3SCVA

Crystal structure of rice bglu1 e386g/s334a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYAADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 194
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scvA00
3CUFA 3BSHA 4KRTA 5FCZA 1EGZA 1ECEA 1JNDA 1UH3A 4CCCA 2F61A 3ZJ7A 3WBEA 1CXIA 1CTNA 1CIUA 1ZB5A 1PAMA 3U5YA 1E6PA 2VOTA 1Q6CA 5DT7A 2WMGA 2JE8A 2XGIA 4CCDA 4W8BA 4PMDA 3IAQA 3I3DA 4EKJA 3WD1A 5F7UA 1GJUA 3RPMA 5GQBA 2J7BA 5A8PA 1C8YA 1KB3A 1H0IA 4OUEA 3OB8A 1GOMA 1XRVA 4AMCA 1J0HA 2V5CA 3AIBA 4M82A 3PTKA 2QPUA 1E9LA 1LLOA 4ACZB 4HMCA 1EHAA 2RGMA 5LA0A 4F66A 2YL9A 2DEPA 1GOWA 3THCA 2X0HA 1JYNA 1JZ8A 3OZOA 4MDOA 4M29A 3WUBA 1EOMA 2PI6A 3WEZA 3F5LA 3W0KA 3WQWA 4H7VA 3N11A 3CZEA 4CUCA 1QI5A 1IV8A 3MUIA 2J7FA 5M3WA 1H09A 1OINA 3VMOA 5CG0A 2CXGA 2J77A 1Q6DA 3EDDA 2CEQA 1CXKA 2XYLA 3VM7A 1KXHA 3QHNA 4FLSA 1WB0A 3B9AA 3MKKA 4UQ9A 2VZTA 4AY1A 2BVYA 1B1YA 2CBUA 3ARPA 3VOCA 1VIWA 2XSBA 5IDIA 1ZL1A 2D2OA 3VIKA 2WC7A 4W8LA 1JDAA 3EDKA 3KZSA 1K6AA 1KCKA 1MQQA 2DT0A 1H3GA 4NI3A 1GHSA 1KR1A 5FIPA 3POHA 1H4PA 4FMVA 2ZWYA 2XVPA 4LXFA 5C8BB 4DUWA 1XGZA 3KL5A 5I78A 4UR9A 1J11A 3FN9A 4QP0A 1EHNA 3VGEA 3DYMA 1HXJA 2E9MA 2DH2A 1OT1A 2XFYA 2O92A 5A6SA 1QPKA 1LWHA 5CZKA 2JIEA 4U3AA 1D3CA 3K4DA 1EQCA 2EPNA 3M7SA 2VJXA 3ARVA 3ZOAA 2CHNA 7TAAA 4CGTA 1YHTA 5I3DA 3GM8A 1EDGA 3UG4A 1BQCA 1M7XA 1K9DA 2WC3A 3VGDA 2VZOA 2VZSA 1NOUA 2YDRA 4PUEA 3WMBA 2BV9A 4UQBA 1LG2A 3AXIA 3AFBA 1B3VA 2ZUMA 1VFMA 3GH4A 1HVQA 4W93A 1UD6A 2J7EA 4GINA 2VX4A 2BS9A 1JNEA 5HNNA 1VENA 3ZT7A 4AD1A 1XH0A 3U7VA 1RP9A 1HP4A 1PX8A 1CPUA 4HZ7A 4EANA 2F8QA 4H41A 1W9XA 1GQLA 3TONA 1S46A 5D4YA 1FHDA 5IFPA 4GI8A 1VEMA 2XVKA 2C7FA 4AD5A 1QW8A 3UG3A 3WIJA 2DDXA 2BVDA 1UA7A 4D6IA 5JIWA 2QV4A 