4BWLC

Structure of the y137a mutant of e. coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, n-acetyl-d-mannosamine and n- acetylneuraminic acid
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
296
structure length
295
Chain Sequence
HATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVANIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title The Reaction Mechanism of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Revealed by a Combination of Crystallography, Qm/Mm Simulation and Mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 114
structure length 295
sequence length 296
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2013-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4bwlC00
2WNNA 3EWZA 2QUVA 2CLIA 2QAPA 3F1QA 3C2RA 1OFOA 3LCFA 3W22A 4O13A 3LHTA 1B57A 4EOUA 3W1PA 2CLOA 3OG3A 3LRKA 2C1HA 4BF9A 1OX6A 3WK0A 3LBCA 1HTIA 1M5WA 3JR2A 4XKYB 5D09A 4O1CA 1O4UA 4GUGA 4N9EA 4FXSA 4WZHA 4JTTA 3IGUA 3DKJA 4E38A 4PEKA 1N8FA 3EWWA 4GWEA 4R34A 5F1VA 1AW1A 4AMAA 1LLZA 4O54A 4QIUA 3TV8A 1EUAA 2RFGA 3P61A 2B7PA 3NL3A 3W07A 2JGQA 2VFHA 1KA9F 3UWVA 3S1UA 3I7QA 4Q4KA 2A7NA 5AB3A 1TQXA 4FHAA 5T26A 1S5WA 4S2CA 3NQ6A 3PB0A 2A6LA 1SW3A 4CQAA 1H1YA 2FPTA 2YYUA 3I7RA 2BWGA 4FNRA 3QH2A 5AN7A 5HULA 2DZWA 1KFKA 1JUEA 2BZNA 2E5BA 4UTWA 4ALDA 3W2LA 3MO7A 5LNRA 3W7MA 1VQTA 4ZQPA 3W71A 4O52A 5K9CA 4GFSA 3W7LA 4O11A 5KZDA 3W70A 2YYTA 4RJEA 2Y62A 3CT7A 5E0KA 1ZAIA 2ZQ0A 3DHDA 4MKNA 1WOBA 1OF8A 3W3OA 5AYXA 3LV5A 4AEOA 1GPWA 1SQ7A 1VCGA 3CC1A 1I2PA 4LC6A 2DP3A 3W9ZA 2YW4A 2P0OA 1SFJA 1OFQA 3EWUA 4UNLA 4C1LA 4RZ5A 4X22A 5FF7A 1H1ZA 4UUIA 5FF3A 3IIVA 2E77A 4M6VA 1IXPA 3C2VA 2J6XA 5KITA 3OBKA 4NVTA 3WK3A 2A2IA 3DXIA 1PVNA 3HO8A 4RLIA 4DO6A 1LRTA 2V5LA 3SZ8A 4PH6A 1I2QA 2VC6A 4POCA 1WOAA 5LHEA 5G2WA 3QMTA 1YPFA 5BNKA 2H90A 2G97A 3NQEA 3SJ3A 3DFQA 4NJJA 4E0CA 5EPDA 4L4MA 4MUZA 3TR2A 4TMBA 5DN1A 3M6YA 4KFOA 4WX2A 3KRZA 2Z1BA 3W85A 3UWYA 2ZBTA 3TQKA 4CNPA 4I7WA 3VFLA 3A21A 3GAKA 3L2IA 3QPYA 4O28A 3LM7A 2V9DA 1FXPA 5BOOA 