1B9BA

Triosephosphate isomerase of thermotoga maritima
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
TRKLILAGNWKMHKTISEAKKFVSLLVNELHDVKEFEIVVCPPFTALSEVGEILSGRNIKLGAQNVFYEDQGAFTGEISPLMLQEIGVEYVIVGHSERRRIFKEDDEFINRKVKAVLEKGMTPILCVGETLEEREKGLTFCVVEKQVREGFYGLDKEEAKRVVIAYEPVWAIGTGRVATPQQAQEVHAFIRKLLSEMYDEETAGSIRILYGGSIKPDNFLGLIVQKDIDGGLVGGASLKESFIELARIMRGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords PROTEIN (TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE)
publication title The crystal structure of triosephosphate isomerase (TIM) from Thermotoga maritima: a comparative thermostability structural analysis of ten different TIM structures.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 87
structure length 252
sequence length 252
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.3: Phosphoglycerate kinase.
pdb deposition date 1999-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1b9bA00
3E12A 1L6YA 3W83A 1ONRA 1WBHA 2VFGA 2A5HA 1L6SA 4JTIA 1KFEA 4Y8FA 3PC0A 1YDNA 4MLJA 3WK0A 1ICQA 1ZHAA 2HS8A 1TPUA 1N7KA 2DZWA 5CGQA 3LGEA 1KLYA 3T44A 1DL3A 1AG1O 3F03K 3FIGA 3W2UA 1FWWA 3B05A 3TK7A 3UWZA 1W3NA 1U5JA 4WQ6A 4JNMA 3SW6A 3B06A 4DO4A 3L5LA 4AH7A 1G4PA 5F2MA 4C1LA 3G0XA 5IBXC 3GAYA 2JK2A 4XQ6A 3GYEA 4MFDA 4OWGA 2RDUA 4MOZA 4EVZA 5HWJA 1XKYA 1FDJA 2PURA 3EX2A 1TRDA 2RDTA 2V81A 2E68A 2ZCGA 4UC5A 4CCEA 4CNNA 4DO5A 5AB3A 4FNUA 1PHQA 1DQWA 1MZHA 3S6DA 4UFKA 4MFEA 3B4UA 2HMCA 5F4XA 1V5XA 3EX3A 1ADOA 3V1PA 2WSRA 1KFKA 3CB8A 3W1AA 2NX9A 1RD5A 2E5BA 3PB2A 1OX4A 3GDKA 3G1DA 2Y85A 1B3OA 1GYNA 3PWAA 3DFSA 3W7CA 2J6XA 3I68A 3TW6A 1QNVA 2CLLA 4AVFA 4PA8A 8TIMA 3OVPA 3TIMA 4FB7A 1TV7A 1AW1A 1TMHA 3NPWA 5TQLA 4FF7A 2BX7A 2YXGA 3LRMA 3B0UX 3LRLA 5F2GA 3HG3A 1QMLA 1XFBA 3IVTA 2CZ5A 5LSMA 3W74A 2R14A 1OX4B 3E0IA 4JX4A 3NXFA 2Y7FA 2YW4A 3JS3A 2EKCA 1TPFA 1QO5A 2QF7A 1VPXA 4AWUA 5LKYA 2YYTA 4RLIA 3DHFA 3IV3A 1F73A 1FCQA 3W7PA 5K4ZA 1EIXA 3QQ1A 1GWJA 4UTIA 5KITA 4CNPA 3NL5A 5D05A 3LM7A 4PEKA 4JTSA 3WJYA 1LRQA 4O4WA 3MHGA 3TQ0A 3ZFHA 3NPXA 4XUGA 4ZQMA 3W7IA 3AO0A 3LHVA 1PVNA 4E0CA 4R33A 