5C6MA

Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from shewanella halifaxensis
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
MSDLKKAAQQAISLMDLTTLNDDDTDQKVIELCHKAKTPAGDTAAICIYPRFIPIARKTLNEIGGDDIKIATVTNFPHGNDDIAIAVLETRAAVAYGADEVDVVFPYRALMEGNETVGFELVKACKEACGEDTILKVIIESGVLADPALIRKASELSIDAGADFIKTSTGKVAVNATLEAAEIMMTVISEKNPKVGFKPAGGVKDAAAAAEFLGVAARLLGDDWATPATFRFGASSLLTNLLHTLEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
publication title Trading off stability against activity in extremophilic aldolases.
pubmed doi rcsb
source organism Shewanella halifaxensis
total genus 100
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2015-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5c6mA00
4Y6GA 5CGQA 4FX8A 5LSMA 3U2OA 2QF7A 3BW3A 2ZA2A 3MYOA 3NDOA 2ZZ5A 1IXOA 5AN7A 1F2JA 2PE4A 1UCWA 5K9CA 1FCBA 4ADSA 3GKFA 2RDUA 1IGSA 1ME8A 1EB3A 5CZTA 5D33A 1XBZA 3W2LA 4ALDA 1MZHA 3W7OA 5K4ZA 3PBYA 3U6WA 1TPH1 4GUGA 1AG1O 1BEUA 1KFLA 3EWZA 1OJXA 3VCRA 4MLRA 1VR6A 3N19B 4CCCA 1KTBA 1F7BA 3O16A 4ONVA 3G8RA 1QPQA 3V1PA 3GAYA 5C2XA 5D2XA 2J9ZA 2OX1A 1LOLA 4Z1DA 3FKRA 3B8DA 2QCNA 3NQVA 5LHEA 4E0CA 4UTMA 1JR1A 1WOBA 1XBVA 1SSDA 1UJPA 4MZ1A 2YXGA 3LHWA 4TX9A 3E0IA 4RR4A 2EF9A 1O94A 1EP2A 3DHFA 2C6QA 3HJZA 4ZQNA 1HFBA 4U4MA 4WUIA 3T40A 1QWGA 3E9AA 3UXAA 4IMEA 1EWEA 2YYTA 3W1RA 3NPUA 2W6RA 4UFJA 3OHIA 1NSJA 3QMTA 3RMJA 4AF0A 2VEPA 4JX5A 2E68A 1BTMA 2CZDA 3L66A 3G22A 4LRSA 5FEZA 5E93A 3GAKA 3HGJA 3DAQA 3LX9A 2P10A 1TYGA 1VS1A 1ADOA 2QCEA 1KFCA 5DXYA 2QCFA 3TK7A 2QCGA 1K7EA 1MSSA 1THFD 5D02A 1SZFA 2BTMA 3P62A 3EX2A 2ATMA 4GNJA 4E2DA 1WDWA 3MP4A 5G2WA 4JTIA 3TA6A 3QRHA 4ZL1A 1F6PA 4AEOA 1FQ0A 1W3IA 1X1OA 2B7OA 1NAL1 2FQIA 1YADA 3M44A 1O60A 4RX0A 3RLUA 4M6QA 3TQVA 4LNYA 3B0VC 4WOQA 2VXNA 5G2IA 5E1QA 3W07A 4OHQA 2DZPA 3TXZA 3QF0A 4OV9A 4DO6A 