1MQPA

The crystal structure of alpha-d-glucuronidase from bacillus stearothermophilus t-6
Total Genus 272
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
272
sequence length
677
structure length
669
Chain Sequence
AGYEPCWLRYERKDQYSRLRFEEIVAKRTSPIFQAVVEELQKGLRSMMEIEPQVVQEVNETANSIWLGTLEDEEFERPLEGTLVHPEGYVIRSDVDDGPFRIYIIGKTDAGVLYGVFHFLRLLQMGENIAQLSIIEQPKNRLRMINHWDNMDGSIERGYAGRSIFFVDDQFVKQNQRIKDYARLLASVGINAISINNVNVHKTETKLITDHFLPDVAEVADIFRTYGIKTFLSINYASPIEIGGLPTADPLDPEVRRWWKETAKRIYQYIPDFGGFVVKARPGPFTYGRDHAEGANMLAEALAPFGGLVIWRCCQQDWRDRTTDRAKAAYDHFKPLDGQFRENVILQIKNGPMDFQVREPVSPLFGAMPKTNQMMEVQITQEYTGQQKHLCFLIPQWKEVLDFDTYAKGKGSEVKKVIDGSLFDYRYSGIAGVSNIGSDPNWTGHTLAQANLYGFGRLAWNPDLSAEEIANEWVVQTFGDDSQVVETISWMLLSSWRIYENYTSPLGVGWMVNPGHHYGPNVDGYEYSHWGTYHYADRDGIGVDRTVATGTGYTAQYFPENAAMYESLDTCPDELLLFFHHVPYTHRLHSGETVIQHIYNTHFEGVEQAKQLRKRWEQLKGKIDEKRYHDVLERLTIQVEHAKEWRDVINTYFYRKSGIDDQYGRKIYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords alpha-D-glucuronidase
publication title Crystal structures of Geobacillus stearothermophilus alpha-glucuronidase complexed with its substrate and products: mechanistic implications.
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 272
structure length 669
sequence length 677
ec nomenclature ec 3.2.1.131: Xylan alpha-1,2-glucuronosidase.
pdb deposition date 2002-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03648 Glyco_hydro_67N Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A PF07477 Glyco_hydro_67C Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A PF07488 Glyco_hydro_67M Glycosyl hydrolase family 67 middle domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1mqpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1mqpA01
3.90.1330.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain Alpha-glucuronidase, C-terminal domain 1mqpA03
