4P2VA

Structure of the ai-2 processing enzyme lsrf in complex with the product of the lsrg reaction p-hpd
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
281
structure length
281
Chain Sequence
DGKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFEHADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLVDAGMKVGMPTMAVTGVGKDMVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIATYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCWQAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
molecule keywords Uncharacterized aldolase LsrF
publication title LsrF, a coenzyme A-dependent thiolase, catalyzes the terminal step in processing the quorum sensing signal autoinducer-2.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 79
structure length 281
sequence length 281
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, K
ec nomenclature ec 2.3.1.245: 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase.
pdb deposition date 2014-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4p2vA00
1Z44A 1K3UA 1T8XA 5LKYA 3FJ6A 3W7HA 1L6WA 4J9JA 1DVJA 4HN4A 3VE7A 3TV8A 4FNTA 3KHJA 3HPSA 4AF0A 4AB4A 2FTPA 3G8RA 2QF7A 3CEPA 1WBJA 1SZGA 3R8RA 3OVPA 2LLEA 2Y7FA 1SQ7A 2CWNA 4MZYA 2TMDA 3ZWSA 2ZQ0A 3V1PA 1KFJA 3LCLA 8TIMA 1OJXA 2ZRVA 4KFNA 3QH2A 2Z6IA 1W5PA 3B0UX 1XBXA 3LXAA 5DLCA 1B4EA 1P1XA 3LTSA 4IMCA 4JR5A 4QAIA 3L0GA 4O18A 4FB7A 4LWWA 4MOZA 2X1SA 4ORIA 1FWRA 1QNVA 3SJ3A 1EP2A 2V82A 2WSQA 3DFQA 1TIMA 3P67A 4FIQA 3LI1A 2JGYA 1BKSA 1OYAA 3USBA 2J27A 3TA6A 5FF0A 1EWEA 3FKRA 2Y62A 4K8HA 4UCGA 3PSVA 2CZEA 1MEWA 3W73A 4LS0A 4NVTA 2GVLA 3A23A 4QSHA 3G18A 2GVGA 1W54A 4O1BA 1FCBA 2V2HA 3ZWTA 4JTEA 4BWLC 5I3HA 5CZTA 4BR1A 2PURA 2X30A 3LHWA 1SFLA 3F4NA 5TBOA 4PL2A 3PB0A 3NM1A 1TSIA 4GUIA 2WJZA 5EKYA 3B4UA 5HULA 2I9EA 3MO7A 4CNPA 1JUKA 3VCRA 3M43A 4P61A 3H54A 2OT0A 5EYWA 3NQ2A 3EKZA 3NXFA 5D37A 3OIXA 2JKAA 2QDGA 2YXGA 4DBDA 2A1YA 3UWQA 3B0PA 1EX5A 3KAOA 5E93A 5AFDA 3RLUA 3NYZA 4UNLA 4LRTA 1DHPA 3E02A 1DKWA 5LSMA 1H51A 1JRBA 2JBMA 2FDSA 1TB3A 1LBMA 2OT1A 3WK3A 4YWIA 5KITA 4MZ8A 3KFTA 2Y63A 4UFIA 