1E73M 1B0IA 2VO5A 1Z32X 3WD2A 3ZIZA 1HNYA 2CHOA 2ZXDA 2J79A 2PWFA 4CN6A 3EDFA 1VRXA 4JZ5A 1EXPA 2CNCA 4JAWA 4P7OA 1SMAA 5A8NA 3K8MA 3VIPA 1PX4A 2VQUA 3MMUA 1WCGA 1R8LA 2YDQA 1JYWA 2G8ZA 4W86A 1UKTA 4F8XA 1JL8A 1M53A 3ZMRA 3FAXA 4W84A 3IAPA 1NWUA 2DT2A 2YL6A 4BQ3A 3AIQA 1TCMA 2WXDM 1E70M 3O6AA 3WDQA 1W3HA 2WWDA 1EIBA 2VTFA 1XCXA 3MU7A 3K46A 3VDHA 3AISA 2WSKA 1PZ2A 3J7HA 3WD4A 4GI9A 4QAWA 3NCOA 4S3KA 3CUJA 4JL2A 3M6DA 3WMSA 1HJVA 2YJQA 2XUCA 4E8CA 2A3BA 2WAGA 1I1XA 1JD7A 1HKMA 5BXTA 3N15A 2WANA 3RDKA 1MYRA 2J74A 3BMVA 4H04A 5CQ1A 4PMOA 3RILA 5BCAA 4A3YA 3VGBA 2A3AA 1F4AA 4MAVA 2WBKA 4UTFA 1BF2A 2JFEX 1TE1A 2W61A 3AIVA 4D1IA 3FXYA 5I0DA 4PMQA 3NSXA 3D5HA 4CCEA 1UR8A 2W62A 4J3WA 3L4XA 4GKLA 4HOZA 2GUYA 2ZIDA 4FLRA 1DWHM 3CLWA 2DT1A 2IUZA 2WHKA 3WDJA 3CZ8A 1R87A 3NSMA 1BVZA 4MB1A 2WVVB 3VIFA 1LWJA 2OSWA 3SCWA 1E6XM 1VJZA 3SIMA 3VD7A 4TOQA 1ZJBA 2FGZA 5HXMA 3SEPA 3FHQA 4AZ6A 1VB9A 4QDMA 1FH8A 3VNYA 4ZXOA 4CU7A 4N0RA 4R27A 4QCEA 2ZX9A 3MV01 4UNIA 1WZAA 3WD3A 5AY7A 4D6EA 1E3XA 1ODZA 3CMJA 2ZWZA 4HOWA 3VILA 1MW3A 3W27A 3AZRA 1J01A 4AZHA 4PRWA 1VFFA 1RP8A 2ZUNA 6TAAA 2WYSA 4ACZA 2D24A 4IPNB 1NP0A 5BROA 1UWQA 3BAXA 3L4YA 5LA2A 4C7DA 1KGUA 1GOOA 4BQ4A 1PIFA 3QOKA 1QNPA 3WH7A 2E3ZA 4PUDA 3A4WA 4UFHA 3TP4A 3GXFA 4U3CA 4D6JA 4W7VA 3N04A 4QLKA 2YBUA 4AWEA 1EDQA 4C7GA 2GDUA 2PB1A 3GXIA 1ISXA 1CGWA 4TVUA 4HU0A 5HBFA 4ATDA 3CHFA 4KH2A 4GZEA 4HP5A 1HJQA 3OZPA 4Y7EA 2NT0A 1KR0A 1GOKA 1CNVA 1CYGA 1FFQA 3VM5A 3EMZA 1G9HA 5A6BA 1E43A 4J28A 5TD4A 3MO4A 1BYDA 3WNLA 3BAYA 5AC5A 3QOMA 4WKHA 4HMEA 1OIFA 2OYLA 3DYPA 2XSAA 1GQKA 2XGBA 4WK9A 2VC9A 3CZKA 4Z2HA 2WNWA 1R86A 3WL1A 3MMDA 1YQ2A 2DPEA 1C7TA 3IJ9A 2E8ZA 1HX0A 2QF8A 1J0KA 1BYCA 3ZM8A 3RJYA 1UG6A 3KEHA 1TG7A 2EPKX 