1PX4A 2Y4SA 1CXFA 2DSKA 3KZSA 1AQ0A 2O9PA 1E0XA 1JG9A 1UQZA 3SCTA 3CO4A 1VAHA 2WVSA 4GIAA 2W91A 3WDRA 3WUBA 1R7OA 1HKKA 2E8ZA 1GORA 1G5AA 3PZUA 1E6RA 3W81A 4PUDA 7TAAA 3M6DA 1E73M 2GFTA 1CENA 3U57A 3CBWA 1GCYA 6TAAA 5DMYA 2V3EA 5I77A 3AS1A 1PAMA 3VD5A 1J01A 3WUGA 1WDRA 3OLEA 5DT5A 4ATDA 5AY7A 2GJXB 3RJXA 1JZ4A 2DGAA 1ESWA 3S6TA 1BAGA 1VFUA 1ISVA 2DQXA 2WSKA 5BXRA 1X6LA 3AHTA 3DYPA 1XD1A 1EDTA 4U2YA 1K9DA 1HF6A 1VBRA 2ZICA 2DH3A 1UR1A 3VGDA 1TVPA 4J3UA 2CBVA 3WD2A 2GJXA 4LQ1A 1UD8A 4BCEA 1UWSA 3VIHA 1RP9A 3RJYA 2BV9A 3WD0A 4FMVA 3ARVA 5FCZA 2D3NA 1OT2A 5CSUA 1O6IA 1HVXA 1E1EA 4W88A 1V08A 1OSEA 1E6SM 3W6MA 3RMEA 3PZTA 1TG7A 1CLVA 1ISZA 2Y2WA 3WNKA 1CGUA 2FH8A 3VUPA 3T08A 2ZUNA 4B15A 2C7FA 3MSGA 4H8HA 4R5EA 3VD3A 3A4AA 1OWQA 3W25A 4GO8A 4W85A 1KB3A 3DECA 3QHOA 1LJYA 3OGVA 2ZX8A 4UR9A 2E9MA 1QOXA 4QLKA 1V3JA 1XD0A 3W38A 2IXVA 5D9NA 2XFRA 3GBDA 2WMGA 4U31A 1KWGA 3WDHA 4FK9A 2VI0A 2YL6A 1UR4A 3AMGA 1ZU8A 3ARQA 1V02E 5IXEA 3I3EA 2WXDM 3CUHA 1WP6A 4D6GA 2VZUA 3K4AA 4AC1X 1HT6A 3ZJ8A 3HJEA 1QBAA 1X6NA 1FP9A 4PMDA 2OLHA 5FKYA 4KRTA 4GQRA 2CPUA 3KL3A 2GUYA 1UR2A 2CETA 1FHLA 5CQ1A 2VX5A 7CGTA 4EANA 4GINA 2DDXA 1SR0A 2D22A 1RP8A 5CGMA 4U3CA 3T0BA 1JZ6A 5TD4A 2W61A 1G9HA 4D71A 4TX6A 2VVSA 1BFNA 4C91A 3CZLA 3VMNA 5A8OA 3CLWA 1QNQA 3NJ3A 3LPPA 4NF7A 1UA3A 5IFPA 1E3XA 1QW8A 4PMYA 2YLAA 2XYLA 1UR0A 4P8WA 1PIFA 1X1NA 1ISWA 1GW1A 4N0RA 5DF0A 2BY3A 3UERA 3A4WA 1OD8A 4D6IA 4YN5A 1CBGA 4ZE5A 3PZGA 3AYSA 3AMCA 3FY1A 5GPRA 3CMJA 4JL1A 2EPLX 2A3BA 1ISXA 2FDMA 4WKAA 4CGTA 1GOIA 1JIBA 1SYTA 5A6AA 3POHA 1SFSA 3W82A 1JYWA 3I3DA 1E5NA 3WQWA 2DH2A 2A3AA 4UQDA 3VNYA 3BMWA 2VVNA 4KGLA 1H0IA 2EJ1A 2O9RA 2WAGA 4A3YA 1XCWA 1JYNA 4MDPA 4CCCA 3UG5A 2D24A 3L4VA 1JZ5A 3ZSTA 3EMZA 4UOQA 3RM9A 2J47A 5A6MA 4CU8A 3ZQ9A 1V6WA 1C8QA 3WNLA 4PMVA 2VO5A 3CH9A 4UFMA 4W87A 1HIZA 2CNCA 3WUEA 3T2PA 5A6JA 4AIUA 3UEQA 1E4NA 3U5UA 3PZQA 3VOCA 2UY5A 3EDKA 3GDBA 2QF8A 5FOOA 3B9DA 3PTQA 2GSJA 3GH4A 2YBUA 1W1VA 3ZJKA 1GJWA 3SCUA 4M24A 1O7AA 1QNPA 5HDRA 2A3EA 4UQEA 3BSGA 4U3AA 3ZR6A 1JAEA 2CBUA 2ZXBA 1HL9A 1OGSA 3AHZA 1V6YA 3VIIA 4WIWA 5EFDA 2X0YA 4MPKA 3ARWA 1E72M 3WQVA 1UKTA 2VOTA 3BSHA 3RPMA 2XGBA 4QCFA 3VNZA 5JIWA 3CPUA 2FHCA 4N42A 2BHZA 3EMQA 1TMQA 4JHOA 4XUYA 3VU2A 1I75A 2ZWYA 