5K9XA

Crystal structure of tryptophan synthase alpha chain from legionella pneumophila subsp. pneumophila
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
272
structure length
262
Chain Sequence
AMNRIDKTLEKLKANRKKMLSPYITAGDPYPELTVSLMHQLVKSGADVLELGIPFSDEGPVIQRAMERALAHSIHCDDVLNMVRQFRKTDTETPVILMGYLNPIEQYGYDLFAQQAVEAGVDGTILVDLPPEEADGVSRVWQKHGLYSIYLCSPTTSAERMNYINQHANGYLYYVSLALKLPELKAQYLQRKAQSKLPLMVGFGIKTPEMAAQVAEFADGVIVGAALINEIIEAYEAKKDPLQASGALLSSMRQAIDNIGSM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
publication title Crystal structure of Tryptophan synthase alpha chain from Legionella pneumophila subsp. pneumophila
rcsb
source organism Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain philadelphia 1 / atcc 33152 /
total genus 82
structure length 262
sequence length 272
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2016-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5k9xA00
3W70A 4UMBA 2ISWA 4M5PA 4YCPA 1P4CA 2AAMA 2NLIA 2BLEA 5KTLA 4L4LA 3EX6A 4UIOA 3ATYA 4IMEA 1SU5A 1W5QA 1ZAIA 1FY6A 2V30A 1VCFA 1ME8A 3VI2A 3RF9A 2BSLA 3QYQA 5EKYA 3LCXA 3TAKA 2ISVA 5DLCA 2GOUA 3W2LA 5FEWA 3M16A 1W5MA 2V5LA 1ZY9A 1FDYA 1SFJA 1KM3A 3ANYA 1UBSA 1EWEA 5HWJA 4UTUA 1PCWA 4WX2A 1S5VA 6ALDA 2YZRA 3R89A 3WJXA 4O0KA 1RQEA 3G0XA 1TV5A 4NJJA 5CPLA 1LOSA 3W7GA 4S2CA 4LS1A 2VOMA 3D0CA 5G2WA 1KM5A 1TPEA 3SW6A 2V81A 1X6UA 3W2MA 2CLOA 3SY5A 2Y88A 2QEZA 3TE9A 3FYOA 1IXQA 3W74A 3IGUA 3LRKA 4LT9A 2H6RA 1WBJA 2NX3A 3HGOA 1TRIA 1RZMA 3GB6A 2C13A 3MMTA 3W75A 1LLZA 2R8WA 1K8ZA 4IMCA 2QCEA 3PVFA 4WY0A 4LV4A 3W84A 1OX4B 3L5AA 3GDRA 1LBLA 1NVMA 2ZZ2A 3IIOA 2QJIA 4QISA 2VFGA 3G8EA 4U4MA 3S5NA 3QPZA 3L5MA 3M5XA 1LRQA 3C3NA 3STEA 4LC6A 4NXSA 5C54A 4O1CA 2GUUA 1ICQA 4KKXA 4ICNA 4Z08A 3TXZA 1XDMA 2Y89A 4JNMA 2RFGA 2ZRYA 4FX7A 4BF9A 4UTKA 3CWNA 3W7JA 5I3JA 3W23A 4O54A 4RJEA 1L6SA 2JBMA 