5D2TA 2V2DA 1RV8A 4IXHA 3CIWA 1CI1A 1KM0A 1W3TA 2A7PA 3G1DA 2EKCA 3G3DA 1LDCA 4NQ1A 1SSGA 5D2VA 3QMSA 5I3GA 3R8RA 3O16A 1G7VA 2R14A 3TK7A 3MBFA 1TTQA 3BW3A 2A4AA 4OWGA 4IMDA 2B0MA 3LERA 1XKYA 4MY8A 2V2CA 1D3HA 2CZ5A 3B03A 3DFSA 4JYDA 4MPQA 4NNBA 2Z6IA 4CQ8A 1KM4A 2X1RA 3W7QA 1THFD 4AF0A 2ATMA 2DZPA 3IIZA 2YZRA 3RLUA 1GG0A 4R33A 3PG8A 2VFFA 3KAOA 4EF9A 1QCWA 3QSTA 3C6CA 3G1XA 3LX9A 3PG9A 1KM2A 3GDTA 3THQA 2V2HA 3BK0A 3LDVA 3B0VC 5AYYA 3PUOA 3GX9A 3LHYA 2CLFA 3KRUA 6TIMA 3DI1A 1O94A 4HKPA 2UV8G 2ALDA 2FJKA 5HINA 1WA3A 1LYXA 1U83A 3M16A 3TW7A 4M6PA 4JTFA 3LBMA 1K7XA 2QJIA 3I6RA 1LROA 1EB3A 2ZA1A 1HUVA 3LCWA 1I2NA 5K9XA 1KTNA 2Y7DA 3MP4A 3NQ7A 4XBKA 4BI7A 4NJGA 3L67A 3MJYA 3W1NA 4MIMA 1W0MA 4NUWA 4W9TA 3TXVA 1VGAA 3S9YA 1Q6RA 2C3ZA 5HR7A 2GJLA 3N2MA 3W75A 2DORA 1Q6OA 4LVFA 1Z42A 3SGUA 1B4EA 1O60A 3LCGA 1ICPA 4BFAA 4LRSA 2H8ZA 3L0KA 1H50A 5IM51 3TQVA 5DLCA 3ZR4A 4P61A 1ME9A 5FEZA 4K37A 3O05A 2NV1A 3DZ1A 5CZTA 3CWNA 1H60A 1TTJA 2J9XA 4N02A 3S1XA 1G4SA 3B05A 1ZJIA 3DH7A 3HIJA 4JY8A 3FEMA 1VLWA 2NUXA 1OFAA 5F2GA 2H3BA 3P82A 2FPYA 2QKFA 4O10A 3G1AA 4LOCA 5KINA 1LP6A 5K7JA 3L0GA 3QJAA 3W7CA 2VFGA 3O6DA 2Y89A 2Q3RA 3NL2A 1ZY9A 3TMQA 4ZQOA 1NF0A 3BLFA 3PWAA 1AMKA 4FIRA 3K30A 1TPEA 3NA8A 1P4CA 1H7OA 4XUGA 2ZZ3A 3W2NA 1MO0A 1VCVA 3P74A 4FB7A 4RZ4A 3M44A 1VCFA 4H6KA 1M7PA 3G1FA 3P60A 5CPMA 4Z0SA 1F6PA 1FCQA 5I3JA 3KVMA 1K8YA 5IBXA 3LHVA 3P62A 4AHOA 3IVSA 4M7TA 4OT7A 4NZJA 3P7YA 4O19A 2RHGA 3DU0A 3Q37A 1A50A 3G0SA 3W88A 3A5FA 4RX0A 1FWTA 1IF2A 1DVJA 1OYBA 3QZEA 1QOPA 4ORIA 4IMGA 5H91A 4AF0B 1KFCA 4BWLC 1R2SA 5TIMA 1YADA 3QPZA 2RDTA 4O4VA 1XBVA 3UZJA 4K8EA 5FEXA 5C6MA 3ZS4A 1XXXA 4UXDA 1Z41A 1HO1A 3EEGA 2TMDA 2HS8A 3OEXA 3ZWTA 1NF7A 2ZZ5A 4QNEA 4O1AA 1JCNA 2QCHA 2YX0A 1SFLA 2X1SA 3QEZA 4ZVJA 3W7EA 2ZTKA 2PRMA 4HT3A 4JIPA 2E09A 3SFKA 4HIBA 5D2XA 5I3KA 3O06A 2A7RA 4CQ9A 5HUPA 2CLHA 3P67A 4XBSA 4ZQCA 2J24A 3HQ1A 3ATZA 4B5NA 3FOKA 4AWUA 2GQ8A 2YW3A 2FQIA 4FNSA 3NM1A 1L9WA 2ISVA 1XCFA 2NLIA 1JUKA 3S1VA 4TIMA 5AHMA 1ICSA 3L66A 2FLIA 5LNSA 