1J0YA 4UQAA 1QI3A 1QVBA 3MUZ1 1GQJA 8CGTA 1Y7VA 2DSZA 3WNMA 3VINA 2WMIB 1EOKA 5BXTA 2EPMX 3OGRA 2PF0A 3F5JA 4JAWA 1BYDA 2E8YA 3CTTA 1PPIA 3MU7A 5GQBA 2ZUMA 3FXYA 1BPLB 1JDAA 1ZBCA 5CJ5A 3DYMA 3K4DA 2CYGA 5I5RA 4AD0A 2WMIA 2WB5A 4WSJA 4CU7A 3PZVA 5D9OA 1BVNP 1K6AA 1HJVA 1JXKA 2FHFA 2JIWA 3GXIA 3WDIA 3CGTA 2VQUA 3GH5A 3BAJA 1MW1A 3K1DA 1FH7A 2X2YA 2O92A 1OD0A 4PRWA 3CZ8A 2YL5A 4P8UA 2DPEA 5A6SA 1E40A 2XM2A 2WBKA 3PBGA 4IPLA 1UD6A 3AS3A 4X0VA 5JBEA 1UZ4A 2Z1SA 4AD2A 2UY2A 3WUFA 4HOZA 4U2ZA 3TTYA 1BTCA 4H7VA 2Q8XA 2BXZA 1JFHA 4L4OA 2NT1A 3FAWA 1E4MM 4PN2A 4M29A 5E6ZA 2VZSA 1MQRA 4LYQA 3PZOA 1JFXA 1VEPA 2EPOA 2VT0A 3T09A 4MAZA 2TAAA 4OBRA 5ABGA 3BCDA 3N04A 1V02A 5D4YA 2WKGA 4E8CA 2IUZA 3RO8A 4GO9A 3IAQA 2G8ZA 3CZJA 1IT0A 2DEPA 3WD3A 1H2JA 2VMFA 3HN3A 1C3FA 2PBOA 4XV0A 2XVGA 4ZE4A 1DP0A 3THDA 4B9ZA 1XRVA 1GNXA 2J4GA 2BHUA 2YA1A 4JFWA 3PTMA 1E55A 2D0HA 3MUY1 1MW2A 4HZ7A 1VRXA 2GK1A 5A8NA 3OB8A 2UWFA 1QHZA 4W5ZA 3NYDA 2X8RA 4LX4A 4OKDA 2DSUA 3WNOA 1ZBWA 5A3HA 1GUVA 3A4XA 2WHLA 5CGTA 3VMOA 4M80A 4QFUA 5A95A 4TTGA 1BF2A 1XHGA 5CPTA 3NDYA 2E4TA 1BLIA 1H5VA 2G3NA 5GNZA 3W29A 3BAIA 1ZBKA 2YDQA 2ZUWA 5FL0A 3JUGA 4WK9A 1UG6A 2A3CA 4NRSA 8A3HA 1W2PA 1W3LA 1W2VA 3CHDA 4D72A 4J3WA 4PCTA 4UCFA 4XB3A 3UESA 1KGUA 1UR9A 4OOZA 4Z2LA 1HX0A 1Q6GA 3SUTA 1CGYA 1LLOA 1XH2A 5M5DA 1JZ3A 2XJ7A 3AIUA 1GOMA 5A8QA 1V0LA 2C8NA 1WO2A 1H09A 1JZ8A 1EDQA 5E0CA 2WWDA 1E6QM 1UH3A 1OIMA 4MB1A 3K8KA 2AOSA 2WMHA 1C8XA 1V6VA 1HKJA 1JYVA 1EIBA 4K68A 3VDBA 5I23A 1J9YA 4CN6A 3O9NA 1XC6A 4F9DA 3WEOA 4PSRA 3VVGA 3M07A 3NSNA 2CHNA 1UH2A 1BGGA 3OLDA 3WEMA 1BYBA 2EEXA 1W1YA 1E1FA 1K9FA 3GNOA 3WBAA 4U5KA 1JZ2A 4HZ6A 4WJXA 2PB1A 5M17A 5I6SA 3WDJA 1KFWA 2D0FA 1A3HA 4IISA 2W63A 1TR1A 4GZIA 2VX6A 2DSVA 4BS0A 1DWJM 2NSXA 2UY3A 1I1XA 4EKJA 4F8XA 3PZNA 4UTFA 1UWTA 4OIFA 3WBEA 3AHVA 2G3JA 1H3GA 1ZJBA 1DHKA 4ACYA 5IDIA 4AZGA 2PWGA 1KBBA 4C7DA 4HZ8A 2EPKX 2BXYA 4AD3A 4S3KA 3OGSA 4M81A 4W86A 1IZJA 1N82A 1LQ0A 2VRKA 2ZUUA 2NW0A 4CCDA 2VNCA 5EFFA 1V6XA 3MV01 1ZB5A 3EYPA 1GVIA 1JL8A 5A2BA 1E4IA 4TVUA 4QLJA 2DIEA 2VUYA 4B3KA 