2W79A 3DKLA 1H7XA 2FPVA 3GLCA 3WJXA 4XUGA 3BW2A 3W87A 1W3NA 4RZ4A 4Z1BA 2B7QA 4LVDA 2YX0A 1A5AA 3CPRA 3IIPA 2ZRVA 3TV8A 3LTPA 1QPOA 1A5SA 2LLEA 5G5IA 3B04A 3PAJA 1IF2A 4QNEA 3ATYA 4HNUA 2VFDA 1IXNA 4O54A 3L2IA 2ALDA 2E5BA 4UFKA 3SW6A 1R30A 1HG3A 4UTUA 3M9YA 2GQ9A 3EB2A 5DY2A 3FS2A 1S5VA 4TU1A 2NXGA 3NQGA 4M19A 2PC4A 3I7RA 3RF9A 4K36A 4UNKA 1H51A 4NJGA 3CU2A 3PG9A 4UTKA 3GDLA 1CX9A 3MW7A 3MP3A 4O16A 4XBKA 2ABAA 1IXQA 3S1UA 1N55A 3GDMA 4IOTA 3ZS4A 3O06A 4MLJA 4DBDA 1GG0A 1N7KA 1WYIA 1JRBA 1R46A 5EKYA 3LCFA 4WY0A 1AW5A 1WBJA 3TC7A 5KZEA 2BLEA 3LGEA 3NM1A 1ME7A 1JRCA 1RD5A 1VLIA 3W2JA 3R12A 4GWEA 4RK8A 3JS3A 4LVAA 4O8RA 4WOZA 4AVFA 4PTNA 3H54A 2WO5A 2ZRUA 2V2HA 3N34A 4RKAA 4I7WA 4JXCA 1AW2A 3PBVA 1XXXA 4YL2A 1JCJA 3WFAA 3BARA 2OT1A 3KRSA 2A21A 1W5NA 4JTEA 4P2VA 1S3HA 3KXQA 1ML1A 3MHGA 3F03K 1LTDA 1OX4A 2TSYA 4DF2A 1ZAHA 3N3MA 5CG7A 3TKFA 3TMQA 5LNVA 1MO0A 1FWSA 2R91A 4O4WA 4PC8A 3G1HA 1V7YA 1Q6QA 5DCEA 2TYSA 3VNDA 4DQWA 1I8JA 3W1PA 2V30A 5LNUA 1Z42A 4JTLA 4DPQA 2QEZA 3I6RA 3NQDA 2DJXA 1XM3A 3BLFA 2E5CA 3HF3A 3CEPA 1H5YA 4JTHA 1NEYA 3TDFA 1D3HA 5LGXA 2IQTA 4DF1A 3QMSA 1EP1A 4TMCA 4LRTA 4R53A 5FEPA 3BG5A 3PUEA 2RDTA 3G0UA 1VZWA 3HPZA 1F05A 1LM1A 2RFGA 3BPWA 4TIMA 3BK0A 4WJEA 2NUWA 3NL2A 3PBUA 2E77A 4KKXA 1CW2A 1TPWA 1OG0A 2WNQA 3LLFA 1ME9A 5CZSA 4LTSA 5LNRA 3QQ1A 2X2GA 3HGOA 2I9EA 2H3BA 3ABRA 3HOJA 2Q3OA 1O4UA 5BW6A 1LBFA 3UY7A 3OEXA 3ABSA 1OX5A 3AJXA 3CWOX 2Y7EA 4JICA 2B7NA 1Y0EA 3L0GA 3LOTA 4LV4A 3PVFA 4N9BA 4ZVJA 1P0KA 1UBSA 4UTHA 4JN6A 3LHYA 2CZEA 3LCIA 3NA8A 4UXDA 3W83A 3R89A 3S8HA 3MYPA 3SFKA 4JEQA 5IBXA 5AYZA 3QPZA 2QCHA 1TV8A 4IMFA 2HMCA 4MY9A 4OV4A 1TJPA 1RR2A 1RPXA 1UUMA 4MY8A 3L21A 5D2TA 3TUUA 1QAPA 4UUIA 3W7MA 4R34A 5EA9A 3W7GA 3O07A 3NL3A 3T55A 3C6CA 1P5BA 1M7PA 2CLHA 3NVTA 1DVJA 5LNWA 1KA9F 3N73A 2A0NA 1OF6A 1I2PA 3W2NA 