1J0JA 4J3XA 3POCA 1W9DM 4F79A 3WN6A 2O9TA 4PSRA 4B15A 2VT0A 4W8AA 1M04A 2JF7A 3CZLA 3WNNA 4K68A 2VRQA 1JGIA 2WCGA 2NT1A 5A2CA 8A3HA 3W26A 4J3VA 1GJWA 5A2BA 1JF5A 5ECUA 3CZGA 1G1YA 4WSKA 1UH4A 2W5FA 2E9BA 3ARTA 1CBGA 1EH9A 2YL8A 3WQVA 1VBRA 3GNOA 4HPGA 4J3TA 1B2YA 1V0MA 5AYIA 5JUVA 4F9JA 4AZ7A 4CD6A 3ALFA 2AMGA 1UWTA 2O9OA 4JFUA 1GONA 5DF0A 3I3BA 4AZCB 1VEOA 5A6MA 4YHEA 5A95A 3AS0A 1MQPA 5I24A 4JHZA 2X8RA 3WENA 1W1VA 1W32A 3ZQ9A 2CCRA 4PMXA 4PBGA 1WNOA 1U2YA 4B9ZA 2G3NA 1XYFA 3MSDA 2WW5A 2ZUVA 3ARWA 2A3HA 4M56A 3GXDA 1E1EA 3VMNA 1J10A 1AQHA 3ZR6A 4W88A 5D8WA 4OBSA 2OLHA 2FDMA 4BQ2A 3T0BA 4LGXA 3ZJ6A 3PZQA 1V3IA 5I77A 1GW1A 1L8NA 5A6AA 3OLDA 2BHYA 3OBAA 3AS3A 5DT5A 1JF6A 4TVCA 1JXKA 1B30A 4XZWA 5E09A 3UERA 1XSJA 1V3HA 2J8GA 4ZE5A 1VBUA 1DP0A 1X6NA 1QBAA 4FLOA 2XVGA 1JFXA 4GIAA 4P7LA 3VINA 3SCOA 4AIEA 2WCAA 1UZ1A 2ESCA 4AD0A 4AZIA 3AQUA 1K9TA 5AC4A 3VIGA 3W28A 4UOZA 3D3AA 5E6YA 2V3FA 1HIZA 1V02E 2PWGA 3HN3A 3F5JA 3FY1A 4MDPA 3WF3A 1EDTA 1HJUA 4NRSA 1QHZA 2C0HA 1MW2A 3L2MA 3I3EA 1J9YA 1RH9A 1NP2A 3VMPA 1QW9A 5E9AA 3PZUA 3GBEA 3PZVA 2G3MA 3F4VA 2YA0A 4PMVA 3K1DA 4GO8A 5HDRA 4MTVA 1QNSA 4EE9A 3G6LA 4XV0A 2VX7A 3VPLA 3OGVA 2PC8A 1A3HA 2BVTA 1R7OA 3AZSA 3MMWA 3T2QA 1Y7VA 4H2CA 1JZ6A 4GZIA 1V6XA 1C91A 1H0GA 1MVYA 3MUAA 3VD3A 4AC1X 2WSPA 3A4AA 5D9MA 2IXVA 3PZOA 3VTRA 1NWSA 4JKKA 5GNYA 1BLIA 3WQ6A 3AHYA 4HPHA 1LL7A 5M5DA 4AZ5A 5ABEA 5A8MA 3MV11 5HOSA 4QLLA 1PPIA 4B16A 2QHAA 4PCTA 3VX1A 1MFUA 3TTOA 5A6BD 3OIHA 3UEQA 2XIIA 2Y4SA 2Z1SA 1ZBCA 3RIKA 3VIMA 2V3DA 1GPFA 4M24A 1WO2A 4S3JA 4EK7A 4AISA 3WEOA 1ISVA 2VVSA 2PWHA 4RL3A 3OLEA 4J7RA 4MAZA 3NDYA 3W6LA 3APGA 2V38A 5A1AA 2DGAA 4CKQA 1J0ZA 1W9UA 1CGXA 4AD2A 1UKQA 2X2YA 1AQ0A 3L4WA 1LL4A 1BYBA 2YBTA 1OGGA 8CGTA 