4H6KA 2WJZA 1R47A 3N9SA 3DGRA 1FCUA 1E51A 1NFBA 1WAUA 1RR2A 3SI9A 2VEKA 2W79A 5DLCA 4H3DA 3PBWA 4FIQA 4JS3A 3NG3A 4RK8A 4RXFA 1D3HA 4NZFA 2YPIA 4N6EA 3LTPA 4QITA 1YLVA 1PIIA 3LCXA 4K8HA 4MY9A 1VYRA 2O7QA 2ZTJA 4GJ1A 4OQVA 1GG1A 1WBJA 3NQGA 1OYCA 4CCDA 1R2RA 3UNDA 4FIRA 5K9DA 3W7KA 3P8IA 3GDTA 3O06A 2EPHA 2X1TA 5EPDA 3S1UA 1W5MA 5I3KA 4UNKA 2F7FA 3E02A 4XKYA 3GZ3A 2VFDA 4NNCA 4OGZA 4EIVA 1SFJA 3IGSA 2A6NA 1JUBA 4ORMA 3MWAA 4FNQA 5G4WA 4O28A 4O0KA 4DPQA 4A29A 2B7QA 3IGXA 3LBMA 4P2VA 3LI0A 4O17A 3HOJA 1QO2A 3EX4A 4IUOA 3H53A 5C54A 4MJMA 1JRCA 3GXPA 1Q6OA 4XKYB 3M5XA 4GUFA 4Y9AA 2JKPA 1PL9A 2C16A 2ZQ0A 4OE7A 3TC7A 1TIMA 1Q45A 1UB3A 1SO6A 3LV6A 2NX3A 2ZA2A 4X22A 4JIPA 4JY8A 2J24A 3BO9A 4IMGA 5CPOA 3EX1A 2X2GA 4UFIA 4B5NA 1ZY9A 4CCCA 3JR2A 4QJ1A 3PAJA 4RKAA 4FHAA 1AW2A 4YCPA 3KVMA 3I7RA 1ZALA 4N6FA 4IX2A 4OBTA 3S5OA 2BWGA 2C1HA 3UYCA 2WNNA 1F5ZA 1ME8A 1N8FA 3P5YA 3PSVA 2QCDB 1SO5A 3OHIA 5T26A 4O4VA 2DZUA 3TMLA 1QOPA 1W54A 1VCVA 1LRTA 3Q58A 1MEHA 1IXNA 1KM6A 2QEZA 5CZTA 1OK4A 1LORA 1A50A 1KTNA 3C2EA 1DBTA 1VRDA 4GUGA 4IMEA 3BG5A 3GX9A 5D2TA 2VEMA 3PUEA 3W84A 1XM3A 1NF7A 3S1WA 1MXSA 3L5MA 4NT0A 3NVTA 2A7RA 1ALDA 1YTEA 1QPNA 4LW7A 1O60A 4DQWA 1C29A 4Z0JA 3O16A 4A2RA 1XDLA 2NX1A 5DCBA 1QPOA 4FEZA 3GDLA 4QQ3A 1FBAA 3ABSA 5D2WA 1KTBA 2X16A 1BEUA 4UXDA 1UJPA 3YPIA 2OMAA 4UTTA 3I7QA 1G4EA 1CI1A 3WJSA 3BLIA 2NV1A 5AHIA 3LHYA 4O11A 5DBUA 3LDVA 3W7NA 1PHWA 1SSGA 3R13A 3RLVA 1FUYA 1LBLA 5FF0A 1QCWA 3Q37A 4A21A 2V2CA 2GVGA 3DZ1A 1YDVA 1VHCA 2PRMA 2CZEA 2Q3RA 3NL6A 3EWXA 3W7OA 5EMUA 2QCNA 3TKFA 5A8GA 3SSJA 2QDGA 2WPBA 4RJEA 4R7JA 1H63A 3KRSA 3DENA 1DHPA 2GOUA 1SR9A 3CPRA 4Z1CA 1P5BA 2DJLA 4DF1A 3SFKA 4WOZA 1OYBA 4K7YA 4TR9A 2CWNA 2GQ9A 3U6WA 3HGSA 3QMTA 1TV8A 1HG3A 4XBKA 4A22A 3C2VA 4LVAA 3Q2DA 4UIOA 5G2WA 1I8JA 3Q94A 2NXGA 3W76A 5F4WA 4LUIA 3HGRA 3T78A 1JCYA 1GQNA 4O53A 1HTIA 4UMAA 1ZAIA 3C0JA 3GKFA 2G5WA 2ZRVA 3HIJA 5CG7A 2WKJA 1WA3A 4N2YA 3VNDA 2YGYA 4X2RA 4RXGA 3W75A 1A5SA 1M5WA 4NJKA 3M7WA 3TSBA 3RNDA 3W23A 2X30A 2ZFAA 1AL8A 3W7HA 2X1RA 5I3FA 5L9FA 4TMBA 3EWUA 4JDBA 4W9TA 2ZTKA 2R8WA 2PRHA 3QC3A 3PG8A 