3EWUA 5HNRA 3W2MA 3DFOA 5CZ0A 1IXPA 2PRLA 4XKYA 2ABBA 3LCWA 4LUJA 2FPYA 3M5XA 3LHVA 3P80A 2Y89A 3O6CA 1OFQA 3W70A 2AQWA 3MBFA 3G1VA 2NZLA 3GKAA 3P5YA 1WA3A 4UTLA 1YPFA 4Z08A 5KINA 2RKXA 1FDZA 4MYXA 4Z0SA 1WQ5A 1KM5A 4YCPA 4UTIA 2CZFA 2JBMA 2Y63A 3RLVA 5DBTA 4KWWA 5KZMA 5FF4A 1GQNA 3NQ2A 4AHQA 1N8FA 1G4PA 3O6YX 4ICNA 2ISWA 4O15A 5FEXA 3HO8A 1I45A 3UWVA 1QPRA 1YTEA 3TW6A 3MO7A 3P84A 1XUZA 1ZENA 1EUAA 1QFEA 3W75A 1MXSA 3GNNA 3W84A 3W7CA 4EVZA 5DY3A 3P81A 4NVTA 4O19A 3B4UA 1VPXA 1SZNA 1OK4A 4OBTA 4BI5A 3W7KA 2OJPA 4A21A 4O17A 3LTSA 4IWWA 3G24A 5HQEA 4WXYA 1CI1A 1KFBA 1KM6A 3G3DA 1XFBA 4O1BA 5DELA 2FFCA 1U5JA 1YLVA 2Z2UA 1EWDA 2NUXA 3WJZA 1GVQA 3P61A 1TCDA 5L6UA 4DO4A 3DU0A 4MFDA 4E38A 3W72A 5HWNA 3UPBA 5C6MA 2CU0A 4K7VA 1GVFA 1WAUA 1SFJA 1C9DA 1QPNA 3STFA 3W1MA 1T99A 3M6YA 3UZJA 3L0KA 2V82A 1FCUA 1TV5A 4JTUA 3G1FA 4IUOA 1RQEA 4LWWA 3Q2DA 3IRDA 1W5MA 3LERA 4O1CA 3NXFA 3G3MA 1KM3A 3LBCA 3UYCA 3B06A 2PRMA 1VCFA 3FJ6A 3P5ZA 3AO0A 2ZFAA 4RXFA 4IPJA 1UUOA 2UV8G 3HPXA 5K3VA 3I7QA 4S2BA 4AH7A 3O63A 1SZEA 2ZZ6A 4IMGA 4XBSA 3C4UA 2A5HA 1KM4A 2CFFA 2DP3A 2YDAA 1KTNA 7TIMA 4NNBA 1L2UA 4C1LA 4LUIA 3TX9A 2V9DA 3ZFHA 3G0XA 1VGAA 4CNNA 3HG4A 3VE7A 4DXVA 3KOFA 2X16A 2C14A 4OGZA 3STCA 3W7LA 2CZ5A 4HSNA 2ZRWA 2YYUA 3BW4A 5F4SA 4WZHA 5AC7A 4JTFA 4QIUA 3G1AA 1KBIA 5CPLA 1G4SA 1OHLA 3MBDA 4GUFA 3G1SA 4MVAA 1XCFA 3THAA 1OVDA 3ABQA 5T26A 1SSGA 1WXJA 5LZLA 2ZTJA 5IBXC 1SO6A 2ZCGA 1Z44A 1TPUA 1Q6RA 2BSLA 4FIQA 1VLWA 3NPXA 3N9RA 1K02A 5H91A 1VHCA 3DFPA 1YXDA 4WXZA 1KLYA 2HSAA 2GVLA 1LBMA 3A22A 3BO9A 3IV3A 4K7YA 1W1ZA 5AHEA 3P60A 1B3OA 3SECA 3S1VA 5HMSA 2Q8LA 3GYEA 1PIIA 4HPXA 5KZDA 3L5AA 1GVRA 3GZ3A 2ZZ1A 3S0CA 2EAWA 2GJLA 2J6XA 4QM1A 1LP6A 5F4XA 3IIVA 1W0MA 4I7UA 3ATZA 4UFHA 3TCEA 4K8HA 3TQ0A 3W1LA 2ZTKA 3NEVA 4LOCA 1H50A 3FYOA 3C3NA 3C61A 1F5ZA 4MZYA 4JDBA 