1Q6FA 4RE4A 1W9BM 3QHOA 3QR3A 3VU2A 3BAKA 3WDRA 2YLAA 4P8VA 4B3LA 4MNMA 3BAJA 2BXZA 3WUEA 3SCPA 4LQ1A 3T0DA 1QNRA 2EXOA 1JDDA 5CPTA 4DUXA 4OIFA 5E6ZA 1E55A 3AIWA 3W81A 4PTXA 2G3JA 1GNXA 1VFUA 3WH5A 1LJYA 2ZUTA 5BWFA 3B8SA 3GZAA 3AHZA 4UZUA 1VJSA 1FH9A 4Z2KA 4P7NA 1V6WA 4AEFA 4CU6A 5EBAA 1DTUA 4X0NA 1TA3A 1O7AA 1V3MA 1E4MM 2OYKA 4UFLA 1QI4A 1PBGA 3SCNA 1G0CA 2Z1KA 2ZXBA 1ZBKA 1GHRA 2ZUUA 5C70A 2UY3A 2Y24A 5I5RA 1WPCA 4M1RA 4D6GA 3A47A 2E0PA 5JIPA 1UD2A 1CXFA 3AIRA 2YLLA 2XM1A 1CXEA 3OLIA 4R5EA 3IJ7A 4NSBA 3BCDA 2E9LA 4XUYA 5GPRA 1DWJM 3EDEA 1UKSA 2DQXA 4MPKA 1KQZA 3B9EA 2X1IA 2HISA 3W82A 4BS0A 3EMCA 2YIHA 5D9NA 1W3KA 1E5NA 2EO7A 3CHEA 4JIEA 1UD8A 4YPJA 3WQ8A 2WMIA 2VCBA 1MQRA 2BY3A 3SUTA 3GDBA 3NJ3A 4AXNA 3PZMA 4UCFA 1IT0A 1KBKA 1FP9A 1W2PA 2W66A 5CGTA 4HA3A 3VIIA 3VIOA 5FD0A 1W2VA 2WHMA 4PTMA 4Z2JA 1JZ2A 4Z2LA 2PBGA 4QFUA 4AZCA 1FFRA 1OGSA 1EQPA 2J7DA 1XYZA 1FOBA 4ML4A 1E72M 1GQIA 4UQDA 4UFJA 1PEZA 2WZEA 1V3KA 1B3XA 1FP8A 1KXQA 4JCMA 1KWGA 2C8NA 4WLCA 1C3FA 2NW0A 4DWSB 3WFZA 1HJSA 1G94A 3AI0A 4OOUA 4ZE4A 5CSYA 2CBIA 2XWDA 3VNZA 1UD3A 1BVNP 2X0YA 1V3JA 3BAWA 5GNXA 4LYPA 3WEMA 4QCFA 3PZGA 3AMGA 3UR8A 5A94A 4HU8A 5E0CA 2A3CA 1MW0A 3CHDA 3L4TA 4D6FA 1E4NA 4AZGA 2OYMA 4AEEA 1QOXA 4J3SA 3AIEA 5E70A 2AOSA 2B31A 4P8XA 4E2OA 2UWFA 1ZBVA 4DUVA 3UCQA 1DWGM 3BSGA 1KXVA 1ISWA 1OSEA 3GNPA 5DEZA 3BLKA 1R85A 1BG4A 1HJXA 3FAWA 2PF0A 2XG9A 2CPUA 5GNZA 2ZOXA 1ITXA 3MUZ1 3BCFA 4E4PA 1DWFM 3MUY1 3U5UA 3B9DA 4M80A 3PZNA 3HU7A 3KL3A 4RE3A 2ZUSA 2EEXA 3AS2A 1BPLB 1BTCA 2DSWA 3CPUA 4ZFMA 1E71M 1SFSA 3N18A 3VD4A 4ATWA 3GYCA 5BXPA 6CGTA 1WDRA 2VQTA 2VRJA 3LPOA 3AHVA 4W5UA 1W3JA 4MJ4A 2Y8VA 3VDBA 2WK2A 3NIYA 3T08A 1V6UA 1TMQA 5ABFB 1TVPA 4TVDA 1JXJA 4ZENA 1OD0A 2BY2A 