1AQMA 3VX1A 2WK2A 1DWHM 1QI0A 4F79A 4MNJA 1HP4A 2J8GA 1UKOA 2FH6A 3IK2A 1CDGA 5HBFA 1CECA 3J7HA 4ZEPA 4EE9A 1R8LA 2ZUVA 3AZTA 1JDCA 1D3CA 1UUQA 2CXGA 3GH7A 4W7WA 2BY2A 1JNEA 3TA9A 1H41A 1NWRA 2XVNA 3APGA 3GXMA 1CXKA 2ZUTA 3WF0A 5KZ6A 4GI6A 3B9AA 2J7EA 2Y5EA 5M3WA 4UOJA 3AIQA 3D5HA 3RDKA 4HOWA 1TCMA 1GVYA 2YIHA 1Q4NX 3O6AA 3ZO9A 3VIMA 3IAPA 1E3ZA 1E5JA 1XH1A 1K9TA 2CBIA 5DO8A 1EHAA 2CHOA 1KXVA 1JDDA 1E43A 1L8NA 1GPFA 4LXFA 5HPCA 3ALGA 3OIHA 3VMPA 3K8LA 1NWSA 1VENA 1CPUA 1BVZA 1XSJA 3SIMA 4FLSA 1EOMA 4JFSA 1QI5A 4M8UA 4UFLA 5KEZA 3EDFA 4GZJA 3WQ4A 3U7VA 2ZXQA 4EAMA 1V0MA 1UR8A 2HVMA 2X1IA 1CXLA 2E9BA 5CPSA 1RD6A 1VEOA 2W4XA 2VR4A 1VF8A 1UD2A 3WF4A 3AZRA 9CGTA 1MW0A 4J3VA 1QHOA 1K9EA 1HKIA 1E0WA 3EDDA 1OT1A 5DEZA 4A4AA 5C8BB 4DUXA 2JFEX 2WHJA 1UYQA 2BHYA 3VM7A 4KRUA 3ZOAA 4C90A 3VDCA 4AZHA 4BZYA 1ODUA 3I3BA 4TTUA 3ALFA 4V28A 1EXPA 1J12A 1XYFA 1W9DM 4WKHA 3BH4A 3WQ5A 4PSPA 3AOFA 3LMYA 3QOKA 3WFZA 1ZJAA 2XVLA 1US2A 1D2KA 2VCAA 1C7SA 4CN1A 4XZWA 1P6WA 1C8YA 3ARXA 5LYRA 1OM0A 4TUFA 2XVPA 4JCLA 2CCRA 3BCFA 4XZBA 1NQ6A 4IM4A 2E9LA 3BLKA 3MS8A 3UR8A 5BROA 4AEFA 4AISA 4DUWA 2WZEA 4B9YA 2YDRA 2CEQA 4MJ4A 3QR3A 1V0KA 1R87A 2CBJA 1MYRA 3W24A 1MQPA 4U5IA 3PN8A 1JGIA 4B16A 5A6BD 1MXGA 4PEEA 2CIPA 1GOQA 1W9BM 3GNPA 2WPGA 4EK7A 4D6FA 1GZJA 4BF7A 3ARZA 3AHYA 4OBSA 2VRJA 1W3KA 6CGTA 1OGGA 3VIGA 2PWFA 5EBAA 3VTRA 1BSIA 2QMJA 3AROA 1M04A 2NT0A 3CMGA 2XHYA 3ZT7A 1TUXA 3MMDA 1XSKA 3AFBA 5E9AA 4F9JA 2C0HA 1GQLA 3K46A 4RE3A 5AC5A 4TOQA 1E9LA 4KWUA 3CIVA 3MMUA 4TXEA 1PIGA 4HPGA 3WH9A 1JZ7A 4Q7NA 2VZOA 1W32A 4BA0A 4PCSA 4Z2GA 3PHAA 1LG2A 4CD7A 3MUIA 2J8FA 5IHSA 5BRPA 1W9XA 1CXHA 1G94A 4NSBA 3SEPA 3KEHA 4A3HA 3QHMA 2XIIA 1EDGA 1XGZA 2XVKA 1UKPA 4UQBA 2WVUA 4MNMA 5FD0A 2XUCA 1CGTA 2J75A 2VZTA 1KBKA 2GDUA 1Q6CA 2YKKA 3W28A 1E6NA 1KR0A 1VJSA 3M46A 1OBAA 4UFHA 3POCA 2YA2A 3L2MA 3BGAA 3FHQA 1V3LA 4UFJA 1CXIA 2VX7A 3AICA 3WDQA 1B3YA 2WMFA 5C70A 5A1AA 3OZOA 3WSUA 2DT2A 1R85A 4AZ5A 1UWIA 3U7BA 3BAYA 5CSYA 2WHMA 5A8PA 1BGAA 1MFVA 5I2UA 5LA1A 1WCGA 1B3XA 1YHTA 3AYRA 3WF2A 1WZAA 4IPNB 3TTSA 2XSBA 