3YPIA 2YR1A 3QMRA 1RQBA 1TB3A 2KZHA 5K9DA 3VNDA 1C9DA 2V30A 2X2GA 2JKEA 1ZFJA 3HG4A 3STEA 3U2OA 3S6DA 3UWZA 3W2UA 3N9SA 1JQXA 2QR6A 5CSRA 2QF7A 1MEWA 2BX7A 3EKLA 3O8AA 3IV3A 1PCKA 1GZGA 1SO6A 1X1OA 4IWWA 3IIPA 1JR1A 1VHCA 3BO9A 3G1HA 3KFTA 3PULA 4L4LA 2A6NA 2Y85A 3EWYA 5EBUA 3TU9A 1GTHA 3HGRA 3W7DA 3LI1A 1X6UA 5MHBA 3E49A 1KLYA 3RMJA 1AL8A 2NUYA 3C3NA 1N55A 2QCFA 3QSRA 3R5EA 4YL2A 4BI6A 1KFEA 1GVQA 2NXHA 2CZEA 4UTKA 5D38A 2WSQA 4X2RA 1FDZA 4JNMA 4CCDA 1GJPA 1SPQA 4IPJA 5H2ZA 3MYPA 1SZGA 1OFDA 3IGXA 4XQ6A 3S42A 4UCGA 1TSIA 2ABAA 1TPUA 1VR6A 1VRDA 1NSJA 3PB2A 2JKAA 2XN0A 3M47A 3BG9A 3UPWA 3GNNA 2BTMA 4LNYA 2F84A 5HUOA 3B0UX 1RVGA 4RR4A 3OHIA 4O53A 2J27A 2Y61A 2CLKA 3PSVA 3TFXA 4O4WA 5EMUA 3LHUA 1H7XA 3TSBA 1QDSA 3GZ3A 4JTUA 1HL2A 4Z1CA 1N7KA 2WPBA 4LTSA 3WK2A 1K7FA 1KTBA 2GVLA 3HB9A 1A5BA 2YGYA 4LUIA 1WQ5A 2PURA 4GRSA 1BWLA 3W7OA 4UTJA 4JX6A 5G5IA 5CPNA 2QCEA 4NX0A 4YCPA 2EHHA 2GQAA 3F03K 3NPWA 2CZFA 1OX4B 1ICQA 3W7JA 1TTPA 4CNOA 5DCDA 3NO5A 2GUUA 4MLRA 2GVJA 5I3HA 4LS2A 2XN1A 4LY8A 2GPTA 3N2XA 3MP3A 4LW7A 3USBA 4UR8A 1KTCA 1R2RA 1TV5A 1LBLA 3E96A 3S5YA 1A5AA 2RDUA 3C56A 2OX1A 3KX6A 4KFNA 1ZALA 3NYZA 2NX9A 1KFJA 3EX4A 3BG5A 3T4CA 1TTIA 1VS1A 2AQWA 2J88A 1OF6A 4WY0A 3GDMA 4I7UA 1W5MA 4JEQA 4DO5A 6ALDA 1K3UA 2XFWA 2V5BA 1G6CA 3LCXA 5F1UA 1GG1A 2NX3A 3G1SA 5G1YA 2AGKA 1D3GA 5A8GA 3W23A 1YDOA 1LRNA 4G1KA 2OJPA 4RV8A 5LGXA 3R2GA 1UB3A 3IRDA 2DJLA 2ZA2A 4OGZA 1W5OA 1W5PA 1TJPA 1DQWA 3IGSA 3LTPA 4GNJA 3LCLA 2Y6ZA 4ZQRA 4JTKA 4LS0A 4K38A 4M19A 4QQ3A 2H8XA 1TPB1 2I1OA 1IGSA 3I68A 1Q6QA 1KV8A 1J5TA 4EIVA 4UC5A 3VKJA 5AYZA 3KXQA 1F74A 1TPWA 3TX9A 3G0XA 1IIHA 5CGQA 5D30A 2CZDA 1W54A 2ABBA 5HWMA 4UMBA 1GVRA 4MY1A 1LBFA 2ZZ7A 1R30A 4UIOA 3W1UA 3UY8A 3RNDA 3GIYA 4YMZA 1F76A 4FEZA 3MBDA 1R2TA 3NQVA 2R8WA 2G95A 4A29A 3BGGA 3SGZA 2QCGA 4AHPA 2WO5A 3NQ8A 3BLEA 2QCNA 1GWJA 3BLIA 1TMHA 4OQVA 2E1DA 3C61A 3NQCA 2NWSA 3GDKA 4KWVA 2TSYA 3LXCA 1GVSA 2PRHA 2TYSA 4IOTA 1K7EA 4K8HA 1J4EA 1I2RA 3P81A 2V0TA 5D37A 4WY0F 1X8FA 4UTTC 4PL2A 1FDJA 3H54A 