5AN7A 5G2WA 3B0VC 1G69A 1LYXA 1TTIA 5D30A 1TPWA 4KWWA 4DF0A 3QRHA 4A21A 3G1XA 3IVUA 3UQNA 2A21A 1KLYA 4W9TA 5FI8A 5K9XA 2FB3A 2YW3A 4QIUA 4EIVA 4IOTA 3IV3A 1QMLA 5LZLA 2CLEA 5K2ZA 2FB2A 5F2GA 1KV8A 3B04A 5HWMA 4XQ6A 3DH7A 3FKKA 2B7PA 3N9RA 3GR8A 3Q37A 1H61A 2ZRUA 3EWZA 3ABRA 3EX3A 1S5VA 2ISSA 4FIRA 3BGGA 1OX6A 3HPXA 3BG5A 5E1QA 3W76A 4ML9A 5D32A 1VS1A 3RFAA 3UPBA 1A5AA 4UMCA 5KTLA 3NQMA 4HNUA 3KX6A 1MSSA 1XBVA 3M16A 3G1DA 1AW1A 3PG9A 2A4AA 3CIXA 1V5XA 3FJLA 3PF3A 3I6RA 4O50A 3U6WA 3LBMA 1JCYA 2GQ8A 3C61A 4GUHA 3DFOA 1KFEA 1G4PA 4LVAA 2YX0A 3G3MA 3NQVA 3I7SA 2FLIA 1EP1A 1G4SA 1OYBA 5HMSA 5D05A 2C0AA 3P8JA 4KFPA 4RK8A 3CT7A 3NQCA 1K7XA 3EWXA 1ZENA 3G0XA 2ZA1A 1GYNA 1EUNA 4L4LA 3DFNA 4RXGA 2E5CA 2AAMA 3GDKA 3WJZA 2A85A 3S0CA 2BXVA 3VE9A 2QUUA 2VEIA 3WK1A 1THFD 1WA3A 4LU0A 3TU9A 2GOUA 2RKXA 4GUGA 5G5IA 3WK0A 4UTJA 4UXDA 1TCDA 3NPWA 3TQVA 3TW7A 4DO6A 1XDMA 4X2RA 2P0OA 5E0KA 1TTPA 4AHOA 2YZRA 1QPQA 1KTBA 4TO8A 4CQAA 1JVNA 1J5TA 4AWSA 3O05A 1TPFA 5HUPA 3W2NA 3DHFA 3HQ1A 1OFOA 3M44A 4IJBA 4M5PA 3NO5A 4LVBA 2JKEA 4Z1CA 4MLJA 5D2TA 3GDMA 1RQBA 3KVMA 1W3TA 3M41A 4K6AA 2V2CA 3UWVA 1PL9A 3VI2A 4N4QA 3UNDA 4DO4A 1ZAIA 3MJYA 4NJHA 1BTMA 3GLCA 1TPDA 4GWEA 2ZTJA 3DXIA 1YPIA 2H6RA 2WQPA 2W6RA 4HNNA 2VFHA 3DI1A 5LGZA 1F6PA 1TV8A 1DV7A 2TYSA 2O7QA 1YADA 1OX5A 3W7PA 2WNNA 3W7GA 1OF6A 3S6DA 5A8GA 4ADSA 1XXXA 2Z2UA 4Y90A 3NQ7A 4JTTA 1L6SA 3W23A 4B5NA 1ZAJA 3DU0A 1WV2A 5BMXA 1WXJA 1VZWA 3CWOX 2NX9A 3N14A 4LNYA 3W22A 1R30A 3KVKA 3WJWA 1QAPA 4K36A 3MW7A 5C5YA 3L67A 3O6YX 3ZR4A 4PODA 3M5XA 3N19B 1UUOA 4N02A 1AMKA 3LCWA 4MPQA 3EB2A 1NFBA 4UTIA 3NL3A 3WFAA 3O16A 2QUVA 4UTTA 1LTDA 3NZRA 3TXVA 1JQXA 3P74A 3G1VA 4YLWA 4JTLA 2HTMA 1W37A 4JEQA 2CLMA 1VJIA 2ZRXA 2C18A 3W1NA 1MXSA 3L5AA 3NNTA 3U2OA 3UPWA 2YR1A 4UMBA 1W0MA 2NXGA 2W79A 3W1UA 4EWND 2PCQA 5EPDA 1VLWA 4UUIA 1I4NA 3P61A 3EX2A 3HGJA 5BMWA 5G2HA 3VNDA 3NA8A 4NQ1A 3UXDA 4GNJA 5I3JA 2RDTA 5IM51 5I3KA 3W74A 1EA0A 4QITA 3G1FA 2FPTA 2Y7DA 4I9AA 3HMJG 1O60A 4PEKA 5K9DA 1DQWA 3FLUA 2QAFA 3HJZA 1QOQA 2WSYA 4ZL1A 3EWWA 2H90A 3T4CA 2ZFAA 1E51A 1YTDA 1T99A 3IIXA 3O6DA 1UCWA 