3M5ZA 3PAJA 4IUOA 4QNWA 3VFLA 3GIYA 4IPJA 3T78A 4UTHA 2Z0IA 4A21A 1MEIA 1OFOA 2YW3A 1XM3A 3OBKA 4M19A 2QCMA 3BVJA 4HN4A 4BWLA 1DJNA 3CHVA 3NAVA 4Y6GA 3T4CA 4CQ9A 2V2CA 5G2HA 3BG9A 5HWNA 3FLUA 3LXCA 2VEMA 3Q94A 4TX9A 2E5BA 1IF2A 2FJKA 2ZZ6A 1JCJA 2FTPA 2ZRVA 4N6EA 1OF8A 5I3HA 1NF7A 4AWUA 3R8RA 1SFLA 3W9ZA 1ZAJA 4O1DA 2VC6A 5D2VA 5FEZA 1TPFA 4ONVA 2ZQ0A 3O63A 3UD6A 4HSOA 5DCDA 2H3BA 4O10A 1P0KA 5C55A 1GYNA 2G96A 4FXRA 3DAQA 2VELA 3W1QA 1KTBA 2PC4A 1PVNA 1QO2A 3W7HA 3TROA 5F1UA 2QUVA 4P61A 3M1ZA 1WAUA 3V1PA 1NFBA 3C2EA 5HWMA 5D32A 3H55A 4MLRA 5LHEA 1TYGA 4MZ8A 3IIVA 1W37A 4FIRA 1AMKA 1WX0A 1W5NA 3LBCA 3TUUA 3MYOA 3GVGA 4JX4A 4J9JA 4P2VA 3NEVA 4DEFA 3LX9A 3W71A 3O06A 4RR4A 4ZQPA 3TMLA 2EKCA 5ABTA 3MYPA 1PCKA 4GUGA 3HPSA 2CLIA 2ZCGA 3W1XA 5DY3A 2RDUA 3NQ7A 1YTEA 4UTWC 3W7CA 2C1HA 4XKYB 4UMAA 1W3TA 2JGQA 3KVMA 1A5SA 3BLEA 5F4WA 5HQEA 3OEXA 1G67A 1W5PA 1VRDA 2C16A 4ZMGA 1N8FA 1W3IA 3NQDA 4ADUA 2ZDRA 5I3GA 4TU1A 1HO1A 1QPNA 3W73A 1WV2A 3UNDA 3LM7A 4OQVA 3NR0A 3QJAA 1O4UA 2GQ8A 1OYAA 4DELA 4GUHA 4YXGA 2Y63A 1R46A 3C56A 2QKFA 3AO0A 3W86A 1XCFA 5J5RA 3L21A 3LCWA 1VJIA 1HUVA 3FKRA 3W1MA 1VCVA 2OCZA 3OG3A 3IV3A 4IJBA 3HG4A 1SSGA 5F2IA 5GVJA 2EF9A 1F05A 1L2UA 4UFKA 4EVZA 3EKLA 1BWKA 4G1KA 3A22A 3TCEA 3FJLA 2X1UA 3HPXA 2ZZ5A 3GNNA 2PE4A 4H6KA 2V2DA 3UPBA 2QDHA 2F7FA 5BW6A 4HKPA 4O28A 4NJGA 3W7IA 2FDSA 4DQWA 1H63A 4LS0A 4X9SA 4NZFA 3UYCA 5HR6A 1EA0A 2ZTJA 4EWND 4PA8A 2ZA2A 2VEIA 1BTMA 2CZEA 3Q58A 2NUWA 1GVFA 1OYBA 4UC5A 2B7NA 4N9DA 2CW6A 1GVOA 4LWWA 1UB3A 3TAOA 1JQXA 3MHGA 4OGZA 3FJ6A 5G1YA 3I68A 3LV5A 1DV7A 2IQTA 5D37A 4NU7A 1ZENA 2AQWA 1FCBA 2DZUA 4FHAA 3SECA 1M7PA 3G1XA 4X22A 2GJLA 4S2BA 3NYZA 3DH7A 3L0KA 3WJZA 3DFNA 2BX7A 3KVKA 1W56A 3G1VA 2FLIA 4GC4A 1Q3NA 3O6DA 4JXCA 4LW7A 3L5LA 2Y6ZA 1HG3A 1UCWA 3G0UA 1XKYA 2YDAA 3LTYA 5AC7A 2O7QA 4XTDA 3M43A 4M6PA 1MZHA 1I2OA 5D33A 3THAA 1W5OA 