2XN2A 3T4CA 2ZDRA 3P80A 3NZRA 3GR7A 4FNRA 3ZWTA 3FEMA 3GDRA 1OG0A 3ELFA 1ZFJA 5D37A 5LGXA 1OHLA 4BI7A 1J4EA 3H54A 4NNAA 1X1OA 3P60A 2WNZA 4P61A 1TPVA 4JTFA 4O14A 3N19B 1D3GA 1L6WA 3QRHA 4PFMA 3HBLA 3UQNA 4KWWA 3NQ8A 2FPTA 4IJBA 4I7WA 1THFD 3QJAA 4BK9A 4JEQA 3CWOX 3DI1A 4J9JA 4UTJA 1W5NA 1O94A 1MEIA 4KWVA 4NUWA 1KM2A 3OVRA 1BWLA 1KBJA 4HNUA 5FEWA 3HG2A 4O1AA 1FXQA 4RV8A 4LS2A 5D32A 4Y96A 1WOAA 1G69A 2ISVA 3NR0A 1EB3A 2X1SA 4QNWA 1GVRA 1W0MA 4N4PA 2FQIA 3P7YA 3KXQA 3G18A 3DU0A 3L0NA 4HSOA 3HJZA 1T96A 3PY2A 5J5DA 3NM1A 1K7FA 2UV8G 5G1TA 3B0PA 4X3ZA 3DFTA 4QIUA 3V75A 2I9EA 3FA5A 3F4WA 1UBSA 5AFDA 1VCGA 3QMRA 2ZRWA 1KM1A 2FB2A 4MUZA 5HQEA 4E38A 1LRNA 1JUKA 1RQEA 3TQVA 1GOXA 4O8RA 2VFIA 5AHEA 3S5NA 2R91A 2BSLA 1O5XA 1K02A 4H4IA 1SQ7A 4O1BA 3CHVA 1MO0A 1PCKA 3NL3A 5I3IA 1A53A 3UWWA 3UWVA 2Q8ZA 4ZZ9A 3UZJA 1SFLA 3NQVA 1OF8A 3VE7A 3B0VC 2TPSA 1H5YA 2RH9A 1YTKA 2YFOA 3NYZA 4ZQOA 5LNVA 1QDSA 1TPEA 3G3MA 2PRLA 4PL2A 3IIXA 1JCJA 5G5IA 4HN4A 4HT3A 1XC4A 4KFOA 1R2TA 3HF3A 3W7JA 3IIPA 3DKJA 3PR2A 1AMKA 1GVSA 4O15A 4DXVA 3QF0A 1JCLA 5EL1A 1QOQA 4UTWA 2QCGA 1VHNA 3VCRA 1G7UA 3QM3A 5G1YA 1TV5A 2WNQA 5HNRA 2VFEA 2WSQA 5AC7A 4K6AA 3S8HA 1TCDA 2CW6A 1GZGA 5FI8A 3M5ZA 4UFMA 3BARA 5KINA 2QCLA 1H50A 5D04C 5DXXA 1OVDA 4E2DA 4OHQA 1G4SA 1X8FA 2H3BA 2JGYA 2X1UA 2Z0IA 4WY0B 1FXPA 1NF0A 3CQ0A 3MMTA 4AXKA 3EXTA 1PS9A 3LXBA 1KV8A 4LC6A 3O07A 3R2GA 2QCCA 3IGUA 1YPIA 1H61A 1ML1A 3L2IA 1Z41A 3FJLA 3LOTA 5AHLA 3TJXA 4WXYA 4K36A 3L9CA 2NWRA 3AJXA 4JTHA 5K9XA 1LCOA 5AC8A 4MVAA 1ZJIA 2QAFA 1B4EA 4LS1A 2GJLA 3TFCA 1F74A 2WO5A 3MJYA 2AQWA 4HSNA 2QCEA 4KFNA 4AWTA 1XI3A 3PUDA 4JGDA 1G4TA 5HINA 2V2HA 2PE4A 4N9BA 3PBYA 3N3MA 4RZ5A 2GJNA 4K37A 1JR1A 3KRUA 1K8ZA 1OJXA 2J9ZA 1SW7A 2JBMA 3CC1A 4GNJA 4JTGA 4DPPA 3EKZA 3QEZA 3R8RA 1LOQA 4UNLA 5LGZA 2VXNA 2RHGA 3TAKA 1AL7A 4MIMA 3KRZA 1DOSA 3PVFA 2ATMA 1XBYA 3KX6A 3MHFA 5D38A 1FDZA 3MO7A 2XFWA 3EEGA 3M5YA 3D0CA 1C9DA 3LBCA 3TW7A 3T40A 1X1ZA 1S3HA 3TSDA 5DCDA 1JQVA 3QPYA 2DZSA 4CQ9A 2LLEA 4DF0A 4LVGA 4YWIA 3R5EA 3MP3A 4RR4A 2VENA 4DBEA 3NQ6A 4AB4A 1SW3A 1QR7A 3UWUA 1EA0A 1SO4A 3LB0A 1YADA 4K39A 