69A 3VNDA 1FDYA 2CZ5A 3Q58A 5HR7A 3DKLA 1O5KA 4NJKA 4JX5A 4JICA 5DBUA 3UWQA 1K7FA 4A29A 1ZALA 3BW4A 3NL6A 4TMBA 4NNBA 3VE7A 3DFSA 4O14A 2J6XA 2OT0A 2PURA 3LRLA 4HPXA 3RK8A 4FHAA 3N3MA 1GZGA 3EEGA 1OK4A 2AAMA 1W56A 4FX8A 1XL9A 3MWAA 5LSMA 1W3TA 3P62A 4DBEA 3B06A 1GEQA 3NM3A 3HG4A 1F73A 2ZQ0A 1YPIA 3THQA 4XTIA 4YCPA 5DY2A 4AHQA 1SO3A 2QAPA 4S2CA 2A1YA 1VHNA 4Q4KA 4AMAA 3A5VA 2YPIA 2H8XA 3KFTA 3G1HA 3TH6A 2FLIA 3V1PA 3UNDA 5E93A 3N14A 1ZY9A 2E09A 3QFEA 4FO4A 5D2XA 4DXVA 3NG3A 4Z1CA 3CWNA 3I7QA 2Z0IA 4AHPA 3L0GA 5FF7A 5LGXA 1R46A 2OMAA 1LBFA 1X6UA 4KKXA 4EVZA 4O28A 3SIZA 2CLIA 2V81A 3IIXA 4IMCA 4Q32A 1TIMA 1KBIA 4IUOA 3DHDA 2CLLA 3EX4A 3VE9A 2I1OA 3P8IA 3OBKA 5D32A 3A23A 2AGKA 3LHWA 4I7WA 3PY2A 2H8ZA 3WJSA 4K7YA 2UV8G 3ABOA 1BEUA 2W79A 4UTKA 1IIHA 1K7XA 4JTGA 3W3OA 1GPWA 4IWWA 2W0UA 1FXQA 1H61A 1FQ0A 4MYXA 4JS3A 1RR2A 1KV8A 2GVGA 3QF0A 2NV2A 1TPVA 4IPJA 4BFAA 3NQ2A 1GQNA 1PCWA 1ME9A 2B7OA 3GXPA 3WK3A 3MBFA 4N9CA 3CB8A 5HINA 1YTEA 1FUYA 4HPJA 4NX0A 5CZTA 3Q37A 5E0KA 1DV7A 3ZS4A 1TO3A 3DFTA 3G1DA 1VYSX 3OVRA 3T40A 5I3FA 1EB3A 1XBZA 5BMWA 4PFMA 1IXQA 3W75A 4HNTA 1GG0A 5K4XA 1JCLA 3W88A 3P61A 3EWWA 3GX9A 3IGUA 5EYWA 3RFAA 4BF9A 2ATMA 3NGJA 1JCYA 2V2DA 3T55A 4PTNA 3TCEA 4PH6A 1X8FA 3GKAA 5BOOA 3GDLA 2CZDA 2QDGA 4LW7A 5KINA 6TIMA 1VQTA 3M5VA 4JTUA 4NXSA 2ZTKA 4JTTA 3HF3A 3UXDA 1LP6A 4O0ZA 1QPOA 3LHTA 4ONVA 4RXGA 4O1DA 1EWDA 4UTMA 1HG3A 4Q33A 4A3UA 4M6QA 3MP5A 2FPTA 2WOQA 1WX0A 1I2PA 1VC4A 3TA6A 1FCVA 3W7MA 4WX2A 3R2GA 5K2ZA 3R89A 1PHQA 3GVGA 5D38A 3O07A 5G5IA 4QITA 3HGRA 1PIIA 2Y62A 4MY9A 2WNQA 3C8FA 1P1XA 5LNUA 3KVJA 1TPDA 4OT7A 3UWUA 4PL1A 2ZRVA 3M5YA 2QF7A 5HR6A 1GG1A 5C5YA 5CZJA 3LCXA 2HTMA 3P5ZA 4OWGA 1DQWA 3NR0A 2VELA 3O8AA 3W6YA 2VEMA 4NXKA 4DPQA 3FJ6A 2NXIA 3P5YA 5AHLA 1K7EA 2NX9A 1FWRA 4IMGA 3Q94A 1YXDA 5T26A 1ME8A 1KBJA 5D2WA 4N02A 3G1VA 1B4EA 5I3GA 2OX1A 3CEUA 4UTJA 3GLCA 2X1RA 4MYAA 3LI1A 2HSAA 2FFCA 5LNWA 2X2GA 1G4TA 1KM2A 5LZLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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