2GQAA

Structure of nadh-reduced sye1, an oye homologue from s. oneidensis
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
TQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords oxidoreductase, FMN-binding
publication title Ligand-induced conformational changes in the capping subdomain of a bacterial old yellow enzyme homologue and conserved sequence fingerprints provide new insights into substrate binding.
pubmed doi rcsb
source organism Shewanella oneidensis
total genus 132
structure length 364
sequence length 364
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2gqaA00
1I8JA 3DBPA 4O1DA 3LRKA 1U83A 3HOJA 5KSWA 1SSGA 2O7SA 5D2XA 4GNJA 3HF3A 1HO1A 4XBKA 4RV8A 4JYEA 4Z0JA 3W7MA 3TA6A 2NWSA 1OABA 3KRUA 3N3MA 3JR2A 1MEHA 4UMAA 3W87A 5D2YA 4M6VA 1VLIA 3CPRA 3KVLA 5DXYA 4JS3A 4BI6A 4P2VA 4BWLC 4AMAA 1HG3A 5F2LA 3M16A 2ZTKA 3BPWA 3S1UA 4M6PA 4ZMGA 2VFEA 2ABBA 2BTMA 3LX9A 3NVTA 1G4PA 4LS1A 1YADA 3W07A 3JRKA 2OCZA 5AC8A 1PVNA 3STEA 1W5NA 4K8EA 4N2YA 2DZWA 3M1ZA 4MVAA 1JQVA 1X6UA 4UTTC 3VKJA 2HSAA 4NVTA 4C1LA 4O17A 3QYQA 3ABQA 1OYBA 3B03A 1F2JA 4WD0A 1FCVA 1OF6A 1YXCA 4MIMA 3LV5A 3W73A 4JTHA 3G1AA 3GDTA 3V75A 1IGSA 1LORA 8TIMA 4LVBA 3G1VA 1FWTA 3EX3A 4TIMA 2ZRUA 4LUIA 3QFEA 3LCIA 4A2SA 1KFJA 2DJXA 1F5ZA 2ISWA 1W5PA 3NNTA 3QM3A 4PL2A 1GOXA 3VFLA 2CWNA 1S5WA 2ZZ4A 3IIPA 2AQWA 4KFOA 4O18A 1BWKA 5D02A 5IM51 4UTWC 2Q8LA 2J9YA 5LKYA 1H7RA 4R7JA 2EGZA 5LNWA 2FJKA 1HUVA 4RR4A 5I3KA 1YPFA 1NFBA 2NUYA 4CQ8A 3QJAA 5HQEA 4O4VA 3P8IA 4RLIA 2X1SA 3PSWA 1FUYA 3C2VA 4GRSA 3W2NA 1KM6A 3FEMA 1TCDA 1TPUA 2QCGA 4XQ6A 4MZYA 2WSYA 4FNRA 1GWJA 1PV8A 1KBJA 1KV8A 4JDBA 3INPA 4XTDA 3W7RA 5AYYA 3PG9A 3FFSA 3GR7A 2YGYA 2B7QA 3TJXA 3UD6A 4LVAA 1SW7A 3EKLA 2A4AA 4X3ZA 1JULA 4OV4A 2PRLA 1UB3A 3RF9A 3L66A 1N55A 4TMBA 3PF3A 2NUWA 1I2PA 3QF0A 4N02A 4WJEA 2B7PA 4DPQA 4ALDA 3BLFA 2Z0IA 5D2TA 3TKFA 2VFGA 1G67A 1FWRA 3USBA 3TUUA 1K7XA 3E12A 1H1ZA 1DJNA 2ZDRA 4HT3A 3GVGA 3TMQA 4JIPA 2W79A 3U2OA 4WUIA 4JTIA 3ATYA 3SW6A 