1Z48A 3Q37A 5MHBA 4PFMA 2QDGA 1PV8A 3CLMA 3QM3A 4O15A 5FF7A 1LRNA 3QMRA 2WKJA 3EX1A 5BMWA 1Q6LA 4OT7A 3EB2A 1FWTA 2XFWA 3O1NA 1XFBA 4LTSA 3UWYA 2Y7DA 1AW1A 3VNDA 1JR1A 4JTEA 3KRZA 1RQHA 3TW6A 1V5XA 4PCFA 2P10A 2B4GA 5TQLA 3OHIA 3PBVA 2X1SA 3W7QA 3STGA 3FS2A 3T55A 4RLIA 3JRKA 4AF0A 4Z1CA 1EP2A 2Y7FA 1SO6A 3EWWA 1OFPA 4BR1A 4AHPA 2A0NA 3NQ8A 1ALDA 5FF2A 4LRSA 2VEPA 3P74A 3P80A 5KSWA 1PE1A 1YDVA 1QO5A 2HS8A 4JIQA 5KZDA 4UXDA 1RV8A 2C19A 3LTSA 4UFIA 2E1DA 3UWWA 1T0OA 3TQVA 3PY2A 4LVAA 1Q6RA 3SIZA 3O8AA 2GVJA 3MI3A 3DFTA 1VHCA 1OFQA 3W2UA 3FIGA 4E2DA 3NXFA 1KV5A 1A5AA 2NXIA 2ZRXA 3MUXA 1I45A 4UTWA 1IXPA 3HPZA 3DFSA 4TMCA 3BPWA 1K03A 1SSDA 2A5HA 1ADOA 3FEMA 1PHQA 2GPTA 4JTJA 3F1QA 4RXFA 3TMQA 2QCDB 1GVRA 4OU1A 1LBMA 2C3ZA 2XN2A 5E1QA 3PG8A 4N9CA 3KX6A 1LOQA 4JS3A 1SO5A 5CPNA 3E9AA 3SZ8A 1I2PA 1R47A 2AGKA 5BOOA 3CTLA 1KW1A 5U7SA 4MPQA 4U28A 2V9DA 2ZBTA 1R30A 4FNPA 2TRSA 2GVLA 5D02A 2QCCA 3KRUA 2Y70A 1H7RA 1I2QA 3TNOA 4Q4KA 2FB3A 2XN1A 2OMAA 2HTMA 4K8HA 5HNRA 3WFAA 2I1OA 1FBAA 3PR2A 4MUZA 5CSSA 1VYPX 3GAKA 4LY8A 1HFBA 2P1FA 3W1LA 4QAIA 2BWGA 3OA3A 2RKXA 1OK4A 3E02A 3I7QA 1H1YA 1XBXA 1BEUA 3WJYA 4XBKA 3NNTA 1AW2A 3W76A 3MHUA 3TXVA 2F84A 3IGSA 3N34A 1KFBA 4FIQA 3NOEA 5G5IA 3RFAA 1AW5A 1B57A 2WSRA 1N7KA 2Z6JA 1G6CA 4UCGA 4N4PA 2C6QA 2YFNA 5D05A 2BTMA 4O53A 4Y8FA 2ABAA 2ATMA 1KFCA 3GKAA 2WNZA 3NPVA 3W3OA 3U2OA 1TSIA 1TPDA 2GVGA 1NEYA 3P61A 2CLKA 3RLVA 1HTIA 2FQIA 4LUIA 1UASA 4NNAA 1QDSA 3W7LA 2OJPA 1H51A 2DZTA 1DL3A 3MW7A 4UTTA 5CGQA 3NPXA 4BFAA 3DFPA 2NX9A 2UV8G 2Y62A 1W0MA 1KM2A 1IGSA 2FPTA 1DORA 2DZWA 3WK3A 1GG1A 4R7JA 4RK8A 2W0UA 3C0JA 1ONRA 2Z1BA 4JDBA 4UUIA 2RH9A 1TPH1 1OF6A 4MKNA 4W9TA 1I2RA 3W6YA 3GDLA 2X30A 3PS7A 1DJQA 5LSMA 1IXNA 1GJPA 3IVSA 1WOAA 2P0OA 3LCHA 1FCUA 3WJWA 4JY8A 5CZTA 5H91A 4JTIA 1VZWA 2R94A 1ZHAA 2CLHA 1VR6A 1EWDA 2Q3OA 2HMCA 1H5YA 4RKAA 3M47A 3P5ZA 4RZ6A 