4FNRA 3BVJA 4NXKA 1DOSA 3D0CA 1K8ZA 3SIZA 4XWUA 4JTKA 3WK0A 1Q45A 4HNNA 3A5FA 4UC5A 4JIPA 4JD4A 4WY0F 4YMZA 3W1UA 3RU6A 4O18A 4FNSA 1SO3A 5U7SA 2V8ZA 4HNTA 3EKLA 1OYBA 4JR5A 1PCKA 1RQHA 1ZAIA 2WPBA 3GXTA 4CQAA 1V5XA 4M6VA 3NNTA 4FXSA 3LCLA 1ICPA 4ZQOA 5KMYA 4XZ9A 1SPQA 2E6DA 3MI6A 3C0JA 4K38A 1J4EA 2Y7DA 1C8VA 1AL8A 3BV4A 2NWSA 5IM51 2VENA 6TIMA 3FLUA 3L0NA 1JCYA 3ELFA 4A29A 2QKFA 4BR1A 1OX4B 2G5WA 1F73A 4HKPA 4A3UA 3EX6A 4N02A 1JUBA 3C8FA 2JK2A 4NU7A 3W9ZA 2G96A 2ZYFA 2EKCA 4JTJA 3TFXA 4OE7A 5CZJA 1TTPA 3EWWA 5CSSA 3M5VA 3R2GA 2Z1BA 1ZJIA 1SO4A 4QISA 3TMLA 3UQNA 1OF8A 4RJEA 2Y85A 2F7FA 3IIZA 3SZ8A 2VFEA 3EWXA 1ICQA 3TR2A 3R13A 4LC6A 3WJYA 4UFMA 3TIMA 4NUWA 1OABA 1HO4A 4O11A 5HUPA 3LCHA 1I2OA 4EF8A 3M0ZA 2Y61A 3KVMA 3HQ1A 1GT8A 3LV6A 4TR9A 1RVGA 2YFNA 3E02A 4UMBA 1YDNA 4YWIA 1QOQA 3PS7A 1P4CA 1ZALA 3FEMA 2VFHA 3FYPA 1UB3A 4RLIA 1BKSA 1OFPA 2Z6IA 3S5YA 5BRBA 2B4GA 3QSTA 4O57A 2NV1A 3P67A 4ADTA 5K9XA 1KFEA 5SWUA 1LOQA 3RNDA 1SFLA 1MEWA 2AGKA 4LC8A 3CB8A 4O1AA 3EX3A 4DO5A 2J9XA 3QMRA 4FIRA 3HB9A 1RZMA 4H6KA 1IIHA 2VOMA 3C2RA 2YPIA 4S1FA 1H7PA 3N14A 4LV9A 1VRDA 3E49A 3EEGA 4K39A 3HGRA 3QH2A 3L5MA 4BI6A 1FXPA 2QJHA 4MZ8A 3IVUA 3QW3A 1QO2A 2DZWA 3S1XA 3JR2A 4ZZ9A 1NVMA 5AHFA 3TC6A 1H63A 1FXQA 3DENA 3GX9A 3LHZA 3PR2A 3PWAA 5FEWA 4GUHA 2C15A 1JCMP 1EUNA 3KVLA 4JTTA 2C0AA 1LBLA 1R2SA 4CCEA 5AYYA 4H4IA 2QCDB 3QFEA 3QW4B 2J24A 3UWYA 3N9SA 2TRSA 5CPOA 1ZHAA 3LRKA 3G1DA 1T96A 5HUOA 4Y9AA 4XKYB 3WK1A 4DELA 4ZQRA 1QR7A 4MFEA 5LGZA 2ZA1A 1H7NA 4W9TA 3A9IA 3CT7A 1TPFA 1VYPX 5I3GA 1FWNA 3W7EA 5EY5A 2PRHA 2E5DA 3TROA 2Y7FA 3EKZA 2DZSA 1ZAJA 3UXDA 2RH9A 3NL5A 2G95A 3STEA 1LOSA 3W7QA 3HGSA 2WSYA 4FF7A 2XN0A 1HTIA 1Z41A 3NQCA 3R5EA 3IGUA 2BZNA 4AAJA 2NX3A 3S42A 5KSWA 3QSRA 5FI8A 3N2MA 1TPDA 1I2NA 3HG3A 3A5VA 1LLWA 1Q3NA 4PH6A 3A21A 3V75A 2Y6ZA 4MOZA 4O4VA 