1VYSX 3O05A 2DZUA 3M41A 1SR9A 3GDKA 4FIRA 2E68A 1F7BA 4HN4A 4IUOA 3C2RA 4WY0F 1ADOA 1I2QA 2P0OA 1JR1A 3GYEA 3L21A 3TE9A 3IGUA 1KFCA 2CLLA 2F7FA 2GPTA 1EUAA 4CLMA 5G2HA 3LCLA 4O1CA 4AHOA 1SO4A 4GFSA 1KM5A 4NZFA 4PH6A 1VHCA 3PULA 3TW6A 1W1ZA 1DBTA 5LZLA 2FTPA 1TB3A 3BK0A 3KHJA 3LHTA 1TQJA 4WX2A 5CKSA 5AN7A 4DO5A 3O15A 3SGZA 3NQAA 2OMAA 4Y90A 1WBJA 1DQWA 4JX4A 1D9EA 3PVFA 4GE8A 4ZQNA 1QOPA 5CZSA 2FPTA 2BLEA 3GDLA 3BLIA 4JDYA 4AF0B 4MLJA 4M5PA 5GVJA 3M9YA 2QCDB 4NXKA 1KBIA 5BMXA 1O94A 5HR7A 2BX7A 2VENA 3O6CA 5D37A 1OG0A 1GVFA 4RX0A 1TSIA 2RKXA 5K9XA 1W5MA 5FEPA 1TRIA 2CW6A 2EHHA 1FDJA 2YYTA 2Y63A 4FNPA 2ZZ2A 3FJLA 3B05A 1RD5A 5F4SA 1N7KA 1YTEA 2OX1A 4HNVA 3G8EA 4GWEA 3SSJA 1B3OA 5F2MA 1X1ZA 3SGUA 1XXXA 3M0ZA 1RV8A 5KINA 4CNPA 1H1YA 1W3NA 4ICNA 3DI0A 3EEGA 3GXTA 2Y7DA 3W7CA 3H54A 3M5YA 2H8XA 4KWWA 4ZQMA 2HTMA 2XN1A 1MEIA 1SW3A 2ZA3A 1ML1A 2YW4A 1FDYA 2VELA 2CZFA 3QMSA 3O8AA 1A5SA 2VXNA 3LERA 3W75A 4K37A 4NUWA 3MO7A 1YXYA 3S1VA 1MZHA 3G22A 5AHFA 1R46A 3KX6A 2QDGA 1IXOA 4IMCA 2ISVA 3W1XA 1KV5A 3O6DA 1PL9A 4FEZA 1XCFA 1LCOA 1QPRA 1SO3A 3EWUA 2UV8G 3VE7A 4DEFA 3KVJA 1FXQA 1ZAJA 1W37A 1EWDA 3LXBA 3P5ZA 1KFBA 3E9AA 4Z1AA 3HGSA 3ZFHA 3L0KA 3UYCA 3E02A 3W85A 1Q6OA 2G96A 5EA9A 4OQVA 4QJ1A 1YPIA 4UTKA 5F4WA 5LGZA 3KAOA 4NNAA 5HMSA 3QQ0A 1YTDA 4AF0A 4E38A 4LOCA 4ZZ9A 3NQCA 3LTYA 1W3IA 5EL1A 2QCDA 1F74A 3SZ8A 2ZBTA 4GUJA 3SR7A 3A21A 1SW0A 3I6RA 3LTSA 1F6KA 1O60A 2H8ZA 3MWAA 2NUXA 1L6WA 3CHVA 2GQ9A 3EXSA 1AW1A 1EUNA 5MHBA 4O54A 3RMJA 5HUOA 1VH7A 5SWUA 4DXVA 1IIHA 4JTEA 1MXSA 2ZFAA 4TMCA 5I3IA 2ATMA 3O63A 3M7WA 3NQEA 2RHGA 1I2NA 1K8XA 4IQLA 3W7HA 3F4WA 3TC7A 3LCGA 2EF9A 3W7DA 3LCWA 3LOTA 3Q94A 5D2WA 1H60A 3G8RA 3EX2A 3GKAA 2YXGA 1J2WA 3I68A 4K7VA 4UMBA 2TMDA 3MYPA 4I7VA 1QWGA 2DZTA 2J6XA 4NJIA 3CWNA 1XUZA 5F2GA 3BO9A 3S42A 4EIVA 4RJEA 3U6WA 5D30A 4AH7A 3M47A 1DKWA 3E49A 1WX0A 2A7PA 3L5AA 1Q6QA 2YW3A 3KRSA 1JCXA 1GTHA 5KZDA 2PE4A 3QW3A 1TPC1 4M7SA 4RXFA 4POCA 3W2JA 2YFNA 1G69A 3TCEA 1W0MA 5KZEA 4MYAA 