3DKLA 5FF2A 4ZVJA 3TE9A 1LOLA 3LTSA 1ZAHA 1TPWA 3QFEA 4GUIA 3DFNA 4UTUA 2NUXA 3WJZA 1WV2A 2V9DA 4PTNA 2V82A 4IPJA 1JQXA 4LVDA 1IIHA 3LERA 3LLDA 2D73A 2QR6A 4UR8A 5AC6A 3W2MA 5KZMA 4JTUA 3QPZA 1DVJA 3EXRA 1KM4A 5HR7A 3LX9A 1RVGA 3PBUA 3M9YA 4JN6A 4UTMA 3L65A 2ZBTA 2Y7DA 5CPNA 3LV5A 3RMJA 1EWEA 4HKPA 3MBDA 2ZZ3A 7TIMA 1CX9A 3DI0A 1RZMA 1B57A 1FY6A 3A24A 1T8XA 2YFNA 3BV4A 5KZEA 2E6AA 3UPWA 3TX9A 5I3GA 3L68A 3ATYA 3BW2A 1EUNA 1G67A 5EKYA 1TB3A 4O1CA 3C4UA 3W85A 1VYPX 3VE9A 1SZGA 4WXZA 4LC8A 4RZ4A 3E9AA 1DORA 1K3UA 4O54A 1ME9A 3H55A 3LCWA 3A5VA 1L2UA 2B7PA 3UZ5A 5G2HA 1U83A 1KV5A 5AYXA 4XWUA 2CZFA 3PF3A 4TIMA 1PV8A 3T7VA 1T99A 2RFGA 2ISWA 3U8GA 2BXVA 3TCEA 1B4KA 3DH7A 3BVJA 4UFJA 2A7NA 5TBOA 1ICPA 4M7TA 2E6FA 2V5LA 3W7EA 5MHBA 3HO8A 3LHUA 4NX5A 5CPLA 5F1VA 2RDWA 3WK2A 1G7VA 1KLZA 3VKJA 3I6RA 2CLEA 2E5DA 4OU1A 2ZZ7A 5C55A 3B8DA 5DELA 2GPTA 4HPJA 4Q4KA 3IEBA 1KTCA 1GYLA 1GPWA 1W56A 5DN1A 5L6UA 1LTDA 4NXSA 1VCFA 2NLIA 1LLWA 3MUXA 3NPUA 4JTEA 4YXGA 1KFLA 4ORIA 4Q32A 3WK1A 3A22A 1TSIA 2A85A 3CU2A 1VLWA 2Y7EA 1KFBA 1K7EA 5LNWA 1I4NA 1TTQA 2C18A 4JICA 4M7SA 4YCOA 1GVOA 3STGA 3TFXA 4QISA 2DZXA 3MI3A 4AF0A 4BI5A 5AHNA 1MEWA 1M7PA 2FJKA 2G95A 3O8AA 4AMAA 4POCA 4LU0A 3P61A 2V0TA 1VH7A 1H7XA 3CLMA 1ICSA 1H60A 3M5VA 1SSDA 3SGZA 4IQLA 3T55A 3HMJG 1JCMP 5D2VA 3TSMA 2NV2A 3L0KA 2GVLA 4ADSA 1BKSA 3G0UA 4IPIA 1JRBA 3FYPA 1UCWA 1R2SA 1BWKA 2H8XA 2EHHA 2JKAA 1F76A 5KSWA 3EX6A 3M47A 3S42A 1MSSA 4ZQNA 3P8JA 4UTTC 2QCHA 3EB2A 2NUYA 1OFAA 3BK0A 2DZTA 2QCMA 1LBMA 5F2LA 4WZHA 5SWUA 4AHOA 2YDAA 4LNYA 1LROA 1ZAJA 3TXZA 4N9CA 3DAQA 3TROA 3G22A 1KM3A 3GLCA 4I7VA 4G1KA 4Z1DA 3C8FA 1LP6A 5F2IA 3PBVA 4WOQA 4CQ8A 4LTSA 3NO5A 5HMSA 3WJXA 3C3NA 3PULA 5DCEA 3N2MA 3JRKA 2NWSA 2QAPA 3OEXA 3LCHA 3UWYA 2WOQA 5E1QA 2VFFA 2GQ8A 1LM1A 3GAKA 3QYQA 3W72A 3W1QA 4Y6GA 1TPB1 3PUOA 4MPQA 1NVMA 1W5QA 3LHZA 4LUJA 6TIMA 5BOOA 1Q3NA 4UMBA 2YYUA 4XTIA 5DY3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ONR A;  1WBH A;  3WBE A;  1XYZ A;  4M82 A;  1KFE A;  4HA3 A;  4Y8F A;  2P50 A;  4MLJ A;  3WK0 A;  1S1R A;  4K68 A;  2HS8 A;  4Q8M A;  1N7K A;  