3O07A 3NA8A 1BKSA 1WYIA 1FDJA 1FXPA 2DZSA 5HUPA 4NNCA 3N9SA 4NJKA 4KFNA 1SZFA 1BWLA 2CU0A 3BG3A 3DBPA 1GG0A 3L65A 5D38A 3FA5A 5HUOA 1J2WA 4JTUA 4IGHA 4OV9A 5F1VA 2D73A 4UNLA 1G4SA 4UNKA 3F03K 3JR2A 1YYAA 3G1DA 2CFFA 2GQ9A 3W1NA 1JUKA 4ORIA 3PSWA 5K4ZA 5G4EA 4O52A 3NQAA 3B4UA 4AH7A 3TC6A 4QM1A 5AN7A 4RV8A 1XDLA 3GX9A 1RPXA 5LKYA 3NL2A 1THFD 1XC4A 3PB0A 3C2RA 3GNDA 3FFSA 5T26A 3TH6A 3KAOA 5D04C 2JKPA 2ZRUA 4YLWA 2OX1A 4GE8A 4JTTA 2C14A 4JTGA 1H50A 1OABA 3HGSA 3M5VA 1DQXA 2XN0A 3WJSA 1QPQA 4CQ8A 4GUJA 4Q32A 3BW2A 2A85A 3NM1A 1XL9A 4QSHA 3G1FA 3LI0A 3S5ZA 3O6CA 2QCLA 4LVBA 4NZJA 4O17A 2Y7EA 4O0ZA 1A5CA 3C8FA 3B06A 3DU0A 1ZAHA 5D2TA 4C1LA 4AWSA 2EAWA 5LNWA 3PF3A 4B5NA 3NL6A 5H2ZA 2FB2A 3DXIA 2NXHA 2OT0A 4FNUA 1HO4A 2JKAA 1DQWA 1LZOA 5AHMA 4NJIA 1B4KA 3EWYA 3RNDA 3C2OA 4ZVJA 1S5WA 1W54A 4O14A 1KLYA 3LCGA 3LCFA 5LNVA 4FNRA 4LU0A 3IVTA 1DOSA 3W1PA 1L6WA 3QH2A 3BLFA 4MJMA 3EXRA 4N9EA 4O1AA 5FF3A 3E12A 2NWRA 2I9EA 4O13A 3HJZA 2ZFAA 4L4MA 4IWWA 1EP1A 1LRTA 1MEHA 3GDKA 5DN1A 3OVRA 3QEZA 1H7NA 3CC1A 4IX0A 3B0VC 4A22A 4PTNA 2RDWA 1QOPA 1AG1O 2DJLA 4DF0A 3P8JA 4Z1BA 2YXGA 1O60A 4YMZA 3LHWA 1JCXA 2V8ZA 1M6JA 1R2RA 3DKJA 4HPJA 3MP3A 4LS2A 2X2GA 3I65A 1ML1A 3NZ1A 3O05A 2EPHA 1MXSA 3C4UA 3HGJA 4GUFA 4LNYA 3CIXA 3C6CA 3TQKA 5HMSA 2ATSA 2C18A 4DF2A 1I4NA 1VLIA 4UFJA 4MLJA 3GXTA 1KBIA 2WO5A 3LV6A 4JD4A 4Z0SA 5K4XA 2NV2A 3PG9A 2J24A 5G1TA 3L9CA 1O94A 1V7YA 1LLWA 1ME9A 4RZ5A 5SWUA 3LDVA 4Q33A 4BI6A 3NL5A 5K3VA 1JULA 1O5XA 4JEQA 3LLDA 4TO8A 2R14A 5KINA 4LC8A 3VKJA 3W1TA 5TIMA 3EX4A 2A7PA 4CCEA 2ZZ1A 4NUWA 2GJNA 2HS6A 4ADSA 2JK2A 3INPA 4AAJA 1EEPA 1KFJA 3ABOA 3IGXA 1EPXA 5DCBA 4HT3A 1OX4A 4JTSA 4DXVA 3W87A 1H7XA 1IIGA 5L6UA 3W83A 5AFDA 2YYUA 4DBEA 3UZ5A 3SI9A 4AHOA 3LHZA 2A1YA 1K02A 2DZPA 3W7NA 1J5TA 1XXXA 2NXGA 3MI2A 3BLIA 5LZLA 4WXZA 1A53A 4AVFA 3NGJA 2CLMA 4O4WA 8TIMA 3G1HA 1TJPA 4XQ6A 4IXXA 