3UWUA 3GIYA 3IIZA 2F84A 2A85A 3BW3A 4NQ1A 3N73A 5BW6A 3CWOX 2A6NA 3ATZA 5DN1A 3PG8A 3UWQA 2ZCGA 2RDUA 2TSYA 2A21A 4UR8A 2B0MA 4WXYA 3WK3A 1NF0A 2WKJA 3O16A 3UPWA 1SSDA 4O0KA 1HL2A 4FX8A 2ABAA 3W83A 3W1QA 5AOUA 1IF2A 4IXXA 1O5KA 3QRHA 4UTIA 5G1YA 5K4XA 1JCJA 3P62A 1SZEA 3GAYA 3HO8A 4ORMA 4C1KA 5BMWA 3UWVA 3B0PA 1EP3A 3IEBA 3WJSA 1GG0A 3DH7A 4FO4A 3BG5A 1FX6A 3C2FA 4FXRA 5HJLA 4MY8A 4S1FA 4JTTA 5U7SA 5F1VA 4UXDA 1GYLA 1WYIA 4Z1CA 1FWWA 1TTJA 4NZJA 2CLIA 5TIMA 4UTMA 1ZNNA 3I7SA 4JXCA 4HNTA 2C1HA 4LW7A 4MPQA 4UNKA 1H7OA 1WA3A 4GUFA 2AAMA 2Y62A 2FDSA 3OHIA 3HG4A 4O12A 3UXDA 6TIMA 1DV7A 1TV5A 4WQ6A 4GUIA 3C3NA 3BG9A 3HPZA 1Q3NA 4MOZA 3TV8A 1OFEA 1JCLA 4UFJA 3MP4A 5G2IA 4FXSA 2NXHA 3R2GA 1XFBA 3LB0A 2PCQA 4LUJA 5J5DA 3W2KA 1G6CA 5C55A 1WV2A 4G1KA 2WQPA 3QSRA 2EAWA 1QPNA 1FXPA 4LU0A 1I4NA 4LT9A 4HHPA 3TFCA 2G97A 4JX5A 1YDVA 1GG1A 2ZTJA 2WPBA 4NJHA 4O16A 1BEUA 4JY9A 2ZQ0A 3DFOA 2V82A 1BWLA 5AFDA 4N9EA 3S9YA 1GVRA 1DHPA 2V5LA 3LDVA 3ZR4A 3LCFA 1TPEA 1SUXA 4Y96A 2A0NA 5CSSA 5HNRA 2V2DA 3NQDA 4JTGA 4X22A 3LXCA 4AAJA 3TR2A 3I65A 5DY2A 1LBMA 3TW7A 1KW1A 3HG2A 2ATSA 2GQAA 4N4QA 4I9AA 3THQA 4XKYB 1PHWA 1T0OA 4A22A 4QAIA 3W1LA 3GZ3A 3NDOA 1LM1A 2ALDA 3P74A 4EVZA 1V5XA 4IX0A 2IQTA 3U8GA 2H3DA 3TIMA 2NXGA 4LV9A 5DLCA 3MHFA 3TK7A 4N6FA 3EX4A 3QH2A 4MJMA 4UFMA 4LV4A 1OFOA 1H62A 2CLOA 1X1OA 3MJYA 3LLFA 5HULA 3NL2A 4RZ5A 5AHLA 3M5VA 1VJIA 3UWYA 1OFAA 4OBTA 2QJGA 1G4EA 2Q8ZA 3W88A 3STCA 3KXQA 1XDLA 1ICQA 5G2WA 3W71A 2DZVA 1H63A 3T44A 4CQAA 1TO3A 2ZRVA 3W7QA 2FB2A 3O06A 4BFAA 1QO2A 3WK0A 2O7QA 3G1YA 2GQ8A 2X2GA 4JTJA 5FF0A 3CM4A 2V30A 4RZ4A 5AYZA 2V2HA 3P8JA 3PUOA 3IIOA 5C6MA 1SO6A 3A5VA 5EMUA 3CT7A 4JN6A 3VCRA 4PEKA 2DORA 4CQ9A 1E51A 1YDOA 1R2SA 3TSDA 3LRMA 1TPH1 2VEIA 3GLCA 5EKYA 1QDSA 2A7RA 4ZVJA 4I7WA 2QDHA 2H3BA 3DFNA 3CQ0A 1EEPA 3NQ7A 4K38A 4AEOA 3W7JA 4I7UA 4N9BA 5CPLA 1W8SA 4FF7A 1VCFA 1RQEA 3I7RA 6ALDA 2J88A 4H6KA 2QUVA 3W6YA 4PODA 1T8XA 1WOAA 4XKYA 3NAVA 4LVGA 3NPUA 2P10A 3O1NA 3PY2A 3L5MA 4IJBA 3PBUA 