4OOZA 2WMJA 4JFTA 3BLPX 1A47A 1QI0A 1UA3A 4NRRA 1X6LA 3SCRA 5BXSA 4AIOA 2YDSA 2J7GA 5A69A 1V3LA 1KWKA 3HMCA 1JI2A 4ZEPA 4U33A 3VD5A 1C7SA 1OGBA 3BH4A 4PCSA 3TTYA 1OWQA 2VRKA 1QI2A 3CUGA 4PTWA 3PZTA 4DM1A 4CVUA 2G41A 4HA1A 3GH5A 4BQ5A 5I6SA 4MNLA 2QLYA 5HPOA 3AOFA 3WY1A 2WKLA 1UWRA 4UQAA 1V08A 2NSXA 1HT6A 3FNDA 3WDHA 3AYRA 1HKIA 1ZS2A 4CN1A 1C8QA 2J7CA 3WH6A 4HMDA 1G01A 2XPKA 3UESA 1JI1A 1Q6EA 2FGLA 3U7BA 5BXRA 2YKKA 4U31A 2VCAA 1GVIA 3K8LA 2D0HA 4KGJA 3DC0A 2VX6A 3KWXA 4J3UA 4UOJA 3RM9A 4NF7A 1KXTA 1DWIM 4W5ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CUF A;  3BSH A;  4KRT A;  5FCZ A;  1EGZ A;  1ECE A;  1JND A;  1UH3 A;  4CCC A;  2F61 A;  3ZJ7 A;  3WBE A;  1CXI A;  1CTN A;  1CIU A;  1ZB5 A;  1PAM A;  3U5Y A;  1E6P A;  2VOT A;  1Q6C A;  5DT7 A;  2WMG A;  2JE8 A;  2XGI A;  4CCD A;  4W8B A;  4PMD A;  3IAQ A;  3I3D A;  4EKJ A;  3WD1 A;  5F7U A;  1GJU A;  3RPM A;  5GQB A;  2J7B A;  5A8P A;  1C8Y A;  1KB3 A;  1H0I A;  4OUE A;  3OB8 A;  1GOM A;  1XRV A;  4AMC A;  1J0H A;  2V5C A;  3AIB A;  4M82 A;  3PTK A;  2QPU A;  1E9L A;  1LLO A;  4ACZ B;  4HMC A;  1EHA A;  2RGM A;  5LA0 A;  4F66 A;  2YL9 A;  2DEP A;  1GOW A;  3THC A;  2X0H A;  1JYN A;  1JZ8 A;  3OZO A;  4MDO A;  4M29 A;  3WUB A;  1EOM A;  2PI6 A;  3WEZ A;  3F5L A;  3W0K A;  3WQW A;  4H7V A;  3N11 A;  3CZE A;  4CUC A;  1QI5 A;  1IV8 A;  3MUI A;  2J7F A;  5M3W A;  1H09 A;  1OIN A;  3VMO A;  5CG0 A;  2CXG A;  2J77 A;  1Q6D A;  3EDD A;  2CEQ A;  1CXK A;  2XYL A;  3VM7 A;  1KXH A;  3QHN A;  4FLS A;  1WB0 A;  3B9A A;  3MKK A;  4UQ9 A;  2VZT A;  4AY1 A;  2BVY A;  1B1Y A;  2CBU A;  3ARP A;  3VOC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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