3VI2A 2C16A 3TQ0A 5D03A 1PE1A 3CHVA 4JXCA 1XFBA 4PC8A 1PIIA 4Y9AA 5DY3A 5D32A 3W86A 4DXVA 2DZVA 4HSNA 1GT8A 3FYOA 4LRTA 1VYSX 2A21A 1G7UA 4O57A 1ZENA 3O6CA 1CX9A 3PAJA 1YDVA 5EKYA 3A24A 3GR7A 4R53A 1AW2A 3M1ZA 2X1UA 3PBUA 3QQ1A 3EWBX 1P0NA 1KBIA 3IIOA 5KSWA 4JX5A 1M6JA 3BW4A 5FEPA 4ORMA 3W1RA 3GNDA 3L65A 5DXYA 4K7VA 2VENA 3BG3A 4O0KA 1R47A 3UWUA 4HPJA 1WDWA 1VLIA 4UFIA 3GDRA 3GYEA 4JY9A 1E51A 5BW6A 3IVUA 2ZA3A 4EWND 5AOUA 3DENA 2Y88A 3BPWA 5BMXA 2FDSA 1BWKA 3W87A 1G4EA 4MYXA 2CLEA 4HNVA 3LTSA 3RF9A 3JS3A 4WD0A 1SO3A 3TH6A 1VYRA 4GUHA 2OT0A 2YDAA 5BRBA 2C0AA 1W1ZA 2Q3OA 4WY0B 4A2SA 4JR5A 2QUUA 1FX6A 5CZSA 1YTKA 2E5CA 3PVFA 2NXIA 4AB4A 5ABTA 4LWWA 3RK8A 2ZRXA 3EXSA 4LC8A 1JQVA 1IXQA 2CLMA 2ZZ6A 3MP5A 4O8RA 1XI3A 1TRDA 4ZQMA 1TPVA 4LVDA 3VCRA 2IQTA 3T55A 3RLVA 4X3ZA 2A0NA 5G1TA 4NXKA 1ZHAA 1ONRA 4TR9A 1EPXA 2ZRUA 1KFBA 1NEYA 2F7FA 5TQLA 4BK9A 3W84A 4DF0A 3MI2A 4JTSA 2ZZ4A 1QPRA 1ZCOA 4FXRA 3WFAA 3P8IA 3E0IA 3PBYA 3FYPA 2B7OA 3SSJA 2E68A 2QEZA 1JRCA 2VELA 1SZFA 3HG2A 2Y63A 3P5ZA 1W5NA 2PCQA 4Z0JA 3PUEA 5I3FA 5G4EA 1V7YA 3HF3A 2I14A 4XTIA 1W56A 1EWEA 3TMLA 3INPA 1LORA 2V82A 2X30A 5FF0A 3CQ0A 2V8ZA 3LOTA 2ZFAA 5AC7A 3T78A 5J5RA 4DQWA 1Q45A 2OCZA 2YFNA 1AK5A 4KFPA 3NOEA 1KBJA 5GVJA 4JS3A 3S0CA 2QUTA 3MHUA 3G8RA 4ADTA 1L6WA 4YCOA 1W31A 1H7WA 4UTHA 1DV7A 1RR2A 2X16A 2NXGA 4ZL1A 2LLEA 2FTPA 3FIGA 4JICA 1YPIA 4A21A 1I2OA 2J9ZA 3QW3A 3L5AA 4HSOA 1F2JA 3SIZA 3L9CA 5EY5A 4FX6M 1X7FA 1SR9A 3EB2A 2R91A 2O7QA 3PBVA 3OVPA 3SY5A 3G8EA 2A85A 1LCOA 2VEPA 3EXTA 3QRHA 1QPQA 4LV4A 1LOLA 2QDHA 1SUXA 3NVTA 2QAFA 3V75A 1TJRA 1MSSA 3N9RA 4IGHA 1OK4A 3TXZA 1EX5A 5AFDA 3NQDA 5CSSA 1RD5A 3GXNA 4OV4A 4YWIA 4NXSA 4NZFA 5HWNA 3MHFA 1K03A 1WXJA 5CG7A 4OHQA 3PS7A 3PUDA 3P84A 1HFBA 1PHQA 2H6RA 5SWUA 4JDYA 4JTJA 4XWUA 3N14A 3S5NA 4O15A 1UASA 3LI0A 4HHPA 4PCFA 4MJMA 1TPDA 3L21A 5DY2A 4PODA 4D2JA 4RZ6A 1S3HA 1YYAA 4LVBA 3TAOA 3UNDA 2QDGA 3OVQA 3UWQA 3FLUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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