3GB6A 3Q2DA 3W9ZA 3TQ0A 2A2IA 4IX2A 4WXZA 1YYAA 3DFTA 1P1XA 2A5HA 4PA8A 5BRBA 2VEPA 3G3MA 3GDRA 3G0UA 1KFLA 1KM0A 3DXIA 2E09A 3PC0A 3S5ZA 2YYUA 2E5BA 4JGDA 5FF2A 3TQKA 3WJZA 2E5CA 2JKPA 3P60A 1Q6RA 4OV9A 4A3UA 5KMYA 3WJXA 3PAJA 1PHQA 5D2VA 2E1DA 2DZXA 1XKYA 4OHQA 4NXSA 1KFEA 2X1RA 1M6JA 4WY0B 2CLKA 2ZZ1A 1IXQA 2Q3RA 1K7EA 4HKPA 2Z1BA 1A53A 3LXAA 1OK4A 2TRSA 5K9CA 4MZ1A 1AMKA 3MI3A 3HGJA 1KM4A 3M5XA 3QMTA 3RK8A 3FLUA 1VCVA 3EB2A 3NPVA 1RQBA 3UWWA 2QEZA 1XL9A 3FJ6A 3K30A 2QJHA 4A21A 1F73A 3G0XA 1W5OA 1DORA 3N2MA 1GQNA 4W9TA 3W22A 4AB4A 1UJPA 2ZA1A 3IIVA 3ELFA 1ICSA 3M44A 2WNQA 4N4PA 1G7VA 3PBWA 4IPIA 4TU1A 1PS9A 5TBOA 2OT1A 3MMTA 3EWBX 2Z6IA 4GUGA 2P1FA 1R47A 3G1FA 3PSVA 4Z1BA 4ADSA 4JYDA 2CLEA 3H55A 4FNTA 4O1AA 4KKXA 3LV6A 2J24A 1NEYA 1VYRA 3NA8A 5C5YA 2V9DA 4JICA 3W23A 1CX9A 1TV7A 3P5YA 2XN0A 1GT8A 2WV8A 2VOMA 5EYWA 3MW7A 5FF7A 2C3ZA 3CB8A 5L6UA 4DELA 5E0KA 4FB7A 1S5TA 2GUUA 2R94A 2HS8A 4QNEA 4MLRA 4MKNA 4ML9A 1UBSA 3DU0A 3B06A 2GVLA 2QAFA 1VHNA 4FHAA 3IRDA 2Q3OA 1EP1A 5T26A 4CCCA 1TMHA 2NV1A 1M5WA 3LBCA 3TH6A 4O0ZA 4ONVA 1IXPA 4AWUA 3C61A 4LVDA 1CW2A 2FPYA 1RQHA 2NLIA 1GPWA 2ZZ5A 1OHLA 2I14A 3EWZA 3HJZA 4HNUA 4UUIA 4OE7A 4LVFA 4YCOA 4WY0A 3RLVA 4NJGA 4AVFA 4BK9A 4FNSA 2ZA2A 3NXFA 3NM3A 1EWEA 1WXJA 3LI0A 3NZ1A 1F6PA 5D32A 4IOTA 4MFDA 1SQ7A 2BSLA 4K39A 4HSNA 1LLWA 4HSOA 2FIQA 3PB2A 3S8HA 3WFAA 3NQ6A 4EF9A 2VFHA 1IXNA 1I2OA 5LHEA 3W1RA 1FY6A 3OEXA 1Q45A 3G3DA 1Z44A 1TIMA 2TYSA 4O57A 5DXXA 2C15A 1ALDA 1QAPA 1EPXA 4LY8A 3E96A 1H7NA 3W86A 4LRSA 4BWLA 3W7LA 1AG1O 4K36A 3MI2A 3HPXA 4UFIA 1G4SA 5CGQA 3EX1A 3HB9A 5AHEA 4TO8A 2CZEA 3IVSA 3FIGA 3PBVA 1V7YA 2GJNA 1DQXA 3FYOA 1CI1A 1FDZA 1TJRA 1ME7A 2Y7FA 1JQXA 1OFQA 3OA3A 2G95A 3PUEA 5AHIA 1F76A 2QCMA 5CSRA 2ZYFA 2QUTA 4UTTA 1LBFA 3M6YA 1TTIA 3VI2A 2ZRZA 3GKFA 4GJ1A 2WSQA 2ZRXA 2CZDA 3F1QA 1N8FA 1OFDA 2QKFA 3C4UA 3BV4A 1PCKA 4ZQOA 1SZNA 5CPMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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