4P2VA 3SFKA 3EX6A 4AXKA 2G95A 4A29A 1N55A 2NZLA 2XN1A 2TSYA 3G1AA 2CLIA 6ALDA 1K7EA 3LGEA 5EL1A 4MY1A 5K4XA 2J9ZA 1G4TA 1JCXA 4DPPA 2BZNA 4JY9A 3FOKA 5HINA 3I7RA 4O53A 1NVMA 1H7RA 3UWYA 2DJLA 2GJNA 3KXQA 1NF7A 4ICNA 3THAA 1S5WA 1GT8A 4JGDA 4KKXA 1EB3A 1OG0A 1H7XA 3B03A 4JX6A 1DORA 3I65A 2A6LA 1W3NA 3PUDA 2I14A 3IEBA 1Q6QA 1EIXA 4L4MA 2Y89A 1GVQA 1ME7A 2YFOA 4NZJA 1R2RA 1VPXA 3RK8A 5EY5A 4O13A 2E5BA 5HR7A 3GR7A 3MWAA 3LDVA 4MLRA 5C55A 2Q8LA 3PUOA 4FEZA 1GQNA 2YW4A 3EKLA 5DY3A 2V81A 3GAYA 1FXPA 3FIGA 4UFHA 1N8FA 4LUJA 3QW4B 1GVOA 3BW2A 5KZDA 1HO1A 4FNQA 4CNOA 2NWRA 3W7LA 1FWSA 1LBFA 2TPSA 3CEUA 4Z1BA 5HNRA 1LP6A 1TV7A 4QJ1A 3RNDA 3UWZA 4X22A 3TSBA 3W75A 4LOCA 5AOUA 1NF0A 4JICA 1LROA 4A2RA 1KM4A 4K8EA 3H53A 2CW6A 3DHDA 4JX5A 4X9SA 1LORA 1KM0A 5FEWA 3EXSA 1GVFA 1OFEA 3LXBA 1QO5A 3CU2A 3PBYA 1SZNA 4LC8A 3TFCA 3C0JA 3QMSA 2WKJA 3R13A 3W7OA 2FFCA 4GFSA 1FCUA 1SW3A 4S1FA 1K8YA 2VC6A 3QPYA 1UB3A 3W07A 3CTLA 3CQ0A 2NUXA 4FX6M 2Y7GA 2PC4A 2QCMA 1SSDA 4R34A 1K02A 4Z08A 3W2UA 1ALDA 3BLEA 1AG1O 1TO3A 3BPWA 5AC7A 4GRSA 3LLFA 1ONRA 1EP3A 2IQTA 2WO5A 3VFLA 5KMYA 1FCQA 3BO9A 3LV6A 3QZEA 1YDOA 1PHQA 4FXSA 5CZSA 3W86A 5KINA 3IGXA 2PRLA 3GDTA 1IIGA 4RCXA 4CCEA 1G7UA 2GPTA 3EX1A 3P5ZA 4WOQA 1WYIA 2DJXA 3GXPA 2Q3RA 5A5WA 3E12A 4EOUA 1GG1A 4ZVJA 3M0ZA 4Q32A 3S1WA 3T78A 5TQLA 3A24A 1A50A 2W0UA 4O17A 4JTHA 3I68A 2DZSA 4YCOA 2QCGA 3SECA 5C6MA 1W5OA 3SGZA 1UUMA 1VYRA 1RPXA 3TC6A 3L0KA 4N2YA 1PS9A 3TDFA 3LHUA 1SUXA 2E1DA 3M7WA 3TX9A 4IGHA 3JS3A 3QQ1A 2JK2A 3QYQA 5D2WA 4LVFA 1R46A 4RX0A 5U7SA 2QJGA 1KFCA 3HGSA 5LGXA 3UY7A 3EX4A 3GX9A 3P82A 3R89A 4AHQA 3QSRA 1ICPA 1AW2A 1TPC1 4DELA 5DBUA 3L9CA 3TAKA 3LHZA 1LOQA 3A5FA 4N6FA 4XTDA 1A5BA 3BLIA 4WX2A 4JTFA 2UV8G 2HMCA 1FWNA 2ZTKA 2CZDA 1SU5A 4MKNA 3GDLA 3HIJA 4NNBA 2CFFA 1YTEA 4O1CA 5DXXA 1XBYA 2Y61A 5AHNA 1KV5A 1SO5A 3GB6A 5C54A 1K7FA 1KFKA 4H4IA 1O95A 2E6AA 2VFEA 4M6QA 3TAOA 3MP4A 1ZY9A 2Y88A 2YSWA 4C1KA 1KFLA 5D04C 3IIPA 4JTGA 3SI9A 3ANYA 1CX9A 1QPRA 2ALDA 2DZTA 1H63A 4WY0F 3QPZA 4ZQOA 4UC5A 4AMAA 1ZNNA 4UTMA 3BV4A 3L5LA 3F4WA 1Y0EA 2QEZA 2RH9A 2Q8ZA 1WDWA 4IWWA 2EF9A 1QPOA 