2DZW A;  1DL3 A;  4PMD A;  3FIG A;  4KCU A;  3KBM A;  4OEC A;  1U5J A;  1HJS A;  1UUQ A;  4WQ6 A;  3L5L A;  4AH7 A;  3T4W A;  4H01 A;  3ZXW A;  5IBX C;  3GAY A;  1XRS A;  4LSB A;  3RR4 A;  3K5X A;  5A6M A;  2WMJ A;  4PUD A;  3VGE A;  4LB3 A;  3RCY A;  4QS6 A;  4XQ6 A;  3MVI A;  4MFD A;  4OWG A;  2WCG A;  1BF2 A;  1V0N A;  3QV9 A;  5FAC A;  3WNP A;  1JGM A;  1PUD A;  2RDT A;  4I9T A;  5CAH A;  3AMD A;  1ODZ A;  1ZBK A;  3LMY A;  3M0L A;  3FHA A;  5BRO A;  1W1B 1;  5E6Z A;  2J7C A;  5CAK A;  4IIS A;  4DJD A;  1M01 A;  1UD5 A;  1XLH A;  3RRA A;  2JIE A;  4JFS A;  2E5B A;  4WEV X;  3G1D A;  1CXI A;  3MC5 A;  1GYN A;  4C6B A;  4IJC A;  3LGG A;  4BF7 A;  2CLL A;  2A3L A;  2VGF A;  3A9B A;  1XLA A;  3VNL A;  4NZ5 A;  3M6D A;  1UIP A;  1AW1 A;  5I0D A;  4PMN A;  3V1H A;  4LYR A;  3LRM A;  5LA0 A;  1M3U A;  3HG3 A;  3IVT A;  2R14 A;  1FH8 A;  3NXF A;  1XYM A; 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 2DUX A;  5CPO A;  5FCZ A;  4YTR A;  3KBS A;  2ZAD A;  3ZVH B;  2DSU A;  5DRC A;  4LGX A;  4HPN A;  4PMQ A;  4RKA A;  3ARS A;  1AW2 A;  1T40 A;  3GH4 A;  4GYF A;  1ZAL A;  4OBT A;  3WQE A;  3QBU A;  2P53 A;  1A5K C;  2BWG A;  1K9E A;  1TE1 A;  2W91 A;  1F5Z A;  1OC6 A;  3PSV A;  3AWN A;  2RGL A;  4J4K A;  3IAR A;  1PKY A;  4WSH A;  5T26 A;  4L9X A;  4ZGY A;  5D4Y A;  4B91 A;  3B9O A;  1QOP A;  4Z2H A;  3QN3 A;  1W54 A;  4F9D A;  4L65 A;  1NTH A;  1X96 A;  2POZ A;  2HBX A;  3R0K A;  1DBT A;  4U10 A;  4IME A;  5D2T A;  1XM3 A;  3S2N A;  3S1W A;  3EA3 A;  1YTE A;  3WD3 A;  3BXW A;  5I23 A;  2POT A;  4Z0J A;  3WL0 A;  5FL0 A;  1UW9 A;  1XS2 A;  1QPO A;  4FEZ A;  1FBA A;  3SY8 A;  1XRT A;  4WGH A;  4KWO A;  4UXD A;  1UIO A;  3IJ7 A;  3KE0 A;  3LNP A;  4ZXO A;  1CI1 A;  3ES8 A;  3WJS A;  3GG0 A;  2NV1 A;  4QE1 A;  5AHI A;  3LHY A;  2WHJ A;  4XSM A;  2WC3 A;  4IFK A;  4C90 A;  2XIO A;  4YVV A;  3R13 A;  3PNZ A;  3C86 A;  1QCW A;  3Q37 A;  1YDV A;  3NL6 A;  2Q3R A;  3SN0 A;  2QCN A;  5A8G A;  3QYS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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