3BLIA 1O95A 1WBHA 1TQXA 4GJ1A 1U83A 4UR8A 2YFOA 3T78A 1OFAA 4LS2A 3TAKA 2OZ0A 3OG3A 4NX5A 3DFNA 3SY5A 2ZZ7A 4O13A 1L9WA 3P82A 1B9BA 5HJLA 1G7VA 1M6JA 2FLIA 1IIGA 5AB3A 3LV5A 4AHOA 3BGGA 3KRZA 1EPXA 4UMAA 2GQAA 2QDGA 1XDMA 4WD0A 4O14A 3P7YA 1KV8A 3OBKA 3WK3A 3NG3A 1KV5A 4N6EA 3KX6A 4O53A 1SW3A 3QYQA 4ML9A 3TNOA 3G8EA 4CQ8A 1EA0A 4NZFA 4PL2A 3S1WA 5BMXA 1TPC1 3I68A 4UTJA 1XUUA 1I4NA 3KVJA 5CSRA 2JGYA 3NPWA 2CLMA 3DZ1A 4CCDA 1A53A 1DJQA 3IGSA 5AHIA 1EP3A 3PM6A 4JYFA 4LY8A 3O6DA 3PUOA 2ZDRA 5DCDA 1YTDA 3QZEA 1VHNA 1A50A 3NYZA 1YDVA 2JKPA 4UTTA 4MIMA 3IGXA 3W76A 4UIOA 4MY1A 3NQEA 4N6FA 4O1DA 1VCVA 1K8YA 1JJKA 4PFMA 3L65A 3PBWA 4A22A 3QJAA 5F2MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 6PTD A;  2PS2 A;  1BF6 A;  1W9B M;  4AC1 X;  3U2O A;  3BW3 A;  1VFO A;  1UCW A;  4DIA A;  4ADS A;  2YCJ A;  3R11 A;  4M56 A;  3N04 A;  4QAW A;  1EB3 A;  4X9Y A;  2PDJ A;  1MUC A;  1W1I E;  5CZT A;  3O2L A;  4ALD A;  1NM9 A;  1MZH A;  2VZT A;  5CPT A;  1B5T A;  1E9Y B;  3PBY A;  2R1M A;  1BEU A;  1OT1 A;  3QGK C;  1KFL A;  4CQD A;  2QDD A;  3WLO A;  2HPM A;  4CCC A;  4RE0 A;  3UP8 A;  3ALF A;  4ONV A;  3G8R A;  4AY8 A;  1S39 A;  4KIR A;  3QV7 A;  3GAY A;  5C2X A;  1JNE A;  5D2X A;  2J9Z A;  1I60 A;  2OX1 A;  2R9R A;  3TJI A;  2J74 A;  1A80 A;  3U48 A;  3B8D A;  2QCN A;  3NQV A;  2WQD A;  3DEC A;  1ZB5 A;  4FOJ A;  1JR1 A;  1C91 A;  3OQE A;  1DYS A;  4J2M A;  4UWM A;  3TC3 A;  3FDG A;  2FGZ A;  4UOZ A;  4RR4 A;  2C7F A;  1HNY A;  3MPG A;  4F40 A;  4PEE A;  3DHF A;  1WXZ A;  4ZQN A;  4U4M A;  3T40 A;  1QWG A;  3MUA A;  3Q4D A;  4IME A;  1G94 A;  2YYT A;  4KMQ A;  2WHL A;  3A6O A;  1R3V A;  5CEW A;  1ADD A;  2PSN A;  3NPU A;  3RMJ A;  1AQ0 A;  3W53 A;  2VEP A;  5T91 A;  4JX5 A;  3SCT A;  1ZLP A; 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