3SGZA 2PURA 4GJ1A 3MBFA 3W1UA 1C8VA 4ADTA 1ZFJA 3ZFHA 2VENA 3W22A 3TSMA 2E09A 3W85A 2A2IA 4K38A 5CPOA 3W07A 3WK2A 2C15A 3NQ2A 4PH6A 1OX5A 4KWVA 4MY9A 4O12A 3E96A 4AWTA 4UTJA 3IIXA 3B05A 3IRDA 1G69A 3A24A 4IXHA 4UTTC 3QW3A 5K2ZA 3DFOA 1C9DA 4Y90A 5CZSA 1TQJA 1F76A 1LM1A 4O19A 1P0NA 2V82A 1JQVA 1FCQA 4GWEA 1EIXA 1TQXA 2DZXA 4IQLA 5TBOA 4UR8A 3S6DA 4QQ3A 3LOTA 1GQNA 4TIMA 1FWNA 3KFTA 3LTPA 4JY9A 1KV8A 1WQ5A 5D2WA 5IBXA 1LP6A 4WZHA 3N3MA 2PRLA 4GRSA 5CPMA 2ZRWA 5D2XA 2H8ZA 3HO8A 3QPYA 4LUJA 5U4NA 3H53A 2NZLA 4A29A 3QSTA 1QWGA 5D2YA 4RXGA 4N4QA 2YGYA 1X8FA 3M44A 4MZ1A 4HNUA 2E77A 1TV7A 5CG7A 3QW4B 3GDTA 1QPOA 1GZGA 2ZZ3A 1WDWA 4CCCA 4NNBA 1F74A 4XKYA 1F73A 5A8GA 1VQTA 3R5EA 5DY2A 3W2KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W70 A;  4M5P A;  2AAM A;  2R1M A;  1XIS A;  1TR1 A;  3F5K A;  4UIO A;  3IV8 A;  4AD1 A;  4L65 A;  1D2K A;  1FY6 A;  3VI2 A;  1MVY A;  3BMX A;  3TAK A;  3KM8 A;  2GOU A;  4G9P A;  5FEW A;  4W8L A;  4AC1 X;  3KWX A;  2J8T A;  4U5K A;  4LH8 A;  1FDY A;  1O5Q A;  4YTU A;  1SFJ A;  2D20 A;  2PWD A;  4RNF A;  1S5V A;  4QJ3 B;  1K1D A;  3WJX A;  1RQE A;  3URQ A;  3G0X A;  4NJJ A;  1LOS A;  2R82 A;  4I5R A;  5CLT A;  3W7G A;  1B30 A;  4U5I A;  3VK5 A;  3D0C A;  1AQ0 A;  2HIS A;  2DVX A;  5C71 A;  2D2H A;  1E1C B;  1ZB5 A;  4ZEN A;  4E3V A;  1HN1 A;  2O9R A;  3MDU A;  3TE9 A;  4XAG A;  5BRP A;  1IXQ A;  3W74 A;  3IGU A;  3LRK A;  2E1W A;  4LT9 A;  1W9X A;  1MZR A;  4W87 A;  3GTX A;  2NQZ A;  1QAT A;  4F48 A;  1OEP A;  4JNY A;  1K8Z A;  3P93 A;  3PVF A;  4AVO A;  3W84 A;  1H5V A;  3VIK A;  1LBL A;  1NVM A;  4QR6 A;  2QJI A;  3G8E A;  3EDJ A;  3S5N A;  3BOF A;  1WZK A;  3M5X A;  1LRQ A;  3STE A;  3ZQ9 A;  2VGG A;  4LUS B;  4L6O A;  4O1C A;  1OGS A;  4ZE5 A;  4GGB A;  3QGV A;  3ZLG A;  1UP0 A;  1NFG A; 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