1VB9A 5A6KA 3N11A 2CKRA 2YL8A 2YA0A 5CZKA 2YBTA 1KQZA 1L0PA 3WY1A 4IUGA 4H41A 1QI4A 3CUIA 1PZ2A 3HMCA 4J3XA 4Z2IA 1C7TA 1DWGM 4J28A 2BY0A 4LPCA 4LYPA 4H8VA 3N13A 3OA5A 1EQCA 3T0DA 2BY1A 3GTNA 4AD4A 3MO4A 4TVCA 4V2XA 1B3WA 2VURA 5ABHA 5JUVA 1IZKA 2JEPA 1Q6FA 4KH2A 4MNKA 3DHUA 3VDAA 5AC4A 1BQCA 4GQQA 4C7FA 4RE2A 7A3HA 2HISA 3WH7A 5BYWA 2J25A 3FW6A 4HP5A 1E4LA 1JD9A 1KXQA 4CVWA 1W91A 2WZHA 3CUFA 1UH4A 1J0JA 3GBEA 5D8WA 1QW9A 1EA9C 3BAWA 1PX3A 1XH0A 4UQ9A 4E2OA 3VGBA 3RILA 3FNDA 4L4PA 2XIBA 1CGVA 1FP8A 1WDQA 3AXXA 3CUJA 3WQ6A 1M7XA 2GK1B 4MTVA 4J7RA 4P7OA 1KGWA 2OYKA 1CNVA 4BQ5A 2G3IA 2FHBA 4HMDA 2CERA 1NWUA 2V3DA 3UR7A 1B9ZA 3WIJA 3AIEA 2J7BA 4Q22A 1DTUA 5A6BA 2V5CA 4C7GA 1TE1A 4ZENA 2X05A 5AYIA 3KL5A 5CLTA 4E8DA 4W89A 2PC8A 4J3TA 4XX6A 1GQIA 3WL0A 1BYCA 2G41A 1GONA 3K8MA 4P7LA 3NCOA 1DWAM 4MDOA 4AZ7A 1NP0A 3CHCA 4MADA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PX4 A;  2Y4S A;  1CXF A;  2DSK A;  3KZS A;  1AQ0 A;  2O9P A;  1E0X A;  1JG9 A;  1UQZ A;  3SCT A;  3CO4 A;  1VAH A;  2WVS A;  4GIA A;  2W91 A;  3WDR A;  3WUB A;  1R7O A;  1HKK A;  2E8Z A;  1GOR A;  1G5A A;  3PZU A;  1E6R A;  3W81 A;  4PUD A;  7TAA A;  3M6D A;  1E73 M;  2GFT A;  1CEN A;  3U57 A;  3CBW A;  1GCY A;  6TAA A;  5DMY A;  2V3E A;  5I77 A;  3AS1 A;  1PAM A;  3VD5 A;  1J01 A;  3WUG A;  1WDR A;  3OLE A;  5DT5 A;  4ATD A;  5AY7 A;  2GJX B;  3RJX A;  1JZ4 A;  2DGA A;  1ESW A;  3S6T A;  1BAG A;  1VFU A;  1ISV A;  2DQX A;  2WSK A;  5BXR A;  1X6L A;  3AHT A;  3DYP A;  1XD1 A;  1EDT A;  4U2Y A;  1K9D A;  1HF6 A;  1VBR A;  2ZIC A;  2DH3 A;  1UR1 A;  3VGD A;  1TVP A;  4J3U A;  2CBV A;  3WD2 A;  2GJX A;  4LQ1 A;  1UD8 A;  4BCE A;  1UWS A;  3VIH A;  1RP9 A;  3RJY A;  2BV9 A;  3WD0 A;  4FMV A;  3ARV A;  5FCZ A;  2D3N A;  1OT2 A;  5CSU A;  1O6I A;  1HVX A;  1E1E A;  4W88 A;  1V08 A;  1OSE A;  1E6S M;  3W6M A;  3RME A;  3PZT A;  1TG7 A;  1CLV A;  1ISZ A;  2Y2W A;  3WNK A;  1CGU A;  2FH8 A;  3VUP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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