4IXXA 3C52A 3ABSA 4QQ3A 3UWWA 4AWTA 3PBUA 1M7PA 4Y8FA 5L6UA 4TIMA 4JYEA 5AB3A 2E6FA 6TIMA 2ATMA 3PG8A 4UFJA 4LY8A 4ADUA 4WJEA 3W1QA 3KVLA 1OF8A 1TPB1 2Z0IA 3LERA 3L66A 4TR9A 3L68A 2I1OA 5HR6A 1M6JA 4CLMA 4FNRA 3RMJA 4U4MA 2NLIA 1PVNA 2DZUA 3ATYA 3KRZA 3S8HA 1W56A 3QM3A 1NSJA 1H50A 1MEIA 3UD6A 2P10A 4PL1A 1GYLA 3STCA 4UNKA 4FHAA 1JUEA 3IVTA 1CI1A 1SO4A 2ZZ1A 4MFDA 3STFA 2HS6A 3S1UA 3BW3A 2Y6ZA 1H5YA 4PCFA 2V9DA 1B57A 4YXGA 1VQTA 2YYTA 4LVGA 4O15A 1ZHAA 4ALDA 3HB9A 2V5LA 3B06A 1ZFJA 4N9BA 1W5QA 4JS3A 1G67A 2QUTA 4O54A 1FX6A 2ZRYA 3PWAA 4GBUA 4OQVA 3NQFA 3FEMA 1LDCA 2ISVA 3ELFA 4UIOA 3P84A 1TRDA 4DXVA 3LHYA 5FEXA 3TW6A 1K8XA 1MO0A 4JTUA 2Z6JA 1QO2A 4HSNA 2DORA 2B7NA 1SZEA 2P1FA 3TMQA 2ZZ4A 1DQXA 3TROA 3QMRA 1UBSA 3EXRA 3W70A 3PSWA 3G1YA 1SW7A 1RV8A 5KSWA 4QISA 3S42A 1VR6A 1F6KA 1OK4A 4RZ6A 3SSJA 3AO0A 1PCKA 1O5KA 3TR2A 3HPZA 5DCBA 2ZRZA 3WJSA 5AHLA 3E96A 1OYCA 2PRHA 1XL9A 3M6YA 3PBWA 4JIQA 4GUFA 4JTKA 2JGQA 2G96A 3JR2A 2CLHA 1M7OA 5AYXA 1OFQA 4JXCA 3LTYA 1DJQA 2NWSA 2J24A 1PIIA 3VKJA 2RFGA 5G4EA 4XKYB 4UTKA 1R47A 2A7PA 4Z1DA 2H3BA 4O4VA 2XN0A 2AGKA 4UTWC 1OHLA 2V8ZA 1SSGA 3MYPA 2PRMA 3LCFA 5K7JA 3TK7A 2V5BA 1W3IA 5EA9A 3NQ6A 4XUGA 3YPIA 3KRUA 5AC8A 4CCCA 2E6DA 3TE9A 2ATSA 4O1DA 3OA3A 1WQ5A 4Q33A 1F73A 2G97A 2DP3A 3QFEA 3BGJA 1KM5A 3L2IA 3LOTA 2Z1BA 2CLFA 1EEPA 3W87A 2A6NA 2E77A 1JUBA 4XTIA 4NXSA 3P8IA 3I7QA 1X1ZA 1RD5A 1SFJA 1FWTA 3NGJA 2YPIA 4WXZA 3TSMA 4RZ4A 2F7FA 3WJXA 3NAVA 4IMGA 4IX0A 5LNVA 4WQ6A 4DO5A 1GTHA 2R14A 2FQIA 1A5CA 7TIMA 4E2BA 4LS1A 4NNAA 1G4EA 5AHFA 3MBDA 3QQ0A 3NL6A 1GTEA 3PBVA 3O07A 3M5VA 3IIZA 4Z1AA 4M6VA 5D2XA 5CGQA 4OU1A 3N3MA 5FF7A 3Q2DA 2X1RA 4AHPA 4RR4A 4I7VA 5G1TA 4LRSA 3JRKA 1DOSA 4FXRA 4IMDA 2YGYA 1ZJIA 4ZQCA 3OEXA 3DGRA 4XKYA 2ZDRA 4HT3A 4JNMA 1IXNA 4HPJA 3RU6A 4IUOA 5D03A 1JCNA 3OVQA 2ZA2A 3TMLA 4HIBA 1WOBA 2CLKA 3W1PA 3NL2A 2HSAA 5CG7A 5L9FA 4YMZA 5D02A 4CNNA 2X2GA 1B3OA 1KM1A 3HG4A 3W1TA 2J6XA 5F2MA 3A22A 4NJIA 1XKYA 1Q3NA 4MFEA 1